猪巨细胞病毒的PCR检测及其gB基因特征分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

李晶  余兴龙  李润成  罗维  向卫军  李薇  王亚  葛猛 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2009,35(5)

根据GenBank登录的猪巨细胞病毒(PCMV)gB基因序列设计检测引物和全长gB基因引物,对来自湖南浏阳和江西景德镇不同养殖场的猪鼻拭子样品(51份)进行PCR检测,60.78%(31/51)的鼻拭子样品扩增出了260 bp的特异性条带.再以阳性样品为模板扩增全长gB基因,并将其克隆到pMD18-T载体,核苷酸序列测定和结果分析表明,所获得PCMVgB基因序列全长2 580 bp,编码860个氨基酸,与国外PCMV分离株的核苷酸同源性为97.6% ～ 98.9%,氨基酸同源性为97.0%～98.6%,且 PCMV可分为2个群:一群为中国湖南株、英国株和德国株,命名为A群;另一群为日本株、瑞士株和西班牙株,命名为B群.抗原表位优势、亲水性、表面可及性预测分析表明,PCMVgB蛋白是理想的免疫学抗原候选蛋白.  相似文献   

传染性喉气管炎病毒河南株gB基因的克隆与序列分析          下载免费PDF全文

陈红英  崔保安  李新生  赵丽  郑兰兰  管倩 《华南农业大学学报》2007,28(2):99-102

根据传染性喉气管炎病毒(ILTV)gB基因的核苷酸序列,设计、合成1对引物,应用PCR扩增鸡ILTV河南株(ILTV-CG)gB基因.将扩增片段克隆入pGEM-T Easy载体后,经蓝白斑筛选,菌液PCR和酶切鉴定为阳性的重组菌进行测序.结果表明克隆到ILTV-CG株gB基因,全长为2 629 bp,包含一个完整的开放阅读框,共编码873个氨基酸的多肽,推导氨基酸序列有8个潜在的N-糖基化位点,有12个与二硫键形成有关的半胱氨酸.序列分析表明,ILTV-CG株gB基因与GenBank中读取的澳大利亚SA2疫苗株、辽宁疫苗株、烟台株、美国632强毒株、英国Throne强毒株gB基因核苷酸序列同源性为99%以上,与ILTV-SA2株gB基因比较发现,ILTV-CG株gB基因核苷酸序列在第89位均缺失1个碱基G,而在第102位又插入1个碱基A,从而引起该毒株gB基因推导的氨基酸序列中第28～32位5个氨基酸的移码突变.  相似文献   

伪狂犬病毒Fa株gB、gC、gD基因的克隆与序列分析     

陈振海  林天龙  陈少莺  宋铁英 《福建农业学报》2007,22(2):120-125

对猪伪狂犬病病毒闽A株(Fa株)gB、gC、gD基因进行了克隆和序列测定,结果表明:gB、gC、gD基因序列全长分别为2 745 bp、1464 bp、1 215 bp,编码914、487、404个氨基酸残基组成的多肽。序列分析结果显示:Fa株与其他毒株gB、gC、gD基因核苷酸序列的同源性为94.9%~99.9%,氨基酸序列的同源性为91.4%~99.9%。不同PRV毒株gB、gC、gD基因在核苷酸和氨基酸水平上高度保守。基于gB、gC、gD基因的进化树分析表明,中国分离毒株与韩国分离毒株可归为一个进化分支,而日本分离株与欧美分离株归为另一个分支。在前一个分支里,闽A株与鄂A株的亲缘关系特别近,3个基因的同源率均在99.5%以上。在gB蛋白氨基酸序列全长上中国分离株(Ea株、Fa株)比欧美分离株多了1个氨基酸,氨基酸残基的突变主要集中在第50~100氨基酸。在gC基因序列第186~211 bp,Ea株、Fa株比欧美分离株多插入了21个碱基。在gD蛋白氨基酸序列全长上,Ea株、Fa株比其他分离株多了2~6个氨基酸。在gD基因序列第803~837 bp,Fa株核苷酸AGGCCC串联重复最多,达到7个。  相似文献   

传染性喉气管炎病毒河南株gB基因的克隆、序列分析及其真核表达载体的构建     

廖仲磊  陈红英  李新生 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2008,36(10):29-33

【目的】构建传染性喉气管炎病毒(ILTV)的真核表达载体。【方法】从传染性喉气管炎病毒河南株(ILTV-XY)感染的鸡胚绒毛尿囊膜中提取病毒DNA,进行PCR扩增,PCR产物进行T-A克隆与测序,获得了鸡IL-TV-XYgB全基因序列;对ILTV-XY株gB基因与GenBank中读取的5株ILTVgB基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行了比较分析;并将该基因片段克隆到真核表达载体pcDNA3.1中,对构建的重组质粒pcDNA3.1/gB进行酶切、测序鉴定。【结果】序列测定表明,gB全基因核苷酸长度为2 629 bp,编码873个氨基酸,推导氨基酸序列有8个潜在的N-糖基化位点,有12个与二硫键形成有关的半胱氨酸。与GenBank中读取的澳大利亚SA2疫苗株、辽宁疫苗株、烟台株、美国632强毒株、英国Throne强毒株gB基因进行比较,核苷酸序列同源性为99%以上,与ILTV-SA2株gB基因比较发现,ILTV-XY株gB基因核苷酸序列在第89位均缺失1个碱基G,而在第102位又都插入1个碱基A,从而引起该毒株gB基因推导的氨基酸序列中第28~32位5个氨基酸的移码突变。构建的重组质粒pcD-NA3.1/gB经酶切、测序鉴定,证实含有目的片段,且连接、构建正确。【结论】成功构建了ILTV的真核表达质粒pcDNA3.1/gB,为ILTV核酸疫苗的研究奠定了基础。  相似文献   

不同禽类传染性法氏囊病毒VP₂基因的克隆与序列比较分析     

吴志明  张春杰  李银聚 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2006,34(4):9-13

应用RT-PCR法对分离于不同禽类的IBDV HN 01株(鸡源)、W J株(乌鸡源)和YL 997株(鸭源)的VP2基因分别进行了克隆,对其与核苷酸序列及其编码的VP2蛋白氨基酸序列进行了分析,并对此3株IBDV与标准血清Ⅰ型STC株的VP2基因和VP2蛋白进行了同源性分析。结果表明,W J株、LY 997株、HN 01株与标准血清Ⅰ型STC株的核苷酸同源性分别为91.30%,92.50%和93.47%,氨基酸同源性分别为92.74%,91.90%和95.10%;HN 01株与W J株的核苷核和氨基酸的同源性分别为97.9%和98.4%,HN 01株与LY 997株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为98.7%和99.05%,W J株与LY 997株的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.1%和97.68%,3个毒株的VP2基因序列均完全具备超强毒株的主要特征,均为超强毒株,且与标准血清Ⅰ型STC株的核苷酸和氨基酸同源性均较低;3个野毒株之间虽具有较高的同源性,但相互之间也有一定的差异。  相似文献   

H9N2禽流感病毒陕西分离株HA基因的遗传变异分析     

温肖会  王晶钰  王学艳 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2009,37(4):13-18

【目的】对H9N2禽流感病毒HA基因全序列进行分析,了解H9N2禽流感分离毒株HA基因的遗传变异情况。【方法】根据GenBank已发表的H9N2毒株的基因序列,设计了2对H9N2禽流感病毒HA基因特异性引物,运用RT-PCR方法对XL、LF和WN分离株进行了扩增,然后将PCR产物送出进行测序,用DNAstar 5.0软件对测序结果进行了分析。【结果】XL、LF和WN 3株H9N2分离株间HA基因的核苷酸同源性为99.7%~99.9%,推导氨基酸的同源性为99.1%~99.6%;分离株与参考毒株HA基因核苷酸的同源性为96.2%~99.0%,推导氨基酸的同源性为96.2%~98.6%。通过对3个H9N2分离株间HA基因核苷酸序列的比较,发现共有5个位点的核苷酸发生突变,其中4个位点核苷酸的改变导致相应的氨基酸发生突变。HA蛋白的7个受体结合位点比较保守,但是其在551~553位缺失了潜在的糖基化位点。【结论】3株H9N2分离株裂解位点氨基酸序列完全符合低致病性禽流感的特征RSSR↓G,但是LF裂解位点附近333位脯氨酸(Pro)突变为组氨酸(His),即非极性氨基酸向极性带正电氨基酸(碱性氨基酸)转变,裂解位点的变化可能是H9N2禽流感病毒生物学特性改变的分子基础。  相似文献   

狐貉源犬瘟热病毒核蛋白基因的克隆及序列比较分析     

刘澜澜  华育平  曾祥伟  张莉 《东北林业大学学报》2007,35(9):61-63

参照已发表的犬瘟热病毒(CDV)核蛋白基因(N)序列设计合成了1对引物,用RT-PCR方法对从发病狐、貉中分离的MS01、SC01、ZD01三株CDV的N基因进行扩增,并分别将其PCR产物进行克隆和测序。测序结果表明:3病毒分离株N基因阅读框架全长均为1572bp,编码523个氨基酸。利用DNAstar的MegAlign生物软件,将3病毒分离株与Genbank数据库中现有的CDV毒株的N基因序列及推导出的氨基酸序列进行了同源性比较和系统进化树分析,结果发现:3病毒分离株与强毒参考株A75/17等野毒株高度同源,核苷酸同源为96.2%～99.1%,氨基酸同源为96.0%～99.8%,而与疫苗株Onderstepoor相对较远,核苷酸同源为93.6%～94.0%。N基因的系统进化关系分析显示:3病毒分离株均归为强毒株,并且与中国新疆的TN株、中国台湾的Kaohsiung株基因型最近,表现出一定的地理位置相关性。  相似文献   

猪伪狂犬病毒gB基因序列分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

陈如敬  周伦江  吴学敏  黄晓凤  车勇良  严山  王晨燕  王隆柏  刘玉涛  魏宏 《福建农业学报》2016,(11):1139-1144

2011年以来我国多省免疫猪伪狂犬病毒gE基因缺失苗猪场出现变异型猪伪狂犬病毒(PRV)感染,经典猪伪狂犬病毒疫苗(Bartha-k61)对该病无法提供100%有效保护,已有研究发现变异型PRV和经典PRV gE基因存在特征性变异。为明确变异型PRVgB基因特征,本研究对GenBank中登录的部分PRV代表株gB基因进行分析比较。结果表明,我国经典型和变异型PRV在gB蛋白氨基酸编码区第395位、453位、562位和739位存在特征性差异,但不同来源PRVgB基因的核苷酸和氨基酸同源性分别在98.1%~100%和96.1%~100%。从相互之间的遗传进化关系可以看出,PRV遗传进化出现两个大的遗传分支,呈现明显的地域性。新发变异型和经典型PRV在中国PRV遗传进化分支上呈现各自独立进化小分支;我国近年分离的貉源和约克夏梗犬源与新发变异型PRV则处于同一进化小分支。  相似文献   

福建NADC30-like PRRSV FJLY01株的全基因组分子特征分析     

魏春华  刘建奎  戴爱玲 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2017,45(3):51-60,67

【目的】了解福建省NADC30-like PRRSV FJLY01株的分子生物学特征和遗传演化规律,为PRRSV的防控提供参考。【方法】对采自福建省规模化猪场的疑似病料进行PRRSV分离鉴定,以NADC30PRRSV毒株基因序列为参考设计并合成9对引物,分别对分离株序列进行分段PCR扩增,经克隆测序后进行序列拼接,采用MEGA 6.0软件进行核苷酸及氨基酸同源性比对,并绘制其与其他35株毒株的系统遗传进化树。【结果】FJLY01株基因组全长为15 016bp(不包含polyA),包含10个开放阅读框,5′-UTR长190bp,3′-UTR长148bp,Nsp2基因缺失393bp。Nsp2蛋白存在类似PRRSV MN184和NADC30株的131个氨基酸的缺失。核苷酸比对结果表明,FJLY01株与VR-2332、MLV RespPRRS/Repro、CH-1a和BJ-4株核苷酸的同源性为85.2%~86.3%,与JXA1、HuN4等HP-PRRSV株核苷酸的同源性为83.7%~84.1%,与MN184A、MN184B株核苷酸的同源性为87.9%~88.2%,与NADC30株核苷酸的同源性最高,为97.1%。系统进化树分析表明,该毒株属于NADC30-like毒株,与JXA1、VR2332和CH-1a的亲缘关系较远。【结论】福建省存在NADC30-like毒株,应该加强PRRSV的监测。  相似文献   

新城疫病毒河北分离株F基因的克隆与序列分析     

王爱华  周静  杜冬华 《河北农业大学学报》2010,33(1)

通过RT-PCR技术扩增和克隆2003—2007年由河北省分离到的、具有一定代表性的鸡新城疫病毒分离株F基因,与GeneBank中已发表的NDV不同基因型代表株F基因相应核苷酸片段及其氨基酸序列进行比较,构建系统发育进化树并确定分离株的毒力强弱及所属基因型。结果显示,分离株在该区段没有碱基缺失和插入,但有多处点突变分散存在。分离株F基因核苷酸序列与国内外已发表毒株相应序列核苷酸同源性为80.5%~98.5%,推导的氨基酸序列同源性为77.5%~97.7%。表明目前河北新城疫的流行以基因Ⅶ型为主,同时兼有传统的基因Ⅵ型和基因Ⅱ型。  相似文献   

3个品种鸡α干扰素基因的克隆与序列分析^*     

陈红英  宋凌云  李新生  杨明凡  崔保安 《云南农业大学学报(自然科学版)》2009,24(4):552-557

 根据GenBank中鸡α干扰素（IFN-α）基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从鸡肝组织基因组中扩增罗曼鸡、海兰鸡及固始鸡α干扰素基因,并进行克隆和测序。结果表明,获得了3个品种鸡IFN-α全基因序列,长度均为582bp,编码193个氨基酸残基。3个品种鸡IFN-α基因及推导的氨基酸序列比较结果显示,海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因序列完全一致,而固始鸡与海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因核苷酸同源性99.3%,有4个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为97.9％。克隆的3个品种鸡IFN-α基因序列与GenBank上发表的7条鸡IFN-α基因序列进行比较分析发现,核苷酸同源性在98.1%～100%之间,氨基酸同源性在96.9%～100%之间。  相似文献   

鸡传染性喉气管炎病毒河南株gB基因真核表达载体的构建及表达     

管倩  崔保安  陈红英  杨明凡  王振亚  郭小参  吕小丽  王东方 《江西农业大学学报》2009,31(5)

根据已发表的传染性喉气管炎病毒(ILTV)gB基因序列,设计并合成1对引物,以河南分离株(ILTV-HN)接种10日龄鸡胚,从含痘斑的绒毛尿囊膜中提取基因组DNA扩增gB基因,将扩增片段克隆入pGEM-T Easy载体后,经蓝白斑筛选,菌液PCR和酶切鉴定为阳性的重组菌进行测序,结果表明克隆到ILTV-HN株gB基因,全长为2 629 bp,包含一个完整的开放阅读框.然后将其克隆至真核表达载体pcDNA3.1(+)中,构建真核表达载体pcDNA3.1-gB,转染鸡胚成纤维细胞(CEF),通过RT-PCR检测,转染细胞中含gB基因的mRNA,间接免疫荧光检测,结果表明gB基因在CEF细胞中进行了瞬时表达.  相似文献   

2006—2007年陕西省古典猪瘟流行毒株E0基因的克隆及序列分析     

吴旭锦  朱小甫  陈德坤 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2010,36(1):16

根据GenBank上发表的古典猪瘟参考毒株Shi men毒株全基因组序列,设计并合成2对引物,采用巢式RT-PCR技术,从陕西省猪病料中成功扩增出9株猪瘟流行毒株E0全基因并测定其核苷酸序列,与已发表的ALD、Alfort187、Brescia、C HVRI、CAP、Shi men、GXWZ02和HCLV等代表毒株进行同源性比较分析。核苷酸分析表明:这9株猪瘟流行毒株可以分为2大群,1株(LN163)属于群I,与Shi men强毒株、HCLV疫苗株和GXWZ02野毒株等代表株的同源性为80.8%~82.4%;另外8株属于群II,毒株之间E0基因核苷酸序列的同源性为93.6%~99.6%。氨基酸序列分析表明:9株流行毒株中,群I中的LN163毒株与我国野毒参照株GXWZ02的同源性只有83.9%,而其余8株与GXWZ02株氨基酸序列的同源性为94.4%~98.1%,形成明显不同的进化分支;同时这9株流行毒株与我国疫苗株HCLV和经典强毒株Shi men的氨基酸序列同源性分别为88.0%~89.5%和89.1%~91.8%,均呈现较明显的变异。  相似文献   

甘蔗△^1-吡咯啉-5-羧酸合成酶（ScP5CS）基因分离及其分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

黄诚梅  杨丽涛  李杨瑞  邓智年  魏源文  潘有强 《广西农业科学》2009,40(2):113-119

以甘蔗品种ROC22为材料,待甘蔗生长至4～5叶期直接以25％PEG6000淋灌根部模拟水分胁迫。采用同源克隆与RT-PCR法从甘蔗叶片中得到甘蔗△^1-吡咯啉-5-羧酸合成酶（Saccharum officinarum L．△^1-pyrroline-5-carboxy late synthetase,ScP5CS）基因的编码区cDNA序列,其长度为2151bp,为一个完整的ORF,编码716个氨基酸,GenBank注册号为EU005373。核苷酸序列与前人已注册的甘蔗P5CS（EF155655）相比,同源率达到98％,但推断编码的氨基酸同源率仅为92％。该基因具有P5CS共有的结构域与结合位点：Putative ATP-binding site;Putative leucine domains;Glu-5-kinase domain;Putative NADPH—binding domain;Conserved GSA—DH domain保守区,脯氨酸反馈抑制作用位点。与前人已注册的甘蔗P5CS基因氨基酸序列（ABM30223）比较,在γ-GK保守域（Glu-5-kinase domain）内氨基酸变化较大,而与水稻、小麦的相比,其变化较小。因此,推断为甘蔗P5CS基因家族中的一个新成员。  相似文献   

贵州省新城疫分子流行病学研究     

高颖  殷俊磊  伍祥龙  周碧君  文明  温贵兰 《贵州农业科学》2010,38(2)

应用RT-PCR技术对贵州省不同时期不同禽源NDV分离株(肉鸡源P1株与BY株、蛋鸡源H2株与FW株、七彩山鸡源N98株、越南斗鸡源DQ株、鸵鸟源TN株及鸽源GZ株)F蛋白基因进行扩增、克隆和测序分析,结果表明:8株NDV贵州分离株F基因长度均为1 662 bp,可编码553个氨基酸;NDV贵州分离株间核苷酸同源性为84.0%~99.7%,氨基酸同源性为87.5%~99.3%;与国内外NDV参考毒株(LaSota株、B1株、F48E9株、CH2 000株和TW2 000株)的核苷酸同源性为84.2%~98.9%,氨基酸同源性为87.2%~98.6%;GZ株和TN株为基因II型,DQ株、N98株、P1株和H2株为基因VII型(均为VIId亚型),BY株和FW株为基因IX型。表明,不同时期NDV贵州分离株的基因型不同,近年流行的ND疫情主要是由基因VII型NDV引起,与国内其他省市ND流行趋势基本一致。  相似文献   

柑橘衰退病毒柚类分离物CP基因的克隆及原核表达分析     

王彩霞 《青岛农业大学学报(自然科学版)》2009,26(2):139-142

以来自湖北省的HB柚柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)分离物(CTV-HB1)为材料,利用RT-PCR技术对其CP基因进行克隆,序列分析结果表明:CTV-HB1与典型茎陷点分离物SY568和NUagA的核苷酸和推定氨基酸的序列相似性均在97%以上,而与CTV速衰分离物T36和弱毒分离物T385和T30的核苷酸和氨基酸序列相似性较低,均在95%以下。将CP基因片段连接到表达载体,转化大肠杆菌后诱导重组蛋白的表达。SDS-PAGE和Westen-blot分析结果表明,经IPTG诱导后产生了预期大小的重组蛋白,该蛋白可与CTV-L5提纯病毒制备的多克隆抗体发生特异性免疫反应。  相似文献