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1.
采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。 相似文献
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雷琼牛母系起源的遗传学证据 总被引：2，自引：0，他引：2
在测定雷琼牛线粒体Cyt b基因全序列的基础上,引用其它牛种的序列资料,以探讨雷琼牛的起源演化。雷琼牛Cyt b基因全长1 140 bp,存在2个突变位点,碱基A＋T的平均含量（56.8%）明显高于碱基G＋C的平均含量（43.2%）,第3密码子表现出较强的碱基组成偏倚。以Cyt b基因单倍型序列构建的系统发育树表明,雷琼牛3个地域群Cyt b基因所有的单倍型都与瘤牛聚为一类,从母系遗传的角度确认雷琼牛起源于瘤牛。Cyt b基因单倍型间的进化网络关系分析发现,雷琼牛与亚洲其它地区的瘤牛共享一条祖先序列,表明它们可能是在不同的地点由野生的瘤原牛独立驯化而来的,进一步推论中国南方某些地区在史前也应该是一个独立的瘤原牛驯化中心。 相似文献
4.
中国西南马mtDNA ND4基因遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究旨在分析mtDNA ND4基因在中国西南马的遗传多样性.对中国西南马6个品种(类群)142个个体的线粒体DNA ND4基因部分序列进行PCR-SSCP和序列分析.结果表明,拼接后的西南马mtDNA ND4基因序列大小为679 bp,A+T含量(55.7%)高于G+C含量(44.3%).共检测到11个核苷酸变异位点,这些变异位点可归纳为6种单倍型.核苷酸平均多样度为0.638%,表明受试西南马mtDNA遗传多样性并不十分丰富.对各单倍型进行聚类分析,结果提示中国西南马起源于2个母系祖先. 相似文献
5.
为了探讨我国胎生蜥蜴(Zootoca vivipara)种群的遗传多样性,试验采用分子生物学的方法测定我国3个胎生蜥蜴种群(黑龙江呼玛、内蒙古额尔古纳和新疆布尔津)共36只个体的线粒体Cyt b基因全序列和D-loop区部分序列。结果表明:胎生蜥蜴Cyt b基因全序列长度为1 143 bp,A、T、G、C4种核苷酸碱基含量的平均值分别为29.46%、34.15%、11.66%和24.73%,共包括8个单倍型;Dloop区部分序列长度为712 bp,A、T、G、C 4种核苷酸碱基含量的平均值分别为27.48%、39.23%、11.22%和22.04%,共包括4个单倍型。其中内蒙古额尔古纳种群的单倍型数量多,遗传多样性高;而新疆布尔津种群的单倍型数少,遗传多样性低。 相似文献
6.
采用PCR产物直接测序技术对重庆地区117群东方蜜蜂样品的线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)420 bp长度序列进行了分析。结果显示:在所得到的序列中共检测到11个核苷酸多态位点,其中单一变异位点2个,简约信息位点9个,序列突变率为2.62%,序列T,C,A,G平均含量分别为44%,14.2%,32.9%,8.9%,共定义8种单倍型,单倍型多样度为0.773±0.021,核苷酸多样度为0.003 82±0.000 32,单倍型网络关系图揭示重庆地区东方蜜蜂群体没有明显的遗传分化。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2014,(13)
为了分析滩羊线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)和细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ(COⅡ)基因的遗传多样性,试验采用PCR扩增、12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、Sanguinetti银染法显色的方法对宁夏地区3个品种绵羊(滩羊、小尾寒羊和蒙古羊)群体遗传多样性进行检测,统计各群体的等位基因组成,利用等位基因频率计算各群体的多态信息含量(PIC)。结果表明:Cytb和COⅡ基因在3个绵羊群体中具有多态性,Cytb基因出现CC、CD、DD 3种基因型,C等位基因频率为0.34,D等位基因频率为0.66,PIC为0.348 1,达到中度多态;COⅡ基因出现EE、EF、FF、EH、FH 5种基因型,E等位基因频率为0.34,F等位基因频率为0.47,H等位基因频率为0.19,PIC为0.625 6,达到高度多态。将滩羊、小尾寒羊和蒙古羊Cytb基因与COⅡ基因序列进行分析对比,分别在202 bp、47 bp、157 bp处发现变异位点。 相似文献
8.
《上海畜牧兽医通讯》2015,(6)
为建立一种快速鉴别滩羊与其他种品种羊的方法,试验采用PCR和DNA测序的方法对5个绵羊品种线粒体COI基因进行检测。结果显示:滩羊与特克塞尔、萨福克、蒙古羊、小尾寒羊在品种间出现3个变异位点,分别是在136位点G/A和1 179位点的C/T以及1 395位点的C/A,均发生了转换。结果表明:在136、1 179、1 395bp 3处变异位点可以用于滩羊与其他绵羊种的鉴别。 相似文献
9.
《黑龙江畜牧兽医》2014,(1)
为了分析宁夏地区主要绵羊品种的遗传多样性及系统发生关系,试验采用PCR扩增,12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、Sanguinetti银染法显色的方法,对宁夏地区3个绵羊品种(滩羊、小尾寒羊和蒙古羊)群体遗传多样性进行检测,统计各群体的等位基因组成,利用等位基因频率计算各群体的多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离。结果表明:D-loop环在3个绵羊群体中的PIC达到中度多态,可以作为有效的遗传标记用于各绵羊品种的遗传多样性及系统发生关系的分析。运用遗传距离(D A)将绵羊品种进行分类,滩羊与蒙古羊遗传距离最近,滩羊与小尾寒羊的遗传距离最远,聚为两类。各绵羊品种的分子系统发生关系与其来源、育成史、分化及地理分布基本一致。 相似文献
10.
为探究石岐鸽的遗传多样性和母系起源，研究对60只石岐鸽线粒体DNA(Mitochondrial genome,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因进行PCR扩增和测序，并结合GenBank中鸽Cytb基因序列进行系统发育分析。结果显示：石岐鸽mtDNA Cytb基因序列全长为1 143 bp，碱基T、C、A和G的平均比例分别为24.57%、35.79%、27.36%和12.28%；单倍型多样性为0.782±0.029，核苷酸多样性为0.001 69±0.000 04，平均核苷酸差异为1.927；共发现11个变异位点，其中8个为单一变异位点，3个为简约信息位点，基于变异位点定义了8种单倍型；石岐鸽和原鸽分为A和B两个分支，石岐鸽只分布于A分支。研究表明石岐鸽具有较高的线粒体遗传多样性，母系来源单一。 相似文献
11.
利用mtDNA Cytb基因为标记,研究不同鸽种的亲缘关系和遗传多样性。研究结果:通过对6个鸽种样本Cyt b基因进行PCR扩增和测序,采用生物信息学方法进行数据处理分析,结果显示所有样本中A、G、C、T碱基平均含量分别为26.5%、13.4%、34.8%、25.3%;共发现变异位点数为371个,变异类型为转换和颠换;共发现38个单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.997,平均核酸多样性(Pi)为0.11373;6个品种之间双参数遗传距离为0.000~0.018,其中王鸽与石岐鸽之间遗传距离最小,岩鸽与蓝环鸽及卡奴鸽间遗传距离最大。结合NCBI上已发表的34个鸠鸽科同源序列进行聚类分析,表明6个家鸽品种只有一个单一的起源。 相似文献
12.
本试验旨在利用基因组扫描策略和DNA混池测序技术分析小尾寒羊线粒体基因组遗传变异.结果表明,小尾寒羊线粒体基因组编码区共有95个变异位点,多肽编码区除ATPase8基因无突变外,其余12个多肽编码基因均有突变位点,变异位点总数为83个,错义突变为19个,分别为:T3544A、T4209C、C7501A、A8040G、G8265C、A9376G、C9975T、G10119A、G10938A、G11046A、G12571C、G13041A、C13576T、T13588C、C13777T、C13789T、T13837C、T13855C、A13876G.12S rRNA区域有3个变异位点,分别为:T281C、C291T、A538G;16S rRNA区域有5个变异位点,分别为:A1099T、T1112C、T2200C、C2444T、T2635C;tRNA区域有4个突变位点,分别为:tRNA-Tyr (G5295A)、tRNA-Lys (T7720G)、tRNA-His (C11607T)、tRNA-Ser (G11669A).由此可知,小尾寒羊线粒体基因组编码区多态性较丰富,该试验结果为核外遗传效应研究提供了分子生物学基础. 相似文献
13.
《家畜生态学报》2017,(7)
为了解中甸牦牛的遗传多样性,使其遗传资源能够得到合理开发利用,本研究对中甸牦牛15个个体mtDNA ND6基因和COⅢ基因全序列进行测定,使用MEGA5.0、DNASP5.0、Clustal X1.83等软件分析了核苷酸多样性、单倍型多样性等遗传多样性指标。结果表明:(1)中甸牦牛ND6基因全序列长528bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均含量为20.8%、42.2%、7.6%、29.4%,存在一定的碱基组成偏倚性;COⅢ基因全序列长度为781bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例为29.2%、26.1%、15.2%、29.5%。(2)在15个中甸牦牛个体的ND6基因序列中均未发现单倍型及变异位点,表明中甸牦牛mtDNA ND6基因的遗传多样性较为贫乏;在COⅢ基因序列中发现了3个单倍型,4个变异位点,其中2个转换,2个颠换。(3)在构建的系统进化树中,中甸牦牛首先与麦洼牦牛等家牦牛聚为一类,说明其属于家牦牛,其次与野牦牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛亲缘关系较近;由遗传距离分析可知,中甸牦牛与野牦牛距离最小,与亚洲水牛距离最大。此结果进一步支持了将牦牛和野牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点。 相似文献
14.
在甘肃省天祝藏族自治县采集12只达乌尔黄鼠(Spermophilus dauricus),PCR产物直接测序获得Cyt b基因1140bp序列,采用Clustal X 1.84、MEGA 6.0、Dna SP 5.0等生物信息学软件进行了序列特征和系统地位分析。结果显示,达乌尔黄鼠Cyt b基因含116个多态信息位点,群体中多态位点类型有转换、颠换,Cyt b基因T,C,A,G碱基含量分别为33.7%,25.9%,27.6%,12.9%。基于Kimura双参数的遗传距离显示,属内种间大黄鼠(Spermophilus major)与新疆黄鼠(Spermophilus fulvus)间遗传距离最小(0.034),高加索黄鼠(Spermophilus musicus)与达乌尔黄鼠最大(0.172),达乌尔黄鼠群体内遗传距离为0.140,种群分化较大,基于NJ法构建的系统进化树符合传统分类标准,研究为达乌尔黄鼠Cyt b基因标记的种群遗传学应用提供了参考。 相似文献
15.
为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。 相似文献
16.
中国五个绵羊群体mtDNA D-环遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨中国绵羊mtDNA D-环遗传多样性,通过PCR扩增和测序技术,对中国五个绵羊群体mtDNA D-环全序列进行研究,发现这五个绵羊群体mtDNA D-环碱基组成:A、T、G、C平均含量分别为34.66%、28.94%、13.90%、22.50%,(A+T)%含量明显高于(G+C)%含量,碱基突变以转换/颠换为主,且在绵羊mtDNA D-环区存在75bp的重复序列,含有4个重复序列是中国绵羊的基本特征;遗传距离分析结果显示,甘肃滩羊与其他中国绵羊群体之间的遗传距离较大,为0.0459～0.0573,其他四个绵羊群体之间遗传距离相对较小,为0.0246～0.0342,核苷酸多样度Pi为0.0323%,说明这五个绵羊群体mtDNA D-环遗传多样性均较贫乏,应该对其遗传资源进行保护. 相似文献
17.
为探讨深县猪群体内的遗传多样性及母系起源分化,采用PCR直接测序法测定了40头深县猪的mtDNA CytB基因长1 140 bp片段的全序列,并结合GenBank已公布的15个猪种mtDNA CytB基因全序列,采用邻接法构建深县猪、部分其他地方猪种和引进猪种的系统发育树。结果显示,在1 140 bp长的序列中A、T、G、C的含量分别为25.93%、31.72%、28.90%及13.45%,其中A+T的含量(57.65%)高于G+C的含量(42.35%);共发现2个变异位点,无插入和缺失突变,全部为转换位点,其中简约信息位点2个,未发现单一信息位点。40条序列共定义了3种单倍型,单倍型多样性(HD)为0.312,核苷酸多样性(Pi)为0.00026,平均核苷酸差异数(K)为0.327。在深县猪mtDNA CytB基因全序列NJ进化树中,三种单倍型聚为同一分支,母系来源单一,与莱芜猪、大蒲莲猪等山东品种遗传距离较近。结果表明,深县猪群体内遗传多样性比较贫乏,与山东地区的华北型黑猪种群有更近的亲缘关系。 相似文献
18.
《畜牧与兽医》2017,(4):12-18
旨在分析河北小尾寒羊线粒体基因组变异和遗传多样性,采用线粒体基因组测序方法获得线粒体基因组序列,进行编码区变异分析;利用群体遗传学方法对非编码区进行遗传多样性分析。结果表明:河北小尾寒羊线粒体基因组编码区共发现183个变异位点,其中多肽编码区156个,r RNA基因19个和t RNA基因8个;多肽编码区发现同义突变128个,错义突变28个。非编码区共发现81个变异位点,核苷酸多样性为(0.022 22±0.006 93),单倍型多样性为(0.996±0.015),83只个体构成的65种单倍型,聚为3个单倍型群:A单倍型群包括35只个体,其中9只河北小尾寒羊,26只山东小尾寒羊;B单倍型群包括38只个体,其中13只河北小尾寒羊,25只山东小尾寒羊;C单倍型群为10只山东小尾寒羊,该单倍型群为一个独立类群。3个单倍型群A、B和C的频率分别为0.42、0.46和0.12。由此说明河北小尾寒羊遗传多样性较为丰富,与山东小尾寒羊存在基因交流。 相似文献
19.
兴义矮脚鸡GH基因的多态性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
兴义矮脚鸡为贵州特有的地方品种鸡.本研究对兴义矮脚鸡GH基因上第一外显子和部分第一内含子序列直接测序进行多态性分析.结果表明,在扩增出来的777 bp序列中,A、T、G、C碱基的平均含量分别为28.1%、23.9%、24.9%和23.1%.A+T的含量(52%)略高于G+C的含量(48%);总共发现10个变异位点,占分析位点总数的1.287%,这些变异位点分别为C124T、T319G、T321C、G333A、A364G、A464C、A507C、C508A、T541C和T630C,其中C124T突变点位于5'端调控区,其余突变点都集中在第一内含子上,均为转换,表现较高的转换偏向. 相似文献
20.
4个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的序列差异和系统进化研究 总被引：13，自引：4，他引：13
测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊和鲁北白山羊5个品种羊415bp线粒体DNA细胞色素6基因片段，其中44个位点检出变异。分析其碱基组成和变异情况，并以鲁北白山羊为外群，用UPGMA和NJ法构建了一系列分子系统树，得到相同的拓扑结构，在分子水平从母系遗传的角度澄清4个绵羊品种的起源分化关系。结果显示：在4个绵羊品种之间，洼地绵羊与滩羊关系最近与小尾寒羊亲缘关系最远。绵羊品种内的平均差异为0．85％，线粒体DNA多态性相对贫乏，推测4个品种绵羊具有共同的母系祖先。 相似文献