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1.
剑尾鱼RW-H近交系的遗传结构分析 总被引：5，自引：1，他引：5
筛选31条随机引物对剑尾鱼的第8代近交RW-H系A、B、C3窝共11尾剑尾鱼个体基因组DNA进行RAPD扩增，计算近交系个体间及不同窝间的相似系数及遗传距离。结果筛选的31条引物共扩增出383条带，扩增片段的大小在0．2～3kb。其中多态性带30条，多态性带频率在0～58．33％，平均为7．83％。近交系剑尾鱼不同个体拥有相同条带的比率较高。计算得到近交系的平均相似系数(S)为0．9829(0．9716～0．9960)，平均等位基因频率(q)为0．8692，最低平均杂合率(H)为0．1308。同时，用5个微卫星标记对非选育剑尾鱼和近交系RW-H系的基因组进行分析，检测等位基因的个数和大小，结果5个微卫星座位在非选育剑尾鱼中显示为多态，而在近交系RW-H系除1个位点出现等位基因外，其余均为纯合子，计算得到近交系的平均遗传相似系数为0．9345，两种方法均证明近交RW-H系第8代剑尾鱼有较高的遗传纯合度。 相似文献
2.
微卫星标记在RR-B系剑尾鱼遗传监测中的应用 总被引：2，自引：0，他引：2
采用49对微卫星引物对RR-B系剑尾鱼和红眼红体的非选育系剑尾鱼进行PCR扩增,有46个微卫星座位能获得稳定的扩增产物,7个微卫星座位能区分RR-B系与非选育群体剑尾鱼。7个微卫星座位在选育系剑尾鱼为单态纯合,而在非选育群体具有多态性,座位Msa014鉴定RRB系剑尾鱼排除概率最高,为98.75%,座位Msd003排除概率最低达到了87.50%,其余5个座位排除概率介于两者之间。为方便今后的遗传监测,对RR-B系剑尾鱼样品的7个微卫星座位进行了测序,确定了其大小和具体的微卫星结构。本实验建立了RR-B系剑尾鱼分子检测方法,为实验动物剑尾鱼的遗传监测奠定了基础。图4表3参23 相似文献
3.
本文采用磁珠富集法筛选新疆扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps Day)的微卫星分子标记,获得13个位点,同时随机抽取1000对鲤引物检测扁吻鱼同源位点的多态性,获得具多态性位点18对。应用31对引物对扁吻鱼与塔里木裂腹鱼(Schizthorax biddulphi)进行遗传多样性分析,共检测到110个等位基因,每个位点的等位基因数为2~6个,扁吻鱼群体平均多态信息含量为0.5353,平均观测杂合度为0.5306,平均期望杂合度为0.6057。表明扁吻鱼群体多态性较高,遗传多样性处于中等偏上水平。群体间遗传距离为0.4763,遗传相似系数为0.6211,表明两个群体为同科不同属的群体。 相似文献
4.
剑尾鱼在检测细菌毒力方面的应用 总被引：20，自引：2，他引：20
用１８株从鱼类所分离的细菌攻毒剑尾鱼,结果显示细菌对剑尾鱼的毒力与回归感染或攻毒敏感鱼的毒力结果较为一致,另外,用剑尾鱼感染病原菌的适宜途径为背肌注射,与原代比较,近交高代剑尾鱼个体之间对病原菌的反应较为一致,感染后死亡时间相对集中。水生实验动物剑尾鱼在检测鱼类细菌的毒力方面有较好的应用前景。 相似文献
5.
泥蚶生长性状相关AFLP分子标记的筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
以浙江乐清泥蚶养殖群体为育种基础群,经过2代连续选育获得了泥蚶快速生长品系,生长对比试验发现其在壳长、壳高、壳宽、总体质量等性状上都表现出了显著的生长优势。为了研究快速生长品系的遗传结构并筛查生长性状相关的分子标记,利用AFLP标记技术对泥蚶快速生长品系和对照组群体的基因组DNA进行了PCR扩增和电泳检测。采用40对多态性丰富的引物组合在64个个体中共扩增出2180条带谱,扩增位点总多态性比例达85.6%。从Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数反映的遗传多样性来看,选育品系的遗传多样性略高于对照组群体。群体遗传分化系数GST(0.0224)和基因流Nm(22.2811)数据显示,两群体间遗传变异很小,存在明显的基因流动。通过比对AFLP指纹图谱的位点差异,在2180条扩增带中共筛选出了7个显著性差异位点,其中2个位点只在选育品系中出现,2个位点在选育品系中出现的频率极显著高于对照组(P<0.01),另有3个位点在对照组中出现频率显著高于选育品系(P<0.05)。据此初步确定这些位点为与生长性状相关的候选标记。 相似文献
6.
本研究以人工控制条件下采用兄妹交配方式建立的脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)近交系为实验材料,利用33个微卫星座位对近交系3个家系进行了遗传检测.统计各家系的等位基因组成,计算等位基因数(N)、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、平均基因纯合率等遗传参数,利用基因频率计算家系间的遗传距离,并进行聚类分析.结果显示,33个微卫星基因座上共检测到72个等位基因,总群体平均N、H、PIC分别为2.758、0.294、0.272;3个家系的平均N、H、PIC分别为2.258、0.226、0.214;2.469、0.283、0.300;2.219、0.268、0.207;可作为3个家系特异标志位点的基因座分别有2个、4个和1个.聚类分析表明,A系和B系先聚为一支,然后与H系聚在一起.研究结果揭示了脊尾白虾3个近交系在33个微卫星基因座上的遗传变异规律,表明近交家系已达到一定的近交程度;发现各家系潜在的标志基因座,各家系均已构成独立遗传群体. 相似文献
7.
《渔业科学进展》2017,(4)
本研究以人工控制条件下采用兄妹交配方式建立的脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)近交系为实验材料,利用33个微卫星座位对近交系3个家系进行了遗传检测。统计各家系的等位基因组成,计算等位基因数(N)、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、平均基因纯合率等遗传参数,利用基因频率计算家系间的遗传距离,并进行聚类分析。结果显示,33个微卫星基因座上共检测到72个等位基因,总群体平均N、H、PIC分别为2.758、0.294、0.272;3个家系的平均N、H、PIC分别为2.258、0.226、0.214;2.469、0.283、0.300;2.219、0.268、0.207;可作为3个家系特异标志位点的基因座分别有2个、4个和1个。聚类分析表明,A系和B系先聚为一支,然后与H系聚在一起。研究结果揭示了脊尾白虾3个近交系在33个微卫星基因座上的遗传变异规律,表明近交家系已达到一定的近交程度;发现各家系潜在的标志基因座,各家系均已构成独立遗传群体。 相似文献
8.
快速近交对团头鲂遗传结构的影响和近交效应的估算 总被引：1，自引：1，他引：1
利用RAPD技术定量分析了快速近交(全同胞近交,雌核发育)对团头鲂养育群体遗传结构的影响。经群体遗传学分析软件ARLEQUIN对RAPD图谱计算,在实测171个位点中,系统选育7代群体(F7)、全同胞近交4代群体(S4)及雌核发育2代群体(G2)的多态位点个数从大到小依次为F7(133)>S4(117)>G2(106);位点基因多样性从大到小依次为F7(0.30)>S4(0.28)>G2(0.24);根据这两个指标,一代雌核发育对基因纯合的影响力度为一代全同胞交配的3.3倍和6倍。3群体的群体内方差百分比为83.10%,群体间方差百分比为16.90%,固定性系数Fst(0.169)的p<0.01,遗传差异极显著,证明同选育群体相比,近交群体的基因型发生了明显异化。通过试验估算的近交系数值低于理论上的近交系数值,应是环境影响的存在和作用所致。 相似文献
9.
以剑尾鱼(Xiphophorus helleri)为材料,经MboⅠ限制性内切酶消化基因组DNA后,选取500～2 000 bp的片段连接到经BamHⅠ酶切的pUC18载体上,转化大肠杆菌DH5α构建部分基因组文库.采用设计合成的(AC)7、(GT)7重复序列为引物,PCR筛选部分基因组文库,对其中9个重组阳性克隆进行测序,结果共获得24个微卫星序列,其中Perfect(完美型)13个,占54.2%;Imperfect(非完美型)3个,占12.5%;Compound(混合型)8个,占33.3%.表明(AC/GT)n在剑尾鱼的基因组DNA中含量非常丰富.同时,根据其中3个克隆微卫星的侧翼序列设计引物,PCR扩增剑尾鱼基因组DNA,结果均扩增到目的片段.而且,这3对引物扩增出来的微卫星片段在非选育的剑尾鱼中显示出多态性,而在近交系19代则表现为单态,为剑尾鱼的实验动物化遗传研究提供了理论依据. 相似文献
10.
利用10个微卫星分子标记,对8个鲤鱼杂交系家系进行遗传多样性分析,结果显示:10对微卫星引物在鲤鱼杂交系F2代8个家系共240个个体中均获得了稳定、清晰的扩增条带,并在个体间表现出不同程度的多态性。共检测到59个等位基因,位点等位基因数在3~9个,平均等位基因数5.9个,片段长度在129~371 bp,有效等位基因在1.533~5.821,平均为3.452 5;观测杂合度在0.421~0.882,平均为0.647,期望杂合度在0.506~0.826,平均0.628;多态性信息含量(PIC)在0.452~0.815,平均多态信息含量0.675,为高度多态性;个体间遗传距离0.3586~0.8302,相似性系数在0.5012~0.7906。8个家系中,20号家系与59号家系的遗传距离最小,为0.357 3;20号家系与35号家系遗传距离最大,为0.830 2。实验结果表明:该鲤鱼杂交系F2代群体遗传多样性水平较高,等位基因数量较多,杂合度较高,多态信息含量丰富,家系间没有受到近交的影响,具有较大的选育潜力。 相似文献
11.
12.
Aliza D Ismail IS Kuah MK Shu-Chien AC Tengku Muhammad TS 《Fish physiology and biochemistry》2008,34(2):129-138
Copper is one of the major heavy metal pollutants found in the aquatic environment. Therefore, it is important for determining
the genes that play a key role in copper metabolism in aquatic organisms. This study, thus, aimed to identify a new copper-inducible
gene in swordtail fish, Xiphophorus helleri. Using ACP-based RT-PCR coupled with RLM-RACE, we cloned Wap65, a mammalian homologue of hemopexin gene. The gene exhibits
high identity at amino acid levels with the Wap65 gene of other fish species (42–68%) and mammalian hemopexin gene (35–37%).
In addition, ten cysteine and two histidine residues are conserved in the swordtail fish Wap65 gene. These cysteine residues
are vital for structural integrity, and histidine residues provide high binding affinity towards heme. As revealed by RT-PCR,
the gene was upregulated in swordtail fish that were exposed to copper in a dose- and time-dependent manner. Therefore, the
identification of Wap65, a mammalian homologue of hemopexin, as a new copper-inducible gene will provide greater insight into
the role of this gene in copper metabolism. 相似文献
13.
利用60对微卫星分子标记分别对罗氏沼虾3个养殖群体进行遗传多样性分析,通过比较样本量及标记量对遗传多样性指标的影响,探讨最适宜的样本量及标记量。结果显示,样本量和标记量的大小均对遗传多样性指数有较大的影响,其中样本量与平均等位基因数和平均有效等位基因数呈高度正相关,与杂合度和Nei氏遗传多样性指数分别呈中度、高度相关,样本量为10~30时,遗传参数变化差异显著,样本量大于30,变化差异不显著;标记量与遗传参数也存在不同程度的相关性,标记量为5~25时,各遗传多样性指数变化有明显差异,标记量大于25时,各遗传参数变化较小,多态信息含量不同的标记直接影响到群体遗传参数。性别对群体遗传多样性指标无显著性影响。研究表明,应尽可能选择多态信息含量高的微卫星分子标记开展罗氏沼虾群体遗传多样性分析,可不考虑样本性别,样本量不宜小于30,标记量不宜少于25。 相似文献
14.
南方拟■是一种分布于长江以南各水系的小型经济鱼类,目前仅有野生资源。为查明珠江流域其群体遗传结构现状,试验采用RAD-Seq技术筛选出36个多态性微卫星标记,其中29个为高度多态性(多态信息含量>0.50)位点,6个为中度多态性(0.25<多态信息含量<0.50)位点和1个为低度多态性(多态信息含量<0.25)位点。选取6个高度多态性位点研究珠江流域的北江、桂江、都柳江、融江、左江、右江、黔江及郁江8个江段南方拟■群体的遗传多样性和种群分化情况,结果显示,共检测到98.17个等位基因,平均等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、香农指数和多态信息含量值分别12.2713、6.0575、0.5389、0.7679、1.8974和0.7379,表明珠江流域南方拟■的遗传多样性丰富。6个微卫星位点在8个群体中检测结果显示,平均群体间分化系数为0.1028,表明10.28%的遗传变异来自于群体间,89.72%的遗传变异来自于群体内,属于中等分化水平;平均群体内近交系数为0.2987,表明群体内杂合子缺失严重;基因流为1.0075~4.7308,说明群体间的基因流足以抵制遗传漂变。本研究的结果可为南方拟■种质资源保护和开发利用提供科学依据。 相似文献