共查询到19条相似文献，搜索用时 885 毫秒
1.
根据传染性喉气管炎病毒(ILTV)gB基因的核苷酸序列,设计、合成1对引物,应用PCR扩增鸡ILTV河南株(ILTV-CG)gB基因.将扩增片段克隆入pGEM-T Easy载体后,经蓝白斑筛选,菌液PCR和酶切鉴定为阳性的重组菌进行测序.结果表明克隆到ILTV-CG株gB基因,全长为2 629 bp,包含一个完整的开放阅读框,共编码873个氨基酸的多肽,推导氨基酸序列有8个潜在的N-糖基化位点,有12个与二硫键形成有关的半胱氨酸.序列分析表明,ILTV-CG株gB基因与GenBank中读取的澳大利亚SA2疫苗株、辽宁疫苗株、烟台株、美国632强毒株、英国Throne强毒株gB基因核苷酸序列同源性为99%以上,与ILTV-SA2株gB基因比较发现,ILTV-CG株gB基因核苷酸序列在第89位均缺失1个碱基G,而在第102位又插入1个碱基A,从而引起该毒株gB基因推导的氨基酸序列中第28～32位5个氨基酸的移码突变. 相似文献
2.
[目的]了解广西马流感病毒(Equine influenza virus,EIV)的分子流行病学特征并揭示其遗传变化规律,为其疫苗候选毒株的筛选及有效防控马流感疫情奠定基础.[方法]采用RT-PCR对广西EIV分离株(A/Equine/Guangxi/1/09,简称GX09株)进行NA基因扩增,经克隆测序及序列比对分析,绘制遗传进化树.[结果]GX09株NA基因全长1420 bp,其开放阅读框(ORF)为1413 bp,编码470个氨基酸,包含7个糖基化位点及17个半胱氨酸(Cys)残基.GX09株与参考毒株的NA基因核苷酸同源性为74.7％～99.5％,其推导氨基酸同源性为80.4％～99.4％;与Gansu08株、Heilongjiang08株、Inner mongolia08株及Liaoning08株的核苷酸及其推导氨基酸同源性最高,分别为99.5％和99.4％;与1989年在我国吉林分离获得毒株(Jilin89)的同源性最低,对应的核苷酸及其推导氨基酸同源性分别为74.7％和80.4％.从遗传进化树可以看出,GX09株与最近几年国内外分离获得的毒株亲缘关系较近,且同属于美洲型分支.[结论]目前广西流行的EIV与国内外的流行毒株一致. 相似文献
3.
[目的]通过测定广西流行狂犬病毒糖蛋白(G)基因的全序列,了解广西狂犬病的流行趋势和遗传变异规律,为制定广西狂犬病的防控策略提供科学依据.[方法]2000年10月~2007年10月,从广西14个市采集1569份动物脑组织,经RT-PCR检测及小白鼠脑内接种试验分离狂犬病毒,然后对狂犬病毒G基因进行测序分析.[结果]从广西各地共分离获得26株狂犬病毒野毒株,其中犬23份,牛、猪、猫各1份.狂犬病毒G基因核苷酸全长2067 bp,开放阅读框1575bp,编码524个氨基酸.根据G基因核苷酸同源性及遗传进化树分析结果,可将广西流行的狂犬病毒株分成3个群,Ⅰ群15株,其核苷酸同源性为97.7%~99.9%; Ⅱ群10株,其核苷酸同源性为98.0%~99.9%; Ⅲ群只有1株.通过氨基酸变异分析,了解了26株野毒株G基因编码蛋白的氨基酸突变位点.[结论]广西存在3个群的狂犬病毒野毒株,且以Ⅰ群和Ⅱ群流行为主,3个群的氨基酸变异均呈现明显的特异性. 相似文献
4.
为了解安徽省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异,对5株PEDV安徽流行株M基因进行RT-PCR扩增、序列测定和分析。结果表明,5株PEDV安徽流行毒株M基因的全长均为681 bp,编码226个氨基酸,核苷酸同源性为99.1%～99.9%,其与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性为96.9%～100%。进化树分析显示,5株流行毒株与CV777、attenuated DR13、LZC和CHS亲缘关系较远,与2011年后国内外PEDV分离株的亲缘关系较近。 相似文献
5.
根据已发表的牛传染性鼻气管炎病毒( GenBank NC_001847) gD基因序列设计1对特异性引物,采用PCR方法扩增出内蒙古分离株gD基因的cDNA,重组到PMD19 -T载体中,并进行克隆及序列测定.经限制性内切酶谱分析和序列分析,证明所克隆的cDNA为gD基因.该基因片段长1 559bp,包含1个由1 251bp组成的完整开放阅读框(ORF),共编码417个氨基酸.序列比较和系统进化树分析结果显示:内蒙古分离株gD基因与GenBank上已发表的其它分离株相比,核苷酸同源性在99.1％～99.9％之间,其推导的氨基酸同源性在90..6％～99.8％之间,在系统进化树中内蒙分离株与AJ004801株亲缘关系较近,属于同1个分支.生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白具有亲水性,有很强的抗原性,有3个潜在糖基化位点,可能存在2个蛋白激酶C磷酸化位点,存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点. 相似文献
6.
【目的】构建传染性喉气管炎病毒(ILTV)的真核表达载体。【方法】从传染性喉气管炎病毒河南株(ILTV-XY)感染的鸡胚绒毛尿囊膜中提取病毒DNA,进行PCR扩增,PCR产物进行T-A克隆与测序,获得了鸡IL-TV-XYgB全基因序列;对ILTV-XY株gB基因与GenBank中读取的5株ILTVgB基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行了比较分析;并将该基因片段克隆到真核表达载体pcDNA3.1中,对构建的重组质粒pcDNA3.1/gB进行酶切、测序鉴定。【结果】序列测定表明,gB全基因核苷酸长度为2 629 bp,编码873个氨基酸,推导氨基酸序列有8个潜在的N-糖基化位点,有12个与二硫键形成有关的半胱氨酸。与GenBank中读取的澳大利亚SA2疫苗株、辽宁疫苗株、烟台株、美国632强毒株、英国Throne强毒株gB基因进行比较,核苷酸序列同源性为99%以上,与ILTV-SA2株gB基因比较发现,ILTV-XY株gB基因核苷酸序列在第89位均缺失1个碱基G,而在第102位又都插入1个碱基A,从而引起该毒株gB基因推导的氨基酸序列中第28~32位5个氨基酸的移码突变。构建的重组质粒pcD-NA3.1/gB经酶切、测序鉴定,证实含有目的片段,且连接、构建正确。【结论】成功构建了ILTV的真核表达质粒pcDNA3.1/gB,为ILTV核酸疫苗的研究奠定了基础。 相似文献
7.
为明确猪巨细胞病毒福建株(PCMV-FJ01)的gB基因特征,根据其序列特征,设计特异性引物对其进行分段扩增,并对目的片段进行克隆测序。结果发现,PCMV-FJ01株gB基因全长为2 580bp,编码859个氨基酸;其和GenBank数据库中的PCMV分离株的gB基因的核苷酸和氨基酸同源性分别均在98.3%和97.9%以上。此外,本研究还发现部分(约50%)PCMV代表株的gB基因存在ACA三核苷酸缺失(436位氨基酸存在谷氨酰胺Q的缺失)。除ZZ株外,PCMV不同分离株的gB基因是否存在基因缺失和其遗传进化正相关。 相似文献
8.
犬瘟热病毒水貂分离株H基因的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以犬瘟热病毒水貂分离株的RNA为模板,对分离株的H基因进行RT-PCR扩增,扩增产物纯化后与pMD-18T Sim-pie Vector连接,成功地构建了克隆质粒pMD-18T-CDVH.序列分析表明,分离株H基因由1 596 bp组成,编码532个氨基酸,含有5个潜在的N-联糖基化位点,12个半胱氨酸残基.与已发表的24株CDV毒株进行同源性比较,核苷酸序列同源性在90.7%～98.6%之间:推导的氨基酸序列同源性在89.9%～97.O%之间.与Onderstepoort、Convac、Hamatsu,A75/17、TN株相比,根据推导的氨基酸序列比较分析表明,N-联糖基化位点的数目与位置均存在差别.聚类分析结果表明分离株与Snyder Hill毒株的亲缘关系最近,二者与疫苗株Onderstepoort和Convac具有较高的同源性,组成一组,而与标准野毒强毒株Hamatsu的亲缘关系较远. 个半胱氨酸残基.与已发表的24株CDV毒株进行同源性比较,核苷酸序列同源性在90.7%～98.6%之间:推导的氨基酸序列同源性在89.9%～97.0%之间.与Onderstepoort、Convac、Hamatsu,A 5/17、TN株相比,根据推导的氨基酸序列比较分析表明,N-联糖基化位点的数目与位置均存在差别.聚类分析结果表明分离株与Snyder Hill毒株的亲缘关系最近,二者与疫苗株Onderstepoort和Convac具有较高的 相似文献
9.
猪巨细胞病毒的PCR检测及其gB基因特征分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank登录的猪巨细胞病毒(PCMV)gB基因序列设计检测引物和全长gB基因引物,对来自湖南浏阳和江西景德镇不同养殖场的猪鼻拭子样品(51份)进行PCR检测,60.78%(31/51)的鼻拭子样品扩增出了260 bp的特异性条带.再以阳性样品为模板扩增全长gB基因,并将其克隆到pMD18-T载体,核苷酸序列测定和结果分析表明,所获得PCMVgB基因序列全长2 580 bp,编码860个氨基酸,与国外PCMV分离株的核苷酸同源性为97.6% ～ 98.9%,氨基酸同源性为97.0%～98.6%,且 PCMV可分为2个群:一群为中国湖南株、英国株和德国株,命名为A群;另一群为日本株、瑞士株和西班牙株,命名为B群.抗原表位优势、亲水性、表面可及性预测分析表明,PCMVgB蛋白是理想的免疫学抗原候选蛋白. 相似文献
10.
应用RT PCR技术从新城疫病毒洛阳分离株中扩增HN的cDNA片段,并将其克隆至pMD18 T载体进行核苷酸序列测定。结果表明:新城疫分离株HN基因片段长度为1716bp,编码571个氨基酸;推测出的氨基酸序列中有5个糖基化位点,12个半胱氨酸残基;与国内外的14株新城疫毒株HN基因相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为66.4%~98.5%和87.8%~98.3%;与标准毒株Lasota和Clone30的亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸差异性较大,而与天津分离株和云南分离株的亲缘关系较近,基本属于同一基因群。 相似文献
11.
采集福州郊区病仔猪的鼻腔黏液、脑、脾脏、肾脏、淋巴结等组织病料,研磨上清接种到非洲绿猴肾(Vero)细胞和狗肾(MDCK)细胞进行病毒分离,通过对分离病毒株进行形态学、血清学、荧光抗体试验、动物接种试验、PCR试验等鉴定,确定所分离的病毒为猪伪狂犬病病毒(PRV),命名为PRV-FZ株.根据GenBank收录的PRVg... 相似文献
12.
克隆测定12条PRV不同毒株的gD全序列连同Genebank中登录的9条gD基因全序列共21条基因序列,使用生物软件对它们的基因序列的同源性、突变区域的定位、遗传进化关系、氨基酸序列的同源性、蛋白质亲水性、抗原表位分析、三级结构预测等生物信息学的内容进行预测和分析。结果表明:PRV-gD基因的开放阅读框的核苷酸长度在1197~1215nt之间,氨基酸长度在399~405个之间,核酸同源性在97.3%~100%之间,氨基酸的同源性在89.8%~98.8%之间,在核酸820~837位有个高变重复区。在遗传进化关系上将我国PRV流行分为四川、华北、东南三个区域。该结果说明PRV-gD基因具有很高的保守性。 相似文献
13.
伪狂犬病病毒鄂A株gC基因的克隆、序列分析及其在大肠杆菌中的表达 总被引：3，自引：0，他引：3
以伪狂犬病病毒国内地方分离株 (鄂A株 )为材料 ,采用核酸杂交、DNA重组技术直接从基因组DNA中克隆了最主要的保护性抗原基因gC ,测定了全序列并对其原核表达产物作为血清学诊断抗原进行了初步探讨。结果表明 :所克隆的 gC基因全长 175 5bp(含启动子序列和 poly(A)信号序列 ) ,具有典型I型膜蛋白结构特征。同具有代表性的国外标准株NIA 3株、IndianaS株相比 ,多个酶切点不同 ,尤其是具有分型意义的BamHI位点消失 ;氨基酸水平上也存在一定程度的差异 ,鄂A株 gC可编码 4 87个氨基酸残基 ,而以往所报道的gC均只编码 4 78或 4 79个氨基酸 ,有意义的是功能区突变较多 ,并存在连续 7个氨基酸残基的插入。同 pET 2 8a的 6xHis Tag融合的gC基因完整编码区在大肠杆菌中获得高效表达 ,融合蛋白分子量为 6 2ku ,能同伪狂犬病病毒高免血清发生特异性反应。纯化的表达产物作为ELISA和乳胶凝集诊断抗原 ,具有很高的敏感性和特异性 相似文献
14.
猪伪狂犬病病毒新流行株主要糖蛋白的分子特征分析 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】进一步了解猪伪狂犬病毒新流行株的遗传特征。【方法】对从安徽某猪场分离的1株猪伪狂犬病病毒(PRV)AH株进行遗传进化分析及主要糖蛋白gB、gC、gD、gE的序列分析。【结果】PRV AH株与国内2011年以来的流行毒株非常相似,但与Bartha株及其他国外毒株遗传关系较远;国内流行毒株与Bartha株及其他国外毒株相比,其主要糖蛋白均存在明显的连续氨基酸的缺失和插入,且部分突变位点位于这些糖蛋白的重要功能区。【结论】从分子水平上解析了PRV新流行株与疫苗株Bartha株的遗传差异,为进一步深入研究Bartha株疫苗免疫失败的原因提供了理论依据。 相似文献
15.
LIJi-chang TONGGuang-zhi QIUHua-Ji ZHOUYan-Jun XUEQiang 《东北农业大学学报(英文版)》2003,10(2):137-140
By means of PCR,the gene encoding gD of bovine herpesvirus-1 (BHV-1) strain Luojing was amplified,cloned and sequenced. The nucleotide sequence of this gD gene was 1 251 bp,encoding 417 amino acids. Comparied with the published P8-2 strain ,the homology of the necleotide sequence is 99.92%,and that of the deduced amino acid sequence is 100%. The results indicated that gD of BHV-1 was highly conservative. 相似文献
16.
猪圆环病毒Ⅱ型DT株的分离鉴定及动物模型建立 总被引：1，自引：0，他引：1
应用PCR方法对江苏省东台市某猪场送检的一头无名高热病死猪的腹股沟淋巴结及肺脏病料进行检测.结果表明:该病料中存在PCV2;病料转染PK-15细胞,盲传3代后,IFA方法检测结果显示有明显的特异性荧光.利用设计的一对特异性引物对PCV2-DT株(东台分离株)全长基因进行扩增,测序结果显示所扩增基因为PCV2全长基因,大小为1 767 bp,包括11个完整的开放阅读框(ORF).PCV2-DT分离株与其他20株PCV2分离株序列比较发现,核苷酸同源性都在95%以上,并与欧美株处于同一分支.PCV2-DTRep、Cap序列同国内分离的16株相比较,核苷酸序列同源性分别为97.5%~100%和94.2%~99.9%.氨基酸序列同源性分别为98.4%~99.7%和93.2%~99.6%.用PK-15细胞从病料中分离的细胞毒接种3头42日龄健康仔猪(血清学检测无PCV1、PPV、PRV等感染),于首次接毒后的第10天出现发热、咳嗽、水样腹泻等症状,食欲几乎废绝,出现了PM-WS症状,初步建立了PMWS动物模型. 相似文献
17.
伪狂犬病病毒Min-A株TK基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：1，他引：1
参考GeneBank收录的伪狂犬病病毒TK基因的序列设计了1对引物,对PRV Min-A株进行了PCR扩增,扩增产物克隆于pGEM-T Easy载体．对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序,证实了克隆片段的可靠性．测序结果表明目的片段包含1个957bp的开放性阅读框(ORF),编码318个氨基酸组成的多肽．在TK ORF上游-22,-166,-199位存在3个GC框样序列,在终止密码子下游第110个核苷酸处的l306位存在有多聚腺苷加尾信号．PRV Min-A株与PRV Ea株、NIA-3株TK的核苷酸同源性分别为98．4％,97．9％;推导氨基酸的同源性分别为97．8％,97.2％．通过对α疱疹病毒TK氨基酸进行多序列比较．获得了在PRV TK氨基酸序列上的6个保守区间．推测这些保守氨基酸对于胸苷激酶(TK)结构的稳定性和催化活性的发挥是必需的。 相似文献
18.
以鸭肠炎病毒(DEV)SD-01株DNA为模板,根据GenBank上已发表的基因序列设计一对引物,利用PCR技术扩增出US2全基因,将目的条带连入pGM-T载体,得到的阳性重组质粒命名为pGM-US2并进行序列测定。将测序结果与疫苗株、鸭瘟鸡胚化弱毒疫苗(C-KCE)株和单纯疱疹病毒-1型(HSV-1)、马立克氏病病毒(MDV)、伪狂犬病病毒(PRV)的US2基因同源性进行比较,发现核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为100%~25.8%和100%~28%。结果表明,US2基因在DEV中是完全保守的,但与其它疱疹病毒相比同源性较低。 相似文献
19.