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采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析.结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%. 相似文献
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为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及种间差异,本研究采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术,对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼(Larimichthys crocea)、黄姑鱼(Nibea albiflora)、鮸状黄姑鱼(Nibea miichthyoides)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus))的肠道菌群进行了16S rDNA V3-V4区测序。各样本得到unique tags的数目在20351到43347之间,上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个OTUs(operational taxonomic units),分类注释结果显示,这些OUT隶属33个门273个属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁的样品均以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)细菌为主要优势菌群,约占总菌量的70%,在大黄鱼肠道菌群中,螺旋菌门细菌占比达26.19%,也是其主要优势菌群;在属水平上,Bacillus、Photobacterium、Vibrio、Chryseobacterium、Sphingomonas、Pseudomonas等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。对养殖石首鱼类的肠道菌群多样性的分析表明,Shannon’s 群落多样性指数：黄姑鱼>鮸状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>鮸鱼>大黄鱼;各种鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁;对不同鱼类间的肠道菌群差异性分析显示,大黄鱼与眼斑拟石首鱼之间肠道菌群的相似度要高于黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼,而黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼之间的相似度较高。综上所述,5种海水养殖石首鱼类肠道菌群中存在有自身特色的核心菌群,肠道菌群结构的差异与种类间的系统进化关系相似,证明肠道菌群结构与宿主遗传因素密切相关。 相似文献
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为研究鱼菜共生模式下不同鱼类肠道微生物的菌落结构,采用宏基因组学测序技术和生物信息学分析手段,构建了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲫(Carassius auratus)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(Aristichthys nobilis)4种鲤科鱼类的肠道内含物等12个样品的16S rDNA测序克隆文库,分析了这4种鲤科鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果表明,鱼菜共生模式下不同鲤科鱼类肠道内含物微生物优势菌落的组成十分相似(P0.05,Kruskal-Wallis),优势微生物菌群均是鲸杆菌属(Cetobacterium)和梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、拟杆菌属(Bacteroides)和芽孢杆菌属(Bacillus)等,其中鲸杆菌属和梭状芽孢杆菌属含量最丰富,且主要在非优势菌属之间具有显著差异(P0.05,Kruskal-Wallis),研究结果还表明食性不是造成不同食性鲤科鱼类肠道微生物菌落差异的唯一决定性因素。 相似文献
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鱼类肠道内存在着大量的微生物类群,其在宿主生长发育、代谢及免疫调控过程中扮演着重要的角色。大量研究显示肠道菌群与宿主脂代谢关系密切,能够通过调节肠道短链脂肪酸(short-chain fatty acids, SCFAs)、内毒素(lipopolysaccharide, LPS)、胆汁酸、氧化三甲胺等菌群代谢产物以及肠上皮细胞的通透性,影响宿主脂质代谢。本文对国内外鱼类肠道菌群及其与机体脂质代谢作用关系进行梳理,综合报道了鱼类肠道菌群的组成、脂类营养对鱼类肠道菌群的影响、鱼类肠道菌群与机体脂质代谢的关系及基于肠道菌群调控鱼类脂质代谢的策略。在鱼类肠道中,菌群种类及结构的变化或可作为鱼类脂代谢紊乱的早期诊断标志。在此基础上,基于肠道菌群稳态维持而采取调控手段,如合理应用益生菌、益生元等,或将为鱼类等水产动物脂质代谢紊乱防控提供新的方法。 相似文献
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一种保存鱼类鳍条的便捷方法 总被引：1，自引：0，他引：1
鳍条是研究鱼类分子生物学常用的组织样本,长期保存的鳍条为实验提供源源不断的基因组DNA。本研究介绍一种便捷保存鱼类鳍条用于DNA提取的方法---干燥法,并说明了用此方法保存鲤（Cyprinus carpio）、施氏鲟（Acipenser schrenckii）和虹鳟（Onchorynchus mykiss）鳍条效果。采集新鲜鳍条,贴在滤纸等吸水性强的纸张上,覆盖另一张滤纸,防止受潮、霉变,自然干燥后在室温保存3个月。剪取部分鳍条样本,用常规酚、氯仿抽提法提取基因组DNA,分别用紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增方法检测基因组DNA的质量。结果显示：用干燥法保存的3种鱼类的鳍条样品,提取获得的基因组DNA的OD260/OD280值在1.82-1.89之间, OD260/OD230值在2.29-2.70之间,琼脂糖凝胶电泳条带清晰明亮,可以用于后续的分子生物学研究。本研究证实用干燥法长期保存鱼类鳍条能够获得高质量的基因组DNA,为珍贵样品的长期保存提供了一种行之有效的方法,也为远距离、大样品的采集和保存提供了便捷的选择。 相似文献
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鱼类肠道菌群的研究概况 总被引：5，自引：0，他引：5
鱼类肠道存在着正常的细菌群落,这些微生物群为宿主创造生存的微环境,同时宿主也为它们提供生长繁衍的条件,两者相互依赖、相互制约,形成了统一的整体。综述了鱼类肠道菌群的研究意义、肠道菌群的形成、肠道菌群的数量和组成、肠道菌群的作用。肠道菌群的作用主要包括辅助消化作用、肠道菌群的变化和免疫机能的相关性、对外来菌群和寄生虫的作用、提供营养物质等。 相似文献
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为探究江鳕(Lota lota)肠道菌群结构特征,采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对3龄、4龄、5龄野生江鳕的雌、雄样本进行了微生物测序和分析。结果显示,3个年龄组江鳕的肠道菌群丰度及多样性差异不显著(P＞0.05),同一年龄雌、雄江鳕间的肠道菌群丰度及多样性差异不显著(P＞0.05)。江鳕肠道内容物的优势菌门为变形菌门和厚壁菌门,与鱼类肠道中最普遍和共存的细菌类群相同。Mycoplasma(支原体属)存在于所有样品中,且为优势菌群,其功能有待进一步研究。 相似文献
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在育肥饲料中添加虾青素会影响中华绒螫蟹肠道及鳃内的可培养优势菌群以及机体的免疫力,本实验旨在探讨饲料中虾青素含量及养殖水体对其肠道和鳃部菌群的影响。采用不同虾青素含量的饲料(0.00、26.60、41.62、81.37和75.35 mg/kg,分别对应饲料1#~5#)对雄性中华绒螫蟹进行育肥70 d后,利用基础培养基和选择性培养基对其肠道、鳃及养殖水体中的细菌进行传统分离和纯化,所得菌株进行16S rRNA测序,再进行同源性分析后做系统进化树。结果发现,在分离获得的106株细菌(登录号:KU570293~KU570368,KU570370,KU570372~KU570383,KU601302~KU6013 16,KU720553)中,92株为优势菌株,其中,肠道、鳃部和水体各29、32和31株。肠道中的可培养优势细菌属于柠檬酸杆菌属、假单胞菌属和气单胞菌属;而鳃中可培养优势细菌属于柠檬酸杆菌属、芽孢杆菌属、假单胞菌属和气单胞菌属;养殖水体中可培养优势细菌属于芽孢杆菌属、气单胞菌属、柠檬酸杆菌属、假单胞菌属和黄杆菌属。饲料2#组肠道中可培养细菌总数最高(1.06×10~8cfu/g);饲料5#肠道中的潜在致病菌数量最低,但其可培养细菌总数显著高于其他饲料组;饲料3#组肠道和鳃中潜在致病菌数量相对较高。研究表明,饲料中添加不同含量的虾青素能够显著影响雄性中华绒螫蟹肠道和鳃中的菌群构成,但对水体中可培养细菌数量无显著影响。本研究首次对投喂不同含量虾青素饲料的育肥期雄性中华绒螫蟹肠道、鳃及养殖水体可培养的优势细菌数量和组成进行分析,探究了饲料中虾青素含量以及养殖水体与蟹肠道内可培养细菌之间的联系,为中华绒螫蟹营养免疫和菌群调控提供了理论基础。 相似文献
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尼罗罗非鱼肠道及养殖环境中菌群结构与链球菌病的相关性 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。 相似文献
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ABSTRACT: In order to ascertain whether the use of drugs as feed additive for fish may cause drug resistance of bacteria in the intestinal tract, viable counts and bacterial flora in the intestine of yellowtail cultivated with the feeds in the presence or absence of various drugs, drug resistance of the flora were determined. Viable counts in the intestine were lowered remarkably by the administration of each drug, suggesting that bacterial growth in the intestinal tract was inhibited by various drugs. Bacterial flora in the intestine consisted mainly of coryneform bacteria, Staphylococcus and Bacillus regardless of whether drugs were administered or not. In these floras, significant differences could not be observed for their resistance to respective drugs among the isolates from fish cultivated with feeds containing or not containing each drug. In addition, these floras mainly showed resistance to various combinations comprising from one to seven drugs; moreover, the majority of resistant strains were multidrug-resistant. 相似文献
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采用常规分离纯化与构建16S rDNA克隆文库相结合的方法对（鲵）鱼（Miichthys miiuy）消化道细菌多样性进行了初步研究.结果表明,（鲵）鱼消化道各部位可培养细菌的菌落数量从大到小依次为前肠＞幽门胃＞中肠＞后肠＞前胃＞后胃＞口咽腔,其中肠道部位菌落数量最多.分离细菌菌株主要为杆状细菌和革兰氏阴性菌,对其中的50株典型菌株进行分子鉴定,发现它们主要属于变形菌门的γ-变形菌纲（占52.7％）和β-变形菌纲（占36.8％）,以及厚壁菌门的芽孢杆菌纲（占10.5％）;不可培养细菌16S rDNA文库克隆子主要属于γ-变形菌纲、α-变形菌纲和脱铁杆菌纲,部分序列与已报道的物种相似性较低,说明消化道中可能存在新的有待开发的肠道菌株. 相似文献
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Tanu Deepti D Deobagkar Rakhee Khandeparker Rayadurga A Sreepada Sushant V Sanaye Hrishikesh B Pawar 《Aquaculture Research》2012,43(3):386-394
The microenvironment of bacteria associated with the gastrointestinal tract of an animal influences the host in many ways, including the metabolism of several nutrients. Isolation, molecular characterization and enzymatic activities of culturable bacteria associated with the gastrointestinal tract of hatchery‐reared oceanic yellow seahorse, Hippocampus kuda, were investigated in the present study. 16S rRNA sequencing of bacterial isolates yielded 10 different bacterial genera belonging to two major groups: proteobacteria (62.9%) and firmicutes (37.03%). The predominant microbial flora belonged to the genera Vibrio spp., Enterovibrio sp. and Bacillus spp. Burkholderia cenocepacia, hitherto unreported from the gastrointestinal tract of marine fish, was retrieved from the seahorse gut, albeit in small numbers. Enzymatic studies indicated that the bacterial isolates possess the ability to degrade lipids, cellulose, xylan, starch and proteins. Lipase activity was exhibited by a majority of the isolates (70.4%), indicating that the bacterial flora associated with the intestinal tract of seahorses is capable of digesting foods rich in lipids. The possible implications for the role of these bacteria in the digestion and physiological processes are discussed. To our knowledge, this is the first time that the characterization and enzymatic activities of bacteria associated with the intestinal tract of farmed seahorses have been reported. 相似文献
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Vesta Skrodenytė-Arbačiauskienė Aniolas Sruoga Dalius Butkauskas Kestutis Skrupskelis 《Fisheries Science》2008,74(6):1307-1314
The microbial diversity of culturable intestinal microflora of wild freshwater salmonid fishes salmon Salmo salar and sea trout Salmo trutta trutta juveniles (0+ years old) from the same environmental conditions were investigated by means of molecular identification techniques
and analysis of diet. Significant differences in the intestinal microbial diversity were observed in different fish species.
The predominant group in the intestinal tract of the salmon comprised representatives of the Enterobacteriaceae family (23%),
Plesiomonas (19.2%) and Carnobacterium (15.3%). Predominant microbiota in sea trout intestinal tract were Enterobacteriaceae (52%), Aeromonas (22%) and Pseudomonas (14%). The results show that Enterobacteriaceae were predominant in the intestinal tract of the salmon and the sea trout
juveniles raised on diets of different compositions. However, molecular identification of the intestinal microbiota at the
species or genus level revealed differences in these fish species. Bacteria in the hindgut of salmon included Pragia and Serratia. However, bacteria in the gut contents of sea trout from the Enterobacteriaceae family were Buttiauxella, Enterobacter, Moellerella, Pantoea, Rahnella and Tiedjeia arctica. A novel phylotype of T. arctica is harbored in the intestinal tract of wild salmon, and may correspond to a previously undescribed species. 相似文献
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大菱鲆仔稚鱼发育早期肠道菌群结构形成的影响因素 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究鱼类发育早期肠道菌群结构的演变过程及影响因素,运用高通量测序技术,分析了处于不同发育阶段的大菱鲆(Scophthalmus maximus)仔稚鱼肠道、受精卵、不同类型的饵料和水源中的菌群结构,以及它们之间的相关性。结果显示,以不同的OTU(Operational Taxonomic Units,可操作分类单元)作为分类依据,发现大菱鲆仔稚鱼的肠道菌群结构在开口摄食后不久已趋于稳定,其优势菌与受精卵所携带的细菌关联较大。并且在大菱鲆仔稚鱼不同的发育时期,这一菌群的结构非常稳固,几乎不受水和饵料中优势细菌的影响而发生改变。乳球菌属的Lactococcus piscium菌株一直是大菱鲆仔稚鱼肠道中的优势菌种,在不同发育时期的优势度高达45%~65%。本研究还发现,大菱鲆仔稚鱼肠道可能对定植的菌种具有选择性,一些水环境和饵料中的非优势菌,如Streptococcus sp.,Pseudomonas sp.,Carnobacterium sp.等细菌也会定植于肠道,成为大菱鲆肠道中的次优势菌。 相似文献