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凡纳滨对虾3个亲本及其子代群体的SSR分析（摘要）（英文） 总被引：1，自引：0，他引：1
利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OI Q、SIS Q、Kona Bay Q）及其子一代（OI Z、SIS Z、Kona BayZ）共计120个个体进行遗传分析。计算6个群体在8个微卫星位点上的平均等位基因数（Na）、平均有效等位基因数（Ne）、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均Hardy-Weinberg平衡指数（D）,以上各参数均采用群体遗传学分析软件POP-GENE3.2处理,同时根据Nei的方法计算群体间的遗传距离和遗传相似系数。运用MEGA3.0软件,采取UPGMA方法根据6个群体的遗传距离进行聚类。结果表明：8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2 ～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.479 4 ～0.769 9,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。 相似文献
2.
利用6对微卫星DNA标记对福建省4个中华蜜蜂群体进行遗传多样性分析,评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化.结果表明:共检测到50个等位基因,每个位点的等位基因数从2到19不等,所分析位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6088和0.5629.4个中华蜜蜂群体6个微卫星位点平均有效等位基因数为8.333,平均基因杂合度分别为0.5608、0.4798、0.5738和0.6010,群体分化率为11.3%,4个群体间的基因流动值较大.4个中华蜜蜂群体均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性. 相似文献
3.
利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OIQ、SISQ、Kona Bay Q）及其子一代（OIZ、SISZ、Kona Bay Z）共计120个个体进行遗传分析。结果表明,8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.4794～0.7699,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。 相似文献
4.
利用29个微卫星DNA标记对两个安徽地方鸡品种进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化.在29个微卫星位点共检测到210个等位基因,每个位点的等位基因数从2到21不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6214和0.59.淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡29个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.55和6.38,平均基因杂合度为0.6194和0.6442,群体分化系数为4.8%,两个鸡品种间的Reynolds遗传距离和Nm分别为0.0513和4.7500.两个安徽地方鸡品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性. 相似文献
5.
滩羊八个微卫星位点的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
选取了8个微卫星位点对甘肃滩羊群体遗传多样性进行检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量.结果表明:位点OarFCB128的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最高(Ne=10.26,H=0.902,PIC=0.885);位点MCM38的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最低(Ne=6.18,H=0.838,PIC=0.809);8个微卫星位点在滩羊群体中多态性丰富.表明滩羊群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于滩羊遗传多样性评估. 相似文献
6.
贵州省烟青虫遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】探讨贵州省烟青虫（Helicoverpa assulta）不同地理种群间是否存在遗传分化及分化程度,揭示遗传分化产生的规律及机理,为指导虫情监测及制定合理的综合防治方案提供科学依据。【方法】以贵州省30个烟青虫地理种群为试验材料,从43对近缘种SSR引物中筛选出6对引物用于PCR扩增,PCR产物用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,常规银染法染色。用PopGene Version1.32对各种群进行遗传多样性分析。根据Nei’s遗传距离,利用MEGA5.0软件进行UPGMA聚类分析。采用Mantel检测法比较遗传一致度与海拔差距、遗传距离与地理距离的相关性。【结果】30个烟青虫地理种群在6个微卫星位点中观测等位基因数为3-8,平均为5,有效等位基因数为1.4498-2.2219,平均为1.8594。Shannon信息指数为0.5310-1.0609,平均为0.8423。观测杂合度为0.0260-0.2672,平均为0.1239;期望杂合度为0.3123-0.5520,平均为0.4539;期望杂合度均高于观测杂合度,说明各种群以纯合子为主。烟青虫地理种群在6个微卫星位点上,FIS为0.0798-0.7906,平均为0.2801,FIT为0.4842-0.9731,平均为0.7809,FIS、FIT均为正数,说明贵州省各烟区烟青虫种群存在近交现象。FST为0.3879-0.9256,基因流Nm﹤1,说明在这6个位点上各种群间极度分化,基因交流水平低。遗传距离（D）为0.0068-2.5193,遗传一致度（I）为0.1051-0.9933,松桃与印江种群之间的遗传距离最小,遗传一致度最大,道真种群与赫章种群之间的遗传距离最大,遗传一致度最小。UPGMA聚类分析表明,贵州省30个烟青虫地理种群大致分为3部分,聚类结果在自然地理分布方面没有呈现出明显的规律性,仅部分种群体现了地理距离和遗传分化的关系。Mantel检测表明,遗传距离与地理距离无显著相关性,遗传一致度与海拔差距无显著相关性。【结论】贵州省烟青虫种群具有较丰富的遗传多样性。各种群间极度分化,遗传变异主要来自种群间。地理隔离没有对种群遗传分化造成显著影响。 相似文献
7.
选取16个微卫星位点对5个蓝狐群体进行遗传多态性研究,利用PopGen32和MEGA4对5个群体的等位基因数、有效等位基因数、等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数进行了分析。结果表明:5个群体137个个体共计检出162个等位基因,每个位点等位基因数为4～13。位点多态信息含量为0.17～0.84,5个群体中3个群体为高度多态性,其余2个群体为中度多态。位点的观测杂合度为0.18～0.89,位点的期望杂合度为0.18～0.86,茂兴湖群体的杂合程度均高于其他4个种群。选取的16个微卫星位点均表现出较高的多态性,在蓝狐多样性分析中具有一定的有效性,可用于蓝狐遗传多样性的分析。 相似文献
8.
4个暗纹东方鲀群体的遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用10对暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)和16对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)微卫星引物对4个暗纹东方鲀群体(1个长江常熟江段捕捞群体,1个江苏扬中放流群体和2个养殖群体)的遗传多样性进行分析。结果显示,20个微卫星位点能成功扩增出片段并且具有一定的多态性,在4个群体中共检测到113个等位基因。每个群体的平均等位基因数为4.95～5.50,平均观测杂合度为0.686 7～0.761 7,平均期望杂合度为0.653 0～0.700 0,平均多态信息含量为0.601 3～0.638 4。各个群体都有一些微卫星位点偏离Hardy-Wein-berg平衡(P<0.05),主要表现为杂合子不足。群体间遗传分化系数为0.040 6,基因流值为5.905 6,群体间遗传分化程度较小,群体间基因流水平较高。4个群体间的遗传相似系数为0.859 0～0.915 8,遗传距离为0.088 0～0.151 9,采用UPGMA法对4个群体进行聚类,可分2类:上海养殖群体单独为一类,扬中放流群体、常熟江段捕捞群体和南通养殖群体为另一类。 相似文献
9.
为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物.通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物.结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点.通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71～0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79～0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等住基因数介于3.40～6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析.因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别.发现这39个粪便样品来自35个不同的个体. 相似文献
10.
[目的]分析江苏省意大利蜂与中华蜜蜂品种间、品种内的遗传变异。[方法]利用6对微卫星DNA标记从DNA水平上对意大利蜂与中华蜜蜂进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。[结果]共检测到42个等位基因,每个位点的等位基因数从2到11不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.505 0和0.473 1。意大利蜂和中华蜜蜂6个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.17和3.83,平均基因杂合度为0.500 7和0.333 2,群体分化系数为29.5%,两个品种间的Reynolds'遗传距离和Nm分别为0.330 5和0.638 4。[结论]两个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。 相似文献
11.
许氏平鲉微卫星标记的开发及评价 总被引：2，自引：0，他引：2
采用磁珠富集法筛选具多态性的许氏平鲉微卫星标记,并用一个野生群体对其多态性进行了评价。三引物PCR法筛选出58个阳性克隆进行了测序,共得到47个含微卫星核心的DNA序列,筛选出15对具有多态性的微卫星引物。所有位点上共得到66个等位基因片段,每个位点的观测等位基因数(A)为2~14个,平均等位基因数为4.4,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)范围分别为0.062 5~0.968 8、0.061 5~0.929 1。每个位点的多态信息含量(PIC)显示,有6个位点表现出高度或中度多态。经Bonferroni校正后,HJ2-32、HJ4-27、HJ4-45和HJ4-47四个位点的等位基因频率显著偏离了Hardy-Weinberg平衡。连锁不平衡检测表明,各位点间无连锁不平衡现象。 相似文献
12.
[目的]研究合浦珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选。[方法]采用生物素标记的5个探针,用磁珠富集法构建合浦珠母贝基因组微卫星富集文库,并对文库进行筛选、测序与引物多态性筛选。[结果]对500个克隆进行PCR筛选,测序分析发现130个克隆含有微卫星重复单元。序列比对后最终获得109个具有特异微卫星序列的阳性克隆,其中包含179个微卫星DNA结构域。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了13对能够在合浦珠母贝基因组有效扩增的微卫星引物,其中8对在种群中（n=32）具有扩增多态性,其多态信息含量PIC值在0．239～0．787;等位基因数在2～9个;观测杂合度介于0．22～0．56;期望杂合度的变化范围为0．25～0．83。[结论]这研究为进一步开展合浦珠母贝的遗传分析提供了基础资料。 相似文献
13.
应用两类遗传标记方法分析湖羊和同羊的遗传多样性 总被引：1，自引：1，他引：1
随机抽取湖羊 6 3只、同羊 6 5只分别进行 14个结构基因座和 7个微卫星标记的遗传检测 ,比较由两种遗传标记获得的群体基因平均杂合度 (H)、多态信息含量 (PIC)及群体有效等位基因数 (Ne)。结果表明 :由微卫星等位基因频率获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数显著大于由结构基因座获得的 ,且在两群体中变化趋势一致。提示 :结构基因座和微卫星标记是绵羊群体遗传多样性研究的可靠遗传标记 ,而微卫星标记揭示更为丰富的遗传变异 ;两绵羊群体在结构基因座和微卫星DNA两个层次上具相当的遗传多样性 ;微卫星标记可有效用于近缘群体间的遗传分析。 相似文献
14.
利用9个微卫星标记,采用PCR扩增,体积分数8％聚丙烯酰胺凝胶电泳,对96只优质细毛羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测。结果表明:除G54279外,8个微卫星化点均具有高度多态性;群体的平均多态信息含量(PIC)为0.768 8,遗传杂合度(h)为0.774 2,有效等位基因数(Ne)为4.7.均高于国内外部分研究结果。证明微卫星可以作为有效的遗传标记用于优质细毛羊的遗传多样性分析。 相似文献
15.
利用7个微卫星标记结合高分辨率全自动核酸分析系统,对四川和上海两个不同地区生产的SD大鼠封闭群进行遗传检测,计算并分析其群体遗传学参数。结果在两个SD大鼠群体中共发现等位基因40个,每位点等位基因数4~8个,平均5.714 3个;平均期望杂合度为0.706 8;平均多态信息含量为0.663 4。两个群体分别检测到38和36个等位基因;平均期望杂合度分别为0.706 9和0.697 9;平均多态信息含量分别为0.655 1和0.646 1;两个群体分别有4个位点和5个位点符合Hardy-Weinberg平衡。两群体间Nei(1972)遗传同一性和遗传距离分别为0.268 2和0.764 8,Nei(1978)无偏遗传同一性和遗传距离分别为0.238 1和0.788 2,不同微卫星位点的平均Fst值为0.090 5,表明两个种群的遗传分化程度为中等分化。试验结果表明,两个种群都符合封闭群动物的群体遗传特征,是比较理想的封闭群。 相似文献
16.
藏鸡群体遗传关系和遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
通过19对微卫星引物对西藏不同地区的藏鸡群体(拉萨、林芝、山南和日喀则)进行遗传多样性分析,统计了藏鸡群体多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)、F-统计量和群体内遗传距离,并采用UPGMA法构建群体的聚类图,比较藏鸡不同地方鸡群体间的遗传变异。试验结果表明:藏鸡群体多态等位基因数为2～8个,平均有效等位基因数为3.9个,藏鸡群体PIC值分布在0.223 2～0.823 1之间,H值在0.256 8～0.846 0之间,PIC和H平均值分别为0.615 1和0.694 3。在所检测的4个地方群体中,各群体均有较高的遗传多态性和遗传杂合度。哈代-温伯平衡检测结果表明:藏鸡群体大部分微卫星标记均处在不平衡状态。UPGMA法聚类分析显示,拉萨群体和日喀则群体之间的遗传距离较近,林芝群体则与山南群体之间的遗传距离较近,这说明不同地区间藏鸡群体有一定程度的遗传分化。 相似文献
17.
运用DNA随机扩增多态检测(RAPD)技术和4种OPV引物,对采自福建平潭和罗源的3份养殖大黄鱼样品进行遗传多样性分析。在检出的39个位点中,14个位点显性频率为1,可作为筛选大黄鱼物种标记的参考位点。样品多态位点检出率平均48.2%。样品平均杂合度(H)分别为0.251 5、0.275 5和0.257 5。2004年采自平潭和罗源的两份样品在部分已知位点存在明显的基因型频率差异,显示网箱群体之间可以出现某种程度的遗传分化。 相似文献
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日本沼虾4个地理群体遗传变异的RAPD分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自六安、龙感湖、淮南和高淳等4个地理群体的日本沼虾(Macrobrachium nipponense)各30个个体进行遗传多样性分析。在事先优化的反应条件下,所使用的OPP、OPX2个系列40个随机引物中,有16个引物扩增出清晰稳定的片断,共产生173个位点,大小在250~2 000 bp,利用PopGen 1.32进行分析,日本沼虾多态位点为75个(多态性片断的比例为43.4%),Shan-non信息指数为0.177 1~0.246 6。遗传距离显示日本沼虾群体间有一定遗传分化,其中高淳群体和龙感湖群体之间遗传距离最大(0.171 2),六安群体和淮南群体之间最小(0.114 6)。用UPGMA对4个地理群体进行聚类分析,六安和淮南群体首先聚在一起,高淳和龙感湖群体最后。 相似文献
19.
核桃BES-SSR的开发及在遗传多样性分析中的应用 总被引：3，自引：2，他引：1
从NCBI 数据库全部已知核桃MboI 基因组BAC 文库克隆中下载22 740 条末端序列(BAC end sequences,
BES)。应用MISA 软件搜索获得SSR 位点4 732 个,平均每2.8 kb 出现1 个SSR。在含有单个SSR 的BES 中,1 ~3
个核苷酸重复的类型占SSR 总数的96.86%,A/ T、AT/ AT、ATT/ AAT 分别为最丰富的单核苷酸、2 核苷酸和3 核苷
酸重复。选择不同类型和重复次数的SSR 设计合成50 对引物,从中筛选出多态性引物33 对,其中19 对引物扩增
出1 或2 个等位基因,无非特异扩增产物。应用这19 对引物对20 份核桃属不同种的基因型进行SSR 分析,结果表
明,每对引物检测到2 ~9 个多态性位点,平均多态性位点5.4 个;其中17 个位点的多态信息含量高于0.5,总平均
值为0.662,多态性较高。聚类分析显示,不同基因型按照种属分类及地理起源分组。因此,BES-SSR 是一类多态
性高,可用于核桃属植物遗传分析的新SSR 引物。 相似文献
20.
为研究西藏藏马种群的微卫星多态性,应用生物素标记的微卫星探针与藏马基因组酶切片段杂交,通过链霉亲和素包被的磁珠捕获150～1 000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pEASY-T1载体中,构建藏马基因组微卫星富集文库。结果表明:从2 380个转化子中随机挑取112个阳性克隆进行测序后,经筛选比对发现,从62个微卫星中筛选出39个在马属基因组卫星库中未被检测到的微卫星;成功设计了10对藏马微卫星引物,经聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测到3个具有多态性的微卫星标记,其中有2个多态性信息含量(PIC)值均大于0.5。因此,这3个微卫星标记可应用于藏马遗传多态性检测、种群遗传结构等方面研究,为藏马遗传连锁图谱的构建、辅助育种、群体遗传学分析、基因组结构分析以及分子进化研究等提供依据。 相似文献