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1.
为了解江西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况,本研究利用RT-PCR方法对2017年采自江西省部分地区规模化猪场182份腹泻仔猪小肠组织和粪便样品进行检测,并设计了2对引物对37份阳性病料的S基因进行扩增、克隆及序列测定,以及与GenBank中登录的22株PEDV S基因参考序列进行遗传进化分析。结果显示,37株PEDV江西流行株的S基因序列长为4 158或4 161 bp,编码1 385或1 386个氨基酸,全部为Group 1型,与美国流行毒株较为接近,而与欧洲毒株(Br1/87)及疫苗株(CV777)亲缘关系较远;37株PEDV中有36株为G1-1亚群,1株为G1-2亚群;37株PEDV江西毒株间的S基因核苷酸序列同源性为96.9%～100.0%,氨基酸序列同源性为96.1%～100.0%,与22株参考毒株的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为92.7%～100.0%和91.5%～100.0%;相较于CV777疫苗株,PEDV江西流行毒株的S基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了2017年江西部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导江西省PEDV的科学防控提供了参考依据。 相似文献
2.
2020-2021年在河南省18个地区共收集499份发生腹泻的仔猪临床样品,采用RT-PCR进行猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)筛查。结果显示,共检测出162份阳性样品,阳性率为35.2%。对其中21株PEDV流行毒株S基因进行了测序、同源性比对和遗传进化分析,结果显示21株PEDV流行毒株之间核苷酸同源性为96.9%～100%,氨基酸同源性为95.2%～100%。与52株2011-2019年国内流行毒株之间的核苷酸同源性为95.1%～99.5%,氨基酸同源性为91%～99.8%。遗传进化结果显示,21株PEDV毒株均属于GⅡb群。氨基酸序列比对显示,流行毒株S蛋白存在7处新的且规律的氨基酸突变。本试验对现阶段我国所流行的PEDV S基因进行测序分析,为了解PEDV流行毒株遗传变异趋势和研发新的有效疫苗提供参考。 相似文献
3.
自2013年来,猪流行性腹泻病(PED)的暴发给云南省养猪业带来严重的经济损失。本研究对2018年来自云南4个地区的42份病料中分离出的6株猪流行性腹泻病毒(PEDV)的部分S基因进行扩增,并结合在2013年所分离到的来自云南4个地区的4株PEDV流行株,进行分子特征和遗传进化分析。结果显示:这2年的分离株和CV777株相比,2018年分离株的核苷酸和氨基酸突变位点增加了12个和7个,且有3个丝氨酸突变都是在COE结构域(69、101和146)。系统发育分析表明,2018和2013年分离株的核苷酸和氨基酸的同源性为95.6%～98.8%,95%～98.8%;分别与CV777株相比,核苷酸和氨基酸的同源性差异较小(94.9%～95.5%和92.7%～95.4%;94.5%～95.2%和93.4%～94.2%),亲缘关系都较远。2013年的分离株主要分布在G2b亚群,而2018年的分离株主要分布在G2a和G2c亚群,具有遗传多样性。N-糖基化和磷酸化位点预测分析显示,在216位上预测的N-糖基化位点由NSSI→NSSF,尤其是COE结构域中的丝氨酸取代而导致其可预测磷酸化。这些变异很可能会影响其抗原性和疫苗效果,导致PEDV控制效果不好。本研究阐明了云南部分地区PEDV流行毒株的分子流行病学和遗传特征,为该地区PED的防控奠定理论基础。 相似文献
4.
【目的】了解2020―2021年猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行情况和遗传变异情况。【方法】本研究对中国部分地区73个猪场的525份样本进行RT-PCR检测,对检测为阳性的样本进行PEDV S1基因扩增与测序,并进行流行病学统计分析,使用DNAStar软件进行核苷酸相似性分析和氨基酸位点变异分析,利用Mega 6.06软件对PEDV S1基因进行遗传进化分析,对疑似重组的序列使用RDP4软件进行S1基因重组分析。【结果】在2020—2021年的525份临床样本中PEDV检出阳性率为26.29%(138/525)。流行病学统计分析显示,冬季属于PEDV高发季节,1日龄仔猪感染率最高,为42.75%(59/183),并在中国6个地区大范围流行。S1基因遗传进化分析显示,138株PEDV S1基因序列主要位于两个分支,131株毒株属于G2群,其中126株属于G2a亚群,与HBXY2、SNJ-P在同一亚群,5株属于G2b亚群,与AJ1102、LW/L、S14在同一亚群;其余7株毒株位于G1群和G2群之间,形成一个独立分支。经重... 相似文献
5.
《中国畜牧兽医》2020,(1)
为了对四川省彭州某免疫过猪流行性腹泻病毒(PEDV)疫苗猪场猪感染的PEDV毒株基因组特征和遗传变异规律进行研究,本试验采用RT-PCR法筛选PEDV阳性样本,命名为SCXM株,对全基因组序列克隆测序获取全基因组序列,并对主要结构基因进行遗传变异分析和系统进化分析。结果显示,SCXM株的遗传变异主要集中在S基因,与71个毒株相比同源性为90.4%～99.2%,与猪场免疫疫苗株CV777相比同源性仅为93.8%。与国内常用疫苗毒株相比,在5个线性抗原表位(P1、S1P2、S1P3、SS5和SS6)和1个中和抗原表位(SID)均存在氨基酸位点突变。遗传进化分析表明,SCXM株属于G2b亚型PEDV,与湖北HBXY3株和越南毒株同在一个分支,表明这些地区流行毒株的演化过程存在相关性。另外对ORF3、M和N基因分析结果显示,SCXM与疫苗株相比均存在一定数量的氨基酸突变,但变异程度相对较小,且未引起抗原性预测值的变化。结果表明,PEDV SCXM株属新型变异毒株,其S基因发生较大程度的变异,S基因多个氨基酸突变和抗原性的变化可能是导致猪场疫苗免疫失败的原因之一。本研究丰富了PEDV基因学研究资料,探讨了SCXM株PEDV遗传变异和演化特征,为PEDV的分子演化研究奠定了基础。 相似文献
6.
为了对四川省彭州某免疫过猪流行性腹泻病毒（PEDV）疫苗猪场猪感染的PEDV毒株基因组特征和遗传变异规律进行研究,本试验采用RT-PCR法筛选PEDV阳性样本,命名为SCXM株,对全基因组序列克隆测序获取全基因组序列,并对主要结构基因进行遗传变异分析和系统进化分析。结果显示,SCXM株的遗传变异主要集中在S基因,与71个毒株相比同源性为90.4%~99.2%,与猪场免疫疫苗株CV777相比同源性仅为93.8%。与国内常用疫苗毒株相比,在5个线性抗原表位（P1、S1P2、S1P3、SS5和SS6）和1个中和抗原表位（SID）均存在氨基酸位点突变。遗传进化分析表明,SCXM株属于G2b亚型PEDV,与湖北HBXY3株和越南毒株同在一个分支,表明这些地区流行毒株的演化过程存在相关性。另外对ORF3、M和N基因分析结果显示,SCXM与疫苗株相比均存在一定数量的氨基酸突变,但变异程度相对较小,且未引起抗原性预测值的变化。结果表明,PEDV SCXM株属新型变异毒株,其S基因发生较大程度的变异,S基因多个氨基酸突变和抗原性的变化可能是导致猪场疫苗免疫失败的原因之一。本研究丰富了PEDV基因学研究资料,探讨了SCXM株PEDV遗传变异和演化特征,为PEDV的分子演化研究奠定了基础。 相似文献
7.
《动物医学进展》2020,(9)
为了研究G2型疫苗免疫后PEDV毒株的遗传进化特点,从广西某规模化猪场G2型疫苗免疫前后的3次PED疫情中采集110份临床样品进行检测,对得到的8株PEDV的S1部分基因进行了生物信息学分析。结果显示,用G2型疫苗免疫后均能有效控制PEDV疫情,但不稳定;经测序表明该猪场流行的PEDV为G2-a-non S-INDEL型;同时,发现该猪场流行的PEDV病毒在第295位(Q_(295)R)氨基酸处存在独特的分子特征,且在G2型疫苗使用后PEDV S1部分基因在信号肽区域、抗原表位区、N-糖基化位点等功能区有4处(T_5P、S_(219)N、V_(273)L、I_(323)V)氨基酸位点发生了独特的突变。研究所发现的广西地区PEDV毒株在G2疫苗免疫压力下呈现新的分子特征,为PEDV N-糖基化位点病毒的抗原性以及PEDV免疫逃逸机制的研究提供了基础数据。 相似文献
8.
为了解当前猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea,PED)在我国部分省份的发病情况以及猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的分子特征和遗传变异情况,本研究从山西、湖北、辽宁、江西、广东5个省份的部分猪场采集疑似PED症状的样品60份,利用RT-PCR方法对其进行PEDV检测。筛选其中的PEDV阳性毒株,利用分段克隆测序的方法获得其PEDV S基因全序列,并利用生物信息学方法对其进行分析。结果表明,PEDV检出率为61.7%;筛选的13株毒株S基因核苷酸同源性为96.6%~99.8%,与2010年以前我国分离株的同源性为92.6%~95.5%,与2010年以后我国分离株的同源性为93.8%~99.4%,与美韩毒株的同源性为93.8%~99.0%,与疫苗株的同源性为92.1%~98.1%;13株S蛋白氨基酸序列与疫苗株CV777氨基酸序列相比存在75个相同突变位点和12个差异突变位点,其中在S1区(1~789aa)占比71.26%,中和表位区域有2个相同突变位点,线性表位区域有9个相同突变位点,2个受体结合域有25个相同突变位点。其S蛋白均具有信号肽(1~20aa),剪切位点为20~21aa。S蛋白的二级结构主要是α-螺旋32.97%、β-折叠27.78%、β-转角8.59%和无规卷曲30.66%。遗传进化分析表明,13株PEDV均属于G2b类群,而我国现今常用的疫苗株CV777归属于G1a类群。说明当前PED在我国的流行趋势依然严峻,本次分离的13株PEDV与2010年前的野毒株以及现行疫苗株相比发生了较大的变异,因此需要引起相关猪场及检疫部门的高度重视,并及早采取措施以防止该病的大规模暴发。 相似文献
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为了解2015年～2021年我国东部地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行特征和遗传变异规律，本研究利用RT-PCR扩增2015年～2017年11株分离自浙江地区PEDV流行株的S1基因序列，并与GenBank中我国东部地区(上海、江苏、山东、河南和安徽)的86株PEDV流行株的S1基因序列通过MEGA 7.0软件比较分析S1基因的遗传进化关系，采用CLC Sequence Viewer 8软件分析比对S1蛋白氨基酸序列的变异。PEDV S1基因遗传进化分析结果显示，97株PEDV中有92%的流行株属于G2型，与疫苗株CV777同源性较低(90.4%～96.1%)，山东地区2017年～2018年间的部分流行株与疫苗株CV777等属于G1型；G2型中，33%的流行株属于G2a型，67%的流行株属于G2b亚型，其中2019年～2021年的流行株有15%流行株属于G2a亚型，85%的流行株属于G2b亚型。S1蛋白关键表位的变异分析结果显示，与经典株CV777相比，中和表位COE (CO-26K equivalent epitope)发生8个氨基酸位点(A517S、S 相似文献
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为了解四川省雅安地区流行的PEDV的基因特征及遗传变异情况,本研究通过病毒RNA提取、RT-PCR、基因克隆及测序等方法获得一株PEDV SCYA2204的基因序列,利用生物信息学分析软件分析其核苷酸序列,并推导氨基酸的变异性和遗传进化特征。结果显示：SCYA2204是G2b亚型毒株,其S基因、ORF3基因、E基因、M基因、N基因与参考毒株的核苷酸序列同源性分别为92.5%～99.2%、96.0%～100%、97.0%～100%、97.4%～99.7%、95.2%～99.9%;由S基因构建的遗传进化树显示SCYA2204与5株四川往年流行毒株聚成一支,亲缘关系密切;与PEDV国内常用疫苗株CV777、AJ1102及四川往年流行毒株相比,SCYA2204 S蛋白存在10处氨基酸连续突变;与CV777和AJ1102比较,S蛋白核心中和表位共有2处氨基酸突变;此外,SCYA2204的S基因发生了重组事件,其主要亲本为G2b亚型的CH/SCXH/2018。上述研究表明,当前在雅安地区流行的PEDV毒株氨基酸序列发生了变异和重组,可能导致抗原性发生改变,影响现有疫苗的保护效力。 相似文献