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1.
肖博仁 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2012,38(3):296-299
从感染犬细小病毒(CPV)的长沙病犬粪便中分离CPV,采用同步接毒方式,将病毒悬液接种到猫肾细胞(F81),经PCR鉴定,从10份阳性样品中分离到9株CPV,血凝试验显示9株CPV均能凝集猪红细胞,血凝价均超过了27。为进一步分析CPV长沙毒株的VP2分子生物学特征及抗原变异规律,对9个CPV毒株的VP2基因进行克隆、测序及序列分析,结果表明:CPV长沙毒株与全国及世界各地CPV毒株相比,其VP2基因序列同源性超过97%,其VP2基因推导的氨基酸序列同源性超过94%;其VP2基因推导的氨基酸序列有独特的变异,且有独特变异的毒株在基因进化树上处于同一个分支。 相似文献
2.
对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析。按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到p MD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照Gen Bank上登陆的31株RHDV毒株全基因核苷酸序列、VP60基因核苷酸序列以及ORF2编码基因核苷酸序列对2株病毒进行同源性和遗传进化分析。结果显示,SCH04基因组全长7 439 bp,Sch07基因组全长7 438 bp,2株病毒全基因的核苷酸序列同源性为99.8%,与31株参考毒株全基因的核苷酸序列同源性为78.3%~97.0%;2株病毒的VP60基因核苷酸序列同源性为99.7%,ORF2编码基因核苷酸序列同源性为99.2%。进化树显示2株病毒同属于抗原变异株RHDVa(GI.1a)基因群,且亲缘关系最近。VP60基因核苷酸序列与ORF2编码基因核苷酸序列均可以作为RHDV遗传进化分析。 相似文献
3.
[目的]为分离犬细小病毒（CPV）.[方法]采集疑似CPV感染病死犬的组织病料,用胎猫肾细胞（F81）进行病毒分离,并对分离的病毒进行回归动物试验、间接免疫荧光（IFA）及VP2基因PCR扩增鉴定.[结果]经盲传3代后FS1出现明显细胞病变（CPE）,分离病毒可导致2～3月龄犬出现典型犬细小病毒病（CP）的临床症状和特征性病理变化,通过IFA观察到特异性的绿色荧光,PCR扩增到VP2基因全长为1 755 bp,编码584个氨基酸.它与国内外具有代表性的18株CPVVP2基因的核苷酸同源性为98.0％ ～ 99.8％,氨基酸同源性为96.1％ ～99.8％.[结论]用F81细胞成功分离到1株强毒CPV,命名为YBYJ株. 相似文献
4.
采用双抗体夹心ELISA方法和PCR技术对来自山东泰安的病猪组织病料进行猪Ⅱ型圆环病毒(PCV2)检测。将检测为阳性的病料悬液接种无PCV1污染的PK-15细胞进行病毒分离,获得一株PCV2,命名为猪Ⅱ型圆环病毒山东泰安株(PCV2 sdt)。间接免疫荧光试验(IFA)检测可见接种病毒细胞中散在特异性荧光。提取全基因组为模板,进行病毒基因组1号开放阅读框(ORF1)、2号开放阅读框(ORF2)和全基因组序列扩增,得到长度分别约为999bp、749bp和1767bp左右的产物条带。将产物克隆到pMD18-T载体上,构建重组质粒pMD18-T-ORF1、pMD18-T-ORF2和pMD18-T-PCV2。测序结果显示,所分离病毒的ORF1、ORF2和全基因组序列长度分别为945bp、702bp和1767bp。DNAStar生物学软件分析发现,PCV2分离毒株与参考株的全基因组同源性介于95.4%~98.8%之间,ORF1的同源性介于97.0%~98.8%,ORF2的同源性略低,介于91.9%~98.4%之间。 相似文献
5.
将疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)病猪肺脏研磨、过滤除菌后接种无PCV1污染的PK15细胞,盲传4代,用PCR和免疫过氧化物酶单层试验(IPMA)检测。同时,利用所合成的PCV2全长的特异性引物进行病毒基因组全长的扩增及克隆、测序与比对分析。结果显示,不同传代细胞中PCV2核酸均为阳性,且PCV1特异引物检测为阴性,表明分离到的PCV2无PCV1污染,将该毒株命名为PCV2 B1株。序列分析表明,该病毒基因组全长1767 bp,与其他毒株的核苷酸同源性在95.4%~99.8%之间,ORF1的氨基酸的同源性在98.4%~99.7%之间,ORF2的氨基酸的同源性在89.7%~100%,核苷酸和氨基酸的序列与保定株BD1A(DQ910865)的序列最接近。 相似文献
6.
根据GenBank中发表的猪2型圆环病毒(PCV2)全基因组序列,设计合成了2对引物,采用PCR方法对来自甘肃不同猪场的3份病料中的PCV2进行基因的扩增、克隆和测序,得到全基因组长度为1 768 bp的PCV2Ww株(登录号DQ322701)以及全基因组长度为1 767 bp的PCV2 LZ株和TS株(登录号DQ363860和DQ355153).应用DNAstar软件序列分析可得,3个分离株全基因组与国内外参考毒株核苷酸序列同源性在94.8%~99.4%,3个分离株之间的核苷酸序列同源性为96.4%~99.4%;PCV2分离株与PCV1分离株核苷酸序列同源性为69.0%~70.0%;ORF1和ORF2所编码的氨基酸序列与国内外PCV2毒株比较,同源性也很高,分别为99.0%~99.4%和92.7%~98.7%.进化树分析表明,PCV2分离毒株在进化上存在地域上的相关性. 相似文献
7.
为分离和鉴定出猪圆环病毒2型(PCV2)贵州株,对送检的3份感染病料进行了分离,并将其分离毒株分别同步接种于PK-15细胞,再特异性扩增和克隆所分离毒株的全基因序列。结果表明:成功分离出3株PCV2贵州株,命名为GZ-QZ1株(1 767bp)、GZ-RH1株(1 767bp)和GZ-CS1株(1 768bp);3株PCV2贵州株全基因组之间的核苷酸相似性为94.6%～99.9%,其中ORF2核苷酸相似性为90.2%～99.9%;ORF2氨基酸一致性GZ-QZ1和GZ-RH1为100%,二者与GZ-CS1的氨基酸一致性均为88.1%。3株PCV2贵州株之间同源,但GZ-CS1存在一定变异。 相似文献
8.
【目的】探究河南省新乡地区犬细小病毒（Canine parvovirus，CPV）的流行和遗传变异进化情况，为有效防控区域性 CPV 流行提供参考。【方法】对从新乡地区宠物医院收集的 23 份疑似患犬细小病毒病的病犬粪便样品和眼、鼻、口、肛拭子预处理后进行 PCR 检测。将 PCR 检测结果为阳性的样品采用浸泡、过滤除菌处理后接种于单层猫肾细胞 CRFK 进行病毒增殖培养，将分离的病毒置于透射电子显微镜下观察。参考 GenBank中已收录的国内外 CPV 不同亚型的毒株序列，经 PCR 分段扩增、测序后拼接获得病毒全长基因，利用分子生物学软件对病毒基因进行序列分析和氨基酸序列同源性分析。【结果】从送检的样品中成功分离出 1 株 CPV，命名为 XX-2022 株。该病毒株能使 CRFK 细胞产生明显病变，导致细胞出现变圆、拉网和脱落。通过透射电镜可观察到典型的病毒粒子，呈圆形或六边形，直径约 25 nm，无囊膜。通过 PCR 分段扩增拼接后获得的病毒全基因组序列全为长 4 588 bp，CPV 系统进化分析结果显示，XX-2022 株与 Canine/SH/1/2019（MN840830.1）株的亲缘关系较近。利用 MegAlign 软件对 XX-2022 株 VP2 基因推导的氨基酸序列进行分析，该毒株与 YANJI-5（MW715601）的 VP2 氨基酸序列在同一小分支，氨基酸同源性为 99.7%。根据 CPV 的基因分型原则，最终确定 XX-2022 株 CPV 属于 CPV-2a 型。【结论】从临床病料中成功分离出 1 株 CPV，经分析确定为 CPV-2a 型，研究结果可为新乡地区 CPV 的流行病学、致病性及生物学特性研究提供依据，为 CPV 的区域流行及有效防控提供参考，为新疫苗的研发提供地方种毒。 相似文献
9.
参照Genbank收录猪圆环病毒(porcine circovirus,PCV)1、2型序列,设计两对特异性引物,分别扩增猪圆环病毒1型和2型四川分离株(PCV1-YA1株和PCV2-SC株)全基因组,获得了预期目标大小一致扩增产物,分别将其克隆于PMD18-T载体,分别命名为PMD18-T-PCV1-YA与PMD18-T-PCV2-SC。经酶切鉴定和序列测定证实,成功克隆了PCV1-YA1株1759bp和PCV2-SC株1767 bp的全基因组序列。所得序列与GenBank中的国内外其它PCV1和PCV2毒株进行比较分析,其同源性分别达到98.8%~99.9%与93.6%~98.6%;而PCV1-YA1株和PCV2-SC株之间的同源性则仅为69.2%,进一步分析两个毒株的主要阅读框架,毒株间ORF1核苷酸序列及推导的氨基酸同源性均为85.3%,而ORF2的核苷酸序列及推导的氨基酸同源性分别为66%和65.2%。推导显示两毒株之间ORF1编码产物疏水性区域分布有相似之处,而ORF2编码产物的跨膜区存在差异。 相似文献
10.
参照GenBank上猪圆环病毒1型（PCV1）全基因组序列设计1对引物,用PCR技术从北京一猪场的临床发病猪病变组织中扩增和克隆获得1株PCV1全基因组序列,并进行序列测定和分析。全基因组序列结果显示,该株PCV1基因组全长为1759bp,与国内外其他各株PCV1的核苷酸同源性为99．4％。主要开放阅读框（ORF）序列结果显示,该分离株与国内外其他PCV1毒株间的ORF1与ORF2的核苷酸同源性分别在97．5％～99．8％和92．7％～100％。虽然各个PCV1分离株之间的全基因组与主要ORF的核苷酸同源性均很高,但仍然呈现出一定的地域相关性。 相似文献
11.
利用RT-PCR技术,以传染性法氏囊病毒河南分离株(HN04)基因组RNA为模板,扩增并克隆IBDV HN04株基因组A片段cDNA。测序结果表明:克隆的A片段全长3260个核苷酸,包括2个部分重叠的开放阅读框(ORFl和ORF2)及两端的非编码区。ORFl和ORF2分别编码含有1012个氨基酸的结构蛋白(VP2-4-3)及含有145个氨基酸的VP5。IBDV HN04株基因组A片段核苷酸序列与来自GenBank IBDV血清Ⅰ型毒株核苷酸序列的同源性高达94.9%～99.4%,血清Ⅱ型毒株核苷酸序列同源性为83.8%。对IBDV HN04株的A片段核苷酸及其推导氨基酸进行序列分析,结果显示HN04株与国内外IBDV数株弱毒株的同源性在99.0%以上。 相似文献
12.
【目的】监测河南省猪细小病毒1型(porcine parvovirus 1,PPV1)的变异情况。【方法】采集自河南省鹤壁市和安阳市初产母猪的流产胎儿阳性样品，利用PCR方法鉴定获得2株PPV1流行毒株，经过全基因组测序，分别命名为CH/HN-H/2021和CH/HN-3/2021。通过分析同源性和构建遗传进化树分析PPV1全基因组、NS1基因、VP2基因的变异情况，并且比对分析NS1蛋白和VP2蛋白的氨基酸变异情况及非编码区基因缺失情况。【结果】2条序列的核苷酸相似性为99.9%;与46株国内外PPV1流行毒株全基因组的核苷酸同源性为93.5%～99.9%;NS1基因核苷酸同源性为98.6%～99.9%,NS1蛋白氨基酸同源性为98.2%～99.9%;VP2基因核苷酸同源性为98.4%～99.9%,VP2蛋白氨基酸同源性为98.3%～99.9%,说明本研究鉴定的毒株呈现遗传进化稳定性。本研究鉴定株与湖南及吉林毒株亲缘关系最近，而与河南原有毒株亲缘关系较远。在对NS1蛋白与VP2蛋白的氨基酸变异分析中发现，NS1蛋白发生6处突变，VP2蛋白发生7处突变，均在经典突变位点范围内，符合PP... 相似文献
13.
2株鹅细小病毒的主要结构蛋白VP2基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
将鹅细小病毒PJ分离株和XJ分离株接种于13日龄非免疫鸭胚,收集接毒后24～72h死亡的鸭胚尿囊液。根据Genbank已发表的鹅细小病毒B株基因组核苷酸序列设计1对引物,对2株鹅细小病毒毒株主要结构蛋白VP2基因进行PCR扩增,将扩增产物与pMD18-T载体连接并测序。结果表明:PJ株和XJ株VP2的核苷酸序列全长分别为2 044bp和2 050bp,PJ株与B株、XJ株、台湾株的同源性均为93.5%～96.7%,与YG株、哈尔滨株、广东株的同源性为88.7%左右,与匈牙利株的同源性仅为80.7%,而与番鸭细小病毒的同源性为74.8%～80.7%。XJ株与匈牙利株的同源性为83.5%,与番鸭细小病毒的同源性为76.8%～80.0%,与其他毒株的同源性为91.6%～98.3%。 相似文献
14.
参照发表的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)全基因组序列,设计合成了1对特异性引物,对2014年从河北省满城县某发病猪场分离到的1株PCV2(命名为HB-MC1)的全基因组进行了序列测定。应用DNAStar序列分析软件,对所测序列与GenBank中登录的PCV2序列进行同源性比较,结果显示,HBMC1株的基因组全长为1 767nt,其ORF1序列与GenBank登录的一些具有代表性的PCV2参考序列同源性高达97.2%~99.9%,其ORF2同源性在89.9%~99.6%之间。进化树分析结果显示,该毒株为PCV2d亚型,毒株部分核苷酸位点显示其属于强毒力毒株。研究结果揭示了HB-MC1株基因组特征与基因亚型,丰富了PCV2的基因组信息数据。 相似文献
15.
16.
《江苏农业学报》2016,(6)
设计32对PCR引物分片段扩增猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)江苏分离株JS2012全基因组,扩增产物克隆到p MD19-T载体并测序。用DNAstar软件将JS2012全基因组序列与Gen Bank中其他13株TGEV株和猪呼吸道冠状病毒(PRCV-ISU-1)序列进行比对以及同源性分析,并绘制基因进化树。JS2012基因组序列全长28 542 bp,不包括poly A。基因组的排列为TGEV典型的基因排列序:5'-ORF1a-ORF1b-S-3a-3b-E-M-N-7-3'。TGEV JS2012株的ORF3基因和Miller组病毒一样有2个大片段的缺失。JS2012的S基因和Miller M6以及Virulent Purdue 2个强毒株有同样的序列特征。除Virulent Purdue外,其余Purdue株在1 123~1 128 bp处均有6 bp的缺失,JS2012与所有Miller株及Virulent Purdue一样,此处没有缺失。JS2012与其他TGEV毒株之间的碱基序列同源性为98.6%~99.9%,与Miller M6的碱基序列同源性最高,亲缘关系最近,同属于Miller组,与Purdue组相对较远。 相似文献
17.
水貂肠炎病毒B株全基因克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
将水貂肠炎病毒基因组分4个重叠片段进行PCR扩增,并将产物克隆到pMD18-T载体中,测定基因组近全长序列。其中编码水貂肠炎病毒非结构蛋白基因(NS1基因)全长为2 007 bp,编码668个氨基酸;编码结构蛋白基因(VP2基因)全长为1 755 bp,编码584个氨基酸。序列分析结果表明:水貂肠炎病毒B株与犬细小病毒、猫泛白细胞减少症病毒NS1序列之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.8%～99.2%和98.8%～99.2%,与其他细小病毒毒株VP2序列之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.5%～99.8%和97.8%～99.5%,与MEVantigenic type 2株在亲缘上有着最密切关系。 相似文献
18.
猪圆环病毒2型厦门株-1的ORF2基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据猪圆环病毒2型(PCV2)基因序列,设计合成1对引物,对PCV2厦门株-1(XM-1)的ORF2基因进行PCR扩增.扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分析,可清晰看见1条与设计相符的大小为729 bp的特异条带.提取该片段进行测序,并与国内外24株PCV2毒株的ORF2进行比较,发现得到的PCV2 XM-1的ORF2与广西PCV2分离株(AY556475)核苷酸和氨基酸序列同源性均达到100%,与其它PCV2毒株ORF2的同源性分别为91.6%-99.9%和88.9%-100%,表明厦门地区生猪已感染PCV2,PCV2的ORF2基因与其它毒株有所不同. 相似文献
19.
《河南农业科学》2015,(8)
采集一疑似犬细小病毒(CPV)患犬的粪便,采用胶体金试纸条和PCR方法对病料进行CPV检测,并应用猫肾细胞F81进行病毒分离培养,分别采用免疫过氧化物酶单层细胞染色法(IPMA)和PCR检测病毒在F81细胞中的增殖动态,采用无血清培养和有血清培养2种方法进行体外培养,IPMA测定病毒滴度。利用PCR扩增分离病毒的VP2基因,经序列测定后采用DNAStar 7.0和MEGA 5.0软件进行生物信息学分析。结果表明,胶体金试纸条检测为CPV抗原阴性,PCR检测结果为CPV核酸阳性,病料接种到F81细胞培养后出现明显细胞病变(CPE),血清学鉴定为CPV抗原阳性,将分离得到的病毒命名为CPV-NY130615。IPMA可从感染后6 h的F81细胞中检出病毒,PCR能从感染后6 h培养上清中检出CPV核酸。血清同步接种培养法培养和无血清单层接种培养法培养的第15代病毒滴度分别为1×108.06TCID50/m L和1×107.65TCID50/m L。序列测定分析表明,该毒株VP2基因开放阅读框(ORF)为1 755 bp,编码584 aa。进化分析显示,该毒株属于CPV-2a型。 相似文献
20.
【目的】了解目前四川省猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学特征和遗传变异情况,探讨PCV2感染的控制对策。【方法】根据GenBank中发表的PCV2基因组序列设计2对特异性引物,对2012-2014年临床送检的PCV2感染病例材料中的5株PCV2全基因组序列进行扩增测序,并利用DNAStar等生物信息分析软件对获得的PCV2基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】5株PCV2四川株全基因组序列长度都为1 767bp,均具有滚环复制起点(ORC)典型结构。序列比对和进化分析显示,5株PCV2四川株的基因序列同源性很高,基因组核苷酸序列及ORF1、ORF2和ORF3基因序列同源性分别为98.4%~99.9%,97.5%~99.6%,99.4%~100%和96.2%~100%,ORF1、ORF2和ORF3基因推导氨基酸序列同源性分别为98.4%~99%,99.6%和91.5%~100%;与47条参比PCV2毒株核苷酸序列的同源性比较发现,5株PCV2与国内一些新出现的PCV2毒株亲缘关系较近,且均属于PCV2d基因型毒株。【结论】5株PCV2四川株之间尽管存在着不同程度的基因变异,但遗传进化相对较稳定。 相似文献