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《中国草食动物科学》2015,(6)
为了分析羊口疮病毒湖北株(ORFV-HB-YX株)F1L基因遗传变化规律,参照Gen Bank公布的ORFV-F1L基因序列设计特异性引物,对ORFV-HB株F1L基因进行PCR扩增、克隆、测序以及遗传进化分析。结果显示:F1L基因PCR扩增产物大小为999 bp,编码333个氨基酸,系统进化树显示HB-YX株与Gen Bank参考毒株的核苷酸序列同源性为95.0%~98.0%,与福建FJ-GO株同源性高达98%,亲缘关系最近,属于同一分支。 相似文献
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为分析猪瘟病毒湖北流行株(CSFV-HBWH-2017株)E2基因遗传变化规律,参照Gen Bank公布的CSFV-E2基因序列设计特异性引物,对CSFV-HBWH-2017株E2基因进行PCR扩增、克隆、测序以及遗传进化分析。结果显示,E2基因PCR扩增产物大小为1 489 bp,编码496个氨基酸,系统进化树显示HBWH-2017株与Gen Bank参考毒株的核苷酸序列同源性为86.0%~96.0%,与湖南HNLY-2011株同源性高达96%亲缘关系最近,属于同一分支2.1c亚型,表明2.1c毒株已经成为湖北地区流行毒株。 相似文献
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鹅副粘病毒F基因的克隆测序及核苷酸序列分析 总被引：18，自引：1，他引：17
以鹅副粘病毒 (GPV) SF0 2株的基因组 RNA为模板 ,通过 RT- PCR的方法扩增出 F基因片段 ,然后将其克隆至 T载体中。经 PCR鉴定后 ,对阳性克隆进行测序。测序后拼接得出 F基因的全序列。与 Gen Bank下载的 9株参考毒株比较 F基因编码区全核苷酸序列 ,发现所测 GPV- SF0 2毒株与参考毒株 L Z- NDV核苷酸序列同源性为 96 %,与F48E9同源性为 92 .5 %,与 L a Sota为 88%。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2015,(23)
为了克隆YBYJ株犬细小病毒(CPV)NS1基因,并对其进行序列分析,试验选择Gen Bank中的CPV-NS1基因(登录号为NC_001539)序列设计1对特异性引物,以延边大学预防兽医学实验室分离的CPV YBYJ株为毒株,经PCR扩增得到NS1基因,将其克隆至p MD18-T simple载体,然后进行基因测序和序列分析。结果表明:YBYJ株CPV-NS1基因大小为2 007 bp,编码668个氨基酸,与国内外其他10株CPV-NS1基因的核苷酸同源性为98.0%~99.7%,氨基酸同源性为96.7%~99.7%。提示CPV-NS1基因变异较小,遗传进化相对稳定。 相似文献
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为建立牛卵形巴贝斯虫(B.ovata)快速检测方法,本研究根据GenBank中登录的B.ovata CCTη基因序列设计引物,建立了PCR检测方法。对该方法的最佳反应条件进行优化,并进行特异性、敏感性及临床样本检测试验。结果表明,建立的PCR方法扩增B.ovata CCTη基因片段大小为1 008 bp,与参考株序列同源性为100%。该方法对牛巴贝斯虫、牛双芽巴贝斯虫、牛瑟氏泰勒虫基因组DNA扩增结果均为阴性。最低可以检测样品中34个拷贝的DNA。通过对49份临床样本的检测,该方法比姬姆萨染色镜检阳性率高8.2%。本实验为B.ovata的诊断提供了一种特异、敏感的检测技术。 相似文献
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为了分析苏太猪源Tristetraproin(TTP)基因CDS序列和遗传进化关系,试验根据Gen Bank公布的野猪源TTP基因设计1对特异性引物,通过RT-PCR从苏太猪血液中扩增出TTP基因CDS区,并进行克隆和遗传进化分析。结果:扩增所得的TTP基因CDS长度为981 bp,共编码326个氨基酸。同源性分析表明:该基因核苷酸编码序列同源性与Gen Bank中公布的野猪源TTP基因一致性最高,为99.8%。系统进化树显示:该基因与野猪源TTP基因在遗传进化树上位于同一分支,亲缘关系最近;与白鱀豚、虎鲸的亲缘关系最远。 相似文献
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利用真核生物18S rRNA基因的PCR通用引物对寄生于中国水牛的巴贝斯虫（已命名为东方巴贝斯虫-BnbPsia orientalis）基因组DNA进行扩增，得到其18S rRNA全基因片段，测序后blast分析表明该虫种属巴贝斯虫无疑。将该基因1700bp长片段序列与GenBank中15种已知巴贝斯虫的相应序列进行比较分析，建立系统发育树。结果表明，东方巴贝斯虫与南非未定种的巴贝斯虫亲缘关系最近，与羊巴贝斯虫亲缘关系较近，与牛巴贝斯虫、双芽巴贝斯虫的亲缘关系较远。这一结果说明水牛东方巴贝斯虫是一独立种。 相似文献
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接触传染性脓疱皮炎病毒B2L基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
参照文献和 Gen Bank发表的接触传染性脓疱皮炎病毒 (CPDV ) NZ- 2株的 Bam H / B片段的基因序列 ,设计并合成 1对引物 ,通过 PCR扩增出国内 CPDV疫苗株和 3个分离株的 B2 L 基因 ,目的片段长约 1.13kb。将目的片段克隆到 p MD18- T载体后进行序列测定 ,并用 DNAStar软件比较分析国内的 CPDV株与 NZ- 2株的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性。结果表明 ,国内疫苗株和 3株分离株的核苷酸序列同源性分别为 99.7%、96 .9%和 97.4 % ,与国外 NZ- 2株的同源性为 96 .1%。国内 CPDV株与 NZ- 2株的氨基酸序列同源性分别为 92 .0 %～ 96 .0 % ,表明CPDV Bam H / B2 L基因变异的幅度小。 相似文献
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为建立一种灵敏、特异、快速的牛巴贝斯虫检测方法,针对牛巴贝斯虫Rap-1a基因设计引物进行PCR扩增,然后构建重组质粒制作标准品,经过优化反应体系、绘制标准曲线,建立了牛巴贝斯虫TaqMan荧光定量PCR方法,并进行灵敏度、特异性及稳定性检测,同时利用该方法对37份田间样品进行检测。结果显示：建立的牛巴贝斯虫TaqMan荧光定量PCR检测方法的标准曲线方程式为y=-3.362×Log（X）+43.32,相关系数R2=0.999,扩增效率为98.4%。该方法的灵敏度为1.0×102 copies/μL,是普通PCR（1.0×104 copies/μL）的100倍。该方法对牛双芽巴贝斯虫、大巴贝斯虫、卵形巴贝斯虫等7种常见的牛梨形虫病检测结果均为阴性,组内和组间重复试验的变异系数均小于2.5%,37份田间样品的阳性检出率为67.5%。结果表明,本试验建立的牛巴贝斯虫TaqMan荧光定量PCR灵敏度高,且特异、稳定,适用于牛巴贝斯虫的诊断,从而为其流行病学调查提供了快速有效的检测方法。 相似文献
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为了建立马梨形虫病双重PCR检测方法,试验根据Gen Bank发表的驽巴贝斯虫和马泰勒虫18S rRNA保守基因序列分别合成2对特异性引物,以核酸混合物为模板,优化反应条件建立马梨形虫病双重PCR检测方法,并检验该方法的特异性和敏感性。同时用该双重PCR检测方法对采自昭苏种马场的马疑似病例全血进行检测,并与镜检法和单重PCR法进行比较。结果表明:该双重PCR检测方法能对驽巴贝斯虫和马泰勒虫核酸扩增出大小为529 bp和789 bp特异性目的片段,而对双芽巴贝斯虫、环形泰勒虫、羊泰勒虫、牛巴贝斯虫核酸的扩增均为阴性;驽巴贝斯虫和马泰勒虫阳性DNA被稀释1×108倍时均能检出其相应目的片段;对采集的46份马疑似病例血样进行PCR诊断,其中驽巴贝斯虫感染率为30.4%(14/46),马泰勒虫感染率为41.3%(19/46);双重PCR检测方法与单重PCR方法的符合率为100%。说明建立的双重PCR检测方法具有一定的特异性和敏感性,可用于驽巴贝斯虫和马泰勒虫临床感染隐性病例的联合检测与鉴别诊断。 相似文献
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《中国家禽》2015,(21)
从山东省潍坊地区某朗德鹅鹅场的发病鹅体内检测到1株鹅圆环病毒,命名为SDWF-01。根据Gen Bank上已发表的鹅圆环病毒序列,设计了一对特异性引物,利用PCR技术对该株病毒进行全基因组克隆并测序,对其基因组核苷酸组成、结构及遗传进化特性进行分析。结果表明:SDWF-01株全长1 821 bp,编码4个开放阅读框;与Gen Bank上已发表的鹅圆环病毒核苷酸序列同源性为91.4%~98.5%,其中SDWF-01株与yk3毒株的同源性最高(98.5%),而与浙江株xs5的同源性最低(91.4%)。研究首次对山东地区鹅圆环病毒进行检测,并完成全基因组克隆测序及核苷酸序列分析。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2017,(3)
为了确定疑似牛支原体(Mb)肺炎病例病原种类,试验采用分子克隆技术对牛支原体贵州流行株oppD/F基因进行了克隆、测序及序列分析。结果表明:所合成引物从支原体分离培养物中扩增出大小约为1 912 bp基因片段,与预期oppD/F基因片段的大小相符,其测序序列与Gen Bank数据库中参考株核苷酸同源性为42.6%~99.8%,与标准株核苷酸同源性为99.6%,与从发病动物中分离得到的内蒙株和湖北株同源性最高(均达到99.8%),与其他途径分离得到的参考菌株同源性都很低;系统进化树分析显示,牛支原体贵州分离株与标准参考株在同一进化分支上,与临床易混淆的丝状支原体丝状亚种存在明显差异。说明此次从疑似牛支原体肺炎病例中分离培养的支原体确为牛支原体。 相似文献
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为分析珍稀雉类组织滴虫核糖体18S rRNA序列遗传变异情况,并利用18S rRNA序列分析组织滴虫与其他原虫的种群遗传关系,应用PCR技术扩增珍稀雉类异刺线虫体内组织滴虫核糖体18S rRNA基因序列,并进行测序与分析。结果表明:异刺线虫雄虫与异刺线虫雌虫体内均含有火鸡组织滴虫,且9个组织滴虫分离株核糖体18S rRNA序列片段大小基本一致,约为590 bp,各分离株之间核糖体18S rRNA序列同源性均高于99.4%,与Gen Bank中收录其他原虫相应序列同源性均低于66.8%;通过建立NJ系统发育树,9个组织滴虫分离株与Gen Bank收录的火鸡组织滴虫位于同一分支,得到明显的鉴定。核糖体18S rRNA序列种内相对保守,但种间差异明显,可作为火鸡组织滴虫的种间遗传变异研究的分子遗传标记。 相似文献
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根据 NDV HN蛋白已知基因序列设计一对引物 ,以提取的澳大利亚布里斯班 NDV分离株 B95基因组 RNA为模板 ,利用 RT- PCR技术扩增得到一条约 1.9kb的条带。将扩增产物克隆到 PGEM- T- easy载体中 ,并对重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定 ,结果证明我们得到了 HN基因的阳性重组子 ,随后采用 Sanger's双脱氧末端终止法对阳性重组子进行核苷酸序列测定 ,获得该基因全长序列 ,并进行同源性分析。 B95株与其他毒株核苷酸同源性为 95 .1%～ 87% ,氨基酸同源性为96 .1%～ 92 .1%。 相似文献
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绦虫催乳素基因cDNA克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据文献报道的脊椎动物催乳素基因 c DNA序列的保守区 ,设计 1对引物。提取绦虫总 RNA,采用 RT- PCR扩增绦虫催乳素基因 ,琼脂糖凝胶电泳分析 PCR产物 ,将回收产物连接到 p MD- 18T克隆载体 ,对待选克隆进行 PCR和酶切鉴定。阳性克隆进行序列测定 ,获得全长 893bp的 c DNA序列 ,共编码 2 2 2个氨基酸 ,其中前 2 2个氨基酸为信号肽 ,成熟蛋白共编码 2 0 0个氨基酸。将测序结果与 Gen Bank中已知序列比较 ,推导氨基酸序列并进行活性位点分析 ,所得序列与脊椎动物催乳素同源性最高 ,含有催乳素的 2个活性区域 ,证明所得到的序列就是催乳素序列。 相似文献
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2015年12月,云南曲靖市马龙县某规模化肉牛场新引进的澳大利亚安格斯种牛发生以高热、血尿、消瘦、血液稀薄及可视黏膜黄染为主要临床表现的疫情,发病初期经抗生素类药物治疗无好转,死亡数量不断增加。为了对此次暴发的疫病进行确诊,遂采集发病牛新鲜血液制备生理盐水悬液及血涂片染色镜检,同时制备EDTA-K2抗凝血进行血液细胞分析,并抽提血液基因组DNA进行巴贝斯焦虫(Babesia bovis)、泰勒焦虫(Theileria annulata)、无浆体(A.marginale/ovis)及埃利希氏体(E.ruminantium)PCR检测。结果发病牛血细胞数量稀少,大部分红细胞呈不规则样变形,红细胞膜边缘有数量不一的脊状凸起,凸起部位经染色后呈蓝紫色,血细胞分析结果也提示呈贫血血象。牛巴贝斯虫PCR检测扩增出约750bp大小的目的基因片段,PCR产物经切胶回收纯化后测序,所得序列在NCBI GenBank中blast,结果与2012年我国北方采集获得的巴贝斯焦虫ZJK15参考株(Accession No.:KP710223.1)18SrRNA基因序列同源性达99%,而无浆体、泰勒焦虫及埃利希氏体PCR检测均未扩增出目的基因片段。结合此次疫情的临床症状、病理变化、血涂片和生理盐水悬滴液镜检、血细胞分析、牛巴贝斯虫PCR检测及序列分析结果,最终确诊此次肉牛暴发的疫病为牛巴贝斯虫病,发病牛群经三氮脒(血虫净)、高糖、维生素B12、牲血素(右旋糖酐铁)静脉输液治疗后均全部康复,康复后2个月采集血液进行血细胞分析,结果显示各项血象指标均恢复正常。 相似文献