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1.
选用57对均匀分布在水稻全基因组的SSR标记对155份粳稻种质资源进行检测,研究粳稻籽粒锌、铁含量与SSR标记的关联性,以期为改良水稻籽粒营养品质的优异亲本的选择、组配提供理论支持和材料保障。结果表明,锌含量与铁含量呈极显著正相关;在57个SSR标记位点中,共检测到257个等位基因,平均每个位点检测到4.51个等位基因,平均有效等位基因数为2.60个,Nei's遗传多样性指数和Shannon's信息指数的平均值分别为0.539 5和1.023 8。通过关联分析发现,与籽粒锌含量显著关联的位点有3个,分别为RM5461-4、RM5647-2、RM7356-1,表型贡献率分别为7.59%、5.89%、4.72%,增加表型效应最大的等位变异是RM5647-2,载体品种为长粒-5;与籽粒铁含量显著关联的位点有20个,表型贡献率介于2.56%～7.33%,表型贡献率最高的等位变异是RM3600-1,增加表型效应最大的等位变异是I2-3,载体品种是粮香5号。 相似文献
2.
【目的】观察“seed”区T＞C多态对鸡mir-1644基因“茎环”结构和靶基因选择的影响,分析其在不同鸡群的遗传分布,为揭示其对mir-1644表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】利用mfold和miRanda软件进行mir-1644二级结构模拟和靶基因预测,采用引入酶切位点RFLP技术对6个鸡群的179个个体进行基 因型检测。【结果】①T→C突变可导致pre-mir-1644空间构型和自由能改变,稳定性降低;②预测到21个mir-1644-T和mir-1644-C基因差异调控的靶基因。③在汶上芦花鸡群体内以C等位基因为优势基因,与其它鸡间的基因型分布存在显著差异（P＜0.01）。【结论】“seed”区T＞C 突变可能干扰或破坏mir-1644基因的表达调控,且CC基因型可能与汶上芦花鸡某些表型变异有关。 相似文献
3.
限制性两阶段多位点全基因组关联分析法在遗传育种中的应用 总被引：1，自引：1，他引：0
全基因组关联分析（genome-wide association studies,GWAS）通过建立全基因组高密度分子标记以检测基因型与表型间的关联性,已成为动植物数量性状遗传解析的主要方法。然而,以往GWAS方法只注重于个别主要QTL的检测,而且使用仅有2个等位变异的SNP标记不能检测自然群体中广泛存在的复等位变异,一定程度限制了GWAS的应用。限制性两阶段多位点全基因组关联分析方法（RTM-GWAS）首先根据全基因组高密度SNP标记间的连锁不平衡程度,将多个相邻且紧密连锁的SNP标记组成为具有复等位变异（单倍型）的连锁不平衡区段（SNPLDB）标记。其次,RTM-GWAS使用由SNPLDB标记计算的遗传相似系数矩阵作为群体结构偏差的通用估计,并提取该矩阵的特征向量作为模型协变量以降低由群体结构偏差导致的假阳性。最后,利用具有复等位变异的SNPLDB标记与建立的多位点复等位变异模型,RTM-GWAS将性状遗传率作为QTL表型变异解释率的上限,通过两阶段分析策略高效地进行全基因组QTL及其复等位变异的检测,并最终构建多QTL遗传模型。该法还可以基于性状小区观测值,建立QTL与环境互作多位点模型,不仅能检测与环境有交互作用的主效应QTL,还能检测仅与环境有交互作用的无主效应QTL。RTM-GWAS不仅解决了以往GWAS不能估计复等位变异的问题,而且通过使用多位点模型拟合多个QTL提高了检测功效并能有效地控制假阳性的膨胀,为全面解析自然群体QTL及其复等变异提供了通道。该法能估计出等位基因的效应及其在群体内的相对频率,由其结果建立的QTL-allele矩阵代表了目标性状在群体中的全部遗传组成,不仅可用于候选基因发掘,还为群体内QTL及其复等位变异（基因及其复等位基因）的动态研究（群体遗传分化以及特有与新生等位变异）提供了新的工具。依据QTL-allele矩阵,还能进一步利用计算机模拟产生杂交组合后代基因型,并预测杂交组合后代纯合群体的表现,从而进行优化组合设计与分子设计育种。此外,RTM-GWAS还适用于双亲杂交后代重组自交系群体以及多亲杂交后代巢式关联作图群体,因避免了群体结构偏离的干扰,检测功效更高。本文归纳了RTM-GWAS的原理和方法,并综述了其在遗传育种研究中的应用。 相似文献
4.
《四川农业大学学报》2017,(3):309-316
【目的】旨在了解自20世纪50年代以来我国花生品种更替所引发的SSR位点遗传多样性变化,以期为花生育种提供参考。【方法】选用154对SSR引物对68个大面积推广种植品种进行检测。【结果】共获得173个位点,检测到872个等位变异,平均为5.04个等位变异/位点,遗传多样性指数的变化范围为0.014~0.881,平均0.477。20条染色体中,b07遗传多样性最高,染色体a04最低。品种更替过程中,20世纪80年代品种更替对SSR位点遗传多样性影响最为显著,与20世纪70年代及以前品种相比,表现为等位基因遗传丰富度增加、多样性指数增加、品种间遗传距离略有降低。20世纪80年代以后,SSR位点的等位基因丰富度增加、多样性指数和品种间遗传距离均无明显变化。检测到5个等位变异数随年代增加减少的SSR位点。聚类分析结果显示类群分布与系谱及地理来源相关,与品种更替年代无关。【结论】本研究结果表明,在花生品种更替过程中,主栽品种等位基因丰富度增加,而等位基因分布均匀度尚未产生显著性改变。 相似文献
5.
陆地棉叶片叶绿素含量与SSR标记的关联分析及优异等位变异的挖掘 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】筛选与陆地棉叶片叶绿素含量性状相关联的分子标记,挖掘其优异等位变异及典型材料,为陆地棉分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】在3年6个环境中,对185份陆地棉品种(系)组成的自然群体进行倒4叶叶绿素相对含量(soil and plant analyzer development,SPAD)的测定,每年分3个时期(打顶后0、10和20 d)。采用Power Marker 3.25软件计算各位点的多态性信息含量,以分析群体的遗传多样性。利用STRUCTURE 2.3.4软件计算群体结构矩阵(Q),利用TASSEL 3.0软件计算亲属关系矩阵(K),通过GLM(general linear model,Q)和MLM(mixed linear model,Q+K)2种方法,同时对SPAD与SSR标记进行关联分析。依据计算的等位位点表型效应值,挖掘优异的等位变异及典型材料。【结果】137对SSR多态性引物共扩增出355个等位变异,平均每对引物扩增到2.6个多态性位点,PIC平均值为0.67,变化范围为0.01—0.95,高度多态性引物(PIC0.5)占85%,其中PIC最高的标记为HAU2146(PIC=0.95)和NAU2083(PIC=0.93)。当(35)K取得最大值时,K=2,因此,将185份陆地棉材料划分为2个亚群。通过GLM方法共检测到22个显著性位点(P0.001),表型变异解释率为5.28%—10.85%,平均为7.24%,贡献率最高的等位变异位点是SWU0529a(R2=10.85%)和NAU998c(R2=10.48%);通过MLM方法共检测到17个显著性位点(P0.01),表型变异解释率为3.72%—8.58%,平均为4.72%,贡献率最高的等位变异位点是SWU0923b(R2=8.06%)和SWU0662d(R2=6.74%);2种方法共同检测到的显著性位点有12个,等位变异NAU998c在3个时期2种方法能同时被检测到。通过等位变异的表型效应分析,找到2个增效效应最大的等位变异(HAU3318b和SWU0987b),利用找到的等位变异对材料进行筛选,获得携带2个增效效应等位变异的材料53份,2个增效效应位点都未检测到的材料有46份,统计结果显示,在打顶后10和20 d 2个时期,53份材料的SPAD均值显著高于46份材料的SAPD均值。【结论】检测到12个与SPAD值相关的显著性位点,并挖掘到2个增效效应优异等位变异,获得携带优异等位变异的载体材料53份,获得携带2个优异等位变异的典型材料1份。 相似文献
6.
《中国农业科学》2020,(9)
全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)通过建立全基因组高密度分子标记以检测基因型与表型间的关联性,已成为动植物数量性状遗传解析的主要方法。然而,以往GWAS方法只注重于个别主要QTL的检测,而且使用仅有2个等位变异的SNP标记不能检测自然群体中广泛存在的复等位变异,一定程度限制了GWAS的应用。限制性两阶段多位点全基因组关联分析方法(RTM-GWAS)首先根据全基因组高密度SNP标记间的连锁不平衡程度,将多个相邻且紧密连锁的SNP标记组成为具有复等位变异(单倍型)的连锁不平衡区段(SNPLDB)标记。其次,RTM-GWAS使用由SNPLDB标记计算的遗传相似系数矩阵作为群体结构偏差的通用估计,并提取该矩阵的特征向量作为模型协变量以降低由群体结构偏差导致的假阳性。最后,利用具有复等位变异的SNPLDB标记与建立的多位点复等位变异模型,RTM-GWAS将性状遗传率作为QTL表型变异解释率的上限,通过两阶段分析策略高效地进行全基因组QTL及其复等位变异的检测,并最终构建多QTL遗传模型。该法还可以基于性状小区观测值,建立QTL与环境互作多位点模型,不仅能检测与环境有交互作用的主效应QTL,还能检测仅与环境有交互作用的无主效应QTL。RTM-GWAS不仅解决了以往GWAS不能估计复等位变异的问题,而且通过使用多位点模型拟合多个QTL提高了检测功效并能有效地控制假阳性的膨胀,为全面解析自然群体QTL及其复等变异提供了通道。该法能估计出等位基因的效应及其在群体内的相对频率,由其结果建立的QTL-allele矩阵代表了目标性状在群体中的全部遗传组成,不仅可用于候选基因发掘,还为群体内QTL及其复等位变异(基因及其复等位基因)的动态研究(群体遗传分化以及特有与新生等位变异)提供了新的工具。依据QTL-allele矩阵,还能进一步利用计算机模拟产生杂交组合后代基因型,并预测杂交组合后代纯合群体的表现,从而进行优化组合设计与分子设计育种。此外,RTM-GWAS还适用于双亲杂交后代重组自交系群体以及多亲杂交后代巢式关联作图群体,因避免了群体结构偏离的干扰,检测功效更高。本文归纳了RTM-GWAS的原理和方法,并综述了其在遗传育种研究中的应用。 相似文献
7.
【目的】了解中国大麦地方品种的遗传多样性,为大麦α-淀粉酶活性基因寻找有效的分子标记。【方法】利用覆盖全基因组的41对简单重复序列（SSR）标记引物,对257份中国大麦地方品种进行PCR扩增;采用Nei’s遗传距离和邻接（neighbour-joining）法进行聚类分析;在对群体结构和连锁不平衡分析的基础上,进行基于全基因组的表型与基因型的关联分析。【结果】共鉴定出709个等位变异,平均每个位点的等位变异数为17个。41个SSR标记位点的多态性信息指数（PI）变化范围为0.23（Bmag 0385）—0.94（Bmac0032）,平均为0.6385。257个中国大麦地方品种聚合成9个不同的结构类群,发现5个与大麦α-淀粉酶活性显著关联的标记位点。【结论】中国大麦地方品种中蕴藏着丰富的遗传等位变异;各类群的特性和品种来源符合“遗传关系密切、表型特征特性相同、地理生态相近”的同类群聚集规律。在5个关联位点中,位于7H染色体上的Bmag0385位点,其等位变异A215的酶活增强效应最大;此外,7H上Bmac0273的等位变异A141的增效作用较大,可用于啤酒大麦育种的分子标记辅助选择。 相似文献
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9.
选用均匀分布于水稻12对染色体的38个SSR标记对160份粳稻种质资源进行检测,结合水稻种质资源苗期耐盐性评价,发掘耐盐相关性状的分子标记关联位点,以期为耐盐水稻品种的选育提供优良的中间材料和技术保障。结果表明,各耐盐相关性状间存在一定的相关性。耐盐级别与相对苗高、相对地上部鲜质量、相对根鲜质量均呈极显著正相关,与相对茎粗呈显著正相关,与叶片伤害百分率、相对根冠比均呈极显著负相关。利用38对SSR引物,共检测到192个等位基因,其中有效等位基因109.60个,平均有效等位基因数为2.88个,Shannon’s信息指数和Nei’s遗传多样性指数平均值分别为1.139 4和0.586 9。通过关联分析,共检测到11个与水稻苗期耐盐相关性状关联的SSR位点,分布于水稻1、3、4、7、8、9、10、11、12染色体上,表型贡献率介于4.10%～18.85%,其中,表型贡献率最高的等位变异是与相对地上部鲜质量相关联的RM286-7,增加耐盐级别表型效应最大的等位变异是RM7585-1,表型贡献率为6.80%,载体种质为Bertone。 相似文献
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大豆分枝数和叶柄夹角的相关野生片段分析 总被引：2，自引：1，他引：1
【目的】从以栽培大豆为遗传背景的野生大豆染色体片段代换系(CSSL)群体中检测出与分枝数和叶柄夹角有关的野生片段,估计其遗传效应,为未来基因克隆和功能研究提供材料基础。【方法】利用由151个家系组成的野生大豆CSSL群体（SojaCSSLP1）,通过单标记分析、区间作图、完备复合区间作图和基于混合线性模型的复合区间作图等四种定位方法,结合与轮回亲本有显著差异的染色体片段代换系间相互比对,检测与分枝数和叶柄夹角相关的野生片段。【结果】累计共检测到3个分枝数相关的野生等位变异/片段和5个叶柄夹角相关野生等位变异/片段,其中与分枝数相关的Sat_160野生片段和与叶柄夹角相关的Sat_286野生片段能分别被所有方法检测到。在这些QTL/片段中,Sat_286位点最高能解释22%的叶柄夹角表型变异;在所有检测到的位点（片段）上,来自野生大豆的等位基因均具有正向的加性效应,这与2个亲本的表型差异相吻合。【结论】所发现的3个分枝数和5个叶柄夹角野生等位变异/片段均来自未报道的QTL/片段,体现了野生大豆的特点。 相似文献
11.
Genes can affect natural behavioral variation in different ways. Allelic variation causes alternative behavioral phenotypes, whereas changes in gene expression can influence the initiation of behavior at different ages. We show that the age-related transition by honey bees from hive work to foraging is associated with an increase in the expression of the foraging (for) gene, which encodes a guanosine 3',5'-monophosphate (cGMP)-dependent protein kinase (PKG). cGMP treatment elevated PKG activity and caused foraging behavior. Previous research showed that allelic differences in PKG expression result in two Drosophila foraging variants. The same gene can thus exert different types of influence on a behavior. 相似文献
12.
Hoekstra HE Hirschmann RJ Bundey RA Insel PA Crossland JP 《Science (New York, N.Y.)》2006,313(5783):101-104
Natural populations of beach mice exhibit a characteristic color pattern, relative to their mainland conspecifics, driven by natural selection for crypsis. We identified a derived, charge-changing amino acid mutation in the melanocortin-1 receptor (Mc1r) in beach mice, which decreases receptor function. In genetic crosses, allelic variation at Mc1r explains 9.8% to 36.4% of the variation in seven pigmentation traits determining color pattern. The derived Mc1r allele is present in Florida's Gulf Coast beach mice but not in Atlantic coast mice with similar light coloration, suggesting that different molecular mechanisms are responsible for convergent phenotypic evolution. Here, we link a single mutation in the coding region of a pigmentation gene to adaptive quantitative variation in the wild. 相似文献
13.
Features of the analyzed allele distribution in domestic and foreign varieties are revealed on the basis of apple variety and shape polymorphism in alleles of genes associated with shelf life (Md-ACS1 and Md-ACO1) and fruit quality (MD-Exp7). Two allelic states have been revealed for the Md-ACS1 gene. With regard to the foreign selection Fuji and Gala varieties, the Md-ACS1 gene is in a homozygous state. In the examined varieties, the Md-ACO1 gene is represented by two allelic variants, and the MD-Exp7 gene of expansin biosynthesis is represented by three allelic forms. Allele 1 is responsible for a lowered level of expansin synthesis and is identified in wild apple-tree species (Chinese Golden Apple, Tayozhnoye, Caucasian Self-Fruitful). 相似文献
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本研究采用PCR-SSCP技术,设计了2对引物分别对牦牛钙激活蛋白酶基因内含子8、外显子9、内含子9和外显子10部分序列以及第12内含子和13外显子部分序列进行单核苷酸多态性分析.结果表明:与牛基因序列(AF252504S2)相比,牦牛基因在10 581bp处发生了G→A转换,位于第12内含子,表现出3种基因型,其中A、B基因频率分别为0.698 9和0.301 1,AA、AB和BB基因型频率分别为0.475 1、0.447 5和0.077 3,遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.420 9和0.332 3;在5 837bp处发生G→T的转换,位于第9内含子,表现出3种基因型,A、B基因频率分别为0.908 8和0.091 2,AA、AB和BB基因型频率分别为0.828 7、0.160 2和0.011 1,遗传杂合度(He)多态信息含量(PIC)分别为0.165 7和0.152 0;牦牛在这2个位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态. 相似文献
15.
Allelic exclusion in transgenic mice that express the membrane form of immunoglobulin mu 总被引：39，自引：0，他引：39
M C Nussenzweig A C Shaw E Sinn D B Danner K L Holmes H C Morse P Leder 《Science (New York, N.Y.)》1987,236(4803):816-819
Antibody-producing cells display a special form of regulation whereby each cell produces immunoglobulin from only one of its two sets of antibody genes. This phenomenon, called allelic exclusion, is thought to be mediated by the product of one heavy chain allele restricting the expression of the other. Heavy chains are synthesized in two molecular forms, secreted and membrane bound. In order to determine whether it is specifically the membrane-bound form of the immunoglobulin M (IgM) heavy chain (mu) that mediates this regulation, transgenic mice were created that carry a human mu chain gene altered so that it can only direct the synthesis of the membrane-bound protein. The membrane-bound form of the human mu chain was made by most of the B cells in these animals as measured by assays of messenger RNA and surface immunoglobulins. Further, the many B cells that express the human gene do not express endogenous mouse IgM, and the few B cells that express endogenous mouse mu do not express the transgene. Thus, the membrane-bound form of the mu chain is sufficient to mediate allelic exclusion. In addition, the molecular structures recognized for this purpose are conserved between human and mouse systems. 相似文献
16.
Chromosome 17 deletions and p53 gene mutations in colorectal carcinomas 总被引：175，自引：0，他引：175
S J Baker E R Fearon J M Nigro S R Hamilton A C Preisinger J M Jessup P vanTuinen D H Ledbetter D F Barker Y Nakamura R White B Vogelstein 《Science (New York, N.Y.)》1989,244(4901):217-221
Previous studies have demonstrated that allelic deletions of the short arm of chromosome 17 occur in over 75% of colorectal carcinomas. Twenty chromosome 17p markers were used to localize the common region of deletion in these tumors to a region contained within bands 17p12 to 17p13.3. This region contains the gene for the transformation-associated protein p53. Southern and Northern blot hybridization experiments provided no evidence for gross alterations of the p53 gene or surrounding sequences. As a more rigorous test of the possibility that p53 was a target of the deletions, the p53 coding regions from two tumors were analyzed; these two tumors, like most colorectal carcinomas, had allelic deletions of chromosome 17p and expressed considerable amounts of p53 messenger RNA from the remaining allele. The remaining p53 allele was mutated in both tumors, with an alanine substituted for valine at codon 143 of one tumor and a histidine substituted for arginine at codon 175 of the second tumor. Both mutations occurred in a highly conserved region of the p53 gene that was previously found to be mutated in murine p53 oncogenes. The data suggest that p53 gene mutations may be involved in colorectal neoplasia, perhaps through inactivation of a tumor suppressor function of the wild-type p53 gene. 相似文献
17.
Y Efron 《Science (New York, N.Y.)》1970,170(959):751-753
A gene (Adhr(r)) which controls the activity of alcohol dehydrogenase in the scutellum of maize has been found. This gene is not allelic to the Adh(1) locus, which specifies the charge of the enzyme molecule and hence its migration rate. The two genes are linked and located about 17 crossover units apart. The Adh(r)(N) allele specifies equal activities of both the Adh(1)(S) and Adh(1)(F) products. The Adh(r)(L) allele gives lower activities of the Adh(1)(S) products only and operates in both the cis and the trans configurations. 相似文献
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小麦春化发育过程主要受VRN1、VRN2、VRN3等基因的调控。对小麦春化基因的研究进展及其互作关系进行了综述,指出小麦VRN1基因经低温诱导可以加速植株茎尖由营养生长向生殖生长转变,VRN1的3个部分同源基因的等位变异是小麦春化发育特性差异的主要决定因子;VRN2基因是一个开花抑制因子,其核心作用结构域的单碱基突变会使基因失去功能;VRN3基因被长日照诱导,可促进植株开花,基因的等位差异对小麦开花时间早晚有显著影响。VRN1、VRN2、VRN3 3个主要春化相关基因之间的互作共同调控小麦开花的春化响应途径。 相似文献
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本研究以鸡肌苷酸合成代谢相关酶腺苷一磷酸脱氨酶(AMPD1)基因为候选基因,以宁夏地方品种固原鸡(白羽、麻羽、红羽),以及引进肉鸡品种AA鸡和蛋用品种罗曼鸡为研究对象,利用PCR-SCCP技术对AMPD1基因多态性进行了检测,并对其基因型、基因频率以及遗传特性进行了相关的统计.研究结果表明:AMPD1基因有2个等位基因(A、B),3种基因型(AA、AB、BB).固原鸡各品系BB基因型频率均高于AA鸡和罗曼鸡,尤其以固原鸡红羽为最高(0.822 2),与AA鸡之间存在着极显著的差异(P<0.01).对AMPD1基因的遗传特性统计分析结果表明,在所检测的几个品种鸡中杂合度均小于0.5.在多态信息含量中,固原鸡白羽、红羽在AMPD1基因多态位点上属于低度多态(PIC<0.25),其他各品种各多态位点多态信息含量(PIC)均处于中度多态(0.5>PIC>0.25).本研究结果将为宁夏地方品种固原鸡开发利用及肉质品质的改良提供重要的理论根据. 相似文献
20.
12份糯玉米自交系的SSR标记多态性和分子分类研究 总被引：3，自引：1，他引：2
以贵州省旱粮研究所白育的12份糯玉米自交系为材料,用30个SSR标记检测其基因组DNA,以探究这些SSR标记住点的等位变异情况和自交系间的渊缘关系.结果共检测出95个等位基因变异,每对引物可检测到的等位基因不尽相同,范围在1～9个之间.平均为3.17个,显示了较高的多态性.通过聚类分析将上述自交系进行了分子分类,将12个糯玉米自交系分为3个类群,并且能将选自同一杂交组合的4个二环系QCL5034、QCL5036S、QCL5036B和QCL5037聚在同一类群中,表明聚类分析的结果基本上是正确的.研究结果可为糯玉米的遗传育种提供参考. 相似文献