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1.
磁珠富集法筛选白鲢的微卫星分子标记 总被引：15，自引：1，他引：15
通过磁珠富集法筛选白鲢（Hypophthalmichtys molitrix）的微卫星分子标记.从血液中提取白鲢大片段基因组DNA,限制性内切酶Sau3AI部分消化,使大部分片段介于400～900bp,低熔点琼脂糖凝胶回收.在筛选的基因组片段上连接1个20bp的双链接头,构建白鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针（CA）15进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pGEM-T载体,转化入感受态大肠杆菌（Escherichia coli）DH5α,得到一个微卫星序列文库;又经同位素标记的微卫星探针（CA）15进行第2次筛选,获得149个阳性克隆,经测序分析,获得微卫星序列138个,这可用引物设计软件PrimerPremier 5.0设计引物81对. 相似文献
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随着生物科技的进步,大量的植物表达序列标签（expressed sequence tags,ESTs）已经成为开发SSR标记的重要资源。EST-SSR作为一种新型分子标记,其多态性可能与基因功能直接相关,而且在相近植物间具有良好通用性,使得EST-SSR标记在实际应用中更具价值。采用计算机方法大规模发掘EST-SSR多态性位点极大地提高了SSR标记开发效率。尤其随着新一代测序技术的成熟以及测序成本的急剧下降,利用新一代测序技术产生大量的转录组数据进行EST-SSR多态性标记的计算机大规模发掘将对SSR标记的开发带来深远影响。本文简要介绍了植物EST-SSR分布特点,并对EST-SSR标记开发现状以及相关应用作了综合评述,此外,还对EST-SSR标记的计算机开发新策略进行了展望。 相似文献
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鲢微卫星标记的荧光多重PCR体系建立及其应用 总被引：1，自引：0，他引：1
为了提高鲢微卫星(SSR)分型效率,本研究从已开发 SSR 标记中筛选出 14 对具有高多态性和扩增稳定性的SSR 引物,并组成一个四重 PCR(A)和两个五重 PCR(B 和 C)。以单对引物 PCR 为对照,对多重 PCR 的条件进行优化,包括退火温度、Taq DNA 聚合酶浓度、dNTPs 浓度、Mg2+浓度、PCR Buffer 使用量等。优化结果为,各体系最佳退火温度时,25 μL体系中包括 2 U Taq DNA 聚合酶,0.4 mmol/LdNTPs,2.3 mmol/L Mg2+,以及 3 μL的 10×PCR Buffer。优化后的多重 PCR 扩增稳定,各对引物扩增良好,SSR分型效率显著提高。利用建立的多重 PCR 体系对采自石首老河四大家鱼原种场和监利老江河四大家鱼原种场各 100 尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)样本进行 SSR 分析。结果显示,石首和监利两个原种场的样本都保持有较高的遗传多样性,其中观测杂合度分别是 0.8479 和 0.9443,期望杂合度分别为0.7967 和 0.8134。群体间分子方差分析(AMOVA)FST=0.00613,说明两个原种场鲢群体间没有发生遗传分化。本研究最终建立了三个准确、稳定的荧光标记多重 PCR 体系,具有较大应用价值。运用建立好的 3 个荧光标记多重PCR 对 2 个鲢群体进行遗传多样性分析,结果为两处原种场的进一步科学管理提供了可靠依据。 相似文献
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相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism,SRAP）是Li and Quiros（2001）发展的新型的分子标记,该标记通过独特的引物设计对ORFs进行扩增,因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔区长度不等而产生多态性。国内有关SRAP反应条件的优化研究,一般采用单因子实验的方法,难免顾此失彼,忽视其互作效应,本实验拟采用正交试验设计的方法,从Mg^2＋、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶4种因素3个水平,对枣SRAP反应体系进行优化,旨在建立适合于枣SRAP反应体系,为进一步研究枣种质资源提供技术资料。 相似文献
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皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)微卫星DNA的筛选与引物设计 总被引：7，自引：0，他引：7
皱纹盘鲍(H aliotisdiscushannai)隶属腹足纲、前鳃亚纲、原始腹足目。近年来国外学者已相继开发日本盘鲍(H aliotis-discusdiscus)、H.rubra、H.asinina和H.kam tschatkana的微卫星标记并已应用于亲缘关系鉴定、种群多样性研究(Selva-m anietal.,2001;C onod etal.,2002)。国内对鲍鱼基因组的研究甚少,李琪(2000)分离出8个皱纹盘鲍微卫星标记。根据本实验室建立的微卫星克隆方案对皱纹盘鲍微卫星D N A进行筛选和引物设计,为进一步的种群遗传分析和物种多样性鉴定提供基本资料。1材料和方法1.1皱纹盘鲍部分基因组文库的构建实验所用的皱… 相似文献
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RM206是与水稻抗白叶枯病基因Xa23紧密连锁的微卫星标记,应用该标记对含有Xa23基因的品种386(CBB23)、优良育种材料384、385和387,杂交种F1、F2及回交群体BC1、BC2进行多态性分析。结果表明,RM206的PCR扩增产物在4个亲本材料之间的多态性较好,这种多态性能在杂交后代群体F1、F2及回交群体BC1、BC2中得到保持,RM206扩增产物的显隐性带型之间的比率在杂交后代群体F1、F2及回交群体BC1、BC2中符合孟德尔分离定律。RM206标记在各育种群体中未出现偏分离现象。 相似文献
7.
采用磁珠富集法从AFLP片段中筛选微卫星标记,并对5个福建地方鸭品种的遗传多样性进行检测。基因组DNA用EcoRⅠ/MseⅠ内切酶酶切的同时与接头连接,酶切连接产物与用生物素标记的探针杂交,应用磁珠捕获100~2000bp含有微卫星序列的DNA片段并通过pGEM-T载体转化到大肠杆菌DH5a感受态细胞中,构建富集微卫星序列的基因组文库。随机挑选46个阳性克隆,测序获得14条含有微卫星的DNA序列并递交到GenBank（登录号：FJ599499~FJ599512）。设计合成14对微卫星引物,通过PCR优化从中选择5对引物用于5个福建地方鸭品种的遗传多样性分析。结果显示,5对微卫星引物共检测到31个等位基因,各微卫星基因座的有效等位基因数为1.969 7~2.834 4,多态信息含量和杂合度的平均值分别为0.5133和0.7480,遗传多样性丰富,说明磁珠富集法适合用于鸭微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的5个微卫星位点可作为有效的遗传标记用于福建省地方鸭品种遗传多样性的研究。 相似文献
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改进的拟南芥CAPS标记方法 总被引：2，自引：0，他引：2
苑克俊 《农业生物技术学报》2005,13(5):580-586
在模式植物拟南芥（Ambidopsis thaliana）的一种生态型Columbia（Col）中，存在大多数CAPS（切割扩增的多态性序列）标记的标记酶识别位点；而用于分析的酶中，只有37．5％～47．5％的酶在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点，超过半数的酶在大多数CAPS标记的开发中无作用。因此，建立了一种改进的开发CAPS标记的方法。首先进行限制性内切酶分析，筛选出在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点的候选酶，然后再在候选酶中筛选CAPS标记酶；只有在候选酶中找不到CAPS标记酶时，才在其它酶中筛选。应用实验结果表明，即使不知道拟南芥的另两种生态型Landsberg erecta（Let）和Cape Verde Islands（Cvi）的基因组序列，也可利用Col基因组序列开发Let和Cvi的CAPS标记，可节约超过500／0酶的费用。这种基于基因组的CAPS（geCAPS）方法在其它植物如水稻（Oryza sativa）和茶叶（Camellia sinensis）中的应用进行了讨论。 相似文献
9.
微卫星或简单序列重复（simple sequence repeats,SSRs）广泛存在于真核生物的基因组中,是目前最有用的分子标记之一。本研究首次利用全基因序列对4个禾本科植物种,包括二穗短柄草（Brachypodium distachyon）、水稻（Oryza sativa）、高粱（Sorghum bicolor）和玉米（Zea mays）的SSR的类型、丰度（数量）、相对丰度、频率、长度和偏好性等进行了分析和比较。结果表明,禾本科植物中SSR的丰度与基因组大小成正比,而相对丰度与基因组大小相关不显著;三核苷酸和六核苷酸基序类型比其它类型更为丰富;不同物种皆呈现出明显的基序偏好性。总的来讲,除个别例外,禾本科植物的基因组中更倾向于富含A/T的基序。本研究结果为研究禾本科植物的基因组进化和SSR标记的开发提供了有价值的信息。 相似文献
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微卫星是一类DNA标记 ,包括 1～ 5个核苷酸的不同数目串联重复。通过PCR扩增 ,可以获得不同等位基因微卫星侧翼序列之间准确的碱基长度。微卫星具有高的突变率 ,所以形成大量等位基因 ,使其特别适合于构建基因图谱或进行父权分析。作为共显性标记 ,可以用来进行群体遗传学研究 相似文献
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为探讨吉富罗非鱼（genetic improvement of farmed tilapia,GIFT）雌、雄群体间的遗传差异,本研究对国家级广西南宁罗非鱼良种场雌、雄吉富罗非鱼进行了遗传差异分析。研究结果表明,选取的11对SSR引物中有10对能获得稳定的目的条带;每个SSR基因座的等位基因数在2～4个之间,雌性罗非鱼的平均等位基因（Na）2.9个,稍高于雄性的2.8个;雌、雄吉富罗非鱼平均观察杂合度（HO）分别为0.4183和0.4154,多态信息含量（PIC）分别为0.4048和0.3932,属中度多态;雌雄个体间的遗传距离和相似性指数分别为0.0908和0.9132。此外,SSR基因座PRL-SO2在雄鱼中偏离Hardy Weinberg平衡（P〈0.005）。上述结果表明,吉富罗非鱼雌、雄群体的SSR多态性基本相同,推测这两者基因组间的差异较小。 相似文献
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微卫星标记在鱼类遗传及育种研究中的应用 总被引：8，自引：0，他引：8
微卫星标记在鱼类遗传多样性、种群遗传结构分析、基因组作图等方面的研究中发挥着较大的作用,并逐渐应用到鱼类分类、亲本鉴定及资源保护与育种等工作中。 相似文献
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本研究利用217个微卫星标记和336个SNPs标记对德国镜鲤F2代68个个体基因组DNA进行基因型检测。其中507个标记共组成62个连锁群,覆盖基因组总长度为2805．85cM,标记问平均距离为6-31cM;利用软件MapQTL4．0采用区间作图法对体重性状进行QTL定位分析。研究结果共检测到14个与体重性状有关的QTLs,分布于9个连锁群。其中BIV-5-J有最大的LOD值,为4．46;BIV—I-1的LOD值最小,为2．25。单个QTL平均解释表型变异介于14．10％～45．50％之间,其中贡献率大于20％的主效QTLs有9个。通过BLASTX与斑马鱼蛋白质序列数据库进行序列比对,找到了与斑马鱼酰基辅酶A脱氢酶蛋白、胰淀粉酶仅2蛋白、Apoebprotein和甘油醛-3-磷酸脱氢酶蛋白同源的分子标记。本研究结果对分子标记辅助育种具有重要应用价值。 相似文献
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邓向阳 《广西农业生物科学》2010,(4):754-760
农杆菌介导的转基因法是目前玉米遗传转化的主流方法之一。目前,模式玉米种质幼胚的转化体系已程式化,且开发了新筛选基因和获得不含筛选基因转基因玉米的方法,但是大多数育种骨干自交系转化频率低和转化受体基本上是幼胚。从农杆菌、受体及培养条件多方面各种因素对问题进行分析,多数研究认为针对特定基因型和受体材料建立好的受体再生系统,结合高效率农杆菌转化体系,获得多目的基因聚合（无其它外源片段）的转基因玉米将是农杆菌介导玉米转化体系研究的最终目标。本文主要从农杆菌介导（转基因）法应用于玉米遗传转化的历史、现状、问题等方面进行综述,为同领域的研究者提供一定的参考。 相似文献
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根据本实验室已获得的荔枝果皮cDNA文库EST序列,通过SSRIT在线检索,从3391条EST序列中,发现305条含有SSR,占整个文库EST的8.99%。利用SSR-ESTs序列共设计100对EST-SSR引物,其中62对在荔枝上有扩增产物,50对有扩增多态性,即具有一定的通用性。接着从96份荔枝种质中选取12个品种的基因组DNA,开展核心引物筛选,共筛选出多态性较好的EST-SSR分子标记30个;这30个EST-SSR分子标记在96份资源共扩出284条带,不同引物的扩增条带在3～18条之间,平均9.47条,其中有282条为多态性带,多态率高达99.30%,每对引物的Nei＇s基因多样度范围为0.186～0.396,香农信息指数范围为0.318～0.558;此外,系统聚类分析结果表明,在相似系数0.5525处,可将96份荔枝种质资源分成了8大类群,该8大类群基本与其生态类型和植物学性状特征相符。在此基础上,还对荔枝的主栽品种和特殊种质进行鉴别,结果表明,该30个EST-SSR分子标记在不同品种间可产生较清晰可辨的多态性差异,为荔枝品种以及种质资源鉴别和鉴定的分子指纹的构建奠定了良好基础。 相似文献
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Diqiu Liu Xiaoping Guo Zhongxu Lin Yichun Nie Xianlong Zhang 《Genetic Resources and Crop Evolution》2006,53(6):1145-1152
Asian cotton (Gossypium arboreum L.) was once widely cultivated in China. It has also been a valuable source of genetic variation in modern cotton improvement. In this study, the genetic diversity of selected G. arboreum accessions collected from different regions of China was evaluated by microsatellite (simple sequence repeats, SSRs) analysis. Of the 358 microsatellite markers analyzed, 74 primer pairs detected 165 polymorphic DNA fragments among 39 G. arboreum accessions examined. Twelve accessions could be fingerprinted with one or more SSR markers. With the exception of two accessions, DaZiJie and DaZiMian, genetic similarity coefficients among all accessions ranged from 0.58 to 0.87 suggesting high level of genetic variation in the G. arboreum collections. The UPGMA dendrogram constructed from genetic similarity coefficients revealed positive correlation between cluster groupings and geographic distances. In addition, comparison of the microsatellite amplification profiles of the diploid G. arboreum and tetraploid Gossypium hirsutum L. found that size distribution of amplified products in G. arboreum was dispersive and that of G. hirsutum was relatively concentrated. The information on the genetic diversity and SSR fingerprinting from this study is useful for developing mapping populations for constructing diploid cotton genetic linkage map and tagging economically important traits.Diqiu Liu, Xiaoping Guo: These two authors contributed equally to this work. 相似文献
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黄颡鱼微卫星标记筛选及特征分析 总被引：3，自引：0，他引：3
通过磁珠富集法首次筛选黄颡鱼微卫星标记并对其特征进行分析。用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7进行微卫星片断的富集,挑选部分阳性克隆测序获得38个含有微卫星的DNA序列,总计设计并合成了22对微卫星引物。以普通黄颡鱼基因组DNA为模板,进行PCR扩增,结果筛选出18个多态性微卫星标记,每对引物等位基因数2-8个（平均3.78）,遗传杂合度0.2225-0.8101（平均0.5755）,多态信息含量0.3425-0.7900（平均0.5336）。此外18对多态性微卫星引物中有16对在黄颡鱼属其它4种鱼类具有通用性,13对在鲇形目中的3种鱼类具有通用性。因此,可以推断筛选的多态性微卫星标记可用于黄颡鱼属和鲇形目鱼类的遗传分析。 相似文献
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Microsatellites and RAPD Markers to Study Genetic Relationships Among Cowpea Breeding Lines and Local Varieties in Senegal 总被引：2，自引：0，他引：2
Genetic diversity in local cowpea varieties and breeding lines from Senegal were studied using random amplified polymorphic
DNA (RAPD) and microsatellite (SSR) techniques. Among the 61 RAPD primers used, twelve show polymorphism. Fifteen of the 30
microsatellite primer pairs were polymorphic, detecting one to nine alleles per locus. The RAPD and SSR data were analyzed
both separately and in combination to assess relationships among genetic lines. Although RAPD provided information on levels
of genetic diversity, microsatellite markers are most effective in determining the relationship among cowpea accessions and
varieties. The SSR results support the genetic diversification of cowpea in Senegal and underscore their potential in elucidating
patterns of germplasm diversity of cowpea in Senegal.
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