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为了探究烟台黑猪SLA-DRA基因多态性,预测其蛋白质的结构并分析功能特征,采用PCR-SSCP、克隆测序和生物信息学等方法对SLA-DRA基因4个外显子的多态性、蛋白质的理化性质、结构域、蛋白质的空间结构和功能进行了预测和分析。结果显示:SLA-DRA基因exon 1、exon 2和exon 4共检测到11个SNPs,导致7个氨基酸发生变异,exon 3没有突变产生,exon 4的多态性最丰富。SLA-DRA基因编码区759 bp核苷酸共编码252个氨基酸和1个终止子。SLA-DRA基因蛋白质是一种偏酸性、不稳定、亲水性蛋白质,其二级结构是混合型,其中无规则卷曲最多。该蛋白质含有2个免疫球蛋白结合域、2个N-糖基化位点和10个磷酸化位点。功能分析显示:SLA-DRA基因蛋白质在信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答、生长因子等方面的几率均较高。研究结果可为猪的抗病分子育种候选基因筛选提供理论依据。 相似文献
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为了对罂粟BBE基因核酸及编码的蛋白质的性质进行预测分析,并构建罂粟BBE基因的三维结构模型。运用生物信息学方法对罂粟BBE基因的理化性质、亲/疏水性、信号肽、亚细胞定位、二级结构等进行预测,同时采用同源建模的方法对罂粟BBE基因的三维结构进行模拟,并将得到的模型用能量最小化原则优化,最后用Ramachandran Plot对模型进行评估。结果表明：罂粟BBE基因全长为5073 bp,编码一段长为535个氨基酸的蛋白质。BBE为富含Gly、Ser和Leu的酸性稳定类亲水蛋白,定位于液泡中,N-末端含有23个氨基酸的信号肽,α螺旋和无规则卷曲是罂粟BBE的主要二级结构元件。通过同源建模获得了合理的罂粟BBE三维结构模型。本研究为采用生物工程技术提高小檗碱的含量、开发小檗碱类抗菌药物奠定理论基础。 相似文献
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用RT-PCR方法从马铃薯中克隆了可溶性淀粉合成酶SSⅢ基因的cDNA片段,序列分析表明该cDNA片段全长为3 967 bp,开放阅读框为3 693 bp,编码1 230个氨基酸.核酸序列同源性分析表明,该cDNA与已发表的马铃薯SSⅢ基因(X94400)具有99%同源性,氨基酸序列同源性达98%.应用生物信息学软件对SSⅢ基因分析表明:其编码的蛋白质具有多个磷酸化位点;蛋白质二级结构预测显示,有369个氨基酸可能形成α-螺旋结构,249个氨基酸可能形成β折叠,102个氨基酸可能形成β转角,510个氨基酸可能形成无规则卷曲;通过亚细胞定位可知,它是一种含有75个氨基酸的叶绿体转运肽蛋白. 相似文献
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小麦Cyp450基因的电子克隆与生物信息学分析 总被引：3，自引：1，他引：2
为获得对小麦Cyp450基因及其编码蛋白质的理化性质与结构特性等,利用电子克隆方法克隆了一个新的小麦Cyp450基因,并对其编码的蛋白质进行了生物信息学分析。结果表明,该基因全长2155 bp,编码511个氨基酸;该蛋白序列的N端存在一个显著信号肽序列,属于CypX超家族,该蛋白定位于细胞质中,属于分泌途径中的信号肽蛋白,含有多个不同的磷酸化位点;二级结构以α螺旋（占48.14%）和无规则卷曲为主（占33.86%）,存在5个不稳定区,在85-511位处形成一个较大的球形蛋白域。该蛋白与大麦、二穗短柄草、水稻和高粱的同源Cyp450蛋白相似性较高,进化距离较近。获得了一个新的小麦细胞色素P450基因,并分析了其编码蛋白质的序列特性,为进一步实验克隆和研究其功能提供了理论基础。 相似文献
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葡萄VvWRKY71转录因子的生物信息学分析 总被引：1，自引：1，他引：0
WRKY转录因子在植物中广泛存在,参与了生长发育和逆境等多种生物学过程。利用生物信息学方法对葡萄VvWRKY71转录因子的理化性质、二级结构、保守结构域、亚细胞定位、功能和系统进化等方面进行了预测和分析。结果表明：该蛋白由311个氨基酸组成,分子量为34.8KDa,属于亲水性不稳定蛋白;蛋白质二级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋组成;其C端具有高度保守的WRKY结构域,亚细胞定位结果表明该蛋白位于细胞核,功能预测结果显示其主要参与了转录和转录调控过程。 相似文献
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旨在了解副干酪乳杆菌prcA基因的结构和功能,探明prcA基因与副干酪乳杆菌拟群体效应相关基因—自诱导肽编码基因之间的联系。通过PCR方法对副干酪乳杆菌中prcA进行扩增,并通过生物信息学方法对该基因的核苷酸组成、蛋白质构象等方面进行预测和分析。克隆得到的prcA基因全长为416 bp,包括一个138 bp的开放阅读框,编码45个氨基酸,蛋白分子量为5326.83 Da,等电点为4.85,是一种稳定蛋白,不含跨膜区,蛋白质的二级结构以α-螺旋、不规则卷曲和延伸主链组成,亚细胞定位预测显示该蛋白主要位于细胞外;prcA基因为副干酪乳杆菌拟群体效应相关基因—自诱导肽编码基因,负责细菌素生成的调控。 相似文献
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STAYGREEN(SGR)基因在植物叶绿素降解代谢过程中起重要作用。为探究苹果SGR2基因的生物学功能，利用RT-PCR技术从澳洲青苹成熟果皮中克隆得到MdSGR2基因，利用生物信息学分析软件对其编码蛋白进行了同源性、理化性质、蛋白结构、启动子顺式作用元件等预测和分析，并构建其植物超表达载体。结果表明，MdSGR2基因完整开放阅读框(ORF)cDNA序列为840 bp,编码279个氨基酸，该蛋白属于Staygreen超家族。理化性质分析表明，该蛋白分子质量为31.27 ku,等电点pI为8.52,属不稳定亲水蛋白。同源性分析表明，MdSGR2蛋白与秋子梨SGR同源性最高，达84.12%。蛋白质结构分析表明，该蛋白二级结构和三级结构主要由α-螺旋、无规则卷曲构成，二者比例分别为40.50%,44.44%。启动子分析表明，该基因启动子区域包含低温顺式作用元件、光响应元件和脱落酸、水杨酸、茉莉酸甲酯响应元件等诱导型顺式作用元件，说明MdSGR2基因可能受环境和激素等多种因素的调控。同时研究成功构建了MdSGR2基因植物超表达载体pCAMBIA2301-MdSGR2。 相似文献
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以大豆叶片总RNA为模板,利用RT-PCR方法,克隆获得大豆KCS基因序列。采用生物信息学方法对其进行预测分析,结果表明:大豆KCS基因的CDS序列长度为1533bp,编码510个氨基酸;大豆KCS基因编码的蛋白质理论分子量为57.1kD,等电点为9.03;该基因编码的蛋白具有两个完全跨膜结构;没有信号肽;其蛋白质二级结构中α螺旋占47.65%,无规则卷曲占35.88%,β折叠占16.47%;在进化关系上,与油茶、菟葵、苜蓿的亲缘关系相对较近,该研究结果可为大豆KCS基因结构和功能的进一步研究提供理论参考。 相似文献
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人参属植物鲨烯合酶编码基因及其氨基酸序列的生物信息学分析 总被引：1，自引：1，他引：0
利用生物信息学方法对GenBank中人参属9种植物鲨烯合酶的cDNA序列以及其编码的氨基酸序列的结构、理化性质、信号肽、疏水性、亲水性、亚细胞定位、跨膜结构域功能域和进化关系进行了初步预测和分析。结果表明：总体上人参属鲨烯合酶核苷酸序列相似性平均为96.245%,氨基酸相似性平均为95.5%。其二级结构预测结果显示9个鲨烯合酶氨基酸序列以α螺旋和无规则卷曲为主要组成部分。对9种人参属植物进行进化树分析发现可以分为2个亚族。对包括人参属9种植物在内的其他物种进行进化树分析可知,植物、动物、酵母分属不同的类群。通过分析人参属植物鲨烯合酶及其编码基因的生物信息学特征,可以为鲨烯合酶基因的克隆和遗传操作提供理论参考。 相似文献
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小麦作物查尔酮合成酶（CHS）及其基因生物信息学分析 总被引：1，自引：1，他引：0
对已在NCBI上注册的普通小麦、蓝粒小麦、天蓝偃麦草查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)核酸和氨基酸序列进行分析。利用生物信息学软件研究3种作物查尔酮合成酶的酶学特性,对其组成成分、理化性质、亚细胞定位、跨膜结构、分子进化、蛋白质二级结构和结构域进行预测和推断。3种作物查尔酮合成酶基因长度均约为1.2 kb,编码394个氨基酸,三者氨基酸同源性很高,在蛋白质的其他预测中,发现三者均为不稳定蛋白,疏水性较强,二级结构以α-螺旋为主,但其他结构中有所差异,在进化树中可以看出蓝粒小麦与长穗偃麦草亲缘关系较近。通过分析发现,小麦类作物查尔酮合成酶有着与其他植物中该酶相同的特性,为进一步研究其他特殊的小麦类作物相关酶及其基因提供理论依据。 相似文献
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百粒重是大豆产量的重要构成因子,在一定条件下与产量呈显著正相关。百粒重是一个复杂的数量性状,用传统的育种方法其遗传增益不明显。本研究对280份大豆品种多年多点田间鉴定,通过混合线性模型预测获得品种百粒重的最佳线性无偏预测值。同时利用分布在大豆全基因组的5361个SNP标记鉴定参试品种基因型,结合随机回归最佳线性无偏预测模型和交互验证方法,探讨了群体构成方式对大豆百粒重的全基因组选择预测准确度的影响。结果表明,大豆百粒重的全基因组选择预测准确度变化范围为–0.15~ +0.75;群体构成方式对百粒重的预测准确度影响明显;亚群内的预测准确度(0.24~0.75)高于亚群间(?0.15~ +0.29);当群体间遗传距离由0.1566增加到0.2201时,预测准确度下降27.87%;相比随机构建的训练群体,基于群体遗传结构构建的训练群体能将百粒重的预测准确度提高2.34%。本研究明确了大豆百粒重的全基因组选择预测准确度,阐明了群体结构对大豆百粒重的全基因组选择预测准确度的影响,为大豆分子育种提供了新的思路和方法。 相似文献
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对绒山羊和绵羊KAP1.4基因的编码区进行克隆与分析,在此基础上预测了KAP1.4蛋白的分子结构,为研究毛(绒)用性状的分子基础提供资料。结果表明,克隆测序获得绒山羊、绵羊KAP1.4基因编码区序列长度为579bp和549 bp,分别编码192个氨基酸和182个氨基酸。生物信息学分析表明,绒山羊和绵羊KAP1.4蛋白的基本理化特性方面无明显差异,属于非跨膜蛋白,信号肽的长度和裂解点相同,都具有1个蛋白激酶C磷酸化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和6个N端酰基化位点;蛋白的二级结构由β折叠、β转角和无规则卷曲构成。三级结构预测显示,绒山羊与绵羊KAP1.4蛋白在空间三维结构上存在显著差异,将会进一步影响其功能的发挥并成为调控产毛(绒)性状的影响因子。 相似文献
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牛ANGPTL2基因结构与功能的生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以牛的血管生成素样蛋白2(Angiopoietin-like protein2,ANGPTL2)基因为研究对象,运用生物信息学方法对其编码的蛋白质结构、理化性质及功能结构域进行分析。结果表明:牛ANGPTL2基因cDNA全长21 141 bp,最长开放阅读框为1 482 bp,编码493个氨基酸;序列比对结果显示,牛的ANGPTL2基因与人、家犬、鸭嘴兽、原鸡、斑马鱼、家马、小家鼠、野猪的核苷酸序列同源性分别为25.3%,24.7%,24.2%,24.3%,24.8%,24.9%,25.3%,25.5%;牛AN-GPTL2基因编码的氨基酸序列与上述其他动物的同源性分别为98.0%,96.8%,9.1%,6.3%,6.9%,51.9%,94.5%,98.2%;系统进化分析结果显示,在人、野猪、家犬、家马等动物中,牛的ANGPTL2基因与野猪的进化关系最为密切,亲缘关系最近;牛ANGPTL2蛋白中α螺旋较多,含有一个跨膜区。 相似文献
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基于遗传算法结合偏最小二乘的潮土碱解氮高光谱特征及含量估测 总被引：2，自引：0，他引：2
提取土壤碱解氮特征光谱是利用高光谱数据进行其含量估测的关键。对山东省典型潮土土壤样本测试高光谱并进行变换;采用遗传算法（GA）结合偏最小二乘法（PLS）,在筛选潮土碱解氮含量特征谱区的基础上,构建潮土碱解氮含量偏最小二乘（PLS）回归估测模型;优选最佳模型并与相关分析、逐步回归分析和单纯偏最小二乘回归分析的模型进行比较。结果表明：潮土碱解氮特征波段为449~469nm,988~1001nm,1065~1078nm,1716~1736nm,1912~1925nm,2213~2233nm,2262~2275nm;基于各输入光谱特征谱区构建的估测模型决定系数R 2均较高,其中基于反射率一阶导数光谱筛选的特征谱区,构建的模型精度最高,数据点（147个）为原始全谱的7.17%,建模R 2达到0.97,均方根误差RMSE为4.78mg/kg,验证R 2为0.95,RMSE为5.49mg/kg,对潮土碱解氮含量具有较好的预测准确性;在光谱变换形式中,反射率的一阶导数表现最佳;方法比较显示采用遗传算法结合偏最小二乘（GA-PLS）获得较高预测精度的同时,可简化模型。说明遗传算法结合偏最小二乘法（GA-PLS）,可有效筛选土壤碱解氮的特征波段,减少模型参与变量,提高估测精度。 相似文献
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应用BP神经网络对熏煮香肠质构的感官评定预测进行了改进。数学检验结果表明,建立的BP神经网络模型平方根误差(RMSE)和标准预测误差(%SEP)较低,显著低于多元回归模型,而偏差因子(B)f和准确性因子(A)f都在可接受范围。BP神经网络可以作为较好的预测模型,用于实际肉类工业中肉制品的质构感官评价,实现机械测定全部或部分代替感官评定的快速性、实时性、便捷性检测。 相似文献
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BP(Back Propagation) Neural networks is in the presence of the local optimization in the Neural networks training.The algorithm have slow convergence and the local convergence problem which impact the neural networks work performance.In order to cover these shortcomings and solves the size's hugeness and the low efficiency of the net problem in the traditional NN designing,the action principles of BP-Neural network's structure are analyzed,and a new method is formed which is confirmed from the Enhance genetic algorithms(EGA).The method can identify network configuration and network training methods.By adopting the number coding,self-adaptable multi-point variations operation,this method can effectively reduce the network size and the network convergence time,increase the network training speed.Tomatoes disease diagnosis examples illustrate the feasibility of this approach. 相似文献
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Stratification and Bearing Capacity Prediction Method Based on BP Neural Network for Foundation in Huaibei Plain 总被引：1，自引：0，他引：1
According to the features of stratification and obvious inhomogeneity in geological soil in Huaibei plain, BP neural network prediction method for stratification and bearing capacity calculation of multiple cross-bedded foundation was proposed. By comparing the results of drill sampling, static cone penetration tests and screw plate tests, plate loading tests, penetration resistance ps value was found as an evaluation index for stratification and bearing capacity prediction of cross-bedded foundation. Moreover, gradient descent algorithm and conjugate gradient algorithm BP neural network models were obtained, and the calculation results of the two algorithms were comparatively analyzed. The results show that penetration resistance value can be taken as an evaluation index for stratification and bearing capacity prediction of cross-bedded foundation in Huaibei plain. Gradient descent algorithm and conjugate gradient algorithm BP neural network models have good results for soil identification and bearing capacity determination, which can meet the accuracy requirements of actual engineering. However, the computational efficiency of gradient descent algorithm is significantly lower than that of conjugate gradient algorithm. 相似文献