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1.
【目的】了解近年来京津冀地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株M基因的变异情况。【方法】用RT-PCR技术从京津冀地区部分仔猪腹泻样品中扩增与克隆3株PEDV流行株M基因全长序列,并进行序列测定和分析。【结果】基因序列结果显示,3株PEDV的M基因全长均为681nt,其核苷酸同源性达99.7%以上,在系统发育进化方面属于同一簇。M基因系统发育进化关系显示,虽然这3株PEDV与中国以前PEDV流行毒株及疫苗株CV777属于不同的簇,但其与国内外其他PEDV参考毒株的核苷酸同源性均达96.5%以上。【结论】M基因仍然是检测PEDV的良好目的基因。 相似文献
2.
一株类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定与分析 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】确定猪体内存在与猪圆环病毒2型核苷酸序列高度同源的因子。【方法】首先利用PCR方法对来自临床表现为猪断奶后多系统衰竭综合征的猪血清所抽提的DNA进行扩增,根据获得的序列再设计引物进行反向PCR,拼接得到类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列,最后根据P1全基因组序列设计引物扩增其全基因组加以验证。【结果】首次完成了类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定。测序结果表明P1因子为环状DNA基因组,全长648个核苷酸,包括3个开放阅读框。除5′端16个核苷酸外,P1因子与国内猪圆环病毒2型BF毒株的核苷酸同源率为98.42%。系统进化分析表明P1与猪圆环病毒有很近的亲缘关系。【结论】猪体内存在类猪圆环病毒2型因子P1。 相似文献
3.
【目的】了解目前四川省猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学特征和遗传变异情况,探讨PCV2感染的控制对策。【方法】根据GenBank中发表的PCV2基因组序列设计2对特异性引物,对2012-2014年临床送检的PCV2感染病例材料中的5株PCV2全基因组序列进行扩增测序,并利用DNAStar等生物信息分析软件对获得的PCV2基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】5株PCV2四川株全基因组序列长度都为1 767bp,均具有滚环复制起点(ORC)典型结构。序列比对和进化分析显示,5株PCV2四川株的基因序列同源性很高,基因组核苷酸序列及ORF1、ORF2和ORF3基因序列同源性分别为98.4%~99.9%,97.5%~99.6%,99.4%~100%和96.2%~100%,ORF1、ORF2和ORF3基因推导氨基酸序列同源性分别为98.4%~99%,99.6%和91.5%~100%;与47条参比PCV2毒株核苷酸序列的同源性比较发现,5株PCV2与国内一些新出现的PCV2毒株亲缘关系较近,且均属于PCV2d基因型毒株。【结论】5株PCV2四川株之间尽管存在着不同程度的基因变异,但遗传进化相对较稳定。 相似文献
4.
【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11 548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。 相似文献
5.
【目的】对分离自山东的猪瘟病毒流行毒株SD02进行全基因组序列克隆分析,揭示SD02分子生物学特征,为猪瘟流行毒株分子流行病学研究积累资料。【方法】根据Genbank上发表的古典猪瘟Shimen毒株及HCLV株全基因序列,参考有关文献合成12对引物,应用RT-PCR技术,从SD02毒株的细胞毒中成功扩增出了11段cDNA,将这11段cDNA与pMD18-T载体连接并进行克隆、测序,测得的序列经过拼接得到全基因组序列。将SD02与13株参考毒株(39、ALD、Alfort187、Brescia、CAP、Glentorf、GPE、GXWZ02、HCLV、LPC、Parderborn、Riems和Shimen)的核苷酸序列及开放阅读框架编码的氨基酸序列进行比较。【结果】拼接后SD02全长12300bp,SD02与13株参考毒株的核苷酸序列同源性为85.4%～99.1%;氨基酸序列同源性为92.5%～98.8%。SD02与我国Shimen经典强毒株核苷酸序列同源性高达99.1%,氨基酸序列同源性为98.8%。系统发生树分析表明,SD02与Shimen、HCLV、Riems、Glentorf、Alfort187、ALD等毒株同属于GroupⅠ。【结论】SD02毒株在遗传特性和抗原性上仍属于经典毒株。 相似文献
6.
《四川农业大学学报》2017,(4):574-580
【目的】了解四川地区新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV)的分子生物学特征及遗传变异情况。【方法】根据Gen Bank中发表的新型鹅细小病毒的全基因组序列,设计5对兼并引物采用PCR方法分段扩增新型鹅细小病毒四川株的全基因组序列,并利用DNAstar等生物信息分析软件对获得的基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】获得的新型鹅细小病毒四川株(命名为SC16)全长5 109 nt,5′端ITR长408 nt,3′端ITR长407 nt,NS基因长1 884 nt,VP基因长2 199 nt。序列比对和遗传进化分析显示,SC16株与山东分离株SDLC01(KT343253.1)及QH15(KT751090.1)的基因组核苷酸同源性高达99%,与两者的亲缘关系最近,基于NS及VP蛋白的氨基酸序列系统进化树分析结果与此一致。但SC16株的5′端ITR还是发生了一定的变异:与SDLC01及QH15相比,多了几个14 nt的插入片段。【结论】研究结果丰富了NGPV的分子生物学资料。 相似文献
7.
【目的】监测近期在京津冀地区流行的猪圆环病毒3型毒株及其基因变异情况。【方法】以近期京津冀地区猪圆环病毒3型阳性临床样品为模板，用PCR技术扩增猪圆环病毒3型全基因组片段，随后进行基因克隆、序列测定和序列分析。【结果】PCR扩增、序列测定和BLAST比对结果显示获得4株大小都为2 000个核苷酸的猪圆环病毒3型全基因组序列。基于全基因组核苷酸分析结果显示，这4株猪圆环病毒3型与选取的国内外15株猪圆环病毒3型的同源性均达98.4%以上，系统发育树显示上述PCV3毒株所处的分支虽有所不同但却都非常近，表明不同猪圆环病毒3型毒株之间的全基因组核苷酸有非常高的同源性和保守性。基于开放阅读框2基因核苷酸的系统发育树显示上述猪圆环病毒3型毒株被分成3个分支，所得4株猪圆环病毒3型分别归属于基因型a与c,并呈现出一定的地域差异。【结论】获得了京津冀地区4株猪圆环病毒3型全基因组序列，虽然它们具有很高的全基因组核苷酸同源性与保守性，但却分属于2种基因型，并呈现出一定的地域差异。 相似文献
8.
【目的】克隆获得1株猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列并进行序列分析。【方法】以PCV3阳性临床样品为模板,用PCR技术扩增PCV3全基因组片段,随后进行克隆、序列测定与分析。【结果】扩增出1株PCV3全基因组片段,序列测定结果显示,这株PCV3全基因组大小为2 000bp,与其他国内外14株PCV3的核苷酸同源性均达98.6%以上,表明获得1株PCV3全基因组序列,且不同PCV3之间的全基因组核苷酸有非常高的同源性。PCV3与PCV1、PCV2之间的全基因组核苷酸同源性都低于50%。系统发育显示,3种PCV分别处于明显不同的分支,表明各自属于不同的基因型。【结论】获得1株PCV3全基因组序列,其与其他PCV3毒株之间的核苷酸同源性很高。 相似文献
9.
《甘肃农业大学学报》2020,(1):35-44
【目的】扩增猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列,对其进行序列特征及遗传进化分析.【方法】以PCV3阳性样品为模板,利用两对引物扩增全基因组片段并测序,通过DNA Star和MEGA-X软件进行遗传进化分析.【结果】发现1株新PCV3毒株(GenBank登录号:MK105924),PCV3 Cap蛋白为3b亚型,与河北省9株PCV3 Cap蛋白的同源性在97.8%～99.8%;所获得的PCV3与PCV1和PCV2全基因组序列的同源性均小于50%,遗传进化树分析3种PCV处于不同的分支,表明其属于不同的基因型;与国内外其他43株PCV3全基因组序列的同源性在98.7%～99.3%,其中与俄罗斯PCV3毒株(GenBank登录号:MG679916)的同源性最高,为99.3%,表明不同PCV3毒株之间的全基因组序列的同源性很高,尚未发现明显的变异;与GenBank上已发表的全部国内外174株PCV3的全基因组序列进行遗传进化树分析,发现全球PCV3及其亚型的分布有地域的差异.【结论】获得1株新PCV3毒株,其与PCV1、PCV2属于不同的基因型;不同PCV3毒株之间存在着较高的同源性;全球PCV3及其亚型的分布与地域有一定的关系. 相似文献
10.
我国华东某省HP-PRRSV的分离鉴定及全基因组序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】从我国华东地区某省3个不同市县的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场送检的病料中分离PRRSV毒株,并对其全基因组进行测序,进而对当前PRRSV流行毒株的分子特征和近几年我国PRRSV毒株的演化特点进行分析。【方法】采集养殖场病死猪的淋巴结和肺脏病料,处理后进行PRRSV的RT-PCR检测。对PRRSV检测呈阳性的病料进行病原分离和免疫荧光试验(IFA)鉴定,测定IFA鉴定呈阳性的PRRSV分离株的TCID50。参照NCBI基因数据库已提交的PRRSVVR-2332、CH-1a、HB-2及JXA1等毒株序列设计6对引物,对所得分离毒株分别进行全基因组序列扩增、测序,并将测序结果与LV、VR-2332、JXA1等国内外16个PRRSV毒株进行序列同源性和进化分析。【结果】试验共分离鉴定获得3株PRRSV毒株,分别命名为SDCXA/2008、SDWF、SDLY。全基因组Blast比对结果表明,这3个分离株均为北美洲型毒株。序列分析发现,3个分离株的全基因组序列与欧洲株的同源性极低(61.6%～61.8%),与2006年前分离的美洲型毒株的同源性较低(86.6%～97.1%),与2006后分离的美洲型毒株同源性较高(98.3%～99.7%)。Nsp2基因在3个易变区中变异最大,ORF5次之,ORF3相对最小;推导氨基酸序列中变异最大的亦为Nsp2。3株PRRSV毒株Nsp2基因推导氨基酸的第481和532～560位处共存在30个氨基酸缺失,与以HUN4、JXA1等为代表的国内高致病性分离株序列的同源性较高,结合进化分析将其均划为与JXA1类似的高致病性猪蓝耳病毒株(HP-PRRSV)。【结论】分离到3株HP-PRRSV毒株,其遗传特征相对稳定,但同时也发生了一定的变异,说明PRRSV还在不断地变异和演化。PRRSV的分布无明显地域性。 相似文献
11.
选取10种植物PSY基因的CDS编码区序列,通过计算序列的碱基组成、有效密码子数(ENC)、同义密码子相对使用度(RSCU)等相关参数,并对这些序列进行ENC绘图与奇偶性分析,揭示10种植物对PSY基因密码子的使用偏好性。结果表明10种植物对于PSY基因密码子使用优先选择含有A和U末端密码子。ENC图显示除突变影响PSY基因密码子使用偏好性以外,还存在其他因素的影响。通过对RSCU值聚类分析发现,10种植物中含有UUG、AGA、AGG、GGA、GAU、ACA、GUU、CCU、GCU、UCU、UCA的密码子为最优密码子(RSCU值1.6)。DANMAN结果显示GAAGATGC是10种植物所含有的最长的保守区域。以辣椒PSY基因为例,预测得到大肠杆菌和酿酒酵母是最合适的辣椒PSY基因的宿主。 相似文献
12.
多糖是药用植物铁皮石斛(Dendrobium officinale)的主要成分之一。鼠李半乳糖醛酸聚糖Ⅰ鼠李糖转移酶(rhamnogalacturon Ⅰ rhamnosyltransferase,RRT)在Ⅰ型鼠李半乳糖醛酸聚糖的合成中起重要作用。利用生物信息学在全基因组水平鉴定出4个铁皮石斛RRT家族基因( DoRRT1 、 DoRRT2 、 DoRRT3 、 DoRRT4 ),通过逆转录定量PCR检测该基因家族在不同组织和胁迫下的表达情况。结果表明：在系统发育上DoRRT1、DoRRT3被聚为一组, DoRRT2、DoRRT4被聚为一组;DoRRT蛋白均为亲水蛋白质,可定位于高尔基体;DoRRT蛋白的α-螺旋和无规卷曲较多;4个DoRRT蛋白均有O-FucT保守结构域;组织表达显示 DoRRT1 、 DoRRT2 、 DoRRT4 在根、茎、叶中均有表达,且在地上部的转录水平较高;胁迫表达表明 DoRRT2 、 DoRRT4 在高温胁迫下表达显著下调, DoRRT2 在PEG模拟干旱条件下表达显著下调,说明 DoRRT2 、 DoRRT4 参与非生物胁迫响应。以上结果为深入研究DoRRT的生物学功能提供数据支撑。 相似文献
13.
不同月龄大泷六线鱼形态性状与体质量的相关性及通径分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了研究大泷六线鱼形态性状与体质量之间的关系,随机选取6月龄和18月龄大泷六线鱼各150尾,测量了体质量和8个形态性状,包括全长、体长、体高、体宽、头长、躯干长、尾柄长、尾柄高,运用相关分析、回归分析和通径分析的方法研究这8个形态性状与体质量的关系。结果表明:6月龄和18月龄大泷六线鱼的所有形态性状与体质量之间的相关系数均达到极显著水平(P 0. 01),不同月龄影响体质量的主要形态性状存在差异。采用逐步引入-剔除法进行多元回归分析,6月龄和18月龄大泷六线鱼分别筛选出体长、头长、体高、体宽,全长、体高、尾柄高、体宽各4个形态性状,并建立多元回归方程:Y=-13. 54+1. 905X_2+1. 222 X_3+1. 211X_4+1. 499X_5,Y=-173. 415+8. 85X_1+11. 18X_3+9. 65X_4+20. 749X_8。通径分析结果显示,6月龄和18月龄大泷六线鱼对体质量直接作用最大的形态性状分别为体长(0. 706)和全长(0. 538),其次分别为头长(0. 150)和体高(0. 188),说明体长和头长、全长和体高分别对6月龄和18月龄大泷六线鱼体质量具有决定作用。除了上述的形态性状外,还应结合体宽来进行选育。研究结果可为大泷六线鱼的形态性状在良种选育中的利用提供重要参考。 相似文献
14.
为研究NIP5-1基因(Nodulin26-like intrinsic protein)在百合生长发育方面的作用机理,利用RACE技术克隆得到百合NIP5-1基因的全长cDNA序列。运用多个软件进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及RT-PCR技术检测其表达特性。结果表明:1)百合NIP5-1基因全长为1 492bp,包含1个900bp的完整开放阅读框(Open reading frame,ORF),共编码299个氨基酸;2)百合NIP5-1蛋白属于跨膜通道蛋白MIP超家族。具有6个跨膜区;在B、E环分别具有NIP5-1蛋白特有的NPS、NPV模体,具有该蛋白Ar/R filter分子筛特有的AIGR模体;与小果野芭蕉、香瓜、葡萄、黄瓜、番茄的相似性分别为86%、83%、84%、83%和82%;3)荧光定量结果显示,百合NIP5-1基因在茎中表达量最高,在花瓣中表达量较低,在叶、鳞茎、根中表达量均极低。RTPCR半定量检测显示,其在"湿"柱头上表达量显著高于"干"柱头,这与转录组测序结果相符合。上述研究暗示,百合NIP5-1可能是硼酸通道蛋白,在促进茎生长及生殖活动中发挥作用。 相似文献
15.
为评估舟山不同野生群体等边浅蛤(Macridiscus multifarius)形态对体质量的影响,随机选取浙江省舟山市两个海域沙滩的等边浅蛤,测量每个个体的壳长(SL)、壳高(SH)、壳宽(SW)等3个形态性状指标,以及阴干后体质量(BM),采用通径分析等方法评估各形态性状对体质量的影响。研究结果显示,两个地理群体等边浅蛤各形态性状对体质量的影响有一定差异,其中对嵊泗群体体质量影响最大的形态性状为壳高,而对普陀群体而言,壳宽对其体质量的影响最大。两个地理群体各形态性状与体质量之间的相关系数均较大,且达到极显著水平,各形态性状对体质量的间接作用均大于直接作用。将偏回归系数显著的变量与体质量建立多元回归方程,得到嵊泗和普陀群体的最优回归方程分别为Y=0.505X1+0.773X2+0.723X3-41.313和Y=0.258X1+0.432X2+0.888X3-23.607,其中,Y为体质量,X1、X2、X 相似文献
16.
为了研究矮杆油菜种质群体的主要农艺性状之间的相互关系,提高矮杆油菜品种的选育效率。对214份矮杆甘蓝型油菜材料的10个农艺性状进行相关性分析和主成分分析。结果表明：相关性分析显示株高与产量、有效分枝高度、主花序长度、主花序角果数呈正相关,单株产量与株高、一次分枝数、主花序长度和主花序角果数之间呈极显著正相关;主成分分析农艺性状综合为株高因子、角果密度因子、千粒重因子、有效分枝高度因子和每角粒数因子,累计贡献率达80.42%,涵盖了主要农艺性状的全部信息。 相似文献
17.
蔗糖:蔗糖1-果糖基转移酶基因1-SST在植物逆境胁迫反应中起重要作用。为了挖掘华山新麦草(Psathyrostachys huashanica Keng)抗非生物胁迫关键功能基因,以华山新麦草叶片为材料,利用RT-PCR结合RACE技术克隆1-SST基因的全长cDNA,命名为Ph-1-SST,登录号为KX761897。通过PCR法扩增其gDNA序列,测序结果表明该基因的gDNA和cDNA序列长度分别为3 344bp和2 001bp,编码666个氨基酸残基,序列结构分析结果表明该基因含4个外显子3个内含子,预测该蛋白相对分子质量为72.9ku,理论等电点为4.87。序列比对显示,该基因与大麦1-SST基因编码蛋白的相似性最高(90%),为糖基水解酶32家族成员。对1-SST氨基酸序列的系统进化树分析显示,Ph-1-SST及其同源蛋白位于不同分支,初步推断此全长cDNA是华山新麦草中编码蔗糖:蔗糖1-果糖基转移酶的一个新基因。结果为作物非生物胁迫改良提供重要基因资源。 相似文献
18.
对72个鸢尾品种的表型性状进行了主成分分析和聚类分析。结果表明，鸢尾表型性状变异丰富，形态多样性指数在0.29～2.02之间，多样性指数平均值为1.54，表型性状变异系数范围为22.41%～48.00%，平均变异系数为37.32%。主成分分析提取了5个主成分，累计贡献率达到82.78%。通过聚合层次聚类分析法分析显示，72份鸢尾样品的表型性状可被聚为2个大类：第一大类为有附属物的蝴蝶花和德国鸢尾，第二大类为无附属物的鸢尾，无附属物的鸢尾又可分为4个子类。 相似文献
19.
云南红河水系李仙江麦穗鱼不同地理居群的形态分化 总被引：3，自引：0，他引：3
对采自李仙江流域江城、墨江和镇沅三个居群89尾麦穗鱼标本进行11个常规性状和16个框架结构性状的测量,应用多变量形态度量学结合主成分分析、判别分析和差异系数分析等3种方法比较李仙江3个地理居群间的形态差异。结果均支持镇沅居群较为独立。其中,主成分分析中PC1、PC2和PC3贡献率分别为55.094%,8.397%,6.988%,累积贡献率达70.469%,在PC1、PC2散点图中,镇沅居群个体基本独立分出。应用判别分析,从27个性状变量逐步筛选出对区分3个居群标本贡献较大的7个性状(P0.01),建立麦穗鱼三个地理居群的判别函数式,发现对镇沅居群的判别率高达100%,对江城、墨江居群的判别率均为96.7%。同样取起主要贡献作用的7个性状与体长的比值进行形态差异系数分析,发现江城居群与镇沅居群之间差异系数大于1.28的性状有3个,墨江居群与镇沅居群之间亦有3个。镇沅居群产生形态变异,除可能受来源、生境因素影响外,遗传因素也发挥着不可忽视的作用。因此在后续研究中还需借助分子生物学手段进行分析。 相似文献
20.
【目的】分析中国和美国2个入侵地红火蚁Solenopsis invicta毒腺生物碱的主要化学成分及其聚类特征.【方法】以中国广州、惠州、深圳、珠海和东莞以及美国阿拉巴马州采样地共24巢红火蚁为样本,提取各个蚁巢毒腺的生物碱流分,分别以红火蚁顺式生物碱流分中的15种生物碱和反式生物碱流分中的7种生物碱相对含量作为变量,建立2个数据矩阵,进行主成分分析和聚类分析.【结果和结论】主成分分析结果表明,将红火蚁顺式生物碱流分中的15种生物碱综合成为2个主成分因子,主要是顺式-2-甲基-6-(4'-十三烯)哌啶、2-甲基-6-(6'-十五烯)-Δ1,6-哌啶、2-甲基-6-十五烷基-Δ1,6-哌啶和顺式-2-甲基-6-十一烷基哌啶;反式生物碱流分中的7种生物碱综合成1个主成分因子,主要是反式-2-甲基-6-(4'-十三烯)哌啶和反式-2-甲基-6-(6'-十五烯)哌啶.顺式生物碱流分的聚类分析可以将美国种群与中国种群区分开来,而反式生物碱流分不能. 相似文献