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1.
【背景】在提高畜牧生产效率中,遗传育种的贡献率占比最高。通过育种可使畜牧企业提高生产效率,获得最大的经济效益。目前,基因组选择已经成为动植物育种中广泛应用的技术手段。基因组选择能够利用覆盖全基因组的高密度标记对育种值进行估计,与系谱信息相比,利用这些标记得到的个体间平均亲缘关系更加准确,从而能更准确地估计育种值（Estimate breeding values, EBV）,对个体进行选育。在实际育种中,对所有个体进行基因分型是不现实的,尤其是猪这种个体经济价值较小的物种,这限制了基因组选择在猪育种中的应用。一步法（single-step genomic best linear unbiased prediction,ssGBLUP）能够同时利用系谱和基因型信息,允许只测定部分个体的基因型,在保持较高预测准确性的同时,大大降低基因分型成本。目前,已经有很多研究表明,在猪育种中使用基因组选择方法能够提高预测准确性,但在实际育种中,育种成本也是畜牧企业考虑的一个重要问题。因此,如何经济有效地实施育种方案,具有重大的研究价值。【目的】通过对一步法基因组选择在杜洛克猪群体评估效果的研究,为基因组选择育种方案提供依据。【方法】以福建某猪场2009—2018年出生的杜洛克猪群体的3个重要经济性状为研究对象,比较了BLUP、GBLUP和一步法等方法在杜洛克猪生长性状上的基因组预测准确性与估计育种值预测可靠性,探究了当参考群中具有不同比例的基因型个体时,一步法预测准确性的变化规律。【结果】（1）达100 kg日龄、背膘厚和眼肌面积的遗传力分别为0.257±0.038、0.250±0.039和0.399±0.040;（2）ssGBLUP相比于BLUP准确性提升14.7%—51.1%;相比于GBLUP准确性提升13.4%—45.7%;（3）10%—30%的个体有基因型时,ssGBLUP预测的准确性超过BLUP;在40%—60%的个体有基因型时,准确性提升速度降低,趋于平缓。【结论】（1）与BLUP相比,一步法能提高各性状估计育种值的准确性和可靠性;与GBLUP方法相比,只有无基因型个体的系谱信息时一步法略低于GBLUP,但在加入无基因型个体的表型信息后,一步法表现优于GBLUP。（2）随着参考群中测定基因型个体的比例逐渐提高,不管使用哪种筛选测定基因型个体的方式（随机选取和筛选关键个体）,一步法预测效果都逐渐提高。表明,在企业育种预算有限时,即使只测定部分个体基因型,一步法可提高基因组选择的预测效果。 相似文献
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主基因-多基因混合模型下种畜标记辅助遗传评定的效率 总被引：2，自引：0，他引：2
在主基因-多基因混合遗传模型的框架内模拟研究了种畜遗传评定的相对效率,比较了常规BLUP与标记辅助BLUP(MBLUP)进行个体遗传评定的效果,模型中将与标记紧密连锁的QTL效应看作随机效应,分子标记的间距为5 cM,QTL的基因型通过侧翼标记来推断.试验设计为半同胞女儿设计,模拟中还考虑了性状遗传力和QTL效应的不同水平对MBLUP评定效果的影响.研究结果表明,多数情况下,MBLUP较常规BLUP具有更大的相对优势,二者的遗传评定效果均直接受性状遗传力和QTL效应的影响,随着性状遗传力的提高,两种方法遗传评定的准确性也进一步提高,但MBLUP的相对优势不断下降;而随着QTL效应的增加,MBLUP的相对优势则有不断增大的趋势.特别是在高QTL效应和低遗传力的情况下标记辅助BLUP的优势最为明显,个体遗传评定的相对准确性增加幅度也最大. 相似文献
3.
【目的】探究在拥有大量无基因型参考群的群体中，基因组选择（GS）方法与传统 BLUP 方法预测准确性的差异。同时，对比联合评估中 GBLUP 和一步法 GBLUP 的应用效果，为联合评估提供参考依据。【方法】使用 6 个大白猪群体（A~F）的校正达 100 kg 体重日龄（DAYS_100）和校正达 100 kg 体重背膘厚（BFT_100）2个性状进行分析，并估计遗传力及遗传相关。探究 BLUP、GBLUP 和 ssGBLUP 模型在不同群体及合并群体中的预测准确性。【结果】（1）F 群体 BFT_100 性状遗传力较低、仅为 0.071，其他群体的 BFT_100 性状遗传力为 0.205 ~ 0.383。6 个群体的 DAYS_100 性状遗传力为 0.258 ~ 0.598。（2）除 D 群体 2 个性状间的遗传相关为 0.211 外，其他群体的遗传相关为负相关（-0.462 ~ -0.200）。（3）对于 DAYS_100 性状，B、C、E 和 F 群体中 GBLUP 模型的预测准确性最高。对于 BFT_100 性状，A、B 和 C 群体中 ssGBLUP 模型的预测准确性最高，而 D 和 E 群体中 GBLUP 模型的预测准确性最高。（4）F 群体与 A 群体的场间关联率（CR）达 3.096%，而在 F 群体中，使用合并参考群的一步法基因组选择，可以提高 BFT_100 性状的预测准确性。【结论】在基因型个体数 >500 且群体占比＞ 7% 的群体中，GBLUP 或 ssGBLUP 模型的预测准确性高于 BLUP 模型；利用 ssGBLUP 模型对场间关联率达到 3% 的群体进行联合评估，可提高低遗传力性状的预测准确性。 相似文献
4.
《江苏农业学报》2017,(1)
为揭示基因辅助最佳线性无偏预测(BLUP)方法在不同留种策略下的选择效果,在假定目标数量性状同时受1个双等位基因QTL和多基因共同控制的前提下,模拟了在一个闭锁群体(10头公畜、190头母畜)内采用标记辅助BLUP连续选择10代的情形。选择试验共考虑了3种留种策略:策略Ⅰ仅根据个体估计育种值(EBV)高低留种;策略Ⅱ在每个公畜家系内选留EBV最高的1头公畜和19头母畜;策略Ⅲ在每个公畜家系内选留1头EBV最高的公畜,在每个母畜家系内选留EBV最高的1头母畜。结果表明,留种策略Ⅰ的遗传进展(包括QTL基因型值和多基因育种值进展)最高,QTL增效等位基因频率上升速度最快,其次为策略Ⅱ,策略Ⅲ的遗传进展最低,QTL增效等位基因频率上升最慢;不同留种策略下的群体近交系数总体上呈现策略Ⅰ策略Ⅱ策略Ⅲ的规律,但策略Ⅱ的群体近交系数与策略Ⅲ接近且远低于策略Ⅰ。在育种实践中实施基因辅助BLUP选择时,策略Ⅱ既能保证较高的遗传进展,又能有效控制近交,因而不失为一种理想的留种策略。 相似文献
5.
宫本一 《河北农业大学学报》1990,13(3):105-113
本文论述了利用简化动物模型评价种畜育种值的最佳线性无偏预测(BLUP)法的计算效率。根据本文的模拟数据示例和国外文献资料分析表明,包括父亲和外祖父的简化动物模型与通常的动物模型的BLUP计算比较,对于缩小方程组的大小、节省计算机的内存和减少计算时间等方面的效率都较高,而包括父亲和母亲的简化动物模型的效率不如前者。因此,生产能力测验评价种畜育种值需用较大系列方程时,以采用包含父亲和外祖父的简化动物模型的BLUP法为宜。 相似文献
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【目的】为提高豫农黑猪体尺性状遗传参数估计的准确性,加快豫农黑猪选育进展。【方法】利用最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction, BLUP)和基因组最佳线性无偏预测(genomic best linear unbiased prediction, GBLUP)2种方法,构建3个单性状动物模型,即基于BLUP的模型1、基于GBLUP的模型2以及基于包含基因组近交系数GBLUP的模型3,采用平均信息约束性最大似然算法(average information restricted maximum likelihood, AIREML)对702头豫农黑猪体尺性状的遗传参数进行估计。【结果】在遗传参数估计的准确性方面,模型1估计的准确性低于模型2和3;模型3和模型2相比,提高了胸围、腿臀围和眼肌深度性状遗传参数估计的准确性。模型3估计体高、腿臀围、背膘厚和眼肌深度的遗传力为0.566、0.302、0.467和0.652,属于高遗传力性状;体长、胸围和管围的遗传力为0.152、0.122和0.255,属于中遗传力性状。体尺性状间的表型相关系数为-0.009～... 相似文献
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本文旨在计算温氏某育种场大白猪初生窝重性状的遗传参数,并评估基因组选择不同计算方法对初生窝重性状的选择准确性。利用DMU软件和动物模型估计初生窝重的方差组分,包括加性方差组分和永久环境效应方差组分,并计算性状的遗传力。通过简化基因组测序分型方法,构建大白猪基因组选择参考群体,并利用GVCBLUP和BLUPF90软件,验证群体分别使用BLUP、GBLUP和ssGBLUP方法计算估计育种值的准确性。结果显示：初生窝重的遗传力为0.08,为低遗传力性状。初生窝重与总产仔数、产活仔数、健仔数和弱差猪仔数遗传相关系数分别为0.59,0.68,0.88和-0.17。基因组选择结果显示,验证群体ssGBLUP育种值估计的准确性最高,达到0.38,比常规BLUP方法提高了15.79%,与BLUP估计育种值秩相关达到0.63。对初生窝重的选择,可有效提高产仔数;且结合ssGBLUP方法的基因组选择,能够有效提高估计育种值的准确性。 相似文献
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【目的】育种值估计是畜禽育种的核心内容,准确的育种值估计是提高选种准确性的重要手段。屠宰性状是肉鸡重要的经济性状,且无法活体测量,利用基因组信息进行育种值估计的基因组选择是十分有力的工具。文章通过比较GBLUP和BayesB方法对肉鸡屠宰性状的基因组预测的准确性,为肉鸡育种值估计的策略提供依据。【方法】用本课题组前期收集的3 362只白羽肉鸡的表型记录,性状包括胸肌率（BrR）、胸肌重（BrW）、屠体重（CW）、腿肌率（ThR）和腿肌重（ThW）。利用中国农业科学院自主研发的“京芯一号”鸡 55 K SNP芯片对所有个体进行了基因分型,采用PLINK软件对芯片的基因型数据进行质量控制,基因组选择的GBLUP和BayesB方法分别由基于R语言的ASReml包和hibayes包实施,并采用世代验证法评估两种方法的基因组育种值的预测准确性。【结果】研究发现基因组选择的准确性与性状的遗传力大致呈正相关。结果显示,在使用GBLUP方法时,预测准确性最高的性状为胸肌率。胸肌率、胸肌重、屠体重、腿肌率和腿肌重的基因组预测的准确性分别为0.3262、0.2871、0.2780、0.2153、0.2126;在使用BayesB方法时,预测准确性最高的性状为胸肌率。5个性状的基因组预测的准确性分别为0.3765、0.2257、0.1376、0.2525、0.2844。结果表明,对于白羽肉鸡屠宰性状的基因组选择研究,BayesB方法的预测准确性略高于GBLUP方法。对于3000的样本量和55 K的标记密度,GBLUP方法的计算时间大约为1h,BayesB方法的计算时间大约为7h。【结论】对于胸肌率、腿肌率和腿肌重,BayesB方法的预测准确性高于GBLUP方法;对于屠体重和胸肌重,GBLUP方法的预测准确性高于BayesB。畜禽的育种工作注重实效性。在实际的育种工作中,需要综合考虑育种值估计的准确性和育种的时效性来决定用何种方式估计基因组育种值。 相似文献
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遗传参数估计是蜜蜂遗传育种工作中不可或缺的部分,蜜蜂遗传力估计的复杂性在于许多经济性状同时受到大量工蜂和蜂王的共同影响,同时交尾的特殊性——蜂王的多雄交配和雄蜂单倍体的情况,也使得亲缘关系的计算十分复杂。蜜蜂遗传参数估计方法从母子回归、姐妹回归,一直发展到现在的BLUP动物模型,系谱信息愈发完善,亲缘关系的计算更加成熟,遗传参数估计更加准确,这些工作对蜜蜂的主要性状取得较大遗传进展贡献巨大。介绍了蜜蜂遗传参数估计的特殊性、亲缘关系的计算和BLUP动物模型在蜜蜂遗传参数估计中的使用。BLUP动物模型已在其他国家蜜蜂育种中使用并取得明显的遗传进展,对我国蜜蜂数量遗传育种的发展具有借鉴意义。 相似文献
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表型轮回选择和分子标记辅助选择累加陆地棉产量优势相关基因 总被引：4，自引：1，他引：4
为创造优良杂交种的亲本和优良杂交种，以湘杂棉2号、皖杂40、中棉所28等生产上大面积推广的杂交组合的亲本为材料创建产量优势相关基因累加的轮回选择群体，并经过了两轮选择。结果表明，在单株水平和组合水平上，相同性状的表现完全一致，两试验点各群体的表现也完全一致。各群体间纵向（同一亲本来源的不同级群体）比较，从平均数看，两轮选择使得包括皮棉产量、籽棉产量和结铃数等性状群体间表现显著提高；从变异度看，所考察的性状在各群体中，总体上未因轮回选择而使遗传变异系数下降太快，遗传方差差异不显著。对本实验室筛选出的4个产量性状SSR分子标记进行辅助选择的结果表明，用S1495210（与一衣分QTL紧密连锁）、S167255（与一衣分QTL连锁）、S3994100（与一籽指性状QTL连锁）和S3452180（与皮棉产量和衣分2个产量性状QTL关联）进行分子标记辅助选择，效果显著。同时应用2个标记进行衣分辅助选择时，比单用其中一个标记效率高。 相似文献
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林木育种值预测方法的应用与分析 总被引：3，自引：1，他引：2
育种值预测是遗传评价的核心。为了能恰当地选用适当方法估算林木育种值,本文概述了当前林木育种值预测的主要方法、原理及其在日本落叶松家系（亲本）及个体育种值预测和优良基因型选择中的应用。通过对各种预测方法应用结果的分析表明:对于平衡或近似平衡数据和无亲缘关系（或可忽略）的非平衡数据,最佳线性预测（BLP）、最佳线性无偏预测（BLUP）法均可以取得很高的预测精度,但考虑到计算的简便性,BLP法更为适用;对于有亲缘关系或具有不同遗传固定效应的候选材料,BLUP法更为适用;对于多性状联合选择,选择指数仍是理想的方法。最后对育种值预测方法的适用情况及存在问题进行了讨论。 相似文献
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应用动物模型对牙鲆不同日龄生长性状的遗传分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以中国水产科学研究院北戴河中心实验站2006至2009年间建立的38个牙鲆Paralichthys olivaceus选育家系为实验材料,根据对180、240、360日龄生长性状共3 742个个体的测定记录,应用REML方法和动物模型BLUP方法估计不同日龄牙鲆体重、体长、体高的遗传力和个体育种值,对不同家系和个体进行遗传评定。结果表明,180、240、360日龄牙鲆生长性状的遗传力分别为0.30~0.35、0.30~0.39、0.13~0.37,属于中等遗传力。对不同日龄生长性状育种值选择和表型值选择效率进行比较,结果表明,不同日龄生长性状依据育种值选择与依据表型值选择的结果存在较大差异。在360日龄,两种选择方法之间的差异达到最小,依据育种值选留的家系和个体比依据表型值选留的家系和个体分别提高:体重为93.92%和28.97%,体长为465.22%和124.49%,体高为176.00%和157.80%,育种值选择效率明显高于表型值选择效率。 相似文献
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Identification of main effect and epistatic QTLs controlling initial flowering date in cultivated peanut(Arachis hypogaea L.) 
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下载免费PDF全文 WANG Liang YANG Xin-lei CUI Shun-li WANG Ji-hong HOU Ming-yu MU Guo-jun LI Zi-chao LIU Li-feng 《农业科学学报》2020,19(10):2383-2393
Initial flowering date(IFD) is closely related to mature period of peanut pods. In present study, a population of recombinant inbred lines(RIL) derived from the cross between Silihong(female parent) and Jinonghei 3(male parent) was used to map QTLs associated with IFD. The RIL population and its two parental cultivars were planted in two locations of Hebei Province, China from 2015 to 2018(eight environments). Based on a high-density genetic linkage map(including 2 996 SNP and 330 SSR markers) previously constructed in our laboratory, QTLs were analyzed using phenotypic data and the best linear unbiased prediction(BLUP) value of initial flowering date by inclusive composite interval mapping(ICIM) method. Interaction effects between every two QTLs and between individual QTL and environment were also analyzed. In cultivated peanut, IFD was affected by genotypic factor and environments simultaneously, and its broad sense heritability(h2) was estimated as 86.8%. Using the IFD phenotypic data from the eight environments, a total of 19 QTLs for IFD were detected, and the phenotypic variation explained(PVE) by each QTL ranged from 1.15 to 21.82%. Especially, five of them were also detected by the BLUP value of IFD. In addition, 12 additive QTLs and 35 pairs of epistatic QTLs(62 loci involved) were identified by the joint analysis of IFD across eight environments. Three QTLs(qIFDB04.1, qIFDB07.1 and qIFDB08.1) located on chromosome B04, B07 and B08 were identified as main-effect QTL for IFD, which had the most potential to be used in peanut breeding. This study would be helpful for the early-maturity and adaptability breeding in cultivated peanut. 相似文献
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概述了Ｉｎｔｒａｎｅｔ技术的特点和ＢＬＵＰ（最佳线性无偏预测）育种系统的原理，提出采用Ｉｎｔｒａｎｅｔ技术设计绒山羊ＢＬＵＰ育种系统，逐步取代传统的ＰＣ计算和信息管理系统。该系统具有简洁、高效、使用方便等特点，并具有良好的可扩充性、可维护性和可移植性。 相似文献
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籽粒品质性状的遗传参数分析,可以为优良品质的玉米新品种选育提供依据。本研究以10个玉米组合为材料,利用R软件的混合线性模型,获取不同取样时期每个基因型的最佳线性无偏预测值(Best linear unbiased prediction, BLUP),进行籽粒品质相关性状遗传参数分析。结果表明,BLUP数据更接近于真实育种值。不同取样时期,品质性状的变异系数变化较大,籽粒品质性状的最大变化发生在S3(9月14日)到S4(9月18日)时期,此时玉米正由蜡熟期进入完熟期。对各品质性状间的相关性进行分析,粗脂肪与粗蛋白、氨基酸均存在显著或极显著正相关。水分、粗蛋白、粗脂肪、粗淀粉、氨基酸含量均属于高遗传力性状,其中,粗淀粉的遗传力最高,达0.887,容重属于中等遗传力性状。 相似文献
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ZHANG Hao LI Jia-qi WANG Chong LIU Xiao-hong CHEN Yao-sheng 《中国农业科学(英文版)》2005,4(11):872-876
Two pig populations were simulated with Monte Carlo method; each consisted of 5 boars and 50 sows per generation. Genetic connectedness between herds was established by randomly selecting 1 or 2 boars from one population to mate sows of the other population. Breeding pigs were selected within populations according to animal model BLUP. The benefits of genetic connectedness between herds were examined. The results showed that, the average coefficients of inbreeding decreased, while the cumulative selection responses of populations increased, and the higher response occurred randomly in the two populations at generation 5 with the increase of the genetic connectedness between herds. Selection response was affected by genetic connectedness and trait heritability, the lower heritability and higher connectedness, the better selection results. When the number of exchanged litters between populations per generation was 6 litters, the selection results reached a reflection point; if the number of exchanged litters between populations increased further from this point, neither the increase of the cumulative selection responses nor the decrease of coefficients of inbreeding was significant. 相似文献