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相似文献
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1.
Gli3基因是Gli-Kruppel家族中的一员,其参与的Sonic hedgehog信号通路在动物生长发育,特别是早期生长发育过程中有重要作用.利用PCR-SSCP和DNA测序技术研究了187头纯种南阳牛Gli3基因编码区4个位点(E4、E5、E6和E7)的多态性,发现E4和E5位点存在SSCP多态.对不同SSCP带型的对应片段进行了测序分析,共发现3个新的SNP多态位点(T123600C、T123696C和A128688G),其中第123600和第123696两个位点处于连锁状态.E5位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,E4位点处于非平衡状态.不同基因型与生长发育性状的相关性分析显示,E4位点上,CC基因型个体的六月龄体重、胸围、坐骨端宽、日增重指标显著大于TT基因型个体(P<0.05),该位点有可能作为南阳牛早期生长性状标记辅助选择的标记之一.  相似文献   

2.
促甲状腺激素受体(thyroid-stimulating hormone receptor, TSHR)在光周期介导的哺乳动物季节性繁殖过程中起着非常重要的作用,但在绵羊(Ovis aries)中的遗传特性与分子机制仍不明晰.本研究以筛选的绵羊TSHR基因第10外显子T481C位点SNP为候选分子标记,利用多聚酶链式反应-单链构象多态(polymerase chain reaction-single strand conformation polymerase,PCR-SSCP)技术,检测该位点在繁殖特性不同的阿勒泰羊、中国美利奴羊、萨福克羊、多浪羊以及湖羊和小尾寒羊群体中的多态性.结果表明,绵羊TSHR基因在第10外显子481 bp处发生了T-C突变,为同义突变,SSCP检测出3种基因型:TT、TC和CC,T481C位点的TT基因型在常年发情的湖羊、小尾寒羊和多浪羊群体中属于优势基因型,而在季节性繁殖的阿勒泰羊、萨福克羊和中国美利奴羊群体中比率最低,仅为8%;方差分析结果表明,常年发情的多浪羊、小尾寒羊和湖羊群体T481C位点的基因型频率与季节性繁殖的阿勒泰羊、萨福克羊和中国美利奴羊存在极显著差异(P<0.01).研究结果提示,绵羊TSHR基因第10外显子T481C位点多态性在常年发情与季节性繁殖绵羊群体中分布存在较大差异,该SNP可作为一个理想的分子标记应用于常年发情绵羊品种选育.  相似文献   

3.
为发掘陆地棉纤维品质性状基因/数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL),本研究以陆地棉(Gossypium hirsutum L.)优质品种渝棉1号分别与贝尔斯诺和中棉所35杂交获得F1代,随后利用两个F1再次杂交得到复合杂交群体.利用6565对SSR引物筛选渝棉1号、中棉所35和贝尔斯诺,获得155对多态性引物.对检测[(渝棉1号×中棉所35)x(渝棉1号×贝尔斯诺)]F1复合杂交群体标记基因型获得的158个位点进行遗传连锁分析,构建的遗传图谱包含102个位点,覆盖1199.0 cM.利用多QTL(multiple-QTL model,MQM)作图法,检测到11个纤维品质性状QTL,包括4个纤维长度、2个长度整齐度和5个纤维比强度QTL.11个QTL分布于4条D基因组染色体.本研究表明,陆地棉不同品种同一纤维品质性状QTL等位基因存在差异;三亲本杂交群体不仅可以提高群体多态性分子标记比例,而且可以显示同一QTL在不同遗传背景的等位基因表现差异.  相似文献   

4.
针对简单重复序列(SSR)标记密度不足、单核苷酸多态性(SNP)标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列标签(EST),结合运用各种生物信息学软件,开发基于EST序列的高多态性SNP标记。通过对2018530条EST序列的比对分析,拼接发掘出遍布全基因组的80363个SNP位点。在SNP位点两侧保守序列上设计PCR引物,开发出12388 个SNP标记(www.sicau.edu.cn/web/yms/snp/snp.html),包含34721个SNP位点。其中,6008个标记只含单一SNP位点,12762个位点的多态性信息含量(PIC)大于04,具有高度多态性。  相似文献   

5.
羧肽酶A (EC 3.4.16)是一类水解蛋白和多肽底物C端芳香族氨基酸或脂肪族氨基酸残基的消化酶.在草鱼生长相关的功能基因上研究单核苷酸多态性(SNP)与生长的相关性可为草鱼的分子辅助育种提供依据.本研究根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库的羧肽酶A1基因(CPA1)重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到2个颠换SNP位点:C+412A和A36C,分别位于CPA 1基因外显子5的34bp和内含子3的36 bp处,前者为错义突变.然后用一个群体的296尾草鱼对这2个位点用SnaPshot的方法进行检测和分型,统计基因型频率:A36C位点的AA基因型占26.7%,AC基因型占52.0%,CC基因型占21.3%.C+412A位点的AA基因型占15.5%,AC基因型占40.5%,CC基因型占43.9%.利用一般线性模型分析2个SNP位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系.关联分析结果显示,C+36A位点不同基因型在体质量、眼间距均值上存在显著差异(P<0.05).并且AA基因型和CC基因型在体质量、体长、体宽和眼间距上存在显著差异(P<0.05).AA基因型各项指标均值显著高于CC基因型.C+412A位点在体质量等生长性状上差异不显著(P>0.05),该位点和生长不相关,但是CC基因型和AC基因型在体重和肛前距上差异显著(P<0.05),该位点CC基因型的6个生长性状均值都高于AA基因型.由两个位点组成的5种双倍型在体质量上存在显著差异(P<0.05).双倍型D3和D5在体质量上存在差异显著(P<0.05).双倍型D3和D8在体质量、体宽、体长、体长/头长等生长性状上都存在显著差异(P<0.05).D3的各项指标均值最高,D8的各项指标均值最低.本研究结果显示,可以考虑将草鱼CPA1基因作为候选基因,用于草鱼的分子辅助育种.  相似文献   

6.
为了研究生长激素基因(GH)对清远麻鸡部分生长及繁殖性状的遗传效应,基于聚合酶链反应-连接酶检测反应(PCR-LDR)基因多态性并行检测系统,对清远麻鸡(Gallus gallus)生长激素(CH)基因内含子1的G662A位点和内含子4的T3094C,C3199T位点进行检测,并分析其对部分生长及繁殖性状的遗传效应.检测结果显示,清远麻鸡在3个位点上均产生了3种基因型,LDR分型结果同直接测序结果一致.G662A位点对生长及繁殖性状均不存在显着的效应;T3094C位点上,TT型个体的开产日龄显着晚于CC和CT型个体,其18周龄体重又显著高于CC和CT型个体;C3199T位点上,不同基因型个体仅在50周平均蛋重上存在显着差异,TT型个体的50周平均蛋重显着高于CC和CT型个体.3个位点的合并基因型对开产蛋重、50周平均蛋重以及生长性状均有显着的影响,且对生长性能的遗传效应更加明显,合并基因型AACTCC可以作为筛选清远麻鸡高的体重的分子标记.  相似文献   

7.
随着生物科技的进步,大量的植物表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)已经成为开发SSR标记的重要资源。EST-SSR作为一种新型分子标记,其多态性可能与基因功能直接相关,而且在相近植物间具有良好通用性,使得EST-SSR标记在实际应用中更具价值。采用计算机方法大规模发掘EST-SSR多态性位点极大地提高了SSR标记开发效率。尤其随着新一代测序技术的成熟以及测序成本的急剧下降,利用新一代测序技术产生大量的转录组数据进行EST-SSR多态性标记的计算机大规模发掘将对SSR标记的开发带来深远影响。本文简要介绍了植物EST-SSR分布特点,并对EST-SSR标记开发现状以及相关应用作了综合评述,此外,还对EST-SSR标记的计算机开发新策略进行了展望。  相似文献   

8.
载脂蛋白(apoprotein,Apo)是血浆脂蛋白的重要组分,参与调节酶活性、脂肪运输与吸收和能量储存。为了探讨Apo基因多态性与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状的相关性,本研究根据大口黑鲈EST库中ApoA1、ApoA4和Apo C1基因设计引物扩增这3个基因的DNA片段,采用直接测序法和序列比对在ApoA1基因上筛选到1个颠换单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(A+489C),在Apo C1上筛选到2个颠换SNP位点(A+24G和A+75C),在ApoA4上筛选到1个转换SNP位点(A+633T)。利用Sna Pshot分型技术对从同批次繁殖和同塘养殖的大口黑鲈群体中随机选取的159尾鱼中的4个SNPs位点进行基因型检测,统计分析显示,4个位点在所检测大口黑鲈群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,且ApoA4基因上的A+633T和Apo C1基因上的A+24G和A+75C位点在群体中的基因型和等位基因频率一致,3个位点完全连锁。运用软件Spss15.0中的一般线性模型对4个SNPs位点与大口黑鲈全长、体高和体质量进行关联分析,结果表明,ApoA1基因上的A+489C位点的3种不同基因型大口黑鲈在体质量和体高性状方面的差异显著(P0.05);ApoA4基因上的A+633T位点和Apo C1基因上的A+24G和A+75C位点与生长性状的关联分析结果一致,不同基因型个体在全长、体高和体质量性状上的差异显著(P0.05)。A+489C、A+633T、A+24G和A+75C均与大口黑鲈生长性状显著相关,可作为大口黑鲈分子标记辅助选育研究的重要候选标记,应用于后续的分子辅助育种实践中。  相似文献   

9.
应用RFLP技术对7个牛品种进行了对氧磷酶1(paraoxonase 1,PON1)基因的EcoRV和Alu Ⅰ酶切多态性检测;SAS 9.1的GLM过程中的Duncan's检验对不同基因型与部分性状之间进行了关联分析.结果表明,EcoR Ⅴ位点与体重、日增重、眼肌面积和嫩度之间存在显著相关,AG基因型个体与其它基因型相比在日增重和嫩度上存在显著差异(P<0.05),而AA基因型个体相对于其它基因型具有较大的眼肌面积(P<0.05);Alu Ⅰ位点则与体重、净肉重和嫩度之间具有显著的生物学意义(P<0.05),AA型个体相对来说均优于其它基因型个体(P<0.05).品种间的比较表明,除实验牛始重相对趋于一致外,国外肉牛专门化品种在其它方面均优于国内品种.研究结果提示两个位点可尝试作为牛肉多汁性(嫩度)的标记.  相似文献   

10.
骨桥蛋白(osteopontin,OPN)是一种分泌型糖基化磷蛋白,在介导骨组织细胞与骨基质的连接过程中发挥重要作用.为了加快奶山羊的遗传进展,为奶山羊生产性状的标记辅助选择提供理论依据,本研究利用DNA混合池技术和高分辨率熔解曲线分析技术,检测了崂山奶山羊(Capra hircus)泌乳母羊的OPN基因多态性,并采用最小二乘方法分析其与泌乳和生长性状之间的关联效应.在所有174只样本中共检测到2个SNPs,即位于第5内含子I355位点的C/T(以C/r表示)和第7外显子E341位点的C/T(以M/N表示),其多态信息含量(PIC)分别为0.2773和0.3267,其等位基因和基因型频率在育种场(F)和育种户(P)群体中的分布不均衡,I355位点的P群体偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),其他均处于平衡状态(P>0.05).在与泌乳性状的关联分析中,P群体除电导性状以外的所有性状表型值均极显著(P<0.01)高于F群体;I355位点上,CC基因型个体的脂肪含量显著(P<0.05)高于CT和TT基因型个体,灰分和冰点性状显著(P<0.05)高于CT基因型个体;E341位点上,等位基因N为非脂肪物、乳糖率、乳密度、乳蛋白率、冰点以及灰分6个性状的有利等位基因,所有性状差异均不显著(P>0.05).在与生长性状的关联分析中,F群体的体重和体长均极显著(P<0.01)高于P群体;P群体的尻宽和尻长极显著(P<0.01)高于F群体;I355位点上,TT基因型个体的体重极显著(P<0.01)大于CC基因型个体;E341位点上,等位基因M为体高和胸围的有利等位基因,MM和MN基因型个体的体重和尻宽极显著(P<0.01)高于NN基因型个体,MM基因型个体的体长极显著(P<0.01)高于NN基因型个体,MM基因型个体的体高、胸围显著(P<0.05)高于NN基因型个体.本研究发现OPN基因突变位点I355与乳中脂肪和碳水化合物的含量相关,突变位点E341与奶山羊的生长发育性状有显著的关联效应,可以作为奶山羊部分生产性状的分子遗传标记.  相似文献   

11.
Genetic variation present in wild and cultivated barley populations was investigated using two sources of microsatellite also known as simple sequence repeat (SSR) markers. EST-SSRs are derived from expressed sequences and genomic SSRs are isolated from genomic DNA. Genomic SSR markers detected a higher level of polymorphism than those derived from ESTs. Polymorphism information content was higher in genomic SSRs than EST-derived SSRs. This study showed that the EST-SSR markers developed in cultivated barley are polymorphic in wild and cultivated varieties and produced high quality markers. Ten of these functional markers were polymorphic across the accessions studied. EST markers indicated clearer separation between wild and cultivated barley than genomic SSRs. The EST-SSRs are a valuable source of new polymorphic markers and should be highly applicable to barley genetic resources, providing a direct estimate of functional biodiversity.  相似文献   

12.
采用磁珠富集法从AFLP片段中筛选微卫星标记,并对5个福建地方鸭品种的遗传多样性进行检测。基因组DNA用EcoRⅠ/MseⅠ内切酶酶切的同时与接头连接,酶切连接产物与用生物素标记的探针杂交,应用磁珠捕获100~2000bp含有微卫星序列的DNA片段并通过pGEM-T载体转化到大肠杆菌DH5a感受态细胞中,构建富集微卫星序列的基因组文库。随机挑选46个阳性克隆,测序获得14条含有微卫星的DNA序列并递交到GenBank(登录号:FJ599499~FJ599512)。设计合成14对微卫星引物,通过PCR优化从中选择5对引物用于5个福建地方鸭品种的遗传多样性分析。结果显示,5对微卫星引物共检测到31个等位基因,各微卫星基因座的有效等位基因数为1.969 7~2.834 4,多态信息含量和杂合度的平均值分别为0.5133和0.7480,遗传多样性丰富,说明磁珠富集法适合用于鸭微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的5个微卫星位点可作为有效的遗传标记用于福建省地方鸭品种遗传多样性的研究。  相似文献   

13.
不同种群草鱼遗传结构的TRAP分析   总被引:7,自引:0,他引:7  
应用TRAP(targetregionamplifiedpolymorphism)技术,对草鱼(Ctenopharyngodonidella)野生种群和两个人工养殖种群的遗传结构进行了比较。从15个引物组合中,筛选出7个扩增效果比较好的引物组合,在3个种群中共检测到103个扩增位点,其中野生种群、淡水中心种群和前洲种群的多态性位点分别为67、55和46,表明人工养殖草鱼种群的遗传多样性有所降低。与野生种群相比较发现,人工养殖种群仅33.98%位点的基因频率保持不变,表明人工养殖种群的遗传结构发生了改变。淡水中心种群、前洲种群与野生种群间的遗传距离分别为0.0421和0.0809。引物组合Ga5-800-E5扩增的结果发现,人工养殖种群中存在扩增位点明显减少的区域,这为寻找鉴定草鱼野生种群和养殖种群的遗传标记提供了依据。  相似文献   

14.
绵羊mtDNA D-环序列与微卫星DNA遗传多样性和系统发育分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
采用mtDNA D-环序列和微卫星DNA两种标记方法,对9个绵羊群体225只个体进行遗传多样性和系统发育分析。结果表明:两种方法在遗传多样性分析中得出的结论一致,即在研究的9个绵羊群体中青海藏羊的遗传多样性最丰富,而湖羊和岷县黑裘皮羊遗传多样性都较低。但在系统发育分析中,通过mtDNA D-环序列和微卫星DNA座位数据构建系统发育树,结果表现为很大的不同。由于微卫星DNA符合孟德尔遗传规律,能够反映群体间的亲缘关系,构建的系统发育树结构可靠。mtDNA是核外遗传物质,具有母系遗传的特点,在反映群体间的亲缘关系上不具优势。此外,青海细毛羊和甘肃高山细毛羊的育种实践表明它们的遗传来源相似,亲缘关系相近,这与微卫星DNA座位数据构建系统发育树反映的结果一致,因此,在群体的亲缘关系研究上,微卫星DNA数据分析的结果比mtDNA序列分析结果更可信。172个单倍型序列网络关系分析表明研究的9个绵羊群体可能有三个母系起源。  相似文献   

15.
为了探索中国大蒜种质个体的SSR位点的分布情况,为品种鉴定、保存及遗传改良提供分子生物学依据,利用6对SSR引物对40个大蒜(Allium sativumL.)品种进行聚类分析、主成分分析及遗传多样性评价。共检测到21个多态性位点,平均每对引物可扩增出约3.5条多态性片段,多态性百分率为56.76%;SSR引物组合平均有效等位基因数、Nei基因多样度和Shannon信息指数分别为1.5551、0.3414和0.5188。聚类分析显示,6对SSR引物可把40份大蒜种质资源从0.59相似系数水平上3个类群。第一类群包含28份种质,在相似系数为0.73的水平上进一步又被分成了3个亚类;第二亚类仅包含2份种质;第三亚类包含10份种质,在0.68的相似系数水平上分成了2个亚类。主成分分析和UPGMA的结果基本一致。不同地理来源的大蒜种质的Shannon-Weaver多样性指数的变幅为0.0576~0.4179,说明大蒜种质遗传多样性丰富。本研究利用SSR分子标记技术较准确地解析大蒜不同材料间的亲缘关系及遗传多样性,为中国大蒜SSR分子标记提供基础资料。  相似文献   

16.
A collection of 85 local Spanish peach cultivars has been studied with SSR markers. To carry out this work 42 SSRs previously developed in peach were screened to select the microsatellite loci that presented high polymorphism and that were easier to score in high resolution agarose gels. Ten SSRs were selected to identify the peach cultivars and to estimate the genetic similarity among them. The selected microsatellites resulted in the amplification of 35 fragments in the 85 genotypes studied, differentiating 46 genotypic profiles, from which 31 correspond to unique cultivars. The rest of the profiles correspond to groups of two to five cultivars and one group of 17 undistinguishable cultivars. The genetic similarity estimated from the molecular data clearly separated the flat and most of the white-fleshed peaches from the rest of genotypes that are mostly yellow non-melting local peaches. The results obtained in this work will help to improve the conservation and management of local Spanish peach germplasm allowing the establishment of core collections that represent most of the diversity conserved.  相似文献   

17.
利用微卫星标记分析6个山羊品种遗传多样性   总被引:17,自引:0,他引:17  
利用微卫星标记技术,分析了山西黎城大青羊、吕梁黑山羊、阳城白山羊、新疆南疆山羊、新疆北疆山羊以及宁夏中卫山羊6个地方山羊品种的分子水平上的遗传多样性,结果表明:19个微卫星位点均为中度和高度多态位点,平均多态信息含量(PIC)达0.6859"0.7083;6个品种平均位点杂合度在0.3832"0.4277之间。遗传分化系数表明:BM203、BM023、BMS6526和BM8754个位点的遗传分化系数(GST)估算值较大,分别为0.0475、0.0491、0.0107和0.0262,BM3033值最小,为0,表明前4个位点在不同品种间的基因分化占总群杂合度的4.75#、4.91#、1.07#和2.6#;其它位点遗传分化系数(GST)值不高,遗传变异主要存在于各个品种内,品种间遗传变异不大。以Nei氏标准遗传距离的UPGMA和N-J聚类结果表明,吕梁黑山羊与阳城白山羊具有较近的亲缘关系,黎城大青羊与新疆南疆山羊具有较近的亲缘关系;以共祖距离的UPGMA和N-J聚类结果,阳城白山羊与新疆南疆山羊亲缘关系较近,山西地方山羊与新疆山羊有可能存在一定的基因交流。  相似文献   

18.
A common bean genomic library was constructed using the ‘IAC-UNA’ variety enriched for (CT) and (GT) for microsatellite motifs. From 1,209 sequenced clones, 714 showed microsatellites distributed over 471 simple and 243 compound motifs. GA/CT and GT/CA were the most frequent motifs found among these sequences. A total of 123 microsatellites has been characterized. Out of these, 87 were polymorphic (73.7%), 33 monomorphic (26.8%), and 3 (2.4%) did not amplify at all. In a sample of 20 common bean materials selected from the Agronomic Institute Germplasm Bank, the number of alleles per locus varied 2–9, with an average of 2.82. The polymorphic information content (PIC) of each marker varied from 0.05 to 0.83, with a 0.45 average value. Cluster and principal coordinate analysis of the microsatellite data were consistent with the original assignment of the germplasm accessions into the Andean and Mesoamerican gene pools of common bean. Low polymorphism levels detected could be associated with the domestication process. These microsatellites could be a valuable resource for the bean community because of their use as new markers for genetic studies. Electronic supplementary material The online version of this article (doi: ) contains supplementary material, which is available to authorized users. An erratum to this article can be found at  相似文献   

19.
本研究利用20对微卫星引物对鳜(Sinipelrca chuatsi)原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1~7之间,平均有效等位基因数为2.7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1-6之间,平均有效等位基因数为2.1284。原种群体的平均观察杂合度0.5708,Nei氏期望杂合度0.5295,平均多态信息含量PIC0.5353;养殖群体的平均观察杂合度0.3839,Nei氏期望杂合度0.4011,平均多态信息含量PIC0.5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。  相似文献   

20.
用鲤鱼EST-SSRs分子标记分析长江黑龙江鲤种群结构   总被引:4,自引:0,他引:4  
从鲤鱼ESTs的数据库(10691个)中进行微卫星序列筛选,共发现微卫星序列127个,占整个ESTs数据库的1.19%,另外从本研究室构建的鲤鱼脑组织cDNA文库中筛选到微卫星序列20个。根据筛选得到的微卫星序列设计引物68对,合成引物40对,其中27对引物能够获得预期的目的片段,20对引物在所检测的群体内及群体间表现出多态性。用此20个多态性标记分析了长江鲤和黑龙江鲤的群体遗传结构,结果表明:长江鲤和黑龙江鲤在多数位点表现出较高的遗传多样性,20个位点的平均有效等位基因数分别为3.9135、3.4820;平均观察杂合度为0.6067、0.5667;平均期望杂合度为0.6737、0.6194;平均多态信息含量为0.6308、0.5714。长江鲤的遗传结构好于黑龙江鲤,两个群体的Hardy-Weinberg偏离指数较小,群体基本保持平衡,群体结构较合理;其中HLJE1、HLJE10位点在长江鲤和黑龙江鲤的扩增结果相差较大,长江鲤的多态性明显高于黑龙江鲤,位点多态信息含量相差一倍以上,可用于群体的鉴别。  相似文献   

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