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旨在找到一种简便的SNP检测方法用于水稻种性鉴定及遗传多样性分析，本研究以245份长江中下游主推杂交水稻品种及亲本为研究材料，从1319个SNP位点中筛选出124对多态性高的位点，建立SNP的高效检测体系。选用其中的一个标记sf0141821553和SSR的标记RM7120来检测水稻的纯度，分别利用Caps-AccI标记和SNP-sf0601764762扩增分析亲本及杂交后代Wx的基因型，两者结果完全一致，说明水稻功能性SNP标记完全可用于水稻种品纯度和种真实性的鉴定。用124对位点对245份杂交水稻进行遗传多样性分析，聚类分析显示，245个品种间的遗传相似系数在0.64~0.97之间，以遗传相似系数0.64为阈值，可以将245个水稻品种分为两个类群，这两个类群分别在遗传相似系数为0.712和0.667处又可以分为两个亚群，结果表明材料间存在明显的群体结构，能精确区分待测品种的基因型以及品种间的遗传差异。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳来实现SNP标记的检测，方法简便且不需要大型仪器设备和昂贵的试剂，便于实验室开展水稻品种的鉴定工作。 相似文献
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四川小麦地方品种和主栽品种SSR多态性比较研究 总被引：15，自引：2，他引：15
利用 2 4个SSR标记对 8份四川小麦地方品种和 8份主栽品种的遗传多样性进行比较研究。结果表明 ,在 2 4个SSR标记位点上共检测到 75个等位变异 ,每一位点检测到的等位变异数目为 1到 6个 ,平均 3 1个 ;其中 2 1个SSR位点 (87 5 % )能够揭示材料间的多态性。根据SSR标记数据计算四川小麦品种间的遗传相似系数 ,其变化范围为 0 5 44到 0 892 ,平均值为 0 6 99。从群体间的遗传相似系数来看 ,四川小麦地方品种群体内的遗传多样性较低 ,而主栽小麦品种群体内的遗传多样性相对较高。从UPGMA聚类关系来看 ,四川小麦地方品种间的亲缘关系较近 ,首先聚在一起 ;其中“中国春”与“成都光头”间的亲缘关系最近 ,进一步证实“中国春”是“成都光头”的一个选系 相似文献
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柚类种质资源AFLP与SSR遗传多样性分析 总被引：23，自引：0，他引：23
结合SSR引物和AFLP分子标记对110份柚类基因型、12份野生近缘种进行遗传多样性研究。结果表明，SSR标记的335个位点中99.1%为多态性位点，每个位点可检测到9.85个等位基因，基因多样度 （GD）变幅为0.1939～0.9073，获得了46个特异性SSR标记；AFLP标记的343个位点中72%为多态性位点，3对引物平均期望杂合度变幅为0.21863～0.28445,平均每对引物组合能产生82个多态位点，获得了44个AFLP特异性标记。UPGMA聚类结果显示，122份基因型在相似系数0.61时，分成8个组群，其中柚类主要由沙田柚品种群、文旦品种群与庞大的杂种柚品种群组成。分类结果将有利于更好地利用这些丰富的育种资源。 相似文献
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利用SRAP分子标记对42份春兰品种及1份多花兰、1份春剑及3份杂交兰进行遗传多样性分析。筛选出的15对引物组合共扩增出185个位点,其中多态性位点184个,平均每对引物组合产生12.27个多态性位点。引物组合Me8-Em16的Nei’s基因多样性数H（0.3993）、shannon信息指数I值（0.5794）和有效等位基因数Ne（1.7280）都是最高值。47份材料的遗传相似系数变化范围为0.63~0.80,UPGMA 聚类分析表明,在遗传相似系数为0.662处,将47份材料划分成五大类群.本研究较好地揭示了47份材料亲缘关系的远近,为春兰各品种间的分类和杂交亲本的选择提供重要理论依据。 相似文献
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《江西农业学报》2022,(3)
采用SSR分子标记对17个水稻光温敏不育系进行遗传多样性分析。结果表明,在水稻基因组中较均匀分布的168个SSR位点中91个SSR位点具有多态性,多态性频率为54.17%。91个SSR标记共检测出229个等位基因,每个SSR位点检测到24个,平均2.517个等位基因,平均多态性信息含量指数(PIC)为0.412。根据17份光温敏不育系的遗传相似系数矩阵作出树状图,聚类分析结果表明17个不育系遗传相似系数变幅为0.594个,平均2.517个等位基因,平均多态性信息含量指数(PIC)为0.412。根据17份光温敏不育系的遗传相似系数矩阵作出树状图,聚类分析结果表明17个不育系遗传相似系数变幅为0.590.93;以遗传相似系数0.61为阀值,可将供试不育系分为4个群,聚类分析结果与亲缘系谱分析结果基本吻合。 相似文献
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基于SSR标记的福建省若干水稻品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析 总被引：8，自引：0，他引：8
以24份杂交稻品种和18份杂交稻亲本为材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。24对引物在研究材料中共检测到74个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为3.1个。基于24个SSR标记的扩增结果,利用NTSYS 2.10e软件计算Dice遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明:42份材料之间的相似系数变化范围为0.60~1.00,在遗传相似系数0.68处可以将42份材料分为6个类群,较好地反映了供试材料的亲缘关系,可为水稻育种中亲本选择提供参考。同时建立了42份材料×12个SSR标记的指纹图谱,为杂交水稻品种纯度和真伪鉴定提供科学数据。 相似文献
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津南芹菜EST-SSR指纹图谱的构建及遗传差异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以天津市津南11个芹菜育种材料为研究对象,利用EST-SSR分子标记技术构建津南芹菜分子指纹图谱,并用于遗传多样性分析。从GenBank数据库查询芹菜EST序列1122条,使用BatchPrimer3在线软件扫描分析获得194个候选EST-SSR位点,并设计141对SSR-PCR引物。选择其中47对引物进行多态性分析,确认8对引物具有多态性。构建基于Excel格式的津南芹菜EST-SSR指纹图谱,包括8对引物在供试材料中扩增到的44条多态性条带信息。遗传多样性分析显示,供试材料间遗传相似系数介于0.409～0.864之间,平均为0.664。本研究建立的津南芹菜EST-SSR指纹图谱稳定有效,可用于芹菜种质资源鉴定和品种真实性检测。 相似文献
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国内外冬小麦品种(系)的遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了解从美国引进的21个冬小麦品种及中国北方旱地冬麦区19个小麦品种(系)的遗传差异,利用26对多态性SSR标记检测参试材料的遗传多态性。结果表明,26对标记在40个小麦品种中检测到175条差异带,每对引物多态性位点2～13个,平均6.73个。40份材料的遗传相似系数为0.118～0.894,平均遗传相似系数为0.339,其中相似系数最低的是引进品种1R35与1R24,为0.118;2个姊妹系品种9480-0-3-3与9480-0-3-2的相似系数最高,为0.894。且国外引进品种平均遗传距离高于国内品种,说明引进品种遗传变异基础大于国内品种。聚类分析在相似系数0.69处,将40个品种聚为5类,第Ⅰ类包含美国引进的7个品种和国内1个品种,第Ⅱ、Ⅲ及Ⅳ类均为供试的国内选育品种(系),第Ⅴ类又分为2个亚类,其中第1亚类(Ⅴ-1)全部为引进品种,第2亚类(Ⅴ-2)包含10个引进品种和8个国内品种。 相似文献
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[目的]采用SSR标记构建太湖稻区16个常规粳稻品种和16个杂交水稻品种DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]以筛选出的12对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建太湖稻区32个主要栽植水稻品种DNA指纹图谱,以NTSYS-PCV2.10软件分析遗传多样性.[结果]12对SSR引物在32份材料中共扩增出了47个等位基因,平均每对引物4.7个,变幅2～6个;12对引物的多态性频率（FP）平均值为0.627,变幅0.266～0.833;以遗传相似系数0.74为阚值可将供试32个水稻品种分成4类.[结论]太湖稻区32个水稻品种遗传多样性相对狭窄. 相似文献
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我国北方地区花生品种的遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用SSR分子标记对我国北方地区育种品种以及区试品种共计68个栽培花生品种进行遗传多样性分析,结果表明,104对SSR引物中有15对在品种间存在多态,多态率为14.4%,平均每个标记产生3.8个位点。15对引物的多态信息量在0.397~0.667之间。山东地区花生品种的遗传多样性要高于我国北方其他地区供试品种。小粒组品种的遗传多样性要略高于大粒组品种。聚类分析表明我国北方68个育成和区试品种的遗传相似系数在0.64~0.91之间,分成两个大类,第一个大类可分成四小类,其中第三小类又可以分成六个亚类。这些结果表明我国北方地区现有育成和区试品种的遗传多样性较低,为拓宽花生育种的遗传基础,应从中发掘出有利用价值的品种。 相似文献
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云南小麦地方品种及铁壳麦遗传多样性比较分析* 总被引：1，自引：0，他引：1
为了给云南省小麦新品种选育以及物种保护研究提供依据,选用20对SSR引物对37份云南铁壳麦和35份云南地方小麦品种的遗传多样性进行比较研究。结果表明：在20个SSR标记位点上共检测到54个等位变异,每一位点检测到的等位变异数目为1~5个,平均2.7个。综合Neis基因多样性指数和Shannon多样性指数两个指标分析结果表明,云南铁壳麦品种遗传多样性水平较低。根据SSR标记数据计算云南小麦品种间的遗传距离,其结果表明云南地方小麦品种具有更高的遗传多样性。从UPGMA法可将72个品种分为3个类群,聚类结果表明同一地方的品种没有整齐地聚为一类。 相似文献
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黄淮麦区近年大面积推广小麦品种的遗传多样性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
采用31对SSR引物对黄淮麦区近年大面积推广的25份小麦品种进行微卫星标记位点扫描及遗传多样性分析,共检测到148个等位基因变异,变化范围为2~15个,平均每个位点检测到的等位基因数为4.77个。位点多态性信息指数(PIC)变幅为0.253~0.889,平均0.552。3个基因组的平均等位变异丰富度为D>B>A,遗传多样性指数为D>A>B。7个部分同源群的平均等位变异丰富度为1>7>2>5>3=4>6,平均遗传多样性指数为5>3>6>4>2>1>7。聚类分析表明,品种间的遗传相似系数(GS)变幅0.34~0.85,平均为0.61,SSR标记能将25份小麦品种相互区分开,在遗传相似系数(GS)0.59处,可将供试品种聚为5大类,其中80%的品种被聚在第Ⅰ类,同一地区或育种单位的品种大致聚在一个类群里。表明黄淮麦区近年大面积推广的小麦品种间遗传差异较小,遗传基础狭窄。 相似文献
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为了评价新疆小麦地方品种的遗传多样性,利用42对SSR引物对75份新疆小麦地方品种进行遗传多样性分析。结果表明：在75份地方品种中42个SSR位点共检测到317个等位变异,等位变异变化范围为2~15个,平均7.55个;多态性信息指数(PIC值)变化范围为0.169~0.905,平均0.696。基因组的平均等位变异是D＞B＞A,遗传多样性指数为B＞D＞A。聚类分析表明75份供试新疆小麦材料可划分为3大类8亚类,聚类结果与材料的生态型密切相关,冬小麦地方品种和春小麦地方品种分别归属不同的类或亚类,春小麦地方品种的遗传多样性高于冬小麦地方品种,同时也反映了一定的地域特性。总之,新疆小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,可用以拓宽育成品种的遗传基础。 相似文献
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采用条锈病优势小种条中33（CYR33）对陕西关中地区小麦主要品种进行苗期抗病性鉴定,并采用SSR分子标记对抗病品种进行遗传多样性分析,以期了解陕西抗条锈品种的遗传多样性,为深入发掘优异的抗性基因资源及利用这些抗性基因,培育优良抗条锈新品种奠定基础。结果表明,在94个小麦品种中,对目前条锈病优势小种CYR33具有抗性的品种有24个,占25.5%。24个抗条锈小麦品种材料的遗传相似系数(GS)平均值为0.590,其变辐为0.338～0.824。这些结果说明,陕西关中地区的小麦抗条锈病品种具有较丰富的遗传多样性。 相似文献