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1.
《渔业科学进展》2018,(6)
本研究分别对2016和2017年中国近海10个铜藻(Sargassumhorneri)漂浮地理种群以及3个定生种群的51个采集样本进行了ITS和coxⅠ序列分析及相似性比对。结果显示,51个样本的coxⅠ序列完全一致,ITS序列存在2个变异位点,按基因型的异同可分为4个类型,其中大连龙王塘、烟台大钦岛和南隍城岛的漂浮铜藻基因型相同,青岛金沙滩漂浮型、烟台大钦岛和大连獐子岛的定生铜藻基因型相同,威海俚岛和温州洞头的漂浮铜藻基因型相同,青岛雕塑园、王哥庄、大珠山、威海乳山的漂浮型和枸杞岛定生铜藻基因型相同,而同一种群内部即便是不同年份的个体间基因型并没有差异。基于ITS序列构建的系统树显示,来自中国的所有铜藻样本聚为一支,与来自韩国的铜藻样本有一定的遗传距离。以上结果说明,我国近海漂浮和定生铜藻的不同地理株间ITS和coxⅠ的遗传变异水平较低,漂浮铜藻可能具有不同的来源,为进一步探明中国近海海域铜藻的分子遗传背景提供依据。 相似文献
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2008年6-7月在青岛近海海域再次发生大量浒苔漂浮现象,并且江苏连云港、如东近海海域也发生了浒苔漂浮现象.实验分别对青岛、连云港、如东海域采集样本进行了nrDNA的ITS全长序列和18S rDNA序列分析及相似性比对.结果表明,青岛、连云港、如东海域主要漂浮种类QD-01(青岛)、QD-02(青岛)、QD-03(青岛)、LY-01(连云港)、RD-02(如东)5个样品的ITS全长序列相似性为100%,表明青岛、连云港、如东三地沿海浒苔漂浮主要种类为同一种浒苔.18S rDNA序列分析结果也支持这个判断.根据相似性比对和BLAST分析结果,如东海域浒苔漂浮种类还发现少量另外2种绿藻(RD-01和RD-03),其中RD-01为浒苔属.浒苔主要漂浮种类与目前采集到的三地定生浒苔样本ITS全长序列比对存在一定差异,歧化度小于0.3%. 相似文献
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不同地理种群瓦氏马尾藻ITS序列特征及其系统进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究不同地理种群瓦氏马尾藻ITS的序列变异,实验采用PCR扩增和序列测定方法,获得了3个不同地理种群15株瓦氏马尾藻的ITS全长序列,并进行序列分析。结果显示,15个个体共出现4种不同的ITS序列,它们相应的ITS1、5.8S、ITS2长度相同,均为762、158和507 bp,共有3个位点发生碱基变异。结合从GenBank中下载的马尾藻科3个属24种马尾藻的ITS序列,以羊栖菜属的羊栖菜,喇叭藻属的拟小叶喇叭藻和下延喇叭藻作为3个外群,采用邻位相连法构建分子系统进化树,结果显示,瓦氏马尾藻的ITS序列优先聚在一起然后以较高的置信度与南海马尾藻和球囊马尾藻聚为一支,在系统发生上显示出更近的亲缘关系。在选取的马尾藻中瓦氏马尾藻与南海马尾藻遗传距离最近为0.004,与拟小叶喇叭藻遗传距离最远为0.422。 相似文献
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2009年4月下旬～6月上旬,青岛部分内湾发生漂浮绿藻暴发性生长.本文系统调查了绿潮藻华发生的区域,以青岛湾为观测点估测了生物量,其高峰期生物量可达138 t.通过对漂浮绿藻的外观形态和显微结构观察,鉴定漂浮绿藻的样本为长石莼Ulva linza,但飘浮绿藻样本与固着生长的长石莼在形态结构上有明显的不同,主要表现为叶片宽大、细胞壁加厚.为确定其物种,作者克隆了漂浮绿藻的18S-28S rDNA转录间隔区序列(Internal Transcribed Spacer,ITS)和5S rDNA串联重复间隔区序列(5S rDNA Spacer Region,5SS),采用分子系统学方法确定漂浮绿藻样品为长石莼.本文首次报道了发生在青岛内湾的长石莼藻华,同时观察到了长石莼为适应漂浮生活在形态结构上发生的适应性变化,从而为阐释其发生机制提供依据. 相似文献
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浒苔ITS区的扩增和分析 总被引：3，自引：0，他引：3
对来自东海-黄海海区10个站位以及青岛沿岸4个站位共14个站位的浒苔样品依据形态学特征,归类分离获得70个样品,对其ITS 5.8SrDNA区进行PCR扩增、测序和分析,并与NCBI数据库中相应序列进行了比对.结果表明,70个样品具有完全相同的ITS和5.8SrDNA序列,说明青岛沿岸漂浮的大量浒苔与东海-黄海海区的浒苔为同一个来源.聚类分析显示,浒苔ITS区的变异程度与地理间隔距离呈正相关,我国海域浒苔与日本海域浒苔聚类一起,与英国海域浒苔相聚较远,与美国海域浒苔距离最远. 相似文献
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为充分了解我国魁蚶种质资源状况,准确定位魁蚶的养殖育种模式,本研究采用聚合酶链式反应(PCR)对采自山东蓬莱(PL)、山东黄岛(HD)、江苏前三岛(QSD)及韩国统营(KTY)4个地理群体魁蚶样本的核糖体RNA两个内转录间隔区域(ITS-1和ITS-2)进行扩增,经测序比对后分别获得长度为468bp和541bp(包含引物、插入/缺失位点)的序列.序列比对结果表明,ITS区序列变异相对较高,但4个群体的碱基组成基本一致;4个群体的ITS区序列均表现出丰富的遗传多样性,HD群体最为丰富,该群体在ITS区序列上的变异位点数也最多,HD和QSD群体共同变异位点多且集中.对不同个体间的遗传距离和分子系统树分析结果表明,ITS序列在魁蚶不同地理群体间甚至个体间存在差异,且ITS-1和ITS-2的变异频率是不一样的,4个群体合计55个个体基于ITS-1序列没有发生明显聚类现象,这4个群体合计56个个体基于ITS-2序列明显聚为PL/KTY、HD/QSD两大类,基于ITS-2序列进行系统发生分析的结果同于课题组之前基于形态度量学分析和分子标记分析的结果;HD群体遗传多样性丰富,而KTY群体遗传变异相对较少,各群体之间存在一定的遗传差异,综合考虑不同群体相对优良的生物学特征,可开展选择或杂交培育良种的研究. 相似文献
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运用AFLP分子标记技术对大连庄河石城岛(SCD)、瓦房店将军石(JJS)、长海县大长山(DCS)、旅顺董砣子(DTZ)和旅顺盐场(YC)5个野生鼠尾藻(Sargassum thunbergii)种群与山东蓬莱(PL)1个野生群体的共60个个体进行遗传多样性分析。采用10对引物组合共扩增出条带530条,其中多态性带417条,平均多态性检出比例为78.68%。AMOVA分析显示,大部分的遗传变异(76.58%)存在于种群内,少部分(23.42%)存在于种群之间。遗传分化系数(Gst)为0.2418,与遗传固定化系数(Fst)的值(0.2342)接近,表明鼠尾藻种群内部具有较高的遗传分化,同时种群间的基因流Nm=0.8175,表明基因流动较低。UPGMA聚类分析表明,大连5个野生鼠尾藻种群与山东蓬莱鼠尾藻种群遗传距离较远,明显聚为2支;大连种群中将军石和大长山2个种群聚为1支,遗传相似系数为0.7698,再与董砣子种群聚类到一起;盐场种群单独聚为1支,且与其他种群的遗传相似系数均在0.5830以下。分析结果表明,各鼠尾藻种群内部存在着较高的遗传多样性,而种群间的遗传多样性水平较低,其遗传距离的远近不仅与地理隔离因素有关,高盐等外界环境胁迫也可能起到了一定的作用。鼠尾藻的生殖方式、种群间基因流动的大小以及生长环境的差别可能是其种群分化的主要原因。 相似文献
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3个仿刺参地理种群遗传变异的微卫星DNA分析 总被引：7，自引：3，他引：4
运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的变异来自群体之间。经过聚类分析,发现威海群体和大连群体之间亲缘关系较近,烟台群体与前两群体亲缘关系较远。 相似文献
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3个地理群体仿刺参D-loop序列的变异及系统发生分析 总被引：3，自引：3，他引：0
为研究中国大连(CD)、朝鲜罗津(KN)和俄罗斯海参崴(RV)3个仿刺参群体的遗传结构,实验采用PCR扩增和测序技术,对3个群体共计71头仿刺参的线粒体D-loop序列进行了分析。结果显示,D-loop序列长度为447~465 bp,平均A+T含量(59.2%)显著高于G+C含量;共检测到119个变异位点,多态位点比例为24.24%,其中简约信息位点为53个,共有40种基因型,群体共享基因型7个。遗传多样性参数分析显示,3个群体均显示出较丰富的遗传多样性;分子方差(AMOVA)分析表明,3个群体间遗传分化较弱或只有中度分化,且93.04%的变异来自群体内。CD群体与RV群体之间遗传距离最远,为0.042,KN群体与RV群体之间遗传距离最近,为0.037 4。将本研究所得序列结合GenBank中青岛(QD)和威海(WH)仿刺参的D-loop序列构建系统发育树,QD与WH仿刺参首先聚为一小支,然后与CD群体聚为一大支,KN群体与RV群体聚为独立一支,这一聚类方式符合地理隔离模式。 相似文献
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利用已构建的仿刺参cDNA文库得到的线粒体DNA(mtDNA)相关基因序列设计扩增引物,测定了大连仿刺参线粒体基因组全序列,并对其进行了基因构成和进化分析。仿刺参线粒体基因组序列长16 109bp,其基因构成与其他后口动物基本一致,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和3个主要的非编码区。在其37个基因中,ND6、tRNASer(AGN)、tRNAGln、tRNAAla、tRNAVal、TrnaAsp位于L链上,其余均位于H链上。在13个蛋白质编码基因中,除ND1的起始密码子为GTG外,其余均以ATG作为起始密码子;除Cytb以"T"作为终止密码子外,其他蛋白质基因均具有完全的终止密码子,且在已知的棘皮动物线粒体蛋白质基因中,部分基因的起始和终止密码子表现出一定的纲内特异性。比较分析了大连、青岛、威海仿刺参线粒体基因组,三者的基因组成和排列相同,碱基组成相近,蛋白质编码基因的起始和终止密码子完全一致,但存在核苷酸和氨基酸序列的差异。三者的控制区序列存在多个插入/缺失和SNP位点。根据COI、Cytb和ND4计算了三者之间的遗传距离为0.006～0.018,遗传距离分析和系统进化关系分析都显示青岛仿刺参和威海仿刺参的关系较大连仿刺参更近。 相似文献
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利用电镜负染技术检测发病的养殖刺参[Apostichopus japonicus（Selenka）]组织提取液。观察发现，提取液中存在大量病毒样粒子，该病毒粒子近似球形，具有囊膜。囊膜内可见高电子密度的核心结构。完整的病毒粒子直径为80～100nm，囊膜厚6～10nm，核心结构直径35-45nm，呈六边形。应用超薄切片技术对刺参的触手顶部、触手臂、疣足、呼吸树、背肠血管、肠等组织的病毒感染状况进行观察，发现该种病毒粒子大量存在于所检测各组织内。感染细胞超微结构表现为大量细胞器崩解形成空泡结构，并出现“髓袢样”结构等病理变化。根据观测结果，该病毒是一种无包涵体病毒。 相似文献
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为探讨DNA序列标记技术在坛紫菜种质鉴定中的应用,对10个野生坛紫菜种质材料的5.8S rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列分析,结果发现扩增的片段长度在1 208~1 219 bp之间,可以分为ITS1区,5.8S区和ITS2区3个部分,其中5.8S区片段的长度完全一致,均为160 bp;ITS1区和ITS2区片段的长度也非常接近,只有几个碱基的差异。多重序列比对发现10个种质材料的ITS区（包括ITS1和ITS2）序列都存在一定差异,序列同源性在95.82％~99.73％之间,而5.8S区序列则完全一致,但与其它种紫菜的5.8S区序列有很大差异,序列同源性在79.7％~95.0％之间。由此认为5.8S rDNA-ITS区这种高度保守区和高变区交替排列的形式可以成为坛紫菜种质鉴定及系统进化分析的强有力工具。 相似文献
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珠母贝属6个种的ITS 2分子标记研究 总被引：6，自引：3，他引：6
对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、白珠母贝、黑珠母贝、长耳珠母贝、黑珠母贝和合浦珠母贝6个种的内部转录间隔区2(ITS2)序列及其两侧的5.8S和28S的部分序列进行了比较分析。其中黑珠母贝的序列来自GenBank。PCR扩增片段大小为600bp左右,测序结果表明,ITS2长211～254bp,两端的5.8S和28S分别长84bp和272bp(均含引物)。序列比对分析结果表明,5.8S和28S序列高度保守,不适合于种类鉴定,而ITS2序列高度变异,270个比对位点中有146个位点发生突变,其中72个位点发生插入/缺失突变。除白珠母贝和黑珠母贝之间的遗传距离较小外,其余种类之间的遗传距离远远大于种内遗传距离。基因型分析表明,每个种具有各自特有的基因型。基因型和序列变异分析表明ITS2序列可作为珍珠贝种类鉴定的分子标记。可用于种间、杂交育种、幼体和珍珠贝肉等材料的种类鉴定与遗传分析。 相似文献
17.
稳定高效运行的生物滤器是循环水系统养殖过程中至关重要的部分,然而生物滤器在运行过程中会受到诸多环境因子的影响。该文分两部分对进水pH对流化床生物滤器硝化性能的影响进行研究。(1)针对流化床生物滤器挂膜启动阶段进行研究,研究在自然挂膜情况下,不同进水pH(7. 0、7. 5、8. 0、8. 5)对流化床生物滤器启动的影响,结果显示,生物滤器在pH 7. 5时启动时间最短,50 d左右便能够稳定运行,而且在此pH条件下生物滤器对TAN、NO2--N的去除效率最高。(2)生物膜成熟后,针对稳定运行的生物滤器进行试验,研究不同pH(7. 0、7. 5、7. 7、8. 0、8. 5)对生物滤器硝化性能的影响,结果显示,生物滤器在pH 7. 7时,对TAN的去除速率最高,达到(0. 58±0. 02) mg/(L·h)。另外,生物滤器在pH 7. 5时对NO2--N的处理效果最好。试验还发现各处理组皆存在不同程度的NO2--N积累现象,该现象随着pH的升高不断加剧。适宜的进水pH能够缩短生物滤器的挂膜周期并提高其硝化性能。研究结果可以为海水生物滤器的挂膜启动和稳定运行提供理论指导。 相似文献
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Zhigang Wu Junli Feng Jishuang Chen Shunhua Xu & Zhiyuan Dai 《Aquaculture Research》2009,40(11):1251-1259
The ribosomal DNA internally transcribed spacer 1 (ITS1) was investigated in the search for an appropriate genetic marker that was suitable for phylogenetic study and species identification of eight major exported shrimp species in southeast China. Using the selected primers, the amplified ITS1 sequences exhibited a high degree of length polymorphisms, ranging from 448 bp in Metapenaeopsis dalei to 1491 bp in Macrobrachium nipponense . Many microsatellite loci were found at the 5' end and in the middle region of ITS1, which seemed to be associated with intragenomic sequence variation among samples of the same species. This variation might obscure the phylogenetic relationship between some shrimp populations, but the separation of five Penaeus species was well supported. In combination with polymerase chain reaction-restriction fragment length polymerism methods analysis, ITS1 sequences from shrimp species belonging to different families and genera could also be easily discernable. The results suggested that ITS1 was highly variable among different shrimp groups and could be an appropriate marker for species identification and molecular systematic studies. 相似文献