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1.
为建立一种快速准确检测马铃薯卷叶病毒(potato leafroll virus,PLRV)的方法,本研究以PLRV CP(coat protein,CP)基因ORF3保守序列为靶标,建立了PLRV反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测体系,并对建立的RT-LAMP检测体系的特异性、灵敏度、实际应用效果进行评估。结果表明,建立的PLRV RT-LAMP检测方法,在62℃恒温下扩增50 min,扩增产物中加入双链嵌合荧光染色(SYBR Green Ⅰ),阳性样品颜色变为绿色,阴性样品颜色仍为褐色,可直接目测判断待检测样品是否感染PLRV。该方法只特异性检测PLRV,不与马铃薯X病毒(PVX)、马铃薯Y病毒(PVY)、马铃薯S病毒(PVS)、马铃薯A病毒(PVA)和马铃薯M病毒(PVM)等其他5种马铃薯主要病毒发生交叉反应。此外,建立的PLRV RT-LAMP检测方法的灵敏度较反转录PCR(RT-PCR)方法高100倍。田间样品检测验证,该方法与标准RT-PCR方法符合率达100%。本研究建立的以SYBR Green Ι为颜色指示的PLRV可视化检测RT-LAMP方法,特异、灵敏、便捷,成本低,可满足科研、基层单位对该病毒快速诊断和检测的需要。 相似文献
2.
禽流感病毒、新城疫病毒、猪瘟病毒和口蹄疫病毒多联RT-PCR诊断技术的建立 总被引：4，自引：0，他引：4
选择禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒（NDV)、猪瘟病毒(CSFV)和口蹄疫病毒(FMDV)基因组序列高保守区，按照多联PCR引物的设计要求，利用DNAsis计算机软件设计并合成了4对特异性扩增引物，扩增片段大小分别为470、320、200和140bp。以AIV、NDV、CSFV和FMDV的培养物提取RNA并反转录，进行RT-PCR特异性扩增。结果表明，各单项RT-PCR扩增产物与设计的4对引物之间的序列大小一致。在分别建立了各病毒单项RT-PCR及AIV与NDV、CSFV与FMDV二联RT-PCR的基础上，进一步优化各种多联PCR扩增条件，成功建立了上述4种病毒的四联RT-PCR技术。经特异性和灵敏度实验证明，本方法具有高度的特异性和灵敏性，其灵敏度为10pg总RNA。在3h内即可完成样品的检测。 相似文献
3.
兔出血症病毒RT-PCR检测方法的建立及应用 总被引：3，自引：0，他引：3
摘要:按照GenBank上公布的兔出血症病毒（RHDV）基因序列设计一对引物，以RHDV发病兔的新鲜肝为材料，提取总RNA，进行cDNA的合成和PCR扩增，结果能扩增出与预期的269bp大小一致的片段，该产物序列与公布的RHDV基因序列有95.8%～98.5%的同源性，表明已成功建立了RHDV RT-PCR检测方法。用该方法和血凝实验（HA）对兔出血症发病兔各组织脏器进行检测，结果表明，发病死亡兔各脏器中，HA检测阳性的病料为肝脏、肾脏、脾脏、血液、肺；RT-PCR检测除粪便外，其它均为阳性，其敏感性是HA的4×104倍。RT-PCR方法检测RHDV敏感度高、特异性强、重复性好，不仅可用于RHD临床诊断和流行病学调查，而且在兔肉等兔类产品的检疫方面具有很好的应用前景。 相似文献
4.
荧光显色在环介导等温扩增（LAMP）检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的应用 总被引：5，自引：0，他引：5
介绍了一种应用荧光显色的猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)的检测方法.该方法使用了针对靶序列M+N基因的一组引物,并且能在63 ℃等温条件下30 min内完成反应.在敏感性检测中RT-LAMP与RT-PCR都能检测103个包含靶基因片段的重组质粒.几种其它病原的核酸也被用来比较这两种方法的特异性,两种方法只能检测PRRSV.在荧光显色剂应用试验中,证实0.05 mmol/L钙黄绿素以及0.6 mmol/L锰离子可以用于LAMP扩增产物的判断,并且其判断结果与浊度判断结果一致.在对103个临床血液样本的检测中,RT-LAMP与RT-PCR检出的阳性样本数量分别是56个和48个.结果说明,应用荧光显色剂的RT-LAMP检测方法可以快速检测PRRSV. 相似文献
5.
鸭呼肠孤病毒基因Ⅰ型与Ⅱ型鉴别诊断RT-PCR方法的建立与应用 总被引：1，自引：0，他引：1
临床发病鸭(Anas platyrhynchos domestica)群中存在两种基因型鸭呼肠孤病毒(Duck reovirus,DRV)的感染.为建立一种能鉴别诊断DRV Ⅰ型(classical DRV,C-DRV)与Ⅱ型(novel DRV,N-DRV)的一步法RT-PCR检测方法,本研究通过对GenBank已公布的现有C-DRV和N-DRV S1和S4基因片段序列进行比对分析,设计合成两对特异性引物,并对引物浓度、退火温度和循环次数等扩增条件进行优化,建立一种能鉴别诊断C-DRV和N-DRV的一步法RT-PCR检测方法.结果表明,一步法RT-PCR最佳的反应体系为:PrimeScript 1 Step Enzyme Mix 1μL,2×1 Step Buffer 12.5μL,RNA模板1.5μμL,上下游引物(20μmol/L)各1μL,RNase Free dH2O补足25 μL;最佳反应条件:50℃反转录30 min;94℃预变性2 min;94℃变性30 s,55℃退火30 s,72℃延伸30 s,共30个循环.该方法可从C-DRV和N-DRV基因组中扩增出大小分别为249和505 bp单一特异性片段,从两种病毒基因组混合物中可同时扩增出两条特异性片段,而对鸭源常见病毒及正常细胞基因组在同等条件下检测均为阴性;该方法具有较高的敏感性,其最低病毒检出量分别为0.47和0.62个半数组织培养感染剂量(50％ tissue culture infective dose,TCID50);对不同代次、不同时间提取的病毒RNA样品重复检验3次,结果均一致.对浙江省2011～2015年采集的239份疑似临床病料进行检测,C-DRV与N-DRV的阳性率分别为2.5％(6/239)和31.4％(75/239);通过对阳性病料P10和P18扩增序列的测序也证实检测结果的准确性.本研究建立的双重一步法RT-PCR可以有效区分两种基因型DRV,且临床样品检测表明N-DRV是浙江省流行的优势基因型.本研究为鉴别诊断C-DRV与N-DRV提供了一个快速、灵敏性高及低成本的实验室诊断方法,该方法的建立可为DRV的分子流行病毒学调查提供有效的技术支持. 相似文献
6.
用PCR法从cDNA文库中快速克隆基因 总被引：5，自引：0，他引：5
以λgtll为载体,构建家兔睾丸文库.平板扩增6×105pfus,提取λDNA作为PCR模板.根据GenBank已发表spl0cDNA的同源序列,选择高度保守区域设计5'端引物(SP5'),另加与构建文库载体λgtll序列互补的正向(FP)或反向引物(RP)共同配对组成PCR循环引物.利用SP5'+Rp或SP5'+FP引物对扩增出sp10cDNA的3'端.根据3'端的测序结果,设计sp10的3'端引物(SP3'),利用SP3'+RP或SP3'+FP引物对扩增出sp10cDNA的5'端.应用该方法成功地克隆了家兔精子膜蛋白sp10cDNA(rsp10),说明该方法是一种快捷可行的cDNA克隆方法. 相似文献
7.
针对当前对虾(Penacus orientalis)养殖业亟需研究开发一种简便快速、敏感特异的检测技术来实现对对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)进行检测监控的现状,本研究根据WSSV基因组ORF120保守区序列,设计合成6条环介导等温扩增(loop mediated isothermal amplification,LAMP)特异性引物,分别为外引物F3/B3、内引物FIP/BIP和环引物LF/LB。利用钙黄绿素/氯化锰作为检测指示剂,通过对反应条件优化,建立了可视化WSSV-LAMP检测方法。在检测中未发生扩增反应时,钙黄绿素被氯化锰螯合,呈淬灭状态。当样品中有WSSV靶基因存在时,大量DNA被合成,并产生同样大量的焦磷酸根离子,此时焦磷酸根离子竞争性与Mn2+结合,形成稳定的不溶性焦磷酸盐沉淀,钙黄绿素被释放而发出肉眼可见的黄绿色荧光。该扩增一次性反应约60min即可完成对待检样品的检测。经测定,本方法能特异性地检测出阳性样品中的WSSV目的基因,并能通过扩增产物所产生的黄绿色变化与阴性样品区别;本技术对目的基因的最低检测量为1fg。在临床检测试验中,WSSV-LAMP与世界动物卫生组织(OIE)推荐的WSSV-PCR检测方法均能从250份对虾样品中,同时检测到15份编号相同的阳性样品,符合率达100%。除此之外,WSSV-LAMP还能从另外3份PCR检测为阴性的样品中检测到目的基因。比较这两种方法的阳性检出率,WSSV-LAMP为7.2%(18/250),WSSV-PCR为6.0%(15/250),WSSV-LAMP对自然感染的临床样品阳性检出率要比WSSV-PCR高。说明WSSV-LAMP在病毒含量较低的临床样品检测中比OIE推荐的PCR方法具有更高的技术优势,能在对虾养殖生产上的临床诊断、育种及口岸检疫,甚至海洋生态监测中对WSSV进行现场检疫。 相似文献
8.
江苏省玉米粗缩病病原病毒的RT-PCR检测 总被引：14，自引：0，他引：14
玉米粗缩病毒和水稻黑条矮缩病毒均可由灰飞虱传播并侵染玉米使其发生粗缩病.两种病毒相似之处较多,常规方法很难区分.本研究根据以往已发表的这两种病毒的核酸序列,分别合成了两病毒的特异引物,利用一步法反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)建立了玉米粗缩病病原病毒的快速检测和诊断的方法.对江苏省盐城地区田间自然感病玉米的RT-PCR检测结果和扩增片段序列分析表明:在该地区玉米粗缩病病样中只检测到水稻黑条矮缩病毒一种病原,所测核酸序列与日本所报道的水稻黑条矮缩病毒有92.4 %的同源性. 相似文献
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新发PDCoV和TGEV双重RT-PCR检测方法的建立及初步应用 总被引：1，自引：0，他引：1
猪Delta冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一种新发现的冠状病毒,临床上主要引起感染仔猪出现水样腹泻、呕吐和脱水等症状,和猪传染性胃肠炎病毒(Porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)感染引起的临床症状极为类似,且临床上PDCoV和TGEV混合感染时有发生,单靠临床诊断很难区分两种疾病,因此建立同时检测且区分PDCoV和TGEV的检测方法具有重要的临床意义.本研究根据GenBank中收录的PDCoVN基因和TGEVN基因序列设计了2对引物,在同一反应体系中同时扩增PDCoV的N基因片段和TGEV的N基因片段,通过对RT-PCR反应条件的优化,建立了同时检测PDCoV和TGEV的双重RT-PCR方法,并对该方法进行了特异性、灵敏性和重复性研究.结果显示,所建立的双重RT-PCR对PDCoV和TGEV的最低检测量分别是3.14×102 copies/μL和3.68× 103 copies/μL,利用该双重RT-PCR方法对猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪博卡病毒(Porcinebocavirus,PBoV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine respiratory and reproductive syndrome virus,PRRSV)和猪伪狂犬病毒(P.pseudorabiesvirus,PRV)的扩增结果均为阴性,显示出较好的特异性.为了解所建立的双重RT-PCR方法的临床应用效果,对252份临床样品进行了检测.结果表明,双重RT-PCR检出PDCoV阳性样品31份(阳性率为12.30％),TGEV阳性样品12份(阳性率为4.76％),同时感染PDCoV和TGEV的阳性样品2份(阳性率为0.79％),且检测结果与单一PDCoV和TGEV RT-PCR相符.因此,本研究所建立的双重RT-PCR方法可用于PDCoV和TGEV的临床检测,为进一步研究PDCoV和TGEV的临床鉴别诊断和流行病学调查提供了理论依据和技术支持. 相似文献
10.
RNA沉默（RNAi）介导的植物抗病毒研究是近年来引起广泛关注的一项植物抗病毒基因工程策略。马铃薯Y病毒（PVY）在世界范围内引起马铃薯、烟草等重要经济作物的病害,并且造成严重的经济损失。本文以PVY的外壳蛋白（CP）基因为模板扩增300bp和354bp两个片段,正向和反向分别插入植物表达载体pROKⅡ的35S启动子下游,从而构建了以PVY的CP基因为靶标的RNAi植物表达载体pROKY300,转入农杆菌EHA105中,以农杆菌渗入法在本氏烟中瞬时表达与wyCP同源的hairpin RNA。结果表明,瞬时表达的hairpin RNA有效干涉了PVY侵染。 相似文献
11.
A potato collecting expedition was carried out in the province of Jujuy, Argentina in March 24 to April 15, 2001. The objective
was to collect local cultivars of potatoes and wild potato species, covering high mountain valleys not previously collected
or areas where germplasm was not available. A total of 247 accessions was collected, 188 cultivated accessions of S. tuberosum subsp. andigenum, four of Solanum tuberosum subsp. tuberosum, two of S. curtilobum and 53 accessions of wild species. The wild species collected were S. acaule subsp. acaule, S. chacoense, S. infundibuliforme, S. megistacrolobum subsp. megistacrolobum, S. microdontum, S. gourlayi, S. × viirsooi and S. oplocense. Herbarium voucher specimens were obtained when possible. For the collection of cultivated potatoes, tubers were gathered
from farmer's fields and in a few cases from stores or markets. Seed samples were generally obtained for the wild species.
Detailed collection site data were recorded at every site. After breaking dormancy, the accessions of the cultivated species
were screened for the presence of Potato virus Y (PVY), Potato virus X (PVX), Potato leafroll virus (PLRV), Potato virus S
(PVS), Potato virus M (PVM), Potato virus V (PVV), Andean potato latent virus (APLV), Andean potato mottle virus (APMoV),
Potato rough dwarf virus (PRDV), Potato spindle tuber viroid (PSTVd) and Spongospora subterranea f. sp. subterranea. PSTVd, APLV and PRDV were not detected, but different levels of infection are reported for the other pathogens assayed. 相似文献
12.
为研究拟南芥Flowering locus T（FT ）基因在开花诱导过程中的重要生物功能,本研究采用RT-PCR方法,从拟南芥野生型（WS）中得到全长FT序列,采用Potato Virus X（ PVX ）野生型病毒构建载体,将全长FT基因连接到PVX第5个阅读框架即Coat Protein（ CP ）编码序列之前,经体外转录成PVX-FT病毒RNA,人工感染短日照烟草Maryland mommath,成功诱导短日照烟草在长日照条件下开花。 相似文献
13.
从广西巴马小型猪的卵巢中提取总RNA，并以其为模板，应用逆转录一聚合酶链式反应(RT—PCR)，在合成的特异性引物引导下，扩增得到巴马小型猪卵泡抑素(Follistatin) cDNA的全序列，长度为1035bp。该扩增片段经纯化后，连接到pMD18-T载体上扩增。经序列分析结果表明，本研究中克隆的猪卵泡抑素cDNA序列与GeneBank中已报道的家猪卵泡抑素同源性高达99．4％，与奶牛、家鼠、挪威鼠和马等其他物种的卵泡抑素cDNA序列间同源性也大于89％。 相似文献
14.
明柳甜橘是从春甜桔自然芽变中选育出来的新品种,本研究以春甜橘和明柳甜橘的叶片为试验材料,首先提取春甜橘和明柳甜橘叶片的总RNA,经3种锚定引物（HT11A,HT11C,HT11G）反转录成3类cDNA,再利用相应的锚定引物和34个随机引物（HAP1-HAP34）组成引物对,反转录cDNA进行差异显示PCR扩增,将扩增产物经6％的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳后进行银染,获得了比较清晰的差异条带,然后回收差异条带并进行克隆,初步分离获得一些春甜橘和明柳甜橘差异基因,建立了柑桔mRNA差异显示技术,为进一步分析导致柑橘芽变的分子机理奠定基础。 相似文献
15.
Lars M. Hansen Steen L. Nielsen 《Acta Agriculturae Scandinavica, Section B - Plant Soil Science》2013,63(2):132-137
Abstract Aphids are major vectors of plant viruses. Potato virus Y (PVY) is the most important aphid-transmitted virus affecting potato crops in Denmark. Because of a changed seed potato growing strategy, the seed potato area in Denmark is changing from regions with a low average temperature to regions with a higher average temperature. This means that the aphids may infest the potato crops earlier and the population development of the aphids may be faster, and consequently PVY may more easily become epidemic in seed potato crops. With a view to reducing the spread of PVY a 3-year experiment was carried out with a combination of mineral oil and insecticides. In 2005 and 2007 when a very high number of aphids were present, nearly all plants were infected with PVY. In 2006 with a lower number of aphids a smaller proportion of the plants were infected, and a tendency to a lower PVY incidence in mineral-oil treated plots was found, but more than the 8% threshold value. Even in plots where systemic neonicotinoids were applied and very few aphids were recorded, no significant reduction in infestation level of PVY was found. The present experiment shows that mineral oil and insecticides applied to potato crops each week for a 6-week period as protection against aphid transmission of PVY did not significantly reduce the level of PVY infestations in potatoes. 相似文献
16.
为了降低烟草花叶病毒（tobacco mosaic virus,TMV）和马铃薯Y病毒（potato irus Y,PVY）复合侵染对烟草带来的危害,本实验找到TMV—CP和PVY—CP基因部分保守序列,将保守序列进行双基因融合,此双基因即为RNAi的靶序列,用限制性内切酶将双基因从pMD18-T载体上切下,正反向连接到pUCCRNAi载体后,经酶切鉴定后定向连接到含超强启动子的pC2300—35S—OCS表达载体上,利用冻融法将此表达载体导入只含辅助质粒的根癌农杆菌中,构建含靶序列反向重复结构的RNAi双元载体系统,提取转化质粒,经酶切验证鉴定表明TMV和PVY外壳蛋白基因植物表达双元载体构建成功。并转化烟草,获得了3株对TMV和PVY抗性显著提高的转基因烟草。 相似文献
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以草莓茎尖和花药为外植体,多重RT-PCR为检测方法研究了不同培养材料对3种草莓病毒,即斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、轻型黄边病毒(strawberry mild-yellow edge virus,SMYEV)和镶脉病毒(strawberry vein-band virus,SVBV)的脱除情况。结果表明,花药愈伤组织再生苗途径对3种病毒的脱除率为100%。而不同大小茎尖脱除病毒效果不同:0.2mm茎尖可完全脱除3种病毒,但成苗率低;0.5mm茎尖可有效脱除SMoV和SVBV,但对SMYEV脱除不彻底;0.5mm茎尖成苗率明显高于0.2mm茎尖,但较难脱除SMYEV。综合病毒脱除率和成苗率,对花药再生频率较高的草莓基因型(如红颊)可以采用花药愈伤组织再生途径进行病毒脱除,而对于花药再生困难的基因型可以考虑选用茎尖分生组织途径获取脱毒苗。 相似文献
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为探讨花色苷途径在彩棉色素形成中的作用及彩棉色素形成规律,本研究根据葡萄(Vitis vinifera)的类黄酮3'-羟化酶(flavonoid3'-hydroxylase,F3'H)基因全长cDNA序列blast所得棉花(Gossypium hirsutum)的EST序列(GenBank登录号:DT545210,CO071403和BG447485)设计引物,以开花后16d的新彩棉5号(XC-5)纤维为材料,采用RACE(rapid amplification of cDNA ends)和RT-PCR方法分离得到了2个类黄酮3'-羟化酶基因的全长cDNA序列,长度为1761和1892bp,均含有一个97~1629bp、长度为1533bp的开放阅读框,编码510个氨基酸,将这两个序列命名为GhF3'H-1和GhF3'H-2,分别提交GenBank,登录号为HM598123和HM598124,此2个序列编码区完全相同,仅在3'非翻译区(UTR)存在片段长短的差异。半定量RT-PCR检测花色苷合成途径中查尔酮合成酶(chalcone synathase,CHS)基因、F3'H、类黄酮3',5'-羟化酶(flavon... 相似文献