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电子克隆是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的、利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)cDNA序列为探针,在GenBank的HTGs数据库中找到与之高度同源的截形苜蓿的基因组序列———m th2-17p16克隆,通过GenScan软件预测和序列拼接得到了截形苜蓿吡哆醇生物合成基因序列(GenBank登录号为DQ139263)。用该序列对GenBank中的est-others进行相似性搜索,获得了25条截形苜蓿的EST序列,经拼接后发现与基因组预测的基因序列一致,表明该基因是真实存在和表达的。该cDNA序列长度为1 257 bp,具有完整的开放式阅读框(ORF 29-973bp),推测编码314个氨基酸。通过对日本百脉根(Lotus corniculatusvar.japoni-cus)、烟草(Nicotiana tabacum)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、大豆(Glycine max)、小麦(Triticum aestivum)和水稻(O ryza sativa)等进行吡哆醇生物合成蛋白序列同源比较,发现该基因具有高度的保守性。 相似文献
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Li Xiao-xiao et al 《安徽农业科学》2006,(23)
根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥牛儿基牛儿基氢化酶(GGH)基因cDNA序列为信息探针,搜索GenBank中的HTGs数据库,找到一个与之高度匹配的日本百脉根基因组DNA序列LJT46M09,用GENSCAN软件分析该序列得到一个包含2个外显子和1个内含子的基因。以此基因序列BLAST检索GenBank中的est-others数据库获得了同源的EST片段。进行EST拼接后得到该基因的cDNA序列,GenBank登录号为DQ013361,由1 389 bp核苷酸组成,具有完整的开放阅读框架(ORF),推测编码蛋白为462个氨基酸。推导的氨基酸序列与大豆、截形苜蓿、烟草、拟南芥、小麦、水稻的牛儿基牛儿基氢化酶基因氨基酸序列的一致率分别为91%、89%、84%、81%7、3%、74%。该基因与叶绿素等的生物合成有关。 相似文献
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根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥牻牛儿基牻牛儿基氯化酶（GGH）基因cDNA序列为信息探针,搜索GenRank中的HTGs数据库,找到一个与之高度匹配的日本百脉根基因组DNA序列LJT46M09,用GENSCAN软件分析该序列得到一个包含2个外显子和1个内含子的基因。以此基因序列BLAST检索GenBank中的est-others数据库获得了同源的EST片段。进行EST拼接后得到该基因的cDNA序列,GenBank登录号为DQ013361,由1389bp核苷酸组成,具有完整的开放阅读框架（ORF）,推测编码蛋白为462个氨基酸。推导的氨基酸序列与大豆、截形苜蓿、烟草、拟南芥、小麦、水稻的牻牛儿基牻牛儿基氢化酶基因氨基酸序列的一致率分别为91％、89％、84％、81％、73％、74％。访基因与叶绿素等的生物合成有关。 相似文献
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番茄γ-生育酚甲基转移酶基因的克隆与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]为进一步研究γ-生育酚甲基转移酶(TMT)基因的功能奠定基础。[方法]以拟南芥γ-TMT cDNA为信息探针,在GenBankdbEST数据库中搜索与其高度同源的番茄EST序列,通过人工序列拼接得到番茄γ-TMT的cDNA序列。据此拼接序列设计1对特异引物,以番茄叶片cDNA第1链产物为模板进行RT-PCR,回收目的片段,转化到大肠杆菌DH5α进行TA克隆。最后对获得的阳性克隆进行测序,分析测序结果与其他物种中该基因之间的同源性,进行氨基酸序列比对及系统进化分析。[结果]经RT-PCR扩增出1300bp左右的片段,成功克隆了番茄γ-TMT基因。克隆片段全长1354bp,包含1个1089bp的完整开放读码框,与拼接序列完全一致。番茄γ-TMT基因编码的氨基酸序列与马铃薯、小麦、玉米和拟南芥的γ-TMT基因的同源性分别达89%、75%、75%和70%。系统进化分析表明,番茄与马铃薯的γ-TMT基因有较近的亲缘关系。[结论]该试验中克隆的番茄γ-TMT基因编码的蛋白质分子量为39.8kD,等电点为8.28。 相似文献
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以果蝇腺苷酸转移载体基因cDNA序列为信息探针,对蜜蜂EST数据库进行同源检索筛选,克隆了蜜蜂腺苷酸转移载体基因(Am ant)的cDNA序列(GenBank登记号为AY332626),该基因全长1 251bp。经RT-PCR克隆、序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致;该基因具有完整的开放阅读框架(ORF),编码蛋白为300个氨基酸,通过对人、果蝇、家蚕及烟草天蛾的腺苷酸转移载体蛋白序列比较,发现该基因具有高度的保守性;说明根据物种间同源基因序列,进行跨物种EST数据库的同源检索筛选、拼接,是基因克 相似文献
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蜜蜂(Apis mellfiera)腺苷酸转移载体基因cDNA的电子克隆 总被引：5，自引：0，他引：5
以果蝇腺苷酸转移载体基因cDNA序列为信息探针,对蜜蜂EST数据库进行同源检索筛选,克隆了蜜蜂腺苷酸转移载体基因(Am ant)的cDNA序列(GenBank登记号为AY332626),该基因全长1 251bp.经RT-PCR克隆、序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致;该基因具有完整的开放阅读框架(ORF),编码蛋白为300个氨基酸,通过对人、果蝇、家蚕及烟草天蛾的腺苷酸转移载体蛋白序列比较,发现该基因具有高度的保守性;说明根据物种间同源基因序列,进行跨物种EST数据库的同源检索筛选、拼接,是基因克隆的一条有效途径. 相似文献
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根据GenBank拟南芥ATIPTs基因序列设计特异性引物,采用PCR方法从黄瓜S94基因组DNA中克隆出异戊烯基转移酶基因保守区片段;再通过对黄瓜基因组BAC文库的筛选,获得基因的全长序列,命名为cs-ipt,GenBank登录号HQ326777.经序列测定及分析表明,该基因编码序列全长1 005 bp,编码334个氨基酸,氨基酸序列中包含有ATP/GTP结合位点GATGTGKS.同源比对表明该基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列与其他植物的ipt基因都有较高的同源性,其中与杨树的同源性最高为65%. 相似文献
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蛋鸭HSP60基因cDNA克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以蛋鸭肝脏总RNA为模板,根据GenBank中收录的HSP60基因序列同源序列分析,设计兼并引物对,采用RT-PCR技术扩增获得了650 bp的基因中间序列;采用RACE技术分离、克隆获得长度均约为1 100 bp蛋鸭HSP60基因3’、5’端完整序列,拼接后获得2 027 bp HSP60基因mRNA全序列,其中ORF长度为1 707 bp。该序列与其他家禽物种(红色原鸡、火鸡、珍珠鸡)的序列有高度的同源性,证实所克隆的序列为蛋鸭HSP60基因。 相似文献
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以毛木耳和皱木耳的cDNA序列为模板设计简并引物并进行扩增,获得1条长度为1075 bp的序列Aa-2；与JGI数据库中皱木耳基因组Blastn比对E值为0；与编码emg1的氨基酸序列Blastx同源性比对的E值高达1.82e-112.与木耳全基因组序列中注释为emg1的核酸序列有775 bp的序列完全一致.经GenBank数据库Blastn同源比对,与玉米丝黑穗菌emg1蛋白cDNA的部分序列相似性达91％.经GenBank中Conserved domains搜索,Aa-2序列与emg1蛋白超家族序列同源比对的E值达2.66e-43,初步判定Aa-2的部分序列为emg1蛋白的编码序列. 相似文献
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采用同源克隆法结合3′-RACE技术从重瓣榆叶梅(Prunus triloba var.Plena)中分离得到了1个雌蕊和果实发育调控基因SHP的同源基因PrtSHP的全长cDNA(GenBank登录号:JF911701).其cDNA全长970 bp,包括1个编码244个氨基酸的735 bp的完整开放阅读框.蛋白质序列比对和分子系统发生分析表明,PrtSHP是拟南芥的SHP的同源基因,其编码的蛋白质的C末端结构域具有2个高度保守的模体(AG Ⅰ模体和AG Ⅱ模体),属C类转录因子中PLE进化系. 相似文献
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将一株近海温泉耐热菌ZH1的16S rDNA克隆至pUCm-T载体进行测序,测序结果在NCB I上进行BLAST分析,并构建了系统发育树,将该菌株归属为Geobacillus sp.ZH1.在65℃条件下的产酶定性实验结果表明,该菌株产脂肪酶、木聚糖酶和碱性磷酸酶.以菌株ZH1的基因组DNA为模板,使用羧酸酯酶简并引物进行PCR扩增,将目的基因克隆至pUCm-T载体后进行测序,得到了741 bp的DNA片段.BLAST分析显示,目的基因预测编码羧酸酯酶,包含246个氨基酸. 相似文献
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海蓬子DnaJ-like基因片段的表达和生物信息学分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从盐生植物海蓬子的抑制消减杂交文库中克隆了DnaJ-like基因的长609 bp的DNA序列,编码1个202 aa的开放阅读框,Northern B loting显示该基因在检测子(200 mmol/L NaC l)中的表达显著增强。生物信息学分析表明,在蛋白质水平上,该片段与拟南芥和水稻的同源性分别为6 e-68和1 e-58;在核酸水平上,该片段与拟南芥的同源性为3 e-24。保守区分析显示,该片段含有DnaJ-like基因完整的J功能域(J-Dom ain,66 aa),功能域在蛋白质水平与GenBank两种相关类型的J功能域的同源性分别为1 e-11和9 e-15。这为该基因的克隆及研究其在植物逆境胁迫中的作用奠定了基础。 相似文献
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根据GenBank中大白菜（Brassica campestris L ssp．pekinensis）基因组测序结果,分析了大白菜PAT1（phytochrome A sjgnal transduction）基因的内含子和外显子。通过拼接外显子,获得了大白菜PAT1基因的cDNA编码序列。根据编码区序列,设计并合成了一对引物;利用这对引物,采用RT—PCR技术扩增出大白菜福山包头PAT1基因（CcPAT1）的全长cDNA序列。CcPATl编码区共1500bp,与拟南芥PAT1相似性为85．03％。同时构建了含有35S启动子的pCAMBIA-2300-CcPAT1过表达载体,并利用以PAT1 5’端特异区域构建了pFGC-1008-PAT1RNAi（RNA interference）载体,以备将来研究大白菜CcPAT1基因的功能。 相似文献
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玉米昼夜节律钟基因CCA1的克隆及表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
昼夜节律钟基因CCA1在调解水稻和拟南芥的光周期反应中起着重要作用。本研究利用从水稻和拟南芥中分离到的CCA1基因序列作为靶序列BLAST获取Genbank中的信息,通过RT-PCR方法克隆获得了一条2326bp的玉米CCA1基因cDNA序列。BLAST比对发现其与水稻、大麦和拟南芥的序列相似性分别达73.7%、69.4%和39.8%。利用NCBI中的ORF Finder软件分析,发现该序列包含一个2163bp的开放阅读框,编码720个氨基酸残基,蛋白的分子量约为78819.17Da,等电点为6.468。推测其含有3个myb-DNA结合域、7个N-豆蔻酰化位点、1个G-box蛋白结合域以及1个蛋白跨膜结合域。采用实时荧光定量PCR分析发现,随光照时间的变化,该基因在玉米叶片中的表达量呈现出白天不断降低而夜晚逐渐升高的昼夜变化趋势。本研究为进一步研究玉米CCA1基因在调控玉米光周期敏感现象中的功能,阐明玉米光周期敏感机制提供了科学依据。 相似文献
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The purpose of this study is to find a new gene resource for the researches of molecular breeding of Rosaceae plants disease-resistance. Pyrus ussuriensis Maxim is used as a starting material to clone the full-length cDNA of NPR1（nonexpressor of pathogenesis- related genes 1） which is a key regulator in SA （salicylic acid）-mediated systemic acquired resistance （SAR） by homologous cloning and RACE techniques. The length of the cDNA sequence was 1 767 bp, the ORF was 1 761 bp, it coded 586 amino acids, pi=5.58, the relative molecular weight was 65.009 ku, contained 19 kinds of amino acids, and had full BTB/POZ and ANK domains. Compared the homology of NPR1 gene in GenBank database, the homology with Pyrus pyrifolia, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum, Lycopersicon esculentum, Oryza sativa, Helianthus annuus were 98%, 62%, 68%, 65%, 57%, 63%. The homology offunctional area were 99%, 78%, 82%, 79%, 74%, 77%. This NPR1 gene was considered as homologic gene of Pyrus ussuriensis Maxim and named PumNPR1. 相似文献
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根据已报道的Hoxc9基因序列保守区设计3对引物,利用PCR技术从安哥拉山羊血液基因组DNA中扩增Hoxc9基因序列。目的片段纯化后连接到PMD19-T载体上,经鉴定得到重组质粒。测序结果通过与Gen-Bank数据库中序列比对分析,确定该序列为Hoxc9基因,核苷酸序列长3224 bp,包括1个内含子和2个外显子,cDNA序列长783 bp,编码260个氨基酸。与哺乳动物氨基酸序列的同源性非常高,达到99.2%以上,同斑马鱼和日本鳉的同源性较低。 相似文献