正交设计优化莲藕ISSR-PCR反应体系研究   总被引：5，自引：0，他引：5  

李长春  阳天泉  戴余军  李建华  田春元 《北方园艺》2011,(1):121-123

利用正交实验设计的方法,对莲藕ISSR-PCR反应的四因素(TaqDNA聚合酶浓度、dNTP浓度、引物浓度、Mg2+浓度)三水平进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度、PCR反应过程中的退火温度进行梯度检测。结果表明:20μL的ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度为:10×PCRbuffer 2.0μL、dNTP150μmol/L、引物1.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L和TaqDNA聚合酶4 U,最佳模板DNA浓度为40～60 ng,引物U826的最佳退火温度为48.7℃。  相似文献   

利用正交设计优化辣椒SRAP反应体系     

吴智明  曾晶  胡开林  乔爱民 《北方园艺》2010,(11):152-154

为快速建立优化的辣椒SRAP反应体系,利用L9(34)正交表,探讨了Mg2+、dNTPs、引物和模板DNA4种主要反应成分的浓度变化对SRAP扩增结果的影响。结果表明:通过正交设计实验可高效建立优化稳定的辣椒SRAP反应体系;用该法建立的辣椒SRAP优化反应体系为:20μL反应体系中含10×PCRBuffer 2.0μL、Mg2+2.5 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L,上下游引物各0.4μmol/L、模板DNA10 ng,TaqDNA聚合酶1 U。  相似文献   

利用正交试验建立橄榄的ISSR-PCR反应体系   总被引：2，自引：0，他引：2  

杨培奎  庄东红  马瑞君 《中国南方果树》2010,39(2)

采用正交试验设计,对影响橄榄ISSR-PCR的5个主要因素(Mg2+浓度、dNTP、Taq DNA聚合酶、模板DNA浓度和引物浓度)在4个水平上进行优化筛选,建立了适合橄榄ISSR-PCR反应的最佳体系。即20μl体系中含有Mg2+3.0 mmol/L、dNTP 0.225 mmol/L、Taq DNA聚合酶1 U、模板DNA80 ng和引物0.25μmol/L,利用该体系对多个橄榄品种进行ISSR分析取得良好结果。  相似文献   

美国红枫SRAP反应体系优化     

刘巍  陈罡  颜廷武  郭志富  尤文忠  安昕 《北方园艺》2015,(2):79-83

以美国红枫基因组DNA为模板,采取L16(45)正交实验设计,对影响扩增反应的5个主要因素进行优化。结果表明:在20μL反应体系中,各因素的最佳配比为Mg2+浓度1.5mmol/L,dNTPs浓度2.5mmol/L,引物浓度1.5μmol/L,模板DNA用量50ng,Taq DNA聚合酶用量0.5U。该体系的建立为SRAP技术在美国红枫分子辅助育种实践中提供了技术基础。  相似文献   

杜鹃属ISSR-PCR反应体系优化     

《现代园艺》2021,(13)

为了优化杜鹃属ISSR-PCR反应体系,以“毛叶杜鹃”叶片为试验材料,应用正交试验与单因素试验相结合,对PCR反应体系的因素Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物及DNA模板进行优化组合,确定杜鹃属植物ISSR-PCR的20μL最优反应体系为:Mg2+1.5mmol/L、Taq DNA聚合酶1U、模板DNA 20ng、引物0.9μmol/L、d NTPs 0.2mmol/L。  相似文献   

正交设计优化大白菜ISSR-PCR反应体系     

吴春燕  高义  宋廷宇  张晓明  韩玉珠 《北方园艺》2012,(5):127-129

以大白菜为试材,采用新型植物基因组DNA提取试剂盒提取大白菜基因组DNA,采用正交实验设计方法,对dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物、及模板DNA五因素四水平进行优化,筛选并建立了适合大白菜的ISSR-PCR反应体系。结果表明:25μL的反应体系中含有1.5mmol/L Mg2+、200μmol/L dNTP、0.5UTaq DNA聚合酶、0.7μmol/L引物、30ng模板DNA。在此基础上探讨了最佳循环次数,应用该优化反应体系,用3个不同循环数对资源DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化的反应体系适宜的循环次数是30。  相似文献   

蜡梅ISSR反应体系的优化     

褚云霞  汤庚国  张永春  靖相密 《北方园艺》2007,(10):161-163

通过不同浓度Mg2 、dNTP、模板DNA、引物的组合试验、及不同浓度引物、Taq DNA聚合酶的单因素试验,筛选蜡梅最佳ISSR反应体系为:每20μL中含1×PCR buffer、2.5 mmol·L-1 MgCl2、0.2 mmol·L-1 dNTP、0.3μmol·L-1引物、30ng模板DNA、1U TaqDNA聚合酶;同时通过梯度PCR试验确定了不同引物的适宜退火温度.  相似文献   

姬松茸ISSR特异扩增体系的研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

林新坚  江秀红  蔡海松  郑永标  林陈强 《食用菌学报》2007,14(4):25-30

为了建立稳定的姬松茸(Agaricus blazei Murill)简单序列重复区间(Inter-Simple Sequence Repeats,ISSR)分子标记技术体系,笔者通过单因子试验分别研究了模板DNA、Mg2 浓度、dNTP、引物浓度和Taq酶用量对姬松茸ISSR-PCR扩增的影响,确定了姬松茸ISSR分析的最佳PCR条件为:25μL反应体系中,模板DNA20ng,引物0.75μmol/L,dNTP200μmol/L,Mg2 2.0mmol/L,Taq DNA polymerase 1.5U。并应用该优化体系筛选到6个适合姬松茸ISSR-PCR扩增的引物,为利用ISSR标记技术研究姬松茸的种质资源提供了参考。  相似文献   

均匀设计优化澳洲坚果SRAP反应体系   总被引：3，自引：0，他引：3  

郭凌飞  邹明宏  杜丽清  曾辉  陆超忠 《果树学报》2008,25(2):250-253

以澳洲坚果部分种质为试材,采用U25(55)均匀设计表,对SRAP-PCR反应体系中Taq DNA聚合酶、模板DNA、dNTPs、Mg2+、引物5个组分的浓度进行优化。结果表明澳洲坚果25μL的SRAP反应体系的最佳组分包括2.5μL10×PCR buffer、1 UTaq DNA聚合酶、40 ng模板DNA、0.2 mmol/LdNTPs、0.2μmol/L引物和3.0 mmol/LMg2+。利用所确立的体系对部分澳洲坚果种质进行扩增的结果清晰可靠,多态性好。  相似文献   

偃麦草SRAP-PCR反应体系优化     

毛伟  李培英  孙宗玖 《北方园艺》2015,(2):91-97

以偃麦草叶片DNA为模板,利用单因子和L16(45)正交实验设计对影响偃麦草SRAP-PCR反应效果的Mg2+、引物、dNTPs、DNA、Taq DNA聚合酶5种因素进行优化,并比较了不同退火温度对扩增反应的影响,通过综合比较分析建立偃麦草SRAP-PCR的优化反应体系。结果表明:优化的偃麦草SRAP-PCR总体系20μL中,Mg2+1.75 mmol/L,引物0.15μmol/L,dNTPs 0.20mmol/L,DNA 50ng,Taq DNA聚合酶0.75U,2μL 10×PCR buffer;Mg2+和引物浓度对扩增效果影响最大,DNA浓度影响最小;采用该体系对32份偃麦草进行验证,扩增结果清晰稳定,此体系的建立为利用SRAP分子标记进行偃麦草遗传多样性、抗性标记等研究奠定了技术基础。  相似文献   

番木瓜DNA提取与SRAP反应体系优化     

韦金菊  何凡  范鸿雁  刘晓静 《中国南方果树》2010,39(1)

对番木瓜基因组DNA的提取及SRAP反应体系的模板、引物、dNTP、Taq聚合酶等条件进行了优化。结果表明,在20μL反应体系中,最优反应体系为模板DNA 40 ng,引物浓度0.4μmol/L,Taq聚合酶0.4 U/20μL,dNTPs 0.2 mmol/L。番木瓜的SRAP-PCR程序为94℃预变性4分钟;94℃变性1分钟,35℃复性1分钟,72℃延伸1.5分钟,5个循环;94℃变性1分钟,52℃复性1分钟,72℃延伸1.5分钟,35个循环;最后72℃延伸10分钟,4℃保存。  相似文献   

苹果SSR反应体系的建立   总被引：15，自引：1，他引：15  

徐兴兴  梁海永  甄志先  杨敏生 《果树学报》2006,23(2):161-164

为摸索适宜苹果的SSR反应体系,以金冠苹果为试验材料,研究了苹果SSR技术中PCR反应体系的主要成分对SSR扩增结果的影响。对SSR反应体系中的Mg2+浓度、引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、模板浓度以及退火温度进行了探索,确立了适合苹果的SSR反应体系为:在20μL反应体系中,Mg2+、引物和dNTP的最适浓度分别为2.5mmol/L、0.8μmol/L、0.10mmol/L;反应体系中TaqDNA聚合酶宜加入1U,模板DNA应加入15-30ng;引物的最佳退火温度为48.5-52.0℃。并利用该反应体系对10个苹果代表品种进行SSR反应,用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,不同品种间DNA谱带多态性丰富,证实该体系稳定可靠。  相似文献   

中国樱桃S-RNase基因PCR扩增技术体系的建立     

李晓  吴俊  张绍铃 《果树学报》2008,25(2):277-280

通过对TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTP、通用引物、模板DNA浓度等反应参数的系统研究,建立了中国樱桃S-RNase基因特异PCR扩增体系。该体系反应的总体积25μL,其中Taq酶1.25U,MgCl22.5mmol/L,dNTP0.15mmol/L,通用引物0.25μmol/L,模板DNA 50 ng。反应程序为:94℃预变性3 min;33个循环的94℃变性1 min,56℃退火45 s,72℃延伸1.5 min;最后72℃延伸10 min。利用优化的扩增体系在中国樱桃的不同品种中获得有效扩增,进一步证明了该体系具有良好的稳定性和重复性。  相似文献   

豇豆ISSR-PCR反应体系的建立   总被引：1，自引：0，他引：1  

尹光晶  宋廷宇  吴春燕  李静  宋述尧 《北方园艺》2012,(12):141-143

以豇豆为试材,用新型植物基因组DNA提取试剂盒提取豇豆DNA,选取Mg~(2+)、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物及模板DNA为主因素进行正交优化试验,从3个不同循环次数中筛选出最佳效果循环次数。结果表明:优化的反应体系为25μL的反应体系中Mg~(2+)1.0 mmol/L、dNTP 0.2μmol/L、Taq DNA聚合酶1.5 U、引物0.3μmol/L、模板DNA 45 ng,循环次数为40次。  相似文献   

辣椒SRAP分子标记的优化及在航椒4号种子纯度检测中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

扈新民  李亚利  赵丹  高彦辉  罗爱玉  唐瑞勇  李红民 《长江蔬菜》2010,(22):7-11

为了对SRAP分子标记在辣椒中的应用进行优化,试验采用正交设计L16（45）,在4个水平上对影响辣椒SRAP反应体系的Taq酶浓度、Mg2＋含量、模板DNA用量、dNTP浓度及引物用量等5个因素进行了优化,并用单因素完全随机试验筛选各反应因素的最佳水平,建立了辣椒SRAP分子标记的最佳体系。结果表明,在10μL反应体系中,Taq酶最适浓度为1.5U、Mg2＋最适浓度为1.5 mmol/L、模板DNA最适用量为100ng、dNTP最适用量为0.3 mmol/L、引物最适浓度为0.1μmol/L。利用20个辣椒材料来验证此反应体系,6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果显示,扩增产物在350～750 bp之间多态性高,且反应体系的稳定性和重复性好。通过优化的SRAP分子标记对F1代辣椒种子航椒4号进行纯度检测,检测结果为98%,与其田间检测结果100%十分接近。表明了SRAP分子标记技术是鉴定辣椒一代杂种纯度的有效方法,具有准确、可靠、快速的特点,在辣椒杂交种子纯度室内快速检测中有很大的应用前景。  相似文献   

桦纤孔菌菌丝体基因组DNA的提取及SRAP体系的优化     

郭晓帆  朴钟云  王守明 《食用菌》2014,(5):17-19

以野生桦纤孔菌分离得到的菌丝体为材料,采用改良CTAB法对桦纤孔菌基因组DNA进行了提取。从50对引物中筛选出30对扩增产物丰富、具有较高多态性的引物,同时对SRAP反应体系进行了优化。对模板DNA浓度、DNA用量、dNTPs、Buffer、Taq聚合酶、10碱基引物浓度进行优化。结果表明,桦纤孔菌SRAP的最佳体系为:模板DNA浓度为2 mg/L,dNTPs1.0 mmol/L,Buffer1.0 mmol/L,TaqDNA聚合酶0.3 U/μL,10碱基引物浓度为1.0μmol/L,加ddH2O至10μL反应体系。  相似文献   

芫花ISSR-PCR扩增反应体系的优化     

刘芳  陈卫连  沈永宝 《现代园艺》2013,(20):15-16

以芫花(Daphne genkwa)DNA为模版,利用单因素试验,分析DNA模版、Mg2+、dNTP、TaqDNA聚合酶和引物对ISSR-PCR反应的影响,适合芫花的ISSR-PCR的反应体系:20μl反应体系中含2.5mmol/L Mg2+,0.2mmol/L dNTPs,1.0u TaqDNA聚合酶,0.8μmol/L引物,40ng模板DNA。  相似文献   

西藏光核桃SRAP-PCR反应体系的优化和引物筛选   总被引：1，自引：0，他引：1  

谭江平  曾秀丽  廖明安  邱利娜  王玉霞  次仁卓嘎 《北方园艺》2011,(2):139-143

以西藏12份光核桃种质为试材,采用正交设计,从dNTPs、Mg²⁺、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶5种因素5个水平来优化SRAP-PCR反应体系,并对引物进行了筛选。结果表明:光核桃25μL的SRAP反应体系的最佳组分包括2.5μL 10×buffer,0.35 mmol/L dNTPs,1.5 mmol/L Mg²⁺,0.4μmol/L引物,20 ng模板DNA和2.5 U Taq DNA聚合酶。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以dNTPs浓度影响最大,模板DNA的影响最小。应用该体系从40个引物组合中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物组合23个。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为利用SRAP标记技术进行光核桃遗传多样性研究提供了依据。  相似文献   

小干松SRAP-PCR反应体系的建立     

王骞春  黄夏  李光森 《北方园艺》2013,(2):83-86

以小干松针叶基因组DNA为模板,采用L16(45)正交实验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Taq酶、Mg2+、dNTPs、模板DNA和引物5个因素在4个水平上进行优化.结果表明:小干松SRAP-PCR 20 μL反应体系最佳组合为:Taq酶0.5U,Mg2+浓度2.5mmol/L,dNTPs浓度0.15 mmol/L,模板DNA含量60 ng,引物0.2μmol/L.使用12对SRAP引物,采用优化后的体系进行SRAP-PCR反应,表明优化的体系很好地满足了小干松基因组DNA进行SRAP的扩增要求.  相似文献   

花椰菜最适ISSR反应体系的建立及优化     

陈海英  罗天宽  张小玲  唐征  刘庆 《长江蔬菜》2009,(12)

以花椰菜9901A×9908杂交种为材料,用高盐低pH值法提取的基因组DNA为模板,对ISSR-PCR反应体系中的镁离子浓度、dNTP浓度、Taq DNA聚合酶量、引物用量以及最适退火温度等影响因子进行了优化和筛选,建立了适合花椰菜的ISSR反应体系:20 μL PCR反应体系,含10×PCR反应缓冲液2 μL,2.0 mmol/L MgCl2,4×dNTP混合物0.2 mmol/L,引物0.5 μmol/L,Taq酶1.5 U,基因组DNA约30 ng,最适退火温度为52.8℃.  相似文献