小反刍兽疫病毒新疆株的N基因序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

《畜牧与兽医》2016,(2):17-23

为了分析小反刍兽疫病毒(PPRV)新疆株的分子演变特点,从Gen Bank数据库中下载所有国家全部PPRV的N基因全序列,应用DNAStar软件进行序列分析。结果显示:PPRV中国新疆株,与中国内地流行毒株核苷酸同源性最高,为99.2%~99.9%;与之前中国西藏毒株核苷酸同源性为98.1%;与中国所用疫苗株核苷酸同源性为93.6%。与其他国家毒株相比,核苷酸同源性最低的是韩国毒株,同源性最高的是印度毒株。N基因系统进化关系分析显示,PPRV中国新疆株属于基因Ⅳ系。N蛋白氨基酸同源性结果与核苷酸比对结果相似。PPRV中国新疆株存在一定程度变异,可能为周边国家传入。  相似文献   

小反刍兽疫疫情流行毒株P基因序列分析     

《畜牧兽医杂志》2017,(3)

为分析我国2013年小反刍兽疫(Peste Des Petits Ruminants,PPR)大流行时期各毒株的进化关系,从NCBI下载不同地区的28株PPRV毒株,利用DNAStar分子生物学软件进行PPRV P基因序列分析。结果显示,2013年我国PPR疫情各毒株间P基因核苷酸同源性范围为99.6%~100%,与西藏毒株同源性范围为97.1%~97.5%,与国外毒株同源性范围为89.2%~98.2%;2013年PPR疫情各毒株间P蛋白氨基酸同源性范围为95.7%~100%,与西藏毒株同源性范围为92.3%~96.7%,与国外毒株同源性范围为82.5%~98%;PPRV毒株P基因进化树分析显示该次疫情毒株同属一个分支,与印度毒株进化关系较近,与西藏毒株进化关系较远。通过分析发现,该次疫情可能由中国周边国家传入。  相似文献   

小反刍兽疫病毒N基因部分序列分子演化规律     

《中国兽医学报》2017,(12):2304-2309

为分析中国小反刍兽疫的流行特点,本研究采用生物信息学方法,从NCBI下载小反刍兽疫病毒(PPRV)N基因,以最大似然法建立分子进化树。结果显示,中国PPRV流行株分布于Ⅳ系,有2个分支,2007-2008年中国西藏流行株与2003年印度毒株遗传关系最近,2013-2015年中国西藏流行株与2012年巴基斯坦毒株遗传关系最近。中国小反刍兽疫主要发生于山羊,2015年新疆巴州毒株来自阿尔卑斯野山羊,与2013年以来的毒株在同一分支。China-BJ_2014与China-XJBZ_2015的遗传距离为0.011 7。中国两簇PPRV分支均与西部邻国毒株遗传关系最近,目前出现多宿主和变异性的流行特点,本研究为有效防控PPRV疫情提供基本的科学依据。  相似文献   

猪伪狂犬病病毒野毒株的分离鉴定及gC、gD基因序列分析     

吕玉金  赵攀登  张世军  刘玲玲  李文刚  王湘如  陈焕春  吴凤笋 《中国兽医杂志》2022,(4):12-17

2019年河南某猪场暴发疑似猪伪狂犬病疫情,本试验采集发病猪的病料组织,进行伪狂犬病病毒(PRV)毒株的分离鉴定,并分析分离毒株的生物学特性。结果显示：分离毒株HNCY的TCID₅₀为10^-8.48/0.1 mL;一步生长曲线显示,分离毒株在12～24 h复制较快,48 h到达最高峰;分离毒株对小鼠具有较强的致死性,且肺脏中病毒含量最高;序列分析显示,HNCY株gC基因核苷酸序列与国内外PRV分离毒株的同源性为95.9%～100.0%,gD基因同源性为98.9%～100.0%;gC氨基酸序列与国内外PRV分离毒株的同源性为92.9%～100.0%,gD氨基酸同源性为97.5%～100.0%,且国内同源性高于国外;遗传进化分析显示,HNCY分离株gC、gD基因与欧美毒株在不同的大分支上,亲缘关系远;与国内分离株在同一分支上,且与2011年之前分离的PRV毒株在不同的小分支上,表明HNCY分离株属于国内变异毒株。  相似文献   

鸽新城疫病毒北京分离株F基因的遗传进化分析     

王林  韦海涛  宋彦军  周德刚  梅力  李刚  雷琪莉  冯小宇 《动物医学进展》2015,(2):48-52

对一株分离自北京市的鸽源新城疫病毒BJP13株的F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示,F基因核苷酸序列长为1 662bp,编码553个氨基酸,蛋白裂解位点的序列为112RRQKRF117,具备强毒株的序列特征;同源性比较显示,BJP13与国内外不同基因型毒株的同源性在87.9%~99.1%;与新城疫基因Ⅵ型的同源性较高,为93.7%~99.1%,其中与基因Ⅵb亚型中的毒株11和毒株LLN713同源性最高为99.1%,与1996年北京分离株STP96的同源性最低为93.7%;与基因Ⅰ型疫苗株V4株和基因Ⅱ型疫苗株La Sota株的同源性分别为90.3%和88.6%;遗传进化分析显示,北京分离株BJP13与比利时毒株11、4940和中国毒株SDS、LLN713最为接近,位于同一进化分支上,属于基因Ⅵb亚型。  相似文献   

狂犬病病毒野毒株糖蛋白基因序列测定及分析比较   总被引：3，自引：0，他引：3  

赵云蛟  钱爱东  胡桂学  王利民  李影  尹殿明 《中国预防兽医学报》2003,25(5):338-341

对我国河南某地野鼠体内分离的狂犬病病毒野毒株MRV糖蛋白全基因进行序列测定，与已发表的代表性毒株糖蛋白基因进行核苷酸和推导氨基酸序列的比较分析，结果表明在同一基因型中，MRV和国际标准攻毒株CVS的同源性最高(96．5％)，和中国减毒株CTN的同源性最低(79．8％)；在G基因的四个功能区中，氨基酸同源性最高的是抗原区，同源性最低的是膜内区；MRV的抗原部位和糖基化位点氨基酸均有变异；建立了各毒株的系统进化树。  相似文献   

广东省猪流行性腹泻病毒ORF3和M基因的克隆与序列分析     

《黑龙江畜牧兽医》2015,(5)

为了研究广东省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株ORF3和M基因的变异情况,试验于2012—2013年从广东省不同地区猪场采集56份腹泻病仔猪的小肠,通过PCR扩增得到8株PEDV的ORF3和M基因,并进行序列比对及遗传分析。结果表明:8株PEDV的ORF3基因与参考毒株核苷酸的同源性为94.7%~99.9%,其中GD-DG毒株与LZC毒株比较核苷酸的同源性最低(94.7%),GD-HY毒株与中国TX2011毒株比较核苷酸的同源性最高(99.9%);8株PEDV的M基因与参考毒株核苷酸的同源性为95.7%~99.9%,其中GD-MM毒株与泰国M_NIAH380_98毒株比较核苷酸的同源性最低(95.7%),GD-HZ毒株与韩国CPF299、PFF188、PFF285毒株及泰国KU01CB08毒株比较核苷酸的同源性最高(99.9%)。说明近年来广东省流行的PEDV毒株以变异株为主,与经典株CV777的亲缘关系较远。  相似文献   

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

任涛  廖明  曹伟胜  辛朝安 《中国兽医杂志》2006,42(8):3-6

本研究选取有代表意义的9株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）国内分离株．利用所设计的一对特异引物，通过RT—PCR的方法成功地扩增了膜蛋白基因即M基因全长片段．通过克隆、序列测定获得了9个分离毒株M基因的全长核苷酸序列。并将各IBV国内分离株与GenBank中注册的一些毒株的M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较、系统进化关系分析发现：IBV中国地方分离毒株大部分属于Mass型；不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异，从ATG至第150bp区段的核苷酸序列变异频率最高；IBV中国地方分离株M基因的变异属于高频率的同义突变；国内的IBV分离株分为两个基因群，1群分离毒株与GenBank中Mass型的毒株亲缘关系较近．毒株间核苷酸序列同源性为95．7%～100％，其相应的氨基酸序列同源性为98．2%～100%；Ⅱ群分离毒株与众多参考毒株的亲缘关系都比较远，毒株间彼此核苷酸序列同源性为89．7％～91．9%，氮基酸序列同源性为92．0-96．0%。  相似文献   

鸽Ⅰ型副黏病毒的分离鉴定及其F基因、HN基因的序列分析     

陈钟鸣  刘怀然  孙敏华  戴鼎霞  张志成  方光远  孔宪刚 《中国兽医学报》2010,30(9)

利用RT-PCR技术,将从江苏省分离到的2株鸽源NDV的融合蛋白(F)和血凝素神经氨酸酶(HN)基因重要功能区片段进行扩增和序列分析,发现F蛋白多肽裂解位点的氨基酸序列为112K-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株序列特点.F基因分型及同源性比较显示,分离到的2株鸽源NDV PG-CH-JS-1-05,PG-CH-JS-1-06属基因Ⅵ型.与国内参考毒株YN-P1 F基因推导的氨基酸序列同源性最高为96.4%,与LaSota的同源性为84.1%～84.2%,与F48E9的同源性为86.0%～86.2%;与国外参考毒株Warwick66的同源性为92.7%～93.3%;HN基因氨基酸序列同源性比较显示,与PB9601的同源性最低,只有3.4%～3.7%,与LaSota的同源性也较低,为88.5 % ～88.7%.而与国外参考毒株IT-227-82的氨基酸序列同源性为95.4%～95.6%,与Pigen-NY-US-1984的同源性为94.8%～94.9%,与248 V B的同源性为92.5%～92.7%,说明与国外鸽源NDV分离毒株的遗传距离较近.  相似文献   

番鸭细小病毒NS和VP基因的克隆及序列分析     

戴银  胡晓苗  赵瑞宏  张丹俊  潘孝成  沈学怀  尹磊  周学利  侯宏艳 《中国兽医杂志》2022,(1):37-42

为进一步了解番鸭细小病毒(MDPV)基因的遗传变异特征，本试验采用分段PCR扩增法获得了2个MDPV安徽分离株(AH1901和AH1902)基因组NS和VP全长基因，并与GenBank数据库中的20个水禽细小病毒基因组序列进行了比对。序列分析显示，克隆的MDPV基因均包括完整的NS和VP基因，分别为1 884 bp和2 199 bp,VP基因核苷酸序列变异程度相对较高，而NS基因则较为保守；进化分析显示，安徽分离株AH1901和AH1902位于同一分支，二者与国内分离的MDPV毒株ZJ-JH-2013基因遗传距离最近，可能来源于同一毒株，与MDPV疫苗株P1及国外分离毒株FM基因遗传距离则较远；安徽分离株AH1901和AH1902的NS基因序列同源性为99.8%,VP基因序列一致。两者的NS、VP基因序列与分离株ZJ-JH-2013的同源性最高，与重组型毒株SAAS-SHNH及安徽分离株AH1401同源性也在99.5%以上；与疫苗株P1、国外分离株FM同源性则较低，其中VP基因仅为88.9%、89.3%。本试验结果表明近年国内的MDPV分离株同源性均较高，但仍存在一定程度的基因变异，增...  相似文献   

鸡传染性支气管炎病毒GZ株的分离鉴定及3CL~(pro)基因片段序列分析     

《畜牧与兽医》2016,(3):32-36

从福建某鸡场发病鸡的气管和肾脏组织中分离到1株病毒,通过病毒对SPF鸡胚的致病性特征、血凝特性、电镜观察及RT-PCR鉴定等方面的研究,证实该病毒为鸡传染性支气管炎病毒(IBV),并命名为GZ毒株。通过RT-PCR对该毒株的3CLpro基因片段进行扩增,随后进行克隆与测序。该序列与参考毒株的核苷酸序列分析显示,GZ株的3CLpro基因片段与参考毒株的同源性为85.9%~98.5%,与Beaudette毒株核苷酸序列同源性最高(98.5%),而与H120株同源性为89.7%,与LX4株同源性最低(85.9%)。遗传演化分析显示,GZ分离株与参考株可以划分为3个群,GZ分离株与Beaudette毒株处于同一分支,而与LX4、BJ及Massachusetts毒株亲缘关系较远。  相似文献   

猪流行性腹泻病毒ORF3和M基因的克隆与序列分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

王隆柏  吴学敏  车勇良  陈如敬  魏宏  刘玉涛  庄向生  周伦江 《中国动物传染病学报》2012,20(3):67-72

为了解福建省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3和M基因变异情况,本研究从4个不同规模猪场发生仔猪“顽固性腹泻”疾病的病料中扩增到4株PEDV的ORF3和M基因,并进行了序列分析.结果表明:4株PEDV ORF3基因均含有675个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的代表性PEDV核苷酸的同源性为89.7％～100.0％,氨基酸的同源性为94.7％～99.6％,其中FJPT毒株核苷酸的同源性与CV777 truncated毒株最低,仅为89.7％,FJNP毒株核苷酸的同源性与中国北方流行的CH ZKFG 11毒株最高,达100.0％.M基因含有681个碱基,编码226个氨基酸,与GenBank中登录的代表性PEDV核苷酸的同源性为94.8％～100.0％,氨基酸的同源性为94.8％～99.6％,其中FJPT毒株核苷酸的同源性与日本D89752毒株最低,仅为94.8％,FJNP毒株核苷酸的同源性与韩国CPF193、泰国毒株最高,达100.0％.4株PEDV毒株均与国内外流行强毒株的亲缘关系较近,与attenuate DR13弱毒株的亲缘关系较远.  相似文献   

PRRSV山西株ORF5和Nsp2基因序列分析     

姚敬明  刘文俊  罗甜甜  吴忻  王娟萍  孟帆  韩一超  樊振华  米瑞娟  詹海杰 《中国兽医学报》2014,(1):1-5

采用RT-PCR方法对2009-2011年山西省分离的5株猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的ORF5和Nsp2(2 503³ 269nt)基因进行克隆和测序,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性分析。序列分析结果显示,5株分离株Nsp2基因与国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)的序列同源性最高,为96.8%3 269nt)基因进行克隆和测序,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性分析。序列分析结果显示,5株分离株Nsp2基因与国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)的序列同源性最高,为96.8%⁹8.2%,且缺失位置一致,均存在2个位点30个氨基酸缺失;ORF5基因大小为603bp,编码200个氨基酸,第13、151位均为具有强毒特性的精氨酸(R),137位为丝氨酸(S),表明这5株均为野毒株,与国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)毒株的序列同源性最高,为96.5%98.2%,且缺失位置一致,均存在2个位点30个氨基酸缺失;ORF5基因大小为603bp,编码200个氨基酸,第13、151位均为具有强毒特性的精氨酸(R),137位为丝氨酸(S),表明这5株均为野毒株,与国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)毒株的序列同源性最高,为96.5%⁹8.0%。结果表明,山西省内目前流行的PRRSV为Nsp2缺失30个氨基酸的变异毒株。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒NADC30-like毒株的分离鉴定     

阮海宇  郭振华  李翔  乔松林  张改平 《动物医学进展》2020,(3):36-40

对河南漯河地区某养殖场检出的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)阳性病料进行处理,接种到原代猪肺泡巨噬细胞中,经细胞盲传成功分离出1株PRRSV毒株,命名为HeNLH2017株,并测定了该分离株在原代猪肺泡巨噬细胞上的生长曲线。为进一步分析该分离株的遗传进化特点,扩增测定了ORF5基因和部分Nsp2基因的核酸序列。核酸同源性分析显示,该分离毒株ORF5基因和Nsp2序列与NADC30毒株同源性最高,分别为93.4%和93.8%。遗传进化树分析显示,该分离株与我国2013年以来流行的NADC30-like(Lineage1)毒株处于同一进化分支。氨基酸序列比对分析显示,ORF5基因和Nsp2序列与NADC30-like毒株具有相似的遗传变异特点,且Nsp2序列存在特征性的131个不连续的氨基酸缺失。成功分离到1株NADC30-like毒株,有助于进一步认识NADC30-like毒株在河南地区的流行情况和临床致病特点。  相似文献   

两株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析     

尚辉琴  李琳  陈瑞爱  刘红波  梁梅兰  贺东生 《中国畜牧兽医》2015,42(8):1963-1972

为调查广东地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及其遗传变异情况,本研究通过病料SPF鸡胚接种和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2013年从广东湛江地区不同发病鸡场分离到两株IBV,分别命名为CK/CH/GD/ZJ10/2013和CK/CH/GD/ZJ11/2013,并对这两株IBV的S1基因进行序列分析。结果显示,CK/CH/GD/ZJ10/2013株S1基因全长1 626 bp,编码542个氨基酸,其裂解位点为NRFRR,属于基因型Ⅲ,并推测其为基因型Ⅲ毒株(CK/CH/GX/NN11-3)与基因型Ⅰ毒株(GX-NN-6)在S1基因处发生重组而产生的新毒株;CK/CH/GD/ZJ11/2013株S1基因全长1620 bp,编码540个氨基酸,其裂解位点为HRRRR,属于基因型Ⅰ(类QX型);两株IBV的S1基因间核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较低,与位于同一基因型的参考毒株间同源性较高,而与中国使用的Mass型常规疫苗H120和H52之间的同源性最低,仅为75.7%~76.3%和77.1%~77.9%。本研究可为广东省IBV的流行病学调查和分子生物学研究提供参考。  相似文献   

牛副流感病毒3型毒株的分离鉴定及基因组遗传变异分析     

孙明  陈西钊 《中国兽药杂志》2016,50(11):17-21

从新疆地区某牛场出现发热、咳嗽等症状的多例病牛的肺组织中分离得到3株牛副流感病毒3型,分别命名为XJ03、XJ022、XJ023,对其中两株病毒XJ03和XJ023的基因组进行序列测定,测序结果显示,XJ03和XJ023毒株基因组全长分别为15474 bp(Gen Bank登录号为KU198929)和15475 bp,其核苷酸同源性为99.89%。同代表性的牛副流感病毒基因组比对发现,与我国的山东毒株SD0835同源性最高为99.3%,均属C型BPIV。在C型毒株中,与南韩12Q061分离株(C型)同源性最低为97.5%。F、N、HN、L、P、M蛋白基因氨基酸序列分析显示,与SD0835毒株相应序列对比,同源性分别为99.63%、92.15%、99.48%、99.28%、98.50%和100%,部分氨基酸发生了新的变异。试验结果将为今后更好地开展BPIV3防控奠定基础。  相似文献   

我国新出现的禽副黏病毒14型基因组特性     

克军宏  王静静  于晓慧  邢安琪  彭真奇  陈伟  刘华雷 《中国动物检疫》2022,39(10):16-22

为了解我国新出现的禽副黏病毒14型（APMV-14）的基因组特性,对2022年从我国家禽中新分离到的2株APMV-14毒株进行了基因组测序和序列分析。结果显示：两株毒株基因组长度均为15 444 nt,结构均为3''-N-P-M-F-HN-L-5'',3''前导序列和5''尾随序列长度分别为55和277 nt,各基因间隔序列长度不等（2~36 nt）;2株毒株F蛋白裂解位点均为99REGR↓L103,具有低致病性禽副黏病毒分子特征;2株毒株HN蛋白长度均为607 aa,明显长于2011年日本分离株APMV14/duck/Japan/11OG0352/2011（580 aa）。同源性分析显示,我国分离的2株不同宿主来源的APMV-14毒株基因组核苷酸同源性为99.5%,与APMV-14代表株11OG0352同源性最高（91.0%）,与其余禽副黏病毒同源性仅为45.0%~52.3%;遗传进化分析显示,2株APMV-14毒株与日本APMV-14分离株（11OG0352）位于同一分支。综上所述,本研究中的2株来源于不同宿主（鸡和鸭）的APMV-14毒株基因组序列高度同源,说明APMV-14已具备水禽—陆禽的跨种传播能力。本研究为APMV-14生物学特性等相关研究奠定了基础。  相似文献   

云南猪繁殖与呼吸综合征的诊断与Nsp2基因变异分析     

《上海畜牧兽医通讯》2019,(6)

对2019年5月份云南省出现的流产胎儿样品进行猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒和猪细小病毒核酸检测,2个猪场胎儿样品检测猪繁殖与呼吸综合征病毒核酸均为阳性,其他病原均为阴性。对核酸阳性样品通过RT-PCR扩增猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2基因,并对其进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明:2019年云南2株猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2基因核苷酸序列同源性为97.5%;与VR2332、CH-1a、HUN4、JXA-1、JXAIP80、TJA-1毒株之间的核苷酸同源性为77.1%～98.3%,与JXAIP80毒株同源性最高为97.6%～98.3%,与经典北美毒株VR2332同源性最低为71.1%～71.2%,与经典毒株VR2332和CH-1a相比存在90 bp碱基缺失。  相似文献   

PRRSV HEB-2013株的分离与全基因序列分析     

张东东  宁宜宝 《中国兽药杂志》2015,49(5):5-11

2013年9月从河北某发病猪场分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),将该毒株命名为HEB-2013株,在进行全基因组测序后发现,HEB-2013株基因组全长为15336 nt,包含9个开放阅读框,其中5’UTR长189 nt,3’URT长165 nt;随后将该毒株的全基因序列与NCBI上可查的历年华北地区PRRSV基因组序列进行了比对分析,发现其与2006年分离的TJ株同源性最高,为99.80%,而与2000年分离的BJ-4株同源性最低,仅为88.39%,进一步综合NSP2、GP3和GP5的氨基酸序列比对结果,系统分析了潜在毒力位点与病毒致病性的关系,并且提出了5个新的有可能与病毒致病性相关的潜在毒力位点。  相似文献   

一例猪繁殖与呼吸综合征病的诊断     

覃燕灵  董建国  王艳午 《中国猪业》2019,14(8):79

河南某地区一猪场肥猪群出现严重呼吸道症状,母猪出现流产现象,病理剖检显示猪肺门淋巴结肿大,猪肺脏呈现间质性肺炎病变,边缘出现实变,临床症状显示疑似猪繁殖与呼吸综合征病(PRRS)阳性。为了确诊,从肺脏病变部位采集病料,提取RNA进行RT-PCR扩增,最后进行序列的遗传进化分析,结果显示扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因(ZMD),进化分析显示扩增出的序列与NADC30和NADC30-like序列位于同一分支,序列比对显示ZMD与欧洲型LV的核苷酸同源性为61.4%;和美洲型VR-2332毒株的同源性为85.1%;与经典疫苗株CH-1a核苷酸同源性为87.1%;和致病性很高的毒株JXA1核苷酸同源性为85.6%;与NADC30毒株核苷酸同源性最高,为95.9%。这些试验结果表明引起猪只发病的病原为PRRSV,毒株类型为NADC30-like毒株。  相似文献