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《畜牧兽医学报》2015,(10)
为研究不同尾型绵羊群体遗传分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘不同尾型绵羊重要性状相关的候选基因。本研究基于蒙古羊(短脂尾)和藏羊(瘦尾)群体的Illumina Ovine SNP 50K芯片分型数据,借助遗传分化系数FST法进行群体间选择信号检测,寻找选择信号区域内的重要基因,并对其中与脂肪代谢相关的基因PPARG、PDGFD在呼伦贝尔羊(大尾和小尾品系;肥尾)与藏羊(瘦尾)尾脂进行mRNA相对表达量研究。结果,(1)465个SNPs被选择,基因注释找到448个候选基因,筛选到50个与脂类代谢相关的基因,GO功能富集分析发现,主要富集在脂类生物合成过程、磷脂代谢、脂质结合等条目,此外发现4个基因(PPARG、RXRG、SLC27A2和ACSL6)富集到PPAR信号通路。(2)肥瘦尾之间,呼伦贝尔羊(大尾和小尾品系)PPARG和PDGFD基因表达量均显著高于藏羊(P0.01),而大小肥尾之间,呼伦贝尔羊大尾品系PPARG基因表达量显著高于小尾品系(P0.05),PDGFD基因表达量则无明显差异。通过FST法有效检测到受选择的基因,部分与绵羊重要性状相关,相对定量试验证明PPARG和PDGFD基因与尾部脂肪沉积密切相关,可以作为尾型选育的候选基因,为绵羊育种及改良提供重要参考。 相似文献
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【目的】 分析不同脂尾型绵羊尾部脂肪组织中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,探究lncRNA与绵羊尾部脂肪沉积机制的关系,为揭示绵羊尾脂沉积机制提供理论依据。【方法】 选择新疆地方绵羊巴什拜羊(肥尾型)和野生盘羊×巴什拜羊杂交二代(小尾型)作为研究对象,采集2个群体尾部脂肪组织,利用转录组测序技术筛选差异表达lncRNA并预测靶基因,对其进行GO功能和KEGG通路富集分析;利用实时荧光定量PCR技术验证转录组测序的表达结果。【结果】 通过差异表达分析共筛选出728个差异表达lncRNAs,其中270个表达下调,458个表达上调;通过差异表达lncRNA靶基因的GO功能和KEGG通路富集分析,筛选到634个靶基因参与疾病、免疫、蛋白修饰、细胞代谢等相关功能分类,共涉及76条信号通路,部分lncRNA介导的靶基因SCD、GPAM、THRSP、FASN等与绵羊尾部脂肪沉积相关。实时荧光定量PCR与转录组测序结果趋势相同。【结论】 lncRNA在绵羊脂尾进化中对尾部脂肪沉积具有重要的调控作用,为从lncRNA的角度分析绵羊脂肪沉积提供了理论依据。 相似文献
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为适应不同环境,绵羊经过长期的适应性选择形成了尾型不同的品种。脂尾型绵羊尾部较高的脂肪沉积能力使其具有较好的抗逆性,但过多的尾脂沉积已不符合当今的育种需要。绵羊的脂尾和瘦尾是由环境和基因共同决定的复杂性状,而尾部脂肪沉积又与尾部脂肪组织中脂肪间充质干细胞的增殖与成脂分化相关。本文重点讨论可能决定绵羊尾部脂肪沉积的遗传机制及影响脂肪间充质干细胞生物活性的因素,对有关绵羊尾部脂肪沉积基因组学研究及脂肪沉积相关的细胞分化的调控机制进行综述,为脂尾型绵羊脂尾(脂臀)性状的改良奠定理论基础。 相似文献
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旨在利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估不同绵羊群体的近交情况,并鉴定与绵羊经济性状相关的基因。本研究基于Illumina Ovine SNP50芯片对来自10个绵羊群体共440个个体进行全基因组ROH检测,统计ROH在不同绵羊群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(F_(ROH)),并对高频ROH区域进行基因注释。结果,在10个绵羊群体中共检测到25 920个ROH片段,不同绵羊群体ROH的数目、长度、频率及分布存在明显差异。ROH平均数目的变化范围从10.17个(苏尼特羊)到95.99个(杜泊羊),平均长度的变化范围从2.04 Mb(四川藏羊)到4.71 Mb(罗布羊),平均F_(ROH)的变化范围从0.010(苏尼特羊)到0.172(杜泊羊)。引进品种的(杜泊羊和德美羊)平均F_(ROH)明显高于地方品种。在地方绵羊群体中,西藏藏羊(0.085)具有最高的平均F_(ROH)。在高频ROH区域鉴定到26个与绵羊经济性状相关的基因,如与生长发育相关的基因NCAPG、LCORL、PRKAA2、FAIM2和HYDIN,与脂肪代谢相关的基因LEPR、WNT10B和NCKAP5L,与肉质及胴体性状相关的基因CDIPT、CAPN3和FGF9。基于ROH评估的近交情况可为绵羊种群育种和保种提供参考依据,鉴定到的候选基因可以作为绵羊标记辅助选择重要的基因。 相似文献
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通过对比不同尾椎数的蒙古绵羊群体在基因组上的遗传分化水平,对全基因组选择信号、蒙古羊尾长性状的相关基因及可能的突变位点进行检测,试图解析尾椎形成的分子机制。基于全基因组重测序数据,使用两组群间的遗传分化系数(Fst)和遗传多样性比率(pi ratio)检测尾椎选择信号,将Fst值和pi ratio较大的染色体区段作为受选择候选区域。结果表明,共找到76个选择区域,这些区域分别落在了尾脂肪沉积和骨骼发育的QTL上,进一步对这些候选区域所包含的63个基因进行基因功能及通路的注释分析,富集到骨骼再生相关的Wnt和FGF信号通路,同时发现LRP6等功能候选基因。该研究确定了与尾椎数相关的受选择区域,推测不同尾椎数蒙古绵羊群体的形成可能由非基因编码区域的一个或者多个突变造成。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2020,(3)
本研究以卷曲相关同源蛋白(FRZB)基因作为候选基因,以同羊、小尾寒羊、兰州大尾羊和湖羊4个品种共计582只绵羊个体为试验材料,利用琼脂糖凝胶电泳结合DNA测序技术对FRZB基因的InDel进行筛查,旨在寻找与4个品种绵羊生长性状相关的InDel位点。结果表明,绵羊FRZB基因第1内含子上检测到一段14 bp的InDel突变;FRZB基因内含子区InDel突变位点在同羊、小尾寒羊、兰州大尾羊和湖羊群体中均存在II、ID、DD 3种基因型;关联分析表明,FRZB基因中检测到的InDel突变对同羊生长性状有显著影响(P0.05),其中II基因型的体长、背高、荐高、距骨宽度、尾长和尾宽在同羊群体中显著优于DD基因型,可以作为候选分子标记用于同羊分子标记辅助选择。这些结果提示,绵羊FRZB基因第1内含子上一个14 bp的插入突变可显著影响同羊生长性状,可以作为绵羊育种中生长性状的潜在分子标记。 相似文献
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本研究以卷曲相关同源蛋白（FRZB）基因作为候选基因,以同羊、小尾寒羊、兰州大尾羊和湖羊4个品种共计582只绵羊个体为试验材料,利用琼脂糖凝胶电泳结合DNA测序技术对FRZB基因的InDel进行筛查,旨在寻找与4个品种绵羊生长性状相关的InDel位点。结果表明,绵羊FRZB基因第1内含子上检测到一段14 bp的InDel突变;FRZB基因内含子区InDel突变位点在同羊、小尾寒羊、兰州大尾羊和湖羊群体中均存在II、ID、DD 3种基因型;关联分析表明,FRZB基因中检测到的InDel突变对同羊生长性状有显著影响（P<0.05）,其中II基因型的体长、背高、荐高、距骨宽度、尾长和尾宽在同羊群体中显著优于DD基因型,可以作为候选分子标记用于同羊分子标记辅助选择。这些结果提示,绵羊FRZB基因第1内含子上一个14 bp的插入突变可显著影响同羊生长性状,可以作为绵羊育种中生长性状的潜在分子标记。 相似文献
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本研究测定了462只特克赛尔羊×阿勒泰羊杂交F2代羊背最长肌的肉质性状，利用全基因组关联分析（GWAS）方法初步筛选肉质性状（熟肉率、失水率）的候选基因，并通过QQ-plot图对群体层化效应进行了检测。结果表明，以上肉质性状群体层化分析没有发现明显的整体系统偏差，也不存在明显群体层化效应。关联分析结果表明共有16个SNP位点达到基因组显著水平，其中与熟肉率显著相关的位点8个，与失水率显著相关的位点8个。根据基因注释和文献检索结果，推测DOCK4、AOAH和CREB5基因可作为影响绵羊熟肉率的候选基因，所筛选出的候选基因主要通过调控肌纤维类型、参与肌肉生长过程等途径影响熟肉率；推测PRKCE和PRKG1基因可作为影响绵羊失水率的候选基因，筛选出的候选基因主要通过调控细胞分化、肌肉收缩、脂肪生成及参与肌动蛋白细胞骨架等作用而影响失水率。本研究结果将为改良绵羊肉质嫩度、多汁性提供候选分子标记，为地方品种绵羊标记辅助选择提供新的思路。 相似文献
10.
【目的】皮山红羊是分布于新疆和田地区的新发现多羔性地方绵羊品种。本研究基于全基因组重测序技术从基因组水平上了解皮山红羊的群体遗传结构及产羔性状受选择信号区域,并对候选基因进行验证。【方法】选择30只连续产2～3羔的经产皮山红羊母羊为高繁组(high fertility, HF),30只连续产单羔的经产皮山红羊母羊为低繁组(low fertility, LF),对这两个群体进行全基因组重测序。应用主成分分析(PCA)、系统进化树、群体遗传结构及全基因组扫描(Fst&θπ)等综合分析法确定候选区域,进一步筛选皮山红羊产羔性状候选基因。采用飞行质谱分型技术对候选基因进行分型验证。【结果】皮山红羊高、低繁殖组群体连锁不平衡(LD)分析衰减曲线相似,系统进化树显示两组群体分化程度不明显。PCA结果显示,两个群体明显聚成一簇,个别个体离群,其位置及相互关系符合进化树结构以及群体结构结果。设置同时达到Top 1%Z(Fst)值和θπ值的窗口为候选区域,共注释229个强选择信号,HF和LF组注释基因分别为86和143个,其中筛选到42个可能与繁殖性状相关的候选基因,如MARF1、CHGA、BM... 相似文献
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《中国畜牧兽医》2019,(12)
试验旨在探讨呼伦贝尔羊巴尔虎品系(半椭圆状尾)和短尾品系(小桃状尾)脂肪沉积差异的分子机制。随机选择处于相同饲养管理条件下5月龄呼伦贝尔母羊21只(其中巴尔虎品系11只、短尾品系10只),测量其体尺、尾型和胴体重指标。组织切片观察8个部位脂肪细胞的形态,测定脂肪组织甘油三酯(TG)含量,并进一步用实时荧光定量PCR检测脂肪代谢相关基因在不同脂肪组织中的表达差异。结果显示,同月龄两品系羊胴体重、体尺及尾型指标差异显著或极显著(P0.05;P0.01)。虽然两品系羊同一部位的脂肪细胞形态基本一致,但巴尔虎品系尾部脂肪细胞面积和体积均大于短尾品系(P0.01),并且皮下、网膜和尾部脂肪组织中的TG含量在两品系羊间差异显著或极显著(P0.05;P0.01)。ATGL、PPARγ、C/EBPα和SREBP 4个脂代谢相关基因在巴尔虎品系个体中的mRNA水平均显著或极显著高于短尾品系(P0.05;P0.01);巴尔虎品系中ATGL和SREBP基因的表达与TG含量分别呈显著负相关和正相关(r=-0.965、0.972)。综上所述,两个呼伦贝尔羊品系在生长和脂肪代谢等方面存在较大差异。本研究结果可为进一步深入解析绵羊脂尾形成的分子机制提供理论依据。 相似文献
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旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq)技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。基于SNPs数据集,通过elgensoft软件进行主成分分析;运用Treemix软件分析基因流事件;利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)进行全基因组选择性清除分析,取top 5%Fst和πratio的交集以确定基因组受选择区域,并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。结果共得到1 658 596个群体SNPs;主成分分析(PCA)发现永登七山羊能够独立分群,基因流表明永登七山羊和兰州大尾羊存在较弱的基因交流。以永登七山羊为试验群体,岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊为参考群体进行选择清除分析,3个比较组的受选择区域分别检测出424、294、301个候选基因;GO和KEGG分析结果表明,候选基因分别显著富集在65、79、... 相似文献
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为寻找绵羊基因组中可能的遗传性状相关标记,本试验采用比较基因组杂交(comparative genomic hybridization,CGH)芯片技术,构建了蒙古羊、哈萨克羊、藏羊的拷贝数变异(copy number variation,CNV)多样性图谱。试验结果显示,共检测出28个CNV区域(CNV region,CNVRs),包括11个扩增型、15个缺失型和2个扩增—缺失型。通过功能注释和代谢通路分析发现,在蒙古羊和藏羊基因组中血红蛋白基因存在拷贝数扩张,可能与两种绵羊长期生活在高原低氧环境中产生的适应性有关。对CNVRs和CNV相关基因进行实时荧光定量PCR检验,83.3%的实时荧光定量PCR结果与芯片检测结果一致。通过对中国北方3种绵羊的基因组CNV的研究,为不同绵羊品种间遗传变异的研究奠定了基础。 相似文献
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本文旨在通过全基因组重测序技术评价内蒙古地方绵羊遗传多样性,筛选与绵羊尾椎数性状相关的候选基因。利用内蒙古当地2个典型肉羊品种（蒙古羊28只、巴美肉羊21只）进行全基因组重测序,过滤去掉高缺失率以及最小等位基因频率较低的位点,得到高质量SNP;对各品种进行核苷酸多样性（Pi）、群体分化指数（Fst）、Tajima’s D检测以及连锁不平衡衰减分析,评价其遗传多样性;利用2个品种中个体变异位点进行主成分分析、系统进化树分析以及种群结构分析,确定品种间遗传分化水平;采用群体分化指数和核苷酸多样性比值综合筛选确定蒙古羊中与尾椎数性状相关的选择信号。遗传多样性及种群结构分析结果表明,蒙古羊的连锁不平衡衰减速度大于巴美肉羊,当K=2时,2个群体被明显分开,但还存在一定程度的混合,说明蒙古羊较巴美肉羊具有较高的遗传多样性,且2个群体间存在一定程度的遗传背景相似度。通过对巴美肉羊与蒙古羊以及不同尾椎数的蒙古羊的选择信号分析,共筛选出与尾椎数性状相关的候选基因19个,其中HOX基因家族、T-box基因家族、VRTN和BMP2受到强烈选择,可作为后续绵羊尾部性状研究、分子选育的重要线索,同时也为蒙古羊遗... 相似文献
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《畜牧与兽医》2016,(9):16-20
脂尾(臀)性状是绵羊逆境生存的耐逆性状,其臀尾部大量储积脂肪的基因组变异研究目前仍是空白。本研究以国外新近报道的5号染色体上存在的可能与尾脂性状相关联的两处SNP为研究对象,分别采用PCR-RFLP和PCR-SSCP的方法检测两SNP在我国尾型极端差异的阿勒泰羊、湖羊、细毛羊以及藏羊群体中的多态性、基因型与等位基因分布,验证两SNP是否可作为我国低脂绵羊新品种培育的分子标记。研究结果表明:两SNP在我国脂尾(臀)型阿勒泰羊、湖羊与瘦尾型中国美利奴羊细毛羊和藏羊群体中高度分化,两SNP的T等基因与A等位基因在瘦尾型绵羊品种中高频出现,存在与瘦尾性状密切相关的趋势,提示此两个SNP可作为选育低脂绵羊新品种的有效分子标记。 相似文献
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试验旨在探讨呼伦贝尔羊巴尔虎品系（半椭圆状尾）和短尾品系（小桃状尾）脂肪沉积差异的分子机制。随机选择处于相同饲养管理条件下5月龄呼伦贝尔母羊21只（其中巴尔虎品系11只、短尾品系10只）,测量其体尺、尾型和胴体重指标。组织切片观察8个部位脂肪细胞的形态,测定脂肪组织甘油三酯（TG）含量,并进一步用实时荧光定量PCR检测脂肪代谢相关基因在不同脂肪组织中的表达差异。结果显示,同月龄两品系羊胴体重、体尺及尾型指标差异显著或极显著（P<0.05;P<0.01）。虽然两品系羊同一部位的脂肪细胞形态基本一致,但巴尔虎品系尾部脂肪细胞面积和体积均大于短尾品系（P<0.01）,并且皮下、网膜和尾部脂肪组织中的TG含量在两品系羊间差异显著或极显著（P<0.05;P<0.01）。ATGL、PPARγ、C/EBPα和SREBP 4个脂代谢相关基因在巴尔虎品系个体中的mRNA水平均显著或极显著高于短尾品系（P<0.05;P<0.01）;巴尔虎品系中ATGL和SREBP基因的表达与TG含量分别呈显著负相关和正相关（r=-0.965、0.972）。综上所述,两个呼伦贝尔羊品系在生长和脂肪代谢等方面存在较大差异。本研究结果可为进一步深入解析绵羊脂尾形成的分子机制提供理论依据。 相似文献
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呼伦贝尔羊重要脂肪相关基因mRNA差异表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在基于前期尾部极端大小呼伦贝尔羊的尾部脂肪转录组测序研究结果,选择10个重要的脂肪相关基因,研究其在不同组织中的表达情况,进一步验证这些基因与绵羊脂肪代谢的关系。本研究利用实时荧光定量方法检测CFD、PLIN4、THY1、IL-18、PTPN11、LPL、IRX3、HOXA10、MID1IP1、UGCG基因在6月龄呼伦贝尔羊大尾和小尾品系7种组织(尾部脂肪、臀部脂肪、皮下脂肪、肾周脂肪、网膜脂肪、肝、肌肉)中mRNA的表达差异。研究结果表明:1)10个基因除了在肌肉中存在痕量表达外,在其他各个组织均有表达,而且在不同品系间的一个或多个组织中的表达量存在显著差异。2)IRX3和UGCG基因在大尾羊品系尾部脂肪组织中的表达量均极显著低于小尾羊品系(P0.01),表明这两个基因与绵羊尾部脂肪代谢有直接关系。3)PLIN4和PTPN11基因在各个组织的表达趋势相近,且在大尾羊品系的皮下及网膜脂肪组织的表达量极显著高于小尾羊品系(P0.01),而THY1基因与它们的表达趋势正好相反,在大尾品系皮下及网膜脂肪的表达量显著低于小尾羊品系(分别为P0.01,P0.05)。4)LPL基因只在小尾羊的臀部脂肪组织的表达量极显著高于大尾羊(P0.01);仅有CFD基因在肝中高表达,并在大尾羊中的表达量极显著高于小尾羊(P0.01),而其他基因在肝中低表达或者痕量表达;HOXA10基因仅在肾周脂肪组织中高表达,并且在大尾羊中的表达量极显著高于小尾羊(P0.01)。研究结果可为阐明绵羊脂肪代谢的分子调控机理提供参考。 相似文献
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《中国草食动物科学》2021,(4)
为探究绵羊UCP1基因在3个绵羊品种中的遗传结构与多态性,以滩羊、杜泊羊、小尾寒羊作为研究对象,通过靶向测序检测了91只绵羊的UCP1基因全序列的SNPs和Indel,所得测序结果与绵羊参考基因组(Oar_rambouillet_v1.0)进行比对分析,并利用卡方独立性检验判断各位点群体间的差异显著性,对其中差异显著位点进行基因组型分类,并利用相关生物信息学软件预测分析相关位点突变后对其mRNA二级结构的影响,同时对各基因组型进行蛋白质特性分析。结果表明,在UCP1基因外显子区域筛选到2个群体间差异显著的错义突变位点(18692223GA,18693167GA)以及3种基因组型;生物信息学分析发现,单个位点突变均使得m RNA二级结构最小自由能升高,引起UCP1基因mRNA二级结构稳定性降低,但变化不太明显;蛋白质结构预测单倍型中α螺旋比例降低,无规则曲卷比例升高,其稳定性降低,且以基因组型A最为显著;根据信号肽分析,UCP1蛋白不存在跨膜运输,突变后也未发生改变,其蛋白质结构域也未发生改变。说明UCP1基因外显子区域的18692223位点和18693167位点在绵羊育种中具有一定的参考价值,今后可以考虑将这两个位点作为肉羊生长发育和脂肪沉积量选择的分子标记进行下一步的研究。 相似文献
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绵羊高繁殖力候选基因BMPR-IA的研究 总被引：3，自引：0，他引：3
以骨形态发生蛋白受体IA（bone morphogenetic protein receptor IA，BMPR-IA）基因为候选基因，采用PCR—SSCP技术检测该基因在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊、湖羊）以及低繁殖力绵羊品种（多赛特羊、特克塞尔羊、德国肉用美利奴羊）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果表明：在小尾寒羊中检测到AA、AB两种基因型，在湖羊中只检测到一种基因型BB，而在低繁殖力的3个绵羊品种中只检测到一种基因型AA。统计结果表明：小尾寒羊A等位基因频率为0．964，B等位基因频率为0．036。测序结果表明：BB型与AA型相比有6处核苷酸发生了突变。独立性检验表明：外尾寒羊与低繁殖力绵羊品种间基因型分布差异不显著（P〉0．05），而湖羊与小尾寒羊、低繁殖力绵羊品种间基因型分布差异极显著（P〈0．001）。AB基因型小尾寒羊平均产羔数比AA基因型多0．15只，但差异不显著（P〉0．05）。研究表明：BMPR-IA基因不是小尾寒羊和湖羊高繁殖力的主效基因。 相似文献
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以GHSR基因为候选基因,随机选取滩羊、小尾寒羊和兰州大尾羊3个品种共计1 249个个体为试验材料,利用DNA池测序结合琼脂糖凝胶电泳方法,检测突变多态性,分析其与体重、生长性状的相关性。试验结果表明,在GHSR基因的第一内含子上存在24 bp的插入/缺失突变,3个绵羊品种中均存在AA、AB、BB 3种基因型。该位点的多态性与3种绵羊8个生长性状指标关联分析显示,兰州大尾羊BB基因型的个体体重显著高于其他基因型;AB基因型的个体体高、十字部高显著高于其他基因型;小尾寒羊AB基因型的个体胸宽显著高于其他基因型;AA基因型的个体体高、十字部高显著高于BB基因型;滩羊AB基因型的个体体斜长、体重显著高于AA基因型,BB基因型的个体体高显著低于其他基因型。研究表明:GHSR基因可以作为3种绵羊生长性状的候选基因,为绵羊育种选育提供新思路。 相似文献