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1.
《草业学报》2020,(4)
为研究胡麻异质型乙酰辅酶A羧化酶BCCP、BC、α-CT和β-CT四个亚基基因的生物学功能,采用基因克隆、生物信息学和RT-PCR技术分别对胡麻accA、accB、accC和accD 4个基因进行分析。结果发现陇亚10号accA基因编码α-CT亚基,CDS序列全长为2364 bp,编码787个氨基酸;accB基因编码BCCP亚基,CDS序列全长为1173 bp,编码275个氨基酸;accC基因编码BC亚基,CDS序列全长为1574 bp,编码527个氨基酸;accD基因编码β-CT亚基,CDS序列全长为1137 bp,编码378个氨基酸,且4个基因编码的蛋白都是脂肪酸系数较高的亲水性蛋白。RT-PCR结果表明,胡麻accA、accB、accC和accD 4个基因在3个胡麻品种(高含油量的张亚2号、中含油量的陇亚10号和低含油量的R2-17)的不同时期不同组织的表达模式不同,accA、accB、accC和accD四个基因在R2-17、陇亚10号和张亚2号3个胡麻品种所有时期的不同组织中均有表达,但在种子中的表达量均明显高于其他组织,尤其在种子发育10～25 d油脂快速积累时期,4个基因的表达量都迅速增加并达到最高峰。研究表明异质型乙酰辅酶A羧化酶基因可能调控胡麻种子发育前期油脂的合成积累。 相似文献
2.
《黑龙江畜牧兽医》2015,(23)
为了克隆水牛ATG5、LC3基因序列,并分析自噬相关基因在水牛各组织中的表达情况,试验采用RT-PCR技术克隆了水牛自噬相关基因ATG5、LC3序列,并对其CDS序列进行了生物学信息分析,同时利用QRT-PCR方法,对ATG3、ATG5、ATG6、ATG7、ATG12、LC3、BECN1 7个基因在胎水牛心脏、肝脏和肌肉等9种组织、成年水牛卵巢中的mRNA表达水平进行了分析。结果表明:克隆得到水牛ATG5基因序列980 bp,其中包括CDS序列828 bp,预计编码275个氨基酸;水牛LC3基因mRNA序列全长499 bp,包括CDS序列378 bp,预计编码125个氨基酸;所分析的7个自噬相关基因在10种水牛组织中均有不同程度的表达。 相似文献
3.
本研究以多年生黑麦草‘高帽2号’叶片为试材,根据同源基因的CDS序列设计简并引物,采用RT-PCR和RACE技术,克隆了多年生黑麦草γ-谷氨酰基半胱氨酸合成酶基因LpGCS。该基因全长为1674 bp(GenBank登录号:KJ551844),具有完整的开放阅读框(ORF),共1125 bp;对其氨基酸序列特性、结构以及与其他8种同源基因氨基酸序列间的同源性进行了研究,预测该蛋白分子量为42.86 kDa,属于不稳定类蛋白质,其蛋白质二级结构以α-螺旋为主;蛋白质氨基酸序列与其他8种同源基因氨基酸序列间同源性都比较高;此外,成功构建了该基因的正、反义植物表达载体pCAMBIA-Ubi-LpGCS+和pCAMBIA-Ubi-LpGCS-,并通过农杆菌介导法获得转正、反义基因烟草。对转基因植株和野生型烟草进行镉离子胁迫试验,生理生化指标测试结果表明镉离子胁迫处理10 d后,转LpGCS+植株中MDA含量低于野生型,光合色素含量与POD、SOD、CAT活性均高于野生型;而转LpGCS-植株中MDA含量高于野生型,光合色素含量与POD、SOD、CAT活性均低于野生型。综上所述,LpGCS基因在烟草中的过量表达可以提高植株的耐镉胁迫能力,为进一步利用该基因转化多年生黑麦草培育抗重金属植株奠定基础。 相似文献
4.
秦川牛CAP基因CDS区克隆及表达谱分析 《畜牧与饲料科学》2022,43(3):16-24
[目的]克隆秦川牛CAP2基因的编码区序列（CDS）,分析该基因在不同组织及原代脂肪细胞分化过程中的表达特征。[方法]采用RT-PCR方法扩增秦川牛CAP2基因的CDS区,运用ProtPram、TMpred、ProtFun 2.1 Server等在线网站进行CAP2蛋白的生物信息学分析;通过油红O染色和qPCR检测成脂标志基因PPARγ和FABP4基因的表达水平以构建牛原代脂肪细胞诱导分化体系;利用qPCR检测分析CAP2基因在秦川牛7种组织（心、肝、脾、肺、肾、肌肉和背脂）和原代脂肪细胞分化过程（0~10 d）中的表达。[结果]秦川牛CAP2基因CDS区长1 461 bp,编码486 个氨基酸,氨基酸序列主要由无规卷曲和α-螺旋构成。CAP2基因在脂肪组织中高表达,极显著（P<0.01）高于其他组织。牛原代脂肪细胞诱导分化过程中,PPARγ和FABP4基因的表达量逐渐上升,与第0天相比第10 天时表达量达到最大（P<0.01）;与对照组相比,诱导分化组脂滴积累明显增加;CAP2基因表达量也随时间推移逐渐上升,以0 d为对照,第10天表达量最高（P<0.001）。[结论]成功克隆了秦川牛CAP2基因全长1 461 bp的编码区;CAP2基因在牛脂肪组织中以较高水平表达,且CAP2基因可能参与脂肪生成与分化过程,预测CAP2基因可能是促进成脂分化的转录因子,对维持牛脂肪细胞状态发挥关键作用,可能作为秦川牛肉质性状的候选基因,该研究结果为进一步揭示牛CAP2基因的功能提供基础资料。 相似文献
5.
应用聚合酶链反应和基因克隆技术,对10头初情期母牦牛下丘脑kiss-1/GPR54系统基因进行扩增和基因克隆。结果表明,kiss-1基因拼接后序列全长为291bp,其中CDS序列长为282bp,序列中碱基组分为腺嘌呤20.62%,鸟嘌呤27.14%,胸腺嘧啶23.37%,胞嘧啶28.87%。共编码95个氨基酸,其中丙氨酸占总氨基酸残基的11.58%,亮氨酸占10.52%,丝氨酸、甘氨酸、脯氨酸各占9.47%。GPR54基因拼接后序列全长为202bp,其中CDS序列长为196bp,序列中碱基组分为腺嘌呤16.34%,鸟嘌呤30.69%,胸腺嘧啶17.82%,胞嘧啶35.15%。GPR54基因共编码66个氨基酸,其中脯氨酸占总氨基酸残基的13.63%,甘氨酸、丝氨酸、丙氨酸各占10.60%,半胱氨酸占9.09%。 相似文献
6.
《中国畜牧杂志》2016,(7)
Wnt10b是Wnt家族中重要成员之一,绵羊Wnt10b基因尚属未知。本研究利用RT-PCR和RACE技术克隆了绵羊Wnt10b基因的全序列,并对该基因进行了比较全面的生物信息学分析。结果表明:绵羊Wnt10b基因序列全长2321 bp,包括1116 bp的编码区序列,编码391个氨基酸;其可变剪接体Wnt10b-AS由于CDS序列部分缺失编码166个氨基酸。同源性分析发现,绵羊Wnt10b基因核苷酸和氨基酸序列与其它哺乳动物同源性较高。氨基酸序列分析发现该蛋白为亲水性不稳定蛋白,相对分子量为43.0254 k Da。预测含有6个磷酸化位点,5个豆蔻酰化位点,二级结构以无规则卷曲和α螺旋为主。生物信息学分析表明Wnt10b及Wnt10-AS均为分泌型跨膜蛋白,主要存在细胞外基质中,通过与细胞膜上受体结合,调控下游靶基因的表达。Wnt10b-AS由于缺失多个翻译后修饰位点,可能通过与主转录本不同的作用机制发挥生物学功能。本研究为进一步探讨Wnt10b基因在绵羊毛囊生长发育中的功能和作用机制奠定了信息学基础。 相似文献
7.
《黑龙江畜牧兽医》2014,(1)
为了研究SLC36A1基因的功能及其与梅山猪毛色等表现的关系,试验以梅山猪皮肤组织cDNA为模板,PCR扩增SLC36A1基因完整CDS序列,利用生物信息学方法分析SLC36A1基因CDS序列及其编码的氨基酸序列,用RT-PCR方法检测SLC36A1基因在梅山猪各组织中的相对表达量。结果表明:SLC36A1基因CDS全长为1 431 bp,编码476个氨基酸,属于跨膜疏水性蛋白,具有转运功能,是比较保守的基因;RT-PCR检测该基因在梅山猪雄性生殖系统及肾脏中有较高的表达量,在肝脏、肌肉、子宫、输卵管等组织中表达量很低,并且首次发现该基因在尿道球腺中有最高的表达量。 相似文献
8.
本研究克隆了b0,＋AT-2的全长cDNA序列。基于NCBI发布的人和鼠b0,＋AT序列,应用生物学软件进行序列比对后在同源区设计引物,获取cDNA片段;再利用RACE技术克隆了其全长cDNA序列。生物信息学分析显示：猪b0,＋AT-2的全长1 488 bp,包括90 bp的3′非翻译区（UTR）和126 bp的5′UTR;编码区（CDS）编码423个氨基酸残基,分别和人、鼠b0,＋AT以及猪b0,＋AT-1有75.1%、71.9%和86.6%的同源性。 相似文献
9.
本研究克隆了牦牛谷胱甘肽过氧化酶1GPX1基因的CDS区序列,分析了其核苷酸序列,并进行了系统发育分析。结果表明,牦牛GPX1基因CDS区全长618 bp,编码205个氨基酸;经与GenBank中其他物种GPX1基因CDS区比对,牦牛GPX1基因CDS区与普通牛和瘤牛完全一致,与水牛、绵羊和猪的序列一致性较高,与其他哺乳动物序列一致性较低。本研究为深入研究牦牛GPX1的生理功能提供了参考资料。 相似文献
11.
黑素皮质素受体1(Melanocortin-1 Receptor,MC1R)是一种7跨膜结构G蛋白耦联受体,在鸟类羽色形成中起着重要作用。为探讨MC1R对太湖鸽特殊羽色形成的影响,本实验利用PCR和直接测序法对太湖鸽、乌鸽和白卡奴鸽MC1R基因编码区进行扩增,并对不同鸽种MC1R基因序列进行差异性分析。结果表明:鸽MC1R基因编码区全长942 bp,共编码313个氨基酸,存在7个跨膜结构;白卡奴鸽与乌鸽的MC1R基因编码区核酸序列基本一致,黑羽和棕羽太湖鸽的MC1R基因序列没有差异,而太湖鸽与其他2个鸽种分别于279bp(A>G)和520bp(G>A)处存在碱基差异,其中G520A造成了氨基酸(Ser174Gly)的改变,推测该位点突变与太湖鸽特殊羽色形成有关。 相似文献
12.
马丙酮酸脱氢酶激酶基因序列生物信息学分析 《畜牧与饲料科学》2019,40(11):1-6
通过采用生物信息学软件对马丙酮酸脱氢酶激酶4 （pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4）基因序列进行生物信息学的初步研究分析,从而发现该酶基因序列编码特征及其二级结构规律。结果表明：马PDK4的CDS区AUU、AUG和GAU密码子出现的次数最多（14次）,分别占总413个密码子的34‰。未参与编码的密码子UGC的RSCU值最小（为0）,ACA密码子的RSCU为最大值2.22,CAU、CAC、CGA、AAA、AAG 5个密码子的RSCU值为1（即未发现密码子使用偏好）。马PDK4的CDS区共翻译出412个氨基酸,这些氨基酸以亮氨酸的比例最高,色氨酸的比例最低。PDK4的蛋白质二级结构以无规则卷曲为主,β折叠和α螺旋为辅,构成其复杂的空间结构。马PDK4多肽链中亲水性氨基酸分布多于疏水性氨基酸,PDK4蛋白质整体疏水性较差。预测马PDK4多肽链的等电点为6.64。 相似文献
13.
以处于不同海拔高度的3个牦牛品种即巴州牦牛、大通牦牛、九龙牦牛为研究对象,对各牦牛品种的促红细胞生成素受体(EPOR)基因编码区进行PCR扩增和克隆测序.在对测序结果进行拼接得到牦牛EPOR基因编码区全序列基础上,利用生物信息学软件对其序列进行生物信息学及比较基因组学分析.结果表明:牦牛的EPOR基因编码区全长1 527 bp,编码508个氨基酸;EPOR信号肽由25个氨基酸组成,胞外域由225个氨基酸组成,跨膜区由22个氨基酸组成,胞浆域由236个氨基酸组成;EPOR基因编码区在牦牛品种间及其与普通牛间均存在一定的差异,这些差异是否与牦牛的适应性有关,值得进一步研究. 相似文献
14.
Gopinath RS Ambagala AP Ambagala TC Liu W Srikumaran S 《Veterinary immunology and immunopathology》2006,110(3-4):349-355
CD18, the common β subunit of β2-integrins, associates with four distinct chains to give rise to four different β2-integrins: CD11a/CD18 (LFA-1), CD11b/CD18 (Mac-1), CD11c/CD18 (CR4), and CD11d/CD18. Previously, we and others showed that CD18 of LFA-1 serves as a receptor for Mannheimia haemolytica leukotoxin (Lkt). Level of expression of Mac-1 is higher than that of LFA-1 and other β2-integrins on polymorphonuclear leukocytes (PMNs), which constitute the leukocyte subset most susceptible to Lkt. Hence, it is likely that CD18 of Mac-1 also mediates Lkt-induced cytolysis. Co-expression of CD11b and CD18 of cattle on Lkt-resistant cells is necessary to irrefutably demonstrate the role of Mac-1 in Lkt-induced cytolysis. This approach is hindered by lack of availability of complete sequence of cattle CD11b. Therefore, in this study, we cloned and sequenced the full length cDNA encoding cattle CD11b. The 3459 bp cDNA of cattle CD11b encodes a polypeptide of 1152 amino acids. The deduced amino acid sequence of CD11b of cattle exhibits 75% identity to that of humans and chimpanzees, 74% identity to that of dogs, and 70% identity to that of mice and rats. Availability of cattle CD11b cDNA should facilitate the elucidation of Lkt-receptor interactions in cattle and other species. 相似文献
15.
胡麻是一种富含不饱和脂肪酸尤其是α-亚麻酸的油料作物,明晰TAG合成途径中与胡麻含油量和脂肪酸组分相关的基因具有重要的理论意义。以3个含油量和脂肪酸组分有显著差异的胡麻品种(系)为材料,分析了不同品种(系)、不同组织和不同发育阶段胡麻油脂和脂肪酸组分的动态积累模式和TAG合成途径中7个关键基因的动态表达模式,以及含油量和不饱和脂肪酸与7个关键基因表达的相关性。结果表明,胡麻开花后10～20d,是种子油脂和亚麻酸的快速积累期,且不同胡麻品种(系)油脂和亚麻酸的动态积累模式差异显著。TAG合成途径中的7个关键基因(GPAT9、DGAT1、DGAT2、PDAT1、PDAT2、FAD2A和FAD3A)在胡麻不同发育阶段的不同组织中均有表达,在不同品种(系)间的表达模式各不相同。其中PDAT1、DGAT1和DGAT2基因的动态表达模式与含油量的动态积累模式显著正相关,PDAT1的动态表达模式与亚麻酸的动态积累模式显著正相关,且在高油高亚麻酸材料的种子动态发育阶段中PDAT1基因的累积表达量也显著高于低油低亚麻酸材料。因此,PDAT1可能是影响胡麻不同品种(系)中含油量和亚麻酸含量的关键基因。 相似文献
16.
乳糖酶-根皮苷水解酶(lactase-phlorizin hydrolase,LPH)是肠组织上皮细胞微绒膜上的一种糖蛋白,对乳糖和根皮苷有水解活性。鉴定了家蚕基因组中的一个LPH基因,命名为BmLPH014192。该基因CDS长1 305 bp,编码434个氨基酸,预测蛋白质分子质量为50.8 kD,等电点(pI)为5.35。将该基因的cDNA与家蚕基因组序列比对,显示其具有7个外显子,外显子/内含子边界处均符合GT-AG规则。将BmLPH014192与哺乳动物人、褐鼠、家兔和昆虫黑腹果蝇、冈比亚按蚊、二化螟、佛罗里达弓背蚁、大红斑蝶等的LPH进行氨基酸序列比对,相似度都在60%左右;聚类分析中BmLPH014192与昆虫类LPH聚在一起。芯片数据分析结果表明BmLPH014192在家蚕5龄第3天幼虫的9个组织中,只在中肠中有表达,并且表达量很高。在绿茧品种大造和白茧品种19-710幼虫的中肠中扩增到的特异性条带其长度分别为1 000 bp和750 bp,存在序列选择性剪接;在其它白茧品种的中肠中没有扩增出特异性条带。推测BmLPH014192的特殊表达方式可能与其在不同家蚕品种中肠组织中的特异性功能有关。 相似文献
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鸽GnIH和GnRH基因克隆及其在不同繁殖阶段下丘脑中的表达 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究促性腺激素抑制激素（gonadotropin-inhibitory hormone,GnIH）和促性腺激素释放激素（gonadotropin-releasing hormone,GnRH）基因在鸽繁殖不同阶段下丘脑组织中的表达变化,探讨GnIH和GnRH基因与鸽繁殖调控之间的关系,本研究以鸽cDNA为模板扩增GnIH和GnRH基因CDS区序列并进行克隆测序,采用实时荧光定量PCR技术检测了产蛋前、产蛋后及哺乳期鸽下丘脑组织中GnIH和GnRH基因mRNA表达水平。序列分析结果表明,鸽GnIH基因CDS区全长522 bp,已提交GenBank,登录号：MG589638,编码173个氨基酸,与已知其他鸟类GnIH同源性达85%以上;鸽GnRH基因CDS区全长276 bp,已提交GenBank,登录号：MG589639,编码91个氨基酸,与已知其他鸟类GnRH同源性达80%以上。鸽GnIH前体包含1个GnIH和2个GnIH相关肽（GnIH-RP-1、GnIH-RP-2）,具有典型的"LPXRF"基序;GnRH前体包含1个信号肽、1个GnRH和1个GnRH相关肽（GAP）。实时荧光定量PCR结果表明,产蛋前鸽下丘脑中GnIH基因表达量最高,且极显著高于产蛋后和哺育期（P<0.01）;产蛋后鸽下丘脑中GnRH基因表达量最高,且极显著高于产蛋前和哺育期（P<0.01）;产蛋前鸽下丘脑中GnIH基因表达量极显著高于GnRH基因（P<0.01）,而产蛋后和哺育期鸽下丘脑中GnRH基因表达量极显著或显著高于GnIH基因（P<0.01;P<0.05）。结果表明,GnIH和GnRH基因的表达与母鸽不同繁殖阶段的转变有关,为进一步研究鸽繁殖分子机制奠定基础。 相似文献
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为了获得大通牦牛DQA2基因序列,并研究其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本研究采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,通过DNAstar软件和在线服务器预测大通牦牛DQA2基因CDS区编码蛋白的理化性质、疏水性/亲水性、糖基化位点、信号肽、跨膜结构、二级结构以及三级结构。结果表明,大通牦牛DQA2基因CDS区长度为765bp,编码253个氨基酸。蛋白结构预测结果表明,该蛋白是一种混合型的可溶性蛋白质,具有4个潜在的N-糖基化位点,分别为Asn31、Asn96、Asn260、Asn369;在第1~23位氨基酸之间存在信号肽;存在1个典型的跨膜螺旋区,氨基酸序号为216-239;蛋白质功能显示该蛋白存在信号受体活性、催化活性、运载体、调节代谢过程、细胞定位及免疫系统过程的功能。本研究结果为进一步研究大通牦牛的遗传育种提供理论基础。 相似文献