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为验证依靠形态鉴定的指环虫种类的正确性,进行了分子生物学鉴定,并研究了系统发育。2009-2014年在额尔齐斯河采集的银鲫(Carassius auratus gibelio)鳃部的指环虫,依靠形态鉴定为坏鳃指环虫(Dactylogyrus vastator)和伸展指环虫(Dactylogyrus extensus)。18S rDNA序列与Gen Bank中18S rDNA序列同源性比较结果,坏鳃指环虫同源性为99.36%(457/460),碱基转换率为0.65%(3/460);伸展指环虫同源性为100%(472/472)。用MEGA4.1软件分析和计算3科8属19种单殖吸虫18S r DNA序列的遗传距离。3个科单殖吸虫种类的种间遗传距离0.006~0.238,指环虫科的遗传距离0.007~0.047,指环虫科与锚首虫科的遗传距离0.097~0.182,指环虫科与鳞盘虫科的遗传距离0.164~0.235。系统发育研究结果,坏鳃指环虫和中间指环虫首先聚为一支,然后与伸展指环虫聚为一支,最终指环虫科的所有虫种聚为一支。研究结果同时也为额尔齐斯河人工养殖银鲫的病害防治提供依据。 相似文献
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2012年8月,福清市东瀚海区网箱养殖真鲷发生大量死亡事件.病鱼除刺激隐核虫病症状外,还出现脾、肾肿大,肝脏充血等.采用生理生化指标鉴定及16S rDNA系列同源性分析和系统发育树构建等方法,对从病鱼肝脏分离获得的优势菌株进行了鉴定,其生理生化指标符合迟钝爱德华氏菌特点,GenBank中同源序列比对结果显示,该菌与迟钝爱德华氏菌的16S rDNA序列同源性高达99％,系统进化树中与迟钝爱德华氏菌自然聚为一支.药敏实验结果表明,该菌对氟苯尼考等10种药物敏感,对链霉素等4种药物中等敏感. 相似文献
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一株引起香鱼出血症的嗜水气单胞菌的鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
从发生出血症的香鱼体腔液分离到一高致病性的菌株(ayu-ah0201),经人工侵染试验证实该菌能引起香鱼出血症.对该菌的形态、生理生化及16S rDNA序列分析结果表明,其为革兰氏阴性,短杆状,极生鞭毛.对蔗糖、阿拉伯糖、七叶苷、氧化酶、精氨酸双水解酶、赖氨酸脱羧酶呈阳性,鸟氨酸脱羧酶呈阴性.可利用葡萄糖产酸产气.在以该菌16S rDNA序列和GenBank数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列构建的系统发育树,表明分离菌ayu-ah0201与嗜水气单胞菌聚在一簇,与嗜水气单胞菌核苷酸序列同源性最高,为99.6%～99.7%,与其他相关气单胞菌属成员的核苷酸序列同源性小于98.9%.结合形态和生理生化特点将其鉴定为嗜水气单胞菌. 相似文献
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西伯利亚鲟海豚链球菌的分离鉴定及毒力基因检测 总被引：3，自引：2，他引：1
2013年8-9月,四川雅安汉源湖养殖的西伯利亚鲟发生一种以体表溃疡、内脏出血和心外膜囊肿为特征的传染病.为明确其病因,本研究从自然发病鱼的肝、脾和肾进行了病原菌的分离、人工感染、分离菌的表型特征和分子生物学特征的检测.结果从患病鱼体内分离到一株G+链状球菌(Ab130920),人工感染实验证实了其病原性,生理生化特性与海豚链球菌(ATCC29178)基本一致;16S rDNA序列(GenBank登录号:KJ162337)与GenBank中S.iniae 16S rDNA序列同源性最高,在以16S rDNA序列及其GenBank中同源性较高的相关序列构建的系统发育树上,分离菌与海豚链球菌聚为一支;同时,在基于S.iniae lctO基因的特异性PCR检测中,从分离株基因组DNA扩增出预期大小的870 bp条带,进而鉴定分离菌Ab130920为S.iniae.在对cpsD、simA、sagA、pdi和scpI等5种S.iniae毒力基因的多重PCR检测中,分离菌均扩增出相应大小的特异性片段,表明其为一毒力较强的菌株,与人工感染实验的高致病性结果相佐证;药物敏感性检测发现其对阿莫西林、强力霉素、氟苯尼考等抗菌药物敏感,但对新生霉素、利福平、氧氟沙星耐药. 相似文献
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长臂虾亚科9个种系统发育关系的16S rDNA序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
分析了日本沼虾(Macrobrachium nipponense)线粒体基因16S rDNA部分序列,并将其与GenBank中的相关4属8个种的16S rDNA序列进行了同源性比对,探讨其系统发育关系。结果显示,在分析的442个比对位点中,变异位点188个,简约信息位点125个,碱基转换与颠换值比为1.134。以鼓虾(Alpheus cylindricus)为外群,分别用MP法、NJ法及ML法构建的长臂虾亚科4属的系统发育关系分支图显示:白虾属(Exopalaemon)首先与长臂虾属(Palaemon)以及小长臂虾属(Palaemonetes)聚在一起,然后与沼虾属(Macrobrachium)聚为一支;长臂虾属和小长臂虾属出现4个种混合相聚的现象;属间结点置信值以及聚集情况稳定。 相似文献
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对文蛤（Meretrix meretrix）、青蛤（Cyclina sinensis）、江户布目蛤（Protothaca jedoensis）、薄片镜蛤（Dosinia corrugata）、紫石房蛤（Saxidomus purpuraus）和菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）6种帘蛤科（Veneridae）贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为1900bp、1838bp、1831bp、1831bp、1829bp和1833bp。序列中A、T、C和G碱基的平均含量分别为24.0%、24.0%、24.2%和27.8%。用MEGA软件对6种帘蛤18S rRNA基因全序列进行了分析,对位排列后的总长度1 906 bp,其中变异位点210个,简约信息位点28个,si/sv=1.4（46/32）。从GenBank下载了7种帘蛤科贝类18S rDNA全序列,与本研究实测的6种帘蛤一起用MegAlign软件对其18S rDNA序列进行了比对,物种间序列相似百分比为88.7%-99.7%。文蛤与其他12物种间序列差异较大,序列差异百分比均超过了10%,其他各物种间序列差异百分比不超过3%。以异韧带亚纲（Anomalodesmata）笋螂目（Pholadomyoida）的Lyonsia floridana和Cardiomya costellata为外群,采用相邻连接法（NJ）和最大简约法（MP）构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示雪蛤亚科（Chioninae）、帘蛤亚科（Venerinae）和镜蛤亚科（Dosiniinae）的种类首先聚在一起,形成一个聚类簇;缀锦蛤亚科（Tapetinae）、卵蛤亚科（Pitarinae）、仙女蛤亚科（Callistinae）、青蛤亚科（Cyclininae）和文蛤亚科（Meretricinae）的种类先后分别单独聚成一枝;最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,说明18S rDNA序列适合作为帘蛤科系统发育研究的分子标记。 相似文献
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研究草鱼肠道不动杆菌,为鱼类肠道细菌的分离鉴定与微生态机制研究积累资料。从草鱼肠道中分离纯化获得1株细菌,编号为SW-2,采用细菌形态观察、生理生化特性分析、16S rDNA克隆测序及系统发育树构建等进行研究。结果表明SW-2菌株为革兰氏阴性短杆菌,对葡萄糖、甘露糖、木糖、枸椽酸盐利用等均为阴性;PCR方法扩增SW-2菌株16S rDNA并亚克隆至pMD18-T载体,测序获得序列长度为1 503 bp,与约氏不动杆菌(Acinetobacter johnsonii)序列相似性最高为99.7%;进一步构建系统发育树显示与A.johnsonii亲缘关系最近,自然聚类为一支,从而确定为约氏不动杆菌(A.johnsonii);药敏试验结果显示SW-2菌株对庆大霉素、羧苄青霉素、阿莫西林、氨苄西林、卡那霉素等药物敏感。人工回归感染草鱼7 d后未出现发病死亡现象,但是否为条件致病菌有待进一步研究。 相似文献
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中华绒螯蟹精子线粒体的检测 总被引：2，自引：0，他引：2
以中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)肌肉、鳃和精巢为对照,从线粒体标志酶SDH活性、线粒体特异性荧光探针(Rh123)以及线粒体16S rDNA PCR扩增3个途径,探讨了该蟹精子线粒体的存在状况。研究发现,肌肉和鳃SDH酶活性较高,精巢SDH酶活性显著低于肌肉和鳃,而精子SDH酶活性则无法检测到。使用Rh123检测发现,精巢中有较强的荧光,而精子中则无法观察到。通过GenBank中的中华绒螯蟹线粒体16S rDNA序列设计引物,利用PCR扩增方法,以beta-actin做内参,检测了中华绒螯蟹肌肉、鳃、精巢和精子中线粒体16S rDNA扩增情况,发现各组织或细胞beta-actin扩增片段大小、条带宽度和亮度基本一致,表明各模板DNA量基本一致;而在同一DNA浓度下,16S rDNA的扩增片段长度虽一致,但其产物量存在明显差异,精子16S rDNA产物量显著低于其他3种组织,其条带宽度和亮度很弱;16S rD-NA扩增产物经测序分析及比对证明与已有序列完全吻合。上述结果表明,中华绒螯蟹精子中存在线粒体,但其线粒体的数量极显著低于精巢和其他组织,这也是利用灵敏度较低的SDH酶活性和Rh123探针以及常规的组织学和超微结构观察法难以检测到其精子线粒体的原因。[中国水产科学,2007,14(1):139-143] 相似文献