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为了探寻规模化猪场封闭舍内空气微生物和猪体微生物菌群结构、丰度之间的相关性,建立完善的消毒防疫机制,在山西省介休市某规模化猪场选取单栋饲养量为500头的半封闭保育猪舍1栋,分别采集舍内空气(n=9)、鼻腔黏液(n=7)、粪便(n=7)、猪组织器官(n=4)(喉头、气管、淋巴、肺部)共27个样本,对样本中的细菌进行16S r DNA(V3+V4区)高通量测序,分析微生物群落种类及丰度。结果显示:猪舍空气样本中的微生物群落种类和丰度最高,空气样本和猪鼻腔黏液、粪便、猪组织器官样本的微生物组成和相对丰度基本一致,所占比例最高的为厚壁菌门,其次为拟杆菌门,丰度较高的菌种为梭菌、链球菌、普雷沃氏菌、乳酸菌等;猪舍空气样本菌群中丰度较高的病原菌属为梭菌属和链球菌属。结果表明:保育猪舍空气、鼻腔黏液、粪便、猪组织器官中的微生物群落结构及其丰度具有较高的相关性,对猪场疾病防控有一定指导意义。 相似文献
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摘 要：以连作1年和连作3年的百香果根际土壤作为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析根际土壤中的微生物群落结构组成和多样性变化,以期为克服百香果连作障碍提供指导。结果表明：连作显著降低百香果根际土壤细菌群落多样性和真菌群落丰富度,增加百香果根际土壤的细菌群落丰富度和真菌群落多样性。根际土壤微生物群落组成发生了较大的变化,在门分类水平上,连作三年的根际土壤中变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度增加了5.86%和2.21%;放线菌门（Actinobacteria）减少了3.40%,子囊菌门（Ascomycota）减少了28.41%,而毛霉门（Mucoromycota）增加了14.73%,在属分类水平上,连作三年的根际土壤中根际土壤中的γ-变形菌纲中未分类属unclassified_Gammaproteobacteria、黄单胞杆菌科未分类属unclassified_Xanthomonadaceae相对丰度显著增加,酸杆菌门中而Gp2相对丰度显著降低,子囊菌属（Archaeorhizomyces）、孢子丝菌属（Sporothrix）、粪壳菌属（Sordaria）相对丰度减少,小被孢霉（Mortierella）、镰刀菌属（Fusarium）两个病原菌属相对丰度增加。结论：连作改变了百香果根际土壤微生物群落结构,细菌多样性降低,真菌多样性升高,病原菌相对丰度增加,土壤由细菌型向真菌型转化。 相似文献
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[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3～V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteriota）为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属（Acinetobacter）、棒杆菌属（Corynebacterium）、寡养单胞菌... 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2020,(11)
为了研究4种不同利用方式下呼伦贝尔草甸草原土壤细菌群落结构及多样性与土壤理化性质的关系,揭示不同利用方式对草原土壤微生物多样性及土壤理化性质的影响情况,试验采用高通量测序技术,比较贝加尔针茅群落放牧+刈割(S1)、羊草群落放牧(S2)、羊草群落刈割(S3)以及贝加尔针茅群落刈割(S4)4种不同利用方式下的呼伦贝尔草甸草原土壤细菌群落结构及多样性,分析土壤理化性质与物种相对丰度、细菌多样性的相关关系。结果表明:S1、S2、S3、S4四个样本土壤细菌分别有31,27,26,28个门,酸杆菌门、变形菌门、疣微菌门、放线菌门是土壤中的优势群落;四个样本中S1的细菌多样性最高,S3的物种数最低;草甸草原土壤细菌群落相对丰度的排序为S1S4S2S3,多样性排序为S1S2S3S4;土壤全氮、全磷、速效氮和有机质对细菌群落多样性和物种相对丰度的影响较大,呈显著正相关。说明呼伦贝尔草甸草原土壤细菌物种组成丰富,四个样本土壤细菌群落结构相似,植被类型、利用方式和理化性质等都是影响细菌群落结构和多样性的因素。 相似文献
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为了解笼养肉鸡舍整个养殖周期空气中细菌群落组成及病原菌菌属特征,采用FA-3型气溶胶粒度分布采样器,对山东省潍坊市昌邑(X)和安丘(A)2个养殖场空舍期消毒前,消毒后,鸡日龄在7、14、21、28、35 d时舍内空气中细菌进行了采集,应用Illumina HiSeq高通量测序技术测定细菌16S rDNA的V3-V4区序列,分析养殖周期不同时期样本的细菌群落组成。结果表明,所有样本在97%相似度水平下共产生1494个有效操作分类单元(operational taxonomic units,OUT)OUT,涵盖了34门、75纲、102目、147科、220属、75种的细菌;笼养肉鸡舍空舍期消毒和带鸡消毒有一定作用效果,合理通风与笼养肉鸡舍舍内细菌种类的减少有密切关系。通过对空气样本菌群中丰度较高的病原菌属统计,以期为笼养肉鸡场的消毒、用药和笼养肉鸡场生物安全体系的制定提供理论依据。 相似文献
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奶牛养殖场环境微生物群落结构及多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究奶牛养殖场部分环境因素与奶牛乳房处的细菌多样性和差异性,将分别取自牛乳房擦拭样品(C1)、榨乳设备(E)、粪便(F)、冲洗和养殖饮用水(W)、生乳运输罐(E2)5种样本的6个生物学重复共计30个样品使用基于16S rRNA (V3~V4区)的高通量测序技术,并采用生物信息学的方法分析了不同来源样本的细菌群落结构、丰度差异和α多样性。结果显示:共获得原始序列1 640 803条,在97%相似度下聚类为26 337个OTUs,注释到35个门,79个纲,119个科,127个目,436个属,210个种。在门分类阶元,丰度最高的是变形菌门,尤其是W样本中变形菌门占比81.8%;C1中优势细菌类群与E和F样本相似,丰度最高的均是厚壁菌门,分别占各样本细菌总量的32.4%、44.7%和53.4%;E2样本中丰度最高的细菌是放线菌门(56.4%)。在属水平上,已注释到的物种丰度最多的为可导致牛乳腺炎的不动杆菌属、棒状杆菌属,并发现E与C1样本微生物相似性最高,不动杆菌属、节杆菌属和嗜冷菌属是2种样本的优势菌群。表明榨乳设备受到了环境污染或者是接触牛乳房导致交叉传播,样本间微生物群落具有较高相关性。结果为奶牛养殖场相关生产活动提供了参考。 相似文献
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为探究高寒草地生态系统特征对降水变化的响应,本研究以青海湖鸟岛高寒草地生态系统为研究对象,通过设置减少50%降水（NJ）、增加50%降水（NZ）试验处理和对照（NCK）3组不同降水条件,探究土壤理化因子及微生物群落对不同降水梯度的响应特征。研究结果表明：NJ,NZ处理均增加了细菌群落的丰富度降低了其多样性;NJ处理增加真菌群落的丰富度降低了其多样性,NZ处理增加了真菌群落的多样性降低了其丰富度;NJ处理增加了细菌和真菌群落的相对丰度,NZ处理降低了真菌群落相对丰度增加了细菌群落相对丰度;NZ,NJ处理下土壤温湿度及生物量变化差异显著,土壤硝态氮（NO3--N）、铵态氮（NH4+-N）及全碳含量变化显著;土壤环境因子对土壤微生物群落组成与多样性具有显著影响。综上,土壤理化性质及微生物群落对降水变化的响应明显,真菌对降水处理的响应比细菌更为敏感。 相似文献
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从土壤微生物群落结构与多样性角度评价施用有机肥对退化草地的恢复效果,论文以环青海湖地区的轻度-中度退化高寒草地为研究对象,采用高通量测序技术研究了土壤微生物群落结构、多样性及功能类群对施用有机肥的响应特征。结果表明：施有机肥处理增加了细菌的OTUs,降低了真菌的OTUs;施有机肥改变了土壤细菌与真菌群落组成及相对丰度;在属水平上细菌群落的组成种类中,Gaiella在施肥处理时丰度最高,同时也改变了群落结构;施有机肥能适当增加土壤细菌群落的Richness指数,降低了真菌群落的Richness指数,而降低了细菌群落的Chao1指数,但增加了真菌群落的Chao1指数,细菌和真菌群落的Shannon和Pielou指数都降低;施有机肥处理后Gammaproteobacteria是土壤细菌的指示物种,Dothideomycetes是土壤真菌的指示物种,施用有机肥后促进土壤有益微生物的恢复,改善土壤微生物区系。 相似文献
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旨在采用高通量测序技术研究一种用于猪场污水处理的新型发酵床系统的微生物多样性。分别对发酵床表层、中层、深层细菌的16SrDNA和真菌的ITS进行序列测定,分析各层次发酵床中的微生物群落结构特征。结果表明,细菌平均每层获得OTUs36899.33个,真菌平均每层获得OTUs37129.33个。物种分类的结果显示,细菌隶属于24门43纲95目197科390属529种,其中的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacte-roidetes),它们的相对丰度分别为45.96%和28.79%。真菌隶属于4门6纲11目15科18属,优势菌群为子囊菌门(Ascomycota)和柄孢壳属(Zopfiella),其相对丰度分别为59.18%和62.34%。发酵床中层的微生物多样性远高于表层和深层,细菌的多样性和丰富度远高于真菌。研究表明在不同深度的发酵床垫料中微生物的丰富度、多样性、相似性、优势菌群均有不同。 相似文献
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本试验使用以纤维素为唯一碳源的培养基培养瘤胃细菌,然后利用宏基因组技术分析瘤胃细菌群落在不同时间点的动态变化。将瘤胃微生物菌液接种到由厌氧稀释液和纤维素配制的纤维素选择性培养基中,连续培养50 h,分别在10、20、30、40和50 h取样,提取DNA,进行16S rRNA基因测序,分析细菌群落多样性和丰度变化。结果显示,不同时间点α多样性指数Ace差异显著(P0.05),其中30 hα多样性显著高于40、50 h(P0.05);β多样性指数分析显示,40和50 h的菌群组成与10和20 h的菌群组成差异显著(P0.05),30 h是细菌群落演替的时间点;已知的纤维降解菌属如丁酸弧菌属(Butyrivibrio)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)、梭菌属(Clostridium)的丰度均呈逐渐增加的趋势。纤维杆菌属(Fibrobacter)在不同时间点的丰度没有差异(P0.05)。在培养过程中发现,潜在的纤维降解菌Acholeplasma,Alkaliphilus,Blautia,GW_34的丰度随培养时间增加逐渐增加,并均在50 h丰度显著高于10 h (P0.05)。根据微生物菌群的多样性、丰富度、已知纤维降解菌和其他潜在纤维降解菌的丰度变化,确定30～40 h为下一步富集分离纤维降解菌的参考时间段,该结果为下一步稀释培养分离新的纯纤维降解菌提供了理论依据。 相似文献
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高寒区不同地域燕麦根际土壤微生物多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为探究燕麦（Avena sativa L.）在不同高寒地域栽培时植物根际土壤微生物群落多样性变化特征,本研究采用高通量测序技术对4个地域栽培的燕麦根际土壤微生物多样性进行了测定,并分析了微生物群落多样性与土壤理化性质的相关性。结果表明：各地域燕麦根际土壤理化性质差异显著（P<0.05）,同仁县样地土壤的pH值（8.38）最大（P<0.05）,同德县样地土壤的全磷、速效磷的含量显著高于其他样地（P<0.05）;4个样地燕麦根际土壤中的细菌和真菌物群落多样性丰度较高并存在差异,细菌群落多样性同德县样地最高,真菌群落多样性河南县样地最高;在门分类水平上,细菌群落中变形菌门（Proteobacteria）最为丰富,在贵南县、河南县、同德县和同仁县样地中的相对丰度分别为78.76%,69.45%,66.86%,50.82%;真菌群落中子囊菌门（Ascomycota）最为丰富,在各样地中的相对丰度分别为58.38%,57.12%,41.22%,51.94%;燕麦根际土壤细菌和真菌群落多样性与土壤的理化性质间存在显著相关关系,其中主要的驱动因素是土壤pH、全磷、速效磷含量。 相似文献
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本试验使用以纤维素为唯一碳源的培养基培养瘤胃细菌,然后利用宏基因组技术分析瘤胃细菌群落在不同时间点的动态变化。将瘤胃微生物菌液接种到由厌氧稀释液和纤维素配制的纤维素选择性培养基中,连续培养50 h,分别在10、20、30、40和50 h取样,提取DNA,进行16S rRNA基因测序,分析细菌群落多样性和丰度变化。结果显示,不同时间点α多样性指数Ace差异显著（P<0.05）,其中30 h α多样性显著高于40、50 h（P<0.05）;β多样性指数分析显示,40和50 h的菌群组成与10和20 h的菌群组成差异显著（P<0.05）,30 h是细菌群落演替的时间点;已知的纤维降解菌属如丁酸弧菌属（Butyrivibrio）、假丁酸弧菌属（Pseudobutyrivibrio）、梭菌属（Clostridium）的丰度均呈逐渐增加的趋势。纤维杆菌属（Fibrobacter）在不同时间点的丰度没有差异（P>0.05）。在培养过程中发现,潜在的纤维降解菌Acholeplasma,Alkaliphilus,Blautia,GW_34的丰度随培养时间增加逐渐增加,并均在50 h丰度显著高于10 h（P<0.05）。根据微生物菌群的多样性、丰富度、已知纤维降解菌和其他潜在纤维降解菌的丰度变化,确定30~40 h为下一步富集分离纤维降解菌的参考时间段,该结果为下一步稀释培养分离新的纯纤维降解菌提供了理论依据。 相似文献
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种子是微生物从母本植物到子代植物的传播介质,将有益微生物代代相传。种子传播的微生物存在于植物不同部位,为寄主植物提供了一系列的益处。以往种子微生物研究主要集中于农作物,鲜有关于草地植物的研究。本研究利用Illumina-Miseq DNA测序技术,对青藏高原高山草甸8种优势植物的种子微生物群进行多样性分析。结果表明:8种草地植物的种子中有多种细菌和真菌(115个细菌属和135个真菌属),且细菌和真菌群落均存在显著差异(P<0.05)。8种草地植物的优势种细菌门和真菌门分别为Proteobacteria和Ascomycota。在8种草地植物的种子中均发现了细菌属Pseudomonas、Pantoea和Ochrobactrum及真菌属Botrytis、Bullera和Didymella。另外,在8种草地植物的种子中有其独特的细菌和真菌属。本研究表明,植物的个体特征是塑造种子微生物群落的重要因素,同时还发现了一些有利于寄主植物生长且可用于未来种子微生物组调控的微生物。 相似文献
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引黄灌区不同种植年限紫花苜蓿土壤养分与细菌群落特征研究 总被引：2，自引：0，他引：2
以宁夏引黄灌区种植年限为1～6年(2012-2017年)的紫花苜蓿地土壤为研究对象,采用16S rRNA扩增子测序技术对细菌群落组成、丰度和多样性等特征进行研究,分析了土壤养分与细菌种群多样性的相关关系。结果表明:不同种植年限苜蓿地土壤中共检测出细菌约40个门、78个纲、151个目、275个科和416个属;在门水平下细菌的优势门类为变形菌门、酸杆菌门和拟杆菌门,共占细菌总数的68%;随种植年限的增加,细菌菌群丰度和多样性变化表现为1 yr>5 yr>3 yr>4 yr>2 yr>6 yr;土壤pH、有机碳、全氮和碱解氮呈先降低后增大的变化趋势,且都在第5年时达到最大,与细菌群落组成变化规律基本保持一致。Spearman相关性分析结果表明,有机碳、全氮和碱解氮对细菌群落组成具有显著影响(P<0.05)。 相似文献
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引黄灌区不同种植年限紫花苜蓿土壤养分与细菌群落特征研究 总被引：1，自引：0，他引：1
以宁夏引黄灌区种植年限为1～6年(2012-2017年)的紫花苜蓿地土壤为研究对象,采用16S rRNA扩增子测序技术对细菌群落组成、丰度和多样性等特征进行研究,分析了土壤养分与细菌种群多样性的相关关系。结果表明:不同种植年限苜蓿地土壤中共检测出细菌约40个门、78个纲、151个目、275个科和416个属;在门水平下细菌的优势门类为变形菌门、酸杆菌门和拟杆菌门,共占细菌总数的68%;随种植年限的增加,细菌菌群丰度和多样性变化表现为1 yr5 yr3 yr4 yr2 yr6 yr;土壤pH、有机碳、全氮和碱解氮呈先降低后增大的变化趋势,且都在第5年时达到最大,与细菌群落组成变化规律基本保持一致。Spearman相关性分析结果表明,有机碳、全氮和碱解氮对细菌群落组成具有显著影响(P0.05)。 相似文献
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为了了解毕节市赫章县某个饲养考力代绵羊的规模化羊场的细菌污染和耐药现状,试验采用细菌总数测定、优势菌落鉴定对规模化羊场内的空气和粪便样本进行了病原菌调查,同时对主要病原菌进行了药敏试验。结果表明:不同季节不同羊舍环境的空气和粪便样本细菌总数分别为0.8×10~3~99.1×10~3cfu/m~3和4.4×10~5~84.1×10~5cfu/g;样本中主要分离出4种优势病原菌,分别是链球菌、大肠杆菌、溶血性曼氏杆菌、葡萄球菌;4种优势病原菌均存在广泛的耐药性,其中大肠杆菌尤为突出。说明该羊场应该做好卫生消毒和疾病控制工作,同时应根据药敏试验结果选择合理有效的抗菌药物,以延缓细菌耐药性的产生。 相似文献
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《中国家禽》2017,(21)
为研究饲喂粪肠球菌对蛋鸡粪便和鸡舍空气中细菌群落结构特征的影响,试验选取1 512只蛋鸡,随机分成2组,其中对照组饲喂基础日粮,试验组在基础日粮中添加粪肠球菌。采用Illumina高通量测序技术分析粪便和鸡舍空气中的细菌群落结构特征。结果显示,饲喂粪肠球菌的试验组与对照组粪便及鸡舍空气中细菌多样性无显著性差异(P0.05);厚壁菌门在所有粪便和空气样品中相对丰度最高,介于51.23%~78.34%之间,而且试验组粪便和鸡舍空气中厚壁菌门的相对丰度均显著高于对照组(P0.05);试验组粪便和鸡舍空气中变形菌门相对丰度显著低于对照组(P0.05)。结果表明,饲喂粪肠球菌可使粪便和鸡舍空气中有益微生物乳杆菌属相对丰度显著增加(P0.05),条件致病菌不动杆菌属相对丰度显著降低(P0.05),这对于养殖对象和饲养工人健康以及周边生态环境都具有有益作用。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2017,(11)
通过高通量测序技术,初步研究保育猪舍不同粒径悬浮颗粒物细菌群落的组成。利用Andersen-6级撞击式空气微生物样品收集器,以5%的公绵羊血-琼脂培养基为采样介质收集保育猪舍气溶胶微生物,培养24h后提取总DNA,扩增16SrDNA的V3-V4区,进一步采用Illumina MiSeq高通量测序研究保育猪舍不同粒径悬浮颗粒物细菌群落组成。各级采样样品共获得高质量序列301 065条,按照序列相似度97%的标准对高质量序列进行OTU的划分,得到2 104个OUT;通过α多样性分析,菌群丰富度由大及小依次为3_4s、3_2s、3_1s、3_6s、3_5s、3_3s,通过不同分析指数菌群多样性略有差异,但是多样性最高的为3_2s、3_5s,最低的为3_3s;菌落组成分析来看,细菌主要来自4个门、40个菌属,其中丰度最高的是变形菌门、厚壁菌门,总比例较高的菌属为变形菌门的不动杆菌属和丛毛单胞菌属,放线菌门的葡萄球菌属以及拟杆菌门的类香味菌属;利用UniFrac的PCoA分析3_1s、3_5s、3_4s、3_2s菌群相似度较高;3_6s、3_3s与其余样品菌群结构差异明显。可见,2.1~3.3μm粒径悬浮颗粒细菌菌群丰富度最高,有14个菌属的细菌被报道对人和动物具有致病性,且各层级群落结构存在差异,相邻层级差别较大。 相似文献
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为了探究有机肥施肥量对人工草地建植后土壤微生物群落结构及理化性质的影响,以‘阿坝’垂穗披碱草(Elymus nutans‘Aba’)为试验材料,设置不施肥(CK),50%,75%有机肥三个处理,测定土壤理化性质及土壤微生物结构,结果表明：与CK相比,有机肥施用当年,提高牧草根际土壤总氮和有机质含量(P<0.05),降低了土壤pH值(P<0.05);有机肥的添加引起了土壤根际微生物群落组成的变化,有机肥施用量为50%时增加了优势菌放线菌门、担子菌门的相对丰度;有机肥施用量为75%时明显增加了赤霉菌属、内生真菌属的相对丰度;Beta多样性分析结果表明,对照和各处理细菌和真菌群落结构明显不同。本研究结果表明,增施有机肥能够改善土壤根际微生物群落结构,进一步改善土壤健康状况,为高寒地区牧草生长提供适宜的土壤微生物条件。 相似文献
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《山东畜牧兽医》2021,(5)
为了研究畜禽粪便固态发酵前后微生物的变化,采用高通量测序技术,通过可操作分类单元分析、α多样性分析和物种组成分析,比较了猪粪短时高温好氧固态发酵前后的细菌群落组成,结果表明,发酵前后可操作分类单元总数分别为151个和126个,发酵后细菌群落多样性指数降低;发酵前相对丰度最高的分别是变形菌门59.48%、拟杆菌门23.97%和厚壁菌门13.79%,发酵后变形菌门和拟杆菌门分别减少至0.66%和1.00%,而厚壁菌门增加至99.01%,是发酵猪粪的优势菌群。本研究表明发酵后猪粪细菌群落多样性下降,抗生素抗性基因潜在携带者相对丰度降低,耐高温的有机质降解菌成为优势菌属,该研究对猪粪的资源化处理具有理论指导意义。 相似文献