共查询到20条相似文献，搜索用时 203 毫秒
1.
应用PCR方法检测刺参腐皮综合征病原——灿烂弧菌 总被引：2，自引：0，他引：2
腐皮综合征是近年来刺参养殖最主要的疾病,导致刺参大批死亡和惨重的经济损失.根据其主要致病原灿烂弧菌(VibrioQQQsplendidus)的16S～23S间隔区序列,设计特异性引物,利用PCR技术,从纯化的V.splendidus DNA中成功地扩增出产物大小为177bp的DNA片断,并对此方法的灵敏度和特异性进行了研究.结果表明,PCR技术对V.splendidus DNA的检测灵敏度为0.5pg,并且对灿烂弧菌的DNA呈现特异性,而与其他细菌V.Fluvialis、V.Anguillarum、V.Alginolyticus、Aeromonas hydrophila、V.Harveyi、V.Parahaemolyticus、V.Vulnificus的DNA均无交叉反应.应用PCR技术对人工感染的以及取自青岛、烟台和威海的腐皮综合征发病海参进行检测,其检出率均为100%.研究结果表明,PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可成功用于快速检测养殖刺参腐皮综合征原灿烂弧菌.在国内,该方法应用于刺参腐皮综合征的检测尚属首次,它将为刺参腐皮综合征的快速诊断及防治提供又一新的方法. 相似文献
2.
刺参腐皮综合征病原灿烂弧菌检测探针的制备及应用 总被引：3，自引：0，他引：3
腐皮综合征是近年来养殖刺参发生的严重疾病.发病时,刺参大批死亡,经济损失惨重.以其主要致病原灿烂弧菌(Vibrio splendidus)DNA为模板,PCR扩增出16S-23S核糖体RNA基因间隔区序列,插入pMD19-T,转化大肠杆菌DH5α并测序.根据该间隔区序列,设计引物扩增177 bp的地高辛标记的探针.该探针对灿烂弧菌呈现特异性,而对其它细菌V. Fluvialis,V. Anguillarum,V. Alginolyticus,Aeromonas hydrophila,V. Harveyi,V. Parahaemolyticus,V. Vulnificus均呈阴性.探针对灿烂弧菌DNA的检出限为6.25 pg, 具有较高敏感度.用该探针对人工感染以及从青岛、烟台、威海获取的腐皮综合征发病海参和养殖水体进行斑点杂交,灿烂弧菌检出率达100%.结果表明,该探针具有良好的特异性和敏感性,可用于快速检测养殖刺参腐皮综合征的病原灿烂弧菌.用该方法检测刺参腐皮综合征尚属首次,为刺参腐皮综合征的快速诊断和防治提供技术支撑. 相似文献
3.
运用PCR扩增10种海参的16SrDNA部分序列,并测序.获得大小为566bp的序列,利用DNAsp4.0软件分析比较10种海参的碱基组成、各碱基变异位点数、插入或缺失位点数,并采用MEGA4.0软件分析彼此间的遗传距离.结果发现,10种海参富含AT碱基,A T的含量平均为57.0%,不同种海参间发生碱基转换、颠换及发生插入或缺失变异的位点数差异很大,10种海参彼此间的遗传距离在0.007～0.316之间.所得结果与GenBank中10种海参的相应序列进行比对分析,同时用MEGA4.0和PAUP4.0软件构建进化树,分析其亲缘关系.结果表明,利用16SrDNA序列的差异可以将分属于海参科(Holothuriidae)与刺参科(Stichopodidae)的海参完全分开,瓜参科(Cucumariidae)的2个种与刺参科的亲缘关系较近.对不同海参种间亲缘关系的分析结果还表明,同属于剌参科的仿刺参(Apostichopus japonicus)与加州拟刺参(Parastichopus californicus)和具疣拟刺参(Parastichopus parvimensis)亲缘关系最近,同属于海参科的格皮氏海参(Pearsonothuria graeffei)与白尼参属的蛇目白尼参(Bohadschia argus)和图纹白尼参(B.marmorata)亲缘关系最近,而同样为海参科的墨西哥海参(Holothuria mexicana)则与红腹海参(Hothuria edulis)关系最近.这些资料为海参的种质资源管理、新种引进和种质改良提供了基础的分子生物学依据. 相似文献
4.
鱼类环境DNA研究中通用引物的筛选验证 总被引：2，自引：0，他引：2
为了筛选一个通用性和适用性良好的能够运用于环境DNA(eDNA)研究的鱼类引物,从相关文献中选取了鱼类线粒体基因组部分片段的5对引物,分别对线粒体D-loop区、16S rRNA基因、COI基因以及Cytb基因部分片段进行扩增。对千岛湖48种鱼类基因组DNA进行扩增后比较发现,引物16s和COI均可以取得良好的扩增效果,通用性优于其他几对引物。引物16s的扩增产物经凝胶电泳检测均出现明亮的目的条带,引物COI则有3种鱼的条带经凝胶电泳检测亮度较暗。利用上述引物对环境样品eDNA扩增时发现,只有16s和COI的引物具有良好的扩增效果,能够得到明显单一的亮带。对该两种引物的PCR产物克隆后测序比对发现,16s的PCR产物均为千岛湖常见鱼类物种的基因片段,COI的PCR产物则为细菌COI基因的部分片段。综上,我们认为引物16s在通用性和适用性上都更为适合作为鱼类群落结构eDNA研究的通用引物。 相似文献
5.
采用PCR技术对来自山东荣成、长岛、俄罗斯和日本的刺参(Apostichopus japonicus),来自澳大利亚的黄乳海参(Holothuria fuscogilva),来自冰岛的北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)和来自福建的二色桌片参(Mensamaria interce-dens)的16SrRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为500bp和540bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数进行基因序列变异分析。结果表明,根据16SrRNA、COI基因片段进行刺参种内差异比较时,长岛和荣成刺参序列差异最小,和日本刺参序列差异最大;刺参和其他科3种海参种间的序列差异远远高于刺参种内差异。从GenBank中选取7条海参序列与本研究所测序列一同构建了NJ和ME系统树。根据2种基因片段的系统学分析均表明,刺参属和拟刺参属亲缘关系很近,可能有共同的起源。而海参科未与同属于楯手目(Aspidochirolida)的刺参科聚类,而与枝手目瓜参科和沙子鸡科聚为一支,与形态学的分类不一致。 相似文献
6.
用nested—PCR方法快速检测鲑鱼肾杆菌 总被引：4，自引：0，他引：4
描述了用嵌套式聚合酶链式反应(nested PCR)快速检测鲑鱼细菌性肾病病原鲑鱼肾杆菌的方法。以BKDR和BKDF为引物,扩增鲑肾杆菌编码57kDa主要可溶性蛋白基因中501bp的DNA片段,再用引物BKDR2和BKDF2扩增其中长度为314bp的DNA片段。用其它15种常见鱼类致病菌验证这两组引物的特异性,结果没有非特异性的DNA片段被扩增出来。用酚抽提法和煮沸加冻融的方法获得的细菌裂解产物,PCR检测的灵敏度均可达到1.8×103CFU·mL-1,用Nested PCR进一步扩增PCR扩增的产物,检测灵敏度可再提高100倍。检测鲑鱼肾杆菌菌悬液与鲟卵的混合物,结果表明,该方法能准确、可靠、快速地检测鲑肾杆菌。 相似文献
7.
8.
9.
10.
腐皮综合征是近年来刺参养殖最重要的疾病,导致刺参大批死亡和惨重的经济损失。以其主要致病原灿烂弧菌（Vibrio splendidus）DNA为模板,PCR扩增出16s-23s间隔区序列,将该片段克隆进pMD19-T Vector,转化大肠杆菌DH5a,获得重组质粒转化菌并进行测序。根据序列、设计引物,合成177bp的地高辛标记DNA探针。该探针对灿烂弧菌的DNA呈现特异性,而对其它细菌Vibrio fluvialis、Vibrio anguillarum、Vibrio alginolyticus、Aeromonas hydrophila、Vibrio harveyi、Vibrio parahaemolyticus、Vibrio vulnificus的核酸均呈阴性;探针对灿烂弧菌DNA的检出极限为6.25pg, 具有较高敏感度。应用该探针对人工感染以及从青岛、烟台、威海获取的腐皮综合征发病海参和养殖水体进行斑点杂交探针检测,其检出率均为100%。研究结果表明,该探针具有良好的特异性和敏感性,可成功用于快速检测养殖刺参“腐皮综合征”重要病原灿烂弧菌。该方法应用于刺参腐皮综合征的检测尚属首次,它将为刺参腐皮综合征的快速诊断、疾病防治和养殖生产提供技术支撑和参考。 相似文献
11.
16种商品海参16S rRNA的PCR-RFLP鉴定方法 总被引：2，自引：1，他引：1
基于570 by左右的线粒体16S rRNA基因片段,利用3种核酸内切酶(Dde I,Hae III和Sty I)对16种海参PCR产物进行酶切,分别产生10种、5种和5种单倍型,通过单倍型的组合,即能有效区分16种海参的种类.运用此方法对19种商品海参(包括冻品和干品)进行鉴定,结果表明,9种产品属于错误贴标.本研究建立的PCR-RFLP方法方便、有效,可靠,可为海参产品评估、进出口种类鉴定提供实用高效的方法.本研究旨在为市场海参产品贴标情况的评估提供技术支撑. 相似文献
12.
Namikoshi Atsushi Takashima Yasuharu Iguchi Jun Yanagimoto Takashi Yamashita Michiaki 《Fisheries Science》2011,77(4):671-678
Fish species identification techniques for authentic food labeling were developed using species-specific PCR primers for cod
roe products. A salted, seasoned fish roe product, karashimentaiko (chilli cod roe), is produced from the eggs of Alaska pollock, Theragra chalcogramma, according to the fair trade competition agreement authorized by the Fair Trade Commission of the Japanese government. To
examine whether Alaska pollock ovaries or those of other fish species are being used as raw materials for the fish roe products,
we developed species identification techniques using PCR amplification of a 255-bp fragment encoding the mitochondrial ATP
synthase Fo subunit 6 (ATP6) gene with a species-specific primer set for Alaska pollock mitochondrial DNA. We also designed two species-specific primer
sets corresponding to the mitochondrial ATP6 and cytochrome b (cytb) for Gadus spp. and Micromesistius spp. by PCR amplification of 332- and 223-bp fragments, respectively. We examined the species specificity of these PCR-based
methods among nine commercially important Gadidae species. 相似文献
13.
In order to distinguish the two eel species Anguilla japonica and A. anguilla irrespective of unprocessed and processed samples, a quick, convenient method using polymerase chain reaction (PCR) with
a species-specific primer was established. The comparison of partial sequences of the mitochondrial 16S ribosomal RNA gene
between A. japonica and A. anguilla facilitated designing of a primer pair common to both A. japonica and A. anguilla and a primer specific to A. japonica. PCR was carried out with the three primers for total 110 specimens of A. japonica and A. anguilla. PCR products with the species-specific primer showed two bands for A. japonica and one band for A. anguilla in an agarose gel electrophoresis. This analytical procedure required only a short period and is more convenient than PCR-restriction
fragment length polymorphism, one of the standard methods employed for fish species identification. 相似文献
14.
利用已构建的仿刺参cDNA文库得到的线粒体DNA(mtDNA)相关基因序列设计扩增引物,测定了大连仿刺参线粒体基因组全序列,并对其进行了基因构成和进化分析。仿刺参线粒体基因组序列长16 109bp,其基因构成与其他后口动物基本一致,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和3个主要的非编码区。在其37个基因中,ND6、tRNASer(AGN)、tRNAGln、tRNAAla、tRNAVal、TrnaAsp位于L链上,其余均位于H链上。在13个蛋白质编码基因中,除ND1的起始密码子为GTG外,其余均以ATG作为起始密码子;除Cytb以"T"作为终止密码子外,其他蛋白质基因均具有完全的终止密码子,且在已知的棘皮动物线粒体蛋白质基因中,部分基因的起始和终止密码子表现出一定的纲内特异性。比较分析了大连、青岛、威海仿刺参线粒体基因组,三者的基因组成和排列相同,碱基组成相近,蛋白质编码基因的起始和终止密码子完全一致,但存在核苷酸和氨基酸序列的差异。三者的控制区序列存在多个插入/缺失和SNP位点。根据COI、Cytb和ND4计算了三者之间的遗传距离为0.006～0.018,遗传距离分析和系统进化关系分析都显示青岛仿刺参和威海仿刺参的关系较大连仿刺参更近。 相似文献
15.
2014年10月,利用 PCR-DGGE 技术分析了标准化养殖池塘中仿刺参(Apostichopus japonicus)肠含物及附着基和底泥中细菌的菌群结构及其相关性。结果显示,仿刺参肠含物、附着基、底泥中细菌多样性较高,分别平均获得30.00±1.00、15.33±1.70、21.67±2.62条带,肠含物中细菌种类数显著高于附着基和底泥。聚类分析和戴斯系数表明,不同池塘的仿刺参肠含物样本单独聚为一支,相似性达到0.785,附着基和底泥样品聚为一支,平均相似性达到0.532。不同样品 DGGE 图谱中20条优势条带的切割、克隆、测序,共获得了20条细菌序列,表明肠含物细菌种类以聚球藻属(Synechococcus sp.)、脱硫杆菌属(Desulfobacterium)、脱硫叠球菌属(Desulfosarcina sp.)、极地杆菌属(Polaribacter)、Algibacter sp.为主,附着基中主要以 Robiginitalea sp.和 Silicibacter sp.为主,底泥样品中主要以假单胞菌属(Proteobacterium）、噬胞菌属(Cytophaga）、Desulfosarcina sp.为主,肠含物中细菌特有种类的分离与鉴定为仿刺参养殖潜在益生菌的开发提供基础数据。 相似文献
16.
DGGE分析不同盐度仿刺参养殖环境中菌群多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
采用16S rDNA的PCR-DGGE基因指纹技术对不同盐度仿刺参养殖水环境中的菌群多样性进行了分析。试验设置了22、26、30、34,4个盐度梯度,每隔10 d采样1次,通过PCR-DGGE指纹分析发现,仿刺参养殖环境存在着丰富多样的细菌。其中大多属于非可培养细菌,变形菌门和CFB门的种类是水体中的优势菌群,交替假单胞菌属是报道过的腐皮综合征的致病菌。根据DGGE指纹图谱的聚类分析发现,同等盐度条件下的样品之间存在一定的菌群相似性,并在聚类分析图中分别各自成簇。样品的多样性指数为1.7～2.3,不同盐度条件下,样品的多样性指数随着时间的推移变化不大。 相似文献
17.
Masatomi HOSOI Shoko HOSOI-TANABE Hideki SAWADA Masahiro UENO Haruhiko TOYOHARA Isao HAYASHI 《Fisheries Science》2004,70(4):629-637
ABSTRACT: One of the biggest and long-standing difficulties in investigation of larval ecology in the field is species-level identification. In the present study, we developed polymerase chain reaction–restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis based on the large subunit (LSU) rRNA gene (rDNA) D1/D2/D3 region for identification of multiple species of bivalve larvae using 14 species of bivalve collected from Maizuru Bay. The LSU rDNA D1/D2/D3 region of all analyzed species could be amplified by PCR using bvD1f/bvD3r primers, and RFLP analysis by Hae III digestion on the PCR products showed species-specific fragment patterns. Furthermore, this analysis applied to single bivalve larvae in Maizuru Bay revealed efficient amplification of the target region and the species-specific pattern from 80% of the larvae, 75% of which showed a pattern that matched a certain pattern of the adult bivalves. In addition, the analysis of inter- and intraspecies variation of the LSU rDNA D1/D2/D3 region using the sequence data of the genus Crassostrea from the DDBJ database showed high applicability of this RFLP analysis on closely related species. Because of the wide applicability and technical simplicity, this method can become the standard for the identification of bivalve larvae species once the sequence data of the LSU rDNA D1/D2/D3 region of many bivalve species have been accumulated. 相似文献
18.
即食海参加工工艺的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
传统工艺加工的海参干制品烹调时需要水发,本试验拟解决由于干制品给食用带来的不便,以冷鲜海参作为研发对象,从原料的特性和功能入手,利用海参特殊的营养结构和组分等特点,采用了科学合理的加工技术,对传统的海参加工方法进行了全面的技术改造,通过正交试验对焖煮、浸渍等关键技术的探讨,成功的研制出即食海参间断式加热焖制工艺,且焖制水温为90℃、焖制时间为4 h、循环次数为3次,加工的成品即食海参不但肉质富有弹性、色泽较好、风味独特,而且最大程度地减少了营养成分损失。 相似文献
19.
20.
Yuumi Kawashima Tetsuya Akasaki Yoshitsugu Matsumoto Satoshi Shimada 《Fisheries Science》2014,80(4):859-867
We developed a rapid and accurate PCR-based inspection technique for individual detection of five commercially important green algal species, Ulva linza, U. prolifera, U. intestinalis, U. compressa and Monostroma nitidum, all of which are controlled as import quota items in Japan. This analytical method has solved the general problem of PCR-based detection methods of being defenseless against false-negatives by application of a duplex PCR technique with an internal control band generated by a set of universal primers for green algal species. Due to the detection of small-sized PCR products of <250 bp lengths, the analytical method would be useful for deeply processed products and completes its quick PCR amplification within 45 min. The validity of the developed analytical method was proved by a pre-test using a total of 129 samples (12 imported products and 31 Japanese commercial products). This analytical method is a powerful tool for screening of commercial green algal products to discover the five controlled algal species and will allow inspection authorities, including the Customs Service, to improve their examination systems in terms of simplification, rapidity and cost-effectiveness. 相似文献