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从福尔马林保存的牙鲆中克隆的18S rDNA进行系统发育分析的可靠性 总被引：1，自引：0，他引：1
从福尔马林保存的牙鲆和活体牙鲆肌肉组织中，利用基因拼接的方法首次克隆到1205bp和1295bp的长片段序列。福尔马林保存标本与活体标本DNA序列的同源率为82％；和活体标本的18S rDNA序列相比，标本DNA的碱基缺失率为7％，碱基替换比例为11％。利用福尔马林标本的18S rDNA同源性高的区域进行系统发育分析，表明其结果是可信的。 相似文献
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利用通用引物对中药材地龙的COI、16S rDNA片断进行PCR扩增、测序、分析,并构建系统进化树,将获得的中药材地龙CO Ⅰ、16S rDNA片断序列提交到GenBank中的DNA Barcoding数据库进行分析.结果显示:(1) 中 药材地龙CO Ⅰ片断的长度为682 bp.其中变异位点(SNP多态位点)有179个,多态位点约占片断总长的26％.碱基A+T的含量为58.8％、G+C的含量为41.2％.16S rDNA片断的长度为503 bp.其中变异位点有70个,多态位点约占片断总长的14％,碱基A+T的含量为62.4％、G+C的含量为37.6％;(2)获得CO Ⅰ序列的登录号为HQ405769-HQ405776,16s rDNA序列的登录号为HQ405777 -HQ405783;(3)中药材地龙DNA中CO Ⅰ序列的基因多态性比16S rDNA序列更显著,适合做为中药材地龙的DNA条形码. 相似文献
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采用PCR法从5省栽培裂叶荆芥种子DNA中扩增18S rDNA全序列并测序,采用DNASTAR软件对5省裂叶荆芥进行遗传距离分析;采用ClustalX及MEGA软件进行系统发育分析,NJ法绘制系统发育树.研究结果表明,裂叶荆芥18S rDNA全序列长1807 bp,5省裂叶荆芥18S rDNA序列一致性达100％.河北裂叶荆芥18S rDNA序列GenBank登录号为JN802671.系统发育树显示,5省裂叶荆芥18S rDNA序列形成单系群.首次获得国内5省裂叶荆芥18S rDNA全序列,一致性及系统发育分析显示5省裂叶荆芥为同一个品种. 相似文献
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从河北某兔场分离大型艾美耳球虫卵囊,CTAB法提取基因组DNA。利用艾美耳属球虫18S rDNA保守引物,PCR扩增大型艾美耳球虫18S rDNA片段,产物纯化后测序。将测得的序列用DNAStar软件分析并与GenBank中公布的11种兔球虫的相应序列进行同源性比较,绘制系统进化树。结果表明,扩增出大小约为1522bp的18S rDNA片段,序列分析显示河北株大型艾美耳球虫18S rDNA与GenBank公布的大型艾美耳球虫18S rDNA比对,同源性达99.6%;与国外的11种兔球虫相应序列同源性在92.4%～99.6%之间。 相似文献
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水稻橙叶病植原体16S rDNA基因的序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用植原体16S rDNA通用引物对水稻橙叶病发病植株的DNA进行了PCR扩增和基因克隆.序列测定表明,PCR扩增的片段全长为1 853 bp,包括1 527 bp的水稻橙叶病植原体(RYL)的16S rDNA基因全序列、234 bp的邻近间隔区的序列及部分(92 bp)23S rDNA基因序列.序列比较结果表明,RYL的16S rDNA全序列与其他植原体的相似性在88%～95%,其中与America aster yellows(AAY,GenBank登录号X68373)最高相似性为95%.利用最大简约法构建的16S rDNA系统演化树结果表明:RYL与AAY亲缘关系最近,同被聚类为翠菊黄化组(16Sr Ⅰ). 相似文献
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在鱼类分子系统学的研究中,常常会碰到样本难以采集而博物馆中保存的大量标本又因经过福尔马林处理而无法利用的难题,比如:鲟形目鱼类。为了研究鲟鱼的系统分类,获取福尔马林固定标本的线粒体基因组,我们将匙吻鲟(Polyodon spathula)样本用福尔马林进行不同时间的固定(1 h、1 d、3 d、10 d、30 d和150d),采用提取古DNA的方法获得样本的DNA,以新鲜匙吻鲟线粒体基因组设计诱饵(Baits),通过靶基因富集"钓取"固定样本中的线粒体基因组序列,进行Illumina测序,获得线粒体基因组序列。结果表明处理1 h、1 d、10 d、30 d、150 d的匙吻鲟样本测得的线粒体基因组序列长度均为16 524 bp,覆盖率为100%,目标序列占总数据的比率均大于45%,错误率均为0。另外,采用Q-ratio方法检测固定时间对DNA片段化的影响:前端引物保持不变,设计4种右端引物分别进行PCR扩增,目标片段长度分别为41、129、305和650 bp。结果前3组引物在各样本DNA中均扩增成功,650 bp片段引物仅在固定1 h的样本DNA中扩增成功;固定时间越长,各组引物所得到的Q-ratio值(不同长度扩增片段和41 bp扩增片段的比值)越低,DNA片段化程度越大。此研究结果可为提取福尔马林固定标本DNA用于分子遗传学研究提供参考。 相似文献
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雷天刚 《西南大学学报(自然科学版)》2013,35(8):055-060
以18个甜橙品种为材料,采用克隆测序法对其核糖体 DNAITS进行序列测定,并用 DNAStar软件进行序列分析.结果显示,甜橙ITS序列的长度为693~694bp,其中ITS1长272bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为257~258bp.甜橙品种间ITS序列的相似性较高,相似率为97.7%~100%.同时发现18个甜橙品种ITS序列中存在20个碱基变异位点,其中ITS1和ITS2序列中各含10个,而5.8S序列中没有碱基变异.根据这些碱基变异位点可鉴别出供试材料中的12个甜橙品种. 相似文献
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用特异性引物扩增测得字纹弓蟹与无斑斜纹蟹核18S rDNA基因片段长度分别为1769 bp和1771bp,两条序列的A、T、G、C碱基含量分别为434 bp(24.5%)、418 bp(23.6%)、479 bp(27.1%)、438 bp(24.8%)和433 bp(24.4%)、422 bp(23.8%)、479 bp(27.0%)、437 bp(24.7%),且同一序列的A、T含量基本相同。经对位比对共1 772个位点,存在33个变异位点,其中9个转换、20个颠换和4个缺失/插入,结果表明,18S rDNA序列较为保守,适合用于高阶元的系统发生关系分析。 相似文献
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为准确进行药用石斛资源鉴定,阐明属内的种间关系,以32个药用石斛样品基因组DNA为模板,采用rDNA ITSPCR扩增、测序、分子遗传进化分析等方法,研究了供试药用石斛间的遗传多样性.结果表明:32个石斛样品的ITS序列(只包含ITS1、5.8S rDNA ITS和ITS2)长度变化范围在632～645 bp之间,ITS1长度为225～234 bp,GC含量为43.8％～53.1％,变异位点198个、占总位点81.48％,简约信息位点138个、占总位点56.79％;ITS2长度为240～247 bp,GC量为47.0％～55.9％,变异位点183个、占总位点72.90％,简约信息位点123个、占总位点49.00％.建立了28种药用石斛(共32份)rDNA ITS区碱基全序列数据库,为石斛的分子鉴定提供了依据. 相似文献
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[目的]对严重危害斑石鲷鱼苗的卵鞭虫病病原——渤海分离株(Bohai-1407 isolate)进行分子生物学鉴定和系统发育分析。[方法]设计4对特异性引物,应用PCR方法克隆并测定渤海分离株的核糖体DNA(rDNA)序列;应用Blast比对分析渤海分离株rDNA的结构;依据rDNA序列,分别构建10种胚沟科鞭毛虫和19株眼点淀粉卵涡鞭虫分离株/克隆的系统发育树,分析渤海分离株的系统分类地位。[结果]扩增出了渤海分离株的4个DNA片段,拼接出长度为6 530 bp的r DNA操纵子序列;该操纵子由74 bp的部分外转录间隔区(ETS)、1 813 bp的小亚基(SSU)、352 bp的内转录间隔区1(ITS1)、159 bp的5.8S、698 bp的内转录间隔区2(ITS2)和3 388 bp的大亚基(LSU)串联而成,3'端还有46 bp的部分非转录间隔区(NTS);渤海分离株与眼点淀粉卵涡鞭虫宁德株(Ningde1412)的rDNA序列相似性高达99.5%;依据SSU序列建立了包含10种胚沟科鞭毛虫的系统发育树,渤海分离株与世界各地分离到的眼点淀粉卵涡鞭虫聚类在一起,将其鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫;依据ITS1和ITS2序列建立了包含19株眼点淀粉卵涡鞭虫的2个系统发育树,渤海分离株与从美国弗罗里达盐水池塘中分离到的墨西哥湾分离株FL_21(DQ490260.1)总是聚类在一起。[结论]斑石鲷卵鞭虫病的病原——渤海分离株可以鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫,该分离株与墨西哥湾分离株FL_21的亲缘关系最近。 相似文献
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我国黄淮麦区10个短体线虫样品种类的分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】短体线虫(Pratylenchus spp.)是植物根系内迁移性寄生线虫,可引起许多作物的根腐线虫病,给世界农业生产造成了极大的危害。为明确我国黄淮麦区与禾谷孢囊线虫复合侵染小麦的短体线虫种类,本研究对采自黄淮4省麦区的10个短体线虫样品进行种类的分子鉴定,分析种群系统进化关系及种内遗传变异,以期为我国小麦根部线虫病害的综合防治提供指导。【方法】对采自江苏、安徽、河南和山东4省小麦孢囊线虫发病田中的10个小麦短体线虫样品进行线虫分离,从各样品中随机挑取5条短体线虫,分别提取单条线虫DNA,扩增r DNA 18S片段并进行测序比对,选取序列有代表性的2个DNA样本进一步扩增其r DNA 28S D2-D3区以及mt DNA-COI基因片段,经序列比对分析后,利用MEGA4.0软件采用邻接法分别构建基于r DNA 18S、28S D2-D3和mt DNA-COI序列的系统进化树,通过聚类关系及相似度分析确定线虫种类,同时利用种特异性引物进行验证。【结果】扩增挑取的50条短体线虫的r DNA 18S区片段,测序得到片段长度在857—935 bp,BLAST比对分析揭示部分样品可能为短体线虫的混合种群;进一步测定的20个代表性DNA样本的r DNA 28S D2-D3区和mt DNA-COI基因的片段长度分别在771—784 bp和415—417 bp;系统进化树以及相似度分析揭示我国黄淮流域4省麦区10个短体线虫样品中有咖啡短体线虫(P.coffeae)、落选短体线虫(P.neglectus)和斯克里布纳短体线虫(P.scribneri),其中,江苏沛县样品JS2和山东潍坊样品SD1是落选短体线虫单一侵染样品,河南永城样品HN2和安徽淮北样品AH3是咖啡短体线虫单一侵染样品,安徽萧县样品AH2、AH5和淮北样品AH4以及河南永城样品HN1和HN3均为落选短体线虫和咖啡短体线虫的混合侵染样品,江苏徐州样品JS1是落选短体线虫和斯克里布纳短体线虫的混合侵染样品。用SCAR特异性引物扩增20个短体线虫单条DNA样本,结果显示,用落选短体线虫特异性引物PNEG-F1/D3B5能够从JS1-2、JS2-1、JS2-2、AH2-2、AH4-1、AH5-1、HN1-2、HN3-2、SD1-1和SD1-2等10个样本中扩增出140 bp的单一条带,用咖啡短体线虫引物PC1/PC2能够从AH2-1、AH3-1、AH3-2、AH4-2、AH5-2、HN1-1、HN2-1、HN2-2和HN3-1等9个样本中扩增出630 bp的单一条带,用斯克里布纳短体线虫引物Ps F7/Ps R7从JS1-1中扩增出130bp的单一条带,种类鉴定结果与上述序列分析结果相一致。【结论】我国黄淮流域4省小麦孢囊线虫发病田中的短体线虫种类有咖啡短体线虫、落选短体线虫和斯克里布纳短体线虫,其中落选短体线虫是优势种,证实了短体线虫不同种群复合侵染小麦的现象较为普遍。基于mt DNA-COI基因构建的系统进化树可以有效区分短体线虫的近缘种,相比r DNA 18S和28S基因更适于作为短体线虫种类鉴定的分子靶标。 相似文献
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Phylogenetic Relationships of Sorghum and Related Species Inferred from Sequence Analysis of the nrDNA ITS Region 总被引：3，自引：0，他引：3
GUO Qiong-xia HUANG Ke-hui YU Yun HUANG Zhen WU Zhen-quan 《中国农业科学(英文版)》2006,5(4):250-256
Analysis of phylogenetic and evolution in six species of Sorghum was based on internal transcribed spacer （ITS） sequences in nuclear ribosomal DNA. Results showed that the length of the ITS regions among the six species ranged from 588 to 589 bp and the contents of G＋C in ITS （ITS1 ＋5.8S＋ITS2） regions ranged from 60.27 to 61.05%; the length of ITS1 ranged from 207 to 208 bp and the contents of G ＋ C in the ITS 1 regions ranged from 53.91 to 61.54%. The length of the 5.8S rDNA and ITS2 regions in the six species was 164 and 217 bp respectively, and the contents of G ＋ C ranged from 56.10 to 58.54% in the 5.8S rDNA region and 66.36 to 67,28% in the ITS2 region. Among regions of ITS, ITS1, ITS2, and 5.8S, the best sequence for genetic relationship analysis in the six species was the ITS region. On the basis of the Jaccard coefficient and phylogentic tree, S. sp. was more related to S, propinguum than to other species. This was consistent with the fact that S. sp. is derived from S. propinguum. From the phylogenetic tree based on ITS1, S. halepense, silk sorghum and S. sudanense, are identical in the ITS 1 sequence, whereas the phylogenetic tree based one shows that S. sudanense has a closer genetic association with S. almum rather than with S. halepense and silk sorghum. 相似文献
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从河北某兔场单卵囊分离肠艾美耳球虫并接种无球虫兔进行增殖,CTAB法提取肠艾美耳球虫卵囊基因组DNA.利用艾美耳属球虫18S rDNA保守引物,PCR扩增肠艾美耳球虫18S rDNA片段,产物纯化后测序.测得的序列用DNAstar软件分析并与GenBank公布的11种兔球虫(EF694007-EF694017)的相应序列进行同源性分析,并绘制系统进化树.结果表明,扩增出的18S rDNA片段大小为1 521 bp.序列分析显示,肠艾美耳球虫河北株18S rDNA与GenBank公布的11种兔球虫相应序列同源性为92.6%～99.9%,肠艾美耳球虫河北株与国外肠艾美耳球虫(EF694012)18S rDNA相似性达99.9%.系统发育进化树显示,肠艾美耳球虫河北株与肠艾美耳球虫(EF694012)亲缘关系最近. 相似文献
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初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%. 相似文献
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[目的]采用植原体16S通用引物建立枣疯病植原体PCR检测体系.[方法]采用植原体16S rDNA通用引物R16mF1/R16mR1,对陕西和山西具有枣疯病的枣树植株总DNA进行PCR扩增,获得了相关的枣疯病植原体序列.采用DNAMAN软件分析其同源性,绘制系统进化树.运用pDRAW32软件对17种具有16S rDNA分组的典型的限制性内切酶进行计算机模拟RFLP,确定枣疯病植原体同源性关系.[结果]从陕西和山西的枣疯病的植株中,分别得到1 433 bp和1 432 bp的条带,与已报道的枣疯病植原体比较,同源性达到99;以上,而与其他植物的植原体16S rDNA同源性多低于93;,并且与16S rDNA V-B组的遗传距离最近.pDRAW32软件模拟RFLP结果表明它们和已报道的JWB的RFLP图谱相似.[结论]枣疯病植原体归属于16SrDNA V-B,为枣疯病植原体PCR检测体系提供了理论基础.RFLP分析进一步验证了枣疯病植原体属于16SrDNA V-B,具有随地域变异性较小的特性,这将有利于不同地区枣疯病检测技术的建立. 相似文献