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2株哌嗪-2-羧酸单一对映体产生菌的鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
通过对分离得到的哌嗪-2-羧酸单一对映体产生菌的鉴定,从分类学上为筛选得到生物安全性高的生产菌株提供指导。通过形态培养特征观察、生理生化特征鉴定和基于16SrDNA序列分析的系统发育分析对实验菌株进行鉴定。结果表明2株哌嗪-2-羧酸单一对映体产生菌,均为G-杆菌,通过16SrDNA序列同源性比较及系统发育分析,菌株210属于短波单胞菌属（Brevundimonas）、菌株418属于假单胞菌属（Pseudomonas）。菌株210、418的生理生化特征与其系统发育关系最近的种存在差异。通过将目的菌株的系统发育分析结果和形态生理结果与相关已知菌的比较,菌株210、418生物安全性较高,具有应用于工业生产的潜力。 相似文献
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《四川农业大学学报》2015,(2):181-188
【目的】研究泸州老窖窖泥中己酸菌的遗传多样性和系统发育地位,筛选优良高产己酸菌株,为提高新窖酒品质提供优质菌株资源。【方法】采用BOXAIR-PCR、16SrDNA PCR-RFLP和代表菌株16SrDNA序列分析技术等对不同窖龄窖泥中乙酸菌的多样性进行分析。【结果】从不同窖龄窖泥样品中分离获得了43株产己酸细菌;BOXAIR-PCR分析结果表明,在82.2%的相似性水平处,供试菌株形成了8个BOX遗传群;16SrDNA PCR-RFLP将43株供试菌株分为8个遗传群;代表菌株16SrDNA序列系统发育分析表明,供试菌株分布于3个系统发育分支。【结论】泸州老窖窖泥中己酸菌具有丰富的遗传多样性,这些菌株主要分布于梭菌属(Clostridium)、芽孢杆菌属(Bacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas),其中芽孢杆菌属(Bacillus)为优势属。 相似文献
3.
为明确江西省奉新县猕猴桃溃疡病病原菌种类。从该县7个猕猴桃生产基地采集呈典型症状的发病枝条和叶片,采用稀释分离法对其进行病菌分离并作致病性测定,共获得27个致病性细菌菌株。对各菌株进行培养性状、形态特征观察和生理生化测定,结果与文献中对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae)的描述相吻合。提取各菌株基因组DNA,分别对其16S rDNA和16S-23S rDNA基因片段进行PCR扩增、测序、序列分析和构建系统发育树,结果各菌株16S rDNA和16S-23S rDNA序列长度均为1 500 bp和280 bp,且菌株间序列完全一致。将获得的两段序列利用Blast程序分别在GenBank中进行同源性搜索,发现其与丁香假单胞菌猕猴桃致病变种同源性均为100%。待鉴定菌株在系统发育树上与该变种处于同一分支。根据实验结果,将奉新县猕猴桃溃疡病的病原鉴定为丁香假单胞菌猕猴桃致病变种。 相似文献
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从发生冻害的植物组织中分离到1株冰核细菌MB03,该菌株在-3℃时在2 min内的冻结率达到96.5%,而产生1个冰核所需要的细胞数约为2.9×103个,其冰核活性明显高于冰核细菌标准菌株和其它分离菌株.进一步对MB03进行了鉴定,经个体形态与培养特征观测、部分生理生化反应、G C摩尔分数测定、16SrDNA序列对比分析、菌落原位杂交探测特异性基因和PCR扩增冰核基因等鉴定,确定该菌为丁香假单胞菌(P5eudomonas syringae). 相似文献
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[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。 相似文献
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从患病草鱼C tenopharyngodon idella体表病灶上分离到一株优势菌,经分离纯化培养制成细菌悬液,分别以腹腔注射和浸泡两种方式感染草鱼。结果表明：该菌株能感染草鱼,且具较强毒力,腹腔注射0.2mL该菌液（3×109cfu/mL）,可导致受试草鱼100%死亡;创伤浸泡感染（3×108cfu/mL）,死亡率也达100%,受感染鱼出现与自然感染相似的类似赤皮病症状。对该病菌进行形态特征观察和主要理化特性分析,初步鉴定为铜绿假单胞菌Pseudom onas aeruginosa。进一步对该菌进行分子鉴定,共选用16S rRNA、RNA聚合酶β亚单位（rpoB）和促旋酶亚单位蛋白（gyrB）3个基因进行鉴定分析。序列克隆与BLAST分析结果显示,这3个基因均与GenBank上登录的铜绿假单胞菌的相应序列具有很高的同源性,16S rRNA、rpoB和gyrB基因与已知铜绿假单胞菌相应序列的同源性分别在99%、98%和93%以上。综合生理生化与分子鉴定结果,可判定所分离的菌株为铜绿假单胞菌。药敏试验结果显示：该菌对阿米卡星、菌必治、氟哌酸和妥布霉素等11种药物高度敏感,对链霉素和庆大霉素中度敏感,对罗红霉素、红霉素、四环素、苯唑青霉素、新霉素和头孢氨苄等16种药物具有耐药性。 相似文献
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初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%. 相似文献
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新疆棉花根际土壤铁载体产生菌的遗传多样性及系统发育研究 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16S rRNA PCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16S rDNA 全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）、不动细菌属（Acinetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、产碱杆菌属（Alcaligenes）、短状杆菌属（Brachybacterium）和泛菌属（Pantoea）。其中,假单胞菌属（Pseudomonas）为优势属。【结论】分离自新疆地区棉花根际土壤铁载体菌存在极大的遗传多样性。 相似文献
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新疆泥火山中度嗜盐菌WS1的16S rDNA分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]了解在新疆泥火山群这一特殊生境条件下一株中度嗜盐菌种属关系。[方法]从新疆泥火山分离得到中度嗜盐菌WS1,测定其生理生化指标,并采用真细菌16SrDNA通用引物PCR扩增WS1菌株的16SrDNA,将得到的片段在NCBI Genbank数据库中通过Blast软件对其进行同源性检索,使用PHYLIP3.65软件构建系统发育树。[结果]该菌能够在浓度0～15%NaCl的条件下生长;PCR扩增得到的片段长度为1 423 bp;同源性比对表明,该菌株与多种涅斯捷连科氏菌的16S rDNA序列同源性高达99%;系统发育树显示WS1菌株与涅斯捷连科氏菌的亲缘关系最近。[结论]结合生理生化指标,初步确定WS1菌株可能是耐盐涅斯捷连科氏菌属的一个亚种。 相似文献
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芳香烃化合物降解菌CP5的降解特性及降解基因 总被引：1，自引：0，他引：1
以苯酚作为碳源从化工厂污水样品中富集筛选出降解能力较强的降解菌CP5,该菌能利用多种芳香烃化合物生长。16SrDNA序列系统发育分析表明,该菌属于假单胞菌属(Pseudomonas)。CP5可以在48h内将500mg/L的苯酚完全降解。从该菌株中扩增获得邻苯二酚2,3-双加氧酶基因,该基因编码氨基酸序列与P.putida NCIB9816-4以及P.fluorescens PC20的双加氧酶具有最高同源度,均为99%。CP5菌株对芳香烃化合物的生物修复有较大的应用前景。 相似文献
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[目的]对从新疆和田地区酸奶中分离得到的1株具有抑菌活性的菌株A3-1,分别进行形态观察、生理生化试验及16S rDNA鉴定。[方法]采用真细菌16S rDNA通用引物PCR扩增A3-1菌株的16S rDNA,使用NCBI-Blast软件在GenBank数据库中对其进行同源性检索,使用MEGA4软件构建系统发育树。[结果]A3-1为革兰氏阳性菌,并且对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的生长有明显的抑制作用;其16S rDNA与Leuconostoc lactis有98.829%的同源性。[结论]系统发育树表明菌株A3-1与乳酸明串珠菌亲缘关系最近,结合生理生化分析,可判断菌株为乳酸明串珠菌。 相似文献
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西北半干旱地区黄芪根瘤菌DNA同源性及16S rDNA全序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
数值分类表明 ,分离自西北半干旱地区的 9株黄芪根瘤菌构成一个独立的表观群。在此基础上 ,进行了DNA同源性及 16 S r DNA全序列分析。 9株菌的 G +C mol%在 5 9.1～ 6 0 .3之间 ;群内 DNA同源性为 81.5 %～91.0 % ,大于 70 % ;中心菌株 SH2 90 B与各已知种模式菌株 DNA同源性在 10 .5 %～ 6 3.0 % ,小于 70 %。 SH2 90 B的16 S r DNA全序列与参比菌株的序列进行比较 ,得到系统发育树状图。其处在土壤杆菌 -山羊豆根瘤菌构成的分支中 ,与 R.galegae和 R.huatlense的 16 S r DNA全序列相似性分别为 96 .8%和 97.5 % ,大于 95 %以上 ,它们应归属于同一个属。因此 ,菌株 SH2 90 B代表一个新的根瘤菌种 相似文献
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对采自云南元谋的花生丛枝植株总DNA进行secY基因的巢式PCR扩增,得到约1700bp的特异扩增片段,将该扩增产物克隆后进行序列测定,表明该片段长1709bp,该序列包括部分rpl15基因、全部secY基因序列以及部分的map基因,为植原体部分spc核糖体蛋白操纵子,其中secY基因编码的蛋白包括420个氨基酸,为含有10个明显跨膜区的整合性跨膜蛋白。通过同源性比对及构建的系统进化树,表明该株系与来源于台湾、海南的花生丛枝植原体亲缘关系最近,确定了该株系属于16SrII A亚组成员。该分类结果与基于16SrDNA及rp基因的分析结果一致。 相似文献
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从浙江上虞海涂土样中分离、筛选到1株具有1-氨基环丙烷1-羧酸(ACC)脱氨酶活性的菌株DW1根据生理生化特征、16S rDNA序列分析、(G+C)mol%测定,菌株DW1被鉴定为假单胞茵(Pseudomonas spDW1)研究该菌株对茄子耐盐性的影响,结果表明:用茵株DW1处理可以提高种子的发芽势及芽长;在茄苗盆栽实验中,经DW1菌液处理的种子,在高盐浓度下茄苗的鲜重与对照相比有显著提高,同时Ca2+含量有所增加而Na+含量则有所下降,其茄苗的长势明显优于对照说明用具有ACC脱氨酶活性的菌株DW1处理可以有效地提高茄苗的耐盐性 相似文献
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一株产紫红色色素的沙雷氏菌的分离与鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]为有效预防和控制由沙雷氏菌引起的多种疾病提供依据。[方法]以华蓥山香菇作为研究材料,从其表面中分离出了1株产紫红色色素的细菌,采用形态学、生理生化方法对其进行初步鉴定;提取基因组DNA,采用16S rRNA的通用引物,PCR扩增16S rDNA基因片段,克隆入pMD-18T载体,转化E.coliDH5α,筛选阳性重组质粒鉴定后测序;通过多序列比对和同源性分析,构建系统发育树。[结果]该菌株革兰氏染色阴性,与沙雷氏菌属菌的同源性最高,命名为Serratiasp.JG05。扩增得到序列大小为1 506 bp,系统发育树表明JG05与Serratiasp.BBTR23的亲缘关系最近,核苷酸水平有99.20%的相似性。[结论]该研究为进一步研究这种附生菌与香菇的共生关系,以及它们之间的作用机制奠定了基础。 相似文献
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产弹性蛋白酶芽孢杆菌的筛选与鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
从屠宰场,牛奶场和啤酒厂附近采集的土样和污水中,通过弹性蛋白平板筛选获得209株产弹性蛋白酶的细菌菌株,将弹性蛋白水解圈和菌落直径之比(HC)比值较大的83株菌通过摇瓶复筛后得到一株酶活力较高的菌株SCEL01,产酶活性达到33 u/mL。结合形态学、生理生化特性和16SrDNA序列同源性分析,该菌株被鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。 相似文献
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竹材木质素选择性降解菌株的分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
鉴定1株从腐竹中筛选的高效选择性降解竹材木质素的优良菌株ZNLD-18,为生物法提取可纺性竹原纤维奠定基础。利用真菌通用引物ITS1和ITS4扩增并测定菌株的rDNA ITS区序列,序列总长541bp。把所得序列在GenBank中进行B1ast搜索得到同源性较高的同属不同种菌株序列。比较这些序列的遗传距离,显示菌株ZNL D～18与Trametes versicolor的ITS区序列同源性为99％以上。利用PAUP软件构建分子系统发育树,通过对该树的分析并综合菌株的形态特征,鉴定菌株ZNLD-18为白腐菌Trametes versicolor。 相似文献
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大豆食心虫28SrDNA基因的克隆及表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
文章克隆并分析鳞翅目大豆食心虫(Leguminivora glycinivorella Matsumurav)28S 核糖体 RNA 基因(28SrDNA)全序列.系统进化树分析表明,大豆食心虫28SrDNA与其他鳞翅目昆虫的28SrDNA同源性较高.利用荧光定量PCR对28SrDNA在大豆食心虫不同生育时期和幼虫不同组织的表达量进行分析.结果表明,28SrDNA基因在成虫期表达量最高,卵中表达量最低;在幼虫脂肪体和睾丸的表达量最高,中肠和卵巢的表达量最低.为进一步干扰大豆食心虫28SrDNA基因表达,将28SrDNA序列片段亚克隆到RNAi载体L4440中,经PCR和酶切鉴定证明,成功构建表达大豆食心虫28SrDNA dsRNA的RNAi载体L4440-28SrDNA 相似文献