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【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel(insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42%,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的。 相似文献
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【目的】由柑橘黄单胞菌杧果致病变种引起的杧果细菌性角斑病是杧果生产上的重要病害,解析杧果细菌性角斑病病原菌(柑橘黄单胞菌杧果致病变种)XC01菌株的基因组序列信息,为深入研究病菌的致病机制提供序列背景信息。【方法】利用PacBio RS II测序平台对柑橘黄单胞菌杧果致病变种XC01菌株进行全基因组测序,并对测序数据进行序列拼接、基因预测与功能注释、COG/GO聚类分析等。【结果】柑橘黄单胞菌杧果致病变种XC01菌株整个基因组大小为3 865 165 bp,GC含量为68.9%,编码3 442个蛋白基因,共有3 297个基因具有明显的生物学功能,其中150个基因参与碳水化合物代谢,582个基因参与到寄主与病原互作机制中。序列提交至GenBank数据库,登录号为CP016836。【结论】本研究首次报道了杧果细菌性角斑病病原菌的全基因组序列,分析了基因组的基本特征,初步解释了该菌株致病的关键基因,为深入开展该病菌侵染植物的作用机制提供重要的理论基础。 相似文献
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背景:胞质雄性不育(CMS)是由于线粒体基因组突变导致无功能性花粉产生的一种现象。对CMS和非CMS线粒体基因组的比较分析,揭示线粒体基因组间结构差异及因重组导致的广泛性重排具有重要意义。然而,在辣椒中与CMS相关的线粒体基因组结构及DNA重排机制仍不清楚。结果:获得了辣椒CMS FS4401(507 452 bp)和可育系Jeju(511 530 bp)线粒体完全基因组序列。并对辣椒、烟草线粒体基因组进行了比较分析,发现其均存在广泛的DNA重排和低保守性的非编码DNA区。FS4401和Jeju线粒体基因组比较发现,除了FS4401线粒体基因组中多了一个atp6(ψatp6-2)基因拷贝外,线粒体所有蛋白编码基因都一致。在基因组结构方面,发现两个线粒体基因组上的18个同线性序列区在基因组上存在重排,这些同线性序列区之间的序列总长度分别为30 380(FS4401)和17 847 bp(Jeju)。此前报道的CMS候选基因、orf507和ψatp6-2均位于FS4401最大特异序列片段的边界,在此区间大量的短序列片段聚集在一起,而Jeju中这些短序列表现为缺失或存在于不同的位点。连接序列片段的重复序列和重叠序列(由少数几个核苷酸组成)暗示同源重组导致的广泛性重排可能涉及到该区段的序列进化。本研究还利用其他植物种类的线粒体DNA序列进行分析,揭示CMS相关基因DNA区段的共同特征。结论:辣椒CMS和雄性可育系线粒体基因组大部分序列表现出一致性,但存在大量的基因组重排现象。辣椒CMS候选基因位于高度重排的CMS特定DNA区域的边界或重复序列附近。通过对其他物种CMS相关基因的特征分析,揭示出可能涉及到CMS相关基因进化的共同机制。 相似文献
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柑橘芽变选种以及芽变性状形成机理研究进展 总被引：4，自引：0，他引：4
综述了柑橘芽变选种的成果。近年来,我国选育了崀丰、长红、新世纪、奉晚等脐橙品种和华柑2号椪柑、岩溪晚芦、光明早温州蜜柑等宽皮柑橘品种,还有锦橙101、红肉琯溪蜜柚等其他柑橘品种。介绍了RAPD、AFLP、ISSR、MSAP和基于反转录转座子的分子标记在柑橘芽变品种鉴别中的应用。阐述了部分柑橘芽变性状形成的细胞学机理和分子机理,指出目前对芽变的研究主要集中在反转录转座子的插入、DNA甲基化、基因结构和表达差异等方面。结合果树芽变研究的现状,对今后进行芽变研究提出了展望。 相似文献
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转基因柑橘外源基因拷贝数的实时荧光定量PCR检测 总被引：1，自引：0，他引：1
为分析转基因柑橘中外源基因整合拷贝数,基于实时荧光定量PCR法,建立通用、准确、简便的转基因柑橘外源基因拷贝数检测体系,利用该体系成功检测了150个转基因柑橘单株系外源基因整合拷贝数。结果表明,转基因柑橘中外源基因整合最低拷贝数为1,最高达5个,其中1、2和 ≥ 3拷贝的单株数分别占总数的40.0%、18.0%和42.0%;采用Southern blot技术进行检测,结果基本一致,极少数单株经实时荧光定量PCR分析的拷贝数比Southern blot检测的数值高。说明本研究建立的实时荧光定量PCR方法检测转基因柑橘外源基因整合拷贝数更加准确可靠。拷贝数为1 ~ 2的转基因株系可作为将来开展转基因目标性状研究及转基因生物安全性评价有利用价值的试验材料。 相似文献
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在依据柑橘全基因组信息的基础上,针对转座子序列开发了一种适合鉴别柑橘芽变品种的分子技术。以43个柑橘芽变品种和7个普通柑橘品种为材料,采用转座子显示技术(transposon display,TD)对转座子进行多态性分析。结果表明:5个DNA转座子(DTM63、DTM58、Helitron1、Spem和mPing2)和4个反转录转座子(Line1、LTR-Gypsy3、LTR-Gypsy5和Tcs2)可以较好地鉴别柑橘不同芽变品种。罗伯逊脐橙及其早熟芽变品种罗脐35号能被DTM63、Spem和mPing2鉴别;m Ping2能鉴别罗伯逊脐橙/罗脐35号、暗柳/红暗柳、普通椪柑/黔阳无核椪柑,以及红肉琯溪蜜柚/橙皮琯溪蜜柚这4对芽变品种。DNA转座子DTH3在甜橙芽变品种中多态性高,可以鉴别不同的甜橙芽变品种。因此,TD技术是一种值得关注的能有效鉴别柑橘芽变品种的分子标记技术。 相似文献
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应用PCR检测柑桔溃疡病，所用引物为5′TTGGTG TCGTCGCTTGTAT 3′和5′CACGGGTGCAAAAAATCT 3′。从病样的叶片、果皮和枝皮抽提溃疡病菌核酸进行PCR扩增，其产物经琼脂糖凝胶电泳，产生大约220bp的特征条带，与纯培养溃疡病菌的PCR产物一致。试验比较两种核酸抽提方法，微量快速抽提法的灵敏度明显高于高盐抽提法。有症状病样品的不同部位均能检测到溃疡病；病株的无症状叶片、果皮、枝皮有部分检测到病菌。病果园健康植株大多数检测不到病菌，少数植株PCR产物电泳条带较弱。取样量以10～20mg为宜。该PCR技术可用于快速检测柑桔溃疡病。 相似文献
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针对柑橘老熟组织中富含多糖、多酚、色素和其它次生代谢产物的特点,以柑橘老叶老皮为试材,在传统CTAB提取法的基础上通过添加增效剂并优化配方,建立了一种快速、简便的提取植物老熟组织及其内部病原总核酸的CTAB-Triton提取法。新的提取液对细胞的裂解能力更强,且解决了传统CTAB溶液因低温析出而致DNA得率损失的弊端。比较了该法和微量葡聚糖柱纯化法制备模板时韧皮部杆菌的检出率,并用该法制备模板,分析了韧皮部杆菌在柚子叶片中的分布情况,及对其它几种柑橘病原菌进行PCR/RT-PCR检测。结果表明,CTAB-Triton方法能有效提取柑橘老熟叶片的DNA,所得DNA质量高,产量比商品化试剂盒大,提高了韧皮部杆菌的检出率,且可用于柑橘其他病原真菌、细菌,以及DNA或RNA病毒病害的PCR/RT-PCR检测,也可用于定量PCR检测和病原种群多态性分析。 相似文献
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利用AFLP鉴定柑橘变异 总被引：4，自引：2，他引：4
利用AFLP分析鉴定了7个柑橘变异类型,从64对引物组合中筛选了8对引物组合,共得到334个扩增位点2099条带数据。7个变异类型与亲本品种之间多态性带为36至92条,变异类型的多态性带数与亲本品种总带数的比例为0.1721至0.4182。说明变异类型的遗传基础已经发生了不同程度的改变,7个柑橘变异类型应是芽变,具备了成为新品种的遗传基础,特别是红皮冰糖脐橙选育成功将填补高糖脐橙空白。研究同时表明,AFLP具有扩增谱带多,谱带清晰,扩增信息量大的特点。根据谱带位点差异即可鉴定柑橘变异是否遗传,多态性位点数也反映了性状变异程度。AFLP方法1次可同时鉴定多个变异类型,是柑橘新品种选育早期鉴定灵敏、可靠、有效的方法。 相似文献
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利用对库区1982年分户经营前后的30个柑橘园经营管理状况的追踪调查资料,根据经济学一般原理进行种植规模与果园管理的关系分析。在实行土地承包制的过程中,柑橘园不是按照一个整体承包给一个或几个农户进行专业化管理,而是将柑橘园作为一种集体福利“分树到户”。随着柑橘园的经营规模由大变小,当低于“最小必要规模”时,经营状况将发生质的变化。而“最小必要规模”是动态变化的,在1985年前后,户均333.3m2左右的柑橘园可以勉强维持,1987年上升到户均466.7m2以上,1994年上升到666.7m2以上,而户均1000m2以上的柑橘园可以维持到现在。调查、分析表明,种植规模是影响柑橘生产的最关键的因素,目前在三峡库区,1086.7m2以上的果园才能维持正常的生产经营活动。 相似文献
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枳（Poncirus trifoliata L.）高抗柑橘衰退病病毒（Citrus tristeza virus,CTV）,但相关抗性机理仍不为人所知。以嫁接健康枝条的无毒枳作为对照,用Affymetrix柑橘基因芯片分析了感染CTV后枳叶片中基因的表达变化情况。结果共检测到表达量差异倍数≥ 2的基因295个,其中216个表达上调,79个表达下调。BLAST2GO分析发现,差异表达的基因中与抗逆反应相关的基因最多,乙烯、茉莉酸、赤霉素、脱落酸、生长素、水杨酸等植物激素代谢和调节相关基因为数不少,一些编码细胞壁形成或组分相关蛋白的基因差异表达明显。本研究可为揭示枳抗CTV的机理提供了转录组学线索。 相似文献
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柑橘密码子用法分析 总被引：7，自引：0，他引：7
采用高频密码子分析法,对柑橘的177个蛋白质编码基因序列(codingDNAsequence,CDS)进行了分析,计算出同义密码子相对使用频率(relativefrequencyofsynonymouscodon,RFSC),确定了TAA、GCT、GAT、CTT、AGG、AGA和GTT等7个高频密码子。将柑橘的密码子使用频率与人、果蝇、酵母和大肠杆菌等不同种类模式生物比较后发现,柑橘密码子的偏爱性与不同种类生物有不同程度的差异;但将柑橘的密码子使用频率与拟南芥、番茄、水稻和尖叶蕉等不同种类的植物相比,发现柑橘密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥、番茄完全一样,而与水稻、尖叶蕉这2种单子叶植物均有较大的差异。分析结果对动物或微生物的基因在柑橘中的表达或柑橘基因在微生物中的表达以及基因克隆时设计引物具有一定指导意义。 相似文献