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1.
对海南的3 种土白蚁15 个不同地理种群的线粒体CO域基因进行了克隆鉴定和序列分析,并结合
GenBank 中的数据,构建进化树进行遗传变异分析。结果表明,3 种土白蚁种间同源性为92.5%~95.1%,遗传分歧为
5.1%~8.1%;黑翅土白蚁和海南土白蚁CO域基因不同种群之间的同源性分别为97%~99.9%和98.4%~100%,遗传分
歧分别为0.1%~3.0%和0%~1.6%。崖城的一个未知种群Odontotermes sp. 与来自日本的O. javanicus 同源性最高
(95.4%）。土白蚁CO域基因序列中AT 含量为61.4%,高于CG 含量,碱基变异的主要形式为颠换。 相似文献
2.
对我国口岸截获的5种乳白蚁及黄胸散白蚁的ITS区基因序列进行克隆并测序,进行序列分析和构建系统发育树,探讨其系统发育关系.研究结果表明:乳白蚁rDNA-ITS基因序列长度约900 bp,CG碱基含量为62.3％,明显高于AT含量(37.7％).同巢群3种不同品级的乳白蚁(工蚁、兵蚁、有翅成虫)ITS序列没有遗传分歧.乳白蚁属内不同种间的同源性为94.3％～98.7％,同种不同地理种群之间的同源性均大于99％.大家白蚁C.curvignathus和塞庞乳白蚁C.sepangensis关系最近,婆罗乳白蚁C.travians与其他种进化距离最远. 相似文献
3.
利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis,RN)种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因(rDNA)内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行PCR扩增及序列变异分析。结果显示不同的群体间均获得2种PCR产物,标记为变异类型Ⅰ(RN_VAR1)和变异类型Ⅱ(RN_VAR2)。基于每个群体内2条雌虫分别挑取各变异类型的5个克隆测序,共得到60个克隆序列。经序列比对分析,发现肾形肾状线虫rDNA基因2种类型的ITS区变异很大,其中变异类型Ⅰ序列长度为705~712bp,鸟嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine content,GC)含量为45.1%~46.7%;变异类型Ⅱ序列长度为854~860bp,GC含量为48.4%~50.0%。2种类型的ITS相似度(包括5.8SRNA基因)仅为62.1%~65.6%,而各rDNA变异类型内部各个克隆序列也存在差异,变异类型Ⅰ内个体间相似度为89.9%~100%;变异类型Ⅱ内个体间相似度为91.4%~99.8%。系统进化分析表明2种变异序列明显分成2支,同时通过ITS序列分析无法将3个地方群体区分开来。经实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测发现RN_VAR1含量稍大于RN_VAR2,分别占保守18S基因的rDNA重复单位含量的56%和40%。同时,还发现肾形肾状线虫的2种rDNA-ITS变异类型与已报道的2种18SRNA基因变异类型相对应,表明肾形肾状线虫存在2种rDNA变异类型。 相似文献
4.
[目的]研究小家鼠3个群体间Sry基因序列。[方法]对来自临沂、漠河、云梦的33只雄性小家鼠个体进行基因组DNA提取,设计引物,对其Sry基因进行扩增和序列测定,并使用分子处理软件定义单倍型,分析碱基组成,构建系统发育树。[结果]33个样品全部测序成功,经过数据分析后得到以下结果:33个样品的Sry基因片段大小均在856 bp左右。对33个序列对比分析,共定义了7个单倍型,Sry基因碱基的平均含量分别为A 27.5%、T 30.7%、G 22.5%、C 19.3%,不同个体之间碱基无明显差异,遗传距离小。以大家鼠(KC215142)为外群,小家鼠(AF068054)为参照序列构建系统发育树,7个单倍型与小家鼠共处同一分支。[结论]南北群体的小家鼠Sry基因无明显差异,基因突变率极低,具有极强的保守性。 相似文献
5.
线粒体CO I基因是研究昆虫遗传多样性的理想材料,其序列长度在不同样品材料中不完全一致,序列长度与基因差异分析结果的相关性有待研究比较。本文以2019年和2014年危害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌雄成虫的CO I基因共8个样品为研究对象,拼接获取8个样品CO I基因的初始序列和剪切序列,利用初始序列和剪切序列分别分析比较危害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌雄成虫CO I基因在2019年和2014年之间基因差异,以此验证序列长度与基因差异的相关性。结果表明,2019年和2014年危害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌雄成虫CO I基因序列的碱基含量方面,剪切序列和初始序列获得碱基含量不一致,但变化较小,A+T的含量和四个碱基含量分布规律没有变化；碱基相似度方面,剪切序列分析所得CO I基因的碱基相似度较初始序列变大,但不同样品间的相似度差异规律没有变化。综上,云斑白条天牛不同样品CO I基因的碱基序列长度统一剪切后,碱基差异的统计分析结果会发生改变,但变化的幅度较小,对定性分析的结果影响不大,是否需要将碱基序列剪切统一,根据研究需要自行判断。 相似文献
6.
2005年对池州市贵池区进行了白蚁种类调查采集,共获得82份白蚁样本,经鉴定为2科4属17种白蚁。其中以散白蚁属最多,63份标本中有14种散白蚁,占标本总数的76.83%,散白蚁普遍危害城镇房屋木构件,农村房屋蚁害率达80%以上;土白蚁采到8份标本,均为囟土白蚁,占总份数的9.76%,危害多种林木和土质堤坝;乳白蚁采到10份标本,占总份数的12.20%,乳白蚁是世界灾害性蚁种,对房屋危害的破坏性极大;黄翅大白蚁在人类经营活动少的荒岗林地发生危害,主要危害杉树,也在土坝内筑巢,影响大堤的蓄水和安全度汛。总结了白蚁发生危害特点及综合治理技术,以期为白蚁防治提供参考。 相似文献
7.
《江苏农业科学》2018,(20)
采用线粒体Cyt b基因为分子标记,研究金色鳜鱼选育群体与安徽三大水系野生鳜鱼群体的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,110个样品的Cyt b基因全序列长为1 141 bp,野生群体共检出12个核苷酸变异位点(变异率0. 011%)、12种单倍型,选育群体无变异位点,仅包含1个单倍型,群体遗传多样性低。序列碱基A、T、G、C的平均含量分别为26. 1%、28. 4%、14. 5%、30. 9%,A+T含量(54. 5%) G+C含量(45. 5%)。分子变异分析(AMOVA)中,21. 64%遗传变异来自群体间,说明鳜鱼群体间产生了一定程度的遗传分化。群体间分子系统树显示,金色鳜鱼选育群体与淮河群体鳜鱼亲缘关系更接近,而长江群体处于淮河群体与新安江群体的过渡,这与各野生群体所处地理位置相关。 相似文献
8.
利用赤麂SRY基因序列设计引物,通过PCR反应分别扩增出毛冠鹿、黑麂、小麂的SRY序列,并测得630 bp的碱基序列。麂属动物之间的序列差异为0.79%~1.90%,毛冠鹿属与麂属之间的序列差异为3.02%~3.97%。以牛SRY为外源,用NJ法和MP法进行毛冠鹿和麂属3种动物分子系统进化树的构建与分析,结果表明:麂属3种动物之间的分歧时间为79万~190万年,毛冠鹿与麂属动物间的分歧时间为302万~397万年,梅花鹿与麂属动物的分歧时间为349万~460万年。 相似文献
9.
[目的]分析亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性。[方法]分别从西藏亚东河与亚东鲑养殖站采集野生与养殖亚东鲑各15尾样品,对其线粒体DNA COⅠ、COⅡ基因全序列进行PCR扩增、测序比对。[结果]序列长度分别为631、634 bp。序列分析结果显示:30条亚东鲑线粒体DNA COⅠ、COⅡ序列分别检测到1种、3种单倍型,均无碱基插入、缺失,COⅡ序列有2个位点出现碱基替换;COⅠ、COⅡ序列T、C、A和G碱基平均含量分别为29.5%、28.97%,30.6%、28.47%,22.5%、27.03%和17.4%、15.53%,其中A+T的含量(52.0%、56.0%)均显著高于G+C含量(48.0%、44.0%),均表现出明显的碱基偏倚;COⅠ、COⅡ单倍型多态性(h)与核苷酸多态性(π)值分别为0、0.80与0、0.000 1;根据Kimura双参数模型构建基于线粒体COⅠ、COⅡ序列的系统进化树,两亚东鲑鱼遗传距离分别为0、0.002 4。[结论]西藏亚东鲑的遗传多样性水平较低,且养殖和野生群体无遗传分化。 相似文献
10.
几种钝绥螨ITS基因片段的序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】通过分析比较钝绥螨ITS基因片段,探讨其作为分子手段应用于种类鉴定,同时应用此分子标记来分析钝绥螨的亲缘关系,为研究其系统发育和完善分类系统提供参考。【方法】对采自江西桔园的尼氏真绥螨、江原钝绥螨、津川钝绥螨和东方钝绥螨进行总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank中下载5种钝绥螨的ITS序列,应用软件分析ITS片段长度、A+T%含量、变异位点和进化关系。【结果】得到总长度为644—655 bp的ITS序列片段,序列中A+T碱基比例较高,为58.2%。整个ITS基因片段存在204个碱基变异位点（ITS1：172;ITS2：22;5.8S：10）和32个碱基插入/缺失。真绥螨属的尼氏真绥螨和卵圆真绥螨的分类地位较近,遗传距离为0.013;而小新绥螨属的4个种与钝绥螨属的3个种在构建系统发育树时未能明显地分为2支,其中胡瓜新小绥螨和东方钝绥螨的遗传距离最近,为0.083。【结论】ITS序列片段分析结果支持尼氏真绥螨和卵圆真绥螨现在的分类地位,而小新绥螨属与钝绥螨属似乎未达到属间差异,其分类地位有待进一步确定。 相似文献
11.
中国帘蛤目16种经济贝类DNA条形码及分子系统发育的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
对中国帘蛤目主要经济贝类的分子系统发育进行了研究,应用DNA条形码通用引物扩增了6种中国近海帘蛤目经济贝类共计60个个体的COI基因片段,与GenBank收录的10种帘蛤目贝类50条同源序列进行比对。结果表明:帘蛤目贝类COI基因存在碱基插入和缺失现象,在16个物种中有6个物种存在103个插入和缺失位点,其中杂色蛤仔Ruditapes variegata、裂纹哥特蛤Katelysia hiantina插入和缺失位点均为30个,大竹蛏Solen grandis为27个;碱基的组成出现偏倚现象,A+T含量(64.2%)明显高于G+C含量(35.8%);基于K2P模型的计算,16个物种的种内平均遗传距离为0.010 6,种间平均遗传距离为0.388 4,后者是前者的21.34倍;系统发育树聚类分析表明,COI基因在科、属、种水平上的鉴定及其系统进化关系重构方面与传统的形态学分类一致性较高。研究表明,线粒体COI基因作为帘蛤目贝类DNA条形码在物种鉴定的适用性上提供了一定的依据,同时也为形态分类系统提供了必要补充。 相似文献
12.
为了揭示长白山区中华蜜蜂种型的分子特点,选取其线粒体DNA(mtDNA)非编码区至COⅡ基因段的序列为研究时象,设计并合成了一种理想的用于扩增中华蜜蜂mtDNA非编码区至COⅡ基因段的引物对E2'/H2'.结果可以获得418bp有效的核酸序列;该序列上A+T含量占84.45%,而G+C的含量只有15.55%,序列里长白山区中华蜜蜂与意大利蜜蜂在核苷酸水平上的种间序列相似性为81.71%,并且序列具有丰富的限制性核酸内切酶的酶切位点,其中,52位上的MseI的酶切位点属于长白山区中华蜜蜂的特异酶切位点,53位处出现一个SNP位点,属于由碱基C转换为碱基T的转换型突变,这也进一步证明了蜜蜂mtDNA非编码区是进化速度较快的区域.长白山区中华蜜蜂mtDNA非编码区至COⅡ基因段序列结果已经获得美国国家生物信息(NCBI)网站GenBank的登录号,登录号为FJ494922. 相似文献
13.
16S rRNA 序列测定是细菌分类学的基本方法之一,其序列差异是确定细菌属间及属上系统发育关系的主要标准。本文根据国际系统细菌学委员会根瘤菌分委员会的建议,采用聚合酶链反应扩增了华癸根瘤菌(Rhizobium huakuii)模式菌株103的16S rRNA 基因中约260个碱基的一个片段,并对其进行了序列测定。所得序列与其他已知根瘤菌种、属的相应片段进行了比较。结果表明,华癸根瘤菌与豌豆根瘤菌和苜蓿根瘤菌两种及与其他属的碱基差异在6.9%～14.1%(17～35个碱基),相当于根瘤菌科内已知属间的差异。结合表型特征,我们认为该种可能代表了根瘤科的一个新属。 相似文献
14.
白蚁对农林作物、房屋建筑、家具、水库、江河堤坝、国防用品、电缆等均有不同程度的危害。对蚌埠地区白蚁发生情况进行调查,结果表明:目前蚌埠地区有8种白蚁危害,隶属2科3属。分别是散白蚁属圆唇散白蚁、黑胸散白蚁、拟尖唇散白蚁、肖若散白蚁、弯颚散白蚁;土白蚁属黑翅土白蚁、囟土白蚁;乳白蚁属上海乳白蚁。其中,圆唇散白蚁、黑胸散白蚁在蚌埠及市辖3县(怀远县、固镇县、五河县)各地区内均有分布,为蚌埠地区白蚁优势种,肖若散白蚁分布于怀远县找郢乡及附近地区,是近几年新发现种;黑翅土白蚁、囟土白蚁分布于怀远县大洪山及蚌埠市郊各山林内;上海乳白蚁为2010年蚌埠某企业从广东顺德通过木质包装箱带入。通过对蚌埠市2007—2011年的白蚁出飞记录统计,发现蚌埠市白蚁出飞上报户数由2007年最多的91户降至2009年最少的49户,后2010年反弹至79户。白蚁危害最为严重的多在木门框、木窗和门套处。随着近2年家庭装修趋于豪华高档,木质材料使用增多,为白蚁提供了良好的食材,创造了白蚁易滋生的环境。针对2012年白蚁出飞情况调查,所有的出飞点都在淮河以南,并主要集中于龙子湖区和蚌山区。蚌埠地区白蚁防治工作任重道远。 相似文献
15.
运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且（A＋T）含量高于（G＋C）含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。 相似文献
16.
《东北林业大学学报》2015,(10)
对6个种源辽东冷杉的r DNA ITS序列进行了扩增、纯化和测序,比较分析了各种源r DNA ITS序列的长度、碱基变异位点、(G+C)含量和遗传距离,构建了系统发生树。结果表明:辽东冷杉6个种源的r DNA ITS序列总长度均为1 355 bp,其中ITS1、ITS2和5.8S r DNA序列长度分别为1 162、71和162 bp,种源间无长度差异;r DNA ITS序列中只有8个碱基变异位点,均位于ITS1序列上,碱基变异类型为碱基转换或颠换;ITS1和ITS2序列中的(G+C)含量分别为60.24%~60.59%和58.60%,种源间(G+C)含量差异极小;种源间遗传距离平均值仅为0.002 3,其中清原种源和宽甸种源的遗传距离最小(0),其他种源间的遗传距离在0.000 7~0.003 7。上述结果均表明辽东冷杉种源间亲缘关系较近,遗传变异程度较低。系统发生树将地理距离相近的种源聚在一起,表明辽东冷杉6个种源遗传距离与地理距离有明显的相关性。 相似文献
17.
《仲恺农业工程学院学报》2020,(2)
为研究DNA条形码技术在南海海域鱼类分类鉴定中的可行性,采集了南海6目28科43属65种鱼类进行COⅠ基因序列扩增,获得序列与NCBI数据库进行比对,结合形态学信息,对鱼类分类鉴定进行分析.利用MEGA5.0软件计算各物种序列信息、遗传距离以及构建分子系统进化树,结果显示:所得65种鱼类COⅠ基因同源序列633 bp,与NCBI数据库比对,可搜索出相似率99%以上的样品,可以鉴定到种的水平.序列中A、T、G、C碱基平均组成为:A:23.8%、T:28.6%、G:18.8%、C:28.8%.样品种间、属间、科间和目间的遗传距离分别为:14.88%、19.09%、23.14%和24.68%,随着分类阶元的升高,物种的平均遗传距离差异越大.构建的系统进化树,科级以下阶元的分类关系与形态分类基本一致,而科级以上阶元的分类关系与形态学分类差别较大,说明COⅠ基因在鱼类分子鉴定上是有效的条形码基因,但在系统进化关系上不一定适用于高级阶元的系统进化分析. 相似文献
18.
贵州务川黑牛mtDNA Cytb基因遗传多样性研究* 总被引：1，自引：0，他引：1
务川黑牛是贵州省新近发现的独特地方品种,其起源和系统地位尚存争议。测定了22个务川黑牛的Cyt b基因全序列,结合已报道的中国9个黄牛品种17个个体的Cyt b基因全序列进行分析,结果显示：务川黑牛的Cytb基因全长1140 bp,共检测到21个核苷酸多态位点。碱基A+T平均含量为567%,显著高于G+C平均含量43.4%,第3密码子表现出较强的碱基组成偏倚。定义了8种单倍型且突变类型仅存在转换,表明务川黑牛的Cyt b基因的遗传多态性较为丰富。邻接法(NJ）构建的分子系统树表明,务川黑牛有2个母系起源即普通牛起源和瘤牛起源。 相似文献
19.
对鳗鲡属（Anguilla）的美洲鳗鲡（A. rostrata）、欧洲鳗鲡(A. anguilla)、太平洋双色鳗鲡(A. bicolor pacifica) 、花鳗鲡(A.marmorata)、澳洲鳗鲡(A. australis )、日本鳗鲡（A.japonica）6种鱼类54个体COⅠ和COⅡ基因片段中1 179 bp和633 bp的序列特征、分子分类的有效性、以及构建的系统关系进行了比较分析,结果表明：（1）COⅠ和COⅡ基因可变位点、简约信息的百分比分别为17.98%、16.45%和12.16%、10.11%,COⅠ较COⅡ基因的变异率高;（2）两种基因序列均表现出明显的反G偏倚(在COⅠ和COⅡ中G的百分含量分别为18.45%,16.67%);（3）基于COⅠ基因种间遗传距离均高于COⅡ基因,且均大于2%（欧洲鳗鲡和美洲鳗鲡基于COⅡ基因序列的种间遗传距离为1.8%除外）,种内遗传距离都小于1%;（4）以两序列构建的系统树,各物种所有个体均形成独立、高支持率单系,但两序列构建的系统关系并不完全一致。由此说明,COⅠ和COⅡ都能对鳗鲡属鱼类进行有效的物种分子鉴定,但在探讨鳗鲡属鱼类系统进化关系上还需要联合其它基因。 相似文献
20.
几种白蚁种间竞争与种内相容性初步研究 总被引：1，自引：0，他引：1
将林地挖巢获得的几种白蚁,按照一定比例配置于同一培养皿中观察其相容情况,通过实验可以发现：在种间斗争中,４种白蚁争斗性强弱依次可表现为：长泰乳白蚁＞黄翅大白蚁＞囱土白蚁＞长长翅散白蚁。对于同种不同巢群的个体,黄翅大白蚁种群的 体间能够良好相容,并巢合群完全可能成为其实现种群繁衍的第三种自然演替方式。 相似文献