皱皮香猪HAS2基因SNPs的鉴定及生物信息学分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

吴行雕  石道宏  黄世会  牛熙  李升  王嘉福  冉雪琴 《畜牧兽医学报》2021,52(12):3390-3402

为了探究皱皮香猪全身性皮肤褶皱是否与透明质酸合成酶2（hyaluronan synthase 2,HAS2）基因变异有关,本研究以普通香猪为对照,采用特异性PCR方法克隆HAS2基因的外显子编码区,应用生物信息学方法分析测定基因编码区的碱基变异,检测变异位点在群体中的分布频率。结果显示,皱皮香猪HAS2基因中检测到4个SNPs位点：位于外显子1的T221A错义突变（导致亮氨酸替换为赖氨酸）和A228G同义突变,位于外显子2的T183C和外显子4的C537T同义突变。生物信息学分析发现,T221A和A228G位点构成4种单倍型,其中T-A为皱皮香猪群体的主要单倍型（27.5%）,且在皱皮香猪群体中紧密连锁（r²=0.253）,而且T221A和A228G突变可引起mRNA自由能和蛋白质结构发生变化,TA组合的自由能为-573.29 kJ·mol^-1,TG组合的自由能为-580.89 kJ·mol^-1,AG组合的自由能为-572.66 kJ·mol^-1;AA组合的自由能为-571.03 kJ·mol^-1;蛋白序列中亮氨酸替换为赖氨酸后,α螺旋由35.52%降为32.97%,自由卷曲由43.17%升至44.51%,同时引起蛋白序列三级结构的改变。位点T221A和A228G在香猪群体中呈现出丰富的多态性,均表现出3种基因型;关联分析结果显示,皱皮香猪T221A位点的A等位基因频率显著高于普通香猪（P<0.05）,A228G位点中皱皮香猪的G等位基因频率极显著高于普通香猪（P<0.01）。T183C位点的C等位基因频率和C537T位点的T等位基因频率在皱皮香猪和普通香猪间未达到显著性差异（P>0.05）。研究结果揭示,HAS2基因的外显子1中发生的两个碱基变异可能影响基因转录后mRNA的稳定性以及蛋白的三维结构,影响HA的合成量,并与皱皮香猪体侧皮肤不均匀增厚且发生褶皱有关。  相似文献   

香猪基因组外显子SNPs检测及繁殖和体型性状候选基因分析     

孙凌翥  冉雪琴  刘畅  牛熙  黄世会  王嘉福 《中国畜牧兽医》2021,48(2):537-553

为从基因组水平上探究香猪性成熟早、产仔数少、体型小的分子机理,本研究下载与香猪在繁殖和体型性状方面有明显差异的梅山猪、杜洛克猪的重测序数据作为参照,对26头香猪、24头梅山猪和24头杜洛克猪的重测序数据进行SNPs检测和等位基因频率差值分析,筛选香猪基因组外显子上与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs位点,并使用AS-PCR方法和Sanger测序方法统计其中8个SNPs位点的群体等位基因频率。最后,对含有高度分化SNPs位点的基因进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果显示,SNPs检测获得香猪基因组外显子上SNPs共236 710个,包括193个终止密码子丢失、1 238个终止密码子获得、90 945个错义SNPs和144 334个同义SNPs。得到1 046个香猪高度分化SNPs,包括429个错义SNPs、2个终止子丢失、6个终止子获得和609个同义SNPs,影响524个蛋白质编码基因;并发现X染色体上44-58 Mb的一段富含高度分化SNPs的热点区域。群体等位基因频率验证结果与重测序结果一致,鉴定了8个位点均为香猪与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs。对524个含有高度分化SNPs的基因进行GO和KEGG分析,富集到卵母细胞减数分裂、雌激素信号途径等繁殖相关通路;GO功能注释到细胞内雌激素受体信号、纤毛运动等繁殖相关条目,骨骼系统形态发生、骨骼发育、成骨细胞分化等体型相关条目。得到含有香猪高度分化SNPs的18个繁殖性状候选基因PTGFR、TRO、DNAH17、PKDREJ、KAT8、DNAI2、VDR、TEX14、QSOX1、AR、WNK3、ADCY3、SPEF1、MIGA2、SLC2A8、PSMF1、TBC1D20、IFT172和7个体型相关基因IBSP、NR6A1、HSPG2、TARS、PDZD2、FGF4、AMER1,可能是决定香猪性成熟早、产仔数少、体型小的关键基因。  相似文献   

香猪皮肤转录组衰老相关病毒源基因的筛选和鉴定     

张红辉  黄世会  牛熙  李升  冉雪琴  王嘉福 《中国畜牧杂志》2023,(8):228-236

皮肤是哺乳动物抵御致病因素的第1道防线,在皮肤衰老的过程中,整合到哺乳动物基因组中的病毒源基因序列会被重新激活,影响宿主基因的表达,激起细胞对病毒的反应,引起慢性炎症、促进细胞衰老。本研究旨在探究病毒源基因表达与皱皮香猪皮肤皱纹形成的关系,选取12～18月龄皱皮香猪和普通香猪各5头进行转录组测序和生物信息学分析,采用RT-qPCR方法对皱皮香猪中差异表达的病毒源基因进行验证。2组中皮肤组织差异表达基因与病毒整合位点数据库进行比对分析,筛选出612个差异表达的病毒源基因。以普通香猪为对照,得到上调基因182个,下调基因430个,这些差异表达的病毒源基因主要富集在皮肤发育、炎症反应等GO条目,以及长寿调控途径、FoxO信号通路、细胞衰老等KEGG通路。经猪-人同源基因转换,与免疫、衰老、人类皮肤相关的基因取交集,筛选出高表达的候选基因6个：AGT、CAT、CTNNB1、JUP、KRT75和LIPE,采用RT-qPCR验证了皮肤中这6个基因的差异表达,与转录组测序结果趋势一致。研究结果表明,皱皮香猪皮肤皱纹的形成与病毒源基因的异常表达有紧密联系,本研究可为后期皱皮香猪皮肤褶皱形成的分子机制及...  相似文献   

志贺类毒素的研究进展     

李灿  冉雪琴  王嘉福 《黑龙江畜牧兽医》2008,(1):20-21

志贺类毒素(Shiga toxins,Stxs)包括志贺毒素(Stx)和志贺样毒素(SLT).SLT能使非洲绿猴肾细胞(Vero)坏死,故又称其为Vero细胞毒素(Vero toxin,VT).  相似文献   

贵州白山羊GDF9基因外显子2的多态性研究   总被引：2，自引：1，他引：1  

杜智勇  林尖兵  覃成  王嘉福  冉雪琴 《畜牧与兽医》2008,40(4):46-48

生长分化因子9(GDF9)是卵母细胞分泌的生长因子,对早期卵泡的生长和分化起重要的调节作用。采用RFLP和SSCP方法检测贵州白山羊GDF9基因外显子2的单核苷酸多态性,结果表明:在所有检测样本中均未发现GDF9基因的FecGH突变;在高繁殖率(3羔以上/胎)母羊和公羊中检测到8个杂合的AB基因型,其中5个为高产的母羊,3个为公羊。碱基序列分析证实GDF9基因编码区第1189bp位点的碱基由G突变为A,该位点位于外显子2中,导致活性肽第79位缬氨酸突变为异亮氨酸(V79I),但在低繁殖率(1~2羔/胎)母羊中没有发现该突变。虽然贵州白山羊GDF9基因中G1189A突变的发生率仅为5%,但该位点编码的氨基酸与FecGH突变(S77F)仅相隔1个氨基酸,因此推测GDF9基因中的G1189A突变可能与贵州白山羊的高繁殖力有关。  相似文献   

平板免疫溶血试验快速检测大肠杆菌不耐热肠毒素   总被引：4，自引：0，他引：4  

冉雪琴  王嘉福 《贵州农业科学》1995,23(2):7-10

琼脂糖为介质，进行固相平板免疫溶血试验测定毒素源性大肠杆菌不同耐热肠毒素（ＬＴ），同时与ＥＬＩＳＡ，兔肠结扎试测定ＬＴ进行了比较。结果表明，平板免疫溶血试验特异性强，标准的ＥＴＥＣ发生溶，非ＥＴＥＣ不发生溶血；灵敏度与ＥＬＩＳＡ相似，比肠结扎试验敏感８倍左右；对１５１份样品的检测说明平板免疫溶血试验与ＥＬＩＳＡ具有很高的符合性。此外对不同来源的红血球用于测定ＬＴ进行了研究。  相似文献   

山羊痘病毒抗凋亡蛋白基因的表达与细胞凋亡的相关性     

关会敏  冉雪琴  姬志林  王嘉福 《中国兽医杂志》2012,48(4):3-7

以贵州本地分离纯化的山羊痘病毒为试验材料,感染Vero细胞,通过台盼蓝、吖啶橙/溴乙锭荧光染色分析细胞的死亡及凋亡比例;经特异性PCR从山羊痘病毒基因组中分离出山羊痘病毒抗凋亡蛋白样基因,基因长531bp,含有完整的编码框,与绵羊痘病毒抗凋亡蛋白基因的相似性为97%,因此确定为山羊痘病毒抗凋亡蛋白基因。进一步研究山羊痘病毒抗凋亡蛋白基因在Vero细胞中的表达,结果显示,病毒感染Vero细胞24h时没有检测到凋亡现象,山羊痘病毒抗凋亡蛋白基因的mRNA水平最高;感染48h时,Vero细胞的凋亡率上升到13%,山羊痘病毒抗凋亡蛋白基因的表达量随之下降。结果表明,山羊痘病毒抗凋亡蛋白基因的表达量与Vero细胞的凋亡呈负相关,有助于病毒在细胞内的生存和侵染等过程。  相似文献   

紫花苜蓿DREB1转录因子基因的克隆及序列分析     

谢健  王啸  冉雪琴  王嘉福 《畜牧与兽医》2013,45(7):45-49

干旱应答结合元件(DREB1)在植物抗逆性方面起着重要的作用。以紫花苜蓿为试验材料,克隆了紫花苜蓿DREB1基因,对其编码的蛋白的理化性质、二级和三级结构进行分析。紫花苜蓿DREB1基因全长901 bp,编码218个氨基酸,氨基酸序列分析比对显示该蛋白质属于AP2家族,为亲水性蛋白质,没有信号肽;二级结构中包含1个α-螺旋和3个β-折叠,其中6个氨基酸位点的变异可能影响蛋白的三级结构,可能与蛋白的抗逆功能有关。  相似文献   

贵州地方猪骨骼肌中3种microRNAs的表达差异     

刘畅  罗志宇  冉雪琴 《贵州农业科学》2014,(3):112-116

  相似文献   

贵州下司犬线粒体DNA控制区核苷酸序列分析     

朱伟  王嘉福  范文穗  燕志宏  冉雪琴 《贵州畜牧兽医》2008,32(1):1-2

采用聚合酶链式反应和直接测序的方法,分析了贵州下司犬线粒体D-loop区序列。结果显示,该犬的线粒体D-loop全长1260bp,碱基序列中A、T含量明显高于G、C含量。其中有一段以串连方式排列、重复29次的序列,重复单元为TACACGT(A/G)CG。对该串连重复序列上游673bp的碱基序列进行分析,比较已知犬种相应碱基序列之间的差异,聚类分析结果显示下司犬与亚洲犬种的亲缘关系较近。  相似文献