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1.
柚类种质资源AFLP与SSR遗传多样性分析 总被引：23，自引：0，他引：23
结合SSR引物和AFLP分子标记对110份柚类基因型、12份野生近缘种进行遗传多样性研究。结果表明，SSR标记的335个位点中99.1%为多态性位点，每个位点可检测到9.85个等位基因，基因多样度 （GD）变幅为0.1939～0.9073，获得了46个特异性SSR标记；AFLP标记的343个位点中72%为多态性位点，3对引物平均期望杂合度变幅为0.21863～0.28445,平均每对引物组合能产生82个多态位点，获得了44个AFLP特异性标记。UPGMA聚类结果显示，122份基因型在相似系数0.61时，分成8个组群，其中柚类主要由沙田柚品种群、文旦品种群与庞大的杂种柚品种群组成。分类结果将有利于更好地利用这些丰富的育种资源。 相似文献
2.
以湖南本地柚类资源为试材,应用SRAP标记对41份柚类资源及5份近缘种的遗传多样性进行分析与鉴定。结果表明:平均每个引物组合可扩增出16.6条谱带,17对SRAP引物共扩增出283条谱带,其中多态性谱带235条,多态率为83.0%,基因多样度变幅为0.431 7~0.770 0,平均基因多样度为0.544 3;获得了21个基因型的37个SRAP特异性标记,不同引物组合可将42个基因型完全分开;柚类及近缘种等位基因平均数、平均杂合位点占比、SRAP表型杂合度(H0)分别为9.02、67.77%和0.343。聚类分析结果显示,41份柚种质及5份近缘种材料在遗传相似系数0.792处可分为6个组群:第1、2组群分别由24个和11个柚的地方品种构成;第3组群为柚的种间杂种类型,包括菠萝香柚、慈利金香柚、慈利甜柚2号和慈利水柚子;第4组群由慈利柚09–1、金瓜两杂种柚和酸橙、臭皮柑两近缘种组成;第5组群包括无核大红甜橙和温州蜜柑;第6组群为柠檬。综合SRAP标记结果与形态特征分析,认为慈利金香柚可能源于以柚类为母本、以橙类(或宽皮橘类)为父本的自然种间杂交后代。 相似文献
3.
《农业科学学报》2016,(6)
Hashemi, a popular aromatic rice among Iranians, is famous for its fragrance and taste. Such features are major reasons for its higher price compared to non-aromatic varieties available in Iran. Therefore, the knowledge of genetic diversity of this profitable crop is a fundamental ineterst for plant breeders in future breeding programs. In the present research, genetic diversity among 35 genotypes of Hashemi aromatic rice(Oryza sativa L.) from Guilan and Mazandaran provinces of Iran was estimated using simple sequence repeat(SSR) and amplified fragment length polymorphism(AFLP) markers. Out of 21 SSR and 12 Eco RI-Mse I AFLP marker combinations, only 16 SSRs and 10 AFLPs exhibited polymorphic patterns while others were monomorphic. The 10 AFLP primer combinations produced a total of 142 of bands and 20 were polymorphic(14.08%). Moreover, 40 out of 47 bands amplified with 16 SSR markers showed polymorphism(85.1%). The average number of alleles identified by SSR primers was 2.56 alleles per locus with a range of 2 to 4. The average value of polymorphic information content(PIC) was 0.393 and 0.468 for AFLP and SSR markers, respectively. However, the genetic similarity values ranged from 0.26 to 1 for SSRs and 0.21 to 1 for AFLPs. Later, a unweighted pair group method with arithmetic mean(UPGMA) dendrogram was generated and genotypes were clustered into four groups with SSRs at similarity coefficient of 0.55 while AFLPs clustered them into six groups at similarity coefficient of 0.41. Cluster analysis revealed a narrow genetic diversity and low correlation between geographical differentiation and genetic distance within cultivars. 相似文献
4.
利用SSR和SRAP技术分析广西柑橘种质遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
利用SSR和SRAP 2种分子标记技术对11份广西野生柑橘种质、13份广西地方品种和10份对照品种,共计34份柑橘类材料进行遗传多样性分析,结果表明:选用22对SSR和11对SRAP引物组合进行PCR扩增,依次获得221和215条多态性条带,平均每对引物获得10.1和19.5条多态性条带;SSR聚类图显示34份柑橘种质两两之间的遗传相似系数为0.78~0.96,SRAP聚类显示遗传相似系数为0.60~0.92;2种分子标记基本上能有效地区分宽皮柑橘类、枸橼类、柚类、大翼橙类、宜昌橙类和马蜂柑;同时,广西地区宽皮柑橘类与道县野橘、皱皮柑类与元橘、印度野橘与枸橼类的尤力克柠檬、大种橙与大翼橙类和阳朔金柑、柚类与大翼橙类亲缘关系紧密。 相似文献
5.
Assessment of genetic diversity among Chinese upland cottons with Fusarium and/or Verticillium wilts resistance by AFLP and SSR markers 总被引：1，自引：0，他引：1
Xingfen Wang Jun Ma Shuo Yang Guiyin Zhang Zhiying Ma 《Frontiers of Agriculture in China》2007,1(2):129-135
Genetic diversity among 95 Chinese upland cottons with Fusarium and/or Verticillium wilts resistance was estimated using Amplified
Fragment Length Polymorphism (AFLP) and Simple Sequence Repeat (SSR) markers. Twenty EcoRI-MseI AFLP and 19 SSR primers with polymorphism were selected to perform the fingerprinting. The results showed that 20 AFLP primer
pairs produced a total of 1 480 major bands among 95 genotypes, and 214 were polymorphic bands. The number of total bands
per primer pair ranged from 47 to 109, with an average of 74.0. The polymorphism information content (PIC) values for the 20 primer pairs varied from 0.01 (E-ACT/M-CAT) to 0.24 (E-ACA/M-CTA), and the average value was 0.09. Nineteen
SSR primers generated 89 DNA bands, of which 61 were polymorphic. The total number of alleles per locus varied from 3 to 8,
with an average of 4.7. The average PIC value for the SSR amplification products was 0.69. Genetic similarity estimates for the entire data set ranged from 0.978
to 0.998 based on AFLP and SSR bands. It was proved that the close genetic relationship and narrow genetic diversity existed
in the tested cultivars. The clustering patterns could not be correlated to the geographic origin, the pedigree and common
parentage of the cultivars. 相似文献
6.
以97014，BR—S-10和sGK321等14份不同类型的抗虫棉花品种（系沩试验材料，利用SSR分子标记技术，对这些棉花品种（系）的遗传多样性进行了研究．结果表明，从126对SSR引物筛选出的22对引物均能在14份抗虫棉品种（系）中产生明显的扩增差异带，共检测出97个等位基因位点，其中多态性位点69个，多态性比率达71．1％．引物等位位点数在2～7个，平均每对引物为4．4个．利用Jaccard遗传相似系数计算了14份抗虫棉品种（系）的SSR数据的距离矩阵，按UPGMA方法进行聚类，发现14个品种（系）间的遗传距离在0．035～1．056．聚类分析表明，14份棉花品种（系）可分为2大类4亚类，其中，第1大类是以转基因的抗虫棉为主，第Ⅱ大类包括3个品种（系），分别是中棉所的ISA4ne，BR—S-10和湖南农业大学的97014，这3个品种都为无蜜腺的形态抗虫棉品种，故较早的聚为一类．本研究表明，用SSR分子标记技术分析棉花不同品种间的遗传多样性是町靠的，揭示了抗虫棉花品种种质资源的多样性，大多数品种的遗传基础比较狭窄． 相似文献
7.
利用AFLP鉴定沙田柚新种质 总被引：1，自引：1，他引：0
[目的]鉴定沙田柚新种质的遗传分类,为其利用提供参考.[方法]选用64对AFLP引物组合,对12份柚类种质资源进行遗传多样性分析及分类研究.[结果]从64对引物中筛选出12对AFLP引物组合,在12份柚类材料中扩增出399条清晰条带,每对引物扩增条带数为25~49条,平均每对引物扩增条带33.25条;多态性条带91条,多态性比例为22.8%.供试材料相似系数在0.752~0.956,AFLP鉴定结果显示桂柚1号与沙田柚相似系数为0.956,早熟沙田柚与沙田柚相似系数为0.920;早熟酸柚和福建酸柚两个品种与其他柚类亲缘关系较远;以0.830为相似系数的阈值,可以将12份柚类材料分为5类.[结论]AFLP分子标记技术能将12份柚类材料区分开;早熟沙田柚与桂柚1号是不同于沙田柚的变异新种质,可以直接作为品种资源加以利用. 相似文献
8.
葡萄品种资源的SSR鉴定及遗传多样性分析 总被引：7，自引：0，他引：7
用筛选出的12对SSR引物分析了39个葡萄品种的遗传多样性。结果表明:12对引物在上述品种中共扩增出155条谱带,其中多态性带149条,占扩增总带数的96.13%,特异性条带8条,占5%,所扩增的片段大小在50~1 000 bp之间,不同引物扩增的带数在5~24之间,平均12.9条。扩增条带最多的是引物VrZAG67,扩增出24条带;最少的是VrZAG47,仅扩增了5条带。品种间遗传相似系数变异在0.374~0.974之间,在相似系数为0.660的阈值下,可将39份材料分为3大类群。第1类包括"格拉卡"和"美人指"2个品种;第2类包括"玫瑰香"、"红旗特早"、"达米娜"、"红玫瑰"等30个品种;第3类包括"京云"、"奥古斯特"、"无核早红"、"巨峰"等7个品种。 相似文献
9.
部分菊花品种遗传多样性的AFLP分析 总被引：3，自引：0，他引：3
利用AFLP分子标记技术研究了26个菊花品种的遗传多样性,7个引物组合共扩增出385条带,其中多态性条带285条,多态性占74.03%,平均每个引物组合扩出多态性条带40.7条,每一个引物组合都可将26个品种完全分开。利用AFLP数据,进行聚类分析,将26个菊花品种聚为5类。结果表明:AFLP技术在菊花品种分类中的应用是可行的。 相似文献
10.
红肉桃种质资源的AFLP分析 总被引：4，自引：0，他引：4
利用AFLP技术对24份红肉桃和5份白内桃对照品种进行了DNA多态性分析,从64对E 2/M 3引物组合中筛选出6对引物用于扩增基因组DNA.共获得清晰可辨的174个标记.其中多态性标记为108个,多态性检出率为62.1%.UPGMA聚类分析结果显示.在遗传相似系数0.916处,红肉品种与白肉品种分别聚成了两大类(第6类和第7类),说明两类群间存在较明显的差异;红肉桃14、粘核红肉桃、黑桃1、黑桃2、红肉桃2与红肉桃4几个红肉桃品种独自成类.与其他绝大部分品种遗传距离较远.具有独特的基因型,故应作为重点种质保存. 相似文献
11.
12.
烟草种质资源遗传多样性及亲缘关系的AFLP分析 总被引：14，自引：4，他引：14
【目的】揭示烟草种质资源的遗传多样性及亲缘关系。【方法】选用4对AFLP选择性扩增引物（EcoRI＋3/MseI＋3）对48份烟草材料的基因组DNA进行选择性扩增。【结果】共获得321条扩增带，其中174条具有多态性，平均多态检出率为54.2%。对AFLP扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析，可以将48份烟草资源分为两大类群，即黄花烟草群和普通烟草群，普通烟草可进一步分为4组；48份材料的遗传距离变幅在1.41～11.0之间。【结论】AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示中国烟草种质资源的遗传背景、亲缘关系及演化规律。 相似文献
13.
甘肃地方杏品种资源的SSR遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了探明甘肃地方杏品种资源的遗传多样性,以甘肃省农科院林果花卉所杏品种资源圃保存的18个地方品种为试材,采用SSR分子标记技术开展研究。结果表明,利用来自杏和桃上的10对引物共扩增出76条谱带,其中多态性条带54条,占总扩增谱带的71.05%。观察杂和度(H0)、香农指数(I)和遗传相似系数的平均值分别为0.589、1.334和0.402,在相似系数为0.720处将18个品种分为7个大组：第1、2、4组分别由兰州麦杏、临夏早杏和甜馍馍杏独立成组,第3组由兰州虎爪杏、唐汪杏等3个品种组成,第5组由小曹杏和大曹杏2个品种组成,第6组由兰州大屁眼杏等6个品种组成,第7组由临夏泉眼口杏等4个品种组成。可见,甘肃地方杏品种具有丰富的遗传多样性,采用SSR特异性引物可以鉴别甘肃地方杏品种。 相似文献
14.
应用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)、十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,对穗数型多分蘖小麦品种川农16与大穗型寡分蘖小麦品系H461生化及分子水平上的遗传差异进行了检测.结果表明,川农16与H461间至少有10条醇溶蛋白差异带,其高分子量谷蛋白亚基组成分别为(1,20,5 10)和(2*,7 8,2 12).在小麦21条染色体上的72个SSR位点上共检测到95个等位变异,每一个位点所检测到的等位变异数目为1至2个,平均1.3个;其中,23对SSR引物(31.9%)能够揭示川农16与H461间的差异. 相似文献
15.
旨在找到一种简便的SNP检测方法用于水稻种性鉴定及遗传多样性分析，本研究以245份长江中下游主推杂交水稻品种及亲本为研究材料，从1319个SNP位点中筛选出124对多态性高的位点，建立SNP的高效检测体系。选用其中的一个标记sf0141821553和SSR的标记RM7120来检测水稻的纯度，分别利用Caps-AccI标记和SNP-sf0601764762扩增分析亲本及杂交后代Wx的基因型，两者结果完全一致，说明水稻功能性SNP标记完全可用于水稻种品纯度和种真实性的鉴定。用124对位点对245份杂交水稻进行遗传多样性分析，聚类分析显示，245个品种间的遗传相似系数在0.64~0.97之间，以遗传相似系数0.64为阈值，可以将245个水稻品种分为两个类群，这两个类群分别在遗传相似系数为0.712和0.667处又可以分为两个亚群，结果表明材料间存在明显的群体结构，能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳来实现SNP标记的检测，方法简便且不需要大型仪器设备和昂贵的试剂，便于实验室开展水稻品种的鉴定工作。 相似文献
16.
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基于转录组测序的黄麻SSR分子标记开发与初步验证 总被引：2，自引：0，他引：2
为开发黄麻SSR引物,为黄麻分子标记辅助育种等研究提供有利工具,在黄麻转录组测序的基础上,采用MicroSAtellite(MISA)软件进行SSRs搜索,并对部分SSR引物的多态性进行验证,结果表明:1)在1kb以上的13 718条unigene中,共检测到8 571个SSR位点,占评估序列数目的62.47%,平均每3.47kb有1个SSR;2)所开发的SSR标记中,单核苷酸重复序列最多,占42.15%,二核苷酸和三核苷酸序列也较丰富,分别占14.80%和16.74%;3)利用Primer3.0软件设计了与木质素合成酶基因及MYB转录因子相关的880对引物,随机选取29对引物,以8份不同类型黄麻种质进行多态性验证,获得8对具有稳定多态性的引物,多态性引物比率为27.58%。结果表明,基于黄麻转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的SSR标记可为黄麻属遗传多样性分析、遗传图谱构建及功能基因的挖掘等研究提供有利工具。 相似文献
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中国抗枯、黄萎病陆地棉材料分子水平的遗传差异评价 总被引：10，自引：0，他引：10
采用SSR和AFLP分子标记技术，对中国不同年代培育的54个抗枯、黄萎病陆地棉品种（系）分子水平的遗传差异进行了研究。22对SSR引物和20个AFLP引物组合共扩增出446个多态性标记，每个品种平均8.26个。采用SPSS11.5软件计算欧氏距离，中国抗病品种间欧氏距离分布在5.568～11.790之间，平均值为8.906；单一品种欧氏距离平均值为8.530～10.011，高于欧氏距离总平均值的品种共10个，占品种总数的18.52%；85.55%的品种欧氏距离值分布于7.000～10.000之间，表明中国供试抗病品种群体的遗传基础较为狭窄。作为比较对照的4个国外品种间欧氏距离变化在9.055～10.724之间。国内品种与国外品种之间的欧氏距离介于6.481～12.490，82.02%的品种欧氏距离值分布于8.000～11.000之间，表明国外品种与国内品种之间遗传差异较大。基于SSR和AFLP整合数据的聚类分析，58个品种被划分为5个SAG（SSR&AFLP-based groups）分子类群，SAG的划分与品种系谱来源有较强的相关性。 相似文献
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微卫星标记对籼稻品种遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2～8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1～5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0～0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0～1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段 相似文献