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1.
安徽长江水系黄鳝的群体遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究安徽长江水系黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性和群体遗传结构,测定了其6个地理群体(当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江)共178尾个体的线粒体DNA控制区部分序列.对其长度为556～558 bp的控制区同源序列进行分析,共检测到变异位点41个(变异率7.35％),单倍型56种.平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.694～0.954、0.00237～0.01382.群体分化指数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.01974～0.87529、0.07124～24.82928,分子变异分析(AMOVA)中,群体间遗传变异占61.72％,表明黄鳝群体间具有明显的遗传分化.基于单倍型或群体间遗传距离的分子系统进化树均显示,6个地理群体分为两支:当涂与繁昌群体聚为一支,其余4群体聚为另一支. 相似文献
2.
基于线粒体COI序列探讨安徽长江流域黄鳝群体遗传分化 总被引：2，自引：0，他引：2
探讨安徽长江流域黄鳝群体遗传结构,采用线粒体COI的DNA条形码序列研究该区6个黄鳝野生群体(当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江)遗传分化。180个样本COI片段(665 bp)中共检出52个变异位点(变异率7.8%)、40种单倍型。序列中A、T、G、C碱基平均含量分别为24.7%、28.2%、17.1%、30.0%,A+T含量大于G+C含量。AMOVA分析中,高达68.45%遗传变异来自群体间,说明黄鳝群体间已产生显著遗传分化。群体间系统进化树显示:6个群体形成两大类群(当涂和繁昌群体为一类群,其余群体为另一类群),分析表明结果与各群体地理位置密切相关。同时由NCBI下载合鳃鱼科几个物种的COI同源序列,构建系统进化树,显示黄鳝与同属的山黄鳝聚为一支,并与不同属的合鳃鱼和穴栖蛇胸鳝聚为一支。研究表明,基于COI的DNA条形码序列适于黄鳝群体遗传结构研究。 相似文献
3.
红螯螯虾原产于澳大利亚,是一种具有优良养殖前景的淡水虾类。基于线粒体COⅠ基因序列,对中国5个养殖群体的遗传多样性和结构进行评估,旨在为红螯螯虾的科学引种、良种选育和种质资源保护提供基础数据。结果显示,红螯螯虾线粒体COⅠ区全序列长1 534 bp,包含24个变异位点,占分析位点的1.6%,变异位点中含有22个简约信息位点,平均转换与颠换的比值为6.14,序列中(A+T)的含量(58.7%)明显高于(G+C)的含量(41.3%),在143个个体中定义了35种单倍型,来自浙江、海南和台湾的养殖群体具有较多的共享单倍型(COⅠ-01、COⅠ-02和COⅠ-03),这3种单倍型同时也是优势单倍型。来自江苏的养殖群体的单倍型多样性最低(0.739),来自安徽的养殖群体的单倍型多样性最高(0.881)。全部样本的单倍型多样性指数为0.896,核苷酸多样性指数为0.004 65。5个养殖群体间的遗传距离为0.002 63~0.006 81,其中,来自浙江与海南的养殖群体的遗传距离最近,来自海南与安徽的养殖群体的遗传距离最远。5个养殖群体间的遗传分化系数为0.342 1(P<0.01),说明5个养殖群体间存在一定程度的遗传分化。综上,5个红螯螯虾养殖群体的遗传多样性存在差异,群体间存在着一定的基因交流。研究结果可为红螯鳌虾种质资源的合理开发利用提供分子生物学依据。 相似文献
4.
《江苏农业科学》2018,(20)
采用线粒体Cyt b基因为分子标记,研究金色鳜鱼选育群体与安徽三大水系野生鳜鱼群体的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,110个样品的Cyt b基因全序列长为1 141 bp,野生群体共检出12个核苷酸变异位点(变异率0. 011%)、12种单倍型,选育群体无变异位点,仅包含1个单倍型,群体遗传多样性低。序列碱基A、T、G、C的平均含量分别为26. 1%、28. 4%、14. 5%、30. 9%,A+T含量(54. 5%) G+C含量(45. 5%)。分子变异分析(AMOVA)中,21. 64%遗传变异来自群体间,说明鳜鱼群体间产生了一定程度的遗传分化。群体间分子系统树显示,金色鳜鱼选育群体与淮河群体鳜鱼亲缘关系更接近,而长江群体处于淮河群体与新安江群体的过渡,这与各野生群体所处地理位置相关。 相似文献
5.
为研究三角鲂Megalobrama terminalis亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性现状和群体间的遗传分化,运用PCR产物纯化测序的方法,测定了三角鲂2个亲本群体、3个放流群体和1个自然捕捞群体共计6个群体224尾样品的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome C oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列.结果表明:在661 bp序列中共检测到192个变异位点(占核苷酸总数的29.05％),A、T、C、G的平均含量分别为26.5％、28.0％、29.0％和16.5％,A+T含量(54.5％)高于G+C含量(45.5％);共检测到31个单倍型,其中,6个为至少2个群体共享的单倍型,hap9和hap2为第一、二优势单倍型,分别占样本总数的48.66％和22.32％,25个为仅1个群体享有的特有单倍型(占总样本数的13.4％),这与基于单倍型的网络结构图得出的hap9为最原始单倍型的结果一致;6个群体的单倍型多样性(Hd)为0.710～0.848(平均值0.705),核苷酸多样性(Pi)为0.00307～0.00840(平均值0.00578),其中,景山亲本群体遗传多样性最高,余杭放流群体遗传多样性最低;群体间遗传分化系数(Fst)为-0.00934～0.19355(平均值0.09909),基因流(Nm)>1;分子方差分析(AMOVA)显示,群体内遗传变异为90.09％,群体间遗传变异为9.91％,6个群体间的Nei's遗传距离为0.003～0.009.研究表明,钱塘江三角鲂群体遗传多样性较高,群体间基因交流较多,部分群体间存在中等遗传分化,自然捕捞与养殖群体间不存在显著的遗传分化. 相似文献
6.
对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1～0.175 6,且差异显著(P0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。 相似文献
7.
利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共24个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)个体mtDNA CR和Cyt b基因片段,并测定其序列。对1 345 bp的组合序列进行分析,共检测到23个单倍型,22个单突变位点,102个简约信息位点。在139个突变位点中:转换位点100个,颠换位点30个,插入/缺失位点14个;A+T的含量(61.5%)明显高于C+G的含量(38.5%)。4个水域个体间的遗传变异率在0～7.43%之间,组合序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K±SD)和核苷酸多样性(π)分别为0.977 8、17.271 0和0.029 7,均表现出较高的遗传多样性水平。对4个群体的组合序列进行FST分析,并构建分子系统树和单倍型进化网络关系图。结果表明:不同水系群体间存在显著遗传差异,而同一水系内的不同群体间差异不显著。AMOVA分析表明:梧州、新丰、武汉和宜昌4个群体间显著性的遗传分化主要由不同水系群体间的遗传差异所致,珠江或长江流域内群体间不存在遗传分化,进一步印证了FST的分析结果。珠江和长江水系间的遗传分化主要是因地理隔离导致的生殖隔离,分属"长江群体"或"珠江群体"。但在同一水系内,主要因为赤眼鳟的半洄游习性使得它们之间存在广泛的基因交流,没有出现遗传分化。 相似文献
8.
【目的】揭示河西走廊苹果蠹蛾不同地理种群间的联系,分析地理种群间的序列变异、遗传多样性和遗传分化。【方法】采用PCR和基因测序技术,扩增并分析了河西走廊8个地理种群132个苹果蠹蛾个体的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因片段,应用DnaSP 5.10计算单倍型多样性指数(Hd)、核甘酸多样性指数(Pi)和Tajima’s D值,采用ZT软件包进行Mantel检验,分析种群间遗传距离与地理距离的相关性,利用软件Arlequin 3.11计算成对种群间的固定系数(Fst)。【结果】在获得的132条序列中共发现了8个变异位点和5个单倍型,其中3个单倍型为种群共享单倍型。总体单倍型多样性指数为0.578,种群内单倍型多样性为0.000~0.700。各种群的Tajima’s D值中性检验符合中性突变,说明河西走廊苹果蠹蛾在历史上没有出现群体扩张,群体大小稳定。Fst值表明,河西走廊苹果蠹蛾种群间具有一定程度的遗传分化,而各地理种群的遗传距离与地理距离无显著的相关性。【结论】河西走廊苹果蠹蛾遗传多样性较低,且地理种群间有一定程度的遗传分化。 相似文献
9.
为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629~635 bp,A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(Hd>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和AMOVA分析结果表明,群体内个体的变异是遗传变异的主要来源。Cytb基因和D-loop区序列中性检验结果中SS和SMK群体的Tajima’s D值和Fu and Li's值均为负数,且Cytb基因的Tajima’s D值和Fu and Li's值显著(P<0.05)偏离中性,表明2个野生群体有可能经历过群体扩张。单倍型系统发育树显示,SS、SMK和YZ群体均未表现出明显的地理聚集,群体间互有交叉,表明3个群体间的分化尚不明显。 相似文献
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为给羚牛(Budorcas taxicolor)秦岭亚种的保护和管理提供有用的信息,调查陕西省秦岭羚牛3个野生种群线粒体DNA(mtDNA)控制区357bp片段的遗传多样性和种群结构。结果显示,67个羚牛个体碱基组成为A+T的平均含量(56.3%)高于G+C含量(43.7%),3个群体mtDNA控制区的变异位点为60个(约占总位点数的17.29%)。核苷酸多样性(Pi)为0.007 48,平均核苷酸差异数(K)为2.052。67个个体分属4个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.127。说明秦岭羚牛群体mtDNA控制区序列遗传多样性较低,群体间的基因交流较少,有可能出现近亲繁殖的情况。 相似文献
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基于28S rDNA D2区序列的陕南凹缘菱纹叶蝉分子系统学与遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨陕南桑园凹缘菱纹叶蝉(Hishimonus sellatus Uhler)系统关系与遗传多样性,对陕南7个主要蚕桑产区共132头凹缘菱纹叶蝉的 28S rDNA基因D2区序列进行核苷酸多样性和遗传差异分析,同时研究单倍型之间的分子系统关系和网络进化图。结果表明,总群体共存在多态性位点63个,单倍型8个,优势单倍型H_1占单倍型总数的74.2%,遗传分化程度较低。分子方差分析显示:种群内变异占总组分的98.94%,差异不显著,且其基因流系数Nst和种群地理距离之间不存在相关性(R~2=0.019 7),说明各个地理种群之间存在渐渗杂交。 相似文献
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为了解安徽省养殖青鱼群体的遗传多样性变化,基于线粒体Cytb基因与D-loop区采用直接测序的方法,分析了安徽省滁州、怀远和无为3个青鱼养殖群体的遗传多样性和群体分化,并评估突变、环境选择和基因流等因素对遗传多样性的影响。结果显示:3个群体具有丰富的遗传多样性(Hd 0.5,Pi 0.05);群体间出现了高度分化(Fst 0.15),但是仍有遗传背景交叉;Cytb基因与D-loop区分别检出9个和41个变异位点;群体间基因交流明显(Nm 1);受到纯化选择作用(Ka/Ks=0～0.099)。 相似文献
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为探究锦江河国家级水产种质资源保护区内鳜类遗传变异特征及其多样性水平,基于PCR扩增与测序技术对大眼鳜、斑鳜和中国少鳞鳜3个群体97尾鱼的线粒体控制区序列进行比较分析。结果显示,大眼鳜序列长度为843 bp,无变异位点,只有1种单倍型,斑鳜有852 bp和856 bp两种序列,28个多态位点和11个单倍型,中国少鳞鳜也有845 bp和846 bp两种长度,5个多态位点和5个单倍型;大眼鳜、斑鳜和中国少鳞鳜3种鳜鱼群体内的遗传距离分别为0. 000 0、0. 008 7±0. 002 0和0. 002 0±0. 000 9,单倍型多样度和核苷酸多态性分别为0. 000 0、0. 859 9、0. 736 7和0. 000 0、0. 008 7、0. 002 0。分析表明,3种鳜鱼在终止序列区和保守序列区存在种或属间差异,锦江斑鳜是一个遗传变异大,多样性丰富的稳定种群;中国少鳞鳜虽然单倍型多样度丰富,但遭受过瓶颈效应,导致其核苷酸多样性偏低;大眼鳜遗传组成单一,多样性十分贫乏,推测可能有入侵的养殖群体。锦江系梵净山国家级自然保护区内最大的河流,历史上鳜类资源丰富,但已遭严重的破坏,加强其鳜类遗传资源的研究与保护十分必要。 相似文献
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通过测定东印度洋北部、赤道、南部3个鸢乌贼（Sthenoteuthis oualaniensis）群体的线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因序列,分析了东印度洋鸢乌贼的系统发育关系。研究表明,东印度洋鸢乌贼整体具有高单倍型多样性（h=0.939）和高核苷酸多样性（π=0.015）。3个鸢乌贼群体间的Fst值为0.661,群体间遗传分化水平很高,具有明显的遗传分化现象,可分为以东印度洋北部群体为主的谱系1（东印度洋北部谱系）和主要由东印度洋赤道与南部群体组成的谱系2（东印度洋南部谱系）,且谱系2经历过群体扩张。东印度洋巨大的南北水文差异可能是鸢乌贼产生南北谱系分化的原因,在东印度洋鸢乌贼资源的利用和管理方面应考虑南北谱系的差异和特点。 相似文献
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ZHENG Hong-mei HU Tian-ming WANG Quan-zhen ZHANG Guo-yun SONG Jiang-hu 《中国农业科学(英文版)》2009,8(8):994-999
This work analyzed the genetic diversity of Kobresia accessions at the molecular level, and further obtained the necessary information for breeding and germplasm evaluation. Genomic DNA of Kobresia was amplified with four E＋3 and M＋3 primer combinations with AFLP （amplified fragment length polymorphism）. AFLP analysis produced 164 scorable bands, of which 154 （93.96%） were polymorphic. The mean Nei＇s gene diversity index （H） was 0.2430, and the Shannon＇s information index （I） was 0.4012, indicating the abundant genetic diversity of Kobresia. The 11 Kobresia accessions from Tibetan Plateau, China, can be classified into five groups after cluster analysis based on the UPGMA （unweigbted pair group method arithmetic average） method. In general, there was abundant genetic diversity among Kobresia accessions resources, and the genetic coefficient was unrelated to their geographic latitude. Natural habitats influenced genetic differentiation of Kobresia. 相似文献
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为探究安徽河川沙塘鳢不同地理群体遗传多样性差异和遗传分化水平,研究采集了安徽长江、新安江流域的4个地理群体,共142个河川沙塘鳢样本。选择线粒体基因作为分子标记,进行测序与分析。结果显示,标记全长1 291 bp,包含52个变异位点,定义了15个单倍型。4个群体总体遗传多样性水平远高于群体内遗传多样性水平,分子变异主要来源于群体间。所有群体形成了3个反映物种的地理分布关系的支系,且未曾发生过扩张。河川沙塘鳢群体间的分化程度很高,具有较高的保护和选育价值。 相似文献
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稀有白甲鱼西江种群mtDNA D环区的结构及遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
采用PCR扩增和DNA直接测序技术,测定分析了采自珠江水系西江的30尾稀有白甲鱼(Onychostoma rara)mtDNA D环约467 bp的序列。结果显示,该序列的长度为467～470 bp,共计发现了16个变异位点,占分析总位点数的3.40%,其碱基组成A+T的平均含量(67.6%)高于C+T(32.3%)。稀有白甲鱼西江种群mtDNA D环区在结构上可分为终止序列区、中央保守区和保守序列区,存在着与终止相关的序列ETAS以及保守序列CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB1。定义了11种单倍型,单倍型多样性指数(Hd)为0.733 3,单倍型之间平均遗传距离(P)为0.010 2,核苷酸多样性(Pi)为0.005 79,平均核苷酸差异数(K)为2.705 75。11个单倍型构建的非加权分组平均法(UPGMA)系统树聚为2个分支。该研究表明稀有白甲鱼西江种群存在着较丰富的遗传多样性。研究亮点:(1)有关濒危鱼类稀有白甲鱼西江种群mtDNA D环测序及遗传多样性研究尚未见报道;(2)本研究揭示了稀有白甲鱼西江种群尚保存有较丰富的遗传多样性;(3)对稀有白甲鱼西江种群遗传学研究具有理论价值,并对开展该种群的保护和资源利用具有现实指导意义。 相似文献
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【目的】揭示入侵我国中南三省(区)的草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda种群间可能存在的遗传变异,探讨其入侵来源、入侵路线和扩散方式,为制定有效控制和阻击草地贪夜蛾的方案提供理论依据和遗传信息。【方法】利用分子标记技术从线粒体DNA和核DNA角度研究草地贪夜蛾种群的遗传多样性和种群结构。对采集自我国广东、广西和湖南3个省(区)的草地贪夜蛾,利用COI和Tpi基因片段进行了单倍体型分析,利用9个微卫星标记分析种群间的遗传结构和遗传多样性。【结果】供试样品中,除了湖南张家界群体有2个样品为COI玉米型单倍体型、1个样品为杂合型,其他群体的个体均为COI水稻型单倍体型。基于SSR标记的群体遗传分析结果表明,被检测的群体遗传多样性较巴西等国家的美洲群体低,各群体遗传分化不明显。广东东莞群体与湖南张家界群体的遗传距离最近,与广西南宁群体的遗传距离较远。【结论】遗传距离与实际距离之间不一定呈正相关,通过遗传结构的分析有助于推测草地贪夜蛾扩散过程中,天气背景场、地理隔离和人为传播各自所起的作用。入侵湖南省张家界的草地贪夜蛾出现了低频率COI玉米型和高频率的CO I水稻型单倍体型,说明虫源的非单一性;草地贪夜蛾在入侵地定殖时间较短,目前未形成明显的遗传分化。 相似文献