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1.
广西鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
应用RT-PCR方法扩增了广西1985～2008年的24株传染性支气管炎病毒(IBV)分离株的核(N)蛋白基因,并对此24株IBV的N蛋白基因进行了克隆、序列测定及分析.结果发现24株IBV分离株N蛋白均舍有一个长1 230 bp的开放阅读框,编码由409个氨基酸残基组成的多肽,未发现碱基的缺失和插入,但存在较多点突变现象.与疫苗株H120核蛋白的3个保守碱性氨基酸区序列进行比较分析发现,大多数毒株在183～232位存在较多的氨基酸替代现象,部分毒株在334～363位也存在较多的氨基酸替代现象.与GenBank中的13个IBV参考毒株N蛋白基因序列进行比较分析,发现2004～2008年的21个分离株中有19个分布于第Ⅰ群中;1985～1988年的3个分离株之间N蛋白核苷酸及其推导氨基酸的同源性均达99%以上,均属于第Ⅲ群中,可见广西不同时期的IBV分离株在N基因进化关系上形成了自己独立的进化群.同时研究还发现GX-NN5分离株可能为基因重组病毒.以上结果表明了广西IBV毒株存在基因突变和基因重组现象. 相似文献
2.
为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,应用RT-PCR方法对2004-2007年的7株广西IBV分离株的纤突蛋白S1基因、核(N)蛋白和膜(M)蛋白基因进行扩增、克隆、测序和同源性比较及系统进化分析。结果显示广西IBV分离株S1基因存在广泛的基因点突变,部分毒株出现基因插入和缺失,分离株之间氨基酸同源性为74.2%～98.7%;N基因无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为91.7%～99.3%;M基因存在点突变和插入现象,分离株之间氨基酸同源性为90.7%～98.2%。以疫苗株H120为参照,广西IBV分离株的S1、N和M基因都出现了变异,其中S1基因变异程度最大。7株广西IBV在S1、N和M基因氨基酸序列系统进化树中分别集中在2、3和3个基因群中,其中4株的S1、N和M基因分型结果不一致。结果表明广西IBV分离株的S1、N和M基因已发生变异,广西IBV存在广泛的基因突变、缺失或插入现象。研究的结果提示流行株的遗传变异可能是目前影响疫苗免疫效果的主要原因。 相似文献
3.
传染性支气管炎病毒中国和东南亚分离株的分子流行病学 总被引：7，自引：0，他引：7
对24个鸡传染性支气管炎病毒中国和东南亚分离株的S1基因5′端(含HVRⅠ和HVRⅡ)和N基因3′端进行了扩增和序列分析，通过与公开的其他毒株序列问的比较和分析，对分离毒株的分子流行病学进行了研究。结果表明，24个分离毒株分属于美洲、亚洲和欧洲3个基因群。其中一些毒株形成一相对独立的亚洲基因群，提示IBV在亚洲已存在相当长时间；另一些毒株则可能来源于欧洲和美洲或来源于不同毒株(包括疫苗株)基因间的重组。 相似文献
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中国2005年～2006年鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析 总被引：5，自引：1，他引：4
本研究应用RT—PCR方法扩增到我国2005年-2006年8个省市12株IBV病毒核蛋白基因,并将其进行了克隆、序列测定及分析。以疫苗株H120作为参考毒株,对12株IBV分离株核蛋白基因序列进行分析。结果发现我国分离株的N基因及其局部功能区序列存在广泛的氨基酸替代现象。同时还发现毒株CK／CH／LSD／05I与疫苗株H120同源性最高（93.4％）。与GenBank中的11个IBV参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,发现本研究分离的大部分毒株（9株）分布于第1群中,可见我国主要的IBV分离株在N基因进化关系上形成了自己独立的进化群。通过与S1基因系统发育进化树比较发现,毒株CK／CH／LSD／05I存在基因重组现象。以上结果表明我国2005年-2006年IBV毒株存在基因突变和基因重组现象。 相似文献
5.
为研究山东省鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异规律,本研究2006年～2010年从山东省发病的商品鸡中分离鉴定了17株IBV,并对其S1基因、N基因和M基因分别进行RT-PCR扩增、测序及遗传进化分析.序列分析结果表明:与疫苗株H120相比,17个分离株S1蛋白的变异程度较大,存在广泛的基因突变和氨基酸替代,多数病毒株还存在氨基酸的插入;N蛋白无碱基的缺失和插入,仅存在核苷酸的突变和氨基酸的替代;M蛋白除病毒株CK/CH/SD09/005插入3个碱基外,其它16个分离株仅存在少数的碱基突变和氨基酸替代.S1基因、N基因和M基因的系统进化分析结果表明多数分离株的3个基因在进化上相对平行,与国内分离株LX4同属一个进化分支,同源性较高;分离株SDYT0605的3个基因与疫苗株H120同源性较高,可能是免疫压力下变异的疫苗株;分离株SDTA06111、SDWF0608和CK/CH/SD09/005的S1基因、N基因和M基因分属于不同的进化分支,可能发生了基因重组.本研究结果显示基因突变、插入和不同基因之间的重组是免疫压力下IBV变异的主要方式. 相似文献
6.
应用鸡胚尿囊腔接种的方法,从广西某一鸡场两群分别为48日龄和7日龄疑患传染性支气管炎的鸡中分离到两株传染性支气管炎病毒(IBV)(分别命名为GX-NN1和GX-NN2);利用反转录-聚合酶链式反应技术对分离株S1基因高变区Ⅰ(HVRⅠ)进行扩增并测定其核苷酸序列,以分析分离株遗传变异的情况。结果表明,两个分离毒株HVRⅠ核苷酸之间的同源性仅为76.3%,分离毒株与参考毒株的同源性在69.3%～99.1%之间;其中分离株GX-NN2与疫苗株H120、H52、Ma5、D41和标准株M41、Beaudette的同源性比较高(95.6%～99.1%),同属一个分支;而分离株GX-NN1则与这些参考毒株的同源性比较低(74.6%～75.4%),独自成为另一个分支。本研究的结果提示,广西养鸡业现场流行的IBV毒株已经发生了变异。 相似文献
7.
《畜牧兽医学报》2015,(5)
为进一步了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)流行株的遗传变异情况,对2013年从免疫失败的广西某鸡场中分离到的一株IBV(GX-NN130048)进行S1、E、M和N基因的扩增、测序、相似性比较、系统进化树绘制和重组分析以及血清型鉴定。基因序列分析结果表明,分离株GX-NN130048的S蛋白裂解位点序列为RRSRR,S1、E、M和N基因与参考株核苷酸相似性分别在60.8%~90.1%、81.0%~94.2%、86.1%~93.8%和86.0%~93.3%;进化树分析显示,分离株GX-NN130048的S1基因与疫苗毒株4/91同属一群,而E、M和N基因则与毒株LX4属于同一群;重组分析显示,分离株GX-NN130048的S1基因来源于疫苗毒株4/91和GX-HC1006野毒株(LX4型)的重组;血清型分析表明,该分离株的血清型不同于疫苗株H120和4/91。研究表明分离株GX-NN130048是一株重组毒株,其结构基因和血清型均发生变异。本研究再次提供证据说明,疫苗株4/91越来越多参与到IBV流行株通过基因重组导致的遗传变异事件当中,并可能由此导致新血清型的出现。这可能是现场免疫失败的一个主要原因。有必要继续加强对IBV的监测和新疫苗的研发。 相似文献
8.
2006-2008年山东鸡传染性支气管炎病毒分离株S1与N基因的分子特征 总被引：1，自引：1，他引：1
为了调查2006-2008年山东省鸡传染性支气管炎的分子流行病学特征,应用RT-PCR方法分别扩增了14株传染性支气管炎病毒地方毒株S1基因和N基因,并进行了基因克隆与测序工作.对此14株病毒的S1基因序列利用限制性内切酶HaeⅢ进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析,结果显示可以将IBV毒株分为3种不同的基因型.其中11个毒株与LX4毒株有相同的RFLP分型,2株病毒属于Mass基因型,1个毒株有特异的RFLP分型.并将这些分离毒株与11个参考毒株分别进行了基因与氨基酸系统进化树关系分析.S1基因分析结果显示将这些毒株分成3个基因型,与RFLP分析的分型结果一致.11株病毒同属于LX4类型的毒株,分离毒株核苷酸序列相互之间有95.4%～99.7%的同源性.基因Ⅱ型与疫苗株H120和M41的同源性很高.属于基因Ⅲ型的1个毒株形成了独特的基因型.N基因分析结果表明:12株病毒与LX4属于同一基因型,有着较高的同源性.另2株病毒与疫苗株H120同源性很高.以上分析结果表明:山东省IBV分离株存在较为广泛的基因突变、插入和缺失,同时,IBV毒株间的基因重组也可能是山东省IBV变异株产生的另一主要原因. 相似文献
9.
《畜牧兽医学报》2015,(6)
旨在探讨中国北方地区传染性支气管炎病毒(IBV)的流行和分子变异,进而探讨IBV的遗传演变规律。利用生物信息学方法对IBV纤突蛋白(S1)和核蛋白(N)编码基因进行分析比较。结果显示:2012—2013年发生在山东、天津等北方地区的IBV流行株高度同源,其S1基因核苷酸(氨基酸)相似性为94.0%~100%(93.1%~100%),N基因为98.4%~99.1%(98.1%~99.8%),而与经典疫苗株H120相似性均较低,且至少在S1基因的3个高变区产生了较多的点突变、缺失和插入,且变异集中在第53—150和250—290位,以高变区HVR I居多,GM/13在62—65位缺失4个氨基酸。进一步的分析表明:IBV流行株S1基因与1998年在我国北方流行的A2株核苷酸相似性最高,为94.9%~97.2%,年核苷酸(nt)变异频率平均为2.4nt×10-3;而N基因则与LX4株相似性最高,为93.0%~93.5%,年变异频率平均为5.1nt×10-3。IBV流行株可能是A2-like和LX4-like毒株的重组,且N基因的变异频率明显高于S1基因。 相似文献
10.
鸡传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异的相关性 总被引：3，自引：0，他引：3
对国内1992—2005年分离的IBV毒株的纤突蛋白(S1)和核衣壳蛋白(N)基因分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的IBV S1和N基因的序列,对其不同毒株的S1或N基因片段和全长、S1和N基因全长分别进行遗传变异的研究,利用统计学软件SPSS11.5进行同源性相关分析。结果表明:不同IBV毒株N或S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关,核苷酸r≥0.892,氨基酸0.854≤r≤0.968;但S1与N基因全长之间核苷酸的遗传变异相关性相对较低一些,而且有些毒株间S1基因同源性很低(r=0.645),但N基因同源性仍很高,显示每个基因变异的独立性。国内IBV疫苗株之间S1和N基因核苷酸高度同源(S1≥97.3%;N≥90.7%),而野毒株与疫苗株相比S1和N基因同源性均较低(S1≤84.3%;N≤87.1%),这也可能与常规疫苗对IBV野毒株不能有效保护有关。 相似文献
11.
传染性支气管炎病毒(IBV)为冠状病毒科冠状病毒属成员,基因组为单股正链RNA,长27.6 kb,带有poly ( A)尾.病毒粒子基因组编码6种蛋白,其中位于病毒囊膜表面的纤突蛋白(spike protein , S )是病毒主要的免疫原蛋白基因,IBV纤突蛋白是由2～3个拷贝的S1, S2亚单位组成.由于IBV的特殊的转录合成机制使得S1基因易发生点突变、插入、缺失和基因重组,使得IBV极易产生变异株.S1蛋白具有许多重要的生物学功能,是IBV主要的免疫原蛋白,它能刺激机体产生中和及血凝抑制抗体.因此,根据不同地区的分离毒株S1基因的差异,来确定流行IBV的血清型,研究其分子生物学特性,深入分析IBV的变异原因,进一步揭示IBV分离株的变异机制,对从根本上控制IB,具有重要意义. 相似文献
12.
应用RT-PCR方法扩增到了山东省2006-2007年分离的10株肾型IBV核蛋白(N)基因片段,并将其进行了克隆、序列测定及分析.结果发现,10株肾型IBV分离株核蛋白基因均含有1个长1 230 bp的ORF,编码由409个氨基酸残基组成的多肽,未发现碱基的插入和缺失.与GenBank中的20个IBV参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,发现10株肾型IBV分离株主要分布于2个群中.第Ⅰ群与弱毒疫苗株H120和参考毒株D41、D1466的亲缘关系较近,第Ⅱ群与参考毒株LX4、GDS14的亲缘关系较近.对核蛋白基因及其局部功能区序列比较发现,山东分离株与H120疫苗株核蛋白相比存在广泛的氨基酸变异,以点突变为主,突变位点无明显规律性. 相似文献
13.
采用RT—PCR方法对近年来本实验室分离的4株肾型IBV陕西分离株的纤突蛋白S1基因、膜蛋白基因（M）和核蛋白基因（N）分别进行扩增,测序后进行遗传变异分析。结果显示：与肾型疫苗株w93相比,各分离株S1基因均存在广泛的点突变,并且都存在基因插入现象,分离株之间氨基酸同源性为75．8％～99．4％;M基因除了存在点突变外,W09和WNl2在其5’端还存在9个核苷酸的缺失,分离株之间氨基酸同源性为91．0％～99．6％;N基N无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为99．3％～99．5％。4株IBV分离株在S1、M和N基因氨基酸系统进化树上分属于不同的进化群,且都与较早的肾型IBV陕西分离株w118遗传距离较远。结果表明,4株鸡肾型IBV流行毒株的s1、M和N基因均存在不同程度变异,这可能是免疫鸡群肾型鸡传染性支气管炎长期流行的主要原因． 相似文献
14.
对从GenBank数据库下载的所有传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus, IBV)中国分离株之N基因序列进行分析，旨在探索其遗传变异规律和时空传播情况。通过生物信息学软件MEGA 6.0、RDP 4.95、SimPlot 3.5.1、BEAST v1.10.4、jmodeltest 2.1.7、Tracer v1.7.1、TempEst v1.5.1、FigTree v1.4.3以及SpreaD3 v0.9.7等对分离株分别进行系统进化树、基因重组、毒株溯源、种群动态和时空传播分析。系统进化树分析显示，国内IBV毒株分为6种基因型，以LX4型为主；重组分析发现，1株四川分离株N基因存在重组现象；贝叶斯最大分支置信树分析显示，中国IBV最可能起源于20世纪30年代初的辽宁省。贝叶斯谱系地理学分析显示，IBV毒株在国内存在多条传播路径并形成了3个流行中心：东北地区(黑龙江、辽宁和吉林)、华北和华东地区(河北、山东和江苏)以及华南地区(广东、广西),其中，山东最可能成为IBV的毒株来源库。本研究揭示了中国IBV的起源及其传播途径，N基因存在基因重组现象，... 相似文献
15.
《中国家禽》2020,(7)
为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)变异情况,对2018—2019年多次发生疑似鸡传染性支气管炎(IB)的广西某公司发病鸡群进行IBV的分离鉴定,并对分离株进行S1基因序列测定、同源性、系统进化树和重组分析。结果显示:共分离到5株IBV,其S1基因核苷酸相似性为85.2%～99.9%;5株IBV中3株S蛋白裂解位点为HRRRR,2株为RRFRR;2018年分离的2株IBV属于LX4型中的QXⅡ亚型,与疫苗株QXL87处于同一个分支;2019年分离的3株IBV为LDT3-A型,且均为重组毒株,来源于分离株GX-YL161022(QXⅡ亚型,主亲本)与参考株CK/CH/LSC/99I(次亲本)的重组。研究表明这5株IBV主要为LX4型毒株及其参与的重组株,未及时免疫与流行株基因型相同的疫苗以及重组导致的变异可能是造成该养殖场免疫失败的主要原因。 相似文献
16.
为了解广西近年猪伪狂犬病（PR）流行情况及猪伪狂犬病病毒（PRV）流行株gB、gE、TK基因的遗传变异特点,于2013-2018年采集广西各地区疑似PR发病猪靶组织714份,进行PRV的PCR检测及病毒分离鉴定,并运用DNAStar、MEGA 6.0等生物学软件对分离毒株gB、gE、TK基因进行遗传变异分析。结果显示：样品检测阳性率为24.5%（175/714）,共分离获得PRV流行株38株。受检猪群普遍存在PRV感染,经典毒株及变异毒株并存,而且以变异毒株为主。广西流行株不同亚群PRV在gB、gE、TK基因上均存在相同的氨基酸变异特点,与国内变异株亲缘关系较近。推测广西流行株存在两种不同重组变异形式产生的PRV重组毒株,分别为疫苗株gB基因和变异株gE基因重组产生的重组毒株,以及经典株的TK基因被疫苗株（HB98）的TK基因替换而产生的重组毒株。近年广西受检猪场较普遍存在PRV感染,而且PRV流行株以变异毒株为主,可能存在两种不同重组变异形式产生的重组毒株,猪场需重视及实施针对性PR免疫防控计划。 相似文献
17.
鸡传染性支气管炎病毒HN株5a5b及N基因的遗传变异分析 总被引：5，自引：0，他引：5
从河南省某鸡场中疑似鸡传染性支气管炎(IB)的雏鸡病料中分离到1株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)，暂命名为HN，鉴定为IBV。从接种HN毒株的鸡胚尿囊液中提取单股RNA后应用反转录-聚合酶链反应(RT—PCR)技术扩增得到包含IBV HN株5a、5b蛋白及N蛋白基因的约1600bp片段；将克隆测序的5a、5b及N基因分别与GenBank中11株国内外参考毒株相应基因进行序列比较与遗传变异分析，发现IBV HN株变异独特，明显不同于国内外参考毒株。 相似文献
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对2006-2009年从山西各地疑似传染性支气管炎的病例中分离到的7株IBV地方分离株的核蛋白基因片段进行序列测定及分析。结果发现,7株IBV地方分离株核蛋白基因有5株含有一个长1 230 bp的ORF,其余2株含有1 227 bp,编码410/409氨基酸残基组成的多肽,与常用疫苗株H120推导的氨基酸序列比对发现,存在基因突变现象。与GenBank中的34株国内外分离毒株核蛋白基因推导的氨基酸序列进行比较和分析,系统进化关系显示41株IBV毒株分属于4个群,至少有3个群在我国流行,7个分离株分布在第Ⅳ群中,第IV群大多来自我国的北方地区地方分离毒株,第Ⅱ群来自我国南方地区的部分地方分离毒株,从N基因推导氨基酸进化树上分析可见,我国的IBV地方分离毒株主要分布在第Ⅱ和第Ⅳ群中,具有较明显的地理区域性,可见IBV地方分离株在基因进化关系上形成了自己较为独立的进化群。 相似文献
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为了解近年来广西地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的分子流行病学特点和遗传变异规律,本研究对广西地区2013年-2015年分离的26株IBV的S1基因进行了克隆、序列测定和分析.结果发现,26株IBV S1基因核苷酸序列长度在1 599 bp～1 632 bp之间,编码533个～544个氨基酸,说明分离毒株核苷酸存在较多的插入和缺失;分离毒株之间核苷酸序列同源性在76.5％～100％之间,其推导氨基酸序列同源性在74.4％～100％之间,分离株与参考株核苷酸及推导氨基酸的同源性分别介于75.9％～97.3％和74.9％～96.3％之间;分离毒株可以分为4个主要分支,南宁地区2013年-2014年分离毒株主要在第2分支,而在2015年分离毒株主要分布在第1.1分支,这是一个新的流行趋势,桂林地区的分离毒株主要分布在1.3、4.2分支,2015年以来的3个分离毒株分别存在于3和4.2分支,没有形成比较明显的优势流行毒株,玉林地区的毒株分布较散,也没有形成明显的优势流行毒株;分离毒株中大部分毒株与疫苗毒株同源性较低,部分毒株向着各自的方向进化,呈现出一定的地域性. 相似文献
20.
对自1994—2009年从我国5省区免疫鸡群中分离到的37株传染性支气管炎病毒(IBV)的S蛋白基因序列进行分析,发现S1基因序列存在广泛的氨基酸替换、缺失和插入现象,大部分IBV分离株S1基因的推导氨基酸序列变异主要集中在60～63、73～74、97、128、282～299位等。S2基因较为保守,主要在裂解位点后的2～47、122～152位发生氨基酸的替换,可见IBV S基因的不断变异可能是造成本试验所调查的5省区免疫鸡群IB频发的重要原因。遗传进化分析发现本试验所调查地区近十多年来肾型毒株仍是主要流行株,没有或少有4/91型毒株流行。所调研地区鸡的腺胃炎持续广泛地发生,但是从临床腺胃病料中很少分离到IBV,可见IBV不太可能是引起腺胃炎的主要病原。 相似文献