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1.
采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16SrRNA基因测序文库,共获得7462个OTU (Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属.对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群.在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80-115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道.本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律. 相似文献
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池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 总被引：4，自引：3，他引：4
为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。 相似文献
3.
采用Illumina MiSep高通量测序技术,比较室内养殖条件下巴里坤卤虫(Artemia parthenogenetica)在无节幼虫期(S1)、后无节幼虫期(S2)、拟成虫期(S3)和成虫期(S4)的肠道菌群结构特征。结果显示:1)在门水平上,变形菌门和厚壁菌门为各发育时期优势菌群,拟杆菌门和放线菌门相对丰度随发育进行逐渐增加。2)在纲水平上,无节幼虫期优势菌群为α-变形菌纲,而后无节幼虫期、拟成虫期和成虫期为γ-变形菌纲。3)在属水平上,假单胞菌属相对丰度随发育进行呈递增趋势,而微小杆菌属相对丰度处于波动状态。结果表明,巴里坤卤虫不同发育时期的肠道菌群结构存在明显差异。 相似文献
4.
为探究江鳕(Lota lota)肠道菌群结构特征,采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对3龄、4龄、5龄野生江鳕的雌、雄样本进行了微生物测序和分析。结果显示,3个年龄组江鳕的肠道菌群丰度及多样性差异不显著(P＞0.05),同一年龄雌、雄江鳕间的肠道菌群丰度及多样性差异不显著(P＞0.05)。江鳕肠道内容物的优势菌门为变形菌门和厚壁菌门,与鱼类肠道中最普遍和共存的细菌类群相同。Mycoplasma(支原体属)存在于所有样品中,且为优势菌群,其功能有待进一步研究。 相似文献
5.
该研究基于Illumina MiSeq高通量测序技术,对周期性缺氧应激下花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群结构的变化进行分析,为研究其幼鱼肠道菌群对环境缺氧的适应机制提供参考依据。结果显示,周期性缺氧导致花鲈肠道菌群多样性和丰富度显著增加(P0.05),群落结构复杂化,缺氧组和常氧组群落组成存在较大差异。缺氧组肠道菌群分类操作单元相比常氧组显著增加(P0.05),其特有操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数达1 003个。门分类水平上,变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门为2组肠道菌群的主要组成菌门。与常氧组相比,缺氧组变形菌门相对丰度显著降低(P0.05),而拟杆菌门相对丰度显著升高(P0.05);纲水平上,缺氧组α变形菌纲和芽孢杆菌纲相对丰度显著降低(P0.05),梭菌纲、γ变形菌纲和拟杆菌纲相对丰度显著升高(P0.05)。此外,周期性缺氧应激还引起花鲈肠道内厌氧绳菌科、毛螺菌科、瘤胃菌科等厌氧或兼性厌氧菌和绿硫菌科等光合产氧菌类相对丰度升高。 相似文献
6.
通过运用16S rDNA高通量测序技术,研究了蓝藻水华的发生对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)体内及其养殖环境中微生物群落结构的影响。结果显示,蓝藻水华以蓝藻门的浮丝藻(Planktothrix sp.)和拉氏拟柱胞藻(Cylindrospermopsis raciborskii)为优势种。总体来看,蓝藻池中的群落丰富度高于对照池,微生物多样性低于对照池。蓝藻池和对照池中伊乐藻中的细菌种类很少,而底泥中的细菌种类很丰富。基于门水平下的菌群分类,在蓝藻池水中优势菌群为蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),对照池水中则为变形菌门、放线菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes)。中华绒螯蟹鳃中均以放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌,但在物种相对丰度上存在差异;中华绒螯蟹肠道均以拟杆菌门、柔膜菌门(Tenericutes)、变形菌门、厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌。基于属水平下的菌群分类,蓝藻池池水的优势菌群为浮丝藻属(Planktothrix)、CL500-29_marine_group属和hgcI_clade属,对照池池水中以不动杆菌属(Acinetobacter)、Candidatus_Aquiluna属和hgcI_clade属为优势菌属。中华绒螯蟹鳃中优势属为Ilumatobacter属,且蓝藻池中Ilumatobacter属生物相对丰度更高;中华绒螯蟹肠道样品中Candidatus_Bacilloplasma属和Prolixiibacter属生物相对丰度较高。基于NMDS分析,中华绒螯蟹肠道的菌群结构较为稳定,样本层级聚类分析的结果也映证了这一点。研究结果表明,蓝藻水华的发生会影响养殖环境和中华绒螯蟹肠道及鳃的菌群结构。 相似文献
7.
为探究抗生素药浴对仿刺参幼参肠道菌群的影响，在刺参工厂化保苗期倒池时设置普通组和药浴组(普通组幼参为倒池未药浴正常培养，药浴组幼参用质量浓度0.1 g/L的氟苯尼考药浴15 min),分别于倒池后24、48、72 h,取2组仿刺参肠道样品进行16S rDNA高通量测序分析。试验结果显示，普通组幼参与倒池前的幼参肠道菌群结构基本一致，药浴组幼参肠道菌群结构变化较大，细菌多样性在24 h最高，随后逐渐降低。普通幼参优势菌门变形菌门相对丰度达98%以上，药浴后24、48、72 h,幼参肠道变形菌门相对丰度分别为90.51%、92.99%、96.63%,放线菌门、浮霉菌门、拟杆菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、疣微菌门、厚壁菌门相对丰度有所提高，并新出现达达菌门、德潘菌门和芽单胞菌门。普通组幼参肠道中优势菌属新草螺菌属占比达95%以上；药浴后24 h幼参肠道中新草螺菌属相对丰度降低至2.46%,叶杆菌属、Candidatus Competibacter、鞘氨醇单胞菌属等成为新的优势菌属，药浴后48、72 h幼参肠道中新草螺菌属相对丰度逐渐升至36.7%、69.9%,其他菌属相对丰度逐渐降低，肠道菌群结... 相似文献
8.
采集常规饲养的健康许氏平鲉1日龄仔鱼,9、20日龄稚鱼,54、95日龄幼鱼,运用Illumina MiSeq PE300平台,对其肠道微生物的16S rDNA V3~V4可变区进行高通量测序,共获得1039个运算分类单位、667个属。在丰度高于1%的菌属水平上,野生鱼肠道菌群丰度的平均值(86%)远高于幼鱼时期的平均值(73.5%)。不动杆菌属为仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道中最优势菌属(丰度为26.2%~45.3%);短芽孢杆菌属次之。结合共有菌属分析获得11个核心菌群,芽孢杆菌属、短芽孢杆菌属、不动杆菌属、根瘤菌属等的丰度随仔鱼、稚鱼、幼鱼生长先升后降,均在54日龄时丰度最高;弧菌属则呈现相反的趋势(0.37%~12.41%),54日龄时丰度最低。仔鱼、稚鱼、幼鱼与野生个体肠道仅有14个共有菌属,短芽孢杆菌属、Massilia的最小丰度值分别是野生个体肠道中最大丰度值的9倍和32倍,差异明显。本研究揭示了许氏平鲉仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道菌群结构特征及其发生、发育的过程,为苗种繁育阶段肠道生理健康调控提供理论依据。 相似文献
9.
为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系,本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征,并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示,刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外,肠道菌群具有一定的独立性,其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi),以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库,共注释到300条三级代谢通路,其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面,具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明,刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性,但相对丰度存在显著性差异。本研究结果可为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。 相似文献
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探究了工厂化、网箱养殖模式对黄条鰤(Seriola lalandi)幼鱼生长性能及消化道菌群的影响, 通过 16S rRNA 高通量测序和生物信息学方法, 分析了两种养殖模式下黄条鰤幼鱼消化道(胃、幽门盲囊、肠道)、饵料及养殖水中的菌群结构特征及其互作关系。结果显示, 本实验条件下, 网箱养殖黄条鰤幼鱼较工厂化养殖鱼生长性能显著提升; 在黄条鰤幼鱼消化道菌群方面, 门水平上的拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和属水平上的拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、拟杆菌属(Bacteroides)在网箱养殖模式中其丰度值高于工厂化养殖模式, 其中拟杆菌属仅出现于网箱养殖模式且呈现显著性差异; Beta 多样性分析显示消化道菌群更多受到饵料菌群的影响, 受水环境影响相对较小。KEGG 注释分析表明两种养殖模式的差异菌群中, 网箱养殖幼鱼消化道菌群主要参与磷酸转移酶系统 (PTS)和 NOD 样受体信号通路, 而工厂化养殖幼鱼为碳水化合物代谢和类胡萝卜素合成通路。本研究表明, 环境菌群中, 饵料菌群对消化道菌群的影响大于养殖水体菌群; 消化道微生物群落通过调整其组成结构从而改变菌群功能通路的方式, 积极参与两种养殖模式下黄条鰤幼鱼生长机能差异的调控。因此, 网箱养殖鱼表现出更快速的生长性能可能是由于机体内的菌群产生了更多的短链脂肪酸并诱导 IGF-1 等生长相关功能基因的表达, 从而促进机体的营养吸收和生长。本研究预期结果将为黄条鰤专用配合饲料的研制和健康养殖技术开发提供微生态理论支撑。 相似文献
11.
采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。 相似文献
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对人工饲养条件下牙鲆(Paralichthysolivaceus)早期发育阶段摄食节律进行实验研究。在水温15.0~17.5℃条件下,初孵仔鱼约经5~6d开口摄食,开口饵料为经120目筛网过滤的褶皱臂尾轮虫,17~20d投喂卤虫无节幼体,21d后开始投喂桡足类直至幼鱼阶段,通过对1090尾仔、稚、幼鱼的测定,统计结果得出:饵料充足时饱食个体占65.8%,日间摄食率达93.7%,10日龄后[全长大于(5.20±0.24)mm]牙鲆日间的摄食率达100%,空胃个体主要出现在10日龄前。仔、稚鱼在早晨8:00和下午16:00出现两个摄食高峰,夜间基本不摄食。幼鱼夜间摄食则比较活跃,摄食量与仔、稚鱼相比明显增加,下午16:00仍为幼鱼摄食高峰,实验结果表明,牙鲆仔、稚、幼鱼具有明显的摄食节律,呈现白天摄食为主,清晨和黄昏双高峰的特点。 相似文献
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俄罗斯鲟的细胞遗传学分析 总被引：8，自引：0，他引：8
实验对人工饲养条件下牙鲆(Paralichthys olivaceus)早期发育阶段摄食节律进行研究。在水温14.4~17.6℃条件下,初孵仔鱼约经5~6d开口摄食,开口饵料为经120目筛网过滤的褶皱臂尾轮虫(Bruchionus plicatilis),17~20d投喂卤虫无节幼体(Artemianauplii),21d后开始投喂桡足类(Copepoda)直至幼鱼阶段。通过对1 090尾仔、稚、幼鱼的测定、统计结果得出:饵料充足时饱食个体占65.8%,日间摄食率达93.7%,10日龄后[全长大于(5.20±0.24)mm],牙鲆日间的摄食率达100%,空胃个体主要出现在10日龄前。仔、稚鱼在早晨8:00和下午16:00出现两个摄食高峰,夜间基本不摄食。幼鱼夜间摄食则比较活跃,摄食量与仔、稚鱼相比明显增加,下午16:00仍为幼鱼摄食高峰。实验结果表明,牙鲆仔、稚、幼鱼具有明显的摄食节律,呈现白天摄食为主,清晨和黄昏双高峰的特点。 相似文献
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为研究大豆皂甙对大菱鲆幼鱼生长性能、消化酶活性、肠道组织结构完整性和肠道菌群结构的影响,在以鱼粉为蛋白源的基础饲料中分别添加0%和0.3%的大豆皂甙,配制成鱼粉组和大豆皂甙组2种等氮等脂的实验饲料来投喂体质量为(4.63±0.01) g的大菱鲆进行12周的摄食生长实验。结果显示,饲料中添加0.3%的大豆皂甙对大菱鲆的生长性能没有产生显著影响,但显著降低了胃蛋白酶及肠淀粉酶活性;2组实验中大菱鲆肠道组织形态无明显差异,但大豆皂甙组肠道紧密连接蛋白的基因表达量显著降低。肠道菌群分析结果显示,大菱鲆肠道中相对丰度最高的门和属分别为变形菌门和盐单胞菌属。LEfSe和MetaStat分析显示,饲料中添加大豆皂甙后显著提高了大菱鲆肠道内优势菌(变形菌门及希瓦氏菌属),皂甙水解相关的肠道微生物(鞘脂单胞菌属、普氏菌属、栖瘤胃普雷沃菌以及普通拟杆菌)及潜在致病菌(莫氏杆菌属和发光杆菌属)的相对丰度,同时显著降低了Caenimonas、Niastella和条件致病菌罗尔斯通菌属的相对丰度。研究表明,0.3%大豆皂甙抑制了大菱鲆消化酶活性及肠道紧密连接蛋白的基因表达,且引起了大菱鲆肠道菌群结构的显著改变。因此,大豆皂甙对鱼类肠道健康尤其是肠道菌群的影响不容忽视,值得进一步研究。 相似文献
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利用MiSeq高通量测序技术测定16S rRNA基因序列,分析比较池塘金边鲤、稻田金边鲤、池塘建鲤和稻田建鲤4组鲤鱼肠道菌群的结构组成和丰度差异。试验结果显示,池塘金边鲤组、稻田金边鲤组、池塘建鲤组和稻田建鲤组分别获得了377、250、367和455个运算分类单元,其中运算分类单元聚类分析发现,稻田建鲤组与另外3组差异最大;菌群多样性分析发现,池塘金边鲤组的辛普森指数显著高于其他3组(P0.05),而稻田建鲤组及稻田金边鲤组的香农指数分别为1.56±0.22和2.53±0.82,均高于对应的池塘组,但差异不显著(P0.05);此外,池塘金边鲤组中变形菌门(89.56%)和气单胞菌属(82.68%)在其肠道菌群组成中占有绝对优势(P0.05),而另外3组在门分类水平和属分类水平的菌群结构和相对丰度较为相似,优势菌门均为变形菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,主要优势菌属为鲸杆菌属、气单胞菌属和乳球菌属;京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能预测比较分析发现,各组样品的肠道微生物富集到了多个相同的代谢途径以及部分信号传导、调节和修复机制相关信号通路。本研究结果发现,在稻田和池塘养殖模式下,金边鲤的肠道优势菌群种类、相对丰度以及参与的信号通路与建鲤无显著差异,提示金边鲤与其他鲤鱼一样可适应这两种养殖模式。 相似文献
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为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。 相似文献
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转口期是皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)早期育苗的重要时期,本研究结合16S rDNA高通量测序和生物信息学技术,分析皱纹盘鲍转口前(T0)、转口后第4天(T4)、第10天(T10)、第35天(T35)和第40天(T40)的肠道菌群结构和多样性。结果显示,皱纹盘鲍T35和T40的肠道菌群多样性低于T0和T4。主成分分析(PCA)显示,T0~T4、T35~T40肠道菌群结构相似度高,T10属于转口期肠道菌群演替变化的过渡阶段。鲍转口期肠道内优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes);优势菌属在转口期不同阶段呈现明显的变化,到后期逐渐趋于稳定。Lentilitoribacter是T0和T4的主要优势菌属;到了T10,弓形菌属(Arcobacter)和弧菌属(Vibrio)的相对丰度增加,Lentilitoribacter减少;在转口后期(T35和T40),弧菌属和Formosa则占绝对优势。LEfSe分析共获得59个生物标志物,各个组的生物标志物与其阶段的优势菌群相对应。共发生网络图结果显示,T35阶段的网络关系最为复杂,皱纹盘鲍肠道菌群之间的关系随着转口期的进行发生改变。Tax4Fun功能预测显示,随着转口期的进行,稚鲍肠道菌群所编码的基因多与代谢有关。本研究首次以微生物学的角度揭示了转口期皱纹盘鲍对饵料的适应机制,为皱纹盘鲍的健康养殖奠定了理论基础。 相似文献
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为了解在不同投喂方式下大黄鱼的肠道微生态结构,研究采用高通量测序的方法对投喂冰鲜饲料和投喂颗粒饲料的大黄鱼的肠道菌群进行高通量测序,分析了肠道菌群结构差异。研究表明:变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻门(Cyanobacteria)是大黄鱼肠道的主要菌群,其中变形菌门的丰度超过了30%;不同投喂组的大黄鱼肠道菌群结构存在一定差异,投喂冰鲜料组大黄鱼肠道内菌群OTUs和菌群的α多样性略低于投喂颗粒料的。 相似文献
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长江鲟(Acipenser dabryanus)为中国特有鱼类,已被国际自然保护联盟(IUCN)列为极危级(CR)物种。通过Illumina高通量测序技术,探究了长江鲟幼鱼黏液、肠道内容物及其养殖水体的微生物菌群组成、多样性及动态变化,以期为长江鲟幼鱼健康养殖和病害分析提供参考依据。结果显示：养殖水体微生物多样性最高,黏液次之,肠道内容物最低。黏液和肠道内容物微生物菌群结构更为相似,且可与养殖水体微生物菌群区分开来。在门水平,黏液和肠道内容物均以放线菌门、变形菌门和厚壁菌门为主;养殖水体则以变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门为主。研究还发现7种可能的病原菌在养殖水体和黏液中富集,当鱼体处于应激状态或养殖环境恶化时,可能导致病害发生。BugBase表型预测分析发现,长江鲟幼鱼黏液、肠道内容物及其养殖水体中存在革兰氏阴性菌和阳性菌。其中肠道内容物的优势菌群为革兰氏阳性菌,占比超过60%;黏液和养殖水体的优势菌群均为革兰氏阴性菌,占比分别为60%和70%。在氧气需求方面,黏液和肠道内容物以好氧菌为主,养殖水体以好氧菌和兼性厌氧菌为主。 相似文献
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玉米蛋白粉对大黄鱼生长、肠道组织结构及肠道菌群的影响 总被引：1，自引：1，他引：0
为了探讨玉米蛋白粉替代鱼粉对大黄鱼(Larimichthys crocea)生长、肠道组织结构及肠道微生物菌群的影响,进行了为期8周的生长实验。以初始体重为(10.49±0.03)g的大黄鱼幼鱼为研究对象,用玉米蛋白粉分别替代基础饲料(含40%鱼粉)中0%(FM,对照组)、15%(CGM15)、30%(CGM30)、45%(CGM45)、60%(CGM60)、75%(CGM75)的鱼粉,配制6种等氮(粗蛋白含量45%)等脂(粗脂肪含量10%)的实验饲料。56 d投喂实验结束后,各处理组幼鱼的存活率与特定生长率以及饲料系数等指标均无显差异(P0.05)。从肠道组织学发现,各处理组与对照组(FM)的幼鱼肠道组织结构肠黏膜、皱襞高度、杯状细胞个数均无显著差异性(P0.05),但CGM60组的幼鱼部分肠黏膜上皮细胞被破坏,上皮细胞排列紊乱,纹状缘出现缺刻,肠绒毛部分出现脱落或破损;CGM75组的幼鱼肠道的皱襞高度变短,皱襞密度降低,皱襞个数减少。选取FM、CGM15(生长相对较好)和CGM75(生长相对较差)三组运用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析幼鱼肠道菌群的物种丰富度指数(chao1)、香农指数(Shannon)、辛普森指数(Simpson)和覆盖率(good coverage)均无显著差异(P0.05);基于门水平,FM、CGM15和CGM75组的幼鱼肠道细菌中优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)。而在属水平,类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、嗜碱菌属(Alkaliphilus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)为其优势菌群。分析属水平差异菌属发现,与FM组相比较,CGM15和CGM75组均显著增加了链球菌属(Streptococcus)的物种丰度(P0.05);与FM组相比,CGM15组显著降低了德沃斯氏菌(Devosia)和纤维弧菌属(Cellvibrio)的物种丰度(P0.05);与FM组相比,CGM75组显著增加了葡萄球菌属(Staphylococcus)的物种丰度(P0.05)。综上所述,玉米蛋白粉替代鱼粉达45%时对大黄鱼幼鱼的生长、肠道组织结构及肠道优势菌群均影响不大。 相似文献