共查询到20条相似文献，搜索用时 31 毫秒
1.
【目的】 利用RT-PCR技术建立一种在临床上便于区分猪流行性腹泻病毒（PEDV）自然感染与疫苗免疫毒株的方法。【方法】根据GenBank公布的PEDV ORF3基因序列,在其存在基因缺失区两端的保守区域设计特异性引物,对近两年采集的仔猪腹泻样品进行检测,分析流行毒株的ORF3基因,选择部分阳性样品利用鉴定引物进行RT-PCR扩增,优化其反应体系、Tm值等条件,进行鉴别诊断方法的特异性、敏感性试验,并对大量临床样品进行检测验证。【结果】从新发仔猪腹泻临床样品中克隆获得了11株PEDV的ORF3基因,序列分析显示新分离的9株ORF3基因不存在缺失,属于自然感染野毒,其与疫苗株的核苷酸同源性为95.8%—97.1%。建立的鉴别诊断方法可以特异性扩增PEDV的ORF3基因,其中获得的PEDV自然感染毒株基因片段大小约300 bp ,而弱毒疫苗株则为250 bp左右;该鉴别诊断方法与其他猪源病毒无交叉扩增,其敏感性可达到100TCID50/0.1mL,对仔猪腹泻临床样品检测结果显示,PEDV自然感染的阳性率为65.4%。【结论】 初步建立了基于PEDV ORF3基因的RT-PCR鉴别诊断方法,该方法可以用于区分自然感染的野毒和弱毒疫苗免疫毒株,为PEDV的疫情诊断和流行病学监测提供了一种特异、快速的检测方法。 相似文献
2.
为临床上能鉴别猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株和疫苗株,根据GenBank中已发表的PEDV疫苗株ORF3基因序列,在245~293位缺失区域两侧设计合成1对特异性引物,建立了快速鉴别和诊断PEDV野毒株和疫苗株的RT-PCR方法,即PEDV野毒株、疫苗株基因组中分别可扩增出长度为282和233bp的特异性片段,而对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型、猪博卡病毒、猪伪狂犬病毒核酸扩增均为阴性;对PEDV野毒株与疫苗株的最低检测下限分别为455拷贝/μL和396拷贝/μL。该方法不仅能够有效区分PEDV野毒株和疫苗株,而且能够鉴别发病猪的感染情况,为该病的防控提供了有效地技术保障。 相似文献
3.
猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR快速鉴别检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】建立猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗株的RT-PCR快速鉴别检测方法。【方法】根据Gen-Bank中36株猪瘟病毒(CSFV)强毒株和兔化弱毒疫苗株的基因序列,分别设计了针对CSFV强毒和兔化弱毒疫苗株的特异性引物,建立了一种能区分CSFV强毒和兔化弱毒疫苗株的RT-PCR检测方法。【结果】建立的RT-PCR检测方法可以从CSFV强毒株和兔化弱毒疫苗株中分别扩增出大小为187和492 bp的特异性片段,对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)等猪源性病毒的检测结果均为阴性,说明该方法具有较好的特异性。对10份疑似猪瘟临床样品进行检测后发现,利用该方法可以从中分别检测出CSFV强毒和疫苗毒。【结论】建立了可鉴别检测CSFV强毒株和弱毒疫苗株的RT-PCR方法,为猪瘟的早期诊断及疫苗免疫猪和野毒感染猪的鉴别提供了技术参考。 相似文献
4.
2018年3月,河南焦作市某猪场发生疑似猪流行性腹泻(PED)感染,而该猪场进行过PED疫苗免疫,为确诊病原,采集患病仔猪肠管内容物,利用RT-PCR法,扩增猪流行性腹泻病毒(PEDV)部分S基因片段,并将产物送基因公司测序。所获测序结果,运用DNAStar和MEGA5软件,与GeneBank下载的不同毒株S基因片段进行同源性分析。结果显示:RT-PCR扩增产物与预期大小一致,为969bp;该毒株部分S基因与经典毒株CV777同源性为94.8%,亲缘关系较远;与近年来流行毒株同源性为98.1%～99.1%,亲缘关系较近。PEDV变异毒株的出现可能是导致免疫失败的重要原因。 相似文献
5.
为了解猪流行性腹泻病毒(PEDV)新流行毒株的遗传变异情况,本研究对2014—2018年间采集的205份PEDV疑似阳性样品进行RT-PCR检测、扩增PEDV S2基因并进行遗传转化分析。RT-PCR结果显示,205份疑似阳性样品中有191份扩增出单一条带,片段大小为1 887 bp,符合S2基因的扩增预期。试验样品阳性检出率为93. 17%。测序分析表明,试验共获得25株S2基因序列,与参考毒株之间核苷酸的同源性为94. 3%～99. 6%,氨基酸的同源性为86. 4%～96. 2%。遗传进化分析结果显示,试验得到的PEDV毒株分属于G1、G2亚群。本研究为PEDV防控以及疫苗毒株筛选奠定基础。 相似文献
6.
鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)超强毒株的出现给该病的防控带来了新的困难,有效鉴别IBDV超强毒株对IBD的防控有着积极意义.根据IBDV VP4基因的保守序列,设计了一对通用引物RPa/RPb,特异性扩增IBDV VP4基因720 bp的目的片段.根据超强毒株和经典毒株VP4基因序列的差异,分别合成了FAM标记的超强毒荧光探针和JOE标记的经典毒荧光探针,建立了实时荧光RT-PCR鉴别IBDV超强毒株与经典疫苗毒株的方法.检测超强毒和经典毒的敏感性分别可达420和320个拷贝数.建立的实时荧光RT-PCR方法敏感性高、特异性强,可用于临床样品中IBDV超强毒和经典毒的鉴别诊断. 相似文献
7.
为调查近年来河南省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,从2015—2017年河南部分地区猪场患腹泻仔猪的小肠组织及内容物中克隆了15株PEDV ORF3基因,并对其进行了序列测定及分析。结果显示,15株PEDV河南株 ORF3 基因序列长度均为675 bp。15株PEDV分离株之间核苷酸同源性为94.4％～99.9％,与经典毒株CV777、弱毒株attenuated DR13核苷酸同源性分别为95.7％～97.0％和96.6％～98.1％。遗传进化分析显示,PEDV分为两大群,3株分离株属于G1群,单独成一个小的分支。其余12株分离株与往年河南流行株、大部分国内分离株、韩国、日本、美国及法国毒株位于G2群,亲缘关系较近,而与经典毒株CV777亲缘关系较远。表明河南省PEDV有变异和进化趋势,为河南省PED的防控和疫苗的研制提供技术支持。 相似文献
8.
【目的】建立一种能够应用于临床样本猪瘟病毒(CSFV)检测的快速、简便且标准化程度高的检测技术,以满足畜牧业生产和兽药市场的需求。【方法】根据GenBank中猪瘟病毒及近源病毒的基因组全序列,选择特异保守区域设计了2对猪瘟病毒引物,借助3′端引物碱基错配对PCR扩增效率的影响,优化筛选了能够鉴别猪瘟兔化弱毒疫苗和强毒疫苗的PCR退火温度,经多重试验组合建立了一套鉴别猪瘟强毒和弱毒的多重RT-PCR鉴别诊断方法。【结果】扩增反应条件的确定试验表明,退火温度为55℃;特异性分析表明,从弱毒C株和石门强毒株的基因组中分别扩增出1条大小为492和178 bp的特异性片段,从强弱毒株混合物中1次扩增出2条大小为492和178 bp的特异性片段,检测不到伪狂犬病病毒的RNA;敏感性分析表明,该方法能检测出0.8 pg的猪瘟病毒RNA;应用试验表明,8份疑似猪瘟病料中5份为强毒感染,2份为弱毒感染,1份为弱毒和强毒的混合感染。【结论】研究建立的多重RT-PCR方法具有敏感性、特异性强、重复性好的特点,对养猪业的发展具有十分重要的意义。 相似文献
9.
《农民致富之友》2017,(5)
目的:通过应用同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的多重RT-PCR方法,并对其进行特异性与敏感性试验。方法:对本地区150份临床疑似病毒性腹泻病料进行检测,检测了仔猪腹泻的粪便或小肠组织共150份病料。在实验室检测中,此方法能检测约50 TCID50的混合病毒,能够扩增出3条长度为750 bp(PEDV)、544 bp(TGEV)、275 bp(PARV)特异性片段,而其它病毒无特异性条带。结果:PEDV、TGEV阳性率分别为54.67%(82/150)、8.0%(12/150)。PEDV与TGEV混合感染率为5.33%。结论:同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的多重RT-PCR方法的应用对临床上进行这两种疾病混合感染的检测具有重要意义。 相似文献
10.
【目的】建立快速、简便、特异的检测牛病毒性腹泻病毒抗原的RT-PCR方法;【方法】根据已发表的牛病毒性腹泻病毒株(BVDV)5’端非编码区保守序列设计合成了两条引物,应用RT-PCR技术对两株BVDV标准株(OregonC24V and NADL)进行基因扩增,对扩增产物进行酶切鉴定。同时设猪瘟兔化弱毒疫苗株、轮状病毒株、MDBK细胞作对照;【结果】两株BVDV标准株均扩增出了长度为325bp的片段,扩增产物经酶切后形成长度为111bp和214bp两条片段,而对猪瘟兔化弱毒疫苗株、轮状病毒株、MDBK正常细胞扩增均为阴性,与预期结果一致。【结论】PCR检测方法可以快速准确地对牛病毒性腹泻-黏膜病作出诊断。该方法的敏感性可高达10-1TCID50。 相似文献
11.
猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)可引起猪呕吐、腹泻和脱水,各年龄段的猪均可发病,而哺乳仔猪发病和死亡最为严重。2010年末发生的仔猪腹泻综合征的主要病原为PEDV变异株。根据PEDV变异株S基因发生碱基缺失和插入的特征设计并合成了1对特异性引物,首次建立了PEDV变异株的RT-PCR检测方法。结果表明,所建立的PCR检测方法特异性强,不和PEDV经典毒株反应,也不与其他动物病原反应;敏感性较高,最低可检测10~(-3)ng/μL,且重复性较好。用该方法对2013—2014年我国华东地区猪场的318份临床样品进行检测,结果发现109份样品(34.3%)为PEDV变异株阳性,表明我国腹泻猪群中PEDV变异株感染较为普遍。本研究建立的PCR方法可以作为PEDV变异株在临床上的一种鉴别诊断技术。 相似文献
12.
【目的】了解近年来京津冀地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株M基因的变异情况。【方法】用RT-PCR技术从京津冀地区部分仔猪腹泻样品中扩增与克隆3株PEDV流行株M基因全长序列,并进行序列测定和分析。【结果】基因序列结果显示,3株PEDV的M基因全长均为681nt,其核苷酸同源性达99.7%以上,在系统发育进化方面属于同一簇。M基因系统发育进化关系显示,虽然这3株PEDV与中国以前PEDV流行毒株及疫苗株CV777属于不同的簇,但其与国内外其他PEDV参考毒株的核苷酸同源性均达96.5%以上。【结论】M基因仍然是检测PEDV的良好目的基因。 相似文献
13.
为建立鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)强毒和疫苗弱毒的鉴别诊断方法,通过分析比较GenBank数据库中上传的DEV强毒株和疫苗弱毒株UL2基因核苷酸序列,分析DEV疫苗弱毒和DEV强毒在UL2基因上的核苷酸序列,利用引物设计软件Oligo 7.0,设计一组可对DEV强毒株和疫苗弱毒株UL2基因进行编码区全长扩增的特异性引物,经条件优化后建立DEV强毒和疫苗弱毒鉴别诊断的PCR方法。结果表明,DEV疫苗弱毒和DEV强毒在UL2基因上存在528bp的连续核苷酸序列缺失。优化后的PCR方法最佳退火温度为55℃,对DEV强毒和疫苗弱毒扩增片段大小分别为1 019bp和491bp;敏感性强,最低检测限为15.3pg;特异性好,对鸭源常见传染病(如番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、鹅细小病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌和鸭源禽多杀性巴氏杆菌)均无特异性扩增。 相似文献
14.
为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株特性,通过细胞培养、细胞病变(CPE)观察、RT-PCR、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定1株PEDV变异株(CH/YNKM-8/2013株)并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法,测得该毒株的全基因组序列(GenBank登录号为KF761675.1)。该毒株S基因N端比CV777毒株S基因的N端长9bp,包括15bp的插入和6bp的缺失,表明CH/YNKM-8/2013为变异毒株。同源性分析显示,该毒株的基因组序列与我国广东2011年分离毒株LC的同源关系最近,相似性为99.6%,与韩国毒株KNU-1305和美国毒株USA/Minnesota84/2013的序列相似性均为99.0%,而与CV777疫苗毒株的相似性较低,为96.7%。序列进化树分析表明该毒株和我国新近毒株、韩国及美国的变异毒株进化关系较近,而与我国之前流行的PEDV毒株以及疫苗毒株CV777处于不同分支。 相似文献
15.
【目的】对猪流行性腹泻病毒安徽毒株AH-2018-HF1进行全基因组测序,了解该毒株的分子生物学特征和遗传进化情况,为PEDV的进化和变异研究提供参考。【方法】从PEDV阳性病料（肠道组织）中提取RNA,反转录获得cDNA。将PEDV基因分为9段,设计相应的引物,采用分段重叠法对PEDV基因组进行分段扩增,扩增产物经克隆测序后,采用DNAstar软件拼接,获得全基因组,将此全基因序列与GenBank上公布的国内外25株PEDV毒株进行比对和分析。【结果】PCR扩增获得了4 036,3 724,2 874,3 600,3 950,4 187,3 576,2 953和1 138 bp的9条目标片段,测序拼接后获得了27 937 bp的PEDV全长基因组。AH-2018-HF1株与经典株CV777（疫苗株）全基因序列同源性为97.7%,S基因同源性为96.7%,ORF3基因同源性为90.8%。全基因组序列对比发现,AH-2018-HF1株与SD-M株同源性最高,为99.9%;与PEDV/MEX/QRO/02/2017同源性最低,为96%。S基因序列分析结果显示,AH-2018-HF1株在2 319-2 320位缺失3 bp碱基（GTT）;与CV777、LZC株相比,AH-2018-HF1株在459-460位缺失3 bp碱基（ATA）;和国内外变异毒株相比,AH-2018-HF1株在174-175位缺失12 bp 碱基(CAGGGTGTCAAT),在461-462位插入6 bp碱基（TGGAAA）。ORF3基因序列分析结果显示,AH-2018-HF1株在245-296位有49个碱基缺失。全基因组系统进化树分析表明,AH-2018-HF1与SD-M亲缘性最近,与CV777亲缘性较近,与国内外变异毒株的亲缘关系较远;S基因系统进化结果与全基因组系统进化结果相似;ORF3基因系统进化分析结果与全基因组系统进化结果不同。【结论】AH-2018-HF1仍属于经典毒株,但存在一定的变异,表明PEDV处于不断的进化中。 相似文献
16.
[目的]明确猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)JS2008株的序列特征及其连续传代后的序列变化规律,为筛选出新的疫苗候选毒株提供参考依据.[方法]将分离自华东地区某发病猪场的PEDV JS2008株在Vero细胞系上传代培养至100代,选取部分代次进行病毒滴度测定;每隔10代提取病毒RNA,采用RT-PCR对各代次病毒的S基因、ORF3基因和N基因进行扩增,并与PEDV经典和流行参考毒株进行序列比对及遗传变异分析.[结果]PEDV JS2008株经连续传代至100代,其病毒滴度由105.5 TCID50/0.1 mL上升至107.5 TCID50/0.1 mL.JS2008株在传代过程中共有11处碱基发生突变,其中9处发生在传代培养的第10~20代,变异主要位于S基因上(7/11);同时发现JS2008株及其传代株与attenuated DR13株的相似性最高.基于S基因和N基因序列构建的PEDV系统发育进化树均表明JS2008株各代次与attenuated DR13株同处于Group 3进化群;基于ORF3基因序列构建的PEDV系统发育进化树则显示,JS2008株各代次与attenuated DR13株均处于同一进化群(Group 2).[结论]PEDV JS2008株通过Vero细胞系进行体外连续传代至100代,其碱基突变主要发生在病毒传代培养的第10~20代,病毒滴度明显提高,抗原量增加,为研制新型PEDV疫苗提供可能,同时推测病毒传代培养10~20代是病毒发生变异以适应细胞培养的活跃期. 相似文献
17.
分析闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)N基因的遗传进化特征,收集闽西地区猪流性腹泻病例组织样品8份,用逆转录PCR(RT-PCR)扩增N基因,连接至pMD-18T载体进行测序,并与国内外已知参考毒株序列进行比对及遗传进化分析。结果显示,8株闽西流行毒株之间N基因核苷酸的同源性为9.8%～100.0%,推导的氨基酸序列的同源性为99.5%～100.0%,而闽西毒株与早期疫苗毒株CV777和SM98的同源性较远。氨基酸序列分析表明,闽西毒株氨基酸序列存在15处突变,与2010年后中国流行毒株变异位点相同。提示闽西地区毒株为目前国内流行毒株,与疫苗毒株亲缘关系较远,可能导致机体针对疫苗毒株产生的抗体不能够有效抵抗变异毒株,不能给猪群提供很好的免疫保护,因此需要基于变异毒株研究出有针对性的疫苗来预防PEDV。 相似文献
18.
为研究2015年重庆市荣昌部分腹泻猪场是否有猪流行性腹泻病毒的感染与流行,对猪流行性腹泻病毒ORF3(Open reading flame 3)基因进行克隆及序列分析研究。通过从疑似流行性腹泻病毒感染的猪场采集小肠组织,采用RT-PCR方法对猪流行性腹泻病毒的ORF3基因进行克隆。结果表明,所获得的ORF3基因ORF长675bp,编码223个氨基酸。通过DNAMAN软件分析,表明本研究中克隆的ORF3基因与CV777标准株(AF353511)的ORF3基因相似性为96.45%,与中国的NJ(KJ642645)的相似性最高,为99.41%,与attenuated DR13疫苗株(EU054930)相似性90.52%,而与CV777疫苗株(GU372744)相似性仅79.07%。系统进化树分析表明,该基因与中国毒株、韩国毒株以及美国分离株USA/Illinois 201/2014(KR265795)处于同一进化分支上,而attenuated DR13疫苗株、CV777 truncated疫苗株和欧洲的CV777标准株处于另一个进化分支上,说明该基因与中国毒株、韩国毒株的遗传距离最近。通过B细胞抗原表位预测分析,发现其氨基酸第65~68、114~116、137~140和150~154区域可能有潜在的优势抗原表位。成功克隆了猪流行性腹泻病毒ORF3基因,说明2015年重庆市荣昌部分腹泻猪场存在猪流行性腹泻病毒的感染。 相似文献
19.
IBDV超强毒株、强毒株及疫苗株的快速鉴别诊断 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】利用限制性酶切位点的特异性,鉴别IBDV超强毒株、强毒株及疫苗株。【方法】根据IBDVVP2基因的共保守序列设计1对引物,分别以IBDV超强毒株GX8/99、陕西分离株、强毒株(XZ-1、ZZ-1、JL、GX-2、JS-2、SD-1、SD-3、HeN-4、ZJ-1、JX-2、JS-30)和疫苗株(B87、NF8)的VP2保守序列为模板,采用RT-PCR方法扩增VP2基因的共保守序列,并构建IBDV不同毒株的重组质粒。用AhaⅠ/StuⅠ和BamHⅠ/NspⅠ2组限制性内切酶分别对超强毒株、强毒株及疫苗株的重组质粒进行酶切鉴定。【结果】扩增出了IBDVVP2基因中的共保守序列,其长度为802 bp。超强毒株能被AhaⅠ/StuⅠ切出327 bp的片段,而强毒株及疫苗株则能被BamHⅠ/NspⅠ切出270 bp的片段。【结论】此种RT-PCR结合限制性内切酶酶切的鉴别方法能够很好的区分IBDV超强毒株与强毒株和疫苗株。 相似文献
20.
为了解华南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行、变异及进化情况,从该地区的不同猪场采集2 159份样品,利用RT-PCR方法检测PEDV,扩增了部分PEDV阳性样品中的S、M和ORF3基因并测序,利用生物信息学软件进行序列分析.结果显示,PEDV在猪场中的检出率为100％,在所有样品中的平均检出率为53.0％,在哺乳仔猪、断奶仔猪、育肥猪和母猪样品中,PEDV平均阳性率分别为67.6％、42.8％、12.8％和47.2％.根据S、ORF3和M基因建立的进化树,PEDV可分为2个基因群,其中当前样品株为一群,韩国、美国和中国的参考毒株为一群.结果表明,PEDV在华南地区猪场普遍存在,其基因也在不断发生变化. 相似文献