福建省猪瘟病毒流行毒株EO基因的克隆与序列分析     

张磊  王晶钰  张志  李晓成  朱小甫 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2009,37(2)

【目的】对我国福建省流行的猪瘟病毒E0基因进行序列测定及分析。【方法】应用RT-PCR,从我国福建省送检的54份病料中扩增出14份猪瘟病毒E0基因,将其克隆到T载体上并测序。利用DNAstar分析软件,对所测定的14株流行毒株与参考毒株的相应基因片段进行同源性及序列分析。【结果】得到约801bp的猪瘟病毒E0基因片段。序列分析表明,14株福建流行毒株可分为2个基因群,其中FJ216与ALD、Alfortl87、Brescia、CHVRI、GPE、Glentorf、CAP、Shimen和HCI。V等我国主要参考毒株属于基因1群,其他13株流行毒株和我国另一分离株GXWZ02属于基因2群。基因1群的FJ216与HCLV的核苷酸和氨基酸同源性分别为95．0％和94．3％,与Shimen的核苷酸和氨基酸同源性分别为99．4％和99．1％;而另外13株流行毒株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为89．7％～99．9％和93．84％～99．6％,13株流行毒株与HCLV株的核苷酸和氨基酸同源性分别为81．8％～88．1％和86．8％～89．5％,与Shimen株的核苷酸和氨基酸同源性分别为83．4％～90．8％和88．6％～93．9％。得到的14株猪瘟病毒E0基因具有RNase活性的2个区域均高度保守,没有发生变异。【结论】福建省近期流行的猪瘟病毒以基因2群为优势毒株,而且大多数与HCLV、Shimen毒株之间存在较大差异。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因变异分析     

曹素芳  王岩  肖松云  唐桂芬 《郑州牧业工程高等专科学校学报》2009,29(1):1-3

采用RT—PCR方法对疑似PRRS阳性病料进行克隆和测序获得了0RF7基因片段。序列分析结果表明获得的0RF7基因序列不存在缺失现象。与美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列的同源性为91．3％,氨基酸同源性为92．6％;与我国最早的PRRSV分离株CH—la相比,核苷酸同源性为93．5％,氨基酸同源性为92．6％;与我国高致病性PRRSV毒株SD—ZQ的核苷酸同源性最高为98．1％,氨基酸只有两个不同,同源性为98．3％;与本省的Hn-1／06毒株的核苷酸同源性为97．3％,氨基酸同源性为97．5％;与2004年分离的FJ-2株与ORF7基因的核苷酸差异稍大为85．4％,氨基酸同源性为88．6％;与欧洲型分离株LV株和N-34株0RF7基因的核苷酸差异很大,同源性仅为41．1％和40％,氨基酸同源性为47．1％和47．6％。表明所获得序列的流行毒株属于美洲型,但其毒力已发生了变异。  相似文献   

致病疫霉菌无毒基因AVR3a的克隆与序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

兰成忠  陈庆河  汪进仕  胡方平  李本金  赵健  邱荣洲  翁启勇 《福建农业学报》2008,23(3)

根据GenBank中致病疫霉菌无毒基因AVR3a序列（AJ893357）及参考文献中的特异引物（Pex147F,Pex147R）,以致病疫霉菌基因组DNA为模板进行PCR扩增,得到了特异性扩增片段,并对特异片段进行纯化和测序。结果表明,该片段的长度为451bp,经序列分析表明,其氨基酸编码序列为441bp,共编码147个氨基酸。BLAST分析结果显示,该片段核苷酸序列与无毒基因AVR3a核苷酸序列的同源性为99．34％,氨基酸序列比对结果表明,氨基酸序列在第19、80和103位存在着差异,这些核苷酸序列差异以及某些关键氨基酸的改变有可能是导致不同菌株中AVR3a毒性变异的原因。  相似文献   

大肠杆菌志贺样毒素Ⅱ型基因的分子克隆   总被引：1，自引：0，他引：1  

冉雪琴  吴拥军  王嘉福 《西南农业学报》2003,16(3):86-89

本文克隆了含大肠杆菌志贺样毒素Ⅱ型基因的2．0kbSau3AⅠ酶切片断，对插入片段进行了核苷酸序列测定，1298bp的核苷酸序列包含2个完整的开放读框，其中SLT ⅡA亚基基因编码区长957bp，编码319个氨基酸多肽，SLTⅡB亚基基因编码区长267bp，编码89个氨基酸多肽，与已知人源的SLTⅡ基因核苷酸序列比较具有99％的同源性，与SLTⅠ结构基因相比，A亚基同源序列为56．43％，B亚基为60．15％。  相似文献   

山羊痘病毒P32基因的克隆测序及序列分析     

朱伟  冯淑萍  付薇  熊毅  刘棋 《广西农业科学》2008,39(6)

参考Genbank中的序列设计1对特异性引物对1株疫苗株和6株广西分离株的P32基因进行全基因序列测定和分析。结果显示,广西分离株间的核苷酸同源性为99．4％～100．0％,与疫苗株间的同源性为99．6％～99．9％,与Genbank中已发表山羊痘序列间的同源性为99．3％～99．8％;推导的氨基酸同源性为98．1％～100．0％、98．8％～99．7％、97．8％～99．4％;与国内疫苗毒株相比,广西分离株在100～105位缺失了6个碱基A,在651位所有广西分离株核苷酸的碱基全部由T变为C,647～652位核苷酸构成由TGTATA变异为TGTACA,多了1个限制性内切酶Bsp1407 I位点。研究结果为深入了解广西山羊痘分离株的分子特性以及山羊痘的诊断与防治奠定了基础。  相似文献   

三角叶滨藜甜菜碱醛脱氢酶(BADH)基因的克隆及序列分析   总被引：18，自引：0，他引：18  

何晓兰  侯喜林  吴纪中  刘桂华  钦佩  朱卫民 《南京农业大学学报》2004,27(1):15-19

以藜科植物山菠菜甜菜碱醛脱氢酶(BADH)基因的保守区设计引物，通过RT-PCR技术，从三角叶滨藜cDNA中分离了两个BADH基因片段BADH3和BADH5，并利用巢式PCR、cRACE以及3′-RACE获得全长BADH3。测序结果表明，BADH3和BADH5之间的核苷酸同源性为81％，其推测的氨基酸序列同源性80％。全长BADH3核苷酸序列长1815bp，79～1578bp为一个开放阅读框架，推测的氨基酸序列全长500个氨基酸残基，相对分子质量为54700，pI为5．5。其核苷酸序列和推测的氨基酸序列与山菠菜同源性分别为95％和93％。由三角叶滨藜3′端部分BADH基因的克隆gBADH1和gBADH2推测的外显子序列分别与BADH5和BADH3完全一致，且gBADH1和gBADH2的内含子插入位置和大小有较大差异。表明三角叶滨藜BADH基因是一个多基因家族，至少存在2个成员。  相似文献   

两种杂交石斑鱼子一代及其亲本的线粒体COⅠ基因遗传变异分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

周翰林  杨森  高川  张磊  张海发  李水生  张勇  蒙子宁  刘晓春  林浩然 《热带生物学报》2012,3(1):1-10

对两种杂交石斑鱼子一代（青龙斑和虎龙斑）及其亲本（斜带石斑鱼、棕点石斑鱼和鞍带石斑鱼）的线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ（COⅠ）基因序列进行了测序分析。在15个样本中,同源序列片段（1551bp）中共检测到9个单倍型和249个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,核苷酸序列同源性在88．1％-100％之间,无明显遗传分化。虎龙斑的2个COⅠ基因单倍型与母本棕点石斑鱼单倍型的同源性为99％和100％,而与父本鞍带石斑鱼的同源性均为88．1％。青龙斑的2个单倍型与母本斜带石斑鱼的3个单倍型的同源性在99．7％-100％之间,而与父本鞍带石斑鱼的同源性分别为89．3％和89．4％,结果表明两种杂交子一代在线粒体DNACOⅠ基因上严格遵循母性遗传规律。  相似文献   

柑橘类植物GPAT基因片段克隆和SNP分析   总被引：3，自引：1，他引：2  

吴波  刘勇 《江西农业大学学报》2010,32(1)

甘油-3-磷酸酰基转移酶基因是与植物抗冷性强弱密切相关的基因。根据已报道的各种植物GPAT基因的氨基酸序列上前后两个保守区设计1对简并引物,采用RT-PCR技术,分别从琯溪蜜柚、马家柚、莽山野橘等8种柑橘类植物中克隆得到315bp的GPAT基因片段。使用DNA Star5.0软件对8个片段序列进行同源性比较,8个片段的核苷酸同源性高达97.8%,与其它植物GPAT基因核苷酸序列的同源性都在72.5%以上;经过氨基酸序列推导,每个GPAT基因片段分别编码105个氨基酸,8个片段的氨基酸同源性为95.2%,与其它植物GPAT基因的氨基酸序列同源性在68.9%以上。试验克隆所得8种柑橘类植物GPAT基因片段序列存在明显的单核苷酸变异,在14个核苷酸位点存在SNPs(single nucleotide polymorphisms),导致6个氨基酸位点发生变异,多态性频率为1SNP/22.5bp,核苷酸变异度为4.45%,氨基酸变异度为5.71%。采用NJ聚类法对克隆片段的核苷酸序列进行了遗传多样性分析。  相似文献   

杜仲肉桂醇脱氢酶基因克隆及序列分析   总被引：4，自引：0，他引：4       下载免费PDF全文

刘卫平  韩玉珍  赵德刚 《中国农业大学学报》2003,8(1):27-30

以杜仲一叶一心期幼叶为材料，提取总BNA，采用RT-PCR技术分离得到498bp核苷酸片段，此核苷酸片段与CenBank中的苹果树肉桂醇脱氢酶(CAD)基因序列有64．1％的同源性，与桉树mRNA CAD有63．9％的同源性。所克隆的cDND编码165个氨基酸残基，其序列与苹果树CAD相应片段有68．5％的同源性，与桉树mRNA CAD相应片段有66．1％的同源性。推测克隆的核香酸片段为杜仲CAD的基因片段。  相似文献   

牦牛α1-珠蛋白基因的克隆和序列分析     

袁青妍  黄治国  谢庄  殷甫路  赵永华 《南京农业大学学报》2006,29(2):134-137

根据α-珠蛋白基因起始密码子上游及终止密码子下游的保守序列设计引物，以牦牛基因组DNA为模板克隆并测定了α-珠蛋白基因序列。结果表明，所测的氨基酸序列与牦牛α-珠蛋白链的氨基酸序列完全相同，即为牦牛α1-珠蛋白基因，长706bp，编码141个氨基酸。通过与其他物种的同源性比较，发现牦牛α1-珠蛋白基因的核苷酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99．71％和98．58％，与山羊、绵羊、人和马的同源性只有96．0：3％、95．57％、68．55％和51．13％；氨基酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99．29％和96．45％，与山羊、绵羊、人和马的同源性只有92．90％、91．49％、87．23％和87．23％，说明牛亚科α-珠蛋白基因在进化上高度保守。同时发现第254位的碱基A为牦牛α1-珠蛋白基因所特有。牦牛的两个α1-珠蛋白基因长度相等，都为706bp，且间距为2．47kb，距离比山羊的远。  相似文献   

水貂肠炎病毒B株全基因克隆与序列分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

陈涛  赵建军  张海玲  吴威  钱爱东  闫喜军 《吉林农业大学学报》2010,32(1):81-85

将水貂肠炎病毒基因组分4个重叠片段进行PCR扩增,并将产物克隆到pMD18-T载体中,测定基因组近全长序列。其中编码水貂肠炎病毒非结构蛋白基因(NS1基因)全长为2 007 bp,编码668个氨基酸;编码结构蛋白基因(VP2基因)全长为1 755 bp,编码584个氨基酸。序列分析结果表明:水貂肠炎病毒B株与犬细小病毒、猫泛白细胞减少症病毒NS1序列之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.8%～99.2%和98.8%～99.2%,与其他细小病毒毒株VP2序列之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.5%～99.8%和97.8%～99.5%,与MEVantigenic type 2株在亲缘上有着最密切关系。  相似文献   

烟草丛顶病毒ORF3的克隆及原核表达     

龙亚芹  左瑞娟  李凡  赵秀兰  李玲  陈海如 《华南农业大学学报》2010,31(2)

利用RT-PCR方法,自烟草丛顶病毒(Tobacco bush topvirus,TBTV)龙陵分离物(TBTV-YLLi)的RNA中扩增出ORF3目的片段,并克隆到pMD18-T载体上进行序列分析.结果表明,TBTV-YLLi的ORF3全长714 bp,与TBTV其他分离物的核苷酸相似性和氨基酸相似性分别为98.3%~98.6%和95.4%~95.8%;与同属的花生丛簇病毒(Groundnut rosette virus,GRV)、豌豆耳突花叶病毒2号(Pea enation mosaic virus-2,PEMV-2)和胡萝卜拟斑驳病毒(Carrot mottle mimic virus,CMoMV)的核苷酸相似性分别为65.1%、61.6%和49.7%,氨基酸相似性分别为36.4%、34.6%和16.5%.将ORF3克隆到原核表达载体pET28a(+)上,获得的重组子pET28-ORF3转化大肠杆菌BL21-plysS,使用终浓度为1.0 mmol/L的IPTG在37℃诱导培养4 h时,该融合蛋白表达量最高.融合蛋白经Ni2+亲和柱层析纯化后,SDS-PAGE电泳表明,融合蛋白相对分子质量约为35 000,与预计的相对分子质量大小相一致.  相似文献   

葡萄卷叶伴随病毒1号河北和辽宁分离物CP基因序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘命华  王克双  齐洪华  吕睦頔  李捷  程玉琴  范在丰 《中国农业大学学报》2012,17(2):90-93

为获得葡萄卷叶伴随病毒1号(Grapevine leafroll-associated virus 1,GLRaV-1)中国分离物的分子信息,提高其检测可靠性,本研究从河北怀来和辽宁兴城地区带有明显卷叶症状的葡萄样品中提取的叶柄韧皮部总RNA,采用RT-PCR克隆了GLRaV-1的河北(GLRaV-1-HB)和辽宁分离物(GLRaV-1-LN)的外壳蛋白(coatprotein,CP)基因,并进行了序列分析。结果表明:GLRaV-1-HB和GLRaV-1-LN的CP基因核苷酸同源性为90.7%,由此推导的氨基酸同源性为93.8%;与已报道的国外3个GLRaV-1分离物的CP基因全序列相比,其核苷酸与氨基酸序列同源性分别为90.0%～96.0%和92.9%～97.5%。以CP基因序列构建的进化树表明,现有的5个分离物可分为3组,其中本研究得到的GLRaV-1-HB和GLRaV-1-LN,分别与巴西分离物(GLRaV-1-PS,GenBank登录号为GQ332536.1)和伊朗分离物(GLRaV-1-IR-S7,FJ952151.2)为一组;澳大利亚分离物(GLRaV-1-AUS,AF195822.1)单独为一组。  相似文献   

黄瓜花叶病毒紫松果菊分离物外壳蛋白特性分析     

张永江  李桂芬  朱水芳  施宗伟  李明福 《江西农业大学学报》2007,29(1):34-37

以紫松果菊上分离的黄瓜花叶病毒2-1-2的RNA为模板,采用RT-PCR(反转录聚合酶链式反应,下同)技术对2-1-2的外壳蛋白(coat prote in,CP)基因进行了克隆和序列测定。该CP基因全长657个碱基,编码218个氨基酸。其核苷酸序列和推导的氨基酸序列与亚组I代表株系Fny的同源性分别为94.5%和98.1%,与亚组II代表株系Q的同源性分别为77.7%和82.5%。对包括该分离物在内的20个CP序列与地域之间的关系进行了分析,结果表明CMV不同分离物的亚组类型与地域无明显关系。  相似文献   

2013—2019年我国流行性出血病病毒血清1型毒株的分离与遗传特征分析          下载免费PDF全文

李卓然  吴健敏  朱建波  王金萍  吕敏娜  肖雷  杨振兴  廖德芳  李华春  杨恒 《南方农业学报》2021,52(8):2043-2052

【目的】掌握流行性出血病病毒（Epizootic haemorrhagic disease virus,EHDV）血清1型毒株（EHDV-1）在我国南方地区的流行情况及其遗传特征,为开展EHDV-1血清型特异性诊断、流行病学调查和致病性研究提供科学依据。【方法】2013—2019年通过在我国云南、广东和广西设立牛羊虫媒病毒监控点和哨兵牛,定期采集哨兵牛血液样本进行虫媒病毒分离;通过微量中和试验确定EHDV分离株的血清型,然后对EHDV分离株的部分基因节段（Seg-2、Seg-3和Seg-6）进行RT-PCR扩增、双向测序及序列分析,并利用BioEdit计算EHDV基因组各节段核苷酸序列及其推导氨基酸序列的相似性。【结果】2013—2019年从云南、广东及广西的虫媒病毒监控点共分离获得33株EHDV,其中7株为EHDV-1型毒株。分离获得的7株EHDV-1型毒株Seg-2、Seg-3和Seg-6核苷酸序列高度同源,其平均相似性分别为（97.65±1.51）%、（94.87±4.72）%和（97.61±1.41）%,对应的推导氨基酸序列相似性平均为（97.69±1.36）%、（99.49±0.32）%和（97.51±2.47）%。基于Seg-2、Seg-3和Seg-6核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树均显示,不同EHDV-1型毒株可划分为东方（Eastern）和西方（Western）2种地域型,东方地域型毒株分离自中国、日本及澳大利亚,西方地域型毒株主要来源于美洲和非洲。在基于Seg-2核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树中,分离获得的7株EHDV-1型毒株归属于西方地域型,且聚类形成一个相对独立的进化分支;在基于Seg-3核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树中,分离获得的7株EHDV-1型毒株分属2种地域亚型（Eastern-1和Eastern-2）,分别与日本EHDV-1型和EHDV-6型毒株具有最近的亲缘关系;在基于Seg-6核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树中,分离获得的7株EHDV-1型毒株属于东方地域型,与日本EHDV-1型毒株具有较近的亲缘关系。【结论】EHDV-1型毒株已在我国南方地区广泛流行,其Seg-2和Seg-6序列分别具有最近的共有祖先病毒,而Seg-3序列来自不同的祖先病毒。西方地域型毒株Seg-2序列在我国流行EHDV-1型毒株中的出现,说明西方地域型毒株在侵入我国后可能与本土流行的毒株发生重配,即我国流行EHDV-1型毒株为西方地域型与东方地域型的重配型毒株,为防范强致病性西方地域型毒株传入我国而造成畜牧业重大经济损失提供了警示。  相似文献   

甘蔗花叶病毒复制酶基因的克隆及序列分析          下载免费PDF全文

姚伟  段真珍  周会  何正权  张木清  陈如凯 《西北农业学报》2006,15(5):80-84

以甘蔗花叶病毒(SCMV)福建分离物(FJ)的总RNA为模板,用RT-PCR方法扩增了含有复制酶(NIb)基因的DNA片段,将其克隆到质粒pGM-T载体上并进行了序列分析。结果表明,NIb基因由1563个碱基组成,编码521个氨基酸并含有高度保守序列GDD。NIa/NIb和NIb/CP交界处的蛋白酶切割位点分别为Q/C和Q/A。与国外报道的SCMV亚组几个株系分离物相比,NIb基因(福建分离物)的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为57.8%~86.9%和60.9%~95.2%,其中与SCMV-SA株系的核苷酸及氨基酸序列同源性则高达86.9%和95.2%。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒FJ04A株的分离及其结构蛋白基因特性分析     

周伦江  王隆柏  魏宏  陈少莺  车勇良  陈仕龙  庄向生 《福建农林大学学报(自然科学版)》2006,35(5):527-531

从临床表现为繁殖障碍的猪群中分离到一株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)FJ04A株,用RT-PCR方法进行鉴定,扩增出该分离毒的结构蛋白基因并进行了序列测定.预测其推导的结构蛋白相对分子质量、等电点、抗原位点和糖基化位点等.序列比较结果表明:该分离毒ORFs2-7与美洲型代表株VR2332核苷酸同源性为98.1%-99.5%,氨基酸同源性为96.5%-99.2%;而与欧洲代表株LV的核苷酸同源性为57.3%-63.4%,氨基酸同源性为54.7%-77.6%.表明该分离毒为PRRSV美洲型毒株.  相似文献   

猪Cystatin B基因cDNA克隆及遗传多态性分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

陈磊  李学伟  朱砺  李强  李明洲 《中国农业科学》2008,41(7):2120-2127

【目的】研究猪肉嫩度性状候选基因－半胱氨酸蛋白酶抑制素B（Cystatin B,CSTB）基因对肌肉宰后嫩化的作用,为研究嫩度性状的遗传机理提供理论基础。【方法】采用RT-PCR结合克隆测序的方法,从猪肌肉组织总RNA中克隆到猪CSTB基因cDNA序列,并推导出其编码的氨基酸序列。采用PCR-RFLP方法,分析了84头猪CSTB基因多态性及其与嫩度性状的关联性。【结果】CSTB基因开放阅读框全长294 bp,编码98个氨基酸。同源性分析结果表明,猪与人、鼠、牛的CSTB基因cDNA编码区（CDS）同源性分别为81%、85%和89%,推测氨基酸序列同源性为83%、76%和85%。蛋白质结构同源建模分析表明,该蛋白与人、鼠Cystatin B类似,具有stefin类蛋白酶抑制剂的典型空间结构,包括5条平行的β-sheet和负责与被抑制酶结合的楔形边缘。在CSTB基因第二内含子内PvuⅡ酶切位点检测到了AA、AB和BB这3种基因型,关联性分析表明AA基因型个体的各项嫩度指标均极显著低于另2种基因型的个体（P＜0.01）,最大剪切力为5.11 kg,硬度值为19.31 kg•s、平均剪切力为3.26 kg。【结论】CSTB基因在不同物种间具有较高同源性,猪CSTB基因多态性与猪肉嫩度性状显著相关。  相似文献   

三株猪2型圆环病毒甘肃分离株的全基因组序列分析     

马友记  柳纪省  李志勇  殷相平  杨彬  李发弟  张利 《甘肃农业大学学报》2007,42(3):1-6

根据GenBank中发表的猪2型圆环病毒(PCV2)全基因组序列,设计合成了2对引物,采用PCR方法对来自甘肃不同猪场的3份病料中的PCV2进行基因的扩增、克隆和测序,得到全基因组长度为1 768 bp的PCV2Ww株(登录号DQ322701)以及全基因组长度为1 767 bp的PCV2 LZ株和TS株(登录号DQ363860和DQ355153).应用DNAstar软件序列分析可得,3个分离株全基因组与国内外参考毒株核苷酸序列同源性在94.8%~99.4%,3个分离株之间的核苷酸序列同源性为96.4%~99.4%;PCV2分离株与PCV1分离株核苷酸序列同源性为69.0%~70.0%;ORF1和ORF2所编码的氨基酸序列与国内外PCV2毒株比较,同源性也很高,分别为99.0%~99.4%和92.7%~98.7%.进化树分析表明,PCV2分离毒株在进化上存在地域上的相关性.  相似文献   

The Cloning and Sequencing of Read-through Protein Gene from BYDV-GAV Virus     

CHANG Sheng-jun  WANG Xi-feng  LI Li  MA Zhan-hong  ZHOU Guang-he 《中国农业科学(英文版)》2001,(1):45-49

The cDNA of BYDV-GAV read-through protein (RTP) gene was amplified from the extracted RNA of BYDV-GAV by using the polymerase chain reaction (PCR), and cloned into pGEM-7zf( + ). Its complete nucleotide sequence was determined by dideoxynucleotide chain-termination method. The BYDV-GAV RTP gene consists of 1377nt. Its sequences were most similar to that of the RTP gene of BYDV - MAV with identities of 87.4% and 87.1% at the nucleotide and amino acid levels, respectively.  相似文献