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1.
《草地学报》2015,(3)
Afa家族串联重复序列因只出现在小麦及小麦族近缘属物种而得名,本研究从蒙古冰草中克隆得到一个Afa家族序列,长度为233 bp,命名为pAmAfa1,该序列在GENBANK中进行同源序列比对,结果表明该序列与大多数小麦族其他物种的Afa家族串联重复序列存在较高的相似性;系统进化分析表明,蒙古冰草pAmAfa1序列与大赖草pLrAfa3,pLrAfa5序列聚在一起,表明蒙古冰草P染色体组与大赖草的N、X染色体亲源关系较近。为了明确Afa家族串联重复序列在蒙古冰草染色体上的位置,双色荧光原位杂交技术被采用,以pAmAfa1为探针检测到杂交信号出现在染色体的末端或近端部的区域,每条染色体上都有杂交信号,表明Afa家族串联重复序列普遍存在于P染色体组中。 相似文献
2.
对小麦族猬草属、赖草属(NsXm)、披碱草属(StH)及含不同染色体组(St、H、Ns、Eb、Ee、P、F 、V、W)的近缘二倍体属共46个类群的叶绿体基因间隔区atpB-rbcL序列进行系统发育分析,探讨猬草属和赖草属植物系统发育关系及母系起源。结果显示,1)猬草属模式种H. patula与拟鹅观草属和披碱草属物种聚为一支,表明H. patula与披碱草属植物亲缘关系近,其母本来源为含St染色体组的拟鹅观草属物种;2)猬草、长芒猬草、4个新麦草属物种及滨麦和所有欧亚分布的赖草属物种聚在一支,说明猬草、长芒猬草与欧亚赖草亲缘关系较近,其母本供体来自含Ns染色体组的新麦草属物种;3)高丽猬草和东北猬草与北美赖草及冰草属、旱麦草属、大麦属物种处于同一分支,表明高丽猬草和东北猬草与北美赖草具有较近亲缘关系,其母本供体为未知来源的Xm染色体组。研究结果支持将H. patula组合到披碱草属中,猬草、长芒猬草、高丽猬草和东北猬草应组合到赖草属中。 相似文献
3.
基于叶绿体trnL-F序列对广义披碱草属物种的系统进化研究 总被引：1，自引：1，他引：0
广义披碱草属包括了披碱草属、鹅观草属、猬草属、裂颖草属和仲彬草属。为深入研究这5个小麦族多年生属的系统地位、母本来源及St染色体组的来源和分化等问题,本研究根据叶绿体DNA trnL-F序列构建了系统树和网状结构图。结果表明,1)广义披碱草属物种的母本不完全来源于拟鹅观草属的St染色体组,其中黑药仲彬草和梭罗仲彬草的母本染色体组为P染色体组,Hystrix duthiei及长芒猬草的母本染色体组为Ns染色体组;2)系统树中反映了P、W和St染色体组之间具有较近的亲缘关系,它们与H和Ns染色体组的关系较远;3)仲彬草属中黑药仲彬草和梭罗仲彬草与冰草属的二倍体物种聚类在一起,表明黑药仲彬草和梭罗仲彬草与冰草属的关系较近;猬草属中猬草聚在St支中,而H. duthiei和长芒猬草包括在Ns支中,表明它们具有不同的染色体组组成;4)5个不同地理分布的具有St染色体组的拟鹅观草属二倍体物种没有形成一个单系组,表明St染色体组在二倍体物种中存在一定程度的分化;在异源多倍体物种中,其St染色体组的质体序列构成了不同的分支,表明St染色体组在多倍体物种中也具有分化;5)亚洲分布的拟鹅观草属二倍体物种可能参与了大部分欧亚物种的起源,北美分布物种的St染色体组可能来源于北美的拟鹅观草属物种;有些物种在多倍化起源过程中可能发生了重复杂交过程。 相似文献
4.
利用荧光原位杂交技术,在蒙古冰草染色体组上进行5S rDNA、45S rDNA以及重复序列pAs1 DNA序列的定位,通过荧光原位杂交信号的强弱、数量、位置进行蒙古冰草染色体的配对及核型分析。结果表明:蒙古冰草染色体组总长度为91.788μm,平均绝对长度为13.113μm,最长染色体与最短染色体的长度比值为1.446,具有2对随体,分别位于第2号染色体和第4号染色体的短臂上,没有臂比大于2∶1的染色体,核型不对称系数为56.96%,核型类型属于1A型,核型公式为2n=2x=14=10m(2SAT)+4sm(2SAT)。5S rDNA序列和45S rDNA序列分别位于第2号和第4号染色体的短臂上,有5对染色体两端都检测到明显的pAs1 DNA荧光信号,有2对染色体只有一端检测到明显的pAs1 DNA荧光信号。荧光原位杂交技术大大提高了染色体核型分析的可靠性,为冰草属内植物的分类和育种提供了细胞学依据。 相似文献
5.
蒙古冰草因其抗寒,抗旱特性,是欧亚大陆荒漠草原优势植物之一.本文从染色体倍性及SSR序列长度多态性两个方面对采自中国北方境内的9个蒙古冰草居群进行遗传多样性分析,发现9个蒙古冰草居群染色体基数为7,均为二倍体,在染色体倍性方面不具有多态性;共采用138对小麦SSR引物进行扩增分析,共有21对引物扩增出特异性条带,SSR引物筛选率15.2%.共扩增出特异性条带119条,平均每对引物扩增出特异性条带5.6条,SSR序列长度多态性丰富.利用POPGEN 32软件计算9个蒙古冰草居群遗传多样性指标,居群P8遗传多样性程度最低,居群P3最高.AMOVA分析显示,蒙古冰草的遗传差异主要是来自居群内个体之间.UPGMA方法聚类分析,在遗传相似系数为0.80时,9个居群被分为三大类,居群P1~P6一类,居群P7,P8为第二类,P9被单独分为一类.本研究为了解蒙古冰草遗传背景及加速其资源的合理开发利用奠定了理论基础. 相似文献
6.
本研究克隆了赖草属6个物种Leymus karelinii,L.angustus,L.racemosus,L.arenarius,L.triticoides和L.ambiguus的ITS序列和trnL-F序列,并选用3个新麦属物种的ITS序列和27个小麦族二倍体物种的trnL-F序列,均以Bromus catharticus为外类群,用最大简约法构建系统发育树。结果发现:不同组的赖草属物种分别聚在一起;赖草属植物与新麦草属植物亲缘关系较近;新麦草属植物是这6个赖草属物种的母本来源。 相似文献
7.
利用ITS序列和trnL-F序列探讨赖草属6个物种的系统发育关系 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究克隆了赖草属6个物种Leymus karelinii,L.angustus,L.racerraosm,L.arenarius,L.triticoides和Lambiguus的ITS序列和trnL-F序列,并选用3个新麦属物种的ITS序列和27个小麦族二倍体物种的trnL-F序列,均以Bromus catharticus为外类群,用最大简约法构建系统发育树.结果发现:不同组的赖草属物种分别聚在一起;赖草属植物与新麦草属植物亲缘关系较近;新麦草属植物是这6个赖草属物种的母本来源. 相似文献
8.
蒙古冰草肌动蛋白基因片段的克隆与组织表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究利用同源序列法分离蒙古冰草Actin基因同源片段,并分析蒙古冰草Actin基因在根、茎、叶中的表达特征。根据禾本科植物小麦Actin基因的保守序列设计1对引物A1,经RT-PCR扩增,从蒙古冰草cDNA中克隆到1个长度为541 bp的Actin基因片段,使用DNAman和DNAUSER等分子生物学软件进行序列分析,结果表明,该序列编码179个氨基酸,并推测该片段具有Actin超基因家族的保守结构域,含有1个ATP结合位点,抑制蛋白结合位点和胶溶蛋白结合位点;该基因片段的氨基酸序列与小麦Actin基因的同源性为99%,与玉米同源性为96%,与水稻同源性为93%。组织器官特异性表达分析结果表明,该基因在根、茎、叶中的表达量恒定。将该基因片段命名为MwACT1,并在GengBank中登记注册,登录号为FJ490410。 相似文献
9.
《草业学报》2020,(3)
为探讨蒙古冰草种群对环境的适应对策,以宁夏盐池县荒漠草原短花针茅+蒙古冰草群落、蒙古冰草+牛枝子群落、蒙古冰草+牛心朴子群落为研究对象,采用点格局分析中的O-ring函数统计方法,分析了不同群落中蒙古冰草种群的数量特征、分布类型及优势种群的种间关联性。结果表明:不同群落生境条件下,蒙古冰草+牛枝子群落中蒙古冰草种群的密度、盖度和地上生物量显著高于短花针茅+蒙古冰草群落和蒙古冰草+牛心朴子群落(P0.05),3个群落之间蒙古冰草种群的高度差异不显著(P0.05)。不同群落生境蒙古冰草种群在4 m尺度范围内主要表现为聚集分布,随尺度增大,聚集强度减弱,逐渐过渡到随机分布和均匀分布。蒙古冰草种群与短花针茅种群、蒙古冰草种群与牛枝子种群在小于4 m尺度上呈显著负关联,随尺度的增大趋于无关联;蒙古冰草种群与牛心朴子种群在整个研究尺度上无关联。 相似文献
10.
为探究蒙古冰草种群动态及叶功能性状在不同群落生境的变化,以宁夏盐池县荒漠草原蒙古冰草+草木樨状黄芪(MC)、蒙古冰草+老瓜头(ML)、蒙古冰草+牛枝子(MN)3种不同群落生境为研究对象,按丛径将蒙古冰草个体划分为Ⅰ级株丛(0～2.0 cm)、Ⅱ级株丛(2.1～4.0 cm)、Ⅲ级株丛(4.1～6.0 cm)、Ⅳ级株丛(6.1～8.0 cm)、Ⅴ级株丛(8.1～10.0 cm)和Ⅵ级株丛(>10.0 cm),研究了不同群落生境蒙古冰草种群的株丛结构和叶功能性状。结果表明:在蒙古冰草+草木樨状黄芪和蒙古冰草+牛枝子群落生境中,Ⅰ、Ⅱ级株丛较多,株丛密度较大,在蒙古冰草+老瓜头群落生境中,以Ⅲ、Ⅳ级株丛为主,株丛密度较小。蒙古冰草+草木樨状黄芪和蒙古冰草+老瓜头群落生境中蒙古冰草叶面积和比叶面积分别为4.68 cm2和41.2 cm2·g-1、4.70 cm2和39.2 cm2·g-1,显著高于蒙古冰草+牛枝子群落生境的3.38 cm2 相似文献
11.
用nrDNA ITS序列探讨小麦族含StH基因组物种的系统发育 总被引：5，自引：3，他引：2
小麦族中具StH基因组的物种被包含在广义披碱草属中。本研究利用nrDNA ITS序列,采用最大简约法、最大似然法和基于MJ算法的网状结构分析,对16个不同地理分布和形态特征的具StH基因组组成的物种及8个含St和H基因组的拟鹅观草属和大麦属的二倍体物种进行了系统发育分析。结果表明,1)过去归属于裂颖草属和猬草属的物种大松鼠尾巴草、瓶刷草和猬草与披碱草属物种关系较近,应当划入披碱草属中;2)北美的StH基因组物种聚类在一起,其亲缘关系较近,它们与欧亚大陆的StH基因组物种存在较大变异和分化;3)具StH基因组物种较大程度的变异和分化与物种的地理分布有关;4)St基因组和H基因组的二倍体物种分别存在较大的分化。同时本研究还讨论了造成小麦族StH基因组物种变异和分化的可能原因。 相似文献
12.
植物叶绿体基因组的psaC基因有非常重要的功能,是植物光化学反应和光系统Ⅰ的组成成分。本研究对小麦族11个物种的psaC基因进行了扩增、测序和对比分析。结果表明,1)psaC基因编码区非常保守,存在3个SNP位点,但这3个突变位点都为同义突变,并没有引起氨基酸的改变。2)在psaC基因的间隔区,栽培大麦多了一个6 bp的‘CAAAAA’多核苷酸插入。在已经研究的植物中,该‘CAAAAA’多核苷酸插入是栽培大麦所特有的,表明该片段是在大麦物种分化以后插入的。该片段不但可以作为栽培大麦特异的标记序列,而且在大麦属物种的系统进化关系研究中有特殊的用途。3)发现的SNPs位点可用于相关物种的细胞质分子标记开发。 相似文献
13.
不同来源SSR和EST-SSR在披碱草属和鹅观草属物种中的通用性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
披碱草属和鹅观草属是禾本科小麦族两个重要的多年生属,其种属界限及系统关系一直存在争议,是其种质资源利用的难点。本研究基于小麦族中不同来源的已开发的SSR标记,筛选出在披碱草属和鹅观草属中高通用性的SSR标记,为其生物系统关系研究提供重要参考。试验选用了来自小麦族小麦、大麦、披碱草属、拟鹅观草属及赖草属5个属的230个SSR和EST-SSR标记对小麦族St、H、Y基因组的23个物种进行了SSR扩增及通用性分析。结果表明,1)在筛选的230个标记中,163个(70.87%)SSR和EST-SSR标记能在所有的供试物种中扩增出清晰的条带,在披碱草属和鹅观草属等物种中表现出了较高的通用性;2)在扩增出的163个标记中,EST-SSR(87.60%)比基因组SSR(49.50%)标记在种属间表现出了较高的通用性,而基因组SSR标记(85.98%)则比EST-SSR(79.37%)标记表现出更高的多态性;3)163个标记在供试物种中共扩增出579个清晰条带,其中多态性条带为533个,多态性比率为92.05%;每个标记扩增的条带数变化为111条,平均扩增条带数为3.55条;4)基于UPGMA聚类结果与供试物种的基因组之间表现出了较高的相关性,相同或相似基因组物种间表现出较近的亲缘关系,其中H基因组与St基因组的亲缘关系较远,H基因组二倍体物种与其他物种也表现出了较远的亲缘关系。本研究选用的5个属的SSR和EST-SSR标记均能在披碱草属和鹅观草属物种中扩增,最后共筛选出了163个高通用性的SSR和EST-SSR分子标记,揭示了供试物种及不同基因组间的亲缘关系,为下一步披碱草属和鹅观草属的种属关系及系统学研究提供了重要参考。 相似文献
14.
To investigate the genetic diversity and genotype of duck circovirus (DuCV), nine full-length DuCV genomes were determined from clinical samples. Multiple sequence alignment and phylogenetic analyses were performed on the nine viral genome sequences as well as on 27 genome sequences retrieved from the GenBank database. Pairwise analysis showed that the determined genome sequences have a genome organization identical to the 27 sequences and share 83.3%-99.8% identity among themselves and 82.6%-99.9% with the other 27 sequences. Phylogenetic analysis revealed that all 36 viral genome sequences are divided into two lineages, DuCV1 and DuCV2, in which the nucleotide diversity between genome sequences in these two lineages ranged from 13.2%-17.4%; these may be regarded as two types of viruses. Viruses under DuCV1 and DuCV2 are further clustered into different sublineages. When analyzed using the method for genotype definition proposed by Grau-Roma et al, these different sublineages can be defined as genotypes DuCV1a, DuCV1b, DuCV2a, DuCV2b, and DuCV2c. In addition, the viral sequences obtained from mainland China are different in genomic size and share a diversity of no less than 13.2%, including the sequences that came from all genotypes. This suggests that the DuCVs prevalent in domestic duck flocks in China are ecologically divergent. 相似文献
15.
通过对3株鸡传染性贫血病毒(CIAV)的全基因组序列比较分析,部分表明广西南宁鸡群CIAV毒株的遗传变异特征。将阳性CIAV的组织样品进行DNA抽提后,运用PCR方法分段扩增CIAV的全基因组,将获得的PCR产物进行基因克隆并进行阳性克隆菌鉴定后送测序。将所获得的基因序列进行拼接成CIAV基因组全长后,应用LaserGene7.1和MEGA4.1软件对CIAV全基因、Viral protein 3(VP3)、Viral protein 1(VP1)和Viral protein 2(VP2)基因序列进行核苷酸、氨基酸同源性分析和遗传进化分析;并对VP1、VP2和VP3蛋白上与毒力、蛋白磷酸酶活性和细胞凋亡相关的氨基酸位点进行分析。结果获得3株CIAV的全基因序列,分别命名为GX1801、GX1804和GX1810;CIAV全基因遗传进化分析表明GX1801、GX1804和GX1810均同属于Group A群,与国内强毒株GD-103和GD-104毒株的亲缘关系较近;基于VP1基因构建的遗传进化树与全基因构建的进化树最相似;GX1801、GX1804和GX1810 VP1蛋白上与毒力相关位点的第75、89、125、141、144、394位氨基酸位点与日本强毒株C368株、国内强毒株GD-103和GD-104株在同一位点保持一致;GX1801、GX1804和GX1810 VP2蛋白上与磷酸酶活性相关的基序(I^94CNCGQFRKH^103)均未发生变异;GX1801、GX1804和GX1810 VP3蛋白与诱导细胞凋亡相关的重要区域(VP3蛋白N端结构域的第1~69位氨基酸)均高度保守。本研究对3株CIAV全基因组进行测定并进行基因分析,获得了其基因组特征,为进一步研究广西CIAV的分子流行和致病性提供参考。 相似文献
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Molecular characterization of avian polyomavirus isolated from psittacine birds based on the whole genome sequence analysis 总被引：1，自引：0，他引：1
Hiroshi Katoh Kenji Ohya Yumi Une Tsuyoshi Yamaguchi Hideto Fukushi 《Veterinary microbiology》2009,138(1-2):69-77
Seven avian polyomaviruses (APVs) were isolated from seven psittacine birds of four species. Their whole genome sequences were genetically analyzed. Comparing with the sequence of BFDV1 strain, nucleotide substitutions in the sequences of seven APV isolates were found at 63 loci and a high level of conservation of amino acid sequence in each viral protein (VP1, VP2, VP3, VP4, and t/T antigen) was predicted. An A-to-T nucleotide substitution was observed in non-control region of all seven APV sequences in comparison with BFDV1 strain. Two C-to-T nucleotide substitutions were also detected in non-coding regions of one isolate. A phylogenetic analysis of the whole genome sequences indicated that the sequences from the same species of bird were closely related. APV has been reported to have distinct tropism for cell cultures of various avian species. The present study indicated that a single amino acid substitution at position 221 in VP2 was essential for propagating in chicken embryonic fibroblast culture and this substitution was promoted by propagation on budgerigar embryonic fibroblast culture. For two isolates, three serial amino acids appeared to be deleted in VP4. However, this deletion had little effect on virus propagation. 相似文献
18.
De Hertogh B Lahlimi L Lambert C Letesson JJ Depiereux E 《Veterinary microbiology》2008,127(3-4):369-378
The genome sequences of three Brucella biovars and of some species close to Brucella sp. have become available, leading to new relationship analysis. Moreover, the automatic genome annotation of the pathogenic bacteria Brucella melitensis has been manually corrected by a consortium of experts, leading to 899 modifications of start sites predictions among the 3198 open reading frames (ORFs) examined. This new annotation, coupled with the results of automatic annotation tools of the complete genome sequences of the B. melitensis genome (including BLASTs to 9 genomes close to Brucella), provides numerous data sets related to predicted functions, biochemical properties and phylogenic comparisons. To made these results available, alphaPAGe, a functional auto-updatable database of the corrected sequence genome of B. melitensis, has been built, using the entity-relationship (ER) approach and a multi-purpose database structure. A friendly graphical user interface has been designed, and users can carry out different kinds of information by three levels of queries: (1) the basic search use the classical keywords or sequence identifiers; (2) the original advanced search engine allows to combine (by using logical operators) numerous criteria: (a) keywords (textual comparison) related to the pCDS's function, family domains and cellular localization; (b) physico-chemical characteristics (numerical comparison) such as isoelectric point or molecular weight and structural criteria such as the nucleic length or the number of transmembrane helix (TMH); (c) similarity scores with Escherichia coli and 10 species phylogenetically close to B. melitensis; (3) complex queries can be performed by using a SQL field, which allows all queries respecting the database's structure. The database is publicly available through a Web server at the following url: http://www.fundp.ac.be/urbm/bioinfo/aPAGe. 相似文献