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1.
为探究和田羊成纤维细胞生长因子5(fibroblast growth factor 5,FGF5)基因特征,利用RT-PCR成功扩增和田羊FGF5基因,对其核苷酸序列及其编码的氨基酸特征进行同源分析,并绘制进化树。结果表明,和田羊FGF5基因CDs区全序列长度为813 bp,为一个完整的开放阅读框,编码270个氨基酸,测序结果经比对后与已发布的绵羊FGF5基因CDs区序列同源性为99.8%,氨基酸序列同源性为99.3%,编码的氨基酸有2处突变,氨基酸序列中20种氨基酸数量分布差异较大。与其他已公布的哺乳动物FGF5基因CDs区同源比对结果显示,该基因同源性在86.9%～99.0%之间,其中与山羊的同源性最高,为99.0%。对上述动物FGF5氨基酸序列绘制进化树发现,和田羊FGF5基因所编码氨基酸与牛、山羊和绵羊处在同一分支,表明其亲缘关系接近。通过对和田羊FGF5基因和编码氨基酸的特征和同源性进行分析,为深入探究和田羊FGF5基因编码蛋白提供了理论依据。 相似文献
2.
《中国畜牧杂志》2020,(10)
本研究根据Genbank载入的普通绵羊血小板衍生生长因子受体样蛋白(PDGFRL)基因序列设计特异性引物。利用PCR技术扩增乌骨绵羊PDGFRL基因编码区片段,经测序后对序列进行比对分析,并采用生物信息学软件对编码区序列和蛋白质结构进行预测。结果表明:兰坪乌骨绵羊PDGFRL基因编码区序列全长1128bp,编码375个氨基酸;同普通绵羊进行核苷酸序列同源性比对发现同源性为99.73%,发现3个碱基同义突变;生物信息学分析表明不同物种PDGFRL基因编码区核苷酸序列与氨基酸序列具有较高的保守性;蛋白结构预测显示,PDGFRL蛋白空间结构主要由α螺旋、β折叠和无规则卷曲构成。 相似文献
3.
为分析猪葡萄球菌脱落毒素EXHC和SHETA基因结构并预测其所编码蛋白的结构和功能,本试验根据GenBank已报道的猪葡萄球菌脱落毒素EXHC和SHETA基因序列分别设计了1对特异性引物,从猪葡萄球菌GDZC株中扩增获得EXHC和SHETA基因片段,大小分别为1007和971 bp。序列分析结果表明,EXHC基因与猪葡萄球菌丹麦分离株(GenBank登录号:AF515455)及猪源松鼠葡萄球菌河北分离株(GenBank登录号:JF755400)的核苷酸序列、氨基酸序列同源性均为100.0%,而与其他葡萄球菌脱落毒素基因的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为3.3%~53.9%和7.9%~44.2%。SHETA基因与日本分离株(GenBank登录号:AB036768)的核苷酸序列同源性为96.2%,氨基酸序列同源性为98.4%,在保守区共有31个碱基发生突变。利用DNAStar软件对EXHC和SHETA蛋白结构进行分析,结果显示EXHC基因编码的蛋白为亲水性蛋白,SHETA基因编码蛋白为疏水性蛋白,抗原性较差。本研究从猪葡萄球菌GDZC株中成功扩增获得EXHC和SHETA基因片段并对其编码的蛋白结构进行了预测,证实了中国分离的猪葡萄球菌同时携带有EXHC和SHETA 2种毒素基因,为进一步研究猪葡萄球菌的致病机理及毒素之间的相互作用提供了理论依据。 相似文献
4.
为获得Marc145细胞源EDC3基因序列,分析其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本试验采用RT-PCR方法从Marc145细胞中扩增EDC3基因,并进行克隆和序列测定;应用DNAStar软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,与参考序列经BLAST比对后分析同源性,并构建系统进化树;利用生物信息学方法对其编码区蛋白进行二级结构、三级结构、B细胞表位、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,Marc145细胞源EDC3基因长度为1 527 bp,共编码507个氨基酸;EDC3基因编码区核苷酸序列与绿猴、猕猴、狒狒、人、倭黑猩猩、马、野猪、虎鲸、绵羊、非洲象和大熊猫的同源性在91.5%~99.2%之间,与非哺乳动物原鸡同源性最低,仅为81.2%;EDC3氨基酸序列与上述物种的同源性在95.3%~99.6%之间,与原鸡的同源性仅为88.8%。系统进化树结果显示,Marc145细胞源EDC3基因与绿猴的亲缘关系最近,其次是灵长类。蛋白结构预测结果表明,EDC3蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,分别为23.38%和47.35%,二级结构与三级结构预测结果相符。该蛋白存在多个B细胞优势抗原表位,无跨膜结构域及信号肽区域。本试验结果可为Marc145细胞源EDC3基因功能的进一步研究提供参考。 相似文献
5.
为获得Marc145细胞源EDC3基因序列,分析其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本试验采用RT-PCR方法从Marc145细胞中扩增EDC3基因,并进行克隆和序列测定;应用DNAStar软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,与参考序列经BLAST比对后分析同源性,并构建系统进化树;利用生物信息学方法对其编码区蛋白进行二级结构、三级结构、B细胞表位、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,Marc145细胞源EDC3基因长度为1 527bp,共编码507个氨基酸;EDC3基因编码区核苷酸序列与绿猴、猕猴、狒狒、人、倭黑猩猩、马、野猪、虎鲸、绵羊、非洲象和大熊猫的同源性在91.5%~99.2%之间,与非哺乳动物原鸡同源性最低,仅为81.2%;EDC3氨基酸序列与上述物种的同源性在95.3%~99.6%之间,与原鸡的同源性仅为88.8%。系统进化树结果显示,Marc145细胞源EDC3基因与绿猴的亲缘关系最近,其次是灵长类。蛋白结构预测结果表明,EDC3蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,分别为23.38%和47.35%,二级结构与三级结构预测结果相符。该蛋白存在多个B细胞优势抗原表位,无跨膜结构域及信号肽区域。本试验结果可为Marc145细胞源EDC3基因功能的进一步研究提供参考。 相似文献
6.
为分析猫泛白细胞减少症病毒（FPV）北京株（FPV-BJ 05株）NS1基因的分子特征及其编码蛋白的生物学功能,本研究对FPV-BJ 05株NS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学软件分析FPV-BJ 05株与GenBank上登录的11株FPV参考株NS1基因的同源性,并预测NS1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构、B细胞抗原表位、磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白结构与功能、高级结构等。结果显示,NS1基因全长2 007 bp,编码668个氨基酸,且与其他FPV分离株NS1基因核苷酸序列同源性为98.8%~99.3%,氨基酸序列同源性为97.9%~98.8%。系统进化树分析结果显示,FPV-BJ 05株NS1蛋白与GenBank上登录的3株FPV参考株处于同一大分支,但由于氨基酸的突变导致其属于独立的一小分支。NS1蛋白既无信号肽也无跨膜结构域,属于非分泌型的疏水性蛋白。B细胞抗原表位预测结果显示,NS1蛋白柔韧性较好,抗原性及表面可及性较高,预测该蛋白含有13个优势抗原位点。修饰结构预测表明,NS1蛋白含有62个潜在磷酸化位点,27个O-糖基化位点和2个N-糖基化位点。亚细胞定位结果显示,NS1蛋白在细胞质和细胞核的概率较高,分别为69.6%和17.4%。NS1蛋白二级结构中α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角分别占39.37%、15.42%、39.37%和5.84%。应用在线软件SWISS-Modle对NS1蛋白进行建模,预测其三级结构,结果发现NS1蛋白主要以α-螺旋为主。本试验结果将为北京地区FPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。 相似文献
7.
《中国畜牧兽医》2018,(12)
为分析猫泛白细胞减少症病毒(FPV)北京株(FPV-BJ 05株)NS1基因的分子特征及其编码蛋白的生物学功能,本研究对FPV-BJ 05株NS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学软件分析FPV-BJ 05株与GenBank上登录的11株FPV参考株NS1基因的同源性,并预测NS1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构、B细胞抗原表位、磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白结构与功能、高级结构等。结果显示,NS1基因全长2 007bp,编码668个氨基酸,且与其他FPV分离株NS1基因核苷酸序列同源性为98.8%～99.3%,氨基酸序列同源性为97.9%～98.8%。系统进化树分析结果显示,FPV-BJ 05株NS1蛋白与GenBank上登录的3株FPV参考株处于同一大分支,但由于氨基酸的突变导致其属于独立的一小分支。NS1蛋白既无信号肽也无跨膜结构域,属于非分泌型的疏水性蛋白。B细胞抗原表位预测结果显示,NS1蛋白柔韧性较好,抗原性及表面可及性较高,预测该蛋白含有13个优势抗原位点。修饰结构预测表明,NS1蛋白含有62个潜在磷酸化位点,27个O-糖基化位点和2个N-糖基化位点。亚细胞定位结果显示,NS1蛋白在细胞质和细胞核的概率较高,分别为69.6%和17.4%。NS1蛋白二级结构中α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角分别占39.37%、15.42%、39.37%和5.84%。应用在线软件SWISS-Modle对NS1蛋白进行建模,预测其三级结构,结果发现NS1蛋白主要以α-螺旋为主。本试验结果将为北京地区FPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。 相似文献
8.
《畜牧与兽医》2016,(4):87-93
为了解贵州省猪轮状病毒(PoRV)VP7蛋白的结构及功能,根据Gen Bank发表的猪轮状病毒VP7基因序列设计1对特异性引物,扩增1株猪轮状病毒贵州流行株VP7基因全序列并进行序列测定及生物信息学分析。结果显示:VP7基因全长为1 062 bp,包含一个981 bp的开放发阅读框,编码326个氨基酸,氨基酸突变主要发生在高变区。与已知的14个国内外参考毒株VP7核苷酸和推导的氨基酸序列比较,同源性分别为71.5%~97.0%和72.4%~98.7%,与G4型毒株核苷酸同源性及推导的氨基酸同源性分别为86.6%~97.0%和92.9%~98.7%。核苷酸系统进化树结果显示,贵州流行株与G4型毒株CMP070/09属同一个分支,因此推测贵州流行株为G4型猪轮状病毒。预测PoRV VP7蛋白理论相对分子质量为37.2 ku,等电点为4.75,半衰期为30 h,不稳定系数为31.22;跨膜结构及信号肽分析表明VP7蛋白有2个跨膜区,无信号肽区域;抗原表位预测显示VP7蛋白在第69~104、145~150、176~183、210~224、311~321位及其附近肽段可能为其优势抗原表位;结构预测显示,VP7蛋白存在1个N-糖基化作用位点、14个磷酸化位点,不存在O-糖基化位点。 相似文献
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《中国兽医杂志》2019,(7)
为了分析2015-2018年北方地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,通过RT-PCR分段扩增、测序,获得10株PEDV S基因序列。分析发现,10株S基因核苷酸序列同源性为96.8%～99.4%,推导编码的氨基酸序列同源性为96.5%～99.3%;与参考株核苷酸序列同源性为93.4%～99.5%,与参考株氨基酸序列同源性为92.0%～99.4%。其中,4株序列基因长度均为4 161 nt,编码1 386个氨基酸;6株序列基因长度均为4 158 nt,编码1 385个氨基酸,与目前流行的变异株和经典株CV777相比,这6株S基因推导的氨基酸序列已分别在131位、1 196位出现1个氨基酸缺失,在进化树中已形成多个小分支。由此表明,我国PEDV在流行过程中已出现较大变异。作者研究结果为监测和分析我国PEDV的变异和演化提供了有价值的基因信息数据。 相似文献
10.
《中国兽医学报》2015,(4)
为了解当前伪狂犬病毒(PrV)地方流行毒株gE基因的变异特点,根据Guizhou DY株设计引物序列扩增gE基因,并对扩增产物进行序列分析和蛋白特性预测。成功获得1 654bp目的片段,提交GenBank获得登录号KM079613。核酸序列分析在142~144和1 480~1 482位发现2处特征性CGA插入,并导致氨基酸序列在48和494位天冬氨酸插入。相对Ea株编码蛋白O-GlcNAc糖基化位点在563和571位出现偏移,抗原倾向性在420~460位区域明显下降。进化分析显示与2012年以来国内流行毒株WY、ZM、HuXT2012、HBBD、HBLF、XiangA和ZJNB2012同源性较高,达99.8%,而与欧洲、美洲毒株及2012年以前国内毒株同源性较低。表明所感染的伪狂犬病病毒已发生一定的变异,并且gE基因编码蛋白与国内早期分离的Ea株相比在O-GlcNAc糖基化位点和抗原倾向性上也发生了改变。 相似文献
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血管内皮生长因子对牛胚胎体外发育影响的最适添加浓度筛选试验 总被引：1，自引：0，他引：1
为了探明血管内皮生长因子Vascular Endothelial Growth factor,VEGF）对牛卵母细胞体外发育影响的最适添加浓度，试验中应用了人类重组VEGF165。结果表明，添加1ng/ml、2ng/ml和5ng/ml VEGF均可显著提高胚胎的卵裂率和体外发育率，但以5ng/ml VEGF处理组可以得到最高的胚胎发育至4－8细胞期的发育率，因而选择5ng/ml VEGF浓度作为以后VEGF系列试验的添加浓度。 相似文献
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藏鸡血管内皮生长因子基因表达与低氧适应 总被引：1，自引：0，他引：1
比较藏鸡在常氧(O2,21%)和低氧(O2,13%)浓度孵化环境中,胚胎尿囊绒毛膜(CAM)组织VEGF基因mRNA表达变化及其与低地矮小隐性白鸡的差别,分析VEGF表达与低氧适应的关系.结果发现低氧刺激使藏鸡和矮小隐性白鸡CAM组织VEGF表达均上调,矮小隐性白鸡上调程度明显大于藏鸡.结果说明在低氧环境中藏鸡CAM组织VEGF表达表现一定程度的增加,有利于血管形成,表现对低氧环境的适应;而低地鸡胚胎VEGF可能表现异常表达,不利于胚胎发育和存活. 相似文献
13.
绵羊的卵巢具有同期性变化的特点，而其周期行变化伴随着血管的新生，在这一过程中VEGF起到了至关重要的作用。本试验利用改进后的免疫组化方法，探究VEGF在绵羊卵巢中表达位置并测定表达情况。研究结果表明，改进后的免疫组化方法与常规的方法相比，可以降低脱片率，降低非特异性染色强度并消除背景色。 相似文献
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目的研究血管内皮生长因子（vascular endothelial growth factor,VEGF）在绵羊肺脏中的表达分布特征。方法取成年绵羊肺脏组织,制备石蜡切片,利用HE染色法观察绵羊肺脏组织的形态结构,采用免疫组织化学方法检测VEGF在绵羊肺脏组织中的分布。结果肺脏的各类型细胞均可见VEGF表达,在绵羊肺脏导气部的细支气管和终末细支气管的上皮细胞,呼吸部的肺泡管和呼吸性细支气管的上皮细胞,以及肺的血管内皮细胞均可检测到VEGF的强阳性表达信号。结论VEGF广泛分布于绵羊肺脏组织中,对其形态结构和功能的维持具有重要作用。 相似文献
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应用免疫组化方法结合计算机图像分析技术,分析同期发情后0、5、9、12、15d的绵羊卵巢中血管内皮生长因子（Vascular endothelial growth factor,VEGF）表达强度变化,以期了解VEGF在绵羊卵巢发情周期不同时期的表达规律。结果显示：VEGF阳性目标主要出现于卵泡膜与颗粒细胞。原始卵泡、初级卵泡、次级卵泡VEGF表达依次增强（P〈0．05）。发情周期0～5d,大窦腔卵泡（颗粒细胞4～8层）VEGF表达量骤然上升（P〈0．05）,而9d开始显著下降,与5d比较差异显著（P〈0．05）。12d继续下降（P〈0．05）且为最低值,15d又明显上升（P〈0．05）。VEGF在卵巢间质呈弱表达,各个时期之间差异不显著（P〉0．05）。结果表明,绵羊卵巢存在着血管周期性新生的变化特点,而VEGF在这种周期性血管新生过程中起着重要的调控作用。 相似文献
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Objective To measure vascular endothelial growth factor (VEGF) levels in aqueous humor, serum, and plasma in diabetic and nondiabetic cataractous dogs. Methods Canine VEGF was assayed in the plasma and serum of 32 dogs (20 diabetics; 12 nondiabetics) and aqueous humor in 57 eyes of those dogs (39 diabetic; 18 nondiabetic) undergoing phacoemulsification, using a commercial canine VEGF assay. Statistical analysis was performed using Fisher’s PLSD, t‐test, and regression analysis to compare values by diabetic status, duration of diabetes, age, weight, gender, left vs. right eye, and blood clarity. Results Plasma, but not serum or aqueous humor VEGF values of diabetics were significantly greater than nondiabetics (P = 0.019). Older nondiabetics (10–15 years) had higher plasma VEGF values than younger (0–5 and 5–10 years) dogs (P = 0.0002 and 0.0001, respectively). There was no significant difference in aqueous humor VEGF between left and right eyes in all patients. Serum and plasma, but not aqueous humor, VEGF values in females were significantly higher than males in both groups. Conclusion Similar to human diabetic patients, VEGF aqueous humor values in all dogs are significantly higher than blood values. Aqueous humor VEGF values in human diabetics are elevated and correlate with the severity of diabetic retinopathy. However, aqueous humor values of VEGF in diabetic dogs are not greater than nondiabetics and may serve to protect the dog against development of diabetic retinopathy. 相似文献
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为探讨氟致甲状腺肿大的分子机理，选用4周龄SD大鼠饮用不同浓度的NaF水溶液，复制了氟中毒致大鼠甲状腺肿模型，光镜下观察了甲状腺的形态结构变化，并用RT-PCR技术检测了甲状腺组织中iNOS1TIRNA和VEGFmRNA的表达情况。结果，氟中毒大鼠甲状腺微血管明显扩张、增生，表现为明显的结节性甲状腺肿；与正常对照组大鼠相比，氟中毒组大鼠甲状腺组织中iNOSmRNA和VEGFmRNA的表达水平显著升高（P〈0．05）。结果表明，长期摄入过量氟导致甲状腺发生结节性肿大的机理之一是，氟可刺激甲状腺中iNOS基因和VEGF基因的过量表达，进而造成甲状腺组织内微血管增生。 相似文献
20.
Vascular endothelial growth factor (VEGF) is a key angiogenic growth factor, playing putative roles in both tumour growth and metastasis. The purpose of this study was to correlate pretreatment serum concentrations of VEGF in dogs with osteosarcoma (OSA) with disease‐free interval (DFI) and overall survival (OS). Additionally, the effect of serum from dogs with OSA on ex vivo canine endothelial cell (EC) growth was determined. Pretreatment platelet‐corrected serum VEGF levels correlated significantly with DFI. No other examined variable predicted outcome. The ability of sera from dogs with OSA to stimulate canine EC proliferation did not correlate with VEGF concentration or outcome. These data support a role for VEGF in the development or progression of metastatic disease in dogs with OSA. The VEGF concentration in tested sera was not a major determinant of ex vivo canine EC proliferation in this study. 相似文献