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1.
娟姗和荷斯坦奶牛HSPA1A基因SSCP多态性与耐热性能的相关分析 总被引：1，自引：0，他引：1
设计引物扩增HSPA1A基因的5′侧翼区,通过PCR SSCP技术分析启动子区的多态性,寻找SNPs位点,分析发现:扩增片段大小280 bp,扩增产物具有基因多态性。供试的70头娟姗牛和荷斯坦奶牛共发现4种基因型,分别为AA型、BB型、AB型和AC型,卡方检验奶牛在该位点基因频率差异极显著(P<0.01),未达到Hardy Weinberg平衡。AC型奶牛耐热性能高于其他基因型(AA,AB,BB)奶牛,差异显著(P<0.05),建议作为抗热应激的奶牛选育分子遗传标记。 相似文献
2.
采用PCR—SSCP技术分析了尿黑酶基因（14CO）在朝鲜牛群体中的多态性。结果表明,HGD基因在2对引物扩增片段中均存在PCR-SSCP多态性。P1引物扩增的群体出现了1Tr和CC2种基因型,基因型频率分别为0．90和0．10;P2引物扩增的群体出现了Gc、AA和GA3种基因型,基因型频率分别为0．53、0．07和0．40。测序结果表明,P1引物扩增的片段存在1个g．24581T〉c的突变,落在HGD基因第6内含子上;P2引物扩增的片段存在1个g．29858G〉A的突变,落在HGD基因第10外显子上,并导致了Arg—His氨基酸的改变。2个SNPs形成TG、TA和CG3种单倍型,频率分别为0．47、0．43和0．10。 相似文献
3.
采用PCR-SSCP方法对寿光鸡CAPN1基因进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系。结果表明,含有CAPN1基因外显子5的引物CE5扩增的座位在群体中检测到3种基因型AA、AB和BB,基因型频率分别为0.266、0.520和0.214;等位基因A和B的频率分别为0.524和0.476。CE8引物扩增的座位在群体中也检测到3种基因型AA、AB和BB,基因型频率分别为0.378、0.510和0.112;等位基因A和B的频率分别为0.633和0.367。关联分析结果表明:含有CAPN1基因外显子5的引物CE5座位对肌内脂肪含量和腿肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05),CE8座位对胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05)。 相似文献
4.
[目的]对吉林梅花鹿IGF-I基因进行单核苷酸多态性分析,为梅花鹿产茸性状的分子育种提供新的分子生物学依据。[方法]采用PCR-SSCP技术分析IGF-I基因在吉林左家梅花鹿群体中的多态性,并对IGF-I基因多态片段进行克隆、测序,确定多态位点的突变位置。[结果]P1引物扩增的群体出现了AA、BB、AB和CC4种基因型,基因型频率分别为0.100、0.300、0.433和0.167,等位基因频率为0.317、0.517和0.166;P2引物扩增的群体出现3种基因型,分别用GG、TT和GT,基因型频率分别为0.500、0.333、0.167,等位基因频率为0.667和0.333。测序结果表明,在引物P1扩增片段中,在105～107处发生了AGT碱基的插入,在125和126处发生了T→A的突变,落在IGF-I基因的启动子区;引物P2扩增片段中,在236处有1个C→T的突变,落在IGF-I基因的启动子区。2个SNPs形成AG、AT、BG、BT、CG和CT6种单倍型,频率分别为0.239、0.077、0.311、0.206、0.117和0.050。[结论]IGF-I基因在吉林左家地区梅花鹿群体中具有遗传多态性,发现了多个突变位点,然而这些碱基的突变是否影响到IGF-I基因的生物活性,还有待进一步研究。 相似文献
5.
中国草原红牛CAPN I基因的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
［目的］利用PCR SSCP技术研究中国草原红牛CAPN I基因的多态性。［方法］以90头草原红牛的全血为试材,用酚/氯仿/异戊醇法提取基因组DNA,采用PCR SSCP技术分析了钙蛋白酶 I 基因（CAPN I）在草原红牛群体中的多态性。［结果］试验所设计的18对引物用于PCR扩增均获得良好的结果。经PCR SSCP 分析,E7 1引物扩增的群体出现了AA、BB、AB和AC 4种基因型;E14 1引物扩增的群体出现了 AA和BB 2种基因型,E14 5、E14 6和 E20 2引物扩增的群体出现了 AA、BB和AB 3种基因型。对不同基因型的测序表明,在第14内含子4 685 bp处发生了CT的碱基突变,在第17内含子6 545 bp处发生了CT的碱基突变,在第21内含子上8 462 bp处发生了G A、8 561 bp处A G、8 696 bp处A T的碱基突变。［结论］该研究为改善牛肉质性状的分子育种提供新的分子生物学基础数据。 相似文献
6.
绵羊GnRHR基因部分序列PCR-SSCP分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用PCR-SSCP技术,用两对引物分析了GnRHR基因外显子2和外显子1部分序列在小尾寒羊、多赛特羊2个绵羊品种中的多态性.结果表明,对于引物1扩增片段,2个绵羊品种均只检测到AA基因型.对于引物2扩增片段,2个绵羊品种均检测到AA、AB基因型;小尾寒羊AA、AB基因型频率分别为0.83和0.17,多赛特羊AA、AB基因型频率分别为0.60和0.40.引物2的多态片段测序分析表明,位于GnRHR基因cDNA第230处发生了碱基的改变(G→C),该突变导致了氨基酸的改变(甘氨酸→半胱氨酸). 相似文献
7.
采用PCR-SSCP方法对寿光鸡CAPN1基因的外显子14、外显子20及其侧翼区序列进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系.CE14引物扩增的座位在群体发现3个单核苷酸多态性(SNPs)位点:g.13715409 A＞G、g.13715387 T＞C位于外显子14中,g.13715467 C＞T位于内含子13中;共检测到AA、AB、AC、BB、BC及CC 6种不同基因型,基因型频率分别为0.238、0.273、0.197、0.095、0.102、0.095,等位基因A、B、C的频率分别为0.473、0.282、0.245.CE20引物扩增的座位在群体发现6个SNPs位点:g.13713224 C＞A位于外显子20中,g.13713320 A＞T、g.13713289 G＞A、g.13713277 T＞C位于内含子19中,g.13713185T＞C、g.13713184 G＞A位于内含子20中;共检测到AA、AB、AC、BC、AD、BB、CD及DD 8种不同基因型,基因型频率分别为0.122、0.354、0.197、0.143、0.061、0.034、0.048、0.041,等位基因A、B、C、D的频率分别为0.429、0.282、0.194、0.095.最小二乘统计分析结果表明,CE14座位对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量、腿肌剪切力及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P＜0.05),CE20座位对胸肌pHu及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P＜0.05). 相似文献
8.
采用RT-PCR、PCR-SSCP等分子生物学技术和关联分析等方法对虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius CYP51基因的cDNA序列进行了克隆和单核苷酸多态性分析.结果表明:虾夷马粪海胆的CYP51基因包括一个1491 bp的开放阅读框,编码496个氨基酸;其开放阅读框的第161个核苷酸处存在1个单核苷酸多态性,即核苷酸发生了A→G突变.关联分析结果表明,该单核苷酸多态性与虾夷马粪海胆的体质量、性腺质量之间存在显著相关性(P＜0.05).本研究中首次克隆了虾夷马粪海胆CYP51基因的cDNA序列并进行了SNPs分析,研究结果可为虾夷马粪海胆的分子标记辅助育种提供参考. 相似文献
9.
德化黑鸡黑素皮质素受体1(MCIR)基因单核苷酸多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用聚合酶链式反应及单链构象多态(PCR-SSCP)技术以及DNA直接测序的方法,对德化黑鸡MCIR基因编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)分析.结果表明:引物Pz扩增片段具有多态性,并表现为AA、AB和BB等3种基因型;经序列分析发现,BB型存在2个突变位点:分别在1 094处(G-A)和1095处(T-C),其中在1 095处的突变还导致氨基酸的改变(Cys-Arg).由基因型分布情况表明,德化黑鸡C系(乌色)和D系(非乌色)均以AA型为主;BB型(含SNP)仅存在于C系中,而在D系中未发现,推测BB型可能是乌色性状特有或与乌色性状相关. 相似文献
10.
采用聚合酶链式反应及单链构象多态(PCR-SSCP)技术以及DNA直接测序的方法,对德化黑鸡MC1R基因编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)分析。结果表明:引物P2扩增片段具有多态性,并表现为AA、AB和BB等3种基因型;经序列分析发现,BB型存在2个突变位点:分别在1094处(G-A)和1095处(T-C),其中在1095处的突变还导致氨基酸的改变(Cys-Arg)。由基因型分布情况表明,德化黑鸡C系(乌色)和D系(非乌色)均以AA型为主;BB型(含SNP)仅存在于C系中,而在D系中未发现,推测BB型可能是乌色性状特有或与乌色性状相关。 相似文献
11.
江苏地方山羊品种GDF9基因第二外显子SSCP分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR-SSCP方法,检测了长江三角洲白山羊、黄淮山羊及波尔山羊等3个繁殖力不同品种的187只个体GDF9基因第二外显子的遗传多态性.结果表明,3个山羊品种群体GDF9基因第二外显子在引物3和引物4扩增片段中均发现多态性.引物3扩增片段中,3 个山羊品种都出现AA、AB和BB 3种基因型,长江三角洲白山羊还出现了AC基因型.测序结果表明,引物3的扩增片段中,与AA基因型相比,BB基因型在第二外显子的562 bp处发生了A→C的单碱基突变,导致谷氨酰胺→脯氨酸的改变;AC基因型在第二外显子的421 bp处发生了C→T的单碱基突变,导致丙氨酸→缬氨酸的改变.引物4扩增片段中,3个山羊品种都出现DD和DE 两种基因型,黄淮山羊还出现EE基因型,长江三角洲白山羊及波尔山羊还出现DF基因型.测序结果表明,与DD基因型相比,DE基因型在第二外显子的792 bp处发生了G→A的单碱基突变,导致缬氨酸→异亮氨酸的改变;DF基因型在第二外显子的791 bp、792 bp处均发生了G→A的单碱基突变,其中791 bp处的突变是沉默突变. 相似文献
12.
以391只藏绵羊为研究对象,采用PCR-SSCP技术分析孕酮受体(PGR)基因第4外显子在藏绵羊中单核苷酸多态性(SNPs),探讨PGR的生理功能及其对藏绵羊繁殖力的影响。结果表明:PGR基因扩增片段在藏绵羊品种中存在PCR-SSCP多态性,序列比对分析发现2个SNPs位点,全为颠换。在该群体中发现3种基因型,分别为AA、BB和AB,其中AA为优势基因型,A为优势等位基因。χ2独立性检验表明,PGR基因扩增片段上各基因型呈极显著差异。 相似文献
13.
通过聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析方法检测绵羊品种(湖羊、晋中绵羊和陵川半细毛羊)促黄体素受体(luteinizing hormone receptor,LHR)基因外显子11核酸序列的单核苷酸多态性,并研究该基因多态性对湖羊性早熟和产羔数的影响。结果表明:在6对引物扩增产物中,只有引物P2和P6的扩增片段具有多态性,引物P2扩增区存在2种基因型,分别为LL和LM型,在3个绵羊品种中均未检测到MM型;引物P6扩增区存在6种不同的SSCP带型,经序列比对分析存在T2053A、A2044T和G2003A的错义突变。湖羊和晋中绵羊P2扩增区基因型分布差异不显著(P>0.05),而与陵川半细毛羊均存在极显著差异(P<0.01);P6扩增区的2 053、2 044、2 003位点各基因型分布在湖羊和晋中绵羊间差异不显著(P>0.05),而与陵川半细毛羊间存在显著差异。P2扩增位点仅陵川半细毛羊的基因分布不符合哈迪-温伯格定律;P6扩增区湖羊和晋中绵羊在各突变位点的等位基因频率处于群体平衡状态,陵川半细毛羊除2 003突变位点基因分布处于群体不平衡状态外,其余突变位点的等位基因频率分布符合哈迪-温伯格定律;LHR外显子11区不同基因型湖羊各胎次产羔数差异不显著(P>0.05),表明LHR外显子11对湖羊的性早熟和高繁殖力性状没有显著影响。 相似文献
14.
为促进畜禽育种工作的发展,采用测序法和群体遗传学方法进行数据分析,提取12月龄绵羊血液DNA,依据GenBank中羊MyoG基因序列扩增外显子1,研究小尾寒羊肌细胞生成素(Myogenin,MyoG)基因外显子在群体中的多态性。结果表明:在外显子1第211 bp位存在CT的突变,共得到AA、AB、BB三种基因型。绵羊AA、AB、BB基因型频率分别为0.529,0.353,0.118;等位基因A和B的基因频率分别为0.706和0.294;其中AA基因型频率在0.5以上,为优势基因型。纯合度(Ho)为0.584;杂合度(He)为0.416;有效等位基因(Ne)为1.712;多态信息含量(PIC)为0.330,在0.25～0.50,为中度多态。DNAStar软件对片段同源性对比分析发现其与山羊的同源性为99%,与牦牛的同源性为97%,与猪的同源性为92%。 相似文献
15.
采用PCR-SSCP技术分析了藏猪肌肉生长抑制素(MSTN)基因的单核苷酸多态性.根据GeneBank上猪MSTN基因全序列设计的两对引物,扩增了MSTN基因完整的外显子1,经SSCP分析,只有P1扩增产物存在多态性,表现为3种基因型(AA、AC和CC),A和C两种等位基因的频率分别为46.88%和53.12%.测序分析发现,CC型与AA型相比在MSTN基因编码区的第71bp处有一个A→C的单碱基突变,该突变导致编码的第24位氨基酸由天冬酰胺改变为苏氨酸. 相似文献
16.
13/17罗伯逊易位猪CMYA3基因多态性分析（摘要）（英文） 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]对13/17罗伯逊易位杂合子猪[2n=36,rob（13;17）]互交后代中的148个体进行CMYA3基因的多态性分析。[方法]采用PCR-RFLP方法分析CMYA3基因在13/17罗伯逊易位猪群中的多态性。用酚-氯仿抽提法从猪耳组织中提取基因组DNA。以基因组DNA为模板进行PCR扩增,反应体系为25μl：dNTPs 2μl,上下游引物各0.5μl,Taq酶1 U,模板DNA1μl,用ddH2O补足至25μl。PCR反应条件为：94℃预变性5 min;94℃变性30 s,53℃退火45 s,72℃延伸30 s,共35个循环;72℃延伸10 min。PCR产物经PCR纯化试剂盒纯化,限制性内切酶Bsh1236 I 37℃酶切过夜后,1%琼脂糖凝胶电泳,检测酶切结果。[结果]通过PCR扩增所有个体均能获得507 bp的目的片段,PCR产物经限制性内切酶Bsh1236I酶切,琼脂糖凝胶电泳结果表明该基因在此群体中具有A和B 2个等位基因,基因频率分别为0.699和0.301,具有AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.615、0.169和0.216。因此,在该试验猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率最大。[结论]该研究为13/17罗伯逊易位猪的分子育种和标记辅助选择提供了理论依据。 相似文献
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采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)方法检测了湖北白鹅基因组DNA微卫星标记的多态性,计算了基因频率、基因平均杂合度、多态信息含量,分析了不同基因型与肌肉水分、脂肪、氨基酸等肉质性状间的相关性.结果表明,所检测的8个微卫星座位的平均等位基因数为2.75个,群体基因的平均杂合度为0.594 5,多态信息含量是0.508 7.在所检测的8个微卫星座位中.ADL166座位AB基因型、MCW0104座位AC基因型、MCW0004座位BB基因型、MCW0120座位AD基因型个体的肌肉水分含量显著或极显著地低于其他基因型个体;ADL210座位BB与BC基因型、MCW0104座位AC基因型、MCW0004座位BB与CC基因型、MCW0120座位BB与DD基因型、MCW0014座位AB与BB基因型个体的肌肉脂肪含量显著或极显著地高于其他基因型个体;ADL210座位AA基因型个体的肌肉氨基酸含量显著高于BC基因型个体,MCW0120座位AC基因型个体肌肉氨基酸含量显著高于DD基因型个体. 相似文献
19.
为深入研究苏姜猪肝受体类似物质-1(Lrh-1)基因的多态性及其与产仔数性状间相关性,依据NCBI数据库中猪Lrh-1基因核酸序列设计2对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法对苏姜猪Lrh-1基因进行多态性检测。检测结果显示,引物P1 PCR扩增产物存在7种SSCP条带型,共有4个碱基突变位点,分别为27287662、27287593、27287535和27287511位;引物P2 PCR扩增产物存在2种SSCP条带型,碱基突变位于27423038位;将扩增序列与猪Lrh-1CDS区进行比对分析,其中27287662、27287593和27423038位的碱基突变位于配体结合域(LBD)区内,且突变均属同义突变,表明LBD区对于Lrh-1基因功能稳定具有重要作用;不同碱基突变位点的基因频率经群体遗传学分析,除27287511位点处于群体不平衡状态(P0.05)外,其他位点均达群体平衡状态(P0.05);Lrh-1基因P1和P2扩增区SSCP不同类型苏姜猪第1胎和第2胎平均产仔数间无显著差异(P0.05)。 相似文献
20.
[目的]对宁夏六盘山区黄牛杂交改良群体生长激素受体（GHR）基因的多态性进行分析,为宁夏黄牛杂交改良选育提供理论参考。[方法]采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法（PCR-RFLP）对该群体70个个体的GHR基因多态性进行检测。[结果]扩增出了338 bp的目的片段,PCR产物被限制性内切酶AluI消化后表现出多态性,其中AA基因型频率为75.71%;BB基因型频率为24.29%。[结论]共检测到AA和BB 2种基因型,六盘山区黄牛杂交改良群体GHR基因具有多态性。 相似文献