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为了开发火焰兰(Renanthera coccinea)的SSR引物,进而开展海南岛火焰兰的种质鉴定、遗传多样性和群体结构分析。本研究采用三代测序技术首先获得火焰兰参考转录组,然后开发了火焰兰的SSR引物,最后基于SSR引物利用分子变异分析(AMOVA)、非加权组平均法(UPGMA)聚类、主坐标(PCoA)与群体结构分析等方法对来自海南岛不同地理分布的396份火焰兰资源进行研究。结果表明,所开发的17对三核苷酸多态性SSR引物能够有效地鉴别所收集的396份火焰兰种质。AMOVA分析显示,火焰兰群体间呈现极高程度的遗传分化,并且群体内的遗传变异高于群体间的遗传变异。群体结构分析显示,来自不同地理分布的海南岛火焰兰存在3个不同的基因库,而且绝大多数群体是独立进化的,只有少数群体存在遗传混合,这一结果与UPGMA和PCoA分析的结果基本一致。综上可知,本研究新开发的17对SSR引物有效鉴定了396份海南岛火焰兰种质,揭示了其遗传多样性和群体遗传结构,对火焰兰的种质资源保护和育种计划具有非常重要的参考价值。 相似文献
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对桂南、桂东南、桂西南“一流域二边线三大山”区域通过调研、走访和实地考察的方式,收集保存了以含B基因组为主的广西蕉类特色种质151份,其中粉蕉和大蕉占64.2％,并开展植物学、农艺学及品质性状等特性评价.结果表明,单穗净重超过20 kg的粉、大蕉种质占11.3％,其中粉蕉7份、大蕉4份.收集到低酸且高糖酸比的粉蕉种质1份;高类胡萝卜素且高花青素粉蕉种质1份;11份中矮干种质,其中粉蕉3份,大蕉8份.收集到稀有黄肉粉蕉1份;白肉粉大蕉1份.收集到的这些特异种质各具特色,均具有较高的科研价值和应用潜力.从收集的种质中经评价、筛选,选育出“金粉1号”、“银粉1号”新品种,并在生产上推广. 相似文献
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《分子植物育种》2021,19(17):5746-5754
本研究利用20对SSR引物,对贵州百里杜鹃保护区杜鹃属4个主要种包括马缨杜鹃、露珠杜鹃、大白杜鹃和皱叶杜鹃共120份材料进行遗传多样性分析,以明确贵州百里杜鹃保护区杜鹃属4个主要种的遗传多样性水平与种群遗传结构。结果显示,(1)共检测到等位基因(Na)101.25个,有效等位基因(Ne)共48.457个,多态位点百分数(P)、Shannon's多样性指数(I)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和固定指数(F)平均值分别为96.25%、1.037、0.287、0.515和0.420;(2)种群间的遗传分化、基因流和分子方差分析(AMOVA)结果表明,4个种群的遗传分化系数(Fst)的平均值为0.133,基因流(Nm)的平均值为0.218;百里杜鹃保护区4个主要种的遗传变异主要来源于种群内(78%),种群间遗传变异为22%,与遗传分化系数结果一致;(3)UPGMA聚类、NJ聚类以及主坐标分析(PCoA)结果相似,将百里杜鹃保护区内的4个主要种聚为3大支。本研究的结果表明,大白杜鹃的遗传多样性最高;遗传变异主要来源于种群内;露珠杜鹃和皱叶杜鹃的遗传距离最小,遗传一致度最高。研究将为杜鹃属杂交亲本选配、良种选育和资源保护提供重要参考。 相似文献
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为了解香蕉种质资源叶片表型性状的多样性,提高云南香蕉优异种质的保护和利用。对49份香蕉种质的18个叶片表型性状进行观测和描述,并对数据进行变异分析、Shannon-weaver多样性指数分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析。香蕉种质叶片表型数量性状的遗传多样性指数高于质量性状;数量性状变异程度高,香蕉种质间差异明显。相关性分析发现31对性状相关性达到极显著水平(P<0.01),18对性状相关性达到显著水平(P<0.05),叶片表型性状间互相影响,关系密切。进一步进行主成分分析,将18个叶片表型性状简化为6个主成分,前6个主成分累计贡献率为78.80%,反映了香蕉种质叶片表型性状的大部分信息。对49份香蕉种质进行聚类分析,在欧式遗传距离为10时香蕉种质分为4个类群,分别为丛生野生蕉、大蕉和粉蕉、野生蕉、香芽蕉,同时发现叶姿、叶柄基部边缘形状、叶柄基部斑块颜色、叶柄槽形状是区分不同类群的主要性状。香蕉种质资源叶片表型多样性丰富,分析筛选得到的11个性状为香蕉种质资源叶片表型性状多样性分析的关键指标。 相似文献
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基于SRAP标记的花椒种质资源遗传多样性及群体结构分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为探讨花椒种质资源的遗传多样性和群体结构特征,用SRAP分子标记技术对采自陕西、山西、云南、四川、甘肃5个种源地的269份花椒属样品的遗传多样性进行了研究。结果表明:从120对引物组合中筛选出了16对图谱带型清晰、丰富、重复性好的引物组合;269份花椒属样品用这些引物组合共扩增出169条清晰可重复的条带,其中多态性条带151条,多态性比率为93.8%;通过UPGMA分子系统聚类法,将269份花椒属种质划分为2个类群,即竹叶椒类群和花椒类群;在所研究的5个种源中,陕西花椒的遗传多样性水平最高,陕西和甘肃花椒的遗传距离最小,陕西和云南花椒的遗传距离最大;AMOVA分子变异分析显示,在花椒总的遗传变异中,种源内占74%,而种源间仅占26%;Structure群体遗传结构和UPGMA聚类结果一致,且种源间存在明显的基因交流现象。结果为花椒资源的收集、分类和鉴定工作以及育种工作提供了理论依据。 相似文献
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马尾松二代育种亲本主要生长性状和ISSR遗传变异 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究以国家马尾松种质资源库(浙江省淳安县姥山林场)马尾松二代核心育种群体内的36个亲本无性系为材料,研究其主要生长性状及ISSR遗传变异。马尾松二代育种亲本生长性状总体上优良,但生长性状在亲本无性系之间存在显著差异,表明二代育种群体具有丰富的表型性状变异。利用15个ISSR标记对36个二代亲本无性系进行分析,多态位点百分率(PPL)为83.33%。Nei's基因多样性(HE)为0.328,Shannon信息多样性指数(I)为0.476,亲本间分子遗传距离的范围是0.24～0.82,平均为0.414,在分子水平上证明马尾松二代育种群体遗传多样性较高,具有较好的高世代遗传改良潜力。基于Nei's无偏遗传距离进行UPGMA聚类,36个无性系中的35个聚在5个类群内,聚类结果与马尾松二代亲本的遗传背景、系谱关系及产地纬度部分吻合,证实了应用ISSR标记开展马尾松分子辅助育种的可行性。本研究为合理选配二代亲本、开展杂交育种提供一定借鉴。 相似文献
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《分子植物育种》2021,19(15):5189-5203
为有效保护和利用黔中地区大茶树种质资源,探索其遗传多样性,本研究以2 047份黔中地区大茶树种质资源为材料,对其树型、树姿、叶色等18个形态性状进行遗传多样性分析、主成分分析以及聚类分析并构建核心种质库。结果表明,黔中地区大茶树种质资源的形态性状具有较丰富的遗传多样性。数量性状中遗传多样性指数H'最高的是冠幅值,为1.13,均值为0.95,变异系数为29.41%～42.95%,均值为31.39%;质量性状中遗传多样性指数H'最高的是叶质,为0.81;主成分分析显示,6个主成分因子的累计贡献率为54.94%;无权重聚类分析显示(UPGMA) 2 047份资源被分为7个组群。用DARwin中的最大长度子树方法对黔中地区大茶树种质资源进行核心种质构建,结果显示在791处构建核心种质1群体,在1 248处构建核心种质2群体。本研究在调查这些大茶树形态性状的基础上,对其进行形态特征的系统鉴定以及遗传多样性分析,初步探索黔中地区大茶树种质资源的遗传多样性和遗传结构,旨在为黔中地区乃至贵州境内大茶树种质资源的创新利用提供理论参考。 相似文献
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以来自15个不同产地的150份苦参为材料,采用cpSSR分子标记技术探究不同产地苦参种质资源的遗传多样性。结果表明,18对cpSSR引物共扩增出311个条带,检测出97.47个等位基因,平均每对cpSSR引物扩增出17.28个条带。平均检测到的等位基因数（Na）为5.415,有效等位基因数（Ne）为4.395,Shannon?s信息指数（I）为1.535,多样性指数（h）为0.748,无偏多样性指数（uh）为0.832,多态信息含量（PIC）为0.886,PIC>0.5说明18对cpSSR引物具有较高的多态性。不同产地的苦参遗传多样性丰富,其中山西武乡土河坪种质（THP）的I为1.600,Ne为4.786,其他遗传多样性指数均较大,是遗传多样性较丰富的苦参产地。居群分子方差分析（AMOVA）表明,苦参种质内个体间差异大,苦参种质内遗传变异率大于种质间的。聚类分析、主坐标分析（PCoA）和STRUCTURE软件进行的遗传结构分析结果均将不同产地的苦参分为2个类群,并且分类结果有明显的地理相关性。第1类群中的9个苦参种质主要来自山西、河北、陕西和内蒙古等地,第2类群主要来自山东、河南... 相似文献
9.
《分子植物育种》2015,(11)
利用6条ISSR引物对内蒙古西伯利亚杏资源圃内选择的30个早花个体和37个晚花个体进行遗传多样性分析,共扩增出94个位点,其中多态性位点为92个。早花群体等位基因数(Na)为1.8936,有效等位基因数(Ne)为1.4579,多态性位点数为89.36%,Nei's基因多样性指数(H)为0.2716,Shannon多样性指数(I)为0.4148。晚花群体依次Na为1.9681,Ne为1.4594,PPB%为96.81%,H为0.2795,I为0.4306。西伯利亚杏晚花群体比早花群体具有更高的遗传多样性。早晚花群体间的遗传分化系数(Gst)为0.0308,总遗传变异的3.08%存在于群体间,96.92%存在于群体内,AMOVA分析也得到了相似结果,群体间的遗传变异是7%,群体内的变异为93%。早晚花群体间的基因流(Nm)为15.7585,群体间有很强的基因流。用NTSYS聚类软件对早晚花67个体进行了聚类,在相似系数0.652处聚成了晚花和早花两类;用Gen Al Ex软件进行主成分分析时,也聚成了晚花和早花两类。研究结果表明,西伯利亚杏晚花群体比早花群体具有更高的遗传多样性,早晚花群体间存在一定的遗传分化。 相似文献
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贵定鸟王种茶树资源农艺性状和品质性状多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了挖掘贵定鸟王群体种中的优良资源,本研究对已保存的13份贵定鸟王种茶树品系资源就18个农艺性状和14个品质性状进行了遗传多样性分析和资源评价。研究结果表明:贵定鸟王群体种农艺性状存在一定的遗传变异,多样性指数均值为0.68;品质性状存在丰富的遗传变异,变异系数均值为22.37%,多样性指数均值为1.69;聚类分析将研究材料分为三大类群,第一类群红绿茶兼制,第二、三类群适制绿茶;并筛选出高水浸出物资源8份,高氨基酸资源5份,低酚氨比资源3份,高EGCG资源1份。 相似文献
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H1N1亚型猪流感病毒SW/HN/405/10株神经氨酸酶基因来源的探究 总被引：1，自引：1，他引：0
为了研究H1N1亚型猪流感遗传演化与变异的特性,2010年2月从河南省某发病猪场采集疑似猪流感的病猪鼻拭子,通过鸡胚尿囊腔传代接种法分离病毒,利用血凝试验(HA)、血凝抑制试验(HI)及RT-PCR方法对病毒分离株进行鉴定,并对分离株的NA基因进行了序列扩增及遗传进化分析。结果表明：分离到一株H1N1病毒,命名为A/swine/Henan/405/2010(H1N1)(SW/HN/405/10);同源性分析结果发现：分离毒株NA基因与GeneBank中登录的类禽型H1N1流感病毒代表株有较高的同源性(92.1%~99.4%),与A /swine/ Hong Kong/ NS62 /2005的同源性最高;NA核苷酸序列分析发现：没有核苷酸插入或缺失,其酶活性中心,二硫键及糖基化位点高度保守,但抗原位点有变异;系统进化树分析发现：该分离株的NA基因与类禽型H1N1猪流感病毒进化关系最近且处于同一分支上。由此推测该分离株NA基因可能来源于类禽型H1N1猪源谱系,遗传特征相对稳定,但同时也发生了一定的变异,说明该分离株还在不断地变异和演化。 相似文献
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芽孢杆菌蛋白酶基因apr的克隆、 表达及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
【研究目的】克隆从新疆吐鲁番地区土样分离获得产蛋白酶菌株Bacillus tequilensis C9蛋白酶基因apr,建立蛋白酶基因异源表达体系。【方法】采用PCR技术克隆获得目的基因,利用生物信息学软件进行序列分析,构建pET-28a原核表达重组质粒,转化BL21大肠杆菌,37℃下IPTG诱导表达融合蛋白,测定酶活。【结果】蛋白酶基因apr全长1098 bp,与Bacillus subtilis aprE (AB734697)有98%的同源性,编码含有299个氨基酸残基的成熟蛋白,是易溶、亲水性较强的蛋白,属于Peptidases_S8_S53 superfamily蛋白家族,融合蛋白分子量为29 kDa,蛋白酶酶活为28.4 u/mL。【结论】试验为构建蛋白酶基因高效表达体系奠定理论基础。 相似文献
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摘要：昆虫细胞色素P450是一类在生物代谢中起重要作用的基因家族,承担着许多重要的生理功能,包括对植物次生物质代谢和杀虫剂的解毒等。本研究以玉米螟5龄幼虫总RNA为模板,根据不同昆虫P450基因家族保守氨基酸序列,设计并合成简并引物,利用RT-PCR扩增出了玉米螟细胞色素P450基因的中间片段,通过RACE技术获得玉米螟P450基因家族一员全长序列,将其克隆到pMD19-T载体进行序列测定。测序获得了编码523个氨基酸残基的2315 bp的全长cDNA,命名为OfP450(GenBank登录号：EU807990)。国际P450命名委员会将其定为CYP6AE25。本文还从生物信息学角度对CYP6AE25进行分析,分别从蛋白的理化性质、结构组成、信号肽、跨膜结构域、二级结构、三级结构与功能结构域等作了较为详细的分析与预测。进一步研究其高级结构与功能的关系提供理论依据。CYP6AE25蛋白与其它P450分子进化树分析结果显示,与昆虫CYP6家族同源性较高,与CYP其他家族的遗传距离较远,同源性较低。 相似文献
14.
研究旨在从分子生物学角度研究新城疫病原F基因,探究NDV F基因的遗传变异情况及其蛋白结构。提取新城疫病毒基因组RNA,根据GenBank中已知的NDV La Sota株序列设计引物扩增F基因,将其克隆到pMD18-T载体后进行鉴定,对鉴定正确的重组质粒pMD-NDV-F进行测序分析。应用生物信息学软件对新城疫病毒F基因进行系统进化树分析、氨基酸序列同源性分析、蛋白结构跨膜区分析及F蛋白三级结构的预测。核苷酸序列测定结果表明：F基因为1792 bp,共编码553个氨基酸;生物信息学分析结果表明：F基因在种属间具有较高的保守性,试验获得的F基因与NDV La Sota、Clone30、V4、B1等弱毒株的一致性较高,具有典型的弱毒株特性,F基因的氨基酸序列与新城疫病毒La Sota株F基因的序列同源性最高可达100%;F蛋白的三级结构预测结果显示：F蛋白部分片段与新城疫病毒F蛋白融合片段的相似性为96%。研究为新城疫病毒的分子病毒学研究奠定了基础。 相似文献
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蓖麻基因组Mlo基因家族成员的鉴定及其序列特征分析 总被引：1，自引：1，他引：0
Mlo基因家族是一类重要的植物抗病基因,而蓖麻基因组Mlo成员的鉴定和分析为进一步培育蓖麻抗病品种奠定基础。本研究通过系统地分析蓖麻基因组数据,从中共鉴定出16个Mlo成员,其中15个具有完整的ORF,1个序列缺失。对15个具有完整ORF的蓖麻Mlo基因进行结构分析发现,它们在序列长度上差异较大,但其编码蛋白均具有一个保守的Mlo结构域和6~7次跨膜结构,主要定位在细胞膜上。对蓖麻Mlo基因与其他物种的Mlo基因进行聚类关系分析,结果显示,可将蓖麻Mlo基因家族分为7类(Ⅰ~Ⅶ),其中第Ⅶ类只包含2个蓖麻Mlo基因(RcMlo8和RcMlo9),这可能是蓖麻中特有的一类Mlo;蓖麻RcMlo3、RcMlo2、RcMlo6和RcMlo12与已知的抗病Mlo基因分别聚在第Ⅳ和第Ⅴ类,这4个基因可能是蓖麻基因组中具有抗病功能的Mlo。本研究结果为进一步克隆蓖麻Mlo基因并研究其功能奠定了良好的基础。 相似文献
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海南普通野生稻NBS类抗病基因同源序列的分离与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用已知植物抗病基因NBS(Nucleotide binding site)序列中的保守区域设计简并引物,以海南普通野生稻基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过T/A克隆、测序和序列分析, 共得到4条具有连续ORF的抗病基因类似物(Resistance gene analogues, RGAs)序列,它们之间核苷酸序列间的相似性系数在53.14%-99.81%之间,而相应推测的氨基酸序列间的相似性系数在39.08%-99.42%之间。氨基酸序列进行结构分析表明,它们包括“P-loop”、“Kinase-2a”、“Kinase-3a”和“GLPL”4个抗病基因所共有的保守模体,并且4条海南普通野生稻NBS-LRR类似物均属于nonTIR-NBS类抗病基因片段。 相似文献
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中国野生葡萄抗寒基因的RAPD标记及其序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
以抗寒性存在差异的83份葡萄种质及3个杂交组合玫瑰香(Vitis vinifera)×黑龙江实生(V.amurensis)、北醇(V.vinifera×V.amurensis)自交、燕山-1(V.yes hanensis)×河岸-3(V.riparia Beaumont)的F1代122株为试材,进行了中国野生葡萄抗寒基因RAPD标记的研究。通过对110个随机引物的筛选,获得了2个与中国野生山葡萄抗寒基因相连锁的RAPD标记S241-670和S238-800。通过克隆、测序,这2个RAPD标记的实际长度分别是717bp和854bp,因此重新命名为S241-717和S238-854,其序列的GenBank登录号分别为GQ338290和GQ338289。经序列分析,S241-717与29条欧洲葡萄全基因组鸟枪序列有77%~97%的同源性,S238-854与6条欧洲葡萄全基因组鸟枪序列有82%~100%的同源性;二者分别编码欧洲葡萄的一种假定蛋白。RAPD标记S241-717和S238-854可用于葡萄抗寒育种的早期分子标记辅助选择。 相似文献
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‘秋天火焰’槭类黄酮糖基转移酶（UFGT）基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
UFGT（类黄酮糖基转移酶）是植物花色苷生物合成途径的最后一个酶。以槭树‘秋天火焰’秋季变色期叶片总RNA为模板,设计简并引物,采用RT-PCR方法,扩增出一条长397bp的cDNA片段,序列分析结果表明,该cDNA片段与GenBank中登录的荔枝、柑橘柚等物种的氨基酸同源性在70%左右,可知克隆到的核苷酸片段为槭树叶片UFGT基因的cDNA片段,Genbank登录号为KC140229。 相似文献
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工业大麻内生真菌菌群结构及其在植株内的空间分布特征 总被引：1，自引：1，他引：0
[目的]研究旨在探讨不同样地和不同部位大麻组织中内生真菌的多样性及其分布特征,[方法][结果]从4个不同样地大麻（云麻1号）的植株不同部位组织中共分离得到内生真菌531株,其中茎分离出138株,叶分离出393株。经形态学观察和ITS序列分子鉴定发现其分属于29个属,其中茎22个属,叶24个属。有18个属普遍存在于大麻茎和叶中,其中炭疽菌属是大麻的优势菌属,优势度为40.11%。大麻茎部的内生真菌分离率显著低于叶部,接近地面部分的大麻茎叶组织内生真菌分离率最高。4个样地大麻内生真菌多样性指数在1.84到2.46之间,不同样地中大麻内生真菌组成的相似系数普遍较高,同一样地中大麻茎与叶的相似性系数较小。[结论]结果表明,工业大麻（云麻1号）内生真菌多样性偏低、宿主专一性较小。 相似文献
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AutoSSR：大批量、高效开发和分析SSR基元的软件 总被引：1，自引：0，他引：1
为从大量的序列中快速发掘和利用简单序列重复(微卫星,SSRs),开发了一个软件工具——AutoSSR。该软件能够从一个包括大量FASTA格式的序列文件中发掘SSR,并分析不同SSRs类型的分布状况。与已开发的类似软件相比,该软件可以不受序列数量和不同系统平台的限制,高效、快速完成SSR信息的搜索和分析。利用该软件对GenBank上释放的来源于棉花、苹果和水稻的DNA序列进行了SSR发掘,得到了36000个SSRs。其中,对来源于棉花的SSRs信息,进一步利用Primer 3软件开发了位点特异性引物,为棉花基因组分析奠定了基础。 相似文献