甜菜遗传连锁图谱初步构建   总被引：6，自引：1，他引：5  

王茂芊  李博  王华忠 《作物学报》2014,40(2):222-230

以甜菜高产低糖型JV34-2和低产高糖型2B023两材料杂交, 构建了200个单株的F₂作图群体, 利用所筛选出的56对SRAP引物组合和20对SSR引物, 对F₂作图群体进行PCR扩增和遗传连锁分析, 初步构建了一张包含9个连锁群、141个(123个SRAP和18个SSR)标记位点的甜菜遗传连锁图谱。该图谱覆盖长度为1399.88 cM, 平均图距9.92 cM。未进入连锁群的有4个标记。9个连锁群包含3~26个标记不等, 连锁群遗传距离15.69~237.21 cM。连锁群上有20.56%的标记出现偏分离, 主要集中在Ch3连锁群上, 其余分散在Ch1、Ch2、Ch8和Ch9中。该图谱是我国甜菜领域利用SRAP和SSR相结合方法, 构建的第一个较精密的分子遗传图谱, 为重要性状的基因定位和优良基因的克隆奠定了基础。  相似文献   

甘蓝型油菜SRAP、SSR、AFLP和TRAP标记遗传图谱构建   总被引：27，自引：0，他引：27  

金梦阳  刘列钊  付福友  张正圣  张学昆  李加纳 《分子植物育种》2006,4(4):520-526

以黄籽GH06为母本、黑籽P174为父本杂交得到的第6代重组自交系188个株系为作图群体,通过SRAP、SSR、AFLP和TRAP四种分子标记对该群体进行遗传连锁分析,构建了一张包含20个连锁群、300个标记位点的甘蓝型油菜分子遗传图谱(LOD≥3.0),包括202个SRAP标记、65个SSR标记、23个AFLP标记和10个TRAP标记。图谱总长度1273.7cM,标记间平均距离为4.25cM。连锁群上的标记数在4～56个之间,连锁群长度变动在37.1～109.2cM之间,群内平均图距在1.80～14.20cM之间。LG1包含的标记最多,有56个;标记最少的连锁群(LG9、LG18、LG20)只有4个。LG13的平均图距最大,为14.20cM;LG6的平均图距最小,仅为1.80cM。在整个图谱上,存在图距大于20cM的空隙6个。本研究首次将SRAP及TRAP标记用于甘蓝型油菜遗传图谱的构建,结果表明,SRAP及TRAP标记在甘蓝型油菜遗传图谱的构建上是一种良好的标记系统。  相似文献   

应用SRAP、ISSR和TRAP标记构建金针菇分子遗传连锁图谱     

《分子植物育种》2020,(13)

本研究应用金针菇(Flammulina filiformis)的两个菌株,黄色金针菇Y1701和白色金针菇W3082为作图亲本,采用分子标记以构建高密度的金针菇分子遗传连锁图谱。通过F1代产生的71个单孢为遗传连锁图谱作图群体,应用SRAP、ISSR和TRAP标记引物,利用PCR对得到的作图群体进行多态性分析,构建了一张拥有11个连锁群以及125个标记位点,总长度860.3 cM的遗传连锁图谱。连锁群平均长度为78.21 cM,最长的连锁群为132.9 c M,最短的连锁群为16.3 c M。多态性标记间最大遗传距离为38.4 cM,最小距离为0.5 cM,连锁图中出现了6个大于20 cM的间隙,标记密度6.88 cM,是迄今以来金针菇遗传连锁图谱相关研究中密度最高的。本研究所获得的高密度遗传连锁图谱有助于金针菇QTL定位,分子辅助育种和基因定位的研究。  相似文献   

基于EST-SSR的木薯分子标记遗传连锁图谱的构建   总被引：3，自引：2，他引：1  

孙湘来陈新  文明富卢诚周玉飞  王文泉 《中国农学通报》2011,27(9):231-236

此实验以木薯推广品种‘KU50’为母本,‘SC124’为父本通过杂交得到包含240个单株的F1分离群体,利用300对EST-SSR引物,20对SSR和20对SRAP引物组合对亲本和部分群体株系进行多态性分子标记筛选,共获得具有多态性的引物110对。在此基础上,利用这110对多态性引物对该F1群体进行分子标记的多态性分析,共获得269个多态性标记。利用JoinMap 3.0软件对这269个多态性标记进行分组和遗传图谱构建,最后获得了一张包含140个标记的木薯分子遗传连锁图谱,其中EST-SSR标记111个,SSR标记22个,SRAP标记7个;共21个连锁群,其中连锁群1和3（LG1、LG3）上的标记位点最多（15个）,LG21标记位点最少（2个）。此遗传连锁图谱的总长度为1314.775 cM,单个连锁群最长为132.904 cM（LG3）,最短为0.431 cM（LG19）,标记间平均长度9.391 cM。  相似文献   

大豆公共遗传图谱C1连锁群SSR标记空白区段的填补     

雷雅坤  闫龙  杨春燕  宋晓昆  张孟臣  黄占景 《华北农学报》2012,(6):5-10

为进一步饱和大豆公共图谱SSR标记,以大豆育成品种冀豆12×地方品种ZDD03651组合的211个F6株系为作图群体,以Kosambi作图函数构建SSR标记遗传连锁图谱。结果表明,栽培大豆冀豆12与大豆地方品种ZDD03651间SSR标记多态率为44.6%,遗传图谱包含21个连锁群,117个SSR标记,遗传距离总长度1 501 cM,标记间平均距离15.6 cM,其中包含8个偏分离标记。与公共遗传图谱相比,位点间排列顺序、遗传距离和偏分离位点比例基本相同。将SSR新标记Barcsoyssr₄₁181、Barcsoyssr₄₁201、Barcsoyssr₄₁235和Barcsoyssr₅₁266整合到C1连锁群上,填补了国际大豆公共遗传图谱中C1连锁群94.62～120.12 cM之间的SSR标记空白区段。  相似文献   

EST-SSR标记构建莲(Nelumbo Adans.)遗传连锁图谱     

《分子植物育种》2017,(6)

本研究以美洲黄莲(Nelumbo lutea)为母本,亚洲莲单瓣品种‘单洒锦’(N.nucifera‘Dan Sajin’)为父本杂交获得的45株F1为作图群体,利用从莲转录组开发的211对EST-SSR标记和111对已报道的莲SSR标记,构建了莲遗传连锁框架图谱。该图谱包含8个连锁群,定位88个SSR标记,覆盖基因组420.7cM。连锁群的长度介于在7.0~82.0cM之间,连锁群上的标记数在4~23个之间。标记间平均图距为4.8cM,连锁群平均长度为52.6cM。6个偏分离标记集中定位在LG1、LG2和LG4上。该图谱为莲基因定位、图位克隆以及分子标记辅助选择育种等研究提供了一定的理论参考依据。  相似文献   

短季棉早熟性的分子标记及QTL定位   总被引：16，自引：9，他引：16  

范术丽  喻树迅  宋美珍  原日红 《棉花学报》2006,18(3):135-139

以两个陆地棉品种中棉所36×TM-1的207个F2单株为作图群体,筛选出73个多态性引物,25个SSR标记、35个RAPD标记和13个SRAP标记,构建了第一张以研究短季棉为主的包含43个标记,标记间的最小遗传距离为11.8 cM,最大遗传距离为48.9 cM,总长1174.0 cM的遗传连锁图谱,覆盖棉花基因组总长度的23.48%。检测到与短季棉早熟性状相关的12个QTLs,其中有8个QTLs呈簇分布在LG1连锁群上,找到对表型变异的贡献率在30%以上与全生育期、霜前花率和开花期有关的QTL各1个。  相似文献   

黄瓜远缘群体分子遗传连锁图谱的构建和分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

徐晴  张桂华  韩毅科  魏爱民  杜胜利  张显 《华北农学报》2008,23(1):45-49

以野生黄瓜品种和普通栽培黄瓜品种作亲本获得的142个F2群体为材料,采用AFLP,SRAP,SSR等分子标记进行遗传分析,构建了包含10个连锁群,有159个标记组成的黄瓜遗传连锁图谱,其中包括112个AFLP标记,39个SRAP标记和8个SSR标记。该遗传图谱覆盖基因组长度743.11 cM,平均图距4.67 cM。  相似文献   

‘新世纪梨’ב崇化大梨’F1代分子遗传连锁图谱的构建     

王文魁  曾斌  李疆  田嘉  李秀根  罗淑萍 《中国农学通报》2014,30(28):116-121

研究目的在于为以后控制重要农艺性状的QTL定位、梨分子标记辅助育种及品种改良提供基础理论。利用‘新世纪梨’ב崇化大梨’杂交得到的210 株F1代实生苗为作图群体,对分离群体进行了ISSR、SRAP、SSR 标记的多态性检测,共得到154 条多态性条带,其中偏离孟德尔遗传比例的含21.4%(P＜0.01)。应用JoinMap 4.0 软件对154 个多态性条带进行遗传连锁分析,构建了一张包括9 个SSR标记,79个SRAP标记,8个ISSR标记,合计96个标记分属于14个连锁群的遗传图谱,图谱总长度为1530 cM,平均图距为16.1 cM,最大的连锁群含有64个标记,最小遗传距离小于0.1 cM。  相似文献   

亚麻遗传连锁图谱的构建   总被引：2，自引：0，他引：2  

吴建忠  黄文功  康庆华  赵东升  袁红梅  于莹  刘岩  姜卫东  程莉莉 《作物学报》2013,39(6):1134-1139

利用DIANE (纤用亚麻栽培种)和宁亚17 (油用亚麻栽培种)为杂交亲本,构建30个F₂单株作为作图群体,选用71对SRAP和24对SSR共显性标记构建了全长为546.5 cM,含12个连锁群(LGs)的亚麻遗传连锁图谱,标记均匀分布于12个连锁群,每个连锁群有4~15个标记,标记间平均距离为5.75 cM。结果表明,SRAP标记和SSR标记中共显性标记适合于亚麻遗传连锁图谱的构建,但该图谱覆盖的基因组范围较小,需继续图谱的完整性工作。本研究为今后的亚麻在分子生物学方面的研究提供了基础信息。  相似文献   

崇化大梨×新世纪梨F₁代分子遗传图谱的构建及两个果实性状的QTL分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

王龙  杨健  王苏坷  李秀根 《分子植物育种》2011,9(4):462-467

利用崇化大梨×新世纪梨杂交得到的94株F1代实生苗为作图群体,应用mapmaker/exp 3.0软件构建了一张包括19个SSR标记,315个SRAP标记,合计335个标记分属于18个连锁群的遗传图谱,图谱总长度为1 300 cM,平均图距为3.9 cM。采用区间作图法检测到与果实发育期、果形指数两个果实性状相连锁的QTL位点7个,其中主效的QTL位点2个(LOD≥3.5),分别位于LG2和LG17连锁群。  相似文献   

栽培种花生遗传图谱的构建及主茎高和总分枝数QTL分析     

成良强  唐梅  任小平  黄莉  陈伟刚  李振动  周小静  陈玉宁  廖伯寿  姜慧芳 《作物学报》2015,41(6):979-987

栽培种花生是异源四倍体,基因组大,构建花生的分子遗传连锁图谱并对相关性状进行QTL定位研究的工作缓慢。本研究以遗传差异大的亲本组配杂交组合富川大花生×ICG6375构建F2作图群体,采用公开发表的2653对SSR引物,构建了一张含有234个SSR标记、分布于20个连锁群的栽培种花生遗传图谱。该图谱覆盖基因组的长度为1683.43c M,各个连锁群长度在36.11~131.48 c M之间,每个连锁群的标记数在6~15个之间,标记间的平均距离为7.19 c M。结合F3在湖北武汉和阳逻环境下的主茎高和总分枝数鉴定结果,应用Win QTLCart 2.5软件采用复合区间作图法进行了QTL定位和遗传效应分析。共检测到17个与主茎高和总分枝数相关的QTL位点,贡献率在0.10%~10.22%之间,分布于8个连锁群上。综合分析武汉和阳逻环境的鉴定结果,获得重复一致的与主茎高相关的6个QTL,其中q MHA061.1和q MHA062.1位于连锁群LG06上TC1A2~AHGS0153标记区间,贡献率为5.49%~8.95%;q MHA061.2和q MHA062.2位于LG06上AHGS1375~PM377标记区间,贡献率为2.93%~5.83%;q MHA092.2和q MHA091.1位于连锁群LG09上GM2839~EM87标记区间,贡献率为0.53%~9.43%。  相似文献   

绿豆遗传连锁图谱的整合   总被引：3，自引：0，他引：3  

赵丹  程须珍  王丽侠  王素华  马燕玲 《作物学报》2010,36(6):932-939

利用绿豆及其近缘种的701对SSR引物,对现有绿豆遗传连锁图谱进行补充,结果在高感豆象绿豆栽培种Berken和高抗豆象绿豆野生种ACC41两亲本间筛选到多态性SSR引物104对。群体分析后,结合其他分子数据,使用作图软件Mapmaker/Exp 3.0b,获得一张含有179个遗传标记和12个连锁群,总长1831.8cM、平均图距10.2cM的新遗传连锁图谱,包括97个SSR标记,91个来自绿豆近缘种;RFLP标记76个;RAPD标记4个;STS标记2个。对32个绿豆、小豆共用SSR标记在遗传连锁图谱的分布分析发现,二个基因组间有一定程度的同源性,共用标记在连锁群上的排列顺序基本上一致,只有部分标记显示绿豆和小豆基因组在进化过程中发生了染色体重排;利用新图谱对ACC41的抗绿豆象主效基因重新定位,仍定位于I(9)连锁群,与其相邻分子标记的距离均小于8cM,其中与右翼SSR标记C220的距离约2.7cM。与原图谱比较,新定位的抗性基因与其相邻标记的连锁更加紧密。  相似文献   

ET-ISJ标记的开发及陆地棉遗传图谱构建   总被引：1，自引：0，他引：1  

林刚  张轲  张建  滕中华  张正圣 《作物学报》2011,37(1):87-94

根据植物结构基因外显子拼接位点的保守序列,设计扩增外显子的ET-ISJ (exon targeted intron-exon splice junction)标记引物。利用1 280对ET-ISJ引物组合,在陆地棉品种渝棉1号和T586中,筛选获得69对多态性引物组合,占引物组合的5.4%。用多态性ET-ISJ引物组合检测(渝棉1号×T586)F_2:7重组近交系群体,得到70个位点。以70个ET-ISJ标记位点与523个SSR、59个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记进行连锁分析,构建的遗传连锁图谱包括59个连锁群和673个位点(68个ET-ISJ、510个SSR、58个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记)。连锁图覆盖3 216.7 cM,占棉花基因组的72.3%,标记间平均长度为4.8 cM。68个ET-ISJ标记分布于20条染色体。研究表明ET-ISJ标记多态性较高、稳定性好,可有效用于棉花与其他植物遗传连锁图谱构建。  相似文献   

A new citrus linkage map based on SRAP,SSR, ISSR,POGP, RGA and RAPD markers     

Osman Gulsen  Aydin Uzun  Ihsan Canan  Ubeyit Seday  Ercan Canihos 《Euphytica》2010,173(2):265-277

Sequence-related amplified polymorphism (SRAP), simple sequence repeats (SSR), inter-simple sequence repeat (ISSR), peroxidase gene polymorphism (POGP), resistant gene analog (RGA), randomly amplified polymorphic DNA (RAPD), and a morphological marker, Alternaria brown spot resistance gene of citrus named as Cabsr caused by (Alternaria alternata f. sp. Citri) were used to establish genetic linkage map of citrus using a population of 164 F₁ individuals derived between ‘Clementine’ mandarin (Citrus reticulata Blanco ‘Clementine) and ‘Orlando’ tangelo’ (C. paradisi Macf. ‘Duncan’ × C. reticulata Blanco ‘Dancy’). A total of 609 markers, including 385 SRAP, 97 RAPD, 95 SSR, 18 ISSR, 12 POGP, and 2 RGA markers were used in linkage analysis. The ‘Clementine’ linkage map has 215 markers, comprising 144 testcross and 71 intercross markers placed in nine linkage groups. The ‘Clementine’ linkage map covered 858 cM with and average map distance of 3.5 cM between adjacent markers. The ‘Orlando’ linkage map has 189 markers, comprising 126 testcross and 61 intercross markers placed in nine linkage groups. The ‘Orlando’ linkage map covered 886 cM with an average map distance of 3.9 cM between adjacent markers. Segregation ratios for Cabsr were not significantly different from 1:1, suggesting that this trait is controlled by a single locus. This locus was placed in ‘Orlando’ linkage group 1. The new map has an improved distribution of markers along the linkage groups with fewer gaps. Combining different marker systems in linkage mapping studies may give better genome coverage due to their chromosomal target site differences, therefore fewer gaps in linkage groups.  相似文献   

温州盘菜地方品种鉴定与指纹图谱的分子标记分析     

徐坚  王燕  宋立君  陈先知  柳李旺 《分子植物育种》2008,6(5)

利用基因组DNA的RAPD、ISSR与SRAP等3种分子标记技术,以日本芜菁品种作为外类群,对来自于温州不同地区具有代表性的10个盘菜品种进行品种鉴定与遗传多样性分析。10个RAPD引物共产生多态性条带70条,多态率为71．7％;12个ISSR引物共产生142条清晰带,其中多态性条带70条,多态率为49．3％;8个SRAP引物组合共产生105条谱带,其中多态性谱带78条,多态性比率为74．3％,表明品种间存在较高的多态性。用单个引物NAURP299、NAUISR43以及SRAP引物组合mel／em2,都可以将11个品种完全区分开来。基于3种标记的聚类分析结果表明,11个材料可以分为3大类,一定程度上能够揭示品种之间园艺学性状的相似性及亲缘关系远近。  相似文献   

Mapping genes for double podding and other morphological traits in chickpea   总被引：4，自引：0，他引：4  

Seungho Cho  Jagdish Kumar  Jeff L. Shultz  K. Anupama  F. Tefera  Fred J. Muehlbauer 《Euphytica》2002,128(2):285-292

Seed traits are important considerations for improving yield and product quality of chickpea (Cicer arietinum L.). The purpose of this study was to construct an intraspecific genetic linkage map and determine map positions of genes that confer double podding and seed traits using a population of 76 F₁₀ derived recombinant inbred lines (RILs) from the cross of ‘ICCV-2’ (large seeds and single pods) × ‘JG-62’ (small seeds and double podded). We used 55 sequence-tagged microsatellite sites (STMS), 20 random amplified polymorphic DNAs (RAPDs), 3inter-simple sequence repeats (ISSR) and 2 phenotypic markers to develop a genetic map that comprised 14 linkage groups covering297.5 cM. The gene for double podding (s) was mapped to linkage group 6 and linked to Tr44 and Tr35 at a distance of7.8 cM and 11.5 cM, respectively. The major gene for pigmentation, C, was mapped to linkage group 8 and was loosely linked to Tr33 at a distance of 13.5 cM. Four QTLs for 100 seed weight (located on LG4 and LG9), seed number plant^-1 (LG4), days to 50% flower (LG3) were identified. This intraspecific map of cultivated chickpea is the first that includes genes for important morphological traits. Synteny relationships among STMS markers appeared to be conserved on six linkage groups when our map was compared to the interspecific map presented by Winter et al. (2000). This revised version was published online in August 2006 with corrections to the Cover Date.  相似文献