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联合利用Illumina 90K SNP芯片和毛细管高通量SSR检测技术，构建75份育成品种384个SNP和42个SSR位点的指纹图谱，比较两种标记在遗传多样性、遗传相似系数和鉴别能力等方面的特征。结果显示，SNP标记揭示的遗传多样性指数明显低于SSR标记，但能较好地反映品种间的遗传多样性；SNP标记揭示的遗传相似系数明显高于SSR标记，但两者呈极显著线性相关；384个SNP位点鉴定近等基因系的能力低于42个SSR位点，但去除近等基因系后，仅需8个SNP或4个SSR位点组合即可区分剩余的74份品种，表明最优位点组合具有较高的鉴定效率，在品种鉴定时可先采用少量标记进行初鉴，对于极近似品种可加大标记密度。首次结合SSR和SNP标记构建指纹图谱，证实了两者之间的一致性，提出了分子身份鉴定技术标记数量的选择思路，为小麦品种DNA身份鉴定技术标准制定提供了重要的参考依据。 相似文献
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[目的]对供试葡萄材料进行遗传多样性分析,构建其指纹图谱,为葡萄分类、种质鉴定和制干葡萄定向育种提供科学依据.[方法]利用SSR标记对新疆44个相对适宜制干葡萄(VitisL)品种(系)进行遗传多样性分析及指纹图谱构建.[结果]以52对SSR引物对供试材料的基因组DNA进行PCR扩增,筛选出8对多态性高、谱带清晰的引物.共扩增出190条带,均为多态性条带,多态性百分率为100;.多态性信息含量指数(PIC)变幅为0.686 8～0.964 0,平均为0.908 4.UPGMA聚类分析表明,44份葡萄品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.63～0.92,在遗传相似系数0.654处,可将44份供试材料分为5个类群,在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系.利用Vmc9a2.1、UDV-017、UDV-033和UDV-041等4条引物构建了品种DNA指纹图谱,可区分44个供试材料.[结论]SSR标记方法可分析供试材料的亲缘关系,利用筛选出的4种引物可构建其DNA指纹图谱. 相似文献
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基于SSR标记的福建省若干水稻品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析 总被引：8，自引：0，他引：8
以24份杂交稻品种和18份杂交稻亲本为材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。24对引物在研究材料中共检测到74个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为3.1个。基于24个SSR标记的扩增结果,利用NTSYS 2.10e软件计算Dice遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明:42份材料之间的相似系数变化范围为0.60~1.00,在遗传相似系数0.68处可以将42份材料分为6个类群,较好地反映了供试材料的亲缘关系,可为水稻育种中亲本选择提供参考。同时建立了42份材料×12个SSR标记的指纹图谱,为杂交水稻品种纯度和真伪鉴定提供科学数据。 相似文献
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枸杞品种SSR荧光指纹图谱构建及遗传关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《西北林学院学报》2017,(1)
以12个枸杞栽培品种为材料,利用SSR荧光标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传关系分析。11对SSR引物在12品种共检测到34个等位变异,平均每个位点为3.1个,位点平均有效等位变异数(Ne)、观测杂合度(Ho)、Shannon’s信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为2.025、0.439、0.776和0.391。其中4对引物SF1、SF30、SF63和SF92可区分所有供试品种,为品种鉴别提供依据。NTSYS-pc2.10软件聚类表明,12个枸杞品种遗传相似系数变化范围是0.57~0.91,平均为0.68,表明枸杞品种间存在着丰富的遗传多样性。SSR荧光标记技术可以有效地用于枸杞品种资源指纹图谱构建及遗传关系研究。 相似文献
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粳稻品种(系)SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用47对SSR引物所检测出的114个等位基因位点对江苏省大面积种植的48份粳稻品种(系)进行了遗传相似性分析,在47对具有多态的SSR引物中选择其中17对多态性好、带型清晰的SSR引物构建48份粳稻品种(系)的指纹图谱。结果显示,17对SSR引物构建的指纹图谱可以将48份粳稻品种(系)逐一区分开来。48份粳稻品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.65~0.98。采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.69处,可将48个粳稻品种(系)分为3类,绝大多数品种(系)都聚为第三类群,说明江苏省大面积种植的粳稻品种(系)的遗传基础相对比较狭窄。 相似文献
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淮安地区主栽小麦品种指纹图谱的构建及遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用分布在小麦42条染色体上的86对SSR引物,对24份淮安地区主栽小麦品种(系)基因组DNA进行PCR扩增,结果发现,86对SSR引物中有26对引物在24份材料之间具有稳定的多态性。利用这26对SSR引物所检测出的124个等位基因对24份淮安地区小麦主栽品种(系)进行遗传相似性分析,并在26对引物中选择其中6对多态性好、扩增带型清晰的SSR引物构建24份小麦品种(系)的指纹图谱。6对SSR引物构建的指纹图谱可以将24份小麦品种(系)逐一区分开来。24份小麦品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.54～0.92。采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数064处,可将24份小麦品种(系)分为4大类群,在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系。 相似文献
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利用SSR分子标记,对4个白杨杂交新品种及父母本和3个近缘品种进行了指纹图谱构建和遗传关系分析。结果表明:筛选出的9对引物共扩增出106条清晰条带,平均每对引物扩增条带为11.7条,其中,多态性条带89条,多态性比率为83.1%,说明这些品种间具有较高的遗传多样性。9个品种间的遗传相似系数在0.41~0.75之间;通过系统聚类分析发现,4个杂交新品种与父本截叶毛白杨遗传相似度较高。选用扩增效果好,重复性高的3对引物构建了DNA指纹图谱,为这些品种的商业化生产应用提供了技术依据。 相似文献
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利用SSR标记对24份太湖地区杂交粳稻品种初步建立了DNA指纹图谱和进行遗传相似性分析.结果表明:24对引物在研究材料中共检测到105个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为4.38个.筛选出5对核心引物(RM336、RM72、RM1195、RM19和RM267)建立了24份材料的DNA指纹图谱.24份材料之间的相似系数变化范围为0.69～0.99,相似系数比较大,表明供试材料的遗传基础多样性相对狭窄.在遗传相似系数0.71水平处可以将24份材料分为3个类群. 相似文献
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《江苏农业科学》2014,(5)
利用分布在大豆20对染色体上的56对SSR引物,对淮河以南地区26份菜用大豆品种(系)基因组DNA进行PCR扩增。结果表明,56对SSR引物中有44对引物在26份菜用大豆之间具有稳定的多态性。利用这44对SSR引物所检测出的123个等位基因对26份菜用大豆品种(系)进行遗传相似性分析,并在44对引物中选择其中6对多态性好、扩增带型清晰的SSR引物构建26份菜用大豆品种(系)的指纹图谱。这6对SSR引物构建的指纹图谱可以将26份菜用大豆品种(系)逐一区分开来。采用非加权类平均法进行聚类分析,26份菜用大豆品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.61~0.88,在相似系数0.70处,可将26份菜用大豆品种(系)分为4大类群,分析结果在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系。 相似文献
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旨在找到一种简便的SNP检测方法用于水稻种性鉴定及遗传多样性分析，本研究以245份长江中下游主推杂交水稻品种及亲本为研究材料，从1319个SNP位点中筛选出124对多态性高的位点，建立SNP的高效检测体系。选用其中的一个标记sf0141821553和SSR的标记RM7120来检测水稻的纯度，分别利用Caps-AccI标记和SNP-sf0601764762扩增分析亲本及杂交后代Wx的基因型，两者结果完全一致，说明水稻功能性SNP标记完全可用于水稻种品纯度和种真实性的鉴定。用124对位点对245份杂交水稻进行遗传多样性分析，聚类分析显示，245个品种间的遗传相似系数在0.64~0.97之间，以遗传相似系数0.64为阈值，可以将245个水稻品种分为两个类群，这两个类群分别在遗传相似系数为0.712和0.667处又可以分为两个亚群，结果表明材料间存在明显的群体结构，能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳来实现SNP标记的检测，方法简便且不需要大型仪器设备和昂贵的试剂，便于实验室开展水稻品种的鉴定工作。 相似文献
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为了评价湖北省及部分其他地区审定的具有代表性杂交稻骨干亲本遗传相似性并构建其指纹图谱,利用48个SSR分子标记对来自湖北及部分其他省份的19份材料进行分析,结果共检测到62个等位基因,平均每个SSR标记检测到3.88个,变幅为2~7个;每个标记的多态性信息含量(PIC)平均值为0.501,变幅为0.266~0.792,选取PIC最高的11个作为核心标记构建完成19份材料的指纹图谱;SSR聚类分析结果表明,恢复系和不育系的遗传基础均较狭窄,表现出较高的平均遗传相似系数(分别为0.771与0.707),但恢复系和不育系之间的遗传距离相对较远,从一定程度上反映了遗传距离与杂种优势的正相关性。 相似文献
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贵州地方水稻品种“禾”的SSR指纹图谱构建 总被引：5，自引：0，他引：5
利用SSR标记对24份"禾"品种进行遗传多样性分析,初步建立了其DNA指纹图谱。从145对SSR引物中筛选出21对多态性引物组合,对所有供试材料进行分析,共检测出73个等位基因,平均为3.4762;平均PIC指数为0.4084,范围在0.1175(RM147)~0.6810(RM336)。应用6对引物(RM20A、RM161、RM253、RM280、RM336和RM495)的组合获得了每个品种的SSR特征带,可以将所有供试材料区分开来,从而建立24份"禾"品种的SSR指纹图谱。UPGMA聚类分析表明,在相似系数为0.652处,可将所有材料分为5类,聚类结果表明品种间的亲缘关系与地理来源关系不大。 相似文献
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向日葵DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《宁夏农林科技》2015,(7)
以12份向日葵杂交种和18份向日葵亲本为材料,利用SSR分子标记,从502对SSR引物中筛选了34对核心引物。34对引物在30份研究材料中共检测到81个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为2.38个。基于34个SSR标记的扩增结果,利用NTsys 2.10e软件计算遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明:30份材料之间的遗传相似系数变化范围为0.432 0~0.901 2,在遗传相似系数0.62处可以将30份材料分为两大类,一定程度上反映了材料间的亲缘关系。同时SSR标记指纹图谱的建立为向日葵品种纯度和真伪鉴定提供了科学数据。 相似文献
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【目的】基于SSR分子标记评价仁用杏遗传多样性,并利用SSR标记鉴别仁用杏品种,构建仁用杏SSR指纹图谱,为仁用杏资源的合理利用与开发提供依据。【方法】利用9对多态性高、重复性好且条带清晰的SSR标记,对我国16个仁用杏主栽品种进行荧光毛细管电泳检测,评价其遗传多样性,并鉴别仁用杏品种和构建指纹图谱。【结果】利用9对SSR引物在16个供试仁用杏品种中共检测到68个等位基因(Na),平均每位点7.56个;位点MA039a检测到的等位基因最多(10个),位点UDP97-401检测到的等位基因最少(6个);多态信息含量(PIC)值为0.64~0.81,均值为0.76。基于单独一对引物MA039a,就能鉴别11个仁用杏品种;将引物MA039a分别与pchgms12、MA020a、BPPCT002、UDP97-401、UDP98-406等5个引物组合,即能将16个供试仁用杏主栽品种鉴别开来,据此构建了16个仁用杏品种在所用9对SSR位点上的DNA指纹图谱;16个仁用杏主栽品种间的遗传相似性系数为0.53~0.99,由此得知仁用杏资源遗传背景狭窄、变异幅度较小;利用UPGMA法进行聚类分析,在相似性系数为0.70处,可将16个仁用杏品种分成4组,聚类分析结果与品种来源基本一致,即同一系列品种优先聚在一起。【结论】我国仁用杏资源遗传背景狭窄,不同系列品种间基因交流少,遗传相似度相对较高,该结果可为仁用杏杂交育种过程中杂交亲本组合的选配、仁用杏起源和演化研究以及仁用杏核心种质资源的建立提供技术和理论支持。 相似文献
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利用农业行业标准(NY/T 1433—2007)中公布的24对SSR引物构建江西省2018年27份晚粳区试品种以及4份籼型晚稻区试对照品种的DNA指纹图谱,并进行遗传相似性分析。24对SSR引物共扩增出114个多态性片段,平均每对引物可检测到4.75个等位基因,引物的各等位基因在样品间的PIC值变化范围为0～0.374 7,平均值为0.171 1。聚类分析表明,31份水稻品种的遗传相似系数在0.19～0.77。当相似系数约为0.19时,江西省2018年晚粳区试品种与籼型晚稻区试对照品种分成两组;当相似系数约为0.39时,晚粳区试品种分为4组。指纹图谱数据表明,晚粳区试品种的指纹差异都在2个位点以上,不存在近似品种。 相似文献
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【目的】对9个果蔗品种(系)进行遗传多样性分析并构建其DNA指纹图谱,为果蔗品种鉴定和分子育种等提供理论依据。【方法】利用21个SSR分子标记和毛细管电泳技术对来自4个省份的9个果蔗品种(系)进行遗传多样性分析,应用NTSYS-pc 2.11计算供试材料间遗传相似系数,并运用UPGMA法进行聚类分析,同时构建其DNA指纹图谱。【结果】21对SSR引物共扩增出204条带,多态性比例为75.99%,每对引物可扩增出4~31条带,平均为9.71条。其中,17对引物含有9个果蔗品种(系)的44个特征位点,仅有5对引物鉴别能力最强,单个引物即可将其完全区分开。选择多态性高、鉴别力强且含有品种(系)特征位点的3对引物(SMC36BUQ、SMC597CS和SMC851MS)构建了9份果蔗品种(系)基于44个位点的DNA指纹图谱。9份果蔗材料的遗传相似系数为0.62~0.90,平均为0.77。UPGMA聚类结果显示,9个果蔗材料可分为三大类群,且与材料来源地无直接关系。【结论】9个果蔗品种(系)间的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,遗传多样性并不丰富,在育种中应加大果蔗亲本遗传背景的差异,提高其遗传多样性。 相似文献
20.
《安徽农业科学》2020,(4):96-99
[目的]利用SSR分子标记构建藕莲品种(系)鉴定的DNA指纹图谱,为藕莲品种鉴定和新品种选育提供技术支持。[方法]利用SSR标记对9个莲藕新品种(系)进行鉴定,统计条带并进行遗传多样性分析,选择核心引物,建立DNA指纹图谱。[结果]从45对引物中筛选到9对多态性引物,对9个品种(系)扩增得到条带,共扩增出52条带,其中差异条带32条,多态性比率为61.54%,扩增片段大小为100～400 bp。选出4对SSR核心引物构建9个藕莲品种(系)的DNA指纹图谱。[结论]藕莲品种遗传多样性水平较低,4对引物组合所构建的DNA指纹图谱可用于藕莲品种鉴定。 相似文献