共查询到20条相似文献，搜索用时 46 毫秒
1.
云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代线粒体相关基因的母性遗传特征分析 总被引：1，自引：0，他引：1
郑乐云 《上海海洋大学学报》2014,23(3):351-358
对云纹石斑鱼和赤点石斑鱼及其正反杂交子代的3种线粒体基因(COⅠ、16S rDNA、Cyt b)和核基因Tmo-4c4进行序列分析,其中16S rDNA序列中有明显的插入缺失位点,而其他3个基因序列无插入缺失变异。在12个分析样本中,COⅠ同源序列(387 bp)中共检测到41个核苷酸多态性位点,16S rDNA(529 bp)中有21个核苷酸多态位点,Cyt b(383bp)中有49个核苷酸多态位点。Tmo-4c4(467 bp)有8个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,正反杂交子一代的3个线粒体基因序列与母本基因序列的同源性都为100%,与父本的基因序列同源性分别为COⅠ:90%和89.4%;16S rDNA:96%和96%;Cyt b:87%和87.2%。核基因Tmo-4c4正反交子一代与母本的序列同源性为98.9%~99.6%之间,与父本的同源性为98.7%~99.4%之间,没有明显的遗传差异。以上结果表明了云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代在3种线粒体基因上严格按照母性遗传的规律,而核基因Tmo-4c4没有明显的遗传偏向性。 相似文献
2.
运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且（A＋T）含量高于（G＋C）含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。 相似文献
3.
从福尔马林保存的牙鲆中克隆的18S rDNA进行系统发育分析的可靠性 总被引：1，自引：0，他引：1
从福尔马林保存的牙鲆和活体牙鲆肌肉组织中，利用基因拼接的方法首次克隆到1205bp和1295bp的长片段序列。福尔马林保存标本与活体标本DNA序列的同源率为82％；和活体标本的18S rDNA序列相比，标本DNA的碱基缺失率为7％，碱基替换比例为11％。利用福尔马林标本的18S rDNA同源性高的区域进行系统发育分析，表明其结果是可信的。 相似文献
4.
从福尔马林保存的牙鲆和活体牙鲆肌肉组织中，利用基因拼接的方法首次克隆到1205bp和1295bp的长片段序列。福尔马林保存标本与活体标本DNA序列的同源率为82％；和活体标本的18S rDNA序列相比，标本DNA的碱基缺失率为7％，碱基替换比例为11％。利用福尔马林标本的18S rDNA同源性高的区域进行系统发育分析，表明其结果是可信的。 相似文献
5.
运用酚-氯仿方法提取12尾采集于云南省境内河口县的巨魾DNA,利用GenBank中鮡科种类设计特异性引物进行PCR扩增和克隆,利用DNAMAN软件进行序列比对以及采用软件MEGA 4.0来分析巨魾的碱基含量、遗传距离和系统进化树.结果显示:(1)得到954bp的12S rRNA基因序列和535bp的16S rRNA基因序列各12条;(2)12尾巨魾的12S rRNA基因、16S rRNA基因以及12S rRNA基因和16S rRNA的合并基因序列的相似性分别为99.89%,99.95%,99.89%;(3)12尾巨魾的12S rRNA,16S rRNA均表现出A+T碱基含量高于G+C碱基含量;(4)12尾巨魾的平均遗传距离为0.002,转换比颠换的平均值为3.065;(5)利用Neighbor-Joining(NJ)法构建的系统进化树表明魾属单独成一支,支持率达到99%,这一结果与传统的形态学分类基本相似. 相似文献
6.
赞皇大枣枣疯病植原体分子分类 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】枣疯病是一种重要的植原体病害,本试验旨在明确惟一已知的天然三倍体品种--赞皇大枣枣疯病植原体的分类地位,为赞皇大枣枣疯病植原体分类研究提供参考。【方法】利用植原体16S rDNA通用引物对赞皇大枣枣疯病病株的DNA进行PCR扩增和克隆测序,通过BLAST比对进行序列分析,利用临位相连法构建16S rDNA系统演化树,并应用DNAstar软件进行虚拟RFLP分析。【结果】获得的赞皇大枣枣疯病植原体16S rDNA序列长度为1 850 bp（GenBank登录号GU184180）,包括1 529 bp的16S rDNA基因全序列、264 bp的邻近间隔区序列及57 bp的23S rDNA部分基因序列。同源分析表明,赞皇大枣枣疯病病原16S rDNA序列与其它植原体的相似性在87%—98%,其中与榆树黄化 Elm yellows（EY）(GenBank登录号l33763)最高相似性为98%;与大多数二倍体枣品种的植原体序列相似率达99%以上;其虚拟RFLP图谱与4个16SrⅤ亚组的代表序列图谱差异显著,赞皇大枣枣疯病植原体延伸因子tuf基因的序列(GenBank登录号JN001985) 比对结果表明,与其它亚组序列同源性为52.3%—76.7%。【结论】三倍体赞皇大枣枣疯病病原属于榆树黄化组(16Sr V),并与其中的B亚组亲缘关系最近;与二倍体品种的病原分类地位一致,说明枣疯病植原体在系统进化上比较保守。 相似文献
7.
长江下游4属6种鳞科鱼类线粒体16S rDNA部分序列的比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR扩增获得了长江下游鲿科(Bagridae)4个属6个种类的线粒体16S rDNA序列片段。序列长度介于920 bp与933 bp之间,A+T含量明显高于C+G含量。共有939个比对位点,其中190个为变异位点;52个为简约信息位点。以大鳞脂鲤(Chalceus macrolepidotus)为外群,采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)分析鲿科4属6种鱼类的系统发生关系。结果表明,16S rDNA序列可以作为鲿科属间系统发育分析的有效分子标记。聚类结果显示,鲿科鱼类构成一个单系类群,其中鳠属(Mystus)较特化,黄颡鱼属(Pelteobagrus)次之,而拟鲿属(Pseud-obagrus)与鮠属(Leiocassis)的亲缘关系最近。 相似文献
8.
四川斑竹丛枝病植原体检测及16S rDNA片断序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
丛枝病是竹子的一类常见的重要病害,除瘤座菌外,很多报道认为植原体也是丛枝病的病原。笔者提取斑竹丛枝部位和健康组织中的总DNA,选用通用引物对植原体的16S rRNA基因进行巢式PCR扩增,得到一条约1.2kb的目的片段,而在健康植株内却没有此特异片断,表明患病植株中有植原体存在,将此植原体株系命名为PhB-WB。通过16S rDNA片断核酸序列同源性比较,结果表明斑竹丛枝病植原体是一种属于16SrⅠ组的植原体,基本确定了其分类地位。 相似文献
9.
采用PCR扩增和序列测定等技术,对岩扇贝(Crassadoma gigantea)线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因片段进行初步研究,得到16S rRNA基因片段的大小在613.0～634.0 bp之间,A、T(U)、G、C的平均含量分别为26.5%、29.7%、24.5%、19.3%;COⅠ基因片段的大小为660 bp,碱基A、T、G、C的平均含量分别为17.2%、40.3%、27.2%、15.3%。16S基因在岩扇贝中偏好使用GUU、UUG、AUU、ACG、UAU、CAA、GAG、UUU、UCU、GAU、GGU、GAG、AGG和GGA等25个密码子。COⅠ系统进化树表明,与岩扇贝亲缘关系最近的是柿孔扇贝(Azumapecten farreri),其次是冰岛扇贝(Chlamys islandica)。16S系统进化树亲缘关系由近到远依次是北美扇贝(Patinopecten caurinus)、虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)、Chlamys islandica。 相似文献
10.
11.
水稻橙叶病植原体16S rDNA基因的序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用植原体16S rDNA通用引物对水稻橙叶病发病植株的DNA进行了PCR扩增和基因克隆.序列测定表明,PCR扩增的片段全长为1 853 bp,包括1 527 bp的水稻橙叶病植原体(RYL)的16S rDNA基因全序列、234 bp的邻近间隔区的序列及部分(92 bp)23S rDNA基因序列.序列比较结果表明,RYL的16S rDNA全序列与其他植原体的相似性在88%～95%,其中与America aster yellows(AAY,GenBank登录号X68373)最高相似性为95%.利用最大简约法构建的16S rDNA系统演化树结果表明:RYL与AAY亲缘关系最近,同被聚类为翠菊黄化组(16Sr Ⅰ). 相似文献
12.
5个罗非鱼品种(系)线粒体DNA 16S rRNA和Cyt b基因片段序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对3个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)品系(埃及、无锡、吉富)和奥利亚罗非鱼(Oreochromis au-reus)以及杂交种奥吉(奥利亚♀×吉富♂)的线粒体16SrRNA和细胞色素b(Cytb)的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并分析了其序列差异。结果表明:PCR产物纯化后测序,16S rRNA扩增产物得到长度为596bp的基因片段,其碱基组成G+C平均含量为47.5%,序列比对分析显示变异位点13个,没有碱基的插入/缺失变异,转换/颠换比率为3.33;Cytb扩增产物测序得到659bp的同源片段,其碱基组成G+C含量平均为45.2%,无插入/缺失变异,变异位点共2个,都为转换,2处变异都发生在密码子第3位上,编码的氨基酸未发生变异。序列分析表明,尼罗罗非鱼3品系的序列完全相同,奥利亚的序列则与奥吉相同。这表明在罗非鱼线粒体DNA中,16S rRNA进化速率相对较快,而Cytb基因则高度保守,不适于研究罗非鱼种内和种间的亲缘关系和种类鉴别标记。 相似文献
13.
[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。 相似文献
14.
[目的]分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值.[方法]67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系.[结果]桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576-590 bp,G+C含量为59.55%--62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920-924 bp,A+T含量为65.87%-66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923-929 bp,A+T含量为67.28%-67.49%,17个信息位点.3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率-混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点.分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑.[结论]桑属traL-F和rps16序列信,息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然.基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型. 相似文献
15.
为准确进行药用石斛资源鉴定,阐明属内的种间关系,以32个药用石斛样品基因组DNA为模板,采用rDNA ITSPCR扩增、测序、分子遗传进化分析等方法,研究了供试药用石斛间的遗传多样性.结果表明:32个石斛样品的ITS序列(只包含ITS1、5.8S rDNA ITS和ITS2)长度变化范围在632～645 bp之间,ITS1长度为225～234 bp,GC含量为43.8％～53.1％,变异位点198个、占总位点81.48％,简约信息位点138个、占总位点56.79％;ITS2长度为240～247 bp,GC量为47.0％～55.9％,变异位点183个、占总位点72.90％,简约信息位点123个、占总位点49.00％.建立了28种药用石斛(共32份)rDNA ITS区碱基全序列数据库,为石斛的分子鉴定提供了依据. 相似文献
16.
采用PCR法从5省栽培裂叶荆芥种子DNA中扩增18S rDNA全序列并测序,采用DNASTAR软件对5省裂叶荆芥进行遗传距离分析;采用ClustalX及MEGA软件进行系统发育分析,NJ法绘制系统发育树.研究结果表明,裂叶荆芥18S rDNA全序列长1807 bp,5省裂叶荆芥18S rDNA序列一致性达100％.河北裂叶荆芥18S rDNA序列GenBank登录号为JN802671.系统发育树显示,5省裂叶荆芥18S rDNA序列形成单系群.首次获得国内5省裂叶荆芥18S rDNA全序列,一致性及系统发育分析显示5省裂叶荆芥为同一个品种. 相似文献
17.
《安徽农业科学》2012,(13)
[目的]通过比较分析线粒体COⅠ基因,探讨福州厚壳贻贝野生型和养殖型种群的遗传多样性.[方法]以福建省福州市野生厚壳贻贝(Mytilus coruscus Gould)和养殖厚壳贻贝各20个样本为试验材料,通过设计特异性引物,采用PCR技术对该40个个体的mtDNA COⅠ(线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ)序列进行扩增,通过测序分析和序列比对检索,鉴定扩增的序列,并利用MEGA(version 4.10)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析.[结果]测序结果显示扩增序列总碱基数为668 bp,40条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为28.0％、22.8％、32.3％和16.9％,其中A+T的含量(60.3％)显著高于G+C含量(39.7％),表现了明显的碱基偏倚;40个个体表现为26种单倍型,包括408个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.299,单倍型多态性(h)为0.944,核苷酸多态性(π)值为0.153 06.上述结果表明福州厚壳贻贝的遗传多样性水平比较高,并且养殖群体和野生群体无遗传分化.[结论]该研究揭示了福州厚壳贻贝的遗传资源现状,试验结果可为厚壳贻贝良种筛选提供参考依据. 相似文献
18.
高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要） 总被引：2，自引：0，他引：2
[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。 相似文献
19.
[目的]分析亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性。[方法]分别从西藏亚东河与亚东鲑养殖站采集野生与养殖亚东鲑各15尾样品,对其线粒体DNA COⅠ、COⅡ基因全序列进行PCR扩增、测序比对。[结果]序列长度分别为631、634 bp。序列分析结果显示:30条亚东鲑线粒体DNA COⅠ、COⅡ序列分别检测到1种、3种单倍型,均无碱基插入、缺失,COⅡ序列有2个位点出现碱基替换;COⅠ、COⅡ序列T、C、A和G碱基平均含量分别为29.5%、28.97%,30.6%、28.47%,22.5%、27.03%和17.4%、15.53%,其中A+T的含量(52.0%、56.0%)均显著高于G+C含量(48.0%、44.0%),均表现出明显的碱基偏倚;COⅠ、COⅡ单倍型多态性(h)与核苷酸多态性(π)值分别为0、0.80与0、0.000 1;根据Kimura双参数模型构建基于线粒体COⅠ、COⅡ序列的系统进化树,两亚东鲑鱼遗传距离分别为0、0.002 4。[结论]西藏亚东鲑的遗传多样性水平较低,且养殖和野生群体无遗传分化。 相似文献
20.
黄喉拟水龟松鼠葡萄球菌16S rDNA的序列测定和系统进化分析 总被引：2，自引：1，他引：2
从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌（YLD81101）,经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1．5kp的目的片段,测序得到1条长度为1515bp的核苷酸序列（GenBank登录号GQ261178）。核苷酸相似性分析表明,所得序列与GenBank公布的松鼠葡萄球菌（Staphylococcus sciud,S．sciuri）CTSP9菌株16S rDNA核苷酸序列相似性最高（99．9％）。同时,用与该序列相关性较高的S．sciuri及常造成动物葡萄球菌病的S．aureus S、saufeuss．bsp．anaerobius、S.gallinarum、S.hyicus代表菌株构建的系统发育进化树显示,菌株YL081101与S.sciuri代表株聚为一簇。上述研究证实,分离菌株YL081101为松鼠葡萄球菌。 相似文献