共查询到16条相似文献，搜索用时 656 毫秒
1.
《园艺学报》2019,(11)
基于甜瓜全基因组数据信息,利用生物信息学方法对甜瓜Dof家族基因进行了全面鉴定和系统发育分析,并通过Real-time PCR方法检测了CmDof家族成员对模拟干旱(PEG6000)、盐和低温胁迫的应答。结果表明:在甜瓜中存在34个Dof基因,除1、5和7号染色体外其余染色体均有分布,发生11次染色体片段重复事件和2次串联重复事件,外显子数在1～3之间,其蛋白质等电点在4.95～9.59之间;蛋白序列系统发育分析显示CmDof蛋白可分为9个进化亚群;组织表达模式分析发现该家族基因具有一定的时空表达特异性;多数CmDof基因对PEG6000、盐和低温胁迫有响应,其中CmDof3/CmDof5/CmDof10/CmDof17、CmDof3/CmDof5/CmDof10和CmDof3/CmDof5/CmDof32分别响应PEG6000、盐和低温胁迫。 相似文献
2.
利用生物信息学的方法对辣椒bZIP家族基因进行全面鉴定与进化分析,并在此基础上对基因染色体定位、蛋白质保守基序和基因结构等进行分析,并通过qRT-PCR方法检测基因的组织表达模式和在ABA胁迫下的应答等。结果表明,从辣椒基因组中共鉴定出54个bZIP家族基因,这些基因分散分布在辣椒的11条染色体上;系统进化分析表明辣椒bZIP基因家族可以分为10组,每组所含有的基因数不等;该家族成员每个基因含有0 ~ 11个内含子;bZIP家族基因具有不同的表达模式;外源激素ABA处理可以明显抑制或者激活该家族基因成员的表达。 相似文献
3.
【目的】NHX基因亚家族为钠氢逆转运体,具有Na+/H+exchange(PF00999)蛋白结构域,广泛存在于多种物种中,主要参与植物响应盐胁迫过程离子平衡的重建。分析鉴定杜梨中NHX基因及其耐盐机制有助于实际生产中更为有效地利用这一砧木资源。【方法】结合已公布的梨基因组数据以及拟南芥相关数据,通过生物信息学手段,鉴定杜梨NHX基因家族成员;通过MEGA7.0软件进行序列比对以及进化分析;通过在线工具Pfam、SMART以及GSDS进行基因结构分析;通过定量PCR技术分析非生物胁迫下基因在不同组织中的表达特征;应用火焰石墨炉原子吸收光谱仪测定NaCl胁迫下杜梨不同组织中Na+与K+含量。【结果】成功鉴定出16个候选基因,其中有4个基因属于NHX亚家族,4个基因属于CHX亚家族,8个基因属于KEA亚家族。预测的候选基因均含有Na+/H+exchange功能域;NaCl胁迫下,预测的16个基因在叶片中的表达差异大,但在8 h以后均为负调控;在茎中,PEG6000处理下,PbNHX1的表达量显著增高,且高于同一时期NaCl胁迫下的表达水平,仅在48 h时低于同一时期NaCl胁迫下的表达水平;在根中,基因PbNHX12、PbNHX13、PbNHX14和PbNHX15在NaCl胁迫和PEG6000处理下在任何时间段均为负调控。【结论】在盐胁迫过程中,与拟南芥NHX基因进化关系最近的PbNHX1和PbNHX11呈现出负调控模式,与拟南芥KEA基因进化关系相近的PbNHX10和PbNHX7可能参与K+的运输。 相似文献
4.
借助生物信息学工具对辣椒热激蛋白HSP90家族基因进行鉴定，并分析其理化性质、结构特征、系统进化关系以及在各组织器官和高温胁迫下的表达模式。结果表明，辣椒基因组中含有7个HSP90家族基因，分布于5条染色体上，内含子数2 ~ 19不等，含有5个保守基序；系统进化关系分析显示辣椒7个HSP90家族基因分为3组；亚细胞定位结果显示辣椒HSP90蛋白定位于细胞质与内质网中；基于已发表的转录组数据进行组织表达分析，HSP90在不同组织中的表达模式不同；高温处理可不同程度地激活HSP90的表达。 相似文献
5.
《园艺学报》2021,(5)
以辣椒基因组数据为基础,利用生物信息学方法,对辣椒B-box家族基因进行了染色体定位、基因结构、系统进化及组织表达模式等分析,并通过qRT-PCR方法对该家族基因在激素及非生物胁迫下的转录水平进行了检测。辣椒全基因组中共鉴定出26个BBX家族成员,分布于辣椒12条染色体上。系统进化分析分析发现,辣椒BBX蛋白成员可进一步分为5类:groupⅠ～Ⅴ。其中,groupⅠ包含两个B-box结构域;groupⅡ和Ⅲ中的蛋白除CaBBX25外,都包含B-box1、B-box2和CCT结构域;groupⅣ仅包含1个B-box结构域;groupⅤ含有1个B-box和1个CCT结构域。同一进化分类中的成员通常具有相同或者相似的外显子数,其蛋白中保守基序的构成也具有较高的相似性。组织特异性表达分析发现,除D类基因外,其他17个基因在不同器官或者果实的不同发育时期都有着较高的表达水平。qRT-PCR分析发现,10个CaBBX基因受到激素和非生物胁迫不同程度的诱导表达。 相似文献
6.
为深入了解β–酮脂酰辅酶A合酶(β-ketoacyl-CoAsynthase,KCS)基因家族在辣椒基因组中的特征,利用生物信息学方法鉴定所有KCS基因家族成员,对基因染色体定位、系统发育关系、基因结构、蛋白保守基序和组织表达模式等进行分析,并通过qRT-PCR方法检测基因在高温、低温和NaCl胁迫下的响应。从辣椒基因组中共鉴定出22个KCS家族基因,其不均匀地分布在辣椒的9条染色体上;系统发育分析表明辣椒KCS基因家族可分为4组,每组含有不同数量的基因;该家族成员含有0~3个内含子,保守基序有6~14个;KCS家族基因具有不同的表达模式;高温、低温和NaCl处理可以抑制或激活该家族成员的表达。 相似文献
7.
以葡萄砧木‘1103P’为试材,筛选获得了4 个受盐强烈诱导的R2R3-MYB 基因,系统进化
分析表明其编码蛋白属于不同的拟南芥R2R3-MYB 亚组。该4 个基因在根、茎、叶和果实中呈组成型表
达,但具有不同的表达水平,尤其是VvMYB112 在葡萄根系中具有较高的表达水平。在4 个基因中,
VvMYB112 能响应100 ~ 200 mmol · L-1 高盐处理。此外,VvMYB112 和VvMYB15 也能被聚乙二醇（PEG6000）
和低温诱导,而VvMYB107 和VvMYB87 对PEG6000 和低温不敏感或受其抑制。表明这4 个基因可能通
过不同的途径介导抗盐性。 相似文献
8.
背景:热休克因子(Hsf)在植物生长和防御过程中具有重要作用。辣椒(Capsicum annuum L.)是重要的蔬菜作物,其产量和质量受高温、盐渍及渗透胁迫等环境胁迫影响而严重降低。尽管辣椒基因组测序已经完成,但Hsf家族在非生物胁迫条件下的作用尚不明确。结果:通过生物信息学分析及PCR检测,在辣椒基因组中共鉴定出25个CaHsf。根据Hsf的保守结构域,CaHsf可分为3类,分别是CaHsf A、CaHsf B和CaHsf C;除第11号染色体外,该家族基因在其他11条染色体上均有分布;除CaHsf A5外,该家族蛋白均能形成蛋白互作网络。据辣椒栽培种CM334的转录组数据,大部分CaHsf基因在根、茎、叶、果皮、胎座等组织中不止一处表达。q RT-PCR表明,除耐热株系R9叶片中的CaHsfC1外,所有CaHsf均响应高温胁迫(40℃,2 h);且其表达模式与热敏株系B6的CaHsf表达模式不同。许多CaHsf也受到盐胁迫、渗透胁迫、外源Ca~(2+)、腐胺、ABA和茉莉酮酸甲酯的调控。此外,CaHsfA2定位于细胞核,且具有转录活性,具有Hsf的典型特征。随时间变化,CaHsfA2响应高温胁迫的表达谱表明,CaHsfA2在辣椒热敏株系B6与耐热株系R9中的表达模式与表达水平均不相同。结论:从辣椒基因组中鉴定了25个Hsf,多数响应高温胁迫、盐胁迫、渗透胁迫及外源物质,为进一步研究辣椒CaHsf在各非生物胁迫中的功能及相应的信号转导途径奠定了基础。 相似文献
9.
通过生物信息学分析,从‘金冠’苹果基因组鉴定得到了11个细胞分裂素响应因子（CRF）基因。根据基因在染色体上的位置,将其依次命名为MdCRF1 ~ MdCRF11,并对其进行理化特性、基因结构、系统进化和启动子元件分析。MdCRF编码的蛋白在137 ~ 435 aa之间,等电点在4.26 ~ 9.68之间。基因结构分析发现,MdCRF1有2个外显子1个内含子,MdCRF11有3个外显子2个内含子,其余基因都只含有外显子,没有内含子;保守基序列分析发现,MdCRF蛋白的保守基序数量在5 ~ 9。通过系统进化分析将家族成员分为G1、G2和G3共3个亚组,每个亚组内成员数量相对均匀。组织特异性表达分析发现11个基因在不同杂交种苹果和不同器官中的表达量存在明显差异。以苹果砧木‘T337’为材料,qPCR验证了MdCRF家族基因大部分在根、茎、愈伤组织中高表达,同时也响应生根处理表达量发生显著下调。对11个MdCRF蛋白之间的网络调控关系进行了研究,分析预测了相关基因间的潜在联系。结合分析可知,其中MdCRF8、MdCRF10和MdCRF11可能参与调控苹果砧木不定根发育。 相似文献
10.
利用生物信息学手段，在辣椒‘遵辣1号’中鉴定到12个碱基–抗坏血酸转运蛋白（NAT）基因，命名为CaNAT01 ~ CaNAT12，它们不均等的分布在7条染色体上，片段复制和串联复制是其扩增的原因。CaNATs包含多个跨膜结构域，等电点主要集中在8.39 ~ 10.15。系统进化分析发现植物中的NAT起源于D亚组基因，后经过分化，在双子叶植物中稳定存在4个亚组，C亚组基因间的核苷酸差异最小，在进化过程中最保守，CaNATs在这4个亚组均有不同分布。辣椒NAT家族基因具有明显的组织表达差异性，部分基因在根、茎以及果实发育过程中具有重要的调控作用。在低温、高温、干旱和盐胁迫下通过qRT-PCR分析发现CaNATs具有不同程度的响应，对低温和高温具有较强的响应。 相似文献
11.
辣椒TPS家族成员的鉴定与CaTPS1的表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用生物信息学方法,从辣椒全基因组数据库中共鉴定出11个辣椒TPS基因,除Ca TPS3含有1个TPS和2个TPP结构域外,其余分别含有1个TPS和1个TPP结构域。11个Ca TPS分为2类,ClassⅠ包含3个基因(Ca TPS1~Ca TPS3),分别含有16、16和13个内含子,Ca TPS1和Ca TPS2含Motif 1~Motif 5各1个,而Ca TPS3含有2个Motif 4和1个Motif 3。ClassⅡ包含8个基因(Ca TPS4~Ca TPS11),均含有2个内含子,且分别含Motif 1~Motif 6各1个。利用荧光定量PCR对Ca TPS1在辣椒组织表达的特异性和低温应答模式进行分析,结果表明:Ca TPS1在叶片中的表达量大约是根和茎中的5~6倍,说明Ca TPS1的表达具有明显的组织特异性;低温处理后Ca TPS1在根和茎中的表达高峰出现时间明显早于叶片,说明不同组织中Ca TPS1对低温胁迫的应答时间存在一定差异。 相似文献
12.
为探明硅缓解聚乙二醇（PEG）渗透胁迫抑制黄瓜种子萌发的调控机理，以‘新春4号’黄瓜（Cucumis sativus L.）种子为试材，PEG模拟干旱胁迫，以蒸馏水为对照，研究硅处理（0.5 mmol ? L-1 Si）、PEG处理（10% PEG）、PEG与硅共处理（PEG + Si）对黄瓜种子萌发、膜脂过氧化、渗透调节、抗氧化酶系统及碳水化合物代谢的影响。结果表明，与对照相比，10% PEG处理显著抑制黄瓜种子的萌发，其发芽势、发芽率、芽苗全长及鲜质量显著降低，丙二醛（MDA）和游离脯氨酸（Pro）含量显著升高，抗氧化酶活性升高，PEG + Si处理可显著缓解干旱胁迫对黄瓜种子萌发的抑制作用，发芽势、芽苗全长及鲜质量显著大于PEG处理，MDA及Pro的含量显著低于PEG处理，抗氧化酶活性显著提高；正常条件下，Si处理黄瓜种子的发芽势、发芽率、芽苗全长、鲜质量、MDA含量、Pro含量以及抗氧化酶活性与对照均无显著差异。与对照相比，在种子萌发0 ~ 48 h，10% PEG处理的淀粉含量高而可溶性糖含量低，同时降低了α–淀粉酶和β–淀粉酶活性，萌发36 h时，黄瓜种子α–淀粉酶（AMY）和β–淀粉酶（BMY）基因的表达水平显著下调；PEG + Si处理显著降低了淀粉含量，提高了可溶性糖含量、α–淀粉酶和β–淀粉酶活性，显著上调了AMY和BMY基因表达水平；Si处理淀粉含量、可溶性糖含量、α–淀粉酶和β–淀粉酶活性变化趋势与对照一致且无显著差异，显著上调了BMY的基因表达，对AMY无显著影响。可见，在干旱胁迫下，Si通过提高黄瓜种子抗氧化酶活性、淀粉水解酶活性、减少MDA积累量和上调AMY、BMY基因表达水平，缓解了干旱胁迫对种子的脂质过氧化损伤，提高了碳水化合物的转化速率，促进种子萌发。 相似文献
13.
植株表面茸毛常与抗虫、耐干旱、耐盐、抗病及防御紫外线辐射等有着直接或间接的关系,在抗性育种中有着重要的潜在利用价值。本试验以多茸毛辣椒材料1789M和无茸毛辣椒材料1788W及其F1、F2群体为试材,观察辣椒体表茸毛的形态特征及其分布特点,研究辣椒茸毛性状的遗传规律,并结合群体分离分析法(BSA)对辣椒茸毛基因进行定位。结果表明:辣椒植株茸毛是由部分表皮细胞向上突起形成,以直立不分杈的单茸毛为主,并且植株不同部位的茸毛密度不同,一般为幼茎成熟茎叶片背面叶片正面;辣椒茸毛性状由1对显性核基因控制,该基因被定位在辣椒10号染色体上,位于SSR标记ssr10-19和ssr10-21之间,且两标记与该茸毛基因的相对遗传距离分别为5.3c M和13.3c M。 相似文献
14.
为了提高彩椒坐果率和降低畸形果率,以彩椒品种世季红为试材,研究3种配方保花保果剂对彩椒产量、坐果数和商品果率的影响,并在低温弱光照、亚适温弱光照和高温条件下比较最优配方在朝天椒、线椒和牛角椒上的应用效果。结果表明,喷施配方P_2(A液:复硝酚钠0.03 g·m L~(-1),B液:赤霉素0.10 g·m L~(-1)、2,4-D钠盐0.01 g·m L~(-1)、萘乙酸钠盐0.10g·m L~(-1))对彩椒保花保果效果最佳,小区产量、坐果数均显著高于对照,且商品果率和单果质量与对照无显著差异。在逆境条件下不同类型辣椒喷施配方P_2后,小区产量和坐果数均显著提高,商品果率和单果质量与对照无显著差异。综上,配方P_2能解决甜(辣)椒畸形果率与坐果率的矛盾且稳定性好,不同类型辣椒品种在不同逆境下均可应用配方P_2进行保花保果。 相似文献
15.
为了分离和克隆辣椒中疫霉菌诱导基因,以接种辣椒疫霉菌的叶片为材料,利用SMART技术构建辣椒疫霉菌与辣椒互作的双杂交c DNA文库。结果表明:该文库容量为3.6×106cfu,重组率88%左右,插入片段集中在300~2000bp之间,平均长度约为800bp,表明获得的文库质量较高,该文库将为分子育种提供重要的基因资源。 相似文献
16.
中国芦荟AIDREB2基因的克隆及其胁迫表达 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究中国芦荟的抗逆机理,以cDNA为模板,利用3'RACE和PCR扩增方法,克隆得到了一个编码DREB蛋白的基因,命名为AlDREB2,GenBank登录号为FJ560460.其cDNA序列全长为886bp,包含一个636 bp的开放阅读框,推导编码的氨基酸序列(212个氨基酸)与库拉索芦荟AlDREBI的序列相似性很高.进化树分析结果将AlDREB2归入DREB亚家族中A-6亚组.利用RT-PCR技术分析了AlDREB2基因的表达与胁迫的关系,表明AlDREB2基因在非生物胁迫与生物胁迫中能够被不同程度诱导表达. 相似文献