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1.
采用10条ISSR引物对我国珍稀濒危植物珙桐的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行分析,共检测到127个分子量在200～2 000 bp之间的位点,其中多态性位点119个、多态位点百分率93.81%;各居群多态位点百分率在40.21%～76.29%之间,平均为58.64%。物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性Hs=0.3013,Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.4566。居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.1491～0.2690之间,各居群的平均Nei’s基因多样性Hs=0.2191,各居群的Shannon’s遗传多样性信息指数(I)介于0.2200～0.4028之间,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.3232。居群间基因间分化度(Gst)为26.27%,基因流Nm为1.4。结果显示珙桐的遗传多样性较高,8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。 相似文献
2.
【目的】通过分析评价贵州野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源居群遗传多样性和遗传结构,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物,对收集的12个野生刺梨自然居群(共255份资源)的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离,利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进行聚类分析,同时进行Nei’s遗传距离与地理距离的Mantel相关性检验。【结果】居群内Shannon信息指数(I)为0.62—0.88,基因多样性指数(Nei’s)为0.40—0.52,且除福泉(FQ)和晴隆(QL)居群外,其余10个居群的多态位点百分率均为100%。此外,卡方检验显示12个居群在大多数位点上等位基因显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),且居群内近交系数(F_(it))、总近交系数(F_(is))均为负值,居群间分化系数F_(st)平均值0.0403,居群间基因流N_(em)平均值为5.9484、遗传一致度GI为0.9068—0.9926、最大Nei’s遗传距离为0.0978。各自然居群间Nei’s遗传距离与地理距离存在显著相关性(r=0.2498,P=0.9512)。【结论】10对EST-SSR引物具有高度的多态性,可作为有效的遗传标记用于刺梨居群遗传多样性和遗传结构评价。贵州省野生刺梨自然居群内的遗传多样性较高,存在杂合度过剩的现象,且绝大多数的遗传变异发生在居群内;居群间具有基因交流频繁、遗传一致度高、Nei’s遗传距离小等特点。 相似文献
3.
《江西农业学报》2017,(1)
从250对引物中筛选出64对SSR引物,分析了81份烟草种质资源的遗传多样性。结果表明:64对SSR引物在81份烟草种质材料中共扩增出269个基因位点,观测杂合度(Ho)平均值为0.3545,预期杂合度(He)的平均值为0.5425,Shannon’s信息指数(I=0.997)和Nei’s多样性指数(H=0.5391)较高,遗传分化系数(Fst=0.1454)较高,基因流(Nm=1.4699)较小,遗传相似系数较小(0.53~0.90)。说明81份烟草种质的遗传多样性较高,居群间的遗传分化水平较高,大部分位点表现出偏离Hardy-Weinberg平衡,杂合度不足,居群间有较小的基因流。 相似文献
4.
《江西农业学报》2022,(1)
从250对引物中筛选出64对SSR引物,分析了81份烟草种质资源的遗传多样性。结果表明:64对SSR引物在81份烟草种质材料中共扩增出269个基因位点,观测杂合度(Ho)平均值为0.3545,预期杂合度(He)的平均值为0.5425,Shannon’s信息指数(I=0.997)和Nei’s多样性指数(H=0.5391)较高,遗传分化系数(Fst=0.1454)较高,基因流(Nm=1.4699)较小,遗传相似系数较小(0.530.90)。说明81份烟草种质的遗传多样性较高,居群间的遗传分化水平较高,大部分位点表现出偏离Hardy-Weinberg平衡,杂合度不足,居群间有较小的基因流。 相似文献
5.
《西北林学院学报》2017,(2)
以青海省不同核桃分布区的222株地方核桃嫩叶为试验材料,对其进行ISSR分子标记遗传多样性研究。结果表明,12条引物共获得167个条带,其中多态性位点127个。供试材料物种水平上的多样性指数为:多态性位点127个,多态性位点百分率达76.05%,等位基因数1.760 5,有效等位基因数1.384 9,遗传多样度指数(H)0.233 2,香农指数(I)0.357 7。基于Nei’s(1978)遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(G_st)为0.081 7,表明有8.17%的遗传分化存在于居群之间,说明核桃居群之内的遗传分化高于居群之间。遗传距离平均值为0.025 7,估测的居群间基因流为5.619 8,表明供试核桃居群间存在较大的基因交流。AMOVA方差分析也表明核桃的遗传变异主要分布于居群内。 相似文献
6.
山核桃天然群体遗传结构的RAPD分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用随机扩增多态性DNA（RAPD）分子标记技术，分析了山核桃5个天然居群150个个体的遗传多样性和遗传结构，20条10bp的随机引物共扩增出252个位点，其中，多态性位点168个，多态位点百分率（PPB）为66．7％。居群水平Shannon’S多态性信息指数（I）在0．1992～0．2800间变化，物种水平，为0．4102；居群水平Nei’s基因多样性指数（H）介于0．1297～0．2051之间，物种水平H为0．2671。遗传变异计算显示，山核桃居群间基因分化系数（Gst）为0．3845。分子方差分析（AMOVA）表明，居群间基因分化系数为0．3413，大部分变异存在于居群内。居群间基因流（Nm）为0．9671，说明居群间基因交流相对较少。这一结果符合山核桃风媒、异交的繁育系统特点，但其居群间基因分化系数比异交植物的平均水平高。提示：地理隔离、居群内近交及居群间有限的基因流可能是形成目前山核桃天然群体遗传结构的主要因素。 相似文献
7.
为了探讨新疆野杏种质资源的遗传多样性和亲缘关系,利用ISSR分子标记技术,对新疆伊犁地区3个居群、135份野杏种质资源进行了PCR扩增。研究表明,22条引物共扩增出465条多态性条带,多态性位点百分率为99.49%;从物种水平分析,新疆野杏种质资源的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数分别为99.57%,1.9957,1.3879,0.2449,0.3874;从居群水平分析,各居群的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数各指标的平均值分别为76.80%,1.7680,1.3463,0.2120和0.3287;3个居群的各项指标均为霍城居群最高,新源居群最低,巩留居群居中;新疆野杏种质资源的遗传变异主要来自于居群内(86.43%),少部分来自于居群间(13.57%);各居群中霍城居群和新源居群亲缘关系最近,遗传分化程度小;新源居群和巩留居群间亲缘关系最远,遗传分化程度大。 相似文献
8.
利用简单重复序列间扩增(inter simple sequence repeat, ISSR)分子标记技术对5种中华鳖(Pelodiscus sinensis)种群的遗传多样性以及亲缘关系进行分析。结果显示：采用筛选出的10条ISSR引物对来自5个种群的中华鳖个体样本的基因组DNA进行PCR扩增，共获得123条清晰的扩增位点，平均多态性条带(PPB)比例为73.417%。5个居群的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为1.748 0、1.417 7、0.245 5、0.370 4,其中乌鳖群体的遗传多样性水平高于其他中华鳖，淮河鳖群体的变异程度最小。5个居群总遗传多样性指数(Ht)=0.240 0±0.037 1,居群内遗传多样性指数(Hs)=0.174 7±0.021 6,基因分化系数(Gst)=0.271 9,基因流(Nm)=1.339 0。总遗传变异结果显示：有27.19%的变... 相似文献
9.
柴松遗传多样性的RAPD分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以柴松现存2个居群各50个个体为样本,利用随机扩增多态DNA(RAPD)标记研究了其遗传多样性。50条引物共扩增出349个位点,其中多态位点为321个。用POPGEN32版软件对数据进行了分析,结果表明:(1)柴松的遗传多样性水平很高。在物种水平上,多态位点百分率(PPB)为92.51%,Nei’s基因多样度指数(H)为0.317 3,Shannon多样性信息指数(I)为0.478 2,总基因多样度(Ht)为0.317 4。在居群水平上,平均多态位点百分率为89.92%,H和I平均值分别为0.302 5和0.456 6;(2)居群间的遗传分化较低。居群间遗传分化系数(Gst)为0.046 7,基因流(Nm)为10.201 8,Shannon’s居群分化系数((Isp-Ipop)/Isp)为0.045 2。表明柴松的遗传变异主要存在于居群内,占总变异的95%以上,居群间的遗传变异不足5%。并根据柴松的遗传多样性现状提出了相应的保护策略和措施。 相似文献
10.
采用ISSR(Inter-simple sequence repeat)分子标记对内蒙古半日花(Helianthemum ordosicum)自然居群的遗传多样性和遗传结构进行了分析。20个多态性引物在4个居群(412个体)中共检测到246条带(211条具多态性),多态位点比率为86.3%。在居群水平上,Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为0.247和0.318;在物种水平上分别为0.306和0.461。基因分化系数Gst为0.432,基因流Nm值为0.658。分子方差(AMOVA)分析显示总的遗传变异中有46.67%的遗传变异存在于居群间。居群间聚类分析表明:千里沟与桌子山居群遗传距离最小,其次为与棋盘井居群,最远为与阿尔巴斯居群,Mantel检测表明半日花遗传距离与地理距离无相关性。本研究结果表明半日花居群间和居群内具有较丰富的遗传多样性,为今后有效保护半日花种质资源提供了理论依据。 相似文献
11.
利用ISSR技术分析了广东豚草(Ambrosia artemisiifolia L.)居群的遗传多样性及遗传分化。应用11条引物从6个居群182个样品中扩增出186个位点,多态性位点比率(PPB%)为98.92%。Shannon信息指数(I)为0.5238,Nei’s基因多样性指数(H)为0.3540,反映了广东豚草居群具有较高的遗传多样性。基因分化系数(GST=0.3263)和AMOVA分析均显示入侵广东的豚草居群具有很高的遗传分化。研究结果表明,粤北与粤东豚草居群的遗传距离较近,最南部的花都居群(HD)与其他居群遗传距离相对较远,说明向南部扩散的豚草居群与粤北的居群已产生了较大的遗传分化。 相似文献
12.
资源冷杉遗传多样性的ISSR分析 总被引：3，自引：0，他引：3
应用ISSR分子标记方法对采自湖南和广西的6个资源冷杉野生群体共243个个体进行了遗传多样性分析.8个ISSR引物共扩增到了108个位点,其中84个是多态性位点,总的多态位点百分率（PPL）为77.78%.Nei’s基因多样性指数（He）为0.234 4,Shannon信息指数（I）为0.376 4. 6个不同群体的遗传多样性水平差异较大,群体多态位点百分率在22.22%～70.37%之间,Nei’s基因多样性指数为0.092 0～0.219 5,Shannon信息指数为0.134 4～0.339 1.香菇棚群体和银竹老山群体的遗传多样性水平较高,舜皇山群体的遗传多样性最低.资源冷杉自然群体间的遗传分化系数Gst为0.377 7,说明自然群体间存在一定程度的遗传分化;群体间基因流Nm为0.411 9,相对较弱,可能对自然群体的遗传分化有一定影响.基于Nei’s遗传距离进行了UPGMA聚类分析,6个群体的个体按群体各自聚在一起. 相似文献
13.
基于SSR-PCR标记的新疆喜盐鸢尾居群遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SSR分子标记对新疆喜盐鸢尾9个地理居群进行了遗传多样性研究。结果表明,新疆喜盐鸢尾具有较高的遗传多样性,6对引物共扩增出45个位点;物种水平上Nei’s基因多样性指数为0.294 9,Shannon多样性指数为0.467 2,种内总基因多样性为0.294 9;居群内基因多样性为0.246 8,71.58%的遗传变异存在于居群内,28.42%的遗传变异存在于居群间;居群间的遗传分化系数为0.284 2,基因流为1.259 3。UPGMA遗传距离聚类结果表明,生态地理条件相似的居群优先聚集。 相似文献
14.
本研究采用RAPD分子标记技术对我国7个野生居群共121份女贞种质材料进行遗传多样性分析。10条有效引物对121份女贞种质材料进行RAPD-PCR扩增,共扩增出94条DNA谱带,其中80条为多态性带,占总扩增带数的85.11%,平均每个引物扩增出9.4条谱带。分析结果表明,供试女贞材料在物种水平上具有丰富的遗传多样性,有效等位基因数Ne=1.4344,Nei’s基因多样性H=0.2591,Shannon信息指数I=0.3959;但在居群水平上,女贞的遗传多样性水平较低,PPB=37.08%,Ne=1.2590,H=0.1455,I=0.2127。女贞居群内的遗传变异大于居群间的遗传变异,居群间遗传分化指数Gst=0.4067,总的遗传变异中有40.67%的变异存在居群间,有59.33%的遗传变异存在于居群内。女贞居群间基因交流有限,基因流(Nm)为0.7294<1。 相似文献
15.
陕西7个毛樱桃自然居群遗传多样性的SSR评价 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】研究陕西野生毛樱桃自然居群的遗传多样性,为科学保存和利用陕西野生毛樱桃资源提供理论依据。【方法】以陕西野生毛樱桃的7个自然居群140份样本为材料,用SSR分子标记技术研究其遗传多样性和遗传结构。【结果】用10对SSR引物从7个毛樱桃自然居群中共检测出92个等位基因,各引物扩增的条带在6~14个。居群多态位点比率(PPL)为100%,Shannon’s信息指数(I)平均值为1.280,Nei’s基因多样性指数(H)平均值为0.655,可观察杂合度(Ho)平均值为0.584,期望杂合度(He)平均值为0.672,表明陕西7个毛樱桃自然居群具有较高的遗传多样性水平。居群的基因分化系数Fst=0.181,表明陕西野生毛樱桃的遗传变异主要存在于居群(81.9%)内,遗传分化居群内高于居群间,基于Fst测得基因流Nm为1.128。利用UPGMA对7个毛樱桃自然野生居群进行聚类,可以分为3类:麟游(LY)、绣房(XF)、华阴(HY)、哭泉(KQ)归为第1类,小峪(XY)为第2类,鹦鸽(YG)和青化(QH)归为第3类。【结论】李属植物SSR引物在毛樱桃上能够有效的转移利用,陕西毛樱桃自然居群具有较高的遗传多样性水平,其中华阴居群遗传多样性水平最高,遗传分化居群内高于居群间,7个居群可聚为3大类。 相似文献
16.
【目的】从分子水平研究嵩草品种资源之间的遗传多样性,为综合评价青藏高原嵩草种质资源提供依据。【方法】用筛选出的4对E+3/M+3引物对11份嵩草基因组 DNA进行 AFLP扩增。【结果】共得到164条清晰可辨条带,多态性条带154条,多态性位点百分率为93.96 %,嵩草平均Nei’s 基因多样性指数为0.2430,Shannon’s多样性指数为 0.4012,表明嵩草种质间存在丰富的遗传多样性。通过UPGMA聚类分析,将11个嵩草居群划分为5类。【结论】嵩草的11个自然居群存在丰富遗传多样性,嵩草居群的遗传相似系数与海拔之间没有相关性,嵩草居群的生境的异质性影响遗传分化。 相似文献
17.
新疆核桃种质资源遗传多样性的ISSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
[目的]通过ISSR标记技术,对新疆核桃种质资源的遗传多样性及遗传结构进行分析,为该资源的保护与利用提供理论依据和技术支持.[方法]采用ISSR标记对5个居群和1个栽培类型共163份样品进行遗传多样性分析.[结果]用13条引物对163份样品进行扩增,共检测扩增位点117个,其中多态性位点98个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为83.76%,Nei's基因多样性(H)为0.3010,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4182;在居群水平上,多态性位点百分率平均为68.36%,Nei's基因多样性(H)平均为0.1 265,Shannon信息指数(Ⅰ)平均为0.1651.基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(Gst)为0.6425,表明有64.25%的遗传变异存在于居群间.居群间的遗传一致度平均为0.7499,估测的居群问基因流(Nm)为0.2782,表明核桃采集的6个居群或类型之间存在较小的基因流.AMOVA方差分析也表明居群间的核桃遗传变异大于居群内.Mantel检测与UPGMA聚类均表明居群间的遗传距离与居群的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃遗传多样性水平较高,居群之间遗传分化大,种质资源保护和利用策略首选就地保护;在就地保护过程中,通过监测遗传多样性水平可评价其保护的有效性. 相似文献
18.
运用SRAP分子标记研究了山东省3个钩齿溲疏居群的遗传多样性,结果显示,用15对引物共检测到244个位点,其中多态位点167个,物种水平多态位点百分率(PPL)68.44%,Nei’s基因多样性指数(H)0.2158,Shannon’s信息指数(I)0.3282,数据表明钩齿溲疏有较高的遗传多样性水平;居群间遗传分化系数(Gst)为0.3685,表明居群间遗传变异只占36.85%,远低于居群内遗传分化;在居群水平上,以崂山钩齿溲疏居群的遗传多样性最高,徂徕山最低;居群间遗传一致度(GI)和遗传距离(GD)变化范围分别为0.8350~0.8884和0.1184~0.1803,居群间的遗传距离与地理位置间没有直接相关性。 相似文献
19.
利用AFLP分子标记对滇西北玉龙雪山不同海拔(2 750~3 500 m)川滇高山栎(Quercus aquifolioides)6个居群进行遗传多样性分析。结果表明:川滇高山栎多态位点比率为100%,Shannon多样性指数I为0.54,Nei’s基因多样性指数He为0.37,反映出川滇高山栎总的遗传多样性丰富,处于较高水平;由Shannon信息指数计算的值比Nei指数估算的居群遗传多样性高,但两者都一致表明6个居群的遗传多样性水平随海拔梯度的变化而呈现相同的变化规律:海拔3 050~3 350 m川滇高山栎的遗传多样性水平较高,而海拔2 750~2 900m及3 500m居群的遗传多样性水平均有降低的趋势。本研究中川滇高山栎的遗传分化系数Gst为0.089,表明居群间的遗传变异占总的遗传变异的8.90%,而91.10%的遗传变异存在于居群内,AMOVA分析表明11.00%的变异存在于居群间,89.00%的变异存在于居群内,两者都说明川滇高山栎居群间存在较低的遗传分化,总的遗传分化主要来自居群内部。基因流Nm为5.12,表明较高的基因流可能是导致川滇高山栎具有较高的遗传多样性的主要原因之一。 相似文献
20.
从200对SSR引物中筛选出69对条带清晰、多态性强的引物,对80份烟草种质资源材料(来自多个国家和地区)的全基因组DNA进行扩增,采用荧光ABI–3500 xl遗传分析仪进行多态性检测,结果 69对引物在烟草种质材料中共检测出503个多态性条带,平均每对引物可检测到的等位变异数为7.91个,观测杂合度(Ho)平均值为0.276 4,预期杂合度(He)平均值为0.574 7。Shannon’s信息指数I为1.082 6;Nei’s多样性指数H为0.571 1、遗传分化系数Fst为0.141 6,基因流Nm为1.515 3,遗传相似系数为0.55~0.90。说明80份烟草种质的遗传多样性相对丰富,居群间的遗传分化为14.16%,大部分位点均表现偏离Hardy–Weinberg平衡,杂合度不足,居群间基因交流少。 相似文献