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1.
为了分析FMDV AF72VP2蛋白结构和功能的关系.以口蹄疫病毒株AF72 RNA为模板,反转录并扩增目的基因,PCR纯化产物与pGEM-Teasy载体连接并转化JM109菌株,用凝胶电泳、PCR和SpeⅠ、SphⅠ双酶切法鉴定为阳性的重组质粒进行测序.比对测序结果确定AF72 VP2的核苷酸序列,利用同源建模的方法建立AF72 VP2结构蛋白的3D结构,在此基础上,综合亲水性、可塑性、抗原指数以及表面可能性等参数预测AF72 VP2结构蛋白的B细胞抗原表位.分析表明,口蹄疫病毒VP1,VP2,VP3 和VP4在核苷酸水平上的变异率是无差异的(P>0.05);而他们在氨基酸水平上的变异率差异显著(P<0.05).该毒株与20株源于GenBank中的VP2氨基酸序列比对发现其保守区主要位于第1～23、37～51、66～76、85～101、124～142、165～199、205～219位.保守区氨基酸残基在维持VP2蛋白的空间构象和功能方面具有重要作用,其中1～10、129～140、165～176氨基酸区段是AF72 VP2结构蛋白可能的B细胞抗原表位区域,该结果将为进一步的FMDV多表位疫苗研究提供更有价值的参考信息. 相似文献
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以口蹄疫病毒株AFT2 RNA为模板,反转录并扩增3D聚合酶基因,PCR纯化产物与pGEM-T easy载体连接并转化JM109菌株,对经凝胶电泳、PCR和EcoRI酶切法鉴定为阳性的重组质粒进行测序,通过序列比对获得AF72 3D聚合酶的核苷酸序列和推导氨基酸序列,综合分析3D聚合酶的亲水性、可塑性、抗原指数以及表面可能性等参数,预测其潜在B细胞抗原表位并人工合成表位肽段,利用间接ELISA对潜在表位进行筛选鉴定,结果显示,表位3D2和3D4为病毒株AFT2 3D聚合酶的优势B细胞表位,该结果将为进一步的FMDV多表位疫苗研究奠定基础. 相似文献
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口蹄疫病毒株AF/72结构蛋白VP1克隆及其T细胞表位预测 总被引：3，自引：0，他引：3
以 AF/72 RNA 为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pGEM-T easy 体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR 和EcoR I 酶切法鉴定.应用BIMAS生物学软件对AF/72株结构蛋白VP1的H-2Dd、H-2Kd、 H-2Ld、 A20限制性T细胞表位进行预测,并对不同限制性的T细胞表位进行对比.结果表明,口蹄疫AF/72株结构蛋白VP1长639 bp,编码213个氨基酸.不同限制性的T细胞表位虽然不尽相同,但与已鉴定的T细胞表位相比较,它们之间也有一些类似的、并且可能是通用型的T细胞表位.本试验通过生物信息学方法预测AF/72结构蛋白VP1的T细胞表位,为进一步试验确定T细胞表位和口蹄疫病毒T细胞表位的研究提供了一种有效的方法.同时为口蹄疫病毒表位疫苗的设计提供有效地理论基础. 相似文献
4.
口蹄疫OA／58病毒株VP2蛋白结构模拟与B细胞抗原表位的分析 总被引：4，自引：4，他引：0
以口蹄疫病毒株OA/58 RNA为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pMD18-T载体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和BamH I,Hind III双酶切法鉴定。运用同源模建得到OA/58 VP2蛋白三维空间结构,并结合理化性质、亲水性、可塑性和免疫原性进行分析,找出OA/58 VP2蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,OA/58 VP2蛋白存在多个潜在的抗原表位,可能的蛋白质抗原表位区域:1~23,40~63,71~78,82~91,102~106,113~119,131~138,148~154,166~177,189~196,212~218。应用同源模建得到的OA/58 VP2蛋白三维空间结构来预测其B细胞表位,为进一步研究OA/58 VP2蛋白在引起易感宿主体液免疫应答方面提供了一种可视化的技术平台,并且为选择表达其他口蹄疫病毒株的VP2蛋白分子提供有参考价值的信息。 相似文献
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以口蹄疫病毒株OA/58 RNA为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pGEM-T easy载体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和EcoR Ⅰ酶切法鉴定.运用同源模建得到OA/58 VP1蛋白3D结构,并结合理化性质、亲水性、可塑性和免疫原性进行分析,预测OA/58 VP1的抗原表位.结果 OA/58 VP1存在多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:2～11,15～35,38～50,77～88,90～107,121～125,131～135,140～149,154～163,169～175,178～189,197～213.应用同源模建得到的OA/58 VP1蛋白3D模型来预测其B细胞表位,为进一步研究OA/58 VP1功能,构建突变体和选择表达新型OA/58 VP1蛋白分子提供有参考价值的信息. 相似文献
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对口蹄疫病毒Asia1/HeB株P1结构蛋白基因进行了扩增、克隆及序列测定.采用DNAStar Protean软件对P1蛋白的二级结构、可塑性、亲水性、表面可及性及抗原指数等参数进行分析,综合预测其B细胞表位分布.结果表明,FMDV Asia I/HeB株P1基因长2 199 bp,包含完整的开放阅读框,编码733个氨基酸,其中VP1长633 bp,编码211个氨基酸,VP2长654 bp,编码218个氨基酸,VP3长657 bp,编码219个氨基酸,VP4长255 bp,编码85个氨基酸.P1结构蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的β片层结构和转角结构,VP1、VP2和VP3上均有多个区域为B细胞优势表位,VP4上也有少量的潜在B细胞表位.与已鉴定的B细胞表位相比较,该方法预测的结果有较高的准确度.为试验确定FMDV AsiaI/HeB株P1结构蛋白的B细胞表位和反向疫苗学设计提供了理论基础. 相似文献
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携带口蹄疫病毒B细胞表位的兔出血症病毒样颗粒的表达及其免疫原性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究RHDV病毒样粒子作为载体提呈外源B细胞表位的能力,以兔出血症病毒(RHDV)衣壳蛋白VP60为载体,构建携带FMDV B细胞表位(FMDV VP1 B细胞表位200~213aa)的VP60嵌合蛋白,研究外源基因对VP60蛋白的表达、病毒样颗粒(VLPs)的装配及免疫原性的影响。分别在RHDV衣壳蛋白的C端、N端、306和307位氨基酸之间插入外源B细胞表位(FMDV VP1 B细胞表位200~213aa),得到嵌合VP60基因。利用杆状病毒表达系统表达嵌合蛋白,分别命名为VP60-2F、VP60-306F和VP60-578F。经IFA、SDS-PAGE和Western Blot方法鉴定嵌合蛋白的表达,通过电镜观察嵌合蛋白自聚为病毒样颗粒的能力,通过动物试验研究其免疫原性。结果显示,嵌合VP60蛋白在杆状病毒表达系统中得到高效表达,可自聚形成病毒样颗粒,免疫小鼠后可以产生针对VP60和B细胞表位特异的免疫应答。该研究为嵌合VP60 VLPs的形成及结构功能的研究奠定基础,同时为RHDV-VLPs作为外源B细胞表位展示载体的可行性提供依据。 相似文献
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猪附红细胞体ORF4蛋白的空间结构与B细胞抗原表位预测 总被引：1，自引：1，他引：0
为了预测猪附红细胞体(Mycoplasma suis)ORF4蛋白的空间结构和B细胞抗原表位。选择Genebank序列号AJ504999中ORF4基因,应用生物信息软件和互联网在线程序分析ORF4的氨基酸序列预测二级结构、三级结构、亲水性、柔韧性、抗原指数及表面可及性。结果表明：ORF4蛋白二级结构没有α-螺旋,其中柔性结构以β-转角为主,潜在的优势B细胞抗原表位区段主要分布在28~34,54~61氨基酸区段。本研究预测了ORF4蛋白空间结构和B细胞抗原表位,为猪附红细胞体表位疫苗的设计研发提供了指导意义。 相似文献
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FMDV OA/58病毒株VP3蛋白结构的模拟与分析 总被引：1，自引：1，他引：0
以口蹄疫病毒株OA／58 RNA为模板，反转录并扩增目的cDNA，然后与pMD18-T载体连接并转化JM109菌株，提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和BarnHⅠ、HindⅢ双酶切法鉴定。分析表明，口蹄疫病毒VP1、VP2、VP3和VP4在核苷酸水平上的变异率是无差异的（P〉0．05）；而它们在氨基酸水平上的变异率差异显著（P〈0．05）。该毒株与20株源于GenBank中的VP3氨基酸序列比较发现其保守区主要位于第1～24、26～35、37～43、45～57、61～122、124～173、175～209、211～220位。运用同源模建，OA／58 VP3蛋白三维空间结构可分为A，B，C3个结构区域。保守区氨基酸残基在维持VP3蛋白的空间构象和功能方面具有重要作用。 相似文献
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O型口蹄疫病毒VP1蛋白的原核表达及功能鉴定 总被引：3，自引：0，他引：3
为获得具有免疫原性的FMDV VP1蛋白,以O型FMDV重组质粒PMD18T-VP1为模板,利用PCR技术扩增得到O型FMDV VP1基因片段,将此基因片段与原核表达载体pET32a连接,构建重组表达载体,命名为pET-VP1,经PCR和测序鉴定后,用IPTG诱导表达,收集诱导的菌液进行SDS-PAGE电泳和Western-Blot分析.结果显示,在分子量约为45 ku处有1条明显的蛋白条带,且能被口蹄疫阳性血清识别,表达产物通过包涵体纯化后用透析法复性;ELISA检测结果显示,所复性的蛋白具有较高的活性.结果表明,FMDV VP1蛋白在大肠杆菌中得到高效表达,为开发诊断制剂和疫苗的研制打下基础. 相似文献
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A型口蹄疫病毒VP1基因的克隆及原核表达 总被引：1，自引：1，他引：0
文章旨在利用原核表达系统表达并纯化出A型口蹄疫病毒VP1蛋白。首先从实验室冻存的含A型口蹄疫病毒的细胞中提取FMDV总RNA,通过RT-PCR获得cDNA。并根据FMDV全基因组序列设计了一对针对VP1基因的引物,通过PCR扩增得到目的基因VP1并亚克隆入pMD 18-T载体。将鉴定出的阳性质粒和表达载体PET32a用BamHⅠ和Hind Ⅲ双酶切回收后连接获得阳性重组质粒PET32-VP1。用IPTG诱导重组质粒表达目的蛋白VP1并用SDS-PAGE进行检测。表达产物用镍亲和树脂进行了纯化。结果证明A型口蹄疫病毒VP1蛋白在大肠杆菌中获得了高效表达且表达产物得到了纯化,为实验室进一步的研究提供了重要的材料。 相似文献
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鸡传染性法氏囊病病毒J1C7株全基因组的克隆与分子系统进化树分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了获得鸡传染性法氏囊病病毒J1C7株的全基因组cDNA,确定其分子进化关系。以IBDV J1C7株细胞培养液为材料,用蛋白酶K消化、酚/氯仿抽提法提取IBDV基因组dsRNA,利用特异性引物将基因组A、B节段分两段进行RT-PCR并通过融合PCR方法将具有部分重叠序列的A、B节段的上、下游基因组进行拼接,从而构建出完整的A、B节段基因组,利用pMD-18T载体快速克隆PCR产物。结果表明：获得了3260 bp的A节段全长（Genbank登录号EF646854）和2827 bp的B节段全长（Genbank登录号EF646853）。氨基酸同源性比对结果表明：J1C7株与弱毒疫苗株CEF94（芬兰）、P2（德国）、JD1（中国）、HZ2（中国）的亲缘关系最近（蛋白同源性为VP5：99.3%;VP2：99.3%~100%;VP4：97.9%~99.2%;VP3：96.4%~98.1%;VP1：99.2%~99.9%）。BDV J1C7株属于弱毒疫苗株,且与欧洲和中国的弱毒疫苗株有密切的亲缘关系,在进化树上归为一簇。本研究为构建IBDV的感染性cDNA,了解IBDV基因组的结构与功能打下了基础。 相似文献
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选用鲁花14与花育23花生品种, 通过农杆菌介导开展了轮状病毒抗原蛋白VP4基因遗传转化研究, 从转化植株中随机选取26株表现Kan抗性植株进行npt II基因的PCR检测, 结果有22株能扩增出620 bp左右的npt II基因条带, 阳性率约为84.62%。提取npt II基因显示为阳性的植株叶片DNA作模板, 用VP4基因特异引物进行PCR扩增, 经琼脂糖凝胶电泳分析, 所有npt II基因阳性的植株均扩增出了约2 350 bp的特异性条带, 而野生型没有。对部分转基因植株进一步进行PCR-Southern杂交和Southern杂交分析, 发现转基因植株中出现了阳性杂交信号, 表明VP4基因的确已经整合到花生的基因组中, 并且是1~2个拷贝。用RT-PCR分析了11株转G1VP4基因的植株, 证明插入鲁花14中的VP4基因已经正常转录, 利用Western blot方法检测筛选到的4株转基因花生, 分别提取其蛋白, 在30 kD处出现特异性蛋白条带, 这为获得转基因创新种质材料奠定了基础。 相似文献
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选用鲁花14与花育23花生品种, 通过农杆菌介导开展了轮状病毒抗原蛋白VP4基因遗传转化研究, 从转化植株中随机选取26株表现Kan抗性植株进行npt II基因的PCR检测, 结果有22株能扩增出620 bp左右的npt II基因条带, 阳性率约为84.62%。提取npt II基因显示为阳性的植株叶片DNA作模板, 用VP4基因特异引物进行PCR扩增, 经琼脂糖凝胶电泳分析, 所有npt II基因阳性的植株均扩增出了约2 350 bp的特异性条带, 而野生型没有。对部分转基因植株进一步进行PCR-Southern杂交和Southern杂交分析, 发现转基因植株中出现了阳性杂交信号, 表明VP4基因的确已经整合到花生的基因组中, 并且是1~2个拷贝。用RT-PCR分析了11株转G1VP4基因的植株, 证明插入鲁花14中的VP4基因已经正常转录, 利用Western blot方法检测筛选到的4株转基因花生, 分别提取其蛋白, 在30 kD处出现特异性蛋白条带, 这为获得转基因创新种质材料奠定了基础。 相似文献
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为了进行锦鲤疱疹病毒（Koi Herpesvirus Virus,KHV）诊断方法、疫苗研制和蛋白功能研究。通过选择基因保守性极强的ORFl基因作为研究对象,设计1对特异性引物进行PCR克隆。目的基因与表达载体PET构建重组质粒,将重组质粒转化大肠杆菌E．coliBL21（DE3）后诱导表达,再将成功表达的目的蛋白免疫小鼠制备多克隆抗体。PCR产物经电泳显示,所扩增的基因长度774bp,与目的基因长度相符。蛋白表达产物经SDS．PAGE和Western-bolt检测,重组表达质粒K1-PET成功诱导表达,表达蛋白为37．3KD,为包涵体。免疫小鼠获得多克隆抗体,经酶联免疫检测发现其效价达到1：27000。表明表达出的目的蛋白具有免疫原性,实验获得的表达蛋白和多抗血清为KHV的疫苗研制和免疫学检测方法的建立奠定了基础。 相似文献
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为了进行锦鲤疱疹病毒(Koi Herpesvirus Virus,KHV)诊断方法、疫苗研制和蛋白功能研究。通过选择基因保守性极强的ORF1基因作为研究对象,设计1对特异性引物进行PCR克隆。目的基因与表达载体PET构建重组质粒。将重组质粒转化大肠杆菌E.coli BL21(DE3)后诱导表达。再将成功表达的目的蛋白免疫小鼠制备多克隆抗体。PCR产物经电泳显示,所扩增的基因长度774 bp,与目的基因长度相符。蛋白表达产物经SDS-PAGE和Western-bolt检测,重组表达质粒K1-PET成功诱导表达,表达蛋白为37.3 KD为包涵体。免疫小鼠获得多克隆抗体,经酶联免疫检测发现其效价达到1:27000,表明表达出的目的蛋白具有免疫原性,实验获得的表达蛋白和多抗血清为KHV的疫苗研制和免疫学检测方法的建立奠定了基础。 相似文献
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一种高效、稳定的可溶性原核表达载体的构建及应用 总被引：2，自引：0，他引：2
以O型口蹄疫病毒结构蛋白VP1基因重组克隆载体pGEM-OVP1为模板,设计表达引物,经PCR扩增获得上游带有PelB信号肽编码序列的VP1 C端编码区,将其克隆至该表达载体pET-30a(+)中,构建了可溶性原核表达载体pET-30a-PelB-VP1C.将VP1全长编码区替换VP1C,获得重组原核表达载体pET-30a-PelB-VP1.将两种重组质粒分别转化大肠杆菌工程菌株BL21-(DE3)-plysS,经IPTG诱导表达,实现了VP1全长及其C端的可溶性表达,以金属离子螯合层析法分别对表达的VP1及其C端融合蛋白进行纯化,SDS-PAGE显示纯化的目的蛋白分别在32 ku和20 ku处有单一目的条带,具有较高的纯度.Western blot 分析,VP1蛋白及其C端均可与牛O型口蹄疫病毒阳性血清反应.对重组菌株的连续传代实验证实了该可溶性表达载体的遗传稳定性,显示了该可溶性原核表达载体在蛋白可溶性表达中的应用价值. 相似文献