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采用(CA)_(12)(AG)_(12)及(TA)_(16)生物素标记探针及磁珠富集法构建了斑节对虾Penaeus monodon基因组微卫星富集文库。随机挑选254个克隆进行PCR筛选,得到51个候选克隆(20．1%)。其中,32个克隆来源于CA-文库,另19个克隆来源于AG-文库。测序发现48个克隆含有微卫星重复单元,通过序列比对,最终获得40个具有特异微卫星序列的阳性克隆。微卫星(GA/CT)_N及(CA/GT)_n 2碱基重复序列分别占所有分离的微卫星数目的20．7%及60．4%。此外,还检测到其它多种微卫星重复类型,如(AT)_n、(GC)_n、(TGG)_n、(AAG)_n、(AAT)_n、(GAA)_n、(GTGC)_n、(GCGT)_n、(GGTTA)_n、(GTGCGT)_n,占检测到的微卫星数目的18．9%。获得的微卫星序列中属于完全型序列的有76条(68．5%),不完全型序列的有22条(19．8%),另有13条属于复合型序列(11．7%)。微卫星(GT/CA)_n 2碱基重复次数(3～52次)要远大于(GA/CT)_n 2碱基次数(3～27次)。获得的微卫星序列长度大小范围为129～601 bp,平均为286 bp。研究为进一步开展斑节对虾分子育种及资源评价分析提供了基础资料。 相似文献
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从斑节对虾(Penaeus monodon)卵巢组织cDNA文库中筛选并获得了斑节对虾MKK4基因的cDNA片段,然后采用荧光定量的方法研究了MKK4基因在雌雄个体不同组织、卵巢不同发育阶段及未成熟和成熟精巢的差异表达情况。结果表明,MKK4的mRNA在各组织中都有表达,其中在未成熟精巢中表达量最高,其次分别为雌、雄个体的肠。在精巢不同发育阶段,其在未成熟精巢的表达量极显著高于成熟精巢。对卵巢不同发育期的研究表明,从Ⅱ期开始,随着卵巢的发育,MKK4mRNA的表达量逐渐增加,到第Ⅵ期时表达量达到最高。而在Ⅰ期的表达量虽高于Ⅱ期和Ⅲ期、低于Ⅳ期,但其与其他3期均无显著差异。 相似文献
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广东1个鲮原种群体的种质特征及遗传多样性分析 总被引：1，自引：3，他引：1
收集西江流域肇庆段的野生鲮鱼苗进行跟踪观察,记录其生长情况,测量形态参数,结果表明,该批鲮原种存在体色及生长性能等方面的分化一种体色淡黄,命名为子群体h,一种体色青,命名为子群体q;子群体h的生长性能优于子群体q。从2个子群体中各取24个个体进行RAPD分析。20条随机引物扩增共获得了179条清晰稳定的条带,其中多态性条带为82条。用popgen软件进行RAPD数据处理,结果是总群体的平均杂和度为0.1281,遗传距离为0.1232;子群体h的平均杂和度为0.1248,遗传距离为0.1151;子群体q的平均杂和度为0.1164,遗传距离为0.1010;2个子群体间的遗传距离值为0.1383。这个结果表明,该原种群体遗传多样性较高。 相似文献
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黄鳍鲷基因组微卫星的分离 总被引：3，自引：0，他引：3
采用磁珠富集法构建黄鳍鲷(Acanthopagrus latus Houttuyn)基因组微卫星富集文库。共挑选60个克隆进行测序,分析发现58个克隆分别含(GA)n或(CA)n两碱基重复单元。进一步通过序列比对,最终获得41个具有特异微卫星序列的阳性克隆。其中,23个克隆含有(GA)n或(CT)n两碱基重复序列,17个克隆含有(GT)n或(CA)n重复序列,另1个含有以上两种重复类型。获得的微卫星序列中,单一型及间断型序列各有20条,另有1条属于复合型序列。序列长度为117~512 bp,平均259 bp。微卫星核心序列两碱基重复5到38次,绝大多数序列重复次数大于10。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了3对能够在黄鳍鲷基因组有效扩增的微卫星引物。本研究旨为进一步开展黄鳍鲷分子育种及资源评价分析提供基础资料。 相似文献
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利用4种鲤科鱼类的14对微卫星引物对西江流域一批野生鲮进行PCR扩增。将各扩增条带进行克隆测序,发现引物MFW1、MFW2、MFW15、MFW17、Cc7、Cc11、Bgon22扩增出的产物含有微卫星重复序列。进一步对鲮的微卫星位点MFW1、MFW2、Cc7重新设计引物,并将其分别命名为Cm1、Cm2、Cm3,新引物对鲮的扩增特异性增强。采用引物Cm1、Cm2、Cm3、Cc11、MFW15、MFW17、Bgon22对西江流域一批野生鲮进行引物适用性检验。结果表明,除引物MFW15、Cc11无多态性外,其余5对引物(Cm1、Cm2、Cm3、MFW17、Bgon22)在取样群体中扩增图谱带型丰富,随引物不同,各标记在群体中检测到的等位基因数为2到16个。各微卫星座位的期望杂合度(He)及观察杂合度(Ho)范围分别为0~0.9038和0~1,平均分别为0.6881(0.1819SD)和0.7772(0.1931SD)。座位连锁分析显示Cm1与Bgon22之间存在显著性水平连锁关系(P<0.05),其余各座位之间未检测到明显的连锁关系(P>0.05)。研究群体的遗传多样性指数平均为0.6823,多态性水平相对较高。以上结果表明,筛选获得的7个微卫星座位适于对鲮进行遗传多样性分析。 相似文献
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3种野鲮亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析及种质鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
鲮、麦瑞加拉鲮和露丝塔野鲮隶属鲤形目（Cypriniformes）鲤科（Cyprinidae）中的野鲮亚科（Labeoninae）.这三种鱼类种苗外形相似,仅凭形态上的差别难以区分,而在实际生产、种苗引进及苗种放流时需要进行严格的鉴定.本研究利用PCR-RFLP技术对鲮、麦瑞加拉鲮和露丝塔野鲮进行种苗鉴定的分析,并利用三种鱼类cyt b基因序列的差异进行亲缘关系分析. 相似文献
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斑节对虾家系氨氮耐受性的比较 总被引：4，自引：0，他引：4
以非洲（F）、泰国（T）、印尼（Y）3个地理群体的野生斑节对虾（Penaeus1Ttonodon）为亲本构建家系,通过96h氨氮急性毒性试验对其中45个家系进行氨氮耐受性的比较研究。结果表明,在96h高氨氮的胁迫下各家系的死亡率为15．56％～100％,斑节对虾家系间对氨氮的耐受性差异极显著（P〈0．01）。其中死亡率低于30％的高氨氮耐受性家系有7个,死亡率在30％～60％的中等氨氮耐受性家系有29个,死亡率高于60％的低氨氮耐受性家系9个。不同父本和母本来源的家系氨氮耐受性由高到低分别为来源非洲、印尼和泰国。不同交配组合氨氮耐受性由高到低分别为F♀×F♂、Y♀×Y♂、Y♀×T♂、T♀×Y♂和T♀×T♂。对印尼和泰国杂交组合家系的氨氮耐受性进行杂交优势分析,结果表明,杂交组合在氨氮耐受性表现出一定的杂交优势（1．98％～19．80％）,其中Y♀×T♂组合的杂交优势高于T♀×Y♂组合。 相似文献
9.
[目的]研究合浦珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选。[方法]采用生物素标记的5个探针,用磁珠富集法构建合浦珠母贝基因组微卫星富集文库,并对文库进行筛选、测序与引物多态性筛选。[结果]对500个克隆进行PCR筛选,测序分析发现130个克隆含有微卫星重复单元。序列比对后最终获得109个具有特异微卫星序列的阳性克隆,其中包含179个微卫星DNA结构域。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了13对能够在合浦珠母贝基因组有效扩增的微卫星引物,其中8对在种群中（n=32）具有扩增多态性,其多态信息含量PIC值在0．239～0．787;等位基因数在2～9个;观测杂合度介于0．22～0．56;期望杂合度的变化范围为0．25～0．83。[结论]这研究为进一步开展合浦珠母贝的遗传分析提供了基础资料。 相似文献
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斑节对虾细胞周期蛋白E基因的克隆与表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解细胞周期蛋白E(cyclin E)基因在斑节对虾(Penaeus monodon)发育过程中的作用, 构建和测序了斑节对虾全组织cDNA文库, 获得了斑节对虾细胞周期蛋白(Pmcyclin) E的部分表达序列。通过RACE技术克隆得到1条全长1 706 bp的cDNA序列。Pmcyclin E开放阅读框(ORF)为1 263 bp, 编码420个氨基酸。生物信息学分析表明, 该氨基酸序列含有周期蛋白家族特有的CYCLIN保守区并含有N-糖基化位点及磷酸化位点。经BLAST同源性分析表明, 该基因编码蛋白与红火蚁(Solenopsis invicta)、切叶蜂(Megachile rotundata)等多种节肢动物细胞周期蛋白E有很高的同源性。组织分布分析表明, 该基因在斑节对虾精巢、卵巢、肠、脑、肝胰腺、胃和心脏组织中均有表达, 其中卵巢中表达量较高, 而心脏、胃及肝胰腺中表达量相对较低。分别对蜕皮抑制激素(MIH)注射和眼柄切除的对虾进行表达分析, 发现眼柄切除后, Pmcyclin E大量表达, 而注射MIH后细胞Pmcyclin E的表达量相对降低。结果表明, 细胞cyclin E基因在斑节对虾卵巢发育过程中起重要作用, 且眼柄切除对细胞cyclin E的表达具有影响, 该结果为进一步探究斑节对虾卵巢的发育机理提供了理论依据。