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综合分析了长臂虾科(Palaemonidae)14 个物种线粒体基因组的全序列, 发现长臂虾科线粒体基因组的长度为 15396~15967 bp, A+T 含量为 58.97%~69.09%; 长臂虾科内不同属线粒体基因组的基因排列各不相同, 与十足目 (Decapoda)线粒体基因组的原始排列相比, 除沼虾属(Macrobrachium)的基因排列顺序未发生改变外, 长臂虾属 (Palaemon)、叶颚虾属(Hymenocera)和贝隐虾属(Anchistus)的基因排列顺序均发生了不同程度的变化, 此外贝隐虾属(Anchistus)还出现基因缺失现象; 长臂虾属和沼虾属线粒体 13 个蛋白编码基因(protein-coding genes, PCGs)的 Ka/Ks<<1, 显示出很强的纯化选择; 长臂虾科 13 PCGs 在密码子的使用中, 被编码的氨基酸均体现相似的偏好性; 在线粒体基因组的差异位点分析中, 发现 nd5、nd4 和 nd2 基因为理想的分子标记。基于 13 PCGs 系统发育结果表明, 长臂虾属与沼虾属互为姊妹关系, 叶颚虾属和贝隐虾属单独聚为一大支。分子钟的估算结果推测长臂虾科物种可能起源于二叠纪, 随后进一步分化为具有现代表征的长臂虾种类。本研究为快速鉴定长臂虾科生物提供了可靠的分子标记, 并为分析长臂虾科物种遗传多样性提供理论基础。 相似文献
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<正>日本沼虾(Macrobrachium nipponense),俗称青虾、河虾,在动物分类学上隶属于节肢动物门(Arthropoda)、甲壳纲(Crustacea)、十足目(Decapoda)、长臂虾科(Palaemonidae)、沼虾属(Macrobrachium)。主要分布于我国与日本,具有食性杂、生长快、繁殖力高、抗病能力强等特点,是目前淡水养殖业中重要的养殖对象和最有发展前途的品种之一。 相似文献
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长臂虾科线粒体基因组特征分析及分子标记探讨 总被引：1，自引：0，他引：1
通过常规PCR和长PCR扩增获得脊尾白虾的线粒体DNA,采用鸟枪法测序、序列组装获得脊尾白虾的线粒体基因组全序列.结合罗氏沼虾和沼虾的线粒体基因组,分析了长臂虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因和基因变异程度等.与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,2个沼虾的线粒体基因组的基因排列完全一致;而脊尾白虾线粒体基因组却存在2个tRNA基因的易位.长臂虾科线粒体基因组主编码基因的变异特征分析揭示了coxl基因多态位点的比例最低,仅为25.5%;而3个基因(nad2、nad4和nad5)不仅多态位点的比例较高,而且基因的长度较长,从而拥有最丰富的多态位点.因此,nad2、nad4和nad5基因可以作为分子标记,用于分析长臂虾不同群体之间的遗传多样性,为长臂虾生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多保障. 相似文献
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1 青虾简介
1.1 青虾的特征
青虾,又名河虾、柴虾、沼虾、大头虾、大青虾,学名日本沼虾(Macrobrachium nipponense),英文名freshwater shrimp,由于体形如竹节而半透明,体色青蓝并伴有棕绿色斑纹,故名青虾.青虾隶属于十足目(Decapoda),长臂虾科(Palaemonidae),沼虾属(Macrobrachium).青虾属于淡水虾类,仅产于我国和日本,是我国淡水虾类中个体较大的一种,一般雄体可长到6.5～8cm,雌体长4～6 cm.青虾通常一年繁殖2次,第一次在4～5月份,称"春虾";第二次7～8月份,称"秋虾".其主要特征如下. 相似文献
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3种野鲮亚科鱼类16SrRNA基因序列分析 总被引：7，自引：3，他引：7
野鲮亚科(Labeoninae)隶属鲤形目(Cypriniformes)中的鲤科(Cyprinidae,约有26个属近300个种。为研究其在鲤科鱼类中的系统发育关系,以16S rRNA基因作为遗传标记进行鲤科鱼类的系统发育分析。通过PCR方法, 扩增了长度为361-362 bp的3种野鲮亚科鱼类的16S rRNA基因部分序列,序列比对得到364个排列位点,其中94个为信息位点,占全部位点的26.8%。用Mega 2.1软件的NJ法构建分子系统树,结果表明:野鲮亚科鱼类没有形成单系类群,野鲮亚科的鲮、角鱼与鲤亚科的鲤、鲫形成姐妹群,然后再与野鲮亚科的麦鲮和露斯塔野鲮聚在一起,说明鲮与鲤亚科鱼类具有较近的亲缘关系。 相似文献
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青虾，又称江虾、河虾，学名日本沼虾（Macrobrachium nipponense），属节肢动物门、甲壳纲、十足目、长臂虾科、沼虾属，是我国淡水中个体较大的虾类。青虾壳薄肉厚．味道鲜美，营养丰富，每100g虾可食部分含蛋白质16．4g，脂肪1．3g，钙99mg，磷205mg，铁1．3g。维生素A260 IU。青虾广泛分布于江、河、库等天然水域中。古田县古田溪水库建于1958年， 相似文献
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卵黄蛋白原(Vitellogenin,Vg)是广泛地存在于卵生脊椎和无脊椎动物体内的雌性特异性蛋白,是卵黄蛋白(vitellin,Vn)的前体,本文通过同源克隆的方法从成熟中华锯齿米虾的卵巢中克隆到了一条长474 bp的Vg cDNA序列。用DNAMAN中的Blast功能将此片段与罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)、高背长额虾(Pandalus hypsinotus)的Vg部分序列进行比对,结果发现中华锯齿米虾与罗氏沼虾和高背长额虾的同一性分别为64%与62%。此片段为中华锯齿米虾Vg cDNA全长序列的克隆及其表达奠定了基础。 相似文献
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珠母贝属6个种的ITS 2分子标记研究 总被引：6，自引：3，他引：6
对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、白珠母贝、黑珠母贝、长耳珠母贝、黑珠母贝和合浦珠母贝6个种的内部转录间隔区2(ITS2)序列及其两侧的5.8S和28S的部分序列进行了比较分析。其中黑珠母贝的序列来自GenBank。PCR扩增片段大小为600bp左右,测序结果表明,ITS2长211～254bp,两端的5.8S和28S分别长84bp和272bp(均含引物)。序列比对分析结果表明,5.8S和28S序列高度保守,不适合于种类鉴定,而ITS2序列高度变异,270个比对位点中有146个位点发生突变,其中72个位点发生插入/缺失突变。除白珠母贝和黑珠母贝之间的遗传距离较小外,其余种类之间的遗传距离远远大于种内遗传距离。基因型分析表明,每个种具有各自特有的基因型。基因型和序列变异分析表明ITS2序列可作为珍珠贝种类鉴定的分子标记。可用于种间、杂交育种、幼体和珍珠贝肉等材料的种类鉴定与遗传分析。 相似文献
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中国近海鯻科鱼类系统发育初探 总被引：2，自引：0，他引：2
分析了中国鯻科鱼类4属6种17尾鱼的线粒体16S rRNA基因3′端部分序列特征。结果表明,在鯻科鱼类507 bp的碱基序列中有变异位点57个,简约信息位点55个,A+T含量(50.3%)高于G+C含量(49.8%),转换/颠换比为2.7。在邻接树和最大似然树上,鯻科鱼类聚类为2个分支,其中鯻属细鳞鯻独立为一支,其余属种组成另一分支,不支持Vari(1978)关于鯻科15个属中匀鯻属为最早分化类群的结论;鯻属的细鳞鯻和鯻鱼并未聚类在一起,表明二者亲缘关系较远,或为不同属,与Lee等报道相一致。由于鯻科鱼类属种较多,本文所分析的样品有限,且鯻科系统分类长期存在争议,因而需要采用多个线粒体和核基因联合分析更多属种,才能确定可否另立新属,并进一步明确鯻科鱼类的系统发育关系。 相似文献
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2种相手蟹线粒体12S rRNA基因序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
测定了红螯相手蟹和褶痕相手蟹线粒体12s rRNA基因部分片段的序列,前者为572 bp,后者为576 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为42.5%、37.6%、11.9%、8.0%;42.0%、37.0%、12.5%、8.5%;不包括8处插入/缺失位点,两序列间有48个变异位点,核苷酸差异率为8.42%,其中转换30个、颠换18个,转换与颠换比约1.67.对国内外相手蟹长度为383 bp的12SrRNA基因同源序列进行分析,A T含量为76.6%～81.4%,明显高于G C的含量,且存有84个多态位点.系统发生树的拓扑结构显示,所有的相手蟹分别聚为3大支,代表着3个不同的属即相手蟹属、栉齿蟹属和仿相手蟹属;这与形态学分类结果相一致. 相似文献
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Zhigang Wu Junli Feng Jishuang Chen Shunhua Xu & Zhiyuan Dai 《Aquaculture Research》2009,40(11):1251-1259
The ribosomal DNA internally transcribed spacer 1 (ITS1) was investigated in the search for an appropriate genetic marker that was suitable for phylogenetic study and species identification of eight major exported shrimp species in southeast China. Using the selected primers, the amplified ITS1 sequences exhibited a high degree of length polymorphisms, ranging from 448 bp in Metapenaeopsis dalei to 1491 bp in Macrobrachium nipponense . Many microsatellite loci were found at the 5' end and in the middle region of ITS1, which seemed to be associated with intragenomic sequence variation among samples of the same species. This variation might obscure the phylogenetic relationship between some shrimp populations, but the separation of five Penaeus species was well supported. In combination with polymerase chain reaction-restriction fragment length polymerism methods analysis, ITS1 sequences from shrimp species belonging to different families and genera could also be easily discernable. The results suggested that ITS1 was highly variable among different shrimp groups and could be an appropriate marker for species identification and molecular systematic studies. 相似文献
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[目的]为获知吉陶单极虫不同地理株系间的遗传变异及系统发育关系;[方法]对吉陶单极虫中国重庆、中国湖北、中国四川、日本盐田、韩国全北、韩国首尔等地理株系进行形态学的比较及基于18S rDNA序列的变异位点、相似度、遗传距离、基因型的比较和系统发育分析;[结果]吉陶单极虫各株系孢子形态特征基本一致;18S rDNA序列相似度为99.5%~100.0%,变异位点数为0~6个,遗传距离为0.000~0.004;系统发育分析显示,大部分有鞘膜的单极虫聚为一支,无鞘膜的单极虫聚为另一枝;无鞘膜单极虫依据寄生部位的不同形成了特殊的鳍寄生支系和鳃寄生支系;[结论]吉陶单极虫鞘膜不宜作为该物种鉴定的主要依据,该物种的鉴定仍应以孢子本身的形态及量度为主;虽然单极虫鞘膜的形状和大小并不稳定,但物种自身有无鞘膜可能与其系统发育相关,且单极虫有鞘膜支系与无鞘膜支系可能有着不同的进化模式;吉陶单极虫并未形成与寄生部位相关的特殊分化也未形成地理种群特有的单系。这种遗传格局产生的原因可能是各地理分布区吉陶单极虫来源于一个共同的祖先株系且各地理株系之间隔离的时间较短或存在较频繁的基因交流,尚未形成较大的种群分化。 相似文献
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通过构建大连湾(DL17)和辽东湾(ZD-LDW017)2个站点夏季海水的细菌16s rDNA文库,利用16S rDNA序列比对法,对大连湾和辽东湾夏季海水细菌多样性进行了分析.试验结果表明,这2个海域的细菌主要为非培养细菌.每个海区分别随机选取了200个克隆进行酶切谱型分析和序列测定,共得到104个不同的DNA序列,其中大连湾51个序列,分别属于13种(属);辽东湾53个序列,分别属于13种(属).有6种菌为这2个海区所共有,这2个海区各自有不同的优势菌,且均未检测到致病菌,研究结果表明大连湾和辽东湾海水细菌具有丰富的多样性. 相似文献
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鲹科鱼类在传统形态分类与分子遗传水平构建的系统分类存在争议，本文通过PCR扩增获得了鲹科（Carangidae）8属9种的线粒体16S rRNA基因片段序列约598bp碱基，结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列，并以大斑石鲈Pomadasys maculates为外群，生成供系统发育分析的序列矩阵，利用MEGA version 3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等，应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示：（1）支持鲹科下设四个亚科（鲹亚科，鰤亚科，鲳鲹亚科，鰆鲹亚科）阶元的分类系统；（2）所测种类鲹亚科鲹属下不宜设亚属分类阶元；（3）及达副叶鲹与丽叶鲹亲缘关系近，16S rRNA基因片段序列碱基只有1.07%的差异，未达到分属水平，应同属于副叶鲹属的两个不同种，并建议丽叶鲹的中文名用“丽副叶鲹”。 相似文献
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鲳亚目鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化关系 总被引：2，自引：0，他引：2
为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析.结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2％、C 24.5％、A 30.0％、G 23.3％;科间遗传距离为0.060～0.120,属间遗传距离为0.009 ～0.125,种间遗传距离为0.000 ～0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类.结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先分化的原始单系群;无齿鲳科和方尾鲳科为单系群,它们与非单系群的双鳍鲳科有较近的亲缘关系;鲳科为并系群,内部存在与地理区系相对应的2个分支,提示了该科鱼类早期的分化模式.同时,也对16S rRNA基因在鲳亚目鱼类系统进化研究中的适用性进行了剖析. 相似文献