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《中国家禽》2019,(3)
为探讨广西地方鸡品种遗传关系及群体遗传结构,利用21对荧光标记微卫星引物对广西三黄鸡(SH)、霞烟鸡(XY)、广西麻鸡(GXM)、南丹瑶鸡(NDY)、龙胜凤鸡(LSF)、灵山香鸡(LSX)、凌云乌鸡(LYW)、东兰乌鸡(DLW)和六画山鸡(LHS)等广西地方品种的平均等位基因数(NA)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、品种的杂交情况和群体间的遗传距离进行分析,构建了基于NJ和UPGMA的进化树。结果显示:广西9个地方品种的平均等位基因数为5.26～8.86;观察杂合度最高的是XY,而期望杂合度最高的是GXM;多态信息含量最高的是GXM,最低的是LHS。除了LHS的PIC小于0.5外,其它品种均高于0.5;品种归属分析显示,NDY、LSF、LSX和LHS 4个品种的归属比率都为100%;XY、GXM、LYW和SH。9个品种中SH、XY、LSX和DLW处于Hardy-Weinberg不平衡。群体进化树分析显示,龙胜凤鸡和六画山鸡是一个相对独立的类群,其余7个品种聚为一个较为复杂的大类群。结果表明,广西大部分地方鸡品种的保种效果较理想,保种方案可行,广西地方品种形成与品种所处的地理环境可能存在某种联系。 相似文献
3.
《畜牧与兽医》2017,(8):6-9
为了解兴国灰鹅的遗传多样性,揭示其群体遗传结构,利用10个微卫星标记对兴国灰鹅进行哈代-温伯格平衡(HW)检验,统计群体基因频率、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、等位基因(Na)和有效等位基因(Ne)等。结果显示:10个微卫星标记位点共检测到30个Na,其中Ne为20.549个;Ho、He及PIC值最高的标记为CKW21,分别为0.700、0.734 5、0.679 5;群体平均Ho为0.384、He为0.477 5,平均PIC为0.411 1,表明兴国灰鹅遗传多样性丰富;经HW检验,兴国灰鹅在10个标记位点中存在3个不平衡点,表明群体的遗传结构处于一个逐渐不平衡的状态。 相似文献
4.
本研究利用筛选后的12对荧光标记微卫星引物分析巢湖鸭原产地(庐江)与国家水禽种质资源基因库(泰州)2个群体的保种效果。检测判定了160个个体的基因型,通过计算2个群体的优势等位基因频率(P)i、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体内近交系数(Fi)s分析了巢湖鸭群体内和群体间的遗传变异,采用配对试验均数差异t检验比较了基因库保种群体与原产地群体的遗传差异。结果表明:基因库保种群体与原产地群体间的Pi无显著性差异(Pi=0.480>0.05);He和PIC均略高于原产地群体,但差异均不显著(PHe=0.209、PPIC=0.118);Fis显著高于原产地群体(PFis=0.022<0.05)。结果说明,基因库较好地保存了该品种并在一定程度上丰富了品种的遗传多样性,初步表明对巢湖鸭采取异地小群保种的方法是可行的。 相似文献
5.
《中国家禽》2021,(4)
为了对略阳乌鸡黑羽和白羽两个群体遗传多态性进行评估,研究从FAO推荐使用的30对微卫星标记中筛选出8个有效标记进行遗传分析。结果显示:8个微卫星位点在略阳乌鸡中共检测到41个等位基因,黑羽乌鸡和白羽乌鸡两个群体的等位基因数基本一致,但不同群体存在各自的优势等位基因和特有等位基因。略阳黑羽乌鸡8个位点的平均观察杂合度、平均期望杂合度、Nei′s期望杂合度和平均多态信息含量分别为1.0、0.789 5、0.750 0和0.663 1;白羽乌鸡8个位点的平均观察杂合度、平均期望杂合度、Nei′s期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.839 3、0.728 2、0.702 2和0.651 4。研究结果表明,略阳黑羽乌鸡和白羽乌鸡群体内均保存着较为丰富的遗传多样性,种群内不存在近交问题,该品种在选育和生产中没有导入外血,品种纯正,保留了较为原始的基因库。 相似文献
6.
旨在通过简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq)技术分析永登七山羊群体遗传多样性和群体结构,为永登七山羊作为新发现资源申报提供支撑。本研究以甘肃省4个地方绵羊群体(每个群体随机选取10只成年健康母羊)作为研究对象,利用SLAF技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。通过perl编程计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、香浓维纳指数(SHI)和基因多样性指数(Nei)等5个遗传多样性指标;PopLDdecay软件分析每个品种连锁不平衡情况;elgensoft软件进行主成分分析(PCA);mega x软件构建4个绵羊品种的系统发育树;structure软件进行群体遗传结构分析;gcta软件进行亲缘关系分析。结果表明,40只绵羊个体共检测到1 658 596个SNPs位点,其中大部分SNPs位点位于基因间区域。永登七山羊群体Ho、He、PIC、SHI、Nei指标值分别为0.082、0.277、0.221、0.411和0.305,且永登七山羊的连锁不平衡系数较高,... 相似文献
7.
本研究以10对荧光标记微卫星引物分析了我国2个地方鹅种(狮头鹅和皖西白鹅)原产地与基因库(泰州)共4个群体的保种效果。检测判定了狮头鹅和皖西白鹅共240个个体的基因型,通过计算4个群体的优势等位基因频率(P)i、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体内近交系数(Fis)分析了狮头鹅和皖西白鹅群体内和群体间的遗传变异,采用配对试验均数差异t检验比较了基因库保种群体与原产地群体的遗传差异,基因库保种群体与原产地群体间的Pi无显著差异(P0.05);He、PIC均略高于原产地群体,但差异均不显著(P0.05);Fis低于原产地群体,差异不显著(P0.05)。结果说明,基因库较好地保存了这2个品种并在一定程度上丰富了品种的遗传多样性,表明对我国地方鹅种采取异地小群保种的方法是可行的。 相似文献
8.
为了分析福建黄兔的遗传多态性,采用微卫星DNA标记技术,检测25只福建黄兔在15个微卫星位点上的遗传变异情况,统计了等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香隆信息指数(I)和多态信息含量(PIC)。结果表明:福建黄兔在15个微卫星位点共检测到97个Na,Ne为3.741 4±1.641 4,Ho为0.289 7±0.103 2,He为0.696 1±0.101 2,I为1.467 7±0.345 0,PIC为0.658 5±0.110 3,其中有7个位点处于哈迪-温伯格平衡状态(P0.05);福建黄兔除了在12L1E11和Sol44微卫星位点呈现中度多态外,其余的13个微卫星位点均呈现高度多态。说明福建黄兔在这15个微卫星位点呈现较丰富的遗传多态性。 相似文献
9.
为系统地评价、保护凤头白鸭资源的遗传多样性,进一步对其开发利用,本研究利用12个微卫星位点(STR分型技术)对凤头白鸭与连城白鸭(各60只)2个群体的遗传多样性参数进行检测和计算。结果表明:除位点AJ272578以外,凤头白鸭群体在APL2、AJ272577、AJ272579、AJ515884、APH01、AY493256、AY4932898、CMO11等8个STR位点上的等位基因多于连城白鸭,在AJ515887、AJ515893、AY493313等3个位点上与连城白鸭相等;凤头白鸭群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)均大于连城白鸭;2个群体的群体内近交系数(Fis)分别为-0.02、0.09,凤头白鸭群体表现为杂合子过剩。综上,凤头白鸭群体的遗传多样性较连城白鸭更为丰富。 相似文献
10.
黄颊长臂猿属于IUCN濒危物种,仅分布于老挝、越南和柬埔寨。该物种微卫星的研究尚未报道。本研究,对黄颊长臂猿SSR位点进行筛选,并对南京地区圈养黄颊长臂猿种群进行了遗传多样性分析,统计了等位基因数、有效等位基因数,计算了群体杂合度、多态信息含量(PIC)、亲缘系数等参数。结果显示,共获得黄颊长臂猿11个多态性微卫星位点,等位基因数在2—5之间,多态信息含量为0.175—0.701,观测杂合度(Ho)为0.067—0.8,期望杂合度(He)为0.191—0.770,其个体间亲缘系数普遍偏高。该圈养群体遗传多样性属于中度多态,为圈养种群的科学化管理提供依据。 相似文献
11.
《蚕业科学》2020,(1)
利用4个EST-SSR分子标记分析11个柞蚕品系的遗传多样性。结果显示,4个位点共检测到28个等位基因,平均有效等位基因数(effective number of allele,Ne)为2416个,基因观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)为0182～0400,期望杂合度(expected heterozygosity,He)为0524～0658,Shannon信息指数(Shannons information index,I)为0909～1363,群体分化系数(population differentiation coefficient,FST)均值为0337。群体的平均多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)为0239～0477,遗传距离为0085～1305。对11个柞蚕品系的遗传多样性分析进一步确认了柞蚕中等程度的遗传多样性,且近60%的遗传变异存在于品系内个体间。研究结果表明EST-SSR标记可用于柞蚕的分子系统学研究。 相似文献
12.
10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、表观杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、F-统计量(Fis、Fit、Fst)、基因流(Nm)、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量(PIC),采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示:15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)、群体间遗传分化系数(Fst)的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。 相似文献
13.
《黑龙江畜牧兽医》2017,(19)
为了研究鸡白介素-6(Interleukin-6,IL-6)抗病基因外显子4在群体中的多态性,试验采用测序法和群体遗传学方法进行数据分析,提取150日龄吉林高脚芦花鸡、吉林矮脚芦花鸡、吉林黑鸡肝脏DNA,依据Gen Bank中鸡IL-6基因序列扩增外显子4。结果表明:外显子4第76位氨基酸有AG的突变,共得到AA、AB、BB三种基因型。纯合度(Ho)分别为0.535,0.671,0.556,杂合度(He)分别为0.465,0.329,0.444,有效等位基因数(Ne)分别为1.869,1.490,1.799,多态信息含量(PIC)分别为0.345,0.275,0.346。 相似文献
14.
15.
本研究利用26个微卫星基因座对中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所保种场的五指山猪小群体58个样本进行了遗传学检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,统计了群体平均基因纯合率、等位基因数,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)。统计结果:全群平均基因纯合率为66.5%;平均多态信息含量、平均观测杂合度为、平均期望杂合度分别为0.807、0.338、0.835;每个位点平均等位基因数为11.92,此结果说明该群体虽然近交程度较高,但仍具有丰富的遗传多样性,遗传变异较大。 相似文献
16.
五指山猪小群体遗传学检测 总被引：3，自引：0，他引：3
本研究利用26个微卫星基因座对中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所保种场的五指山猪小群体58个样本进行了遗传学检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,统计了群体平均基因纯合率、等位基因数,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC).统计结果:全群平均基因纯合率为66.5%;平均多态信息含量、平均观测杂合度为、平均期望杂合度分别为0.807、0.338、0.835;每个位点平均等位基因数为11.92,此结果说明该群体虽然近交程度较高,但仍具有丰富的遗传多样性,遗传变异较大. 相似文献
17.
《中国畜牧杂志》2015,(19)
为评估坝上长尾鸡保种群的遗传结构和其他地方品种鸡的遗传关系,本研究利用20个微卫星DNA标记,采用微卫星荧光标记与毛细管电泳相结合的方法,检测了4个地方鸡品种共120个个体的遗传多样性。结果表明:20个微卫星位点中有19个微卫星位点均为高度多态,120个个体中共检测到253个等位基因,单个位点的等位基因数从4(MCW0103)~27(LEI0094)不等,平均为12.65。所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.697 5和0.673 6;所有群体均显示较高的期望杂合度,坝上长尾鸡最高,为0.747 2,太行鸡相对比较低,为0.698 0,平均遗传分化系数为0.098,群体内的近交系数为20.4%,杂合子缺失的水平不高;群体的Nei′s遗传距离从0.059 7(广西麻鸡-太行鸡)~0.689 0(北京油鸡-太行鸡)不等。UPGMA系统发生树中,广西麻鸡和太行鸡聚为一类,然后又于坝上长尾鸡聚在一起。北京油鸡独自聚为一类。UPGMA系统发育树结果与这些鸡品种的外貌形态相吻合。 相似文献
18.
为了分析贵州白山羊PRDM16(Positive Regulatory Domain Containing 16,PRDM16)基因表达水平及核苷酸变异位点（SNPs）与生长性状的关联性，本研究利用混合池测序筛选PRDM16基因变异位点，采用PopGene 32.0软件计算等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、遗传杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）和Hardy-Weinberg平衡状态；应用PIC软件计算多态性信息含量（PIC），应用RT-PCR检测PRDM16基因在不同性别白山羊背最长肌中表达水平；应用MINTAB软件分析核苷酸变异与生长性状的关联性。结果表明，贵州白山羊PRDM16基因P2区存在1个核苷酸变异位点g.342 A/G，且该位点的Ho高于He,PIC检测为中度多态，偏离Hardy-Weinberg平衡状态。RT-PCR结果表明，PRDM16基因mRNA在母羊背最长肌中的表达水平显著高于公羊。关联分析表明，贵州白山羊PRDM16基因g.342 A/G位点变异与胸围显著相关，存在等位基因A的群体具有更高的胸围指标，且等位基因间存在协同效应，杂合型群体AG较纯合型... 相似文献
19.
为了研究屏障环境下小规模保存实验用巴马小型猪的遗传学背景,试验运用19个微卫星基因座,对长期在屏障环境下封闭饲养的同世代、同父本但不同母本的3窝巴马小型猪(BM/HVRI猪)进行分子群体遗传学检测,计算平均等位基因数(Na)、平均观察杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He),检验Hardy-Weinberg平衡并进行遗传分化分析。结果表明:该群体的Na、Ho和He分别为3.05±0.71,0.703 7±0.019 2和0.574 6±0.023 1,3窝仔猪的He分别为0.558 3±0.029 3,0.552 0±0.037 3和0.549 2±0.030 8,且差异不显著(P>0.05);经完全枚举法检验,A窝和C窝分别有3个和5个基因座偏离Hardy-Weinberg平衡;经U检验,A窝和C窝分别有4个和6个基因座存在杂合子过剩,仅C窝1个基因座表现出杂合子缺失现象。说明该猪群遗传多样性较低,处于低度杂合状态,窝系之间不存在遗传分化。 相似文献
20.
为了研究重庆地方鸡品种的遗传多样性,试验采用将微卫星标记与荧光标记引物测序相结合的技术进行基因分型,计算各群体在每个位点上的等位基因频率,以及各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:在12个微卫星位点中共检测到88个等位基因,Ne在3.158 5～8.480 6之间,位点平均杂合度在0.416 7～0.875 0之间,品种平均杂合度在0.587 3～0.722 5之间,平均杂合度最高的是南川鸡,最低的是城口山地鸡;3个鸡品种在12个微卫星位点上的基因频率存在明显差异,H为0.659 9,PIC为0.741 2;聚类分析显示,南川鸡和大宁河鸡聚为一类,城口山地鸡独自聚为一类。 相似文献